BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg486635 Length=2360 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G28460.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3627 0.0 AT3G61520.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3622 0.0 AT5G28370.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3397 0.0 > AT5G28460.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr5:10374899-10377304 FORWARD LENGTH=2406 Length=2406 Score = 3627 bits (1964), Expect = 0.0 Identities = 2235/2366 (94%), Gaps = 17/2366 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAGTATCGTGCTATCGATTTCCCGGCGCCGGAACTCTTATATTCTGCTCAACCATTTC 60 ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 29 ATGAGTATCATGCTATCAATTTCCCGGCGCCAGAACTCTTATATTCTGCTCAACCA-TTC 87 Query 61 -CGATTAATCCGCCGTTTTTCTGATGAAGTTGACCCACGGCCAGAAATCAAATCGGAGAG 119 ||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 88 TCGATTCCTCCGGCGTTTTTCTTATGATGTTGACCCACGGCCGGAAATCAAATCGGAGAG 147 Query 120 CCAGGAATTTGTAGTAGTCAAATTTTTGAAAAATCTTCAAAAAACCCCGCAACATGATTG 179 ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 148 CCAGGAATTTGTAGTAGTCAAATTTGTGAAAACTCTTCAAAATACCCCGCAACATGATTG 207 Query 180 GGCGTCGAGTGAGTCGCTAAGTTCGCTACTCGTATCTTCTTCTTCT-CATTCTCCTCTAG 238 ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||| Sbjct 208 GGCGTCGAGCGAGTCGCTAAGTGCGCTTGTCGTATCTTCTTCTTCTGC-TTCTCCTTTAG 266 Query 239 TATTCTCGCAAATCACGCGGCGGCTGGGATCGTACTCTTTGGCAATCTCTTTCTTCGAGT 298 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| |||||||||| Sbjct 267 TATTCTCGCAAATCACGCGGCGGCTAGGATCGTATTCTCTAGCAATCTCGTTCTTCGAGT 326 Query 299 ACCTGGACT-CGAAATCTCAGTCTCTGAAACGCCGTGAAGAATCTCTCTCCTTGGCGCTT 357 ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 327 ACCTGGA-TGCGAAGTCTCAGTCTCTGAAACGCCGTGAAGAATCTCTCTCCTTGGCGCTT 385 Query 358 CAGTCGGTTATTGAATTCGCCGGTAGTGAACCTGACTCGCGAGATAAACTTCTCCGTCTC 417 |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| Sbjct 386 CAGTCGGTCATTGAATTCGCCGGTAGTGAACCGGACCCGCGTGATAAACTTCTCCGTCTC 445 Query 418 TACGAGATCGCCAAAGAGAAGAACATTCCGCTTACTGTCGTTGCCACTAAGCTTCTGATC 477 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 446 TACGAGATCGCCAAAGAGAAGAACATTCCTCTTACTATCGTTGCCACTAAGCTTCTGATC 505 Query 478 CGATGGTTTGGGCGTATGGGTATGGTGAATCAGTCGGTTCTTGTATACGAACGACTCGAT 537 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 506 CGATGGTTTGGGCGTATGGGTATGGTGAATCAGTCGGTTCTTGTATACGAAAGACTCGAT 565 Query 538 TCGAATATGAAAAACTCGCAAGTTCGTAATGTTGTGATCGACGTCTTGCTAAGAAATGGA 597 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 566 TCGAATATGAAAAACTCGCAGGTTCGTAATGTTGTGGTAGACGTCTTGCTAAGAAATGGA 625 Query 598 CTTGTGGATGATGCCTTCAAGGTGCTCGACGAAATGCTTCAGAAAGAATCTGTTTTTCCT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 626 CTTGTGGATGATGCCTTCAAGGTGCTCGACGAAATGCTTCAGAAAGAATCTGTTTTTCCT 685 Query 658 CCTAATAGAATCACAGCGGATATTGTGCTCCACGAGGTTTGGAAGGGAAGGCTTTTGACA 717 ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 686 CCTAATAGAATCACAGCGGATATTGTGTTACACGAGGTTTGGAAGGAAAGGCTTTTGACA 745 Query 718 GAAGAAAAGATTATTGGGTTGATTTCAAGATTTAGCTCTCATGGTGTCTCCCCAAACTCT 777 ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 746 GAAGAAAAGATAATTGCTTTGATTTCAAGATTTAGCTCTCATGGTGTCTCCCCAAACTCT 805 Query 778 GTTTGGTTGACTCGGTTTATATCAAGTCTATGCAAAAATGCTCGCACCAATGTTGCTTGG 837 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 806 GTTTGGTTGACTCGGTTTATATCAAGTCTATGCAAAAATGCTCGCGCCAATACTGCTTGG 865 Query 838 GATATTTTGAGTGACTTGATGAAGAACAAAGCCCCACTTGAAGCTCCTCCCTTCAATGCG 897 ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 866 GATATTTTGAGCGACCTGATGAAGAACAAAACCCCACTTGAAGCTCCTCCCTTCAATGCG 925 Query 898 CTTTTGTCATGCTTAGGAAGGAATATGAACATTGGTAGAATGAATGCTTTAGTCTTGAAG 957 |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 926 CTTTTGTCTTGCTTAGGAAGGAATATGGACATTAGTAGAATGAATGATTTAGTCTTGAAG 985 Query 958 ATGGATGAGATGAAAATTCGGCCTGATGTTGTGACTTTAGGGATTCTTATCAACACTTTG 1017 ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 986 ATGGATGAGGTGAAAATCCGGCCTGATGTTGTGACTTTAGGGATTCTTATTAACACTTTA 1045 Query 1018 TGCAAATCAAGGAGGGTCGATGAAGCTCTCCAAGTTTTTGAACAAATGTGTGGAAAGAGA 1077 ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1046 TGCAAATCAAGAAGGGTAGATGAAGCTCTCGAAGTTTTTGAACAAATGCGTGGAAAGAGA 1105 Query 1078 ACTGATGATGGGAATGTTATCAAAGCTGATTCGATTCACTTTAATACTCTCATCGACGGG 1137 ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 1106 ACTGATGATGGAAATGTGATTAAAGCTGATTCGATTCATTTTAATACTCTCATTGACGGG 1165 Query 1138 CTCTGCAAGGTGGGGAGGTTGAAAGAAGCAGAGGAGTTATTGGTAAGGATGAAAATGGAA 1197 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1166 CTCTGCAAGGTGGGGAGGTTGAAAGAAGCAGAGGAGTTATTGGTAAGGATGAAACTGGAA 1225 Query 1198 GAGAGATGTGTGCCCAATACAGTTACTTACAATTGCTTGATTGATGGGTATTGCCGAGCT 1257 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1226 GAGAGATGTGTGCCCAATGCAGTTACTTACAATTGCTTGATTGATGGGTATTGCAGAGCT 1285 Query 1258 GGAAAGCTTGAGACTGCTAAAGAAGTTGTTTCTCGGATGAAAGAGGACGGGATTAAACCT 1317 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1286 GGAAAGCTTGAGACGGCTAAAGAAGTCGTTTCTCGGATGAAAGAGGACGAGATTAAACCT 1345 Query 1318 AATGTGGTTACTGTTAATACAATTGTCGGTGGGATGTGCAGGTACCATGGATTGAACATG 1377 |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1346 AATGTGGTAACTGTTAATACAATCGTTGGTGGGATGTGCAGGCACCATGGATTGAACATG 1405 Query 1378 GCGGTTCTTTTCTTTATGGATATGGAAAAGGAAGGCGTGAAAGGGAATGTGGTTACTTAT 1437 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1406 GCGGTTGTTTTCTTTATGGATATGGAAAAGGAAGGCGTGAAAGGGAATGTGGTTACTTAT 1465 Query 1438 ATGACATTGATTCATGCTTGTTGCAGCGTCAGTAACATAGAAAAGGCTATGCATTGGTTT 1497 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| | Sbjct 1466 ATGACATTGATTCATGCTTGTTGCAGCGTCAGTAATGTAGAGAAGGCTATGTATTGGTAT 1525 Query 1498 GATAAAATGTTGGAAGCTGGTTGTTCTCCTGATGCAAAGATCTATTATGCTTTGATCTCT 1557 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1526 GAAAAAATGTTGGAAGCTGGTTGTTCTCCTGATGCAAAGATCTATTATGCTTTGATCTCT 1585 Query 1558 GGATTGTGCCAAGTTAGACGGGATCATGATGCCATTAGAGTGGTGGAGAAACTGAGAGAG 1617 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1586 GGATTGTGCCAAGTTAGACGGGATCATGACGCCATTAGAGTGGTGGAGAAACTGAAAGAA 1645 Query 1618 GGAGGGTTTTCTCTTGACTTATTGGCTTACAACATGCTTATTGGGTTGTTTTGTGATAAG 1677 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1646 GGAGGGTTTTCTCTTGACTTATTGGCTTACAACATGCTTATTGGGTTGTTTTGTGATAAG 1705 Query 1678 AACAATGCAGAGAAAGTCTACGAGATGCTAACCGATATGGAGAAAGAAGGGATGAAACCC 1737 || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 1706 AATAATGCAGAGAAAGTCTATGAGATGCTAACCGATATGGAAAAAGAAGGGAAGAAACCT 1765 Query 1738 GATTCCATCACTTACAACACTCTGATTTCGTTTTTCGGTAAACACAAGGACTTCGAGAGT 1797 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1766 GATTCCATCACTTACAACACTCTGATTTCGTTTTTCGGTAAACACAAGGACTTCGAGAGT 1825 Query 1798 GTTGAGAGAATGATGGAGCAGATGAGAGAAGACGAGTTAGACCCGACTGTTGCAACATAT 1857 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1826 GTTGAGAGAATGATGGAGCAGATGAGAGAAGACGGGTTAGACCCGACTGTCACGACATAT 1885 Query 1858 GGAGCGGTAATTGAAGCTTATTGCTCAGTCGGGGAATTAGACGAAGCATTGAAGCTCTTT 1917 |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1886 GGAGCGGTGATTGACGCTTATTGCTCAGTCGGCGAATTAGACGAAGCATTGAAGCTCTTT 1945 Query 1918 AAGGACATGGGTTTGCGCTCAAAGGTCAATCCCAACACTGTGATATACAACATTCTCATA 1977 |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1946 AAGGACATGGGTTTGCACTCAAAGGTCAATCCGAACACTGTAATATACAACATTCTCATA 2005 Query 1978 AACGCCTTTTCTAAGCTGGGGAATTTCGGACAAGCGCTGTCTCTGAAAGAGGAAATGAAG 2037 ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2006 AACGCATTTTCTAAGCTGGGGAATTTCGGGCAAGCGCTCTCTCTGAAAGAGGAAATGAAG 2065 Query 2038 ATGAAGATGGTGAGACCTAATGTTGAAACTTACAATGCCTTGTTTAAGTGTCTTAAAGAG 2097 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2066 ATGAAGATGGTGAGACCTAATGTTGAAACTTACAATGCCTTGTTTAAGTGTCTTAACGAG 2125 Query 2098 AAGAACC-AAGCG-GAAACATTGCTTAAACTGATGGATGAGATGGTCGAACAGTCCTGTG 2155 || |||| ||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2126 AA-AACCCAAG-GAGAGACATTACTTAAACTGATGGATGAGATGGTCGAACAGTCTTGTG 2183 Query 2156 AACCAAATCAGATCACAATGGAGATTCTAATGGAGCGTCTCTCGGGTTCTGATGAGTTAG 2215 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2184 AACCAAATCAGATCACAATGGAGATTCTAATGGAGCGTCTCTCAGGTTCTGATGAGTTAG 2243 Query 2216 TGAAGCTGAGGAAGTTTATGCAAGGTTACTCTGTTGCTTCTCCGACCGAGAAAGCTTCAC 2275 | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2244 TTAAGCTGAGGAAGTTTATGCAAGGCTACTCTGTTGCTTCGCCGACCGAGAAAGCTTCAC 2303 Query 2276 CTTTCGATGTCTTTAGCTTGGGATAATGTTGGTTCAGAGT-CAGTAACCTAAAGATTAGT 2334 |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| | ||| | Sbjct 2304 CTTTCGATGTCTTTAGCTTGGGATAATGTTCTTTTAGA-TACAGTAACC-A----TTACT 2357 Query 2335 ATAATGTTTCTAATCATTTCTTGATT 2360 ||||||||| |||| ||||||||||| Sbjct 2358 ATAATGTTTTTAATAATTTCTTGATT 2383 > AT3G61520.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr3:22768917-22771274 REVERSE LENGTH=2358 Length=2358 Score = 3622 bits (1961), Expect = 0.0 Identities = 2235/2367 (94%), Gaps = 19/2367 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAGTATCGTGCTATCGATTTCCCGGCGCCGGAACTCTTATATTCTGCTCAACCATTTC 60 ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1 ATGAGTATCATGCTATCAATTTCCCGGCGCCGGAACTCTTATATTCTGCTCAACCA-TTC 59 Query 61 -CGATTAATCCGCCGTTTTTC-TGATGAAGTTGACCCACGGCCAGAAATCAAATCGGAGA 118 ||||| |||| |||||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| Sbjct 60 TCGATTCCTCCGTCGTTTTTCAT-ATGATGTTGACCCACGGCCGGAAATCAAATTGGAGA 118 Query 119 GCCAGGAATTTGTAGTAGTCAAATTTTTGAAAAATCTTCAAAAAACCCCGCAACATGATT 178 |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 119 GCCAGGAATTTGTAGTAGTCAAATTTGTGAAAACTCTTCAAAAAACCCCGCAACATGATT 178 Query 179 GGGCGTCGAGTGAGTCGCTAAGTTCGCTACTCGTATCTTCTTCTTCT-CATTCTCCTCTA 237 |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||| || Sbjct 179 GGGCGTCGAGCGAGTCGCTAAGTGCGCTTGTCGTATCTTCTTCTTCTGC-TTCTCCTTTA 237 Query 238 GTATTCTCGCAAATCACGCGGCGGCTGGGATCGTACTCTTTGGCAATCTCTTTCTTCGAG 297 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| ||||||||| Sbjct 238 GTATTCTCGCAAATCACGCGGCGGCTAGGATCGTATTCTCTAGCAATCTCGTTCTTCGAG 297 Query 298 TACCTGGACT-CGAAATCTCAGTCTCTGAAACGCCGTGAAGAATCTCTCTCCTTGGCGCT 356 |||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 298 TACCTGGA-TGCGAAGTCTCAGTCTCTGAAACGCCGTGAAGAATCTCTCTCCTTGGCGCT 356 Query 357 TCAGTCGGTTATTGAATTCGCCGGTAGTGAACCTGACTCGCGAGATAAACTTCTCCGTCT 416 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| Sbjct 357 TCAGTCGGTCATTGAATTCGCCGGTAGTGAACCGGACCCGCGTGATAAACTTCTCCGTCT 416 Query 417 CTACGAGATCGCCAAAGAGAAGAACATTCCGCTTACTGTCGTTGCCACTAAGCTTCTGAT 476 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 417 CTACGAGATCGCCAAAGAGAAGAACATTCCTCTTACTGTCGTTGCCACTAATCTTCTGAT 476 Query 477 CCGATGGTTTGGGCGTATGGGTATGGTGAATCAGTCGGTTCTTGTATACGAACGACTCGA 536 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 477 CCGATGGTTTGGGCGTATGGGTATGGTGAATCAGTCGGTTCTTGTATACGAAAGACTCGA 536 Query 537 TTCGAATATGAAAAACTCGCAAGTTCGTAATGTTGTGATCGACGTCTTGCTAAGAAATGG 596 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| Sbjct 537 TTCGAATATGAAAAACTCGCAGGTTCGTAATGTTGTGGTAGACGTCTTGCTAAGAAATGG 596 Query 597 ACTTGTGGATGATGCCTTCAAGGTGCTCGACGAAATGCTTCAGAAAGAATCTGTTTTTCC 656 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 597 ACTTGTGGATGATGCCTTCAAGGTGCTCGACGAAATGCTTCAGAAAGAATCTGTTTTTCC 656 Query 657 TCCTAATAGAATCACAGCGGATATTGTGCTCCACGAGGTTTGGAAGGGAAGGCTTTTGAC 716 |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 657 TCCTAATAGAATCACAGCGGATATTGTGTTACACGAGGTTTGGAAGGGAAGGCTTTTGAC 716 Query 717 AGAAGAAAAGATTATTGGGTTGATTTCAAGATTTAGCTCTCATGGTGTCTCCCCAAACTC 776 |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 AGAAGAAAAGATAATTGCTTTGATTTCAAGATTTAGCTCTCATGGTGTCTCCCCAAACTC 776 Query 777 TGTTTGGTTGACTCGGTTTATATCAAGTCTATGCAAAAATGCTCGCACCAATGTTGCTTG 836 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 777 TGTTTGGTTGACTCGGTTTATATCAAGTCTATGCAAAAATGCTCGCGCCAATGCTGCTTG 836 Query 837 GGATATTTTGAGTGACTTGATGAAGAACAAAGCCCCACTTGAAGCTCCTCCCTTCAATGC 896 |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 GGATATTTTGAGCGACCTGATGAAGAACAAAACCCCACTTGAAGCTCCTCCCTTCAATGC 896 Query 897 GCTTTTGTCATGCTTAGGAAGGAATATGAACATTGGTAGAATGAATGCTTTAGTCTTGAA 956 ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| Sbjct 897 GCTTTTGTCTTGCTTAGGAAGGAATATGGACATTAGTAGAATGAATGATTTAGTCTTGAA 956 Query 957 GATGGATGAGATGAAAATTCGGCCTGATGTTGTGACTTTAGGGATTCTTATCAACACTTT 1016 |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 957 GATGGATGAGGTGAAAATCCGGCCTGATGTTGTGACTTTAGGGATTCTTATTAACACTTT 1016 Query 1017 GTGCAAATCAAGGAGGGTCGATGAAGCTCTCCAAGTTTTTGAACAAATGTGTGGAAAGAG 1076 ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 1017 ATGCAAATCAAGAAGGGTAGATGAAGCTCTCGAAGTTTTTGAAAAAATGCGTGGAAAGAG 1076 Query 1077 AACTGATGATGGGAATGTTATCAAAGCTGATTCGATTCACTTTAATACTCTCATCGACGG 1136 |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1077 AACTGATGATGGAAATGTGATTAAAGCTGATTCGATTCATTTTAATACTCTCATTGACGG 1136 Query 1137 GCTCTGCAAGGTGGGGAGGTTGAAAGAAGCAGAGGAGTTATTGGTAAGGATGAAAATGGA 1196 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1137 GCTCTGCAAGGTGGGGAGGTTGAAAGAAGCAGAGGAGTTATTGGTAAGGATGAAACTGGA 1196 Query 1197 AGAGAGATGTGTGCCCAATACAGTTACTTACAATTGCTTGATTGATGGGTATTGCCGAGC 1256 ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1197 AGAGAGATGTGCGCCCAATGCAGTTACTTACAATTGCTTGATTGATGGGTATTGCAGAGC 1256 Query 1257 TGGAAAGCTTGAGACTGCTAAAGAAGTTGTTTCTCGGATGAAAGAGGACGGGATTAAACC 1316 ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1257 TGGAAAGCTTGAGACGGCTAAAGAAGTCGTTTCTCGGATGAAAGAGGACGAGATTAAACC 1316 Query 1317 TAATGTGGTTACTGTTAATACAATTGTCGGTGGGATGTGCAGGTACCATGGATTGAACAT 1376 ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1317 TAATGTGGTAACTGTTAATACAATCGTTGGTGGGATGTGCAGGCACCATGGATTGAACAT 1376 Query 1377 GGCGGTTCTTTTCTTTATGGATATGGAAAAGGAAGGCGTGAAAGGGAATGTGGTTACTTA 1436 ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1377 GGCGGTTGTATTCTTTATGGATATGGAAAAGGAAGGCGTGAAAGGGAATGTGGTTACTTA 1436 Query 1437 TATGACATTGATTCATGCTTGTTGCAGCGTCAGTAACATAGAAAAGGCTATGCATTGGTT 1496 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| Sbjct 1437 TATGACATTGATTCATGCTTGTTGCAGCGTCAGTAATGTAGAGAAGGCTATGTATTGGTA 1496 Query 1497 TGATAAAATGTTGGAAGCTGGTTGTTCTCCTGATGCAAAGATCTATTATGCTTTGATCTC 1556 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1497 TGAAAAAATGTTGGAAGCTGGTTGTTCTCCTGATGCAAAGATCTATTATGCTTTGATCTC 1556 Query 1557 TGGATTGTGCCAAGTTAGACGGGATCATGATGCCATTAGAGTGGTGGAGAAACTGAGAGA 1616 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1557 TGGATTGTGCCAAGTTAGACGGGATCATGACGCCATTAGAGTGGTGGAGAAACTGAAAGA 1616 Query 1617 GGGAGGGTTTTCTCTTGACTTATTGGCTTACAACATGCTTATTGGGTTGTTTTGTGATAA 1676 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 AGGAGGGTTTTCTCTTGACTTATTGGCTTACAACATGCTTATTGGGTTGTTTTGTGATAA 1676 Query 1677 GAACAATGCAGAGAAAGTCTACGAGATGCTAACCGATATGGAGAAAGAAGGGATGAAACC 1736 ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 1677 GAATAATACAGAGAAAGTCTATGAGATGCTAACCGATATGGAAAAAGAAGGGAAGAAACC 1736 Query 1737 CGATTCCATCACTTACAACACTCTGATTTCGTTTTTCGGTAAACACAAGGACTTCGAGAG 1796 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1737 TGATTCCATCACTTACAACACTCTGATTTCGTTTTTCGGTAAACACAAGGACTTCGAGAG 1796 Query 1797 TGTTGAGAGAATGATGGAGCAGATGAGAGAAGACGAGTTAGACCCGACTGTTGCAACATA 1856 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| Sbjct 1797 TGTTGAGAGAATGATGGAGCAGATGAGAGAAGACGGGTTAGACCCGACTGTCACGACATA 1856 Query 1857 TGGAGCGGTAATTGAAGCTTATTGCTCAGTCGGGGAATTAGACGAAGCATTGAAGCTCTT 1916 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1857 TGGAGCGGTGATTGACGCTTATTGCTCAGTCGGCGAATTAGACGAAGCATTGAAGCTCTT 1916 Query 1917 TAAGGACATGGGTTTGCGCTCAAAGGTCAATCCCAACACTGTGATATACAACATTCTCAT 1976 ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1917 TAAGGACATGGGTTTGCACTCAAAGGTCAATCCGAACACTGTAATATACAACATTCTCAT 1976 Query 1977 AAACGCCTTTTCTAAGCTGGGGAATTTCGGACAAGCGCTGTCTCTGAAAGAGGAAATGAA 2036 |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1977 AAACGCATTTTCTAAGCTGGGGAATTTCGGGCAAGCGCTCTCTCTGAAAGAGGAAATGAA 2036 Query 2037 GATGAAGATGGTGAGACCTAATGTTGAAACTTACAATGCCTTGTTTAAGTGTCTTAAAGA 2096 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2037 GATGAAGATGGTGAGACCTAATGTTGAAACTTACAATGCCTTGTTTAAGTGTCTTAACGA 2096 Query 2097 GAAGAACC-AAGCG-GAAACATTGCTTAAACTGATGGATGAGATGGTCGAACAGTCCTGT 2154 ||| |||| ||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2097 GAA-AACCCAAG-GAGAGACATTACTTAAACTGATGGATGAGATGGTCGAACAGTCTTGT 2154 Query 2155 GAACCAAATCAGATCACAATGGAGATTCTAATGGAGCGTCTCTCGGGTTCTGATGAGTTA 2214 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2155 GAACCAAATCAGATCACAATGGAGATTCTAATGGAGCGTCTCTCAGGTTCTGATGAGTTA 2214 Query 2215 GTGAAGCTGAGGAAGTTTATGCAAGGTTACTCTGTTGCTTCTCCGACCGAGAAAGCTTCA 2274 || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2215 GTTAAGCTGAGGAAGTTTATGCAAGGCTACTCTGTTGCTTCGCCGACCGAGAAAGCTTCA 2274 Query 2275 CCTTTCGATGTCTTTAGCTTGGGATAATGTTGGTTCAGAGT-CAGTAACCTAAAGATTAG 2333 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||| | ||| Sbjct 2275 CCTTTCGATGTCTTTAGCTTGGGATAATGTTCGTTTAGA-TACAGTAACC-A----TTAC 2328 Query 2334 TATAATGTTTCTAATCATTTCTTGATT 2360 |||||||||| |||| ||||||||||| Sbjct 2329 TATAATGTTTTTAATAATTTCTTGATT 2355 > AT5G28370.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr5:10332375-10334571 REVERSE LENGTH=2197 Length=2197 Score = 3397 bits (1839), Expect = 0.0 Identities = 2075/2190 (95%), Gaps = 11/2190 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAGTATCGTGCTATCGATTTCCCGGCGCCGGAACTCTTATATTCTGCTCAACCATTTC 60 ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 14 ATGAGTATCATGCTATCAATTTCCCGGCGCCAGAACTCTTATATTCTGCTCAACCA-TTC 72 Query 61 -CGATTAATCCGCCGTTTTTCTGATGAAGTTGACCCACGGCCAGAAATCAAATCGGAGAG 119 ||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 73 TCGATTCCTCCGGCGTTTTTCTTATGATGTTGACCCACGGCCGGAAATCAAATCGGAGAG 132 Query 120 CCAGGAATTTGTAGTAGTCAAATTTTTGAAAAATCTTCAAAAAACCCCGCAACATGATTG 179 ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 133 CCAGGAATTTGTAGTAGTCAAATTTGTGAAAACTCTTCAAAATACCCCGCAACATGATTG 192 Query 180 GGCGTCGAGTGAGTCGCTAAGTTCGCTACTCGTATCTTCTTCTTCT-CATTCTCCTCTAG 238 ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||| Sbjct 193 GGCGTCGAGCGAGTCGCTAAGTGCGCTTGTCGTATCTTCTTCTTCTGC-TTCTCCTTTAG 251 Query 239 TATTCTCGCAAATCACGCGGCGGCTGGGATCGTACTCTTTGGCAATCTCTTTCTTCGAGT 298 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| |||||||||| Sbjct 252 TATTCTCGCAAATCACGCGGCGGCTAGGATCGTATTCTCTAGCAATCTCGTTCTTCGAGT 311 Query 299 ACCTGGACT-CGAAATCTCAGTCTCTGAAACGCCGTGAAGAATCTCTCTCCTTGGCGCTT 357 ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 312 ACCTGGA-TGCGAAGTCTCAGTCTCTGAAACGCCGTGAAGAATCTCTCTCCTTGGCGCTT 370 Query 358 CAGTCGGTTATTGAATTCGCCGGTAGTGAACCTGACTCGCGAGATAAACTTCTCCGTCTC 417 |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| Sbjct 371 CAGTCGGTCATTGAATTCGCCGGTAGTGAACCGGACCCGCGTGATAAACTTCTCCGTCTC 430 Query 418 TACGAGATCGCCAAAGAGAAGAACATTCCGCTTACTGTCGTTGCCACTAAGCTTCTGATC 477 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 431 TACGAGATCGCCAAAGAGAAGAACATTCCTCTTACTATCGTTGCCACTAAGCTTCTGATC 490 Query 478 CGATGGTTTGGGCGTATGGGTATGGTGAATCAGTCGGTTCTTGTATACGAACGACTCGAT 537 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 491 CGATGGTTTGGGCGTATGGGTATGGTGAATCAGTCGGTTCTTGTATACGAAAGACTCGAT 550 Query 538 TCGAATATGAAAAACTCGCAAGTTCGTAATGTTGTGATCGACGTCTTGCTAAGAAATGGA 597 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 551 TCGAATATGAAAAACTCGCAGGTTCGTAATGTTGTGGTAGACGTCTTGCTAAGAAATGGA 610 Query 598 CTTGTGGATGATGCCTTCAAGGTGCTCGACGAAATGCTTCAGAAAGAATCTGTTTTTCCT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 611 CTTGTGGATGATGCCTTCAAGGTGCTCGACGAAATGCTTCAGAAAGAATCTGTTTTTCCT 670 Query 658 CCTAATAGAATCACAGCGGATATTGTGCTCCACGAGGTTTGGAAGGGAAGGCTTTTGACA 717 ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 671 CCTAATAGAATCACAGCGGATATTGTGTTACACGAGGTTTGGAAGGAAAGGCTTTTGACA 730 Query 718 GAAGAAAAGATTATTGGGTTGATTTCAAGATTTAGCTCTCATGGTGTCTCCCCAAACTCT 777 ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 731 GAAGAAAAGATAATTGCTTTGATTTCAAGATTTAGCTCTCATGGTGTCTCCCCAAACTCT 790 Query 778 GTTTGGTTGACTCGGTTTATATCAAGTCTATGCAAAAATGCTCGCACCAATGTTGCTTGG 837 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 791 GTTTGGTTGACTCGGTTTATATCAAGTCTATGCAAAAATGCTCGCGCCAATACTGCTTGG 850 Query 838 GATATTTTGAGTGACTTGATGAAGAACAAAGCCCCACTTGAAGCTCCTCCCTTCAATGCG 897 ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 851 GATATTTTGAGCGACCTGATGAAGAACAAAACCCCACTTGAAGCTCCTCCCTTCAATGCG 910 Query 898 CTTTTGTCATGCTTAGGAAGGAATATGAACATTGGTAGAATGAATGCTTTAGTCTTGAAG 957 |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 911 CTTTTGTCTTGCTTAGGAAGGAATATGGACATTAGTAGAATGAATGATTTAGTCTTGAAG 970 Query 958 ATGGATGAGATGAAAATTCGGCCTGATGTTGTGACTTTAGGGATTCTTATCAACACTTTG 1017 ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 971 ATGGATGAGGTGAAAATCCGGCCTGATGTTGTGACTTTAGGGATTCTTATTAACACTTTA 1030 Query 1018 TGCAAATCAAGGAGGGTCGATGAAGCTCTCCAAGTTTTTGAACAAATGTGTGGAAAGAGA 1077 ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1031 TGCAAATCAAGAAGGGTAGATGAAGCTCTCGAAGTTTTTGAACAAATGCGTGGAAAGAGA 1090 Query 1078 ACTGATGATGGGAATGTTATCAAAGCTGATTCGATTCACTTTAATACTCTCATCGACGGG 1137 ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 1091 ACTGATGATGGAAATGTGATTAAAGCTGATTCGATTCATTTTAATACTCTCATTGACGGG 1150 Query 1138 CTCTGCAAGGTGGGGAGGTTGAAAGAAGCAGAGGAGTTATTGGTAAGGATGAAAATGGAA 1197 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1151 CTCTGCAAGGTGGGGAGGTTGAAAGAAGCAGAGGAGTTATTGGTAAGGATGAAACTGGAA 1210 Query 1198 GAGAGATGTGTGCCCAATACAGTTACTTACAATTGCTTGATTGATGGGTATTGCCGAGCT 1257 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1211 GAGAGATGTGTGCCCAATGCAGTTACTTACAATTGCTTGATTGATGGGTATTGCAGAGCT 1270 Query 1258 GGAAAGCTTGAGACTGCTAAAGAAGTTGTTTCTCGGATGAAAGAGGACGGGATTAAACCT 1317 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1271 GGAAAGCTTGAGACGGCTAAAGAAGTCGTTTCTCGGATGAAAGAGGACGAGATTAAACCT 1330 Query 1318 AATGTGGTTACTGTTAATACAATTGTCGGTGGGATGTGCAGGTACCATGGATTGAACATG 1377 |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1331 AATGTGGTAACTGTTAATACAATCGTTGGTGGGATGTGCAGGCACCATGGATTGAACATG 1390 Query 1378 GCGGTTCTTTTCTTTATGGATATGGAAAAGGAAGGCGTGAAAGGGAATGTGGTTACTTAT 1437 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1391 GCGGTTGTTTTCTTTATGGATATGGAAAAGGAAGGCGTGAAAGGGAATGTGGTTACTTAT 1450 Query 1438 ATGACATTGATTCATGCTTGTTGCAGCGTCAGTAACATAGAAAAGGCTATGCATTGGTTT 1497 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| | Sbjct 1451 ATGACATTGATTCATGCTTGTTGCAGCGTCAGTAATGTAGAGAAGGCTATGTATTGGTAT 1510 Query 1498 GATAAAATGTTGGAAGCTGGTTGTTCTCCTGATGCAAAGATCTATTATGCTTTGATCTCT 1557 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1511 GAAAAAATGTTGGAAGCTGGTTGTTCTCCTGATGCAAAGATCTATTATGCTTTGATCTCT 1570 Query 1558 GGATTGTGCCAAGTTAGACGGGATCATGATGCCATTAGAGTGGTGGAGAAACTGAGAGAG 1617 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1571 GGATTGTGCCAAGTTAGACGGGATCATGACGCCATTAGAGTGGTGGAGAAACTGAAAGAA 1630 Query 1618 GGAGGGTTTTCTCTTGACTTATTGGCTTACAACATGCTTATTGGGTTGTTTTGTGATAAG 1677 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1631 GGAGGGTTTTCTCTTGACTTATTGGCTTACAACATGCTTATTGGGTTGTTTTGTGATAAG 1690 Query 1678 AACAATGCAGAGAAAGTCTACGAGATGCTAACCGATATGGAGAAAGAAGGGATGAAACCC 1737 || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 1691 AATAATGCAGAGAAAGTCTATGAGATGCTAACCGATATGGAAAAAGAAGGGAAGAAACCT 1750 Query 1738 GATTCCATCACTTACAACACTCTGATTTCGTTTTTCGGTAAACACAAGGACTTCGAGAGT 1797 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1751 GATTCCATCACTTACAACACTCTGATTTCGTTTTTCGGTAAACACAAGGACTTCGAGAGT 1810 Query 1798 GTTGAGAGAATGATGGAGCAGATGAGAGAAGACGAGTTAGACCCGACTGTTGCAACATAT 1857 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1811 GTTGAGAGAATGATGGAGCAGATGAGAGAAGACGGGTTAGACCCGACTGTCACGACATAT 1870 Query 1858 GGAGCGGTAATTGAAGCTTATTGCTCAGTCGGGGAATTAGACGAAGCATTGAAGCTCTTT 1917 |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1871 GGAGCGGTGATTGACGCTTATTGCTCAGTCGGCGAATTAGACGAAGCATTGAAGCTCTTT 1930 Query 1918 AAGGACATGGGTTTGCGCTCAAAGGTCAATCCCAACACTGTGATATACAACATTCTCATA 1977 |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1931 AAGGACATGGGTTTGCACTCAAAGGTCAATCCGAACACTGTAATATACAACATTCTCATA 1990 Query 1978 AACGCCTTTTCTAAGCTGGGGAATTTCGGACAAGCGCTGTCTCTGAAAGAGGAAATGAAG 2037 ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1991 AACGCATTTTCTAAGCTGGGGAATTTCGGGCAAGCGCTCTCTCTGAAAGAGGAAATGAAG 2050 Query 2038 ATGAAGATGGTGAGACCTAATGTTGAAACTTACAATGCCTTGTTTAAGTGTCTTAAAGAG 2097 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2051 ATGAAGATGGTGAGACCTAATGTTGAAACTTACAATGCCTTGTTTAAGTGTCTTAACGAG 2110 Query 2098 AAGAACC-AAGCG-GAAACATTGCTTAAACTGATGGATGAGATGGTCGAACAGTCCTGTG 2155 || |||| ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| Sbjct 2111 AA-AACCCAAG-GAGAGACATTACTTAAACTGATGGATGAGATGGTCGAACA-TCTTGTG 2167 Query 2156 AACCAAATCAGATCACAATGGAGATTCTAA 2185 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2168 AACCAAATCAGATCACAATGGAGATTCTAA 2197 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 117168072030 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5