BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg487227 Length=2719 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G04460.1 | Symbols: | RING/U-box superfamily protein | chr5... 4250 0.0 > AT5G04460.1 | Symbols: | RING/U-box superfamily protein | chr5:1260009-1263862 FORWARD LENGTH=2759 Length=2759 Score = 4250 bits (2301), Expect = 0.0 Identities = 2612/2757 (95%), Gaps = 41/2757 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGACTAGTATTCAGCCTTTGCAACAAAAATCGGAGTCTAGAGATGATGTTCGTACTGAG 60 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1 ATGACTAGTATTCAGCCTTTGCTACAAAAATCGGAGTCTAGAGATGATGTTCGTGCTGAG 60 Query 61 TTTGAGCGAGGTTTGGAGGAATTCATGCGTGGGCACTTGGACGAGTGTATCTCATTTGGG 120 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TTTGAGAGAGGTTTGGAGGAATTCATGCGTGGGCACTTGGACGAGTGTATCTCATTTGGG 120 Query 121 TCTTGTAGTTCTGTTCACAACCCAGAGGATGAGGATGAGGAAGG-TGATCAGCTTGTGAG 179 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||| ||||||||||||||| Sbjct 121 TCTTGTAGTTCTGTTCACAACCCTGAGGATGAGGATAATG-AGGATGATCAGCTTGTGAG 179 Query 180 GAGGAGACGAAGGTCTGAACTCGAAGGGGATAATTTGGCTGAATCATCTGCTGCAAGAAG 239 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 GAGGAGACGAAGGTCTGAACTTGAAGGGGATAATTTGGCTGAATCATCTGCTGCAAGAAG 239 Query 240 GCGTCAATCTCAAATTTTGAGCCGGTGGGCTGCTAGGCAGGCTCAGGAGATGATTACTAC 299 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 ACGCCAATCTCAAATTTTGAGCCGTTGGGCTGCTAGGCAGGCTCAGGAGATGATTACTAC 299 Query 300 GATTGAGAGGAGGAACCGAGAGTCTGAGTTGATTGCGTTGGCTGGTTTGCAAACGGTCTC 359 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 GATTGAGAGGAGGAATCGAGAGTCTGAGTTGATTGCGTTGGCTGGTTTGCAAACGGTCTC 359 Query 360 CATGCTCGATTCTTCTTTCCTTA-GG-G----AGTCTCAGTCTCCATCTTCAAGGCGTCA 413 ||||| ||||||||||| |||| || | ||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 360 TATGCTTGATTCTTCTTTTCTTAGGGAGTCTCAGTCTCAGTCTCCGTCTTCAAGGCGTCA 419 Query 414 GGGTGCTGCTAGTGAGAGGCCTAACACTCAGGCATCTGGGATTTTGCAGATGTGGAGGGA 473 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 GGGTGCTGCTAGTGAGAGGCCTAACACTCAGGCATCTGGGATTTTGCAGATGTGGAGGGA 479 Query 474 ATTGGAAGATGAGCATGTGCTTAACAGGGCACGTGAAAGGGTGAGGGAAAGATTGAGGCA 533 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 ATTGGAAGATGAGCATGTGCTTAACAGGGCACGTGAAAGGGTGAGGGAAAGATTGAGGCA 539 Query 534 GCAAAGGAGTGCTGAGTCTAATACTAATTTGTCTAGCTCTATTGCTTCGGAGAGTCAGGT 593 |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 540 GCAAAGAAGTGTTGAGTCTAATACTAATTTATCTAGCTCTATTGCTTCGGAGAGTCAGCT 599 Query 594 GAGTGAAAACAATGGTAGTCTGAGAGACTCGAGTGAGAGTGAGAATGATTACGGGTCTTG 653 ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 600 GAGTGAAAATAATGGGAGTCTGAGAGACTCAAGTGAGAGTGAGAATGATTTCGGGTCTTG 659 Query 654 GTCACATGATCGGAATGAGCATGGGGATAATAATAATACTTCCAGTAGGGAGCAGTCTCC 713 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 660 GTCACATGATCGGAATGAGCATGGGGATAATAATAATACTTCCAGTAGGGAACAATCTCC 719 Query 714 TGATCTTGGCGATGGCGAGAGGGAGAGGGTGAGGCATATTGCCCGTGGATGGATGGATAG 773 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 720 TGATCTTGGTGATGGCGAGAGGGAGAGGGTGAGGCATATTGCTCGTGGATGGATGGATAG 779 Query 774 TAGGGGT-AATGATCATTCATCTAATGTTAGGCAGAGAGACGATAACCGTAGACCCGAGT 832 |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 780 TAGGA-TCAATGATCATTCATCTAATGTAAGGCAGAGAGACGATAACCGTAGACCGGAGT 838 Query 833 GGCTGGGTGATACTGAACGAGAAAGAGTCAGGATTATAAGAGAGTGGATGCAAATGACAA 892 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 GGCTGGGTGATACTGAACGAGAAAGAGTCAGGATTATAAGAGAGTGGATGCAAATGACAA 898 Query 893 GTCAGCAGAGAGGAGGAGCTCGTGCAACACCGAGAGAAGATCAGAGGTCTACTTCAGAAG 952 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 GTCAGCAGAGAGGAGGAGCTCGTGCAACACCGAGAGAAGATCAGAGGTCTACTTCAGAAG 958 Query 953 TTGATAGGAATCATGACACTGCAC-A-A-GTTGACAGGGTCCGTGTAGGGTTAGCTGTTA 1009 |||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 CTGATAGGAATCATGACGCTGCACCACAAGTTGACAGGGTCCGTGTAGGGTTAGCTGTTA 1018 Query 1010 ACCATGAAGAAGGTCAACCACATCATGTTCGTCGAGACTTGCGGAGAGTAAGAGGTAGGC 1069 ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1019 ACCATGAAGAAGGACAACCACCTCATGTTCGTCGAGACTTGCGGAGAGTTAGAGGTAGGC 1078 Query 1070 AGGCGTTACTTGATTTGCTTATGAGGGCTGAAAGAGAGAGACAACGAGAACTTCAGGGCT 1129 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 AGGCGTTACTTGATTTGCTTATGAGGGCTGAAAGGGAGAGACAACGAGAACTTCAGGGCT 1138 Query 1130 TGTTGGAGCATCGTGCAGTGTCTGATTTTGCTCACCGCAACCGGATTCAGTCACTTCTTA 1189 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| Sbjct 1139 TGTTGGAGCATCGTGCAGTGTCTGATTTTGCTCACCGCAATCGAATTCAGTCGCTTCTTA 1198 Query 1190 GAGGAAGATTCTTGCGGAACGAGCGACCTACAGTTCCAGAGAGAACTCCATCAATGGCTT 1249 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 GAGGAAGATTCTTGCGGAACGAGCGACCTACAGTTCCAGAGAGAACTCCATCAATGGCTT 1258 Query 1250 CAAGGGAACTGCTTCAGCTAAGAGAAAGACAAACGGTCTCTGGCTTAAGGGAAGGGTTCC 1309 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 CAAGGGAACTGCTTCAGCTAAGAGAAAGACAAACTGTCTCTGGCTTAAGGGAAGGGTTCC 1318 Query 1310 ATAACGGGAGGGAAAGTATTGTCCATGAAAATAGTAGCAACACTGATAGCGATAATAGCA 1369 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1319 ATAACGGGAGGGAAAATATTGTCCATGAAAATACTAGCAACACTGATAATGATAATAGCA 1378 Query 1370 ATAATTCCACAAATGCTCTTGCAATTGCTATCACTGCTGAGAATCCTCAGCTTGTAACCG 1429 ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||| Sbjct 1379 ATACTTCCACAAATGCTCTTGCAATTGCAATCACTGCTGGGAATTCTCAGCGTGTAACCG 1438 Query 1430 ATGAGAGTTCAACTTCTTCCAGACAAGGGAATAATAGTCCCGTTTTGCCTGATGACTCAG 1489 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1439 ATGAGAGTTCAACTTCTTCCAGACAAGGGAATGATAGTCCCATTTTGCCTGATAACTCAG 1498 Query 1490 AAAGCAACCTAGCAAATGCGGATAGAGATTGGGAAGAGGATACCAATCAAAGAAGGGTCT 1549 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1499 AAAGCAACCTAGCAAATGCGGATAGAGACTGGGAAGAGGATACCAATCAAAGAAGGATCT 1558 Query 1550 GGCAGGAAGATGTCCCAGTAGATGAGAGGCTAAATATGCAACAAACAACTTTAACGCAAT 1609 |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||| ||||||||| Sbjct 1559 GGCAGGAAAATGTCCCAGTAGATGAGAGGCCAAATTTGGAGCAAACAACTCTAACGCAAT 1618 Query 1610 TTGATGGGTATGATAACACAGATATAAACCGTGATGAAACCTCTGTCAGTGACATGCACC 1669 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 TTGATGGGTATGATAACACAGATATAAATCGTGATGAAACCTCTGTCAGTGACATGCACC 1678 Query 1670 GAGAAGCCAGTGGGTTTGCAGATGATGAATTTCGCACACAAGAAACTCATGGTGTTTGGC 1729 ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1679 GAGAAGCTAGTGGATTTGCAGATGATGAATATCGCACACAAGAAGCTCATGGTGTTTGGC 1738 Query 1730 ATGAAAATAGCTCTAGACAATCTGATGTGAACTGGCCTGAGACACGGTCAGAAGCCCTAA 1789 |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1739 ATGAGAATAGCTCTAGACAATCCGATGGGAACTGGCCTGGGACACGGTCAGAAGCCCTAA 1798 Query 1790 CGAGTCGCCGTGCAGTACAATTGAGAAGATTAAATAGGTTCCATCCACCTGAGGAGGACA 1849 ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1799 GGAGTCGCCGTGTAGTACAGTTGAGAAGATTAAATAGGTTCCATCCACCTGAGGATGACA 1858 Query 1850 ATGTTTACAGCATGGAACTCAGGGAGCTCCTAAGCAGGAGAAGTGTTTCTAATCTACTAC 1909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 ATGTTTACAGCATGGAACTCAGGGAGCTCCTAAGCAGGAGAAGTGTTTCTAATCTACTAC 1918 Query 1910 ATAGTGGTTTCCGTGAAAGTCTGGATCAACTGATACAATCATATGCTGAAAGGAGAGGAC 1969 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1919 ATAGTGGTTTCCGTGAAAGTCTTGATCAACTGATACAGTCATATGCTGAAAGGAGAGGAC 1978 Query 1970 ACACTCACGTAGACTGGGATCTGCATGGTAACCTGCAAACAGCAATCCCAGATTCTCCAG 2029 ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1979 ACACTCACGTAGACTGGGATCTGCACGCTAACCTGCAAACAGCAATCCCAGATTCTCCAG 2038 Query 2030 AACGTGACACAGACCACCAAGTATTTGTGAGGAACGATAACCAGCTTAATGGCATCAATG 2089 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2039 AACGTGACACAGACCACCAAGTATTTGTGCGGAACGATAACCAACTTAATGGCATCAATG 2098 Query 2090 GTCCACAACTGCTTCCCACTCCACCCGCTCCTCCACCCCAGCCAATATGGCATCAAGATT 2149 || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 GTTCACAACTGCTTCCCACTCCACCCGCGCCTCCACCCCAGCCAATATGGCATCAAGATT 2158 Query 2150 TGCACCACACTAGCTGGTCTCGTCACTCTATGCATCGGTCTGAAATTGAATGGGAGGTAA 2209 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2159 TGCACCACACTAGCTGGTCTCGTCACTCTATGCATCGGTCTGAAATTGAATGGGAGGTAA 2218 Query 2210 TGAACGACCTAAGAGGAGACGTGGCGAGACTGCAGCAAGGAATGAGCCAGATGCAGAGGA 2269 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2219 TGAACGACCTAAGAGGAGACGTGGCAAGACTGCAGCAAGGAATGAGCCAGATGCAGAGGA 2278 Query 2270 TGCTTGAAGCCTGCATGGATATGCAATTAGAGCTGCAGCGTTCGGTTAGACAAGAGGTCT 2329 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2279 TGCTTGAAGCCTGCATGGATATGCAGTTAGAGCTGCAGCGTTCGGTTAGACAAGAGGTCT 2338 Query 2330 CTGCAGCCTTAAACCGATCTGCAGGTGACCAAGGTATGAGCCCAGAAACATCAGAAGATG 2389 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| Sbjct 2339 CTGCAGCCCTAAACCGATCTGCAGGTGACCAAGGTATGAGTGCGGAAACATCAGAGGATG 2398 Query 2390 GTTCAAGATGGAGCCATGTAAGTAAAGGAACTTGTTGTGTTTGTTGTGACAGCCACATTG 2449 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| Sbjct 2399 GTTCAAGATGGAGCCATGTAAGCAAAGGAACTTGTTGCGTTTGTTGTGACAACCACATTG 2458 Query 2450 ATGCTCTCTTGTATAGATGCGGGCACATGTGTACTTGCTCAAAATGTGCAAACGAGCTTG 2509 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2459 ATGCTCTCTTGTATAGATGCGGACACATGTGTACTTGCTCAAAATGTGCAAATGAGCTTG 2518 Query 2510 TAAGAAACGGAGGGAAATGTCCGCTTTGTAGAGCACCGATAATCGAGGTAATCCGAGCCT 2569 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2519 TAAGAAACGGAGGAAAATGTCCGCTTTGTAGAGCACCGATCATCGAGGTAATCCGAGCCT 2578 Query 2570 ACTCTATTTTATAAGCCTCAGAGAAAAAGATATAGAAGAAAGGACCATCATAAAGA--T- 2626 |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| | Sbjct 2579 ACTCCATTTTATAAGCCTCAGAGAAGAAGGTATAGAAGAAAGGACCAGCAGAAAGAGATG 2638 Query 2627 TAT---G-TA--G---TT--------GTAGT---A-T--CTTCTTCTAATTCATATTTGA 2663 | | | | | || ||||| | | ||||||| ||||||||||||| Sbjct 2639 TGTTTTGGTTTTGGGGTTAACATTATGTAGTTGTAGTATCTTCTTCAAATTCATATTTGA 2698 Query 2664 TGTGTATAGTCTAAATTAAATTACTCTAAAGG-AAGAAAAGAAAGGCTCTTATTGAT 2719 ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2699 TGTGTATAGTCTAAATTAAATTACT-TAAAGGGAAGAAAAGAAAAGCTCTTATTGAT 2754 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 135049410556 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5