BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg486975
Length=1773
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G01040.1 | Symbols: LAC8 | laccase 8 | chr5:13128-16173 REVE... 2702 0.0
AT5G01050.1 | Symbols: | Laccase/Diphenol oxidase family prote... 2579 0.0
> AT5G01040.1 | Symbols: LAC8 | laccase 8 | chr5:13128-16173 REVERSE
LENGTH=2052
Length=2052
Score = 2702 bits (1463), Expect = 0.0
Identities = 1676/1779 (94%), Gaps = 14/1779 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCTCGACTTCATCATTATCTCCCAATTCAAACCTTCGTCGTTCTTCTTCTCTTCTCT 60
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Sbjct 32 ATGCCTCGACTTCATCATTATCTCTCAAATCAAGCGTTCCTCGTCCTTCTTCTCTTCTCT 91
Query 61 TCCATTGCCTCAGCAGCTATTGTCGAACATGTCCTCCACGTCAAAGACGTCATGGTGAAA 120
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Sbjct 92 TCCATTGCCTCAGCAGCTGTTGTCGAACATGTTCTCCACATCCAAGACGTCGTGGTGAAA 151
Query 121 CCGTTATGCAAGGAGCAAATGATACCAACAGTTAACGGAAGTTTTCCGGGTCCAACGATA 180
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Sbjct 152 CCGTTATGCAAGGAGCAAATAATACCGGCAGCTAATGGAAGTCTTCCCGGCCCAACGATA 211
Query 181 AACGTTAGAGAAGGCGACACTCTTGTGGTTCATGTCATTAACAACTCAACTTACAACGTA 240
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Sbjct 212 AACGTTAGAGAAGGCGACACTCTTGTGGTTAATGTCATTAACAACTCAACTTACAATGTA 271
Query 241 ACCATCCATTGGCATGGAGTTTTTCAGTTGAAGAGCGTATGGATGGACGGTGCGAATATG 300
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Sbjct 272 ACCATCCACTGGCATGGAGTTTTCCAGTTGAAGAGCGTATGGATGGACGGTGCGAATATG 331
Query 301 ATAACTCAATGTCCGATTCAACCAAGTAACAACTTCACATATCAATTCGATATCACCGGA 360
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Sbjct 332 ATAACTCAATGTCCGATTCAACCAGGTTACAACTTCACATATCAATTTGATATCACTGGA 391
Query 361 CAAGAAGGTACATTGTTATGGCACGCACACGTCGTTAATCTACGTGCCACTCTTCATGGG 420
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Sbjct 392 CAAGAAGGTACATTGTTATGGCACGCACACGTCGTTAATCTACGTGCCACTCTTCACGGG 451
Query 421 GCTCTAGTCATCCGTCCTCGATCCGGCCGTCCTTACCCTTTTCCTAAACCCTACAAGGAA 480
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Sbjct 452 GCTCTAGTCATCCGTCCCCGATCCGGCCGTCCTTACCCTTTTCCTAAACCCTACAAGGAA 511
Query 481 GTTCCTATCATTTTTCAACAATGGTGGGACACAGATGTTAGACTTCTCGAATTACGGCCA 540
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Sbjct 512 GTTCCTATCGTTTTTCAACAATGGTGGGACACAGATGTTAGACTTCTCCAATTACGGCCA 571
Query 541 GCTCCGGTTTCTGATGCTTACCTCATCAATGGCCTCGCCGGAGATTCATATCCTTGCTCT 600
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Sbjct 572 GCTCCGGTTTCTGATGCTTACCTCATCAATGGCCTCGCCGGAGATTCATATCCTTGCTCT 631
Query 601 CAGAATAGAATGTTTAACCTCAAGGTTGTACACGGAAAAACATACTTGCTAAGGATTATA 660
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Sbjct 632 GAGAATAGAATGTTTAACCTCAAAGTTGTACAAGGAAAAACATACTTGCTAAGGATCGTA 691
Query 661 AACGCAGCACTCAACACTCACCTCTTCTTCAAAATAGCCAATCACAACGTCACAGTTGTC 720
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Sbjct 692 AACGCAGCACTCAACACTCACCTCTTCTTCAAAATAGCCAATCACAACGTCACAGTTGTC 751
Query 721 GCTGTAGATGCTGTCTACACGACGCCGTACCTCACCGATGTGATGATCTTAACGCCGGGA 780
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Sbjct 752 GCTGTAGATGCTGTCTACTCGACGCCGTACCTCACCGATGTGATGATCTTAACGCCGGGA 811
Query 781 CAAACTGTTGACGCACTTCTCACCGCCGACCAGCCCATTGGAATGTACTACATGGCCACC 840
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Sbjct 812 CAGACCGTTGACGCACTTCTCACCGCCGACCAGGCCATTGGAAAGTACTACATGGCCACC 871
Query 841 ATCCCTTACTTTAGTGCCATCGGGATACCAGCATCCCCCGACATCAAACCCACCAGAGGA 900
|||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 872 CTCCCTTACATTAGTGCCATTGGGATACCA--A-CCCCCGACATCAAACCCACCAGAGGC 928
Query 901 TTAATCGTCTACGAGGGTGCCACGTCATCATCATCGCCAGTGAAGCCGTTGATGCCTGCT 960
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |
Sbjct 929 TTAATCGTCTACCAGGGTGCCACGTCATCATCATCGCCAGCGGAGCCGTTGATGCCTG-T 987
Query 961 -ACGACTGACATAG-CCACCTCTCATAGGTTCTCCTCGAACATCACTAGCCTCGTGGGTG 1018
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Sbjct 988 GCCGAATGACAT-GTCCACCGCTCATAGGTTCACCTCAAACATCACTAGCCTCGTTGGTG 1046
Query 1019 GACCACACTGGA-AGCCAGTGCCTCGTCACGTGGACGAGAAGATGTTCATAACCATGGGG 1077
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Sbjct 1047 GACCACACTGGACA-CCAGTCCCTCGTCACGTGGACGAGAAGATGTTCATAACCATGGGG 1105
Query 1078 CTTGGCTTAGACCCATGTCCTTCGGGTACCAAGTGTATTGGACCGTTGGGTCAAAGGTAT 1137
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Sbjct 1106 CTTGGCTTAGACCCATGTCCAGCGGGCACCAAGTGTATTGGACCGTTAGGTCAAAGGTAT 1165
Query 1138 GCTGGATCTCTCAACAACCGCACTTTTATGATTCCGGAGAGAATCTCTATGCAAGAGGCT 1197
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 GCTGGTTCTCTCAACAACCGCACTTTTATGATCCCGGAGAGAATCTCTATGCAAGAGGCT 1225
Query 1198 TATTTTTACAACATTAGTGG-AGTCTACACCGAAGATTTTCCCGACCAACCACCGGTTAA 1256
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Sbjct 1226 TATTTTTACAACATTAGTGGCA-TCTACACCGACGATTTTCCCAACCAACCACCGCTTAA 1284
Query 1257 ATTTGATTACACAAAATTCCAACAGCGTACGAATTCTGACATGAAGATGATGTTTCCGGA 1316
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Sbjct 1285 ATTTGATTACACAAAATTCGAACAACGTACCAATAATGACATGAAGATGATGTTTCCGGA 1344
Query 1317 AAGAAAGACTAGCGTCAA-AACAATTAGATTTAATTCAACAGTCGAGATTGTTTTGCAAA 1375
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Sbjct 1345 AAGAAAGACTAGCGTCAAGAA-AATTAGATTTAATTCTACAGTCGAGATCGTTTTGCAGA 1403
Query 1376 ACACGGCTATTCTCTCCCCGGAGAGCCACCCCATGCACCTTCACGGCTTCAACTTCTATG 1435
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Sbjct 1404 ACACGGCTATAATCTCCCCGGAGAGCCACCCCATGCACCTCCACGGTTTCAACTTCTATG 1463
Query 1436 TTTTGGGTTATGGATTTGGTAACTATGATCCTATTCGTGATGCAAGAAAGCTAAATCTAT 1495
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1464 TGTTAGGTTATGGATTTGGTAACTATGATCCTATTCGTGATGCAAGAAAGCTTAATCTAT 1523
Query 1496 TTAACCCACAGATGCACAATACCGTTGGTGTACCACCAGGTGGATGGGTTGTCCTCAGAT 1555
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Sbjct 1524 TTAACCCGCAAATGCATAATACCGTTGGTGTACCACCAGGCGGATGGGTTGTCCTCAGAT 1583
Query 1556 TTATCGCTAATAATCCTGGTGTATGGCTGTTCCATTGTCACATGGATGCACATTTACCAT 1615
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Sbjct 1584 TTATCGCTAATAATCCTGGTGTATGGCTGTTCCATTGTCACATGGATGCACATTTACCAT 1643
Query 1616 ACGGGATTATGAATGCTTTCATAGTTCAAAATGGGCCAACTCCGGAAACGAGCTTGCCAT 1675
|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 ACGGGATTATGAGTGCTTTCATAGTTCAAAACGGGCCAACTCCGGAAACGAGCTTGCCAT 1703
Query 1676 CTCCACCGTCGAATCTTCCGCAATGCACTCGTGATCCTACGATCTATGACTCTCGGACGA 1735
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Sbjct 1704 CTCCACCGTCGAATCTTCCGCAATGCACTCGGGATCCTACGATCTATGACTCTCGGACGA 1763
Query 1736 CTAACACTGATTTGTCTTACTAAAAGCAACT-AGGTTCG 1773
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Sbjct 1764 CTAACATTGATTTGTCTTACTAAAAGTAATTTAGGTTCG 1802
> AT5G01050.1 | Symbols: | Laccase/Diphenol oxidase family protein
| chr5:18086-20812 REVERSE LENGTH=1884
Length=1884
Score = 2579 bits (1396), Expect = 0.0
Identities = 1646/1768 (93%), Gaps = 11/1768 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCTCGACTTCATCATTATCTCCCAATTCAAACCTTCGTCGTTCTTCTTCTCTTCTCT 60
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Sbjct 1 ATGCCTCGAGTTCATCATTCTCTGTCAAATCAAGCCTTCCTCGTCCTTCTTCTCTTCTCT 60
Query 61 TCCATTGCCTCAGCAGCTATTGTCGAACATGTCCTCCACGTCAAAGACGTCATGGTGAAA 120
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Sbjct 61 TCCATTGCCTCAGCAGCTATTGTCGAACATGTTCTCCACGTTAAAGACGTCGTGGTGACA 120
Query 121 CCGTTATGCAAGGAGCAAATGATACCAACAGTTAACGGAAGTTTTCCGGGTCCAACGATA 180
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Sbjct 121 CCGTTGTGCAAGGAGCAAATGATACCGATAGTTAATGGAAGTCTTCCCGGTCCAACGATA 180
Query 181 AACGTTAGAGAAGGCGACACTCTTGTGGTTCATGTCATTAACAACTCAACTTACAACGTA 240
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Sbjct 181 AACGTTAGAGAAGGCGACACCCTTGTCGTTCATGTCATTAACAAGTCAACTTACAATGTA 240
Query 241 ACCATCCATTGGCATGGAGTTTTTCAGTTGAAGAGCGTATGGATGGACGGTGCGAATATG 300
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACCATCCACTGGCATGGAGTTTTTCAGCTGAAGAGCGTATGGATGGACGGTGCGAATATG 300
Query 301 ATAACTCAATGTCCGATTCAACCAAGTAACAACTTCACATATCAATTCGATATCACCGGA 360
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Sbjct 301 ATAACTCAATGTCCGATTCAACCAAGTAACAATTTCACGTATCAATTTGATATCACCGGA 360
Query 361 CAAGAAGGTACATTGTTATGGCACGCACACGTCGTTAATCTACGTGCCACTCTTCATGGG 420
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Sbjct 361 CAAGAAGGTACATTGTTGTGGCATGCACACGTCGTTAATCTACGTGCCACTATTCACGGG 420
Query 421 GCTCTAGTCATCCGTCCTCGATCCGGCCGTCCTTACCCTTTTCCTAAACCCTACAAGGAA 480
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Sbjct 421 GCTCTAATTATCCGTCCCCGATCCGGCCGTCCTTACCCTTTCCCTAAACCATACAAGGAA 480
Query 481 GTTCCTATCATTTTTCAACAATGGTGGGACACAGATGTTAGACTTCTCGAATTACGGCCA 540
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Sbjct 481 GTTCCTCTCATTTTTCAACAATGGTGGGACACAGATGTTAGACTTCTCGAACTACGGCCA 540
Query 541 GCTCCGGTTTCTGATGCTTACCTCATCAATGGCCTCGCCGGAGATTCATATCCTTGCTCT 600
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Sbjct 541 GCTCCGGTTTCTGATGCTTACCTCATCAATGGCCTCGCCGGAGATTCATATCCTTGCTCT 600
Query 601 CAGAATAGAATGTTTAACCTCAAGGTTGTACACGGAAAAACATACTTGCTAAGGATTATA 660
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Sbjct 601 AAGAATAGAATGTTTAACCTCAAAGTTGTACAAGGAAAAACATACTTGCTAAGGATTATA 660
Query 661 AACGCAGCACTCAACACTCACCTCTTCTTCAAAATAGCCAATCACAACGTCACAGTTGTC 720
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Sbjct 661 AACGCAGCACTCAACACTCACCTCTTCTTCAAAATAGCCAATCACAACGTTACAGTTGTT 720
Query 721 GCTGTAGATGCTGTCTACACGACGCCGTACCTCACCGATGTGATGATCTTAACGCCGGGA 780
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Sbjct 721 GCTGTAGATGCTGTCTACACGACGCCGTACCTCACCGATGTGATGATCTTAACACCGGGA 780
Query 781 CAAACTGTTGACGCACTTCTCACCGCCGACCAGCCCATTGGAATGTACTACATGGCCACC 840
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Sbjct 781 CAAACAATTGACGCAATTCTCACCGCTGACCAGCCCATTGGAACGTACTACATGGCCATC 840
Query 841 ATCCCTTACTTTAGTGCCATCGGGATACCAGCATCCCCCGACATCAAACCCACCAGAGGA 900
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Sbjct 841 ATCCCTTACTTTAGTGCCATCGGGGTACCGGCATCCCCCGACACCAAACCCACCAGAGGC 900
Query 901 TTAATCGTCTACGAGGGTGCCACGTCATCATCATCGCCAGTGAAGCCGTTGATGCCTGCT 960
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Sbjct 901 TTAATCGTCTACGAGGGTGCTACGTCATCATCATCGCCAACAAAGCCGTGGATGCCTCCG 960
Query 961 ACGACTGACATAGCCACCTCTCATAGGTTCTCCTCGAACATCACTAGCCTCGTGGGTGGA 1020
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Sbjct 961 GCGAATGACATACCCACCGCTCATAGGTTCTCCTCGAACATCACTAGCCTCGTGGGTGGA 1020
Query 1021 CCACACTGGAAGCCAGTGCCTCGTCACGTGGACGAGAAGATGTTCATAACCATGGGGCTT 1080
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Sbjct 1021 CCTCACTGGACGCCGGTGCCTCGTCACGTGGACGAGAAGATGTTCATAACGATGGGGCTT 1080
Query 1081 GGCTTAGACCCATGTCCTTCGGGTACCAAGTGTATTGGACCGTTGGGTCAAAGGT-ATGC 1139
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Sbjct 1081 GGCTTAGACCCATGTCCTTCGAACGCCAAGTGTGTTGGACCGTTAGATCAAAGGTTA-GC 1139
Query 1140 TGGATCTCTCAACAACCGCACTTTTATGATTCCGGAGAGAATCTCTATGCAAGAGGCTTA 1199
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGGATCTCTAAACAACCGCACTTTTATGATTCCGGAGAGAATCTCTATGCAAGAGGCTTA 1199
Query 1200 TTTTTACAACATTAGTGGAGTCTACACCGAAGATTTTCCCGACCAACCACCGGTTAAATT 1259
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Sbjct 1200 TTTTTACAACATTACTGGAGTCTACACTGACGATTTTCCCGACCAACCACCGCTTAAATT 1259
Query 1260 TGATTACACAAAATTCCAACAGCGT---ACGAATTCTGACATGAAGATGATGTTTCCGGA 1316
||||| ||||||||| |||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGATTTCACAAAATTTGAACAGCATCCCACCAATTCTGACATGGAGATGATGTTTCCGGA 1319
Query 1317 AAGAAAGACTAGCGTCAAAACAATTAGATTTAATTCAACAGTCGAGATTGTTTTGCAAAA 1376
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 1320 AAGAAAGACTAGCGTCAAGACAATTAGATTTAATTCTACAGTGGAGATCGTTTTGCAGAA 1379
Query 1377 CACGGCTATTCTCTCCCCGGAGAGCCACCCCATGCACCTTCACGGCTTCAACTTCTATGT 1436
||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1380 CACGGGAATACTAACCCCGGAGAGCCACCCCATGCACCTTCACGGTTTCAACTTCTATGT 1439
Query 1437 TTTGGGTTATGGATTTGGTAACTATGATCCTATTCGTGATGCAAGAAAGCTAAATCTATT 1496
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1440 GTTAGGTTATGGATTTGGTAACTATGATCCTATTCGTGATGCAAGAAAGCTTAATCTATT 1499
Query 1497 TAACCCACAGATGCACAATACCGTTGGTGTACCACCAGGTGGATGGGTTGTCCTCAGATT 1556
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TAACCCGCAAATGCACAATACCGTTGGTGTACCACCAGGTGGATGGGTTGTCCTCAGATT 1559
Query 1557 TATCGCTAATAATCCTGGTGTATGGCTGTTCCATTGTCACATGGATGCACATTTACCAT- 1615
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TATCGCTAATAATCCTGGTATATGGCTGTTCCATTGTCACATGGATGCACATTTACCATT 1619
Query 1616 ACGGGATTATGAATG-CTTTCATAGTTCAAAATGGGCCAACTCCGG-AAACGAGCTTGCC 1673
| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||
Sbjct 1620 A-GGAATTATGA-TGGCTTTCATAGTTCAAAATGGGCCAAC-CCGGGAAACGAGTTTGCC 1676
Query 1674 ATCTCCACCGTCGAATCTTCCGCAATGCACTCGTGATCCTACGATCTATGACTCTCGGAC 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ATCTCCACCGTCGAATCTTCCGCAATGCACTCGGGATCCTACGATCTATGACTCTCGGAC 1736
Query 1734 GACTAACACTGATTTGTCTTACTAAAAG 1761
|||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1737 GACTAATGTTGATATGTCTTACTAAAAG 1764
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87700352115
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5