BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487152
Length=2958
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G03730.2 | Symbols: CTR1, SIS1, AtCTR1 | Protein kinase supe... 4388 0.0
> AT5G03730.2 | Symbols: CTR1, SIS1, AtCTR1 | Protein kinase superfamily
protein | chr5:974498-979849 REVERSE LENGTH=2974
Length=2974
Score = 4388 bits (2376), Expect = 0.0
Identities = 2540/2619 (97%), Gaps = 11/2619 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACaaaaagaaaatgaaaaaCTAGAGAGAGAAACAAGTGGCTAGCTAGCTCGCCGAACTTC 60
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 48 ACAAAAAAAAAATGAAAAACTAGAGAGAGAAACAAGTGGCTAGCTAGCTCGCCAAACTTC 107
Query 61 TTCAACAATGGCGGTTTCCTAGGGTTTGATGCTTATAGTTATATGATCGGGAAACTCTCA 120
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 108 TTCAACAATGGCGGTTTCCTAGGGTTTGATG----T--TTATATGATCGGGAAACTCTCT 161
Query 121 CATCTAGATCGCGAAAACTCTCTCTTCCATGGAAATGCCCGGTAGAAGATCTAATTACAC 180
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 162 CATCTAGATCGCGATAACTCTCTTTTCCATGGAAATGCCCGGTAGAAGATCTAATTACAC 221
Query 181 TTTGCTTAGTCAATTCTCTGACGATCAGGTGTCGGTTTCCGTCACCGGAGCTCCTCCGCC 240
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 222 TTTGCTTAGTCAATTTTCTGACGATCAGGTGTCAGTTTCCGTCACCGGAGCTCCTCCGCC 281
Query 241 GCACTATGATTCCTTGTCAAGCGAAAACAGGAGCAACAATAACAGCGGGAACAACGGGAA 300
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 282 TCACTATGATTCCTTGTCGAGCGAAAACAGGAGCAACCATAACAGCGGGAACACCGGGAA 341
Query 301 AACTAAGGCGGAGAGAGGCGGATTTGATTGGGATCCTAGCGGTGGTGGTGGTGGTGATCA 360
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 AGCTAAGGCGGAGAGAGGCGGATTTGATTGGGATCCTAGCGGTGGTGGTGGTGGTGATCA 401
Query 361 TAGGTTGAGTAATCAACCGAATCGGGTTGGGAATAATATGTATGCTTCGTCTCTTGGCTT 420
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 402 TAGGTTGAATAATCAACCGAATCGGGTTGGGAATAATATGTATGCTTCGTCTCTAGGGTT 461
Query 421 GCAGAGGCAATCGAGTGGGAGTAGTTTCGGTGAGAGCTCTTTGTCTGGGGATTATTATAT 480
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 462 GCAAAGGCAATCCAGTGGGAGTAGTTTCGGTGAGAGCTCTTTGTCTGGGGATTATTACAT 521
Query 481 GCCTACGCTTTCTGCGGCGGCTAACGAGATCGAATCTGTTGGATTTCCTCAAGACGATGG 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 522 GCCTACGCTTTCTGCGGCGGCTAACGAGATCGAATCTGTTGGATTTCCTCAAGATGATGG 581
Query 541 GTTTAGGCTTGGATTTGGTGGTGGTGGAGGAGATTTGAGGATACAGATGGCGGGGGAATC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 582 GTTTAGGCTTGGATTTGGTGGTGGTGGAGGAGATTTGAGGATACAGATGGCGGCGGACTC 641
Query 601 GGCTGGAGGGTCTTCATCCGGGAAGAGCTGGGCGCAGCAGACGGAGGAGAGTTATCAGCT 660
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 CGCTGGAGGGTCTTCATCTGGGAAGAGCTGGGCGCAGCAGACGGAGGAGAGTTATCAGCT 701
Query 661 CCAGCTTGCATTGGCGTTACGGCTTTCGTCCGAGGCTACTTGTGCCGACGATCCGAACTT 720
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 GCAGCTTGCATTGGCGTTAAGGCTTTCGTCGGAGGCTACTTGTGCCGACGATCCGAACTT 761
Query 721 TCTGGATCCTGTACCGGACGAGTCTGCTTTGCGGACTTCGCCAAGTTCAGCCGAAACCGT 780
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 TCTGGATCCTGTACCGGACGAGTCTGCTTTACGGACTTCGCCAAGTTCAGCCGAAACCGT 821
Query 781 TTCACATCGTTTCTGGGTTAATGGCTGCTTATCGTATTATGATAAAGTTCCTGATGGGTT 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 TTCACATCGTTTCTGGGTTAATGGCTGCTTATCGTACTATGATAAAGTTCCTGATGGGTT 881
Query 841 TTATATGATGAATGGTCTGGATCCATATATTTGGACCTTATGCATCGATCTGCATGAAAG 900
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 882 TTATATGATGAATGGTCTGGATCCCTATATTTGGACCTTATGCATCGACCTGCATGAAAG 941
Query 901 TGGCCGCATCCCTTCAATTGAATCATTAAGAGCTGTTGATTCTGGTGTTGATTCTTCGCT 960
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 TGGTCGCATCCCTTCAATTGAATCATTAAGAGCTGTTGATTCTGGTGTTGATTCTTCGCT 1001
Query 961 TGAAGCGATCATAGTTGATAGGCGTAGTGATCCAGCCTTCAAGGAACTTCACAATAGAGT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 TGAAGCGATCATAGTTGATAGGCGTAGTGATCCAGCCTTCAAGGAACTTCACAATAGAGT 1061
Query 1021 CCACGACATATCTTGTAGCTGCATTACCACAAAAGAGGTTGTTGATCAGCTGGCAAAGCT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 CCACGACATATCTTGTAGCTGCATTACCACAAAAGAGGTTGTTGATCAGCTGGCAAAGCT 1121
Query 1081 TATCTGCAATCGTATGGGGGGTCCAGTTATCATGGGGGAAGATGAGTTGGTTCCCATGTG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 TATCTGCAATCGTATGGGGGGTCCAGTTATCATGGGGGAAGATGAGTTGGTTCCCATGTG 1181
Query 1141 GAAGGAGTGTATTGATGGTCTAAAAGAAATCTTCAAAGTGGTGGTTCCCATAGGTAGCCT 1200
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 GAAGGAGTGCATTGATGGTCTAAAAGAAATCTTTAAAGTGGTGGTTCCCATAGGTAGCCT 1241
Query 1201 CTCTGTTGGACTCTGCAGACATCGAGCTTTACTCTTCAAAGTACTGGCTGACATAATTGA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 CTCTGTTGGACTCTGCAGACATCGAGCTTTACTCTTCAAAGTACTGGCTGACATAATTGA 1301
Query 1261 TTTACCGTGTCGAATTGC-AAAGGGATGCAAATATTGTAATAGAGACGATGCCGCATCGT 1319
|||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1302 TTTACCCTGTCGAATTGCCAAAGG-ATGTAAATATTGTAATAGAGACGATGCCGCTTCGT 1360
Query 1320 GCCTTGTCAGGTTTGGGCTTGATAGGGAGTACCTGGTTGATTTAGTAGGGAAGCCAGGTC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1361 GCCTTGTCAGGTTTGGGCTTGATAGGGAGTACCTGGTTGATTTAGTAGGAAAGCCAGGTC 1420
Query 1380 ACTTATGGGAGCCTGATTCCTTGCTAAATGGTCCTTCATCTATCTCAATTTCTTCACCTT 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1421 ACTTATGGGAGCCTGATTCCTTGCTAAATGGTCCTTCATCTATCTCAATTTCTTCTCCTC 1480
Query 1440 TGCGGTTTCCACGACCCAAGCCAGTTGAACCCGCAGTCGATTTTAGGTTACTAGCCAAAC 1499
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 TGCGGTTTCCACGACCAAAGCCAGTTGAACCCGCAGTCGATTTTAGGTTACTAGCCAAAC 1540
Query 1500 AATATTTCTCCGACAGCCAGTCTCTTAATCTTGTTTTCGATCCTGCATCAGATGATATGG 1559
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 AATATTTCTCCGATAGCCAGTCTCTTAATCTTGTTTTCGATCCTGCATCAGATGATATGG 1600
Query 1560 GATTCTCAATGTTTCATAGGCAATATGATAATCCGGGTGGAAAGAATGACGCATTGGCAG 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1601 GATTCTCAATGTTTCATAGGCAATATGATAATCCGGGTGGAGAGAATGACGCATTGGCAG 1660
Query 1620 AAAATGGTGG-G--TCTTTGCCACCCAGTGCTAATATGCCTCCACAGAACATGATGCGTG 1676
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 AAAATGGTGGTGGGTCTTTGCCACCCAGTGCTAATATGCCTCCACAGAACATGATGCGTG 1720
Query 1677 CGTCAAATCAAGTAGAAGCAGTACCTATGAATGCCCCACCAATCACTCAGCCAGTTCCGA 1736
||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1721 CGTCAAATCAAATTGAAGCAGCACCTATGAATGCCCCACCAATCAGTCAGCCAGTTCCAA 1780
Query 1737 ACAGGGCAAATAGGGAGCTTGGACTTGATGGTGATGATATGGACATCCCGTGGTGTCATC 1796
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1781 ACAGGGCAAATAGGGAACTTGGACTTGATGGTGATGATATGGACATCCCGTGGTGTGATC 1840
Query 1797 TTAATATAAAAGAGAAGATTGGAGCAGGCTCCTTTGGCACTGTCCACCGTGCTGAGTGGC 1856
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 TTAATATAAAAGAAAAGATTGGAGCAGGTTCCTTTGGCACTGTCCACCGTGCTGAGTGGC 1900
Query 1857 ATGGCTCGGATGTTGCTGTGAAAATTCTCATGGAGCAAGACTTCCATGCTGAGCGCGTAA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1901 ATGGCTCGGATGTTGCTGTGAAAATTCTCATGGAGCAAGACTTCCATGCTGAGCGTGTTA 1960
Query 1917 ATGAGTTCTTAAGAGAGGTTGCAATAATGAAACGCATTCGCCATCCTAACATTGTTCTCT 1976
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1961 ATGAGTTCTTAAGAGAGGTTGCGATAATGAAACGCCTTCGCCACCCTAACATTGTTCTCT 2020
Query 1977 TCATGGGTGCGGTCACTCAACCTCCAAATTTGTCAATAGTGACAGAATATTTGTCAAGAG 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2021 TCATGGGTGCGGTCACTCAACCTCCAAATTTGTCAATAGTGACAGAATATTTGTCAAGAG 2080
Query 2037 GTAGTTTATACAGACTTTTGCATAAAAGTGGAGCAAGGGAGCAATTAGATGAGAGACGTC 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2081 GTAGTTTATACAGACTTTTGCATAAAAGTGGAGCAAGGGAGCAATTAGATGAGAGACGTC 2140
Query 2097 GTCTGAGTATGGCTTATGATGTGGCTAAGGGAATGAATTATCTTCACAATCGCAATCCTC 2156
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2141 GCCTGAGTATGGCTTATGATGTGGCTAAGGGAATGAATTATCTTCACAATCGCAATCCTC 2200
Query 2157 CAATTGTGCATAGAGATCTAAAATCTCCAAACTTGTTGGTTGACAAAAAATATACAGTCA 2216
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201 CAATTGTGCATAGAGATCTAAAATCTCCAAACTTATTGGTTGACAAAAAATATACAGTCA 2260
Query 2217 AGGTTTGTGATTTTGGTCTCTCGCGATTGAAGGCCAGCACGTTTCTTTCATCGAAGTCAG 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2261 AGGTTTGTGATTTTGGTCTCTCGCGATTGAAGGCCAGCACGTTTCTTTCCTCGAAGTCAG 2320
Query 2277 CAGCTGGAACCCCCGAGTGGATGGCACCAGAAGTCCTGCGAGATGAGCCATCTAATGAAA 2336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2321 CAGCTGGAACCCCCGAGTGGATGGCACCAGAAGTCCTGCGAGATGAGCCGTCTAATGAAA 2380
Query 2337 AGTCAGATGTGTACAGCTTCGGGGTCATCTTGTGGGAGCTTGCTACATTGCAACAACCAT 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2381 AGTCAGATGTGTACAGCTTCGGGGTCATCTTGTGGGAGCTTGCTACATTGCAACAACCAT 2440
Query 2397 GGGGTAACTTAAATCCGGCTCAGGTTGTAGCTGCGGTTGGTTTCAAGTGTAAACGGCTTG 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2441 GGGGTAACTTAAATCCGGCTCAGGTTGTAGCTGCGGTTGGTTTCAAGTGTAAACGGCTGG 2500
Query 2457 AGATCCCGCGGAATCTGAATCCTCAGGTTGCAGCCATAATCGAGAGTTGTTGGACCAATG 2516
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2501 AGATCCCGCGTAATCTGAATCCTCAGGTTGCAGCCATAATCGAGGGTTGTTGGACCAATG 2560
Query 2517 AGCCATGGAAGCGTCCATCATTTGCAACTATAATGGACTTGTTAATACCATTGATCAAAT 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 2561 AGCCATGGAAGCGTCCATCATTTGCAACTATAATGGACTTGCTAAGACCATTGATCAAAT 2620
Query 2577 CGGCAGTTCCTCCACCCAACCGCTCGGATTTGTAAAATA 2615
| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2621 CAGCGGTTCCTCCGCCCAACCGCTCGGATTTGTAAAATA 2659
Score = 145 bits (78), Expect = 3e-33
Identities = 91/97 (94%), Gaps = 2/97 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2820 AGGAAGGaaaaaaaaaTGTAGTAATGGAAACAGTGTG-GG-AGATAATCTATCTATCTAG 2877
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 2762 AGGGAGGAAAAAAAAATGTAGTAATGGAAACAATGTGAGGGATATAATCTATCTATCTAG 2821
Query 2878 TCCCAAAGGGTAAGCAATATTTTGTTGTTATATCTTT 2914
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2822 TCCCAAAGGGTAAGCAATATTTTGTTGTTATGTCTTT 2858
Score = 111 bits (60), Expect = 3e-23
Identities = 60/60 (100%), Gaps = 0/60 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2613 ATATGCACATATACTCTCAGCATTCTTTTGCTGCCCAGGAGGGAGACACTAGTTAAGATA 2672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 ATATGCACATATACTCTCAGCATTCTTTTGCTGCCCAGGAGGGAGACACTAGTTAAGATA 2752
Score = 69.4 bits (37), Expect = 2e-10
Identities = 43/46 (93%), Gaps = 0/46 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2913 TTACCTTGTTGTACATTTATACCGCTAAATTAGTTACTAAGCAAAG 2958
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2887 TTACATTGCTGTACATTTATACCGCTAAATTAGTTACTAAGCGAAG 2932
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147039309933
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5