BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487227
Length=2719
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G04460.1 | Symbols: | RING/U-box superfamily protein | chr5... 4250 0.0
> AT5G04460.1 | Symbols: | RING/U-box superfamily protein | chr5:1260009-1263862
FORWARD LENGTH=2759
Length=2759
Score = 4250 bits (2301), Expect = 0.0
Identities = 2612/2757 (95%), Gaps = 41/2757 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACTAGTATTCAGCCTTTGCAACAAAAATCGGAGTCTAGAGATGATGTTCGTACTGAG 60
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGACTAGTATTCAGCCTTTGCTACAAAAATCGGAGTCTAGAGATGATGTTCGTGCTGAG 60
Query 61 TTTGAGCGAGGTTTGGAGGAATTCATGCGTGGGCACTTGGACGAGTGTATCTCATTTGGG 120
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTGAGAGAGGTTTGGAGGAATTCATGCGTGGGCACTTGGACGAGTGTATCTCATTTGGG 120
Query 121 TCTTGTAGTTCTGTTCACAACCCAGAGGATGAGGATGAGGAAGG-TGATCAGCTTGTGAG 179
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||| |||||||||||||||
Sbjct 121 TCTTGTAGTTCTGTTCACAACCCTGAGGATGAGGATAATG-AGGATGATCAGCTTGTGAG 179
Query 180 GAGGAGACGAAGGTCTGAACTCGAAGGGGATAATTTGGCTGAATCATCTGCTGCAAGAAG 239
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GAGGAGACGAAGGTCTGAACTTGAAGGGGATAATTTGGCTGAATCATCTGCTGCAAGAAG 239
Query 240 GCGTCAATCTCAAATTTTGAGCCGGTGGGCTGCTAGGCAGGCTCAGGAGATGATTACTAC 299
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ACGCCAATCTCAAATTTTGAGCCGTTGGGCTGCTAGGCAGGCTCAGGAGATGATTACTAC 299
Query 300 GATTGAGAGGAGGAACCGAGAGTCTGAGTTGATTGCGTTGGCTGGTTTGCAAACGGTCTC 359
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GATTGAGAGGAGGAATCGAGAGTCTGAGTTGATTGCGTTGGCTGGTTTGCAAACGGTCTC 359
Query 360 CATGCTCGATTCTTCTTTCCTTA-GG-G----AGTCTCAGTCTCCATCTTCAAGGCGTCA 413
||||| ||||||||||| |||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 360 TATGCTTGATTCTTCTTTTCTTAGGGAGTCTCAGTCTCAGTCTCCGTCTTCAAGGCGTCA 419
Query 414 GGGTGCTGCTAGTGAGAGGCCTAACACTCAGGCATCTGGGATTTTGCAGATGTGGAGGGA 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGGTGCTGCTAGTGAGAGGCCTAACACTCAGGCATCTGGGATTTTGCAGATGTGGAGGGA 479
Query 474 ATTGGAAGATGAGCATGTGCTTAACAGGGCACGTGAAAGGGTGAGGGAAAGATTGAGGCA 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ATTGGAAGATGAGCATGTGCTTAACAGGGCACGTGAAAGGGTGAGGGAAAGATTGAGGCA 539
Query 534 GCAAAGGAGTGCTGAGTCTAATACTAATTTGTCTAGCTCTATTGCTTCGGAGAGTCAGGT 593
|||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 540 GCAAAGAAGTGTTGAGTCTAATACTAATTTATCTAGCTCTATTGCTTCGGAGAGTCAGCT 599
Query 594 GAGTGAAAACAATGGTAGTCTGAGAGACTCGAGTGAGAGTGAGAATGATTACGGGTCTTG 653
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 600 GAGTGAAAATAATGGGAGTCTGAGAGACTCAAGTGAGAGTGAGAATGATTTCGGGTCTTG 659
Query 654 GTCACATGATCGGAATGAGCATGGGGATAATAATAATACTTCCAGTAGGGAGCAGTCTCC 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 660 GTCACATGATCGGAATGAGCATGGGGATAATAATAATACTTCCAGTAGGGAACAATCTCC 719
Query 714 TGATCTTGGCGATGGCGAGAGGGAGAGGGTGAGGCATATTGCCCGTGGATGGATGGATAG 773
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 720 TGATCTTGGTGATGGCGAGAGGGAGAGGGTGAGGCATATTGCTCGTGGATGGATGGATAG 779
Query 774 TAGGGGT-AATGATCATTCATCTAATGTTAGGCAGAGAGACGATAACCGTAGACCCGAGT 832
|||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 780 TAGGA-TCAATGATCATTCATCTAATGTAAGGCAGAGAGACGATAACCGTAGACCGGAGT 838
Query 833 GGCTGGGTGATACTGAACGAGAAAGAGTCAGGATTATAAGAGAGTGGATGCAAATGACAA 892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GGCTGGGTGATACTGAACGAGAAAGAGTCAGGATTATAAGAGAGTGGATGCAAATGACAA 898
Query 893 GTCAGCAGAGAGGAGGAGCTCGTGCAACACCGAGAGAAGATCAGAGGTCTACTTCAGAAG 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GTCAGCAGAGAGGAGGAGCTCGTGCAACACCGAGAGAAGATCAGAGGTCTACTTCAGAAG 958
Query 953 TTGATAGGAATCATGACACTGCAC-A-A-GTTGACAGGGTCCGTGTAGGGTTAGCTGTTA 1009
|||||||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTGATAGGAATCATGACGCTGCACCACAAGTTGACAGGGTCCGTGTAGGGTTAGCTGTTA 1018
Query 1010 ACCATGAAGAAGGTCAACCACATCATGTTCGTCGAGACTTGCGGAGAGTAAGAGGTAGGC 1069
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1019 ACCATGAAGAAGGACAACCACCTCATGTTCGTCGAGACTTGCGGAGAGTTAGAGGTAGGC 1078
Query 1070 AGGCGTTACTTGATTTGCTTATGAGGGCTGAAAGAGAGAGACAACGAGAACTTCAGGGCT 1129
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AGGCGTTACTTGATTTGCTTATGAGGGCTGAAAGGGAGAGACAACGAGAACTTCAGGGCT 1138
Query 1130 TGTTGGAGCATCGTGCAGTGTCTGATTTTGCTCACCGCAACCGGATTCAGTCACTTCTTA 1189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 1139 TGTTGGAGCATCGTGCAGTGTCTGATTTTGCTCACCGCAATCGAATTCAGTCGCTTCTTA 1198
Query 1190 GAGGAAGATTCTTGCGGAACGAGCGACCTACAGTTCCAGAGAGAACTCCATCAATGGCTT 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GAGGAAGATTCTTGCGGAACGAGCGACCTACAGTTCCAGAGAGAACTCCATCAATGGCTT 1258
Query 1250 CAAGGGAACTGCTTCAGCTAAGAGAAAGACAAACGGTCTCTGGCTTAAGGGAAGGGTTCC 1309
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CAAGGGAACTGCTTCAGCTAAGAGAAAGACAAACTGTCTCTGGCTTAAGGGAAGGGTTCC 1318
Query 1310 ATAACGGGAGGGAAAGTATTGTCCATGAAAATAGTAGCAACACTGATAGCGATAATAGCA 1369
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1319 ATAACGGGAGGGAAAATATTGTCCATGAAAATACTAGCAACACTGATAATGATAATAGCA 1378
Query 1370 ATAATTCCACAAATGCTCTTGCAATTGCTATCACTGCTGAGAATCCTCAGCTTGTAACCG 1429
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||
Sbjct 1379 ATACTTCCACAAATGCTCTTGCAATTGCAATCACTGCTGGGAATTCTCAGCGTGTAACCG 1438
Query 1430 ATGAGAGTTCAACTTCTTCCAGACAAGGGAATAATAGTCCCGTTTTGCCTGATGACTCAG 1489
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1439 ATGAGAGTTCAACTTCTTCCAGACAAGGGAATGATAGTCCCATTTTGCCTGATAACTCAG 1498
Query 1490 AAAGCAACCTAGCAAATGCGGATAGAGATTGGGAAGAGGATACCAATCAAAGAAGGGTCT 1549
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1499 AAAGCAACCTAGCAAATGCGGATAGAGACTGGGAAGAGGATACCAATCAAAGAAGGATCT 1558
Query 1550 GGCAGGAAGATGTCCCAGTAGATGAGAGGCTAAATATGCAACAAACAACTTTAACGCAAT 1609
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||| |||||||||
Sbjct 1559 GGCAGGAAAATGTCCCAGTAGATGAGAGGCCAAATTTGGAGCAAACAACTCTAACGCAAT 1618
Query 1610 TTGATGGGTATGATAACACAGATATAAACCGTGATGAAACCTCTGTCAGTGACATGCACC 1669
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTGATGGGTATGATAACACAGATATAAATCGTGATGAAACCTCTGTCAGTGACATGCACC 1678
Query 1670 GAGAAGCCAGTGGGTTTGCAGATGATGAATTTCGCACACAAGAAACTCATGGTGTTTGGC 1729
||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1679 GAGAAGCTAGTGGATTTGCAGATGATGAATATCGCACACAAGAAGCTCATGGTGTTTGGC 1738
Query 1730 ATGAAAATAGCTCTAGACAATCTGATGTGAACTGGCCTGAGACACGGTCAGAAGCCCTAA 1789
|||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ATGAGAATAGCTCTAGACAATCCGATGGGAACTGGCCTGGGACACGGTCAGAAGCCCTAA 1798
Query 1790 CGAGTCGCCGTGCAGTACAATTGAGAAGATTAAATAGGTTCCATCCACCTGAGGAGGACA 1849
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1799 GGAGTCGCCGTGTAGTACAGTTGAGAAGATTAAATAGGTTCCATCCACCTGAGGATGACA 1858
Query 1850 ATGTTTACAGCATGGAACTCAGGGAGCTCCTAAGCAGGAGAAGTGTTTCTAATCTACTAC 1909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ATGTTTACAGCATGGAACTCAGGGAGCTCCTAAGCAGGAGAAGTGTTTCTAATCTACTAC 1918
Query 1910 ATAGTGGTTTCCGTGAAAGTCTGGATCAACTGATACAATCATATGCTGAAAGGAGAGGAC 1969
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 ATAGTGGTTTCCGTGAAAGTCTTGATCAACTGATACAGTCATATGCTGAAAGGAGAGGAC 1978
Query 1970 ACACTCACGTAGACTGGGATCTGCATGGTAACCTGCAAACAGCAATCCCAGATTCTCCAG 2029
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 ACACTCACGTAGACTGGGATCTGCACGCTAACCTGCAAACAGCAATCCCAGATTCTCCAG 2038
Query 2030 AACGTGACACAGACCACCAAGTATTTGTGAGGAACGATAACCAGCTTAATGGCATCAATG 2089
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2039 AACGTGACACAGACCACCAAGTATTTGTGCGGAACGATAACCAACTTAATGGCATCAATG 2098
Query 2090 GTCCACAACTGCTTCCCACTCCACCCGCTCCTCCACCCCAGCCAATATGGCATCAAGATT 2149
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 GTTCACAACTGCTTCCCACTCCACCCGCGCCTCCACCCCAGCCAATATGGCATCAAGATT 2158
Query 2150 TGCACCACACTAGCTGGTCTCGTCACTCTATGCATCGGTCTGAAATTGAATGGGAGGTAA 2209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TGCACCACACTAGCTGGTCTCGTCACTCTATGCATCGGTCTGAAATTGAATGGGAGGTAA 2218
Query 2210 TGAACGACCTAAGAGGAGACGTGGCGAGACTGCAGCAAGGAATGAGCCAGATGCAGAGGA 2269
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TGAACGACCTAAGAGGAGACGTGGCAAGACTGCAGCAAGGAATGAGCCAGATGCAGAGGA 2278
Query 2270 TGCTTGAAGCCTGCATGGATATGCAATTAGAGCTGCAGCGTTCGGTTAGACAAGAGGTCT 2329
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TGCTTGAAGCCTGCATGGATATGCAGTTAGAGCTGCAGCGTTCGGTTAGACAAGAGGTCT 2338
Query 2330 CTGCAGCCTTAAACCGATCTGCAGGTGACCAAGGTATGAGCCCAGAAACATCAGAAGATG 2389
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct 2339 CTGCAGCCCTAAACCGATCTGCAGGTGACCAAGGTATGAGTGCGGAAACATCAGAGGATG 2398
Query 2390 GTTCAAGATGGAGCCATGTAAGTAAAGGAACTTGTTGTGTTTGTTGTGACAGCCACATTG 2449
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2399 GTTCAAGATGGAGCCATGTAAGCAAAGGAACTTGTTGCGTTTGTTGTGACAACCACATTG 2458
Query 2450 ATGCTCTCTTGTATAGATGCGGGCACATGTGTACTTGCTCAAAATGTGCAAACGAGCTTG 2509
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2459 ATGCTCTCTTGTATAGATGCGGACACATGTGTACTTGCTCAAAATGTGCAAATGAGCTTG 2518
Query 2510 TAAGAAACGGAGGGAAATGTCCGCTTTGTAGAGCACCGATAATCGAGGTAATCCGAGCCT 2569
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TAAGAAACGGAGGAAAATGTCCGCTTTGTAGAGCACCGATCATCGAGGTAATCCGAGCCT 2578
Query 2570 ACTCTATTTTATAAGCCTCAGAGAAAAAGATATAGAAGAAAGGACCATCATAAAGA--T- 2626
|||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 2579 ACTCCATTTTATAAGCCTCAGAGAAGAAGGTATAGAAGAAAGGACCAGCAGAAAGAGATG 2638
Query 2627 TAT---G-TA--G---TT--------GTAGT---A-T--CTTCTTCTAATTCATATTTGA 2663
| | | | | || ||||| | | ||||||| |||||||||||||
Sbjct 2639 TGTTTTGGTTTTGGGGTTAACATTATGTAGTTGTAGTATCTTCTTCAAATTCATATTTGA 2698
Query 2664 TGTGTATAGTCTAAATTAAATTACTCTAAAGG-AAGAAAAGAAAGGCTCTTATTGAT 2719
||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2699 TGTGTATAGTCTAAATTAAATTACT-TAAAGGGAAGAAAAGAAAAGCTCTTATTGAT 2754
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135049410556
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5