BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487365
Length=1425
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G05620.1 | Symbols: TUBG2, ATGCP2, GCP2 | gamma-tubulin com... 2361 0.0
AT3G61650.1 | Symbols: TUBG1 | gamma-tubulin | chr3:22812601-22... 2222 0.0
> AT5G05620.1 | Symbols: TUBG2, ATGCP2, GCP2 | gamma-tubulin complex
protein 2 | chr5:1679244-1681719 FORWARD LENGTH=1521
Length=1521
Score = 2361 bits (1278), Expect = 0.0
Identities = 1376/1425 (97%), Gaps = 0/1425 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCGAGGGAGATAATTACGCTGCAGGTGGGACAATGTGGGAACCAGATCGGTATGGAG 60
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 97 ATGCCGAGGGAGATAATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAACCAGATCGGTATGGAG 156
Query 61 TTTTGGAAACAGCTTTGCCTCGAGCACGGCATCAGCAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTC 120
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 157 TTCTGGAAACAGCTTTGCCTTGAGCACGGCATCAGCAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTC 216
Query 121 GCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGtttttttACCAAGCTGATGACCAACACTAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 217 GCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGTTTTTTTACCAAGCGGATGACCAACACTAT 276
Query 181 ATACCACGAGCTCTACTTATTGATTTGGAGCCTAGAGTTATCAATGGCATTCAGAATGGT 240
|||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 277 ATACCAAGAGCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTTATCAATGGTATTCAGAATGGT 336
Query 241 GAATACCGGAATCTTTATAATCATGAGAATATCTTCCTTTCCGACCATGGCGGTGGTGCT 300
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 337 GAATACCGGAATCTCTACAATCATGAAAATATCTTCCTTTCTGACCATGGCGGTGGTGCT 396
Query 301 GGTAATAACTGGGCCAGTGGATATCACCAGGGGAAAGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGAC 360
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 397 GGTAATAACTGGGCCAGTGGATATCACCAAGGGAAAGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGAC 456
Query 361 ATGATTGATCGAGAAGCTGATGGAAGTGATAGCCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCT 420
||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 ATGATTGATCGTGAAGCTGATGGAAGTGACAGTCTGGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCT 516
Query 421 ATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGTATGGGGTCTTATTTACTGGAGACTTTGAATGATCGC 480
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 517 ATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGAATGGGATCTTATTTGTTGGAGACTTTGAATGATCGT 576
Query 481 TATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGAC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 577 TATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGAC 636
Query 541 GTTGTTGTTCAGCCCTACAACTCACTGTTGACGTTGAAGCGGCTTACGTTAAATGCTGAT 600
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 GTTGTTGTCCAGCCCTACAACTCACTGTTGACGCTGAAGCGGCTTACGTTAAATGCTGAT 696
Query 601 TGTGTTGTTGTTCTGGACAACACTGCGTTGAATAGAATTGCTGTGGAGCGTCTACATCTG 660
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 697 TGTGTTGTTGTTCTTGACAACACTGCATTGAACAGAATTGCTGTGGAGCGTCTACATTTG 756
Query 661 ACAAATCCTACTTTTGCTCAGACGAATTCTTTGGTGTCAACTGTGATGTCTGCTAGCACA 720
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 ACTAATCCTACTTTTGCTCAGACCAATTCTTTGGTGTCAACTGTGATGTCTGCTAGCACA 816
Query 721 ACAACATTGCGTTATCCAGGATACATGAATAATGACTTGGTTGGCTTGCTTGCATCTTTG 780
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 817 ACAACGTTGCGTTATCCTGGATACATGAATAATGACTTGGTTGGCTTGCTTGCATCTTTG 876
Query 781 ATCCCAACACCCAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCATTGACTGTTGAGCGC 840
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 877 ATCCCAACTCCAAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCGTTGACTGTTGAGCGC 936
Query 841 CAGGCAAATGTCATTCGTAAAACTACTGTGTTGGATGTTATGAGGAGACTTCTACAGACA 900
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 CAGGCAAATGTTATTCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATGAGGAGACTTCTACAGACA 996
Query 901 AAGAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACATA 960
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 997 AAAAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACATA 1056
Query 961 TCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCTACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 TCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAG 1116
Query 1021 AGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGACTGGGGACCTGCAAGCATACAGGTT 1080
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1117 AGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTCAATTTCATAGACTGGGGACCAGCAAGCATACAGGTT 1176
Query 1081 GCTCTTTCCAAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCTCATAGGGTCAGTGGTCTTATGTTA 1140
|||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 GCTCTTTCCAAGAAGTCCCCGTATGTTCAAACTTCCCATAGGGTCAGTGGTCTTATGTTA 1236
Query 1141 GCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTTTTCAGCAGATGTTTGAGCCAATATGACAAATTG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 GCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTTTTCAGCAGATGTTTGAGCCAATATGACAAATTG 1296
Query 1201 AGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGAAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATGAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1297 AGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGAAAGTTTCCAATGTTTGCTGACAATGAT 1356
Query 1261 CTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGACGAATATAAGGCC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 CTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGACGAATATAAGGCC 1416
Query 1321 TGTGAATCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGGACAGCTTATGACTGGT 1380
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 TGTGAGTCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGGACAGCTTATGACTGGT 1476
Query 1381 GAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGTGGATCCTAAGTTAGCGTTCTGA 1425
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 GAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGCGGATCCTAAGTTAGCGTTCTGA 1521
> AT3G61650.1 | Symbols: TUBG1 | gamma-tubulin | chr3:22812601-22815011
REVERSE LENGTH=1425
Length=1425
Score = 2222 bits (1203), Expect = 0.0
Identities = 1353/1427 (95%), Gaps = 4/1427 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCGAGGGAGATAATTACGCTGCAGGTGGGACAATGTGGGAACCAGATCGGTATGGAG 60
||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCTCGGGAGATAATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAATCAGATCGGTATGGAG 60
Query 61 TTTTGGAAACAGCTTTGCCTCGAGCACGGCATCAGCAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTC 120
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTCTGGAAACAGCTTTGCCTCGAGCACGGTATCAGTAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTC 120
Query 121 GCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGtttttttACCAAGCTGATGACCAACACTAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGTTTTTTTACCAAGCGGATGACCAACACTAT 180
Query 181 ATACCACGAGCTCTACTTATTGATTTGGAGCCTAGAGTTATCAATGGCATTCAGAATGGT 240
|| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 ATCCCACGAGCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTCATCAATGGTATTCAGAATGGT 240
Query 241 GAATACCGGAATCTTTATAATCATGAGAATATCTTCCTTTCCGACCATGGCGGTGGTGCT 300
|| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||||| |||||||||
Sbjct 241 GATTACCGCAATCTCTATAATCACGAGAATATCTTCGTTGCTGACCATGGTGGTGGTGCT 300
Query 301 GGTAATAACTGGGCCAGTGGATATCACCAGGGGAAAGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGAC 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGTAATAACTGGGCCAGTGGTTATCACCAGGGGAAGGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGAC 360
Query 361 ATGATTGATCGAGAAGCTGATGGAAGTGATAGCCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCT 420
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGATTGATCGAGAAGCTGATGGAAGTGACAGTCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCT 420
Query 421 ATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGTATGGGGTCTTATTTACTGGAGACTTTGAATGATCGC 480
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGTATGGGATCTTATTTGTTGGAGACTTTGAATGATCGC 480
Query 481 TATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGAC 540
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TACAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTCTTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGAC 540
Query 541 GTTGTTGTTCAGCCCTACAACTCACTGTTGACG-TTGAAGCGGCTTACGTTAAATGCTGA 599
|||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 541 GTTGTTGTCCAGCCCTACAACTCACTTTTGACGCTT-AAGCGGCTTACATTAAATGCTGA 599
Query 600 TTGTGTTGTTGTTCTGGACAACACTGCGTT-GAATAGAATTGCTGTGGAGCGTCTACATC 658
|||||||||||| || ||||||||||| || | | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTGTGTTGTTGTCCTTGACAACACTGCTTTGGGA-AGGATTGCTGTGGAGCGTCTACATC 658
Query 659 TGACAAATCCTACTTTTGCTCAGACGAATTCTTTGGTGTCAACTGTGATGTCTGCTAGCA 718
||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGACAAATCCTACCTTTGCTCAAACGAATTCTCTAGTGTCTACTGTGATGTCTGCTAGCA 718
Query 719 CAACAACATTGCGTTATCCAGGATACATGAATAATGACTTGGTTGGCTTGCTTGCATCTT 778
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 719 CAACAACACTGCGTTATCCAGGATACATGAATAACGACCTCGTTGGCTTGCTTGCATCTT 778
Query 779 TGATCCCAACACCCAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCATTGACTGTTGAGC 838
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGATCCCAACACCAAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCATTGACTGTTGAGC 838
Query 839 GCCAGGCAAATGTCATTCGTAAAACTACTGTGTTGGATGTTATGAGGAGACTTCTACAGA 898
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 839 GCCAGGCAAATGTCATTCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATGAGAAGACTTCTACAGA 898
Query 899 CAAAGAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACA 958
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 899 CAAAAAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTATA 958
Query 959 TATCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCTACTCAGGTGCATGAGAGTTTGC 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TATCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGC 1018
Query 1019 AGAGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGACTGGGGACCTGCAAGCATACAGG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGAGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGAGTGGGGACCTGCAAGCATACAGG 1078
Query 1079 TTGCTCTTTCCAAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCTCATAGGGTCAGTGGTCTTATGT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTGCTCTTTCCAAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCCCATAGGGTCAGTGGTCTTATGT 1138
Query 1139 TAGCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTTTTCAGCAGATGTTTGAGCCAATATGACAAAT 1198
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |
Sbjct 1139 TAGCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTATTCAGCAAATGTTTGAGCCAATATGATAAGT 1198
Query 1199 TGAGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGAAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATG 1258
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TGAGGAAGAAGCAAGCTTTTCTAGACAATTACCGGAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATG 1258
Query 1259 ATCTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGACGAATATAAGG 1318
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1259 ATCTTTCAGAGTTTGACGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGATGAATACAAGG 1318
Query 1319 CCTGTGAATCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGGACAGCTTATGACTG 1378
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1319 CCTGTGAGTCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGAACAGCTTATGACTG 1378
Query 1379 GTGAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGTGGATCCTAAGTTAGCGTTCTGA 1425
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1379 GTGAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGTTGATCCGAAGTTGGCGTTCTGA 1425
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70230562455
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5