BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487064
Length=2460
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G02860.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4045 0.0
> AT5G02860.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr5:654102-656561 FORWARD LENGTH=2460
Length=2460
Score = 4045 bits (2190), Expect = 0.0
Identities = 2370/2460 (96%), Gaps = 0/2460 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGACAAGCTAGCTCTTCCTCTTCTCCTTCCCTGTACTCCTTCCTCTAAACCTTAT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGACAAGCTAGCTCTTCCTCTTCTCCTTCCCTGCACTCCTTCCTCTAAACCTTAT 60
Query 61 TCTCACGACCAAAACCACCATCTCTCTCGAACCCCCTTTCTTACTACGTCTCTTTCGTCA 120
||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTCACGACCAAAACCACCATATCTCTCGGACGCCTTTTCTTACTACGTCTCTTTCGTCA 120
Query 121 CCACCTCCTCCGCCTGTAGAACCTCTCCTCCACGATGTTTTCCTTCACCAGAACCCTAAT 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCACCTCCTCCGCCTGTAGAGCCTCTCCTCCACGATGTTTTCCTTCACCAGAACCCTAAT 180
Query 181 TCCAGACAACCCATCACCTCTCAAACATCTAGAAACCGTAACCGGACTCGAATTGGCAAG 240
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCCAGACAACCCATCAGCTCTCAAACATCTAGAAACCGTAACCGGACTCGAATTGGCAAG 240
Query 241 TCACGCGACCCTAACCTCGGGAAACCTTGGTCTTACCATGGTCTTTCTCCACAAGGTCAG 300
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCACGTGACCCTAACCTCGGTAAACCTTGGTCTTACCATGGTCTTTCTCCACAAGGTCAG 300
Query 301 CAAGTTCTACGTTCCCTCATCGAACCCACTTTTGATTCCGGTCAATTAGATGCTCTACTC 360
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 301 CAAGTTCTTCGTTCCCTCATCGAACCCAATTTTGATTCCGGTCAATTAGATTCTGTACTC 360
Query 361 TCTGAGCTATTCGAGCCGTATAAGGATAAACCAGAGTCTACCTCGTCGGAGTTACTAGCT 420
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TCTGAGCTATTCGAGCCTTTTAAGGATAAACCAGAGTCTACCTCGTCGGAGTTACTAGCT 420
Query 421 TTTCTTAAAGGATTAGGATTCCATAAGAAATTCGATTTGGCTCTTTGTGCTTTTGATTGG 480
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 421 TTTCTTAAAGGATTAGGATTTCATAAGAAATTCGATTTGGCTCTGCGTGCTTTTGATTGG 480
Query 481 TTTATGAAGCAAAAGGATTATCAATCCATGTTGGATAACTCTGTTATTGCTATAGTTATC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 481 TTTATGAAGCAAAAGGATTATCAATCCATGTTGGATAACTCTGTTGTTGCTATAATCATC 540
Query 541 AGTATGCTAGGTAAAGAAGGCAGAGTATCTTCCGCTGCAAATTTGTTCAATGGTTTGCAG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 541 AGTATGCTAGGTAAAGAAGGCAGAGTATCTTCCGCTGCAAATATGTTCAATGGTTTGCAG 600
Query 601 GAAGACGGGTTTTCGCTTGATGTCTACTCTTATACTTCGTTGATATCAGCGTTTGCTAAT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAAGACGGGTTTTCGCTTGATGTCTACTCTTATACTTCGTTGATATCAGCGTTTGCTAAT 660
Query 661 AGCGGAAGGTACAGGGAAGCTGTAAATGTGTTCAAGAAGATGGAGGAAGAAGGTTGTAAA 720
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 AGCGGAAGGTATAGGGAAGCTGTAAATGTGTTCAAGAAGATGGAGGAAGATGGTTGTAAA 720
Query 721 CCGACTTTGATCACTTATAATGTTATCTTGAATGTGTTTGGGAAAATGGGCACTCCTTGG 780
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 CCGACTTTGATAACGTATAATGTTATCTTGAATGTGTTTGGGAAAATGGGTACTCCTTGG 780
Query 781 AATAAGATTACATCTCTCGTGGAGAAGATGAAGAGTGATGGGATTGCTCCAGACGCGTAT 840
||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 781 AATAAGATTACGTCTCTTGTTGAGAAGATGAAGAGTGATGGGATTGCTCCGGATGCGTAT 840
Query 841 ACCTATAACACGCTTATAACTTGTTGTAAACGAGGCTCTTTGCATCAGGAAGCTGCTCAG 900
|| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ACTTACAACACTCTTATAACTTGTTGTAAACGAGGCTCTTTGCATCAGGAAGCTGCTCAG 900
Query 901 GTTTTCGAAGAAATGAAGGCTGCAGGGTTTAGTCATGATAAGGTTACTTACAATGCGCTA 960
||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 901 GTTTTTGAAGAAATGAAGGCTGCTGGGTTTAGTTATGATAAGGTTACTTATAATGCGTTA 960
Query 961 TTAGATGTTTATGGAAAGTCTCATCGGCCTAAGGAAGCTATGAAGGTTTTGAATGAAATG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTAGATGTTTATGGAAAGTCTCATCGGCCTAAGGAAGCTATGAAGGTTTTGAATGAAATG 1020
Query 1021 GAGCTCAATGGATTTTCTCCGAGCATTGTGACTTACAACTCCTTGATCTCTGCATATGCG 1080
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTGCTCAATGGATTTTCTCCGAGCATTGTGACTTACAACTCCTTGATCTCTGCATATGCG 1080
Query 1081 AGGGATGGCATGCTGGATGAGGCAATGGAGCTTAAGAATCAGATGGCGGAAAAGGGAACG 1140
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AGGGATGGTATGCTGGATGAGGCAATGGAGCTTAAAAATCAGATGGCGGAAAAGGGAACG 1140
Query 1141 AAACCTGATGTTTTCACTTACACAACACTTTTGTCGGGGTTTGAGAGGGCTGGGAAGGTC 1200
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAACCTGATGTTTTTACTTATACAACACTTTTGTCAGGGTTTGAGAGGGCTGGGAAGGTC 1200
Query 1201 GAATCTGCTATGAATATTTTTGAAGAGATGAGAAATGCAGGGTGCAAACCGAATATTTGT 1260
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1201 GAATCTGCTATGAGTATTTTTGAAGAGATGAGAAATGCAGGGTGCAAACCAAATATTTGT 1260
Query 1261 ACTTTTAATGCCTTTATAAAGATGTATGGTAACAGGGGAAAGTTTGCTGATATGATGAAG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1261 ACTTTTAATGCCTTTATAAAGATGTATGGTAACAGGGGAAAGTTTACTGAAATGATGAAG 1320
Query 1321 ATATTTGATGAGATCAACGTGTGCGGTCTCTCCCCCGATATTGTCACTTGGAATACACTA 1380
|||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATATTTGACGAGATCAATGTGTGTGGTCTCTCCCCCGACATTGTCACTTGGAATACACTA 1380
Query 1381 TTAGCAGTCTTTGGCCAAAATGGGATGGATTCAGATGTATCAGGTGTGTTCAAGGAAATG 1440
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1381 TTAGCAGTCTTTGGCCAAAACGGGATGGATTCAGAAGTATCGGGTGTATTCAAGGAAATG 1440
Query 1441 AAGAGAGCTGGTTTCGTACCCGAAAGGGAAACTTTCAACACCCTAATCAGTGCGTATAGC 1500
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AAGAGAGCTGGGTTCGTACCCGAAAGGGAAACTTTCAACACCCTAATCAGTGCGTATAGC 1500
Query 1501 CGCTGCGGTTCGTTTGAACAAGCTATGACTGTTTACAGGCGAATGCTTGATGCTGGGGTC 1560
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CGCTGTGGTTCGTTTGAACAAGCTATGACTGTTTACAGACGAATGCTTGATGCTGGGGTC 1560
Query 1561 ACTCCTGACCTTTCCACCTATAACACTGTATTGGCAGCTTTGGCCCGTGGAGGAATGTGG 1620
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 ACTCCTGACCTTTCCACCTATAACACTGTGTTGGCAGCTTTGGCCCGTGGAGGAATGTGG 1620
Query 1621 GAACAATCTGAGAAAGTTCTTGCAGAGATGGAGGATGGCCGGTGCAAACCGAATGAGTTA 1680
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1621 GAACAATCTGAAAAAGTTCTTGCAGAGATGGAGGATGGTCGGTGCAAACCAAATGAATTA 1680
Query 1681 ACCTACTGCTCTCTACTTCATGCATATGCAAATGGCAAGGAGATAGGTCTGATGCATTCT 1740
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1681 ACTTACTGCTCTCTACTTCATGCATATGCAAATGGCAAGGAGATTGGTCTGATGCATTCT 1740
Query 1741 TTAGCAGAAGAGGTTTATTCTGGAGTTATCGAGCCTCGAGCTGTGCTTTTGAAGACCCTT 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CTAGCAGAAGAGGTTTATTCTGGAGTTATCGAGCCTCGAGCTGTGCTTTTGAAGACCCTT 1800
Query 1801 GTCTTGGTTTGTAGTAAGTGTGATCTTTTGCCAGAGGCTGAACGTGCGTTCTCTGAGCTG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1801 GTCTTGGTTTGTAGTAAGTGTGATCTTTTGCCAGAGGCTGAACGTGCATTCTCTGAGCTC 1860
Query 1861 AAAGAAAGAGGGTTTTCACCAGACATTACCACATTAAATTCCATGGTCTCCATATATGGA 1920
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AAAGAAAGAGGGTTTTCACCAGACATAACCACATTAAATTCCATGGTCTCCATATATGGA 1920
Query 1921 AGAAGGCAGATGGTGGGAAAGGCGAACGAAGTCTTGGACTACATGAAAGAAAGGGGTTTC 1980
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AGAAGGCAGATGGTGGCAAAGGCGAACGGAGTCTTGGACTACATGAAAGAAAGGGGTTTC 1980
Query 1981 ACACCAAGCATGGCGACCTACAATAGCCTCATGTATATGCATAGTCGGTCTGCGGATTTC 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1981 ACACCAAGCATGGCGACCTACAATAGCCTCATGTATATGCATAGTCGGTCTGCAGATTTC 2040
Query 2041 GGGAAATCAGAGGAGATCTTGAGGGAAATACTGGCTAAGGGGATCAAGCCAGATATCATA 2100
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2041 GGAAAATCAGAGGAAATCTTGAGGGAAATACTGGCTAAGGGGATCAAGCCAGACATCATA 2100
Query 2101 TCATACAACACAGTCATTTACGCCTATTGTAGAAATACTCGGATGAGGGAGGCATCTAGA 2160
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2101 TCGTACAACACAGTCATTTACGCCTATTGTAGAAATACTCGGATGAGAGATGCATCTAGA 2160
Query 2161 ATATTCTCAGAGATGAGGGATTCAGGGATTGTCCCTGATGTTATCACCTACAATACGTTT 2220
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 ATATTTTCAGAGATGAGGAATTCAGGGATTGTCCCTGATGTTATCACCTACAATACGTTT 2220
Query 2221 ATTGGTTCTTATGCGGCTGACTCAATGTTTGAGGAGGCCATCGGCGTCGTTAGGTACATG 2280
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 ATTGGTTCTTATGCAGCTGACTCAATGTTTGAGGAGGCCATCGGCGTCGTTAGGTACATG 2280
Query 2281 ATCAAGCATGGCTGTAGACCAAACCAGAACACCTACAACTCCATTGTAGATGGATACTGC 2340
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2281 ATCAAGCATGGTTGTAGACCAAACCAGAACACCTACAACTCCATTGTCGATGGATACTGC 2340
Query 2341 AAGCTAAACAGGAAAGACGAGGCAAAACTGTTTGTCGAAGATCTGAGGAATCTTGATCCA 2400
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 AAGCTAAACAGGAAAGATGAGGCAAAACTTTTTGTCGAAGATCTGAGGAATCTTGATCCC 2400
Query 2401 CATGCTCCCAAAGGCGAGGATCTCAGGTTGCTGGAACGGATAGTGAAGAAGTGGCCATAG 2460
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 CATGCTCCCAAAGGCGAGGATCTTAGGTTGCTGGAACGGATAGTGAAGAAGTGGCCATAG 2460
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122056172319
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5