BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487366
Length=2846
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G05660.1 | Symbols: ATNFXL2 | sequence-specific DNA binding ... 4567 0.0
> AT5G05660.1 | Symbols: ATNFXL2 | sequence-specific DNA binding
transcription factors;zinc ion binding;sequence-specific DNA
binding transcription factors | chr5:1690851-1695467 REVERSE
LENGTH=2908
Length=2908
Score = 4567 bits (2473), Expect = 0.0
Identities = 2728/2852 (96%), Gaps = 14/2852 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCCGGAACCGCCACCACCGAGTTCCGGTGGAAATCACCGCCACAGCCTCCACCACCA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |
Sbjct 4 ATGGCCGGAACCGCCACCACCGAGTTCCGGTGGAAATCACCACCACAGCCTCCGTCACAA 63
Query 61 CAGCAACTCATTTCCGAATCAGATTCAGACTCCGGATCCGATTCAGATAATCATCAGCAC 120
|||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 64 GAGCAACCCATTTCAGATTCAGATTCAGACTCCGGATCTGATTCAGAGAATCATCAGCAC 123
Query 121 CGTCACAATGATCTATCAAACTCTATCTTCAAAGCTTACCTCGATTGCCACTCATCTTCG 180
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 124 CGTCACAATGATCTATCAAACTCCATCTTCGAAGCTTACCTCGATTGCCACTCATCTTCG 183
Query 181 TCTCCTTCCTCTATCGATCTCGCTAAGATCCAATCTTTTCTCGCCTCGTCTTCCTCCGGT 240
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 184 TCCCCTTCCTCAATCGATCTCGCTAAGATCCAATCTTTTCTCGCCTCGTCTTCTTCCGGT 243
Query 241 GCTGTCTCGTGCCTCATTTGTCTCGAACGCATTAAACGAACCGATCCTACATGGTCCTGC 300
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 GCTGTCTCGTGCCTTATCTGTCTCGAACGCATTAAACGAACCGATCCTACATGGTCCTGC 303
Query 301 ACTTCCTTATGCTTCGCCGTCTTTCACCTTTTCTGCATTCAATCATGGGCTCGTCAGTGC 360
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 ACTTCCTCATGCTTCGCCGTCTTTCACCTTTTCTGCATTCAATCATGGGCTCGTCAGTGC 363
Query 361 TTAGATCTACAAGCCGCGCGTGCAGTCACGCGACCTTCTTCAAATCCGACAGAACCGGAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 364 TTAGATCTACAAGCCGCGCGTGCAGTCACGCGACCTTCTTCGAATCCGACAGAACCGGAA 423
Query 421 GCGGTCTGGAACTGTCCGAAATGTAGATCGTCGTATCAGAAAACGAAGATTCCAAGGCGG 480
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 424 GCTGTCTGGAACTGTCCGAAATGTAGATCGTCGTATCAGAAATCGAAGATTCCAAGGCGG 483
Query 481 TATCTTTGTTATTGCGGCAAGGAAGAGGATCCTCCGGCGGATAATCCATGGATCTTGCCT 540
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 TACCTTTGTTACTGCGGCAAGGAAGAGGATCCTCCGGCGGATAATCCATGGATCTTGCCT 543
Query 541 CATTCTTGCGGCGAGGTCTGCGAGAGGCCGTTGAGCAACAATTGTGGTCACTGTTGCTTG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 544 CATTCTTGCGGCGAGGTCTGCGAGAGGCCGTTGAGCAACAATTGTGGTCACTGTTGCTTA 603
Query 601 CTCTTGTGTCATCCTGGACCTTGTGCTTCTTGCCCCAAGCTAGTGAAGGCTAAATGCTTT 660
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 604 CTCTTGTGTCACCCTGGACCTTGTGCTTCTTGTCCCAAGCTCGTGAAAGCTAAATGCTTC 663
Query 661 TGTGGAGGTGTTGAAGATGTTCGTCGATGTGGACACAAGCAATTCTCTTGCGGAGACGTC 720
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 664 TGCGGCGGTGTTGAAGATGTTCGTCGATGTGGACACAAGCAATTCTCTTGCGGAGATGTC 723
Query 721 TGCGAGAGAGTCCTAGATTGTGATATCCATAACTGTAGAGAGATTTGTCATGATGGCGAG 780
|| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 724 TGTGAGAGAGTCCTGGATTGTAATATCCATAACTGTAGGGAGATTTGTCATGATGGCGAG 783
Query 781 TGTCCACCGTGCAGGGAGCGCGCGGTTTACAAGTGCTGTTGTGGTAAAGTGAAAGAGGAG 840
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 784 TGTCCACCTTGCAGGGAGCGCGCGGTTTACAAGTGCTCTTGTGGTAAAGTGAAGGAGGAG 843
Query 841 AAGGATTGCTGCGAGAGAGTCTTTAGGTGTGAGGCTTCTTGTGAGAATATGCTTAATTGT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 844 AAGGATTGCTGCGAGAGAGTCTTTAGGTGTGAGGCTTCTTGCGAGAATATGCTTAATTGC 903
Query 901 GGCAAACATGTATGCGAGAGAGGATGTCACTCGGGAGAATGTGGATTGTGTCCATATCAG 960
|| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 GGGAAACATGTATGCGAGAGAGGATGCCACGCGGGAGAATGTGGATTGTGTCCATATCAG 963
Query 961 GGGAAAAGGAGTTGTCCCTGTGGCAAGAGATTCTACCAAGGCTTGTCTTGTGATGTTGTG 1020
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 GGGAAGAGGAGTTGTCCCTGTGGCAAGAGATTCTACCAAGGCTTGTCTTGTGATGTTGTG 1023
Query 1021 GCGCCTTTATGTGGTGGCACCTGTGATAAAGTTCTTGGTTGTGGCTACCATAGATGTCCA 1080
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1024 GCGCCTTTATGTGGTGGCACTTGTGATAAAGTTCTTGGTTGTGGCTACCATAGGTGTCCA 1083
Query 1081 GAGAGGTGTCACCGCGGTCCATGCCTTGAGACTTGCAGGATTGTGGTTACTAAGTCTTGC 1140
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1084 GAGAGGTGCCACCGCGGTCCGTGCCTTGAGACTTGCAGGATTGTAGTTACCAAGTCTTGC 1143
Query 1141 AGATGCGGAGGAACaaaaaaaCAGGTTCCTTGCCATCAAGAGTTGGCGTGTGAGAGGAAA 1200
|| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 AGGTGCGGAGTAACGAAAAAACAGGTTCCTTGCCATCAAGAGTTGGCGTGTGAGAGGAAA 1203
Query 1201 TGCCAGAGAGTGAGAGATTGTGCACGTCATGCTTGTAGACGCCGGTGTTGTGATGGTGAA 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1204 TGCCAGAGAGTGAGAGATTGTGCACGTCATGCTTGTAGACGCCGATGTTGTGATGGTGAA 1263
Query 1261 TGTCCACCATGCTCAGAGATTTGTGGAAAAAAGCTCCGTTGCAGAAACCATAAATGCCAA 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1264 TGTCCACCATGCTCAGAGATTTGTGGAAAAAAGCTCCGTTGCAGGAATCATAAATGCCAG 1323
Query 1321 TCTCCTTGTCACCAAGGTCCATGTGCTCCTTGTCCAATAATGGTAACAATATCATGTGCT 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1324 TCTCCTTGTCACCAAGGTCCATGTGCTCCTTGTCCAATAATGGTAACAATATCTTGTGCT 1383
Query 1381 TGTGGTGAGACACATTTTGAGGTACCCTGTGGCACTGAAACAAATCAGAAACCTCCTCGA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1384 TGTGGTGAGACACATTTTGAGGTACCCTGTGGCACTGAAACAAATCAGAAACCTCCTAGA 1443
Query 1441 TGCCGTAAGTTATGTCATGTAACCCCATTGTGCAGGCATGGGCAAAACCAAAAGCCTCAT 1500
|||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 TGCCGTAAATTATGCCACATAACCCCATTGTGCAGACATGGGCAAAACCAAAAGCCTCAT 1503
Query 1501 AAATGCCACTATGGTGCTTGTCCTCCATGTCGACTCCTTTGTGATGAAGAATACCCATGT 1560
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504 AAATGCCACTATGGAGCTTGTCCTCCATGTCGACTCCTTTGTGATGAAGAATACCCATGT 1563
Query 1561 GGGCACAAGTGCAAACTAAGGTGTCATGGACCTAGACCTCCTCCTAACCGTGAATTTATA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 GGGCACAAGTGCAAACTAAGGTGTCATGGACCTAGACCTCCTCCTAACCGTGAATTTATA 1623
Query 1621 CTTAAACCAACTAAAAAGATGTTGAATATTCAGGCTGAATCTACACCGGGTTCTCCCTGC 1680
|| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 CTGAAACCAACGAAAAAGATGTTGCATATTCAGGCTGAATCTACACCGGGTTCTCCCTGC 1683
Query 1681 CCTCGTTGTCGAGAGCCTGTCTGGAGGCCCTGTGTAGGCCACCACCTGGCAGCAGAGAGA 1740
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1684 CCTCGTTGTCCAGAGCCTGTCTGGAGGCCCTGTGTAGGCCACCACCTGGCAGCAGAGAAA 1743
Query 1741 ATGATGGTTTGCTCTGACAGAACTCAATTTGCATGCAATAATTTATGTGGAAACCCTCTT 1800
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744 AGGATGATTTGCTCTGACAGAACTCAATTTGCATGCGATAATTTATGTGGAAACCCTCTT 1803
Query 1801 CCATGTGGGAACCATTACTGTTCGT-TTATCTGTCATGCCCTGGATATAAGAAGTTCATC 1859
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1804 CCATGTGGGAACCATTACTGTTCGTATT-TCTGTCATGCCCTGGATATAAGAAGTTCATC 1862
Query 1860 ATTGGATAAAAGAAGTGAGTCCTGTGAAAAGTGTGATCTCCGCTGTCAAAAGGAGAGAAC 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 ATTGGATAAAAGAAGTGAGTCCTGTGAAAAGTGTGATCTCCGCTGTCAAAAGGAGAGAAC 1922
Query 1920 ACCACGATGCCAACATCCATGTCCTCGAAGATGCCATCCCGGAGATTGTCCACCTTGCAA 1979
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1923 ACCACGATGCCAACATCCATGTCCTCGGCGATGCCATCCTGAAGATTGTCCACCTTGCAA 1982
Query 1980 AACTCTAGTAAAGAGATCATGTCACTGTGGCGCGATGGTGCATGCATTCGAGTGCATATA 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 AACTCTAGTAAAGAGATCATGTCACTGTGGCGCGATGGTGCATGCATTCGAGTGCATATA 2042
Query 2040 CTACAATACAATGTCGGAGAAGGACCAAATGAAGGTGCGCTCATGCCGTGGACCTTGTCA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 CTACAATACAATGTCGGAGAAGGACCAAATGAAGGCGCGCTCATGCCGTGGACCTTGTCA 2102
Query 2100 CAGAAAATTGCCAAACTGTACCCATTTGTGTCCGGAGATATGTCATCCTGGGCAGTGTCC 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 CAGAAAATTGCCAAACTGTACCCATTTGTGTCCGGAGATATGTCATCCTGGGCAGTGTCC 2162
Query 2160 ATTGCCAGAGAAGTGTGGGAAAAAGGTGGTTGTTCGTTGCAAGTGCCTAACCTTGAAGAA 2219
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 ATTGCCAGAGAAGTGTGGTAAAAAGGTGGTTGTTCGTTGCAAGTGCCTAACCTTGAAGAA 2222
Query 2220 GGAATGGGTATGCCAAGATGTTCAAGCAGCTCATAGGGCCACAGGTTCTGACCCTAAAGA 2279
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2223 AGAATGGGTATGCCAGGATGTTCAAGCAGCCCATAGGGCCACAGGTTCTGATCCTAAAGA 2282
Query 2280 AGTACCAAAGAACCAGTTCGGTGTTGGCCTCCTCCCTTGTGATTCCAACTGTAAGAGCAA 2339
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 AGTACCAAAGAACCAGTTCGGGGTTGGCCTCCTCCCTTGTGATTCCAACTGTAAGAGCAA 2342
Query 2340 ACTACAGATGGCTGAATCGGTGTTAAAACAGCGCAATGTCAAAGAGATTGAGGAGAAGGA 2399
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 ACTACAGGTGGCTGAATCGGTGTTAACACAGCGCAATGTCAAAGAGATTGAGGAGAAGGA 2402
Query 2400 GGAGCCTAGCGGGAAAAATGCATCAAAGCGAAGGAAAAGGCGTGAACGGGGTCAGGACAT 2459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2403 GGAGCCTAGCGGGAAAAATGCATCAAAGCGAAGGAAAAGGCGTGGACGGGGTCAGGACAT 2462
Query 2460 TCAGGAGACCACAAGGCTGCAGAAACTTGCTGTCATCACAAAGAGGATACTGATGGTCGT 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 TCAGGAGACCACAAGGCTGCAGAAACTTGCTGTCACCACAAAGAGGATACTGATGGTCGT 2522
Query 2520 GATGTTAATGACAATGCTAGCTGCTGTTTCATACTATGGTTATAAGGGACTCTTGTGGCT 2579
||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 GATGTTAGTGGCGATGCTAGCTGCTGTTTCATACTATGGCTATAAGGGACTCTTGTGGCT 2582
Query 2580 TTCTGATTGGATGAATGAAGTCGAAGAACAAAGACAAAAGTCTAGAAGATACCCGCGAAT 2639
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2583 TTCAGATTGGATGAATGAAGTCGAAGAACAAAGACAAAAGTCTAGAAGATACCCTCGAAT 2642
Query 2640 ATAACTGGTTTTGAGAGTTT-TTCCTTCTCAAGCTTTTTTAGCCTGATACTGGGCAGTGA 2698
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||
Sbjct 2643 CTAACTG-TTTTGAGAGTTTCTTCCTTCTCAAGCTTCT--AGCCTGATACTGCGCAGTGA 2699
Query 2699 CAACACAGTTAGCTTCGAGACATTTGGTCTTTCTTTTTGGTTTAGTCGAT-G-ATA-ATT 2755
||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | | | | |||
Sbjct 2700 CAACACAATTAGCTTTGAGACGTTTGGTCTTTCTTTTTGGTTTAGTC-ACCGGAAATATT 2758
Query 2756 TCATAGGGGAGATTAGAAAGATTATCAGTTTGTTT-GTTTAATTGATTTGTGCTCTTGCT 2814
||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||
Sbjct 2759 TCAAAGG--AGATTAGAAAGATTATCAGTTTGTTTTGTTTTTTTGATTTGTTCTCTTTCT 2816
Query 2815 TTTAGCTTCCTTGATATTTCGAGACAGCAAAA 2846
|||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2817 TTTAGCTTT-TTGATATTTCGAAACAGCAAAA 2847
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141420612317
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5