BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487351
Length=5284
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G05560.1 | Symbols: EMB2771 | E3 ubiquitin ligase, putative ... 6460 0.0
> AT5G05560.1 | Symbols: EMB2771 | E3 ubiquitin ligase, putative
| chr5:1641452-1654756 FORWARD LENGTH=5108
Length=5108
Score = 6460 bits (3498), Expect = 0.0
Identities = 3808/3959 (96%), Gaps = 16/3959 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 280 TGCTGGAGCCACCTTGGTCGAGGGACAGAAGCTTTTCTTTGTGTGTTACAAATTGGTTGC 339
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 271 TGCTGGAGCAACCTTGGTCGAGGGACAGAAGCTTTTCTTTGTGTATTACAAATTGCTTGC 330
Query 340 TTAACAATATACAACACATCAGGCGAAGTTGTATCTGTTCCACTTCCGCGTACTGTCAAA 399
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 331 TTAACAATCTACAACACATCAGGCGAAGTTGTATCTGTTCCACTAATGCGTACTGTCAAA 390
Query 400 TCAATATGGTCTCTACCATATGGTCTACTTCTTCAGCAAGCTACTGAAGTGAATCCAGCC 459
||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 391 TCAATATGGCCTCTACCATGTGGTCTACTTCTTGAGCAAGCTGGTGAAGTGAATCCACCC 450
Query 460 TCACATGTTCCATTTTCTTCTGTTAGCCCCATCCTTAGTTCCCGTGAGATGCTGCGCCaa 519
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 451 TCACATGTTCCATTTTCTCCTGTTAGCCCCATCCTTGGTTCTCGTGAGATGCTGCGCCAA 510
Query 520 aaaaaaGAAGTTGGGAATAGTTCACCACAAAACTTCCATTCCCCAGGCACGCATGACCTT 579
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 511 AGAAAAGAAGTTGGGAATAGTTCACCACAAAACTTCCATTCCCCAGTCGCGCATGACCTT 570
Query 580 A--A-CAAAAGAGATATGCCATACATGTCTTCCCATCTGATTCTAAGAGATCCATTAGAG 636
| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 571 ATTAGCAAAAGAGATATGCCATGCATGTCTTCCCATCTGATTCTAAGAGATCCACTAGAG 630
Query 637 GAACCTGGGCCAACCTATGTAGAAGAGAGGGGGAAGTTGAATATAATGAAGGACTACGAT 696
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 631 GAACCTGGGCCAACCTACGTTGAAGAGAGGGGGAAGTTGACCATAATGAAGGACTACGAT 690
Query 697 GAGAGAACAATTTGGACAAGTGACCTTCTACCTCTTATGACGTCGTATAACAAAGGCAAG 756
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 691 GAGAGGACAATTTGGACAAGTGACCGTCTACCTCTTATGACGTCGTATAACAAAGGCAAG 750
Query 757 ATGCAACATTCTGTGTGGGCGGCCGAATTTATAGAGTCAAACCTTGAAGCTTCTGCTTCA 816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 751 ATGCAACATTCTGTGTGGGCGGCCGAATTTATAGAGTCAAACCTTGAAGCTTCTGCGTCA 810
Query 817 TGTGCAAGCGGTATTGTTCCTGATGCTGTTCTCCCAAAGCGGATTTCTTTTCGTAGAATA 876
||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 811 TGTTCAAGCGGCATTGTTCCTGATGCTGTTCTCTCGAAGCGGGTTTCTTTTCGTAGAATA 870
Query 877 TGGCAAGCCAAAGGTGCTAAGAAAGCTGCATCTAAGGTCTTTTTGGCAACTGATGATGCA 936
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 871 TGGCAAGCGAAAGGTGCTAAGAAAGCTGCATCTAAGGTCTTTTTGGCAACTGATAATTCA 930
Query 937 GTCCCAGTAATTTGCTTTCTGATTCTAGAACAAAAGAAGCTGTTATCGGTGGGACTCCAA 996
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 931 GTCCCAGTAATTTGCTTTCTGATTCTAGAACAAAAGAAGCTGTTATCGGTGGGACTTCAA 990
Query 997 ACTGTTGAAATAAATAACGAAATCCTGTTCGATGTTAAGGCTGATGTAAGCTGGAGTGTC 1056
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 991 ACTGTTGAAATCAATAACGAAATTCTGTTCGATGTTAAGCCTGATATAAGCTGGAGTGTG 1050
Query 1057 TCTGCGATTGCTGCTGCACCTGTTGTTGTGACACGTTCTCAAGTGAAAATAGGACTGCTT 1116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 TCTGCGATTGCTGCTGCACCTGTTGTTGTGACACGTTCTCAAGTGAAAATAGGACTGCTT 1110
Query 1117 CCACATTTGGATGTCATTGTTTTATCTCCAGAAAATGACCTCTTTCTCTATTCAGGAAAA 1176
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 CCACATTTGGATATCATTGTTTTATCTCCAGAAAATGACCTCTTTCTCTATTCAGGAAAA 1170
Query 1177 CAATGTCTCTGTAGATATGTATTGCCTTCTTGGTTGGGAGAAAGTATTGGTTTCGGGGAT 1236
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1171 CAATGTCTCTGTAGATATGTATTACCTTCTTGGTTGGGAGAAAGTATTGGTTCCGGGGAT 1230
Query 1237 GGAGTGTCTGCAAAAACAGATTCAGGTTTCAGGGACCTGAAGATCACAGGATTGTCTGAT 1296
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 GGAGAGTCTGCAAAAACAGATTCAGGTTTCAGGAACCTGAAGATCACAGGATTGTCTGAT 1290
Query 1297 GCTGTGTTAGGATGTATCAATCTCTCAGTTAACCATTCACAGATCTTTCGGTGTGCTTTA 1356
||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1291 GCTGTTTTAGGATCTATCAATCTCTCAGTTAACCATTCACAGATCTTTCGGTGTGCCTTA 1350
Query 1357 ACTGGTAAACCTTCATCGTCACTTGCAAATGATTGCATAGCAGCCATAGCTGAGGGACTA 1416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 ACTGGTAAACCTTCATCGTCACTTGCAAATGATTGCATAGCAGCCATAGCTGAGGGACTA 1410
Query 1417 CGATCCGATCTGTACAGTTTATTTCTCTCTCTTCTTTGGGGAGATGGTCATTCTGACCAG 1476
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1411 CGATCCGATCTGTACAGTTTGTTTCTCTCTCTTCTTTGGGGAGATGGTCATTCTGACCTG 1470
Query 1477 AAAAGTTCCAGTATTCATTTTGAATGGGAAGCGTTATGCAACATTTTTCTGGAGATCTGT 1536
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 CAAGGTTCCAGTATTCATTTTGAATGGGAAGCATTATGCAACATTTTTCTGGAGATCTGT 1530
Query 1537 CAAAAGCCTACTGTTGTGCATCTG-AAGCAACCC-AAA-A-CATCAGAGTCCTCCTGGGA 1592
|||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1531 CAAAAGCCTACTGTTGTGCATC-GAAAGCAACCCAAAACAGCATCAGAGTCCTCCTGGGA 1589
Query 1593 GTTTCTTCTCAGCAGTAAATTTCATAAGACCTACTCTAGGTTTCACAATGGTATTACTTC 1652
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590 GTTTCTTCTCATCAGCAAATTTCATAAGACCTACTCTAGGTTTCACAATGGTATTACTTC 1649
Query 1653 AATAAATCGTTTGGATCTGGAAGGAATTGTCCCATTTGATTCCAAGATTTGTAGTGAAGA 1712
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 AATAAATCGTTTAGATCTGGAAGGCATTGTCCCATTTGATTCCAAGATTTGTAGTGAAGA 1709
Query 1713 AACATC-GGGCAGCTCATGTGAATTAATGGTCCAGAGTTTAGATTGTCTCCATGCAGTTT 1771
|||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 AACA-CTGGGCAGCTCATGTGAACTAATGGTCCAGAGTTTAGATTGTCTCCATGCAGTTT 1768
Query 1772 ATGAGAGCTTGAAGATGGATAATCTACGGAAACAGGATTTGCATCACTTGGCTGCTTTGT 1831
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1769 ATGAGAGCTTGAAGATGGATAATCTACGGAAACAGGATTTGCATCACTTGGCTGTTTTGT 1828
Query 1832 TGTGCAATATTGCCAAGTTTCTGGATGAGAAGTGTTACTTAGATTACTACATACGTGATT 1891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1829 TGTGCAATATTGCCAAGTTTCTGGATGAGAAGTGTTACTTAGATTACTACATACGTGATT 1888
Query 1892 TTCCTCGTCTGTCAACAACTATAGGGGCGTGCACAACCCTTTCTTCTAGCAGAAAACCTC 1951
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889 TTCCTCGTCTGTCAACAACTATTGGGGCGTGCACAACCCTTTCTTCTAGCAGAAAACCTC 1948
Query 1952 CAAATTTATTTAGATGGCTTGAGAACTGTTTAAGGCGTGGATGTTTATCAACAAACTTTG 2011
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949 CAAATTTATTTAGATGGCTTGAGAATTGTTTAAGACGTGGATGTTTATCAACAAACTTTG 2008
Query 2012 ATGACCTCCCAGATTTGATTCGTAGAGATGGGTGCTCGATAGTAAGCTGGGCAAGGAAAG 2071
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 ATGACCTCCCAGATTTGATCCGTAGAGATGGGTGCTCCATAGTAAGCTGGGCAAGGAAAG 2068
Query 2072 TTGTTTCCTTCTACAGTGTGTTATTTGGTGATAAGCCAGAAGGACGGACACTTTCATCAG 2131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 TTGTTTCCTTCTACAGTGTGTTATTTGGTGATAAGCCAGAAGGACGGACACTTTCATCAG 2128
Query 2132 GTGTCCCCTGTAATATCGCGCCAGGATCATACTCAAGTAACGAGGAACTCACTATCTTAG 2191
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 GTGTCCCCTGTAATATCGCGCCAGGATCATACTCCTGTAACGAGGAACTCACTATCTTAG 2188
Query 2192 CTATGGCAGGAGAGAGATTTGGGCTTCACCAACTGGATTTGCTACCTTCTGGTGTTTCTC 2251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2189 CTATGGCAGGAGAGAGATTTGGGCTTCACCAACTGGATTTGCTACCTTCTGGTGTTTCTC 2248
Query 2252 TCCCGCTGAGACATGCACTGGATAGCTGTCGGGAATCTCCTCCAGCTGACTGGCCAGCAA 2311
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2249 TCCCGCTAAGACATGCACTGGATAGCTGTCGGGAATCTCCTCCAGCTGACTGGCCAGCAA 2308
Query 2312 TTGCTTATGTGCTTCTTGGACGAGAAGATATGGCCCTATCCGTCTTCAGAAATTTGAGTT 2371
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2309 TTGCTTATGTGCTTCTTGGTCGAGAAGATATGGCCCTATCCGTCTTCAGAAATTTTAGTT 2368
Query 2372 CATCTAAAGAATTGGAGATGCAGTCAAATAAGAGTTTGATATCGATGTCCATACCGTACA 2431
||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2369 CATCTAAGGAATTTGAGATGCAGTCAAATACGAGTTTGATATCGATGTCCATACCTTACA 2428
Query 2432 TGCTACATTTGCATCCAGTAATTGTTCCATCCTCTTTATCTGAGTCGATTGGCTTGGAAA 2491
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2429 TGCTACATTTGCATCCAGTAATTGTTCCATCCTCT------GAGTCGATTGGCTTAGAAA 2482
Query 2492 ACACTAAGATTGAGGATACAAATTCTGTGGATGGTTCTGTGATAGATGGAATGGAGCATA 2551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2483 ACACTAAGATTGAGGATACAAATTCTGTGGATGGTTCTGTGATAGATGGAATGGAGCATA 2542
Query 2552 TCTTCAACTCCTACACACAGTTACGGTATGGCCGGGATCTAAGGTTGAATGAGGTTAGAC 2611
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2543 TCTTCAACTCCTACACACAGCTACGGTATGGCCGGGATCTAAGATTGAATGAGGTTAGAC 2602
Query 2612 GTCTTTTGTGCTCTGCAAGACCTGTGGTAGTTCAAACGTCTGCTAACCCTACTATATCAG 2671
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 GTCTTTTGTGCTCTGCAAGACCTGTGGTAGTTCAAACGGCTGCTAACCCTACTATATCAG 2662
Query 2672 ATCAGGAGCAGCAACAGGCGTTTACTGTACCAAAGCTTGTTTTAGCTGGTCGACTGCCTG 2731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 ATCAGGAGCAGCAACAGGCGTTTACTGTACCAAAGCTTGTTTTAGCTGGTCGACTGCCTT 2722
Query 2732 CTCAACAAAATGCCATTGTTAATCTAGATCCAAACATAAGGAATATCCAAGAACTAAAGA 2791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2723 CTCAACAAAATGCCATTGTTAATCTAGATCCAAACATAAGGAATATCCAAGAATTAAAGA 2782
Query 2792 CATGGCCGGAGTTTCATAATGCTGTTGCTGCTGGTTTACGACTGGCTCCGCTTCAGGGAA 2851
| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 CCTGGCCAGAGTTTCATAACGCTGTTGCTGCTGGGTTACGACTGGCTCCGCTTCAGGGAA 2842
Query 2852 AGGTCTCCAGAACGTGGATTAAATACAATAAACCTGGAGATCCAAATGCTGTTCATGCTG 2911
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2843 AGGTCTCCAGAACGTGGATTAGATACAATAAACCTGGAGAGCCAAATGCTGTTCATGCTG 2902
Query 2912 GACTTCTGTTTGGACTCGGATTACAGGGATATTTGCATGTGTTAAACCTTAGTGACATAT 2971
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2903 GACTTCTGTTTGGCCTGGGATTACAGGGATATTTGCATGTGTTAAACCTTAGTGACATAT 2962
Query 2972 ACCAATATTTCACTCAGGACCATGAGAGCACTACGGTAGGTTTGATGCTTGGTCTGGCTG 3031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2963 ACCAATATTTCACTCAGGACCATGAGAGCACTACGGTAGGTTTGATGCTTGGTCTGGCCG 3022
Query 3032 CTTCATACAGGAGAACAATGCAACCTGATATTGCAAAGGCTCTCTTTTTCCATGTTCCGG 3091
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3023 CTTCATACAGGGGAACAATGCAACCTGATATTGCAAAGGCTCTCTTTTTCCATGTTCCTG 3082
Query 3092 CTCGATACCAAGCTTCATATGCTGAGTTTGAGATACCAACACTTCTACAGTCTGCAGCTT 3151
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3083 CTCGATACCAAGCTTCATATACTGAGTTTGAGATACCAACACTTCTACAGTCTGCAGCTT 3142
Query 3152 TAGTCTCCGTTGGCATGCTATTTGAAGGATCAGCACACCTGCAGACAATGCAATTACTTT 3211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3143 TAGTCTCCGTTGGCATGCTATTTGAAGGATCAGCACACCAGCAGACAATGCAATTACTTT 3202
Query 3212 TGGGTGAAATTGGCCGCAGAAGTGCCGGGGACAATGTCCTTGAAAGGGAGGGTTATGCTG 3271
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3203 TGGGTGAAATTGGCCGTAGAAGTGCAGGGGACAATGTCCTTGAAAGGGAGGGTTATGCTG 3262
Query 3272 TATCTGCAGGATTCTCACTTGGTCTTGTTGCTTTGGGCCGTGGAGGTGATGCGCTCGGTT 3331
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3263 TATCTGCAGGATTCTCACTTGGTCTTGTAGCTTTGGGCCGTGGAGGTGATGCGCTCGGTT 3322
Query 3332 CCATGGACTCCTTGGTCAATCGCTTACTCCAGTATTTAGGAGCAAAAGAGGAAAAATCTA 3391
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3323 CCATGGACTCCTTGGTCAATCGCTTACTCCTGTATTTAGGAGCAAAAGAGGAAAGATCTA 3382
Query 3392 TCCTTGCACCATCACTTGAAGATCACCGAAGTGCTGCACAGACAACAGACGGAAGCACTT 3451
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3383 TCCTTGTACCATCCCTTGAAGATCACCGAAGTGCTGCACAGATAACAGACGGAAGCACTT 3442
Query 3452 CCAATGTTGATATAACTGCACCTGGAGCTATAATCGCTCTCACATTAATGTATCTTAAGA 3511
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3443 CTAATGTTGATATAACTGCACCTGGAGCGATAATAGCTCTCACATTAATGTATCTTAAGA 3502
Query 3512 CAGAATCAGAGGTCATCTTCTCAAAGCTCTCGATTCCTCAAACTCATTACGATTTGGAGT 3571
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3503 CAGAATCAGAGGTCATCTTCTCAAAGCTCTCTATTCCTCAAACACATTACGATTTGGAGT 3562
Query 3572 GCATTAGGCCTGATTTCATAATGCTCCGTGTCATTGCTCGGAACTTGATAATGTGGAGCA 3631
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3563 GCGTTAGGCCTGATTTCATTATGCTCCGTGTCATTGCTCGGAACTTGATAATGTGGAGCA 3622
Query 3632 GGATCTGTCCTACTTGTGATTGGATTCAGTCTCAAGTTCCTGAAGTTGTCAGAAATGGTA 3691
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 3623 GGATCTGTCCTACTTGTGATTGGATTCAGTCTCAAGTTCCTGAAGTAGTCAAAAATGGTA 3682
Query 3692 TCAGCCACCTGCGAGATGACATGGATGATATGTATGAGGTGGATGTTGAAGCCCTTGTTC 3751
||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3683 TCAGCCAACTCCGAGATGACATGGATAATATGTATGAGGTGGATGTTGAAGCCCTTGTTC 3742
Query 3752 AGGCATACGTCAATATAGTGGCTGGGGCCTGCATTTCACTTGGGCTGAGATTTGCTGGTA 3811
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3743 AGGCATACGTCAATATAGTGGCCGGGGCCTGCATTTCACTTGGGCTGAGATTTGCTGGTA 3802
Query 3812 CGAGGGATGGAAATGCTCGTGACTTACTTAACAACTACGCCCTCTATCTTTTGAATGAGA 3871
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3803 CGAGGGATGGAAATGCTCGTGACTTACTTAACTCCTACGCTCTCTATCTTTTGAATGAGA 3862
Query 3872 TCAAGCCTCTTTCTGCTACACCTGGAAATGCATTTCCCAGGGGAATATCCAAATATGTTG 3931
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 3863 TCAAGCCTCTTTCTGCCACACCTGGAAATGCATTTCCCAGGGGAATATCAAAATTTGTTG 3922
Query 3932 ATCGGGGAACGCTTGAAATGTGTCTTTATCTTATCATTATTTCTCTGTCAGTGGTCATGG 3991
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923 ATCGGGGAACACTTGAAATGTGTCTTTATCTTATCATTATTTCTCTGTCAGTGGTCATGG 3982
Query 3992 CGGGATCAGGAGACTTGCAAGTATTTCGGTTGTTGAGATTTTTGCGCAGCCGGAACTCTG 4051
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||
Sbjct 3983 CGGGATCTGGAGACTTGCAAGTTTTTCGGTTGTTGAGATTTCTCCGCAGCCGAAACTCTG 4042
Query 4052 CTGATGGACATGCTAACTATGGCACGCAAATGGCGGTGAGCTTAGCCACAGGATTTTTGT 4111
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4043 CCGATGGACATGCTAACTATGGCACACAAATGGCAGTGAGCTTAGCCACAGGATTCTTGT 4102
Query 4112 TTCTTGGAGGCGGTATGCGAACATTTTCAACGAATGATGGCTCACTTGCAATGTTACTCA 4171
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 4103 TTCTTGGAGGCGGTATGCGAACATTTTCAACGAATAATGGCTCACTGGCAATGTTGCTCA 4162
Query 4172 TTACTCTCTATCCACGGTTACCTTCTGGACCAAATGACAACCGTTGTCACCTCCAGGCA 4230
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4163 TTACTCTCTATCCACGGTTGCCTTCTGGACCAAATGACAACCGTTGTCACCTCCAGGCA 4221
Score = 652 bits (353), Expect = 0.0
Identities = 375/386 (97%), Gaps = 0/386 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4288 GCATTCAGGCATTTATATGTCCTTGCAACAGAGGCTCGTTGGCTGCAGACCATTGATGTT 4347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4219 GCATTCAGGCATTTATATGTCCTTGCAACAGAGGCTCGCTGGCTGCAGACCATTGATGTT 4278
Query 4348 GATTCTGGTCTGCCTGTCTATGCCCCTCTAGAAGTCACAGTAAAAGAGACAAAACTTTAT 4407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4279 GATTCTGGTCTGCCTGTCTATGCCCCTCTAGAAGTCACAGTAAAAGAGACAAAACTTTAT 4338
Query 4408 TCAGAAACAAGATTTTGCGAGATTACACCGTGCATTCTGCCAGAGCGTGCTATTCTAAAG 4467
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4339 TCAGAAACAAAATTTTGCGAGATAACACCGTGCATTCTGCCAGAGCGTGCTATTCTAAAG 4398
Query 4468 AGAATTTGTGTATGTGGTCCTCGATACTGGCCCCAACAAATAGAGCTAGTTTTTGGTTTA 4527
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4399 AGAATTTGTGTATGTGGTCCCCGATACTGGCCCCAACAAATTGAGCTAGTTTTTGGTTTA 4458
Query 4528 AGAACTCTGGGAGAATCTAATATGATTGCTAATAGTCATAGAGAACTGGACTCCGAAAGT 4587
|| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 4459 AGGACTCTGGGAGAATCTAATTTGATTGCTAATAGTCATAGAGAACTGGATTCTGATAGT 4518
Query 4588 GTTGATCACTTGGTCAGCACTTTCTCATCAGATCCAAGCCTGATAGCGTTTGCACAGTTG 4647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4519 GTTGATCACTTGGTCAGCACTTTCTCATCAGATCCAAGCCTAATAGCGTTTGCACAGTTG 4578
Query 4648 TGCTGTGACAAATCTTGGAATAACAG 4673
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4579 TGCTGTGACAAATCTTGGAATAACAG 4604
Score = 645 bits (349), Expect = 0.0
Identities = 416/449 (93%), Gaps = 2/449 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4837 CAGGTTGCTCTTGCCTACAACGAAGCGGTATCAAGTGGAAGATTGGCCTCTTCAGGTGGC 4896
|||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4642 CAGGTTGCTCTTGCCTACAATGAGGCAGTATCAACTGGAAGATTGGCCTCCTCAGGTGGC 4701
Query 4897 TTTGTACAATCAATCTTCTTATCATCGCTGAGAAAGCGATGTGAAGAGATTTTGAATTGT 4956
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4702 TTTGTACAGTCAATCTTCTTAGCATCGCTGAGAAAGCGATGTGAAGAGGTTTTGAATTGC 4761
Query 4957 TCAACTGAGCTGAAGATTAATTTGAGGAATTATTTGACCTCAGAAGCATGGCCTGATGAT 5016
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4762 TCAACGGAGCTGAAGATTAATTTGAGGAATTATTTGACCTCAGAAGCATGGCCTTATGAT 4821
Query 5017 AAGAACTCAAAGCTGCAGAAAGATATAATAATTCTCTCATGGTATTTAAAATGGTTCAGC 5076
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 4822 AAGAACTCAAAGTTGCAGAAAGATATAATTATTCTCTCATGGTATCTAAAATGGTTCAAC 4881
Query 5077 GTACCATCGCCATCGATCATCAAAGCAGCAGTGGAAAAGATCAAATCCAAGTCCAAAAAC 5136
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4882 GTACCATCTCCATCGATCATCAAAGCAGCAGTGGAAAAGATCAAATCCAAGTCCAAAAAC 4941
Query 5137 TCAACTTCGGCAATACCTTTGTTGCGGTTGTTGTTACCAAGTACGCATATTAGTGCGATT 5196
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 4942 TCAACTTCGGCAATACCTTTGTTGCGATTGTTGTTACCAAATACGCATATTAGTGTGATT 5001
Query 5197 AGTGAAATTGATAGTGTGtttttttCCTCAGA-TGAGACAACTGTATCGTGAAAACATGA 5255
||||||||||||| || ||||| |||| || | | |||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 5002 GGTGAAATTGATAGGGTCTTTTTCCCCTC-GAATTAAACAATTGTATTGTGAAAACATGA 5060
Query 5256 TTTCGTACTCTCTTCGTTTGGGCTATTAA 5284
||| ||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 5061 TTTTGTATTCTCTTCGTTTGGGCTAATAA 5089
Score = 219 bits (118), Expect = 3e-55
Identities = 131/137 (96%), Gaps = 1/137 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCTCCAGGGGTTCGCCAACTTACTGTCCTCGGAAAGTTCAAACCTTTCGGTCTAATC 60
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCTCCAGGGGTTCGCCAACTTACCGTCCTCGGAAAGTTTAAACCTTTCGGTCTAATC 60
Query 61 GCCGAAGCTACTGATGGTAAATCCCCGGACGATTCCTATCAGTATTTCCTCTTCGATCCT 120
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCCGAAGCTACTGATGGTAAATCACCGGATGATTCCTATCAGTATTTCCTCTTCGATCCT 120
Query 121 GAGCTCACTGAGAGAGC 137
|||||||||| | ||||
Sbjct 121 GAGCTCACTG-GCGAGC 136
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 263727619351
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5