BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg487414 Length=3346 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G06120.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5... 5733 0.0 > AT5G06120.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5:1844078-1852601 FORWARD LENGTH=3368 Length=3368 Score = 5733 bits (3104), Expect = 0.0 Identities = 3285/3369 (98%), Gaps = 26/3369 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 TCTTCTTCTTCCTCGTTGTAACCATCGGCGCTTCGCTTGATCGAGATTTAAGTTCGCCGG 60 ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1 TCTTCTTCTGCTTCGTTGTAACCATCGACGCTTCGCTTGATCGAGATTT-AGTTCGCCGG 59 Query 61 AATAAC-TCACCGAACAACAAATCTGATTAGCTACCAGCTCAATCTCTGAAATCAA-CCG 118 || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 60 AA-AACTTCACCGAACAACAAATCTGATTAACTACCAGCTCAATCTCTGAAATCAACCCG 118 Query 119 AGTACTGAGCTGGAGTAAGGTGATAGACAGCTTGAAT-CATTTTCCATCATGCAGAATTC 177 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 119 AGTACTGAGCTGGAGTAAGGTGATAGACAGCTTGAATACATTTTCCATCATGCAGAATTC 178 Query 178 TGCTTTGTTACCAATGGAGAGCTTGGCGCAACTTGAGGCAATGTGCGAGAGATTATACAA 237 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 179 TGCTTTGTTACCAATGGAGAGCTTGGCGCAACTTGAGGCAATGTGCGAGAGATTATACAA 238 Query 238 CTCACAGGATTCAGCTGAGAGGGCTCATGCTGAAAATAGTCTGAGATGCTTTTCCGTGAA 297 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 239 CTCACAGGATTCAGCTGAGAGGGCTCATGCTGAAAATAGTCTGAGATGCTTTTCTGTGAA 298 Query 298 TACGGATTATATATCGCAATGTCAATACATTCTCGACAATTCATCAAAACCTTATTCCTT 357 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 TACGGATTATATATCACAATGTCAATACATTCTCGACAATTCATCAAAACCTTATTCCTT 358 Query 358 AATGCTCGCTAGCTCGAGTTTGTTAAAGCAAGTGACTGATCATACCCTTCCGCTGAATCT 417 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 359 AATGCTCGCTAGCTCGAGTTTGTTAAAGCAAGTAACTGATCATACTCTTCCGCTGAATCT 418 Query 418 TCGCCTTGACATCAGGGCTTATATTGTGAACTATCTGGCTACAAGAGGACCGAAGATGCA 477 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 TCGCCTTGACATCAGGGCTTATATTGTGAACTATCTGGCTACAAGAGGACCGAAGATGCA 478 Query 478 ATCATTTGTTATTGCTTCGCTTATTCAACTGCTTTGCCGGCTCACAAAGTTTGGATGGTT 537 |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 ATCATTTGTTATCGCTTCTCTCATTCAACTGCTTTGCCGGCTCACAAAGTTTGGATGGTT 538 Query 538 AGATGATGATAGATTCAGGGATGTGGTTAAGGAATCTACAAACTTCTTGGAACAGGGCTC 597 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 539 AGATGATGATAGATTCAGGGATGTGGTTAAGGAATCTACAAACTTCTTGGAACAGGGTTC 598 Query 598 CTCGGATCACTATGCTATTGGTTTAAGAATTTTGGATCAACTTGTGCAGGAGATGAATCA 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 CTCGGATCACTATGCTATTGGTTTAAGAATTTTGGATCAACTTGTGCAGGAGATGAATCA 658 Query 658 GCCTAATCCAGGACTGCCATCTACACATCACCGGCGGGTTGCATGCAACTTTAGGGATCA 717 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 GCCTAATCCAGGACTGCCATCTACACATCATCGGCGGGTTGCATGCAACTTTAGGGATCA 718 Query 718 ATCCTTATTTCAAATATTCCGAATAGCTTTGACGTCATTAAGCTATCTGAAAAATGATGC 777 ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 ATCCTTATTTCAAGTTTTCAGAATAGCTTTGACGTCATTAAGCTATCTGAAAAATGATGC 778 Query 778 CTCTGGTCGTTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTT 837 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 CGCTGGTCGTTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTT 838 Query 838 TGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGATTCCAACTTC 897 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 TGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGATTCCAACTTC 898 Query 898 CTGGAGGTCAGTATTGGAGGATTCTTCCACGCTGCAGATATTTTTCGATTATTATGGTAG 957 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 CTGGAGGTCAGTATTGGAGGATTCTTCCACGCTGCAGATATTTTTCGATTATTATGGTAG 958 Query 958 TACAGAGTCCCCTCTTTCGAAAGAGGCACTTGAATGCTTGGTGCGATTGGCTTCTGTAAG 1017 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 TACAGAGTCCCCTCTTTCGAAAGAGGCACTTGAGTGCTTGGTGCGATTGGCTTCTGTAAG 1018 Query 1018 GCGCTCTCTGTTCACAAATGATGCTACGCGCTCTAATTTTCTAGCTCATTTGATGACGGG 1077 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 GCGCTCTCTGTTCACAAATGATGCTACACGCTCTAATTTTCTAGCTCATTTGATGACGGG 1078 Query 1078 AACCAAAGAAATTCTTCAAACTGGAAAAGGTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTT 1137 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 AACCAAAGAAATTCTTCAAACTGGAAAAGGTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTT 1138 Query 1138 CTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGTTGAATTATCAGCTTTCAGAGCTTGTGAAGATGGA 1197 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 CTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGCTTTCAGAGCTTGTGAAGATGGA 1198 Query 1198 AGGTTATGGTGAGTGGATACAGTTGGTGGCAGAGTTCACACTTAAATCTCTCCAGTCATG 1257 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 AGGTTATGGTGAGTGGATACAGTTGGTGGCAGAGTTCACACTTAAATCTCTCCAGTCATG 1258 Query 1258 GCAGTGGGCCAGCAGCAGCGTCTATTACCTTCTTGGGATGTGGTCCAGATTAGTAGCATC 1317 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 GCAGTGGGCCAGCAGCAGCGTGTATTACCTTCTTGGGATGTGGTCCAGATTAGTAGCATC 1318 Query 1318 TGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTAC 1377 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 TGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTAC 1378 Query 1378 AGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGGCTAGCGTCCCCGATGACCCGAC 1437 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1379 AGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGGCTAGCGTCCCAGATGATCCGAC 1438 Query 1438 TGATCATCCTTTGGATAAAGTTGAAGTCCTGCAGGATGAGCTGGATTGCTTTCCTTACCT 1497 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 TGATCATCCTTTGGATAAAGTTGAAGTCCTGCAGGATGAGCTGGATTGCTTTCCTTACCT 1498 Query 1498 ATGCAGATTTCAGTATGAAAGAACTGGTATGTATATAATAAACACAATGGAGCCTCTTCT 1557 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 ATGCAGATTTCAGTATGAAAGAACTGGTATGTATATAATAAACACAATGGAGCCTCTTCT 1558 Query 1558 GCAATCATATACGGAAAGGGGGCAGCTACAGTTTGCTGATAATTCTGAACTAGCACTTAT 1617 |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1559 GCAATCATATACGGAAAGAGGGCAACTACAGTTTGCTGATAATTCTGAACTAGCACTCAT 1618 Query 1618 TGAAGCAAAATTGTCATGGATTGTTCACATTGTTGCCGCTATTGTTAAAATAAAGCAGTG 1677 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 TGAAGCAAAATTGTCATGGATTGTTCACATTGTTGCCGCTATTGTTAAAATAAAGCAGTG 1678 Query 1678 CAGTGGTTGTAGTGTGGAGACGCAAGAGGTGCTTGATGCTGAACTCTCCGCTCGTGTTTT 1737 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 CAGTGGTTGTAGTGTGGAGACGCAAGAGGTGCTTGATGCTGAACTCTCCGCTCGTGTTTT 1738 Query 1738 GCGGCTAGTAAATGTTATGGACAGTGGACTGCATAGACAGCGATATGGTGAAATTAGTAG 1797 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 1739 GCGGCTAGTAAATGTTATGGACAGTGGACTGCATAGACAGAGATATGGTGAAATAAGTAA 1798 Query 1798 ACAAAGGCTTGATCGTGCCATTCTTACCTTCTTCCAGAATTTCCGAAAGTCTTACGTTGG 1857 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 1799 ACAAAGGCTTGATCGTGCCATTCTTACCTTCTTCCAAAATTTCCGGAAGTCTTACGTTGG 1858 Query 1858 TGATCAGGCCATGCATTCATCAAAATTGTATGCCAGATTGAAAGAACTCCTTGGACTGCA 1917 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 TGATCAGGCCATGCATTCATCAAAATTGTATGCCAGATTGAAAGAACTCCTTGGACTGCA 1918 Query 1918 TGATCATCTTGTTCTGTTGAACGTTATTGTTGGCAAGATTGCTACAAACTTAAAATGTTA 1977 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1919 TGATCATCTTGTTCTGTTGAACGTTATTGTTGGCAAGATTGCTACAAACTTAAAATGTTA 1978 Query 1978 TACAGAGAGTGAAGAAGTCATTGGTCACACGCTAAGTTTGTTTCTGGAGTTGGCATCTGG 2037 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1979 TACAGAGAGTGAAGAAGTCATTAATCACACGCTAAGTTTGTTTCTGGAGTTGGCATCTGG 2038 Query 2038 ATACATGACCGGGAAGCTGCTTTTGAAGTTGGACACCGTGACCTTTATTATATCTAATCA 2097 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 ATACATGACCGGGAAGCTGCTTTTGAAGTTGGACACGGTGACCTTTATTATATCTAATCA 2098 Query 2098 CACTAGGGAGCAATTTCCATTCTTAGAAGAGTATAGATGCTCTCGCAGCAGAACAACGTT 2157 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 CACTAGGGAGCAATTTCCATTCTTAGAAGAGTATAGATGCTCTCGCAGCAGAACAACGTT 2158 Query 2158 TTACTACACTATTGGCTGGTTGATTTTCATGGAGGATAGCTTAATAAAGTTCAAGACTTC 2217 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2159 TTACTACACTATTGGCTGGTTGATTTTCATGGAGGATAGCTTAATAAAGTTCAAGACTTC 2218 Query 2218 TATGGAACCCCTTCTGCAGGTTTTCCGCACCCTGGAATCAGCACCAGATTCAATGTTTCG 2277 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| Sbjct 2219 TATGGAACCCCTTCTGCAGGTTTTCCGCACCCTGGAATCAACACCAGATTCGATGTTTCG 2278 Query 2278 CACTGATGCTGTGAAGTTTGCTCTGATCGGATTGATGAGGGATTTAAGAGGAATAGCAAT 2337 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2279 CACTGATGCTGTGAAGTTTGCTCTGATCGGATTGATGAGGGATTTAAGAGGAATTGCAAT 2338 Query 2338 GGCTACTAGCAGCCGGAGAAGCTATGGTTTTCTATTTGACTGGCTCTATCCTGCACACAT 2397 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2339 GGCTACTAGCAGCCGGAGAAGCTATGGTTTTCTATTTGACTGGCTCTATCCTGCACACAT 2398 Query 2398 GCCACTCCTTTTGAGAGGGATCTCACATTGGTTCGACACACCAGAGGTTACGACCCCGTT 2457 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2399 GCCACTCCTTTTGAGAGGGGTCTCACATTGGTTCGACACACCAGAGGTTACGACCCCGTT 2458 Query 2458 GTTGAAGTTCATGGCTGAGTTTGTGCATAACAAAACGCAGCGCCTTACTTTTGATTCTTC 2517 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2459 GTTGAAGTTCATGGCTGAGTTTGTGCATAACAAAACGCAGCGCCTTACTTTTGATTCTTC 2518 Query 2518 TTCTCCAAATGGCATCCTGCTTTTCCGGGAAGTCAGTAAATTGATTGTGGCTTATGGTTC 2577 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2519 TTCTCCAAATGGCATCCTGCTTTTCCGGGAAGTCAGTAAATTGATTGTGGCTTATGGTTC 2578 Query 2578 AAGGATTTTATCCCTGCCAAATGTTGCAGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTG 2637 |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2579 AAGGATTTTAGCCCTGCCAAATGTTGCGGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTG 2638 Query 2638 GGTTTCACTGACAATTCTGTCAAGAGCGCTCTCGGGAAATTATTGCAACTTTGGTGTCTT 2697 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2639 GGTTTCACTCACAATACTGTCAAGAGCGCTCTCGGGAAATTATTGCAACTTCGGTGTCTT 2698 Query 2698 TGAACTTTATGGCGACCGGGCTCTTGCGGATGCACTTGATATTGCGTTGAAGATGACCCT 2757 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2699 TGAACTTTATGGTGACCGGGCTCTTGCGGATGCACTTGATATTGCGTTGAAGATGACCCT 2758 Query 2758 TGCAATACCCTTGGCAGATATATTAGCATATCGCAAGCTTACAAAGGCATACTTTGGATT 2817 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2759 TGCAATACCCTTGGCAGATATATTAGCATATCGCAAGCTTACAAAGGCATACTTTGGGTT 2818 Query 2818 CGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGATACTGCCACCTT 2877 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 2819 CGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGACACTGCAACCTT 2878 Query 2878 TATGCATCTCGTAGGTTCCCTTGAATCTGGCCTCAAGGGGTTAGACACAAGTATTTCATC 2937 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2879 TATGCATCTCGTAGGTTCCCTTGAATCTGGACTCAAGGGGTTGGACACAAGTATTTCATC 2938 Query 2938 ACAGTGTGCAATAGCTGTCGACAATCTTGCTTCATATTATTTCAATAACATCACAATGGG 2997 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2939 ACAGTGTGCAATAGCTGTCGACAATCTTGCTTCATATTATTTCAATAACATCACAATGGG 2998 Query 2998 TGAGGCACCTAGTTCTCCCGCTGCTATTCGTTTTGCACAGCACATTGCAGACTGCCCGAG 3057 ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2999 TGAGGCACCTACTACTCCAGCTGCTATTCGTTTTGCACAGCACATTGCAGACTGTCCGAG 3058 Query 3058 TTTGTTCCCGGAGATATTGAAGACACTGTTTGAAATAGTTTTATTCGAGGATTGTGGCAA 3117 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3059 TTTGTTCCCCGAGATATTGAAGACACTGTTTGAAATAGTTTTATTCGAGGATTGTGGCAA 3118 Query 3118 TCAGTGGAGTCTCAGCAGGCCAATGTTAAGCTTGATTCTTATAAGTGAGCAGATTTTCTC 3177 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3119 TCAGTGGAGTCTCAGCAGACCAATGTTAAGCTTGATTCTTATAAGTGAGCAGATTTTCTC 3178 Query 3178 TGATCTGAAAGCTAAGATCCTCTCATCACAG--C------C--------C-G--TG-G-A 3216 ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | || | | Sbjct 3179 TGATCTGAAAGCTAAGATCCTCTCATCACAGAGCATTATTCTAATGGTGCAGCCTGCGGA 3238 Query 3217 TCAACACCAGCGACTCTCTGCCTGCTTTGACAGTCTTATGACAGACATATCGCGGGGATT 3276 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3239 TCAACACCAGCGACTCTCTGCCTGCTTTGACAGTCTTATGACAGACATATCGCGGGGATT 3298 Query 3277 AGATTCAAAGAACAGAGACAAGTTCACTCAGAACTTGACCCTTTTCAGGCACGAGTTCCG 3336 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 3299 AGATTCAAAGAACAGAGACAAGTTCACTCAGAACTTGACCCTTTTCAGACACGAGTTCCG 3358 Query 3337 GGTAAAATA 3345 || ||||| Sbjct 3359 CGTTAAATA 3367 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 166504083817 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5