BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg486868
Length=1782
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G01020.1 | Symbols: | Protein kinase superfamily protein | ... 2894 0.0
> AT5G01020.1 | Symbols: | Protein kinase superfamily protein
| chr5:5917-8444 REVERSE LENGTH=1799
Length=1799
Score = 2894 bits (1567), Expect = 0.0
Identities = 1722/1793 (96%), Gaps = 25/1793 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 AAACTGTAAAGACAGAGAGAAGAGCACT-CCCAGTCCCAGTGGTGCGGTGAGGAGAGCTT 60
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4 AAACTGTAAAGACAGAGAGAAGAGCACTCCCCAGTCTCAGTGGTGCGGTGAGGAGAGCTT 63
Query 61 CGTTGTCTTCTCCGATTGCAATTAGGGTTTT---AA-----AATCG-ATTCCGTGGTGCT 111
|||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||
Sbjct 64 CGTTGTCTTC-CCCATTGCAATTAGGGTTTTCAAAACGGGTAATCGAATTCGGTGGTGCT 122
Query 112 CAGCTTTGAGAATTGAGAATGAGATCCTTTCCACTTCCTTCTAACTTCTGACAATGGGCA 171
| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 123 CGGCTTTGA-AATTGAGGATGAGATCCTTTCCACTTCCTTCTACCTGCTGACAATGGGCA 181
Query 172 ACTGCGGTACTAGAGACGAGGCTGCCGTCTTCACTCCTCAAGCTCAAGCCCAACAGCTCC 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 ACTGCGGTACTAGAGACGAGGCTGCCGTCTTCACTCCTCAAGCTCAAGCCCAACAGCTCC 241
Query 232 AGAAGAAGCACTCCCGCTCCGTCTCAGATCTGAGCGATCCATCCACTCCTCGCTTCCGGG 291
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 242 AGAAGAAGCACTCCCGATCCGTCTCAGATCTGAGCGATCCATCCACTCCTCGCTTCCGAG 301
Query 292 ACGACTCTCGCACTCCTCTTTCGTATGCCCAAGTCATCCCCTTCACTTTGTTTGAGCTTG 351
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 302 ACGACTCTCGCACTCCTATTTCGTATGCCCAAGTCATCCCCTTTACTTTGTTTGAGCTTG 361
Query 352 AGACCATCACCAAGAGCTTCCGCCCAGATTATATACTCGGAGAAGGTGGTTTCGGTACCG 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 AGACCATCACCAAGAGCTTCCGCCCAGATTATATACTCGGAGAAGGTGGTTTCGGTACCG 421
Query 412 TCTACAAGGGTTACATTGATGACAATCTCCGCGTCGGCCTCAAGTCTCTCCCCGTTGCCG 471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 422 TCTACAAGGGTTACATTGATGACAATCTCCGCGTCGGCCTCAAGTCTCTCCCTGTTGCCG 481
Query 472 TCAAGGTCCTAAACAAGGAGGGACTCCAGGGCCACCGTGAATGGCTTACAGAGGTCAACT 531
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 TCAAGGTCCTTAACAAGGAGGGACTCCAGGGTCACCGTGAATGGCTTACAGAGGTCAACT 541
Query 532 TCCTCGGCCAGCTCCGTCATCCCAACCTCGTCAAGCTTATTGGTTACTGCTGCGAGGACG 591
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 TCCTCGGCCAACTCCGTCATCCCAACCTCGTCAAGCTTATTGGTTACTGCTGCGAGGACG 601
Query 592 ATCACCGATTACTTGTTTATGAGTTCATGCTGCGAGGCAGTCTTGAGAATCACCTATTTC 651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 ATCACCGATTACTTGTTTATGAGTTCATGCTGCGAGGCAGTCTTGAGAATCACCTATTTC 661
Query 652 GAAAAACCACAGCTCCTCTATCTTGGTCTAGAAGGATGATGATTGCTCTTGGAGCTGCGA 711
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 GAAAAACCACAGCTCCGCTATCTTGGTCTAGAAGGATGATGATTGCTCTTGGAGCTGCGA 721
Query 712 AAGGCCTTGCTTTCCTCCACAATGCTGAAAGACCAGTTATTTATAGGGATTTCAAGACTT 771
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 AAGGCCTTGCTTTCCTCCACAATGCTGAAAGACCGGTTATTTATAGGGATTTCAAGACTT 781
Query 772 CCAATATACTGCTTGACTCGGACTACACAGCCAAGCTTTCAGATTTTGGCTTAGCTAAAG 831
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 CCAATATACTGCTTGACTCCGACTACACCGCCAAGCTTTCAGATTTTGGCTTAGCTAAAG 841
Query 832 CTGGGCCCCAGGGTGACGAAACCCATGTATCAACTCGAGTTATGGGTACTTATGGCTATG 891
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CTGGACCCCAGGGTGATGAAACCCATGTATCAACTCGAGTTATGGGTACTTATGGCTATG 901
Query 892 CTGCCCCAGAATATGTGATGACTGGACACCTGACGGCCAGAAGTGATGTATACAGCTTTG 951
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 CTGCCCCAGAATATGTGATGACTGGACACTTGACGGCCAGAAGTGATGTATACAGCTTTG 961
Query 952 GAGTTGTTCTTCTAGAGATGTTGACAGGAAGAAAATCAGTGGATAAGACAAGACCTAGCA 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 GAGTTGTTCTTCTAGAGATGTTGACAGGAAGAAAATCAGTGGATAAGACAAGACCTAGCA 1021
Query 1012 AAGAGCAGAACTTGGTTGATTGGGCTCGGCCGAAGCTGAATGATAAAAGAAAACTGCTGC 1071
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 AAGAGCAGAACTTGGTTGATTGGGCTCGGCCAAAGCTGAATGATAAAAGAAAACTGCTGC 1081
Query 1072 AAATAATTGACCCAAGACTGGAGAACCAATACTCTGTCAGGGCAGCTCAGAAGGCATGCA 1131
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 AGATAATTGACCCAAGACTGGAGAACCAATACTCTGTCAGGGCAGCTCAGAAGGCATGCA 1141
Query 1132 GCTTGGCGTATTATTGTCTTAGCCAGAACCCGAAAGCTAGGCCATTGATGAGCGATGTGG 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 GCTTGGCGTATTATTGTCTTAGCCAGAACCCGAAAGCTAGGCCATTGATGAGCGATGTGG 1201
Query 1192 TTGAGACTTTGGAACCTTTGCAGTGTACAGGTGATGCCCTGATCCCTGGTGCAACAACTG 1251
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1202 TTGAGACTTTGGAACCTTTGCAGTGTACTGGTGATGCCCTGATCCCTTGTGCAACTACTA 1261
Query 1252 CAGCTGGAGCTGCATTTGCTATGGGAGGGGTGCCTGATTACAGAATGCACCGGAGGTTTG 1311
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 CAGCTGGAGCTGCATTTGCAATGGGAGGGGTGCCTGATTACAGAATGCACCGGAGGTTTG 1321
Query 1312 CAAAGAACGTTGGGCCAGGTGCGATTTGCAGGTCACCCAATCCAAATTATTCACCGGGTG 1371
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 CAAAGAACGTTGGGCCAGGTGCAATTTGCCGGTCACCCAATCCAAATTATTCACCGGGTG 1381
Query 1372 GACCTGCAGCATGCAGAGTTCGGTGATTAGTGTCAAGTGTACATAATCGGTTTCGCTGTG 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1382 GACCTGCAGCATGCAGAGTTCGGTGATTAGTGTCAAGTGTATATAATCCGTTTCGCTGTG 1441
Query 1432 TCTCCTTTTCTGTAATTTCTCTCAGAGCCAAGCCAAACATCTGGTTGCTAAAAATCATGG 1491
|||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1442 TCTCCTTTTCCGTAATTTCTCTCAGAGCCAA---A--CATCTGGTTGCTAAAAATCGTGG 1496
Query 1492 ATGCACGTTGTTTTTGTTGTTGTTGAAGCTGCTGTTTATTGCCACTTTACTGTGTTGATC 1551
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ATGCACGTTGTTTTTGTTGTTGTTGATGCTGCTGTTTATTGCCACTTTACTGTGTTGATC 1556
Query 1552 TGTCTAGAGTCTTGTATGATTATGAATGAGCGTGGTTCTTGTTTAATCCGCACTCTGATG 1611
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TGTCTAGAGTCTTGTATGATTATGAATGAGTGTGGTTCTTGTTTAATCCGCACTCTGATG 1616
Query 1612 CAGTGTGCTTGTAGTAGTCGACACTTATTCACTCCAAGGTGAAtttttttttGTGTAAGC 1671
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1617 CAGTATGCTTGTAGTAGTCGACACTTATTCACTCCAAGGTGAATTTTTTTT-GTGTAAGC 1675
Query 1672 AG-TAATGGTTTTCTAACAAGTGGTCATTCCCCGGCCACGAA-GGTTTGGTAGTGTTGCA 1729
|| || |||||||||||||||||| ||||| || |||| || |||||||||| ||||||
Sbjct 1676 AGATA-TGGTTTTCTAACAAGTGGACATTCTCCAGCCAT-AATGGTTTGGTAGGGTTGCA 1733
Query 1730 CGTAGTAGTACTTACTGGGCGAAGAGAAGATAGCATATCAATGAACATTAGAC 1782
| | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1734 CAT--T-GTACTTACTGGGCGAAGAGAAGATAACATATCAATGAACAGTAGAC 1783
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88152157020
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5