BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487414
Length=3346
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G06120.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5... 5733 0.0
> AT5G06120.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5:1844078-1852601
FORWARD LENGTH=3368
Length=3368
Score = 5733 bits (3104), Expect = 0.0
Identities = 3285/3369 (98%), Gaps = 26/3369 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCTTCTTCCTCGTTGTAACCATCGGCGCTTCGCTTGATCGAGATTTAAGTTCGCCGG 60
||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 TCTTCTTCTGCTTCGTTGTAACCATCGACGCTTCGCTTGATCGAGATTT-AGTTCGCCGG 59
Query 61 AATAAC-TCACCGAACAACAAATCTGATTAGCTACCAGCTCAATCTCTGAAATCAA-CCG 118
|| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 60 AA-AACTTCACCGAACAACAAATCTGATTAACTACCAGCTCAATCTCTGAAATCAACCCG 118
Query 119 AGTACTGAGCTGGAGTAAGGTGATAGACAGCTTGAAT-CATTTTCCATCATGCAGAATTC 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 AGTACTGAGCTGGAGTAAGGTGATAGACAGCTTGAATACATTTTCCATCATGCAGAATTC 178
Query 178 TGCTTTGTTACCAATGGAGAGCTTGGCGCAACTTGAGGCAATGTGCGAGAGATTATACAA 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TGCTTTGTTACCAATGGAGAGCTTGGCGCAACTTGAGGCAATGTGCGAGAGATTATACAA 238
Query 238 CTCACAGGATTCAGCTGAGAGGGCTCATGCTGAAAATAGTCTGAGATGCTTTTCCGTGAA 297
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 239 CTCACAGGATTCAGCTGAGAGGGCTCATGCTGAAAATAGTCTGAGATGCTTTTCTGTGAA 298
Query 298 TACGGATTATATATCGCAATGTCAATACATTCTCGACAATTCATCAAAACCTTATTCCTT 357
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TACGGATTATATATCACAATGTCAATACATTCTCGACAATTCATCAAAACCTTATTCCTT 358
Query 358 AATGCTCGCTAGCTCGAGTTTGTTAAAGCAAGTGACTGATCATACCCTTCCGCTGAATCT 417
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 359 AATGCTCGCTAGCTCGAGTTTGTTAAAGCAAGTAACTGATCATACTCTTCCGCTGAATCT 418
Query 418 TCGCCTTGACATCAGGGCTTATATTGTGAACTATCTGGCTACAAGAGGACCGAAGATGCA 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TCGCCTTGACATCAGGGCTTATATTGTGAACTATCTGGCTACAAGAGGACCGAAGATGCA 478
Query 478 ATCATTTGTTATTGCTTCGCTTATTCAACTGCTTTGCCGGCTCACAAAGTTTGGATGGTT 537
|||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 ATCATTTGTTATCGCTTCTCTCATTCAACTGCTTTGCCGGCTCACAAAGTTTGGATGGTT 538
Query 538 AGATGATGATAGATTCAGGGATGTGGTTAAGGAATCTACAAACTTCTTGGAACAGGGCTC 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 539 AGATGATGATAGATTCAGGGATGTGGTTAAGGAATCTACAAACTTCTTGGAACAGGGTTC 598
Query 598 CTCGGATCACTATGCTATTGGTTTAAGAATTTTGGATCAACTTGTGCAGGAGATGAATCA 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CTCGGATCACTATGCTATTGGTTTAAGAATTTTGGATCAACTTGTGCAGGAGATGAATCA 658
Query 658 GCCTAATCCAGGACTGCCATCTACACATCACCGGCGGGTTGCATGCAACTTTAGGGATCA 717
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GCCTAATCCAGGACTGCCATCTACACATCATCGGCGGGTTGCATGCAACTTTAGGGATCA 718
Query 718 ATCCTTATTTCAAATATTCCGAATAGCTTTGACGTCATTAAGCTATCTGAAAAATGATGC 777
||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ATCCTTATTTCAAGTTTTCAGAATAGCTTTGACGTCATTAAGCTATCTGAAAAATGATGC 778
Query 778 CTCTGGTCGTTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTT 837
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CGCTGGTCGTTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTT 838
Query 838 TGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGATTCCAACTTC 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGATTCCAACTTC 898
Query 898 CTGGAGGTCAGTATTGGAGGATTCTTCCACGCTGCAGATATTTTTCGATTATTATGGTAG 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CTGGAGGTCAGTATTGGAGGATTCTTCCACGCTGCAGATATTTTTCGATTATTATGGTAG 958
Query 958 TACAGAGTCCCCTCTTTCGAAAGAGGCACTTGAATGCTTGGTGCGATTGGCTTCTGTAAG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TACAGAGTCCCCTCTTTCGAAAGAGGCACTTGAGTGCTTGGTGCGATTGGCTTCTGTAAG 1018
Query 1018 GCGCTCTCTGTTCACAAATGATGCTACGCGCTCTAATTTTCTAGCTCATTTGATGACGGG 1077
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GCGCTCTCTGTTCACAAATGATGCTACACGCTCTAATTTTCTAGCTCATTTGATGACGGG 1078
Query 1078 AACCAAAGAAATTCTTCAAACTGGAAAAGGTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTT 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AACCAAAGAAATTCTTCAAACTGGAAAAGGTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTT 1138
Query 1138 CTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGTTGAATTATCAGCTTTCAGAGCTTGTGAAGATGGA 1197
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGCTTTCAGAGCTTGTGAAGATGGA 1198
Query 1198 AGGTTATGGTGAGTGGATACAGTTGGTGGCAGAGTTCACACTTAAATCTCTCCAGTCATG 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGGTTATGGTGAGTGGATACAGTTGGTGGCAGAGTTCACACTTAAATCTCTCCAGTCATG 1258
Query 1258 GCAGTGGGCCAGCAGCAGCGTCTATTACCTTCTTGGGATGTGGTCCAGATTAGTAGCATC 1317
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GCAGTGGGCCAGCAGCAGCGTGTATTACCTTCTTGGGATGTGGTCCAGATTAGTAGCATC 1318
Query 1318 TGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTAC 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTAC 1378
Query 1378 AGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGGCTAGCGTCCCCGATGACCCGAC 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1379 AGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGGCTAGCGTCCCAGATGATCCGAC 1438
Query 1438 TGATCATCCTTTGGATAAAGTTGAAGTCCTGCAGGATGAGCTGGATTGCTTTCCTTACCT 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TGATCATCCTTTGGATAAAGTTGAAGTCCTGCAGGATGAGCTGGATTGCTTTCCTTACCT 1498
Query 1498 ATGCAGATTTCAGTATGAAAGAACTGGTATGTATATAATAAACACAATGGAGCCTCTTCT 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ATGCAGATTTCAGTATGAAAGAACTGGTATGTATATAATAAACACAATGGAGCCTCTTCT 1558
Query 1558 GCAATCATATACGGAAAGGGGGCAGCTACAGTTTGCTGATAATTCTGAACTAGCACTTAT 1617
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1559 GCAATCATATACGGAAAGAGGGCAACTACAGTTTGCTGATAATTCTGAACTAGCACTCAT 1618
Query 1618 TGAAGCAAAATTGTCATGGATTGTTCACATTGTTGCCGCTATTGTTAAAATAAAGCAGTG 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGAAGCAAAATTGTCATGGATTGTTCACATTGTTGCCGCTATTGTTAAAATAAAGCAGTG 1678
Query 1678 CAGTGGTTGTAGTGTGGAGACGCAAGAGGTGCTTGATGCTGAACTCTCCGCTCGTGTTTT 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CAGTGGTTGTAGTGTGGAGACGCAAGAGGTGCTTGATGCTGAACTCTCCGCTCGTGTTTT 1738
Query 1738 GCGGCTAGTAAATGTTATGGACAGTGGACTGCATAGACAGCGATATGGTGAAATTAGTAG 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1739 GCGGCTAGTAAATGTTATGGACAGTGGACTGCATAGACAGAGATATGGTGAAATAAGTAA 1798
Query 1798 ACAAAGGCTTGATCGTGCCATTCTTACCTTCTTCCAGAATTTCCGAAAGTCTTACGTTGG 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1799 ACAAAGGCTTGATCGTGCCATTCTTACCTTCTTCCAAAATTTCCGGAAGTCTTACGTTGG 1858
Query 1858 TGATCAGGCCATGCATTCATCAAAATTGTATGCCAGATTGAAAGAACTCCTTGGACTGCA 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGATCAGGCCATGCATTCATCAAAATTGTATGCCAGATTGAAAGAACTCCTTGGACTGCA 1918
Query 1918 TGATCATCTTGTTCTGTTGAACGTTATTGTTGGCAAGATTGCTACAAACTTAAAATGTTA 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TGATCATCTTGTTCTGTTGAACGTTATTGTTGGCAAGATTGCTACAAACTTAAAATGTTA 1978
Query 1978 TACAGAGAGTGAAGAAGTCATTGGTCACACGCTAAGTTTGTTTCTGGAGTTGGCATCTGG 2037
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TACAGAGAGTGAAGAAGTCATTAATCACACGCTAAGTTTGTTTCTGGAGTTGGCATCTGG 2038
Query 2038 ATACATGACCGGGAAGCTGCTTTTGAAGTTGGACACCGTGACCTTTATTATATCTAATCA 2097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 ATACATGACCGGGAAGCTGCTTTTGAAGTTGGACACGGTGACCTTTATTATATCTAATCA 2098
Query 2098 CACTAGGGAGCAATTTCCATTCTTAGAAGAGTATAGATGCTCTCGCAGCAGAACAACGTT 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 CACTAGGGAGCAATTTCCATTCTTAGAAGAGTATAGATGCTCTCGCAGCAGAACAACGTT 2158
Query 2158 TTACTACACTATTGGCTGGTTGATTTTCATGGAGGATAGCTTAATAAAGTTCAAGACTTC 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TTACTACACTATTGGCTGGTTGATTTTCATGGAGGATAGCTTAATAAAGTTCAAGACTTC 2218
Query 2218 TATGGAACCCCTTCTGCAGGTTTTCCGCACCCTGGAATCAGCACCAGATTCAATGTTTCG 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2219 TATGGAACCCCTTCTGCAGGTTTTCCGCACCCTGGAATCAACACCAGATTCGATGTTTCG 2278
Query 2278 CACTGATGCTGTGAAGTTTGCTCTGATCGGATTGATGAGGGATTTAAGAGGAATAGCAAT 2337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2279 CACTGATGCTGTGAAGTTTGCTCTGATCGGATTGATGAGGGATTTAAGAGGAATTGCAAT 2338
Query 2338 GGCTACTAGCAGCCGGAGAAGCTATGGTTTTCTATTTGACTGGCTCTATCCTGCACACAT 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GGCTACTAGCAGCCGGAGAAGCTATGGTTTTCTATTTGACTGGCTCTATCCTGCACACAT 2398
Query 2398 GCCACTCCTTTTGAGAGGGATCTCACATTGGTTCGACACACCAGAGGTTACGACCCCGTT 2457
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 GCCACTCCTTTTGAGAGGGGTCTCACATTGGTTCGACACACCAGAGGTTACGACCCCGTT 2458
Query 2458 GTTGAAGTTCATGGCTGAGTTTGTGCATAACAAAACGCAGCGCCTTACTTTTGATTCTTC 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 GTTGAAGTTCATGGCTGAGTTTGTGCATAACAAAACGCAGCGCCTTACTTTTGATTCTTC 2518
Query 2518 TTCTCCAAATGGCATCCTGCTTTTCCGGGAAGTCAGTAAATTGATTGTGGCTTATGGTTC 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TTCTCCAAATGGCATCCTGCTTTTCCGGGAAGTCAGTAAATTGATTGTGGCTTATGGTTC 2578
Query 2578 AAGGATTTTATCCCTGCCAAATGTTGCAGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTG 2637
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 AAGGATTTTAGCCCTGCCAAATGTTGCGGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTG 2638
Query 2638 GGTTTCACTGACAATTCTGTCAAGAGCGCTCTCGGGAAATTATTGCAACTTTGGTGTCTT 2697
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2639 GGTTTCACTCACAATACTGTCAAGAGCGCTCTCGGGAAATTATTGCAACTTCGGTGTCTT 2698
Query 2698 TGAACTTTATGGCGACCGGGCTCTTGCGGATGCACTTGATATTGCGTTGAAGATGACCCT 2757
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 TGAACTTTATGGTGACCGGGCTCTTGCGGATGCACTTGATATTGCGTTGAAGATGACCCT 2758
Query 2758 TGCAATACCCTTGGCAGATATATTAGCATATCGCAAGCTTACAAAGGCATACTTTGGATT 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2759 TGCAATACCCTTGGCAGATATATTAGCATATCGCAAGCTTACAAAGGCATACTTTGGGTT 2818
Query 2818 CGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGATACTGCCACCTT 2877
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2819 CGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGACACTGCAACCTT 2878
Query 2878 TATGCATCTCGTAGGTTCCCTTGAATCTGGCCTCAAGGGGTTAGACACAAGTATTTCATC 2937
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2879 TATGCATCTCGTAGGTTCCCTTGAATCTGGACTCAAGGGGTTGGACACAAGTATTTCATC 2938
Query 2938 ACAGTGTGCAATAGCTGTCGACAATCTTGCTTCATATTATTTCAATAACATCACAATGGG 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 ACAGTGTGCAATAGCTGTCGACAATCTTGCTTCATATTATTTCAATAACATCACAATGGG 2998
Query 2998 TGAGGCACCTAGTTCTCCCGCTGCTATTCGTTTTGCACAGCACATTGCAGACTGCCCGAG 3057
||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2999 TGAGGCACCTACTACTCCAGCTGCTATTCGTTTTGCACAGCACATTGCAGACTGTCCGAG 3058
Query 3058 TTTGTTCCCGGAGATATTGAAGACACTGTTTGAAATAGTTTTATTCGAGGATTGTGGCAA 3117
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 TTTGTTCCCCGAGATATTGAAGACACTGTTTGAAATAGTTTTATTCGAGGATTGTGGCAA 3118
Query 3118 TCAGTGGAGTCTCAGCAGGCCAATGTTAAGCTTGATTCTTATAAGTGAGCAGATTTTCTC 3177
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3119 TCAGTGGAGTCTCAGCAGACCAATGTTAAGCTTGATTCTTATAAGTGAGCAGATTTTCTC 3178
Query 3178 TGATCTGAAAGCTAAGATCCTCTCATCACAG--C------C--------C-G--TG-G-A 3216
||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | || | |
Sbjct 3179 TGATCTGAAAGCTAAGATCCTCTCATCACAGAGCATTATTCTAATGGTGCAGCCTGCGGA 3238
Query 3217 TCAACACCAGCGACTCTCTGCCTGCTTTGACAGTCTTATGACAGACATATCGCGGGGATT 3276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 TCAACACCAGCGACTCTCTGCCTGCTTTGACAGTCTTATGACAGACATATCGCGGGGATT 3298
Query 3277 AGATTCAAAGAACAGAGACAAGTTCACTCAGAACTTGACCCTTTTCAGGCACGAGTTCCG 3336
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3299 AGATTCAAAGAACAGAGACAAGTTCACTCAGAACTTGACCCTTTTCAGACACGAGTTCCG 3358
Query 3337 GGTAAAATA 3345
|| |||||
Sbjct 3359 CGTTAAATA 3367
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166504083817
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5