BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487216
Length=3136
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G04360.1 | Symbols: ATPU1, ATLDA, PU1, LDA | limit dextrinas... 4907 0.0
> AT5G04360.1 | Symbols: ATPU1, ATLDA, PU1, LDA | limit dextrinase
| chr5:1221566-1228678 FORWARD LENGTH=3037
Length=3037
Score = 4907 bits (2657), Expect = 0.0
Identities = 2837/2925 (97%), Gaps = 8/2925 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 40 ATGGCACTGACACTGACACCAACAGGCTCCGTTCATCTTCTCAATTCCACCTCCGTCTCG 99
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||| ||
Sbjct 1 ATGGCACTGACACTGACACCAACAAGTTCCGTTCATCTTCTCAGTTCCATATCCGTCGCG 60
Query 100 CGTCCTCAGATCTTCGCCGCTGATTTTAATCTTCGATCGCGGTGGCGA---CGTCGGCCT 156
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 CGTCCTCGGATCTTCGCCGCTGATTTTAATCTTCGATCGCGGTGGCGACGTCGTCGGCCT 120
Query 157 GTTTCGTCAATCTCTAACTTCCGTCTCAGAATTCCGTCGAGAACTTCTCTTCACTGTCTC 216
||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 121 GTTACGTCAATTTCTAACTTCCGTCTCAGACTTCCTTCGAAAACTTCGCTTCACTGTCTC 180
Query 217 TGTTCCTCGTCTTCCGCTTCATCTCCTATGTCGCTCGAAGTCTCCAGTCCCAATTCTCAG 276
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGTTCTTCGTCTTCCGCTTCATCTCCTATGTCGCTCGAAGTCTCCAGTCCCAATTCTCAG 240
Query 277 TTTCTTGATTGTTTGCTCTATGCAAGAGCGTATTGGGTTACCCAAGGCGTAATTGCTTGG 336
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 241 TTTCTTGATTGTTTGATCTATTCAAGAGCGTATTGGGTTACCCAAGGCGTGATTGCATGG 300
Query 337 AATGTGGATGTTGGTGAAGGGTCTTGTTACTTGTATGCGAGCAAAAGTGCTGGTTTATCA 396
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AATGTGGATGTTGGTGAAGGGTCTTGTTACTTTTACGCGAGCAAAAGTGCTGGTTTATCA 360
Query 397 TTCAGCCAAGATGGAATCGATGGTTATGATTTAAGAATCAAGCTTGAAGCTGAATCCGGT 456
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTCAGCGAAGATGGAATCGATGGTTATGATTTAAGAATCAAGCTTGAAGCTGAATCCGGT 420
Query 457 TCACTTCCTGAAAATGTGATTGAGAAGTTTCCACATATTAGGAATTACAAATCGTTCAAA 516
|||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCACTTCCTGCAGATGTAATTGAGAAGTTTCCACATATTAGGAATTACAAATCGTTCAAA 480
Query 517 GTTCCTAAAGATTTGGATATCAGGGATCTTGTCAAAAGCCAGTTAGCTGTTGTTTGCTTT 576
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 GTTCCTAAGGATTTGGATATCAGGGATCTTGTCAAAAGCCAGTTAGCTGTTGTTTGTTTT 540
Query 577 GATGCGGACA-AACGGCTGATTCAGGGAACTGGTTTGCAGTTGCCTGGCGTCCTGGATGA 635
|||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATGCGGA-AGGACGGCTGATTCAAGGAACTGGGTTGCAGTTGCCTGGCGTCCTGGATGA 599
Query 636 ATTGTTCTCATATGATGGTCCCCTGGGTGCACATTTTACACCAGAAGGTGTCTCTCTTCA 695
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATTGTTCTCATATGATGGTCCCCTAGGTGCACATTTTACACCAGAAGGTGTCTCTCTTCA 659
Query 696 CCTCTGGGCTCCCACTGCTCAAGCAGTATCTGTTTGCATCTATAAAAACCCACTTGACAA 755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CCTCTGGGCTCCCACTGCTCAAGCAGTATCTGTTTGCATCTATAAAAACCCACTTGACAA 719
Query 756 GAGTCCGATGGAAATCTGCCCACTCAAAGAGGCTAACGATGTGTGGAGCACTGAAGGAGC 815
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAGTCCGATGGAAATTTGCCCACTCAAAGAGGCTAACGGTGTGTGGAGCACTGAAGGAGC 779
Query 816 TTGTAGTTGGGAAGGATGCTATTACGTGTATAAAGTATCAGTCTACCATCCAAGCACCAT 875
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 780 TTGTAGTTGGGGAGGATGCTATTACGTGTATAAAGTATCAGTCTATCATCCAAGCACCAT 839
Query 876 GAAATTGGAAACTTGCTATGCTAATGATCCTTATGCACGGGGGCTTTCAGCAGATGGGAG 935
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GAAATTGGAAACTTGCTATGCTAATGATCCTTATGCACGGGGGCTTTCAGCAGATGGGAG 899
Query 936 CAAAAC-TTTCTTGGTTAATCTTGATTCTGATGATCTAAAACCTGAAGGTTGGGACAACT 994
||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 900 GAAAACTTTTC-TGGTTAATCTTGATTCTGATGATCTAAAACCTGAAGGATGGGACAACT 958
Query 995 TAGCAGAAAAGAAACCATGCCTAAGATCCTTCTCAGATATAAGTATTTATGAGCTGCATG 1054
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TAGCAGATAAGAAACCATGCCTAAGATCCTTCTCAGATATAAGTATTTATGAGCTGCATG 1018
Query 1055 TGAGGGATTTCAGTGCCAATGATGAGACTGTTGAGCCTGAAAATCGTGGTGGATATCTGG 1114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TGAGGGATTTCAGTGCCAATGATGAGACTGTTGAGCCTGAAAATCGTGGTGGATATCTGG 1078
Query 1115 CTTTCACTTCAAAGGATTCTGCAGGTGTGAAACATCTTCAGAAATTAGTTGATGCAGGTC 1174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CTTTCACTTCAAAGGATTCTGCAGGTGTGAAACATCTTCAGAAATTAGTTGATGCAGGTC 1138
Query 1175 TTACCCATCTACATCTTCTTCCAACATTTCAGTTTGGTGATGTTGATGATGAGAAGGAGA 1234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TTACCCATCTACATCTTCTTCCAACATTTCAGTTTGGTGATGTTGATGATGAGAAGGAGA 1198
Query 1235 ACTGGAAGTCCGTAGATACCAGTCTGCTGGAAGGATTACCACCTGATTCAACTGAGGCAC 1294
| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 ATTGGAAGTCTGTAGACACCAGTCTGCTGGAAGGATTACGACCTGATTCAACTGAGGCAC 1258
Query 1295 AAGCTCGTGTTACAGAAATCCAGAATGATGATGGCTATAACTGGGGGTATAATCCTGTGC 1354
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAGCTCGTATTACAGAAATCCAGAATGATGATGGCTATAACTGGGGGTATAATCCTGTGC 1318
Query 1355 TCTGGGGAGTCCCAAAAGGAAGCTATGCTAGTGATCCGACTGGTCCATGCCGCATAATTG 1414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TCTGGGGAGTCCCAAAAGGAAGCTATGCTAGTGATCCGACTGGTCCATGCCGCATAATTG 1378
Query 1415 AGTTTAGAAAAATGGTTCAGGCTCTTAATTGTACTGGTCTTAATGTCGTCTTAGACGTTG 1474
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1379 AATTTAGAAAAATGGTTCAGGCTCTTAATTGTACTGGTCTTAATGTCGTCTTAGATGTTG 1438
Query 1475 TTTACAACCACTTGCATGCAAGTGGGCCACATGACAATGACTCTGTTCTTGATAAGATAG 1534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TTTACAACCACTTGCATGCAAGTGGGCCACATGACAAAGAATCTGTTCTTGATAAGATAG 1498
Query 1535 TTCCAGGTTACTATTTGAGAAGGAACAGTGATGGTTTTGTTGAAAATAGTACATGTGTAA 1594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1499 TTCCAGGTTACTATTTGAGAAGGAACAGTGATGGTTTTATTGAAAACAGTACATGCGTAA 1558
Query 1595 ACAACACCGCCAGCGAGCATTATATGGTTGATCGTCTGATACGGGATGATCTATTAAATT 1654
||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 ACAACACTGCTAGCGAGCACTATATGGTTGATCGTCTCATACGGGATGATCTATTAAATT 1618
Query 1655 GGGTTGTTAACTATAAGGTTGATGGTTTCCGTTTTGATCTTATGGGTCATATAATGAAAG 1714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GGGTTGTTAACTATAAGGTTGATGGTTTCCGTTTTGATCTTATGGGTCATATAATGAAAG 1678
Query 1715 CTACAATGGTAAACGCAAAATCTGCAATTGGTAGCTTGAGAAAGGAAACAGATGGAGTTG 1774
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CTACAATTGTAAACGCAAAATCTGCAATTGGTAGCTTGAGAAAGGAAACAGATGGAGTTG 1738
Query 1775 ATGGTTCAAGAATTTATTTATATGGCGAAGGATGGAACTTTGGTGAAGTTGCTGAAAATG 1834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ATGGTTCAAGAATTTATTTATATGGCGAAGGATGGAACTTTGGTGAAGTTGCTGAAAATG 1798
Query 1835 GACGTGGAATAAATGCGTCACAGTTCAACTTAGGCGGGACAGGAATTGGAAGTTTTAACG 1894
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GACGTGGAATAAATGCGTCACAGTTCAATTTAGGCGGGACAGGAATTGGAAGTTTTAACG 1858
Query 1895 ACCGGATACGAGATGCAACTCTTGGTGGATCTCCATTTGGTCATCCTCTTCAACAAGGAT 1954
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ACCGTATACGAGATGCAACTCTTGGTGGATCTCCATTTGGTCATCCTCTTCAACAAGGAT 1918
Query 1955 TCATTACAGGTTTACTGTTACAGCCTAACGGTCATGACCATGGTTCAGAAGCTACCCAGG 2014
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1919 TCATTACAGGTTTATTGTTACAGCCTAACGCTCATGACCATGGTTCAGAAGCTACACAGG 1978
Query 2015 AACTGATGCTTTCTACTGCGAAAAATCACATCCAGACTGGTATGGCAGCAAATTTGAAGG 2074
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AACTGATGCTTTCCACTGCGAAAAATCACATCCAGACTGGTATGGCAGCAAATTTGAAGG 2038
Query 2075 ATTATATGCTGACCAACCACGAAGGAAAGGAGGTGAAGGGATCAGAGGTTTTAATGCATG 2134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 ATTATATGCTGACCAACCACGAAGGAAAGGAGGTGAAGGGATCAGAGGTTTTAATGCATG 2098
Query 2135 ATGCTAAACCTGTTGCATATGCTTCACTGCCAACAGAAACTATTAATTACGTCTCTGCTC 2194
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2099 ATGCTACACCTGTTGCATATGCTTCACTGCCAACAGAAACTATTAATTACGTATCTGCTC 2158
Query 2195 ATGACAATGAAACCCTCTTTGACATTATCAGTTTGAAGACACCGATGGAATTATCTGTTG 2254
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2159 ATGACAATGAAACTCTCTTTGACATTATCAGTTTGAAGACACCGATGGAAATATCTGTTG 2218
Query 2255 ATGAAAGGTGTCGAATCAATCATTTGGCGTCAAGTATGATTGCCCTCTCTCAGGGTATTC 2314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 ATGAAAGGTGTCGAATCAATCATTTGGCGTCAAGTATGATTGCCCTCTCTCAGGGTATTC 2278
Query 2315 CATTCTTCCATGCTGGGGATGAGATTCTACGCTCGAAATCACTTGATCGTGATTCTTACA 2374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2279 CATTCTTCCATGCTGGGGATGAGATTCTACGCTCGAAATCACTTGATCGAGATTCTTACA 2338
Query 2375 ATTCCGGTGACTGGTTCAATAGGCTAGACTTCAGCTACAGTTCCAACAATTGGGGTGTTG 2434
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 ACTCCGGTGACTGGTTCAATAGGCTGGACTTCAGCTACAGTTCCAACAATTGGGGTGTTG 2398
Query 2435 GGCTTCCTCCAAAAGGGAAAAACGAACACAATTGGCCACTGATTAAGCCGAGGCTACAAG 2494
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2399 GGCTTCCTCCAAAAGGGAAAAACGAACACAACTGGCCACTGATCAAACCGAGGCTACAAG 2458
Query 2495 ATCCATCCTTCAAGCCTAAGAGCAGTCACATAGTTGCCACCCTCCACAATTTCTTAGATT 2554
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 ATCCATCTTTCAAGCCTAAGAGCAGTCACATAGTTGCCACCCTCCACAATTTCTTAGATT 2518
Query 2555 TGTTACGCATCAGATACTCTTCACCTCTCTTTCGCTTAGATACAGCAAGGGCTATACAGG 2614
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TGTTACGCATCAGATACTCTTCACCTCTCTTTCGTTTAGATACAGCAAGGGCTATACAGG 2578
Query 2615 AGCGAGTGCGATTTCATAACACAGGCCCCTCATCAATCCCTGGTGCCATTGTCATGAGCA 2674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 AGCGAGTGCGATTTCATAACACAGGCCCCTCATCAATCCCTGGTGCCATTGTCATGAGCA 2638
Query 2675 TTGAAGATGGTCACAAAGGTATCCCCAGTGTATCTCAGATCGATCCAATCTACTCACTCA 2734
||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TTGAAGATGGTCACAGAGGCATCCCAAGTGTATCTCAGATCGATCCAATCTACTCACTCA 2698
Query 2735 TTGTGGTAATCTTCAATGCACGCCCGTCTGAGTTCTCATATCTCAGTCCCGCTCTAAAAG 2794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2699 TTGTGGTAATCTTCAATGCACGCCCGTCTGAGTTCTCATATCCCAGTCCCGCTCTAAAAG 2758
Query 2795 ACAGGAAGCTCGAATTACACCCGGTTCAGGTCATGTCAGGCGATGAAATAGTCAAGAAAT 2854
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 ACAGGAAGCTCGAATTACACCCGGTTCAGGTGATGTCAGCCGATGAAATAGTCAAGAAAT 2818
Query 2855 CAGTTTACGACTCGTTTTCTGGCGGCTTCACTGTACCAGCAAGAACAACGACGGTGTTTG 2914
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 CAGTTTACGACTCGTTTTCTGGGGGCTTCACTGTACCGGCAAGAACAACGACGGTGTTTG 2878
Query 2915 TTGAATCGCGGAATGGTTGAAATTTATCCTTTATAGCAA-AACAG 2958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2879 TTGAATCGCGGAATGGTTGAAATTTATCCTTTATAGCAATAACAG 2923
Score = 67.6 bits (36), Expect = 7e-10
Identities = 43/46 (93%), Gaps = 1/46 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3092 ATAA-AGATTGTCAGATTGACTAAGCTCGAATGTGAAATTGTTTAC 3136
|||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 2917 ATAACAGATTGTCAGATTGACTAAGCTCGAATGAGGAATTGTTTAC 2962
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155969025787
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5