BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487274
Length=2332
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G04885.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family protein | c... 3781 0.0
> AT5G04885.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family protein |
chr5:1422799-1426879 FORWARD LENGTH=2397
Length=2397
Score = 3781 bits (2047), Expect = 0.0
Identities = 2241/2332 (96%), Gaps = 23/2332 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATCTGCTTAAAAGCGTTTATTAACTACTCTTTTTATTTTCACTTTATTTCTTCATATAA 60
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || | ||| ||
Sbjct 24 AATCTGCTTAAAAGCGTTTATTAACTACTC--TTTATTTT--C------TCAT-ATAAAA 72
Query 61 ATTCTCAGCGAAGAAGAATCAGATATTTTCTGGTCTTGCTCTGCCTAACTAACTCACCTG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 73 ATTCTCAGCGAAGAAGAATCAGATATTTTCTGGTCTTGCTCTGCCTAACT--CTCA-C-A 128
Query 121 TAGTTTCCCCTGTTACGAAGATGAGCAGAGATTCAGTAAGAATCGTTGGGCTTCTTCTAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 129 TAGTTTCCCCTGTTACGAAGATGAGCAGAGATTCAGTAAGAATCGTTGGGGTTCTTCTAT 188
Query 181 GGATGTGTGTGTGGGTTTCTTGTTATGGGGGTGGAGAGTATGTGTTGTACAAGGACCCCA 240
|||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 189 GGATGTGTATGTGGGTTTGTTGTTATGGGGATGGAGAGTATCTGTTGTACAAGGACCCGA 248
Query 241 AACAGGCCGTGTCAGATCGAGTTGCCGATTTGTTTGGTCGAATGACTTTGGAAGAGAAGA 300
||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 249 AACAGACGGTGTCAGATCGAGTTGCGGATTTGTTTGGTAGAATGACTTTGGAAGAGAAGA 308
Query 301 TTGGTCAGATGGTGCAGATTGATAGAAGTGTTGCCACTGTCAACATCATGAGAGATTACT 360
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 309 TTGGCCAGATGGTGCAGATTGATAGAAGTGTTGCCACTGTCAACATTATGAGAGATTACT 368
Query 361 TCATCGGCAGTGTATTGAGTGGTGGGGGGAGTGCTCCACTTCCTGAGGCAACTGCTCAGA 420
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 369 TCATCGGCAGTGTATTGAGTGGTGGTGGGAGCGCTCCACTTCCTGAGGCAAGTGCTCAGA 428
Query 421 ATTGGGTTGATATGATAAATGAGTATCAAAAGGGAGCTCTAGTTAGTCGTTTGGGAATTC 480
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 ATTGGGTTGATATGATAAATGAGTACCAAAAGGGGGCTCTAGTTAGTCGTTTGGGAATTC 488
Query 481 CTATGATATACGGCATTGATGCCGTTCACGGGCATAACAATGTCTATAACGCTACTATTT 540
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 CTATGATATATGGCATTGATGCCGTTCACGGGCATAACAATGTCTATAACGCTACTATTT 548
Query 541 TCCCTCACAATGTTGGTCTTGGAGCCACCAGGGATCCTGATCTTGTTAAGAGGATTGGAG 600
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 TCCCTCACAATGTTGGTCTTGGAGCCACTAGGGATCCTGATCTTGTTAAGAGGATTGGAG 608
Query 601 CAGCAACTGCAGTCGAAGTCAGAGCCACTGGAATTCCATACACATTTGCTCCTTGCATTG 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 CAGCAACTGCAGTCGAAGTCAGAGCCACTGGAATCCCATACACATTTGCTCCTTGCATTG 668
Query 661 CAGTTTGTAGAGATCCAAGATGGGGTAGGTGTTATGAGAGCTACAGCGAGGATCACAAAG 720
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 CAGTTTGTAGAGATCCCAGATGGGGTAGATGTTATGAGAGCTACAGCGAGGATCACAAAG 728
Query 721 TCGTGGAAGACATGACGGATGTCATACTTGGTTTACAAGGAGAGCCTCCTTCCAACTATA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 TCGTGGAAGACATGACGGATGTCATACTTGGTTTACAAGGAGAGCCTCCTTCCAACTATA 788
Query 781 AGCACGGAGTTCCATTCGTTGGTGGCAGGGATAAAGTTGCAGCCTGTGCCAAGCATTACG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 AGCACGGAGTTCCATTCGTTGGTGGCAGGGATAAAGTTGCAGCCTGTGCCAAGCATTACG 848
Query 841 TGGGAGATGGTGGGACAACCCGCGGAGTAAACGAGAACAACACTGTGACTGATTTACACG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 TGGGAGATGGTGGGACAACCCGCGGAGTAAACGAGAACAACACTGTGACTGATTTACACG 908
Query 901 GTCTTCTTAGCGTTCACATGCCCGCTTATGCTGATGCAATTTACAAAGGTGTTTCCACAG 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 909 GTCTTCTTAGCGTTCACATGCCCGCTTATGCTGATGCAGTTTACAAAGGTGTTTCCACAG 968
Query 961 TGATGGTTTCATATTCCAGCTGGAATGGTGAGAAGATGCATGCAAATACTGAGCTTATCA 1020
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 969 TGATGGTTTCATATTCGAGCTGGAATGGTGAGAAGATGCATGCAAATACTGAGCTGATCA 1028
Query 1021 CAGGGTATCTTAAGGGTACCCTTAAGTTTAAGGGTTTTGTTATCTCGGATTGGCAAGGTG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 CAGGGTATCTTAAGGGTACCCTTAAGTTTAAGGGTTTTGTTATCTCGGATTGGCAAGGTG 1088
Query 1081 TTGATAAGATTTCCTCACCACCGCATACGCACTACACAGCTTCCGTCCGGGCTGCAATTC 1140
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1089 TCGATAAGATTTCCACACCACCGCATACGCACTACACAGCTTCCGTCCGAGCTGCAATTC 1148
Query 1141 AAGCTGGAATTGATATGGTCATGGTCCCCTTCAACTTTACCGAGTTTGTCAATGATCTTA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 AAGCTGGAATTGATATGGTCATGGTCCCCTTCAACTTTACCGAGTTTGTCAATGATCTTA 1208
Query 1201 CGTCCTTGGTGAAGAATAATTCAATTCCTGTCACTCGGATTGATGATGCTGTTAGAAGAA 1260
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1209 CAACCTTGGTGAAGAATAATTCAATTCCTGTCACTCGGATTGATGATGCTGTCAGAAGAA 1268
Query 1261 TCCTGCTTGTCAAGTTCACCATGGGTCTTTTTGAGAACCCTTTGGCTGATTACAGCTTTT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 TCCTGCTTGTCAAGTTCACCATGGGTCTTTTTGAGAACCCTTTGGCTGATTACAGCTTTT 1328
Query 1321 CCAATGAACTGGGAAGCCAGGCACACAGAGACTTGGCAAGGGAGGCTGTTAGAAAATCCC 1380
||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 CCAGTGAACTAGGAAGCCAGGCACATAGAGACTTGGCAAGGGAGGCTGTTAGAAAATCCC 1388
Query 1381 TTGTGCTGCTGAAAAACGGGAACAAAACCAATCCTATGCTCCCACTTCCCAGGAAGACTT 1440
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 TTGTGCTACTGAAGAACGGGAACAAAACCAATCCTATGCTCCCACTTCCCAGGAAGACTT 1448
Query 1441 CAAAGATCCTAGTAGCTGGCACTCACGCTGATAATTTAGGTTATCAGTGTGGTGGTTGGA 1500
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 CAAAGATCCTAGTCGCTGGCACTCACGCTGATAATTTAGGTTATCAGTGTGGTGGTTGGA 1508
Query 1501 CCATAACTTGGCAAGGATTTAGTGGTAACAAGAACACGAGAGGGACTACGCTTCTTGGCG 1560
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1509 CCATAACTTGGCAAGGATTTAGCGGTAATAAGAACACGAGAGGGACTACACTTCTTAGCG 1568
Query 1561 CTGTAAAATTAGCTGTTGATCAAAGCACTGAAGTTGTCTTTCGCGAAAACCCTGATGCAG 1620
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1569 CTGTAAAATCAGCTGTTGATCAAAGCACTGAAGTTGTCTTCCGCGAGAACCCGGATGCTG 1628
Query 1621 AATTCATCAAATCGAACAACTTTGCTTATGCAATCATTGCTGTTGGTGAACCTCCATATG 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AATTCATCAAATCGAACAACTTTGCTTATGCAATCATTGCTGTTGGTGAACCTCCATATG 1688
Query 1681 CAGAGACAGCTGGAGATAGCGACAAGCTAACTATGCTTGACCCCGGTCCAGCGATTATTA 1740
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 CAGAAACAGCTGGAGACAGCGACAAGCTAACTATGCTTGACCCCGGTCCAGCGATTATTA 1748
Query 1741 GCTCCACTTGTCAGGCTGTCAAATGTGTGGTTGTGGTCATTTCAGGGAGACCAATAGTGA 1800
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||
Sbjct 1749 GCTCCACTTGTCAGGCTGTCAAGTGTGTGGTTGTGGTCATTTCAGGTAGACCACTTGTGA 1808
Query 1801 TGGAACCTTACGTTGCCTCGATTGAGGCATTGGTTGCAGCGTGGCTACCAGGAACAGAAG 1860
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1809 TGGAACCTTACGTTGCCTCGATCGATGCATTGGTTGCAGCATGGCTACCAGGAACAGAAG 1868
Query 1861 GCCAAGGTATCACTGATGCTCTCTTTGGGGACCATGGCTTCAGTGGAAAACTTCCTGTTA 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1869 GCCAAGGTATCACTGATGCTCTCTTTGGGGACCATGGCTTCAGTGGAAAACTTCCTGTTA 1928
Query 1921 CATGGTTTAGAAACACAGAGCAGTTGCCTATGAGCTATGGAGATTCACATTATGACCCGC 1980
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1929 CATGGTTCAGAAACACAGAGCAGTTGCCTATGAGCTATGGAGATACACATTATGACCCGC 1988
Query 1981 TCTTTGCTTACGGGTCTGGTCTTGAAACTGAGTCTGTTGCGAGCATTGTTGCTAGGTCAA 2040
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1989 TATTTGCTTACGGGTCTGGTCTTGAAACTGAGTCTGTTGCGAGCATTGTTGCTAGGTCAA 2048
Query 2041 CCTCAGCTTCTGCTACTAGCACAAAGCCCTGCTTATTCACAGTCCTTGTTTCTGCTACAT 2100
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2049 CCTCAGCTTCTGCTACTAACACAAAGCCCTGCTTATACACAGTCCTTGTTTCTGCTACAT 2108
Query 2101 TGTGTCTGTTTATCTTCCCAAGCTTAAGCCGACTTTTGAGAAGATGAAAAGTTTACAAAA 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2109 TGTGTCTGTTTATCTTCCCAAGCTTAAGCCGACTTT-GAGAAGATGAAAAGTT-ACAAAA 2166
Query 2161 GCTTGGAGTAGATAGATTCTTTCGATTATCTGATCTGATCCACTGAGtttttttttttGT 2220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||
Sbjct 2167 GCTTGGAGTAGATAGATTCTTTCGATTATCTGATCTGATCAAGTGAGTTCTT------GT 2220
Query 2221 TAGCCTAGCAAAAGAGACCCTGAATCTGTGTCGTGTTATGTTCAGAGTTATTGCAACCTG 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TAGCCTAGCAAAAGAGACCCTGAATCTGTGTCGTGTTATGTTCAGAGTTATTGCAACCTG 2280
Query 2281 AAACATTATTGGATATTTACACCGGAACGTTCTTCTATTTAGGTTCTTGAAA 2332
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 AAACATTATTGGATATTCACACCAGAACGTTCTTCTATTTAGGTTCTTGAAA 2332
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115762456770
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5