BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487067
Length=4929
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G02880.1 | Symbols: UPL4 | ubiquitin-protein ligase 4 | chr5... 7330 0.0
AT3G26612.1 | Symbols: | other RNA | chr3:9781983-9783412 FORW... 259 2e-67
> AT5G02880.1 | Symbols: UPL4 | ubiquitin-protein ligase 4 | chr5:662064-669107
FORWARD LENGTH=4923
Length=4923
Score = 7330 bits (3969), Expect = 0.0
Identities = 4647/4962 (94%), Gaps = 95/4962 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 AAATTTTCCAAAGATAAAACCCT----AGATTCTCATCTTCTTTTCTTCAATCTCTCTGA 57
|||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 9 AAATTTTCCAGAGATAAAACCCTAGAGAGATTCTCATCTTCTTTTCTTCAATCTCTCTGA 68
Query 58 GAATTTTTAGGTTTTCGTTACCAATCTAACGATTGGGTCAATCTGGTGAAACTTTAAGGT 117
|||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 69 GAATTTCTAGGTTTTCGTT----A-C---CGATTGGGTCAATCTGGTGAAAC-TCAAGGT 119
Query 118 TGAGATCAGATAATTTAATTGGAAGA-CTTAAGTTATGGAGAACAGAGGCCAGAAACGAA 176
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TGAGATCAGATAATTTAATTGGAAGATTTTAGGTTATGGAGAACAGAGGCCAGAAACGAA 179
Query 177 TGGAGGTTGTGGAAGAGTTACCTGCTGATAAGAGAGCTTGTAACTCGCAGGATTTTAGGC 236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 180 TGGAGGTTGTGGAAGAGTTACCTGCTGATAAGAGAGCTTGTAACTCTCAGGATTTTAGAC 239
Query 237 CAAGCACATCTGGATCATCTGTTCAAGCTCAAGCTAATGGGACGAGTTCAGGACAAGAAA 296
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||
Sbjct 240 CAAGCACATCCGGATCATCTGTTCAAGCTCAAGCTAATGATACGAATCCAGGACATGAAA 299
Query 297 ATGTTGACGCTGATATGGATACTTCTTCATCTGCTTCGCCTTCGAGTCGATC--A-G-AG 352
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 300 ACGTTGACGCTGATATGGATACTTCTTCATCTGCTTCGCCTTCGAGTCGATCAGATGAAG 359
Query 353 --G-A-A-G-A-A-CAGGAT-A--AGGATTCGGACTATGGATCTTGCGATTCTGATGAGG 401
| | | | | | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AAGAACAGGAAGAGCAGGATAAGGAGGATTCGGACTATGGATCTTGCGATTCTGATGAGG 419
Query 402 AAGATCCCAGACAGAGGGTGCTTCAGGATTACCAGAGGCAGAGATCATCTGGTGATCAAG 461
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 420 AAGATCCGAGGCAGAGGGTGCTTCAGGATTACCAGAGGCAGAGATCATCTGGTGATCATG 479
Query 462 GGAAATTGAAGTCTCTCTTGTCGAGTTTGACTGGAGAAACCGATCCTTCAGGGCAGTTAT 521
|||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 480 GGAAATTGAAGTCTCTTTTGTTGAATTTGACTGGAGAAACTGATCCTTCTGGACAGTTAT 539
Query 522 CCGGGCTTACTGAGTTATGTGAAGTGTTGTCATTTTGTACTGAAGAATCGCTGTCCAGCG 581
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 540 CCAGGCTCACTGAGTTATGTGAAGTGTTGTCATTTTCTACTGAAGAATCGCTGTCCAGTG 599
Query 582 TTATGGCCGACATGCTATCACCGGTGCTTGTAAAGTTATCTAAGCATGAGAACAATGCAG 641
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTATGGCCAACATGCTATCACCGGTGCTTGTAAAGTTAGCTAAGCATGAGAACAATGCAG 659
Query 642 ATATTATGCTCCTTGCAATTAGAGCAATTACTTACTTGTGTGATGTTTATCC-CCGGTCA 700
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 660 ATATTATGCTCCTCGCAATTAGAGCTATTACTTATTTGTGTGATGTTTATCCGCC-GTCA 718
Query 701 GTAGCATCCCTTGTAAGACATGATACTATTCCTGCTCTCTGCCAAAGACTTTTGACTATT 760
|||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GTAGAATTCCTTGTAAGACATGATACCATTCCTGCTCTCTGCCAAAGACTTTTGACTATT 778
Query 761 GAGTACTTGGACGTTGCTGAGCAATGTTTGCAAGCACTTGAAAAAATATCCCGAGATGAG 820
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 779 GAGTACTTGGACGTTGCTGAGCAGTGTTTGCAAGCACTTGAGAAAATATCCCGAGATGAG 838
Query 821 CCGGTAGCCTGCTTGAATGCTGGAGCAATTATGGCAGTGCTTTCGTTTATTGATTTCTTC 880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CCGGTAGCCTGCTTGAATGCTGGAGCAATTATGGCAGTGCTTTCGTTTATTGATTTCTTC 898
Query 881 TCAACAAGCATTCAGAGAGTCGCAATTTCTACTGTGGTCAATATATGTAGGAAGCTTCCT 940
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||
Sbjct 899 TCAACAAGCATACAGAGAGTCGCAATTTCTACTGTGGTCAATATATGTAAGCAGCTTTCT 958
Query 941 TCTGAGCCTGCCTCGCCTTTCATGGATGCTGTTCCAATTTTATGCAATCTTCTTCAGTAT 1000
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||
Sbjct 959 TCTGAGTCTCCCTCGCCTTTCATGGATGCTGTTCCAATATTATGCACTCTTCTTCAATAT 1018
Query 1001 GAAGATCGACAGCTGGTTGAGAATGTGGCTATTTGCCTGACAAAAATAGCAGATCAAGTT 1060
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GAAGATCGACAGCTGGTCGAGAATGTGGCTATTTGCTTGACAAAAATAGCAGATCAAGCC 1078
Query 1061 AGCGAGTCACCGGCAATGTTGGATCAACTGTGTAGGCATGGACTAATTAATCAATCAACA 1120
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1079 AGTGAGTCACCGGCAATGTTGGATCAACTGTGTAGGCATGGACTAATTAATGAATCAACA 1138
Query 1121 CATCTCTTAAACTTGAATAGCCGCACTACCCTATCTCAACCTGTCTACAATGGTGTGATT 1180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CATCTCTTAAACTTGAATAGCCGCACTACCCTATCTCAACCTGTCTACAATGGTGTGATT 1198
Query 1181 GGACTGCTAAGAAAACTTTCTTCTGGTTCGA-CTTTAGCTTTCAGAACGTTATATGAGCT 1239
||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGAATGCTAAGAAAACTATCTTCTGGTTC-AGCTTTAGCTTTCAGAACGTTATATGAGCT 1257
Query 1240 TAACATTGGCTATAGATTAAAAGAAATCATGTCCATGTATGACATTTCTCATTCAATGTC 1299
|||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1258 TAACATTGGCTACAGTTTAAAAGAAATCATGTCCACGTATGACATTTCTCATTCAGTGTC 1317
Query 1300 GTCTACACATCCTATCAATGCATGTTCTAATCAGGTGCATGAAGTCTTGAAGTTAGTAAT 1359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||
Sbjct 1318 TTCTACACATCCTATCAATGCATGTTCTAATCAGGTGCATGAAGTCCTGAAGTTGGTGAT 1377
Query 1360 TGAGCTTCTTCCAGCTTCACCCGTAGAGGATAATCAGCTGGCATTGGAAAAGGAAAGTTT 1419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1378 TGAGCTTCTTCCAGCTTCACCCGTAGAGGATAATCAGCTGGCATCGGAAAAGGAAAGTTT 1437
Query 1420 TCTTGTCAATCAGCCTGATCTTTTGAAACAATTTGGAACAGACATGCTTCCTGTTATGAT 1479
||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 1438 TCTCGTCAATCAGCCTGATCTTTTGCAACAATTTGGAAGAGACATGCTTCCTGTCATGAT 1497
Query 1480 TCAGGTGCTAAACTCTGGAGCTAACGTATATGTTTCTTATGGTTGCCTATCAGCAATTCA 1539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TCAGGTGCTAAACTCTGGAGCTAACGTATATGTTTCTTATGGTTGCCTATCAGCAATTCA 1557
Query 1540 CAAGCTGATTTGCTTGACTAAGTCAGGTGATCTTGTCGAATTACTGAAGAACGCCAACAT 1599
|||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1558 CAAGCTGACTTGCTTGAGTAAGTCCGGTGATATTGTCGAGTTACTGAAGAACACCAACAT 1617
Query 1600 GTCAAGTGTTTTGGCTGGTATTTTGTCAAGAAAGGATCATCATGTGGTTGTAGTAGCACT 1659
|||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1618 GTCAAGTGTTTTGGCTGGCATTCTGTCAAGGAAGGATCATCATGTAATTGTAGTAGCACT 1677
Query 1660 ACAGGTTGCGGAAGTGCTTCTTGAGAAATACAGAGATGCATTTTTGAATTCCTTTATAAA 1719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1678 ACAGGTTGCGGAAGTGCTTCTTGAGAAATACAGAGATACTTTTTTGAATTCTTTTATAAA 1737
Query 1720 GGAAGGTGtttttttCGCAATTGAAGCACTCTCAAATTCTGATAGAGGGCAACAAAATCC 1779
|||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| | || |
Sbjct 1738 GGAAGGTGTTTTTTTCGCGATTGAAGCACTCTTAAGTTCTGATAGAGGG---C--AA--C 1790
Query 1780 AGTATCTGGTATCATTCAGGGATCAGCTGACCTTTCACAAAAGCCTGTTACAAAAGAGAT 1839
| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 A--A------A--A-TCAGGGATCAGCTGACCTTTCACAAAAGCCTGTTACAAAAGAGAT 1839
Query 1840 TGTGAAATGCCTGTGCCAATCTTTTGAAAGATCGCTATCCTCTGCTTCACAAACTTGTAA 1899
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1840 TGTGAAATGCTTGTGCCAATCTTTTGAAAGATCGCTATCCTCTTCTTCACAAACTTGTAA 1899
Query 1900 GATTGAAAATGATTCTGTCTACATTCTTGCAACACGTATCAAGGAGAGTTTCTTTGGACC 1959
||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1900 GATTGAAAAGGATTCTGTCTACGTTCTTGCAACACGTATCAAGGAGGGTTTCTTTGGACC 1959
Query 1960 TGAGGTATTCAACTCTGAGAAAGGCTTGACAGATGTCCTCCAAAACCTCAAGAACTTGTC 2019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1960 TGAGGTATTCAACTCTGAGAAAGGCTTGACAGATGTCCTCCAAAACCTCAAGAACTTGTC 2019
Query 2020 AGTAGCACTGAGCGATTTGATGACTGTACCCATTGATGCACATGTCCTGCATGATGAGAA 2079
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2020 GGTAGCACTTAGCGAGTTGATGACTGTACCCATTGATGCGCATGTCCTGCATGATGAGAA 2079
Query 2080 ATTCTTCTCAATATGGAACCAAATCATGGAAAGGCTGAATGGAAGGGAATCTGTGTCTAC 2139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2080 ATTCTTCTCAATATGGAACCAAATCATGGAAAGGCTGAATGGAAGGGAATCTGTGTCCAC 2139
Query 2140 TTTTGAATTTACAGAGAGTGGAGTTGTAAAGTCACTGGCAAACTATCTTTCTAATGGACT 2199
||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2140 TTTTGAATTCATTGAGAGCGGAGTTGTAAAGTCACTGGCAAGTTATCTTTCTAATGGACT 2199
Query 2200 CTATCAAAGGAAACTTAGCAAAGGGGATCCCGAATGTGATAGTTTACCATTTGTTGGTAA 2259
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2200 CTATCAAAGGAAACTTAGCAAAGGGGGTCCTGAATGTGATAGTTTACCATTTATTGGTAA 2259
Query 2260 GAGATTTGAGGTGTTCACAAGATTACTTTGGTCTGATGGCGAGGCAACTTCATCATTGTT 2319
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2260 GAGATTTGAGGTGTTCACAAGATTGCTTTGGTCTGATGGAGAGGCAACTTCATCCTTGTT 2319
Query 2320 AATACAGAAGCTCCAAAATT-CCTTGTCTTCTTTGGAAAACTTCCCAATTGTCCTAAGCC 2378
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2320 AATACAGAAGCTCCAAAATTCCCTT-TCTTCTTTGGAAAACTTCCCAATTGTCCTAAGCC 2378
Query 2379 AATTTTTGAAGCAAAAGAACTCATTTGCGGCTATTCCAAATGGGCGTTGCACTAGTTATC 2438
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2379 AATTTTTGAAGCAGAAGAACTCATTTGCGGCTATTCCAAATGGGCGTTGCACTAGTTATC 2438
Query 2439 CATGCCTAAAAGTTCGTTTTCTGAAAGCAGAGGGGGAGACATCTTTGCGTGATTACTCCC 2498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2439 CATGCCTAAAAGTTCGTTTTCTGAAAGCAGAGGGGGAGACTTCTTTGCGTGATTACTCCC 2498
Query 2499 AAGACTTTGTCACTGTTGACCCACTTTGCTATTTGGATGCTGTCAATCAATACTTGTGGC 2558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2499 AAGACTTTGTCACTGTTGACCCACTTTGCTATTTGGATGCTGTCGATCAATACTTGTGGC 2558
Query 2559 CTAAAGTTAATATAGAACCTATGGATTCTGTGGAAGCAAAAGATCAAGCTATAGAATGCC 2618
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2559 CTAAAGTTAATATAGAACCTATAGATTCTGTGGAAGCAAAAGATCAAGCTATAGAATGTC 2618
Query 2619 AATCTTCTCAATTGCAGTCAACTTCGATATCTTGTCAAGGTGAAAGCTCGAGTCCTATGG 2678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 2619 AATCTTCTCAATTGCAGTCAACTTCGATATCTTGTCAAGCTGAAAGCTCAAGTCCTATGG 2678
Query 2679 AGATTGACAGTGAGTCTTCTGATGCGTCTCAGTTGCAGGGATCTCAAGTGGAAGATCGGA 2738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2679 AGATTGACAGTGAGTCTTCTGATGCGTCTCAGTTGCAGGGATCTCAAGTGGAAGATC--A 2736
Query 2739 CGCAGCTTCCAGGACTATGTAGTGGTTCAGGACAACAGAATGCTTCCTCCTCTGGAACCT 2798
| | | | | | | | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2737 -G-A-----C--G-C-A---ACT--TCCAGGACAACAGAATGCTTCCTCCTCTGAAACCT 2780
Query 2799 CTTCTGAAAAAGAGGATGCGCTACCTAGTCTTTTGTTTCGTCTTGAAGGGCTTGAACTAG 2858
| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2781 CCTCTGAAAAAGAGGATGCGGTACCTAGACTTTTGTTTCGTCTCGAAGGGCTTGAACTAG 2840
Query 2859 ACCGTTCTTTGACAGTATATCAGGCAATTCTCTTGCACAAACTAAAATCAGAAAGTGAAA 2918
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2841 ACCGTTCTTTGACAGTATATCAGGCGATTCTCTTGCACAAACTAAAATCAGAAAGTGAAG 2900
Query 2919 CTACCAACGGTTTGAAGCTGAGTGGACCCCACAACATCACATATGAAAGGGCTGCACAAC 2978
| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2901 CAACCAACGATTCGAAGCTGAGTGGACCCCACAACATCACTTATGAAAGGTCTGCACAAC 2960
Query 2979 TTGGGGATTTTCATAAAAATCTGTTTCCACCCGGATCTATGGAAGATGATGAGTATCGCC 3038
||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 TTGGGGATTCTCGTGAAAATCTGTTTCCACCTGGATCTATGGAAGATGATGAGTATCGCC 3020
Query 3039 CGTTCTTATCCTATTTGTTTGCTCATCA-ACTTGCTTTGCGCCTCAAGGGGTCAAGTCCT 3097
||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 3021 CGTTCTTGTCCTATTTGTTTACTCAT-AGACTTGCTTTGCGCCTGAAGGGGTCAAGTCAT 3079
Query 3098 CCTGCATATGACATATTGTTTCTGCTTAAGAGTCTGGAGAGCATGAACAGATTTCTCTTT 3157
||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3080 CCTCCGTATGACATATTGTTTCTTCTTAAGAGTCTGGAGGGCATGAACAGATTTCTCTTT 3139
Query 3158 CACCTGATTTCTCTTGAAAGGGTTAATGCTTTCGGTGAAGGTAGGCTGGAGAATTTGGAT 3217
|||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3140 CACCTGATTTCTCTTGAACGGATTAATGCTTTTGGTGAAGGTAGGCTAGAGAATTTGGAT 3199
Query 3218 GATCTGAGGGTACAAGTTCGTCCTGTGCCACATTCTGAATTTGTTAGCAGCAAGCTTACA 3277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3200 GATCTGAGGGTACAAGTTCGTCCTGTGCCACATTCTGAATTTGTTAGCAGTAAGCTTACA 3259
Query 3278 GAGAAGTTAGAGCAGCAGCTTCGTGATTCTTTTGCTGTGTCAACCTGCGGTCTGCCACCA 3337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3260 GAGAAGTTAGAGCAGCAGCTTCGTGATTCTTTTGCTGTGTCAACCTGCGGTCTGCCACCA 3319
Query 3338 TGGTTTAATGATCTAATGGATTCATGTCCGTTTTTGTTTAGTTTTGAAGTTAAATCTAAA 3397
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3320 TGGTTTAATGATCTAATGGATTCATGTCCGTGTTTATTTAGTTTTGAAGCCAAGTCTAAA 3379
Query 3398 TACTTCAGACTTGCAGCCTTTGGTTCACAGAAGGTCCATCATCATCCACAGCACCTTAGC 3457
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3380 TACTTCCGACTTGCAGCCTTTGGTTCACAGAAAATCCGTCATCATCCACAGCACCTTAGC 3439
Query 3458 AGTTCAAATGTTCAGGGCGAAGGGCGCCCAGTAACTGGTAGTTTACCTCGTAAAAAATTC 3517
|||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3440 AGTTCAAATGTTCATGGCGAAGCGCGCCCAGTGACTGGTAGTTTACCTCGTAAAAAGTTC 3499
Query 3518 TTAGTTTGCCGTGAAAAAATTCTAGAGTCTGCTGCCAAAATGATGGAGTTATATGGCAAC 3577
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3500 TTAGCTTGCCGTGAAAACATTCTAGAGTCTGCTGCCAAAATGATGGAGTTATATGGAAAC 3559
Query 3578 CAGAAGGTGGTCATTGAGGTTGAATACAGTGAAGAAGTCGGAACTGGTCTTGGGCCAACA 3637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3560 CAGAAGGTGGTCATTGAGGTTGAATACAGTGAAGAAGTCGGGACTGGTCTTGGGCCAACA 3619
Query 3638 CTGGAGATCTATACACTTGTCAGTAGAGCATTTCAAAATCCTGATCTTGGTATGTGGAGG 3697
|||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3620 CTGGAGTTCTATACGCTTGTCAGTAGGGCATTTCAAAATCCCGATCTTGGTATGTGGAGA 3679
Query 3698 AATGATTGTAGTTCCT-TTGTTGGGAAGCCAGGT-GAACACTCGGGAGTTTTGGCATCTT 3755
||||||||||||| | ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3680 AATGATTGTAGTTT-TATTGTTGGAAAGCCAG-TCGAACACTCGGGAGTTTTGGCATCTT 3737
Query 3756 CTTCAGGACTCTTTCCACGACCTTGGTCAGGTACATCAACTACTTCAGATGTGCTGCAGA 3815
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3738 CTTCAGGACTCTTTCCACGCCCTTGGTCAGGTACATCAACTACGTCAGATGTGCTGCAGA 3797
Query 3816 AATTTGTCCTTTTGGGGACAGTGGTAGCAAAGGCTTTACAAGATGGTCGAGTCTTAGACC 3875
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3798 AATTTGTCCTCTTGGGGACAGTGGTAGCAAAGGCTTTACAAGATGGACGAGTCTTAGACC 3857
Query 3876 TTCCTTTTTCCAAAGCCTTCTATAAACTAATTCTCGGACAGGAGCTGAGTTCATTTGACA 3935
|||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3858 TTCCACTTTCCAAAGCCTTCTACAAATTAATTCTCGGACAGGAGTTGAGTTCATTTGACA 3917
Query 3936 TCCACTTCGTTGACCCTGAACTTTGTAAAACAATGGTGGAATTGCAAGCTCTGGCACGTA 3995
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3918 TCCACTTCGTTGACCCTGAACTTTGTAAAACACTGGTGGAATTGCAAGCTCTGGTACGTA 3977
Query 3996 GGAAAAAGGTTTTCACTGAAGCACATGGTGATTCCCGACCAGCCAAGTGTGATTTAAGTT 4055
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 3978 GGAAAAAGCTTTTCGCTGAAGCACATGGTGATTCCGGAGCAGCCAAGTGTGATTTAAGTT 4037
Query 4056 TCCATGGAACAAAGATTGAGGACCTTTCTCTTGGATTTGCATTACCTGGCTACACAGACT 4115
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 4038 TCCATGGAACAAAGATTGAGGACCTTTGTCTTGAATTTGCATTGCCTGGCTACACGGATT 4097
Query 4116 ATGATCTTGCTCCCTATTCTG-ATAATGATATGGTAAATTTGGATAACCTCGAGGAATAT 4174
||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4098 ATGATCTCGCTCCCTATTCTGCA-AATGATATGGTAAATTTGGATAACCTCGAGGAATAT 4156
Query 4175 ATCAAGGCTATTATCAATGCCACAGTATGTAATGGTATCCAAAAACAAGTGGAAGCATTT 4234
||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4157 ATCAAGGGTATTGTCAATGCCACAGTATGTAATGGGATCCAAAAACAAGTGGAAGCATTT 4216
Query 4235 CAGTCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCTATTGAACATCTTCGGATATTCAATGAAGAGGAG 4294
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4217 CGGTCTGGATTTAATCAGGTTTTCTCTATTGAACATCTTCGGATATTCAACGAAGAGGAG 4276
Query 4295 CTGGAAACTATGTTGTGTGGAGAACGCGATCTCTTTAATATGAATGAAGTCTTGGATCAC 4354
|||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4277 CTGGAAACTATGCTGTGTGGAGAATGTGATCTCTTTAGTATGAATGAAGTCTTGGATCAC 4336
Query 4355 ATCAAGTTTGATCATGGATATACTTCTAGCAGCCCACCGGTTGAAAATTTGTTGGAGATT 4414
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||
Sbjct 4337 ATCAAGTTTGATCATGGATATACTTCTAGCAGCCCACCAGTTGAATATTTATTGCAGATT 4396
Query 4415 CTGCATGAGTTTGACAGGGAGCAACAACGAGCGTTTCTGCAATTTGTAACAGGATCTCCT 4474
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4397 CTGCATGAGTTTGATAGGGAGCAACAACGAGCCTTTTTGCAATTTGTAACAGGATCTCCC 4456
Query 4475 CGGCTACCTCATGGTGGTTTGGCGTCTCTCAATCCCAAACTAACAATTGTCCGCAAGCAT 4534
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4457 CGGTTACCTCATGGTGGTTTGGCGTCTCTCAGTCCCAAACTAACAATCGTCCGCAAGCAT 4516
Query 4535 GGTAGCGATTCTTCAGATACTGACCTCCCTAGTGTGATGACATGCGCCAATTATCTGAAG 4594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4517 GGTAGCGATTCTTCAGATACTGACCTCCCTAGTGTGATGACATGCGCCAATTATCTGAAG 4576
Query 4595 CTTCCTGCTTATTCATCCAAAGAGAAGATGAAGGAGAAGCTGATTTATGCCATAACTGAA 4654
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4577 CTTCCTCCTTATTCATCCAAAGAGAAGATGAAGGAGAAGCTGATTTATGCCATAACGGAA 4636
Query 4655 GGTCAAGGTTCCTTCCATCTCTCTTAAGTTTAGGTTCTTGTATAAAGTTAGCAGAAGCGG 4714
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4637 GGTCAAGGTTCCTTCCATCTCTCTTAAGTT-AGGTTCTTGTAAAAAGTTAGCAGAAGCGG 4695
Query 4715 TAGGAGGAAGAGAAGAGTGGATTGTTAGAAGAGAC-AAGAGGAAGCtcttccttcttctt 4773
||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||
Sbjct 4696 TAGT-GGAAGAGAAGAGTGGATTGTTAGAAGAGACGAA-AGGAAGCTCTTC-TTCTTCTT 4752
Query 4774 tttaacatggctttttaaa-gttttcttcttttt-aggattttGTACAAAAGAATAGTAA 4831
|||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4753 TTTAACATGG-TTTTAAAAAGTTTTCTTCTTTTTTAGGATTTTGTACAAAAGAATAGCAA 4811
Query 4832 TAAGTA-AACGTA---GGaaaa-aaa-GAAACTCTCTTTTGAAG-TGATGGAAAAAGTTG 4884
|||||| || ||| |||||| ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||
Sbjct 4812 TAAGTATAA-GTACTAGGAAAACAAAAGAAACTCTCTTTTTAAACTTATGGAAAAAGTTG 4870
Query 4885 TATATAAAGAAATTCCTAAACTGGTTTTAATATTATTGTATA 4926
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4871 TACATAAAGAAATTCCTAAACTGGTTTTAATATTATTGTATA 4912
> AT3G26612.1 | Symbols: | other RNA | chr3:9781983-9783412 FORWARD
LENGTH=919
Length=919
Score = 259 bits (140), Expect = 2e-67
Identities = 179/198 (90%), Gaps = 2/198 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 891 TTCAGAGAGTCGCAATTTCTACTGTGGTCAATATATGTAGGAAGCTTCCTTCTGAGCCTG 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||
Sbjct 536 TTCAGAGAGTCGCAATTTCTACTGTGGTCAATATATGTAAGCAGCTTTTTTCTGAGTCT- 594
Query 951 C-CTCGCCTTTCATGGATGCTGTTCCAATTTTATGCAATCTTCTTCAGTATGAAGATCGA 1009
| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||| |
Sbjct 595 CTCTCGCCTTTCATGGATGTTGTTCCAATATTATGCACTCTTCTTCAATATGAGGATAGT 654
Query 1010 CAGCTGGTTGAGAATGTGGCTATTTGCCTGACAAAAATAGCAGATCAAGTTAGCGAGTCA 1069
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| |
Sbjct 655 TAGCTGGTTGAGAATGTGGCTATTTGCTTGACAAAAATAGCAGACCAAGTTAGTGAGTGA 714
Query 1070 CCGGCAATGTTGGATCAA 1087
||||||||||||||||||
Sbjct 715 CCGGCAATGTTGGATCAA 732
Score = 235 bits (127), Expect = 3e-60
Identities = 142/149 (95%), Gaps = 1/149 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 744 AAAGACTTTTGACTATTGAGTACTTGGACG-TTGCTGAGCAATGTTTGCAAGCACTTGAA 802
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 325 AAAGACTTTTGATTATTGAGTACTTGGACGTTTGCTGAGCAGTGTTTGCAAACACTTGAG 384
Query 803 AAAATATCCCGAGATGAGCCGGTAGCCTGCTTGAATGCTGGAGCAATTATGGCAGTGCTT 862
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 AAAATATCCTGACATGAGCCGGTAGCCTGCTTGAATGCTGGAGCAATTATGGCAGTGCTT 444
Query 863 TCGTTTATTGATTTCTTCTCAACAAGCAT 891
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TCGTTTATTGATTTCTTCTCAACAAGCAT 473
Score = 178 bits (96), Expect = 5e-43
Identities = 115/124 (93%), Gaps = 2/124 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 114 AGGTTGAGATCAGATAATTTAATTGGAAGA-CTTAAGTTATGGAGAACAGAGGCCAGAAA 172
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 201 AGGTTGAGATCAGATAATTTAATTGGAAGATTTTAAGTTATGGATAACAGAGGTCAGAAA 260
Query 173 CGAATGGAGGTTGTGGAAGAGTTACCTGCTGATAAGAGAGCTTGTAACTCGCAGGATTTT 232
|| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 261 CG-ATGGAGGTTGTGGAAGAGTTACATGATGATAAGAGAGCTTGTAACTCTCAGGATTTC 319
Query 233 AGGC 236
||||
Sbjct 320 AGGC 323
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 245918354586
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5