BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487625
Length=2926
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G07920.1 | Symbols: DGK1, ATDGK1 | diacylglycerol kinase1 | ... 4054 0.0
> AT5G07920.1 | Symbols: DGK1, ATDGK1 | diacylglycerol kinase1
| chr5:2524778-2529330 REVERSE LENGTH=3043
Length=3043
Score = 4054 bits (2195), Expect = 0.0
Identities = 2383/2474 (96%), Gaps = 12/2474 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 185 TTTGTTCTGAGCATATACTGGTTTGATGGATGATGAGGATATGGAGTTTGAAGAAGAATT 244
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 270 TTT-TTCTGAGCATAAACTGGTTTGATGGATGATGATGATATGGAGTTTGAGGAAGAATT 328
Query 245 TTTGATGACCTGTGTGTGGACCTGACCAATACAAGAATC-TTTTGGGGCTTCTGT-TTGG 302
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||
Sbjct 329 TTTGATGATCTGTGTGTGGACCTGACCAATACAATAATCTTTTTGGGGCTTCT-TATTGG 387
Query 303 CTCGAATTTCAGGGATTTTCACACTTGTAGTAGAGTTGTAACATAGATAAATGGATGACG 362
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
Sbjct 388 CTCGGATTTCAGGGATTTTCACACTTGTAGTAGAGTTGCAACATAGACAAATGGACGACG 447
Query 363 ATGGAGAATTGGGGATGTTCTTTCCTAGCTGGACCAGCAAGTATCCTATTGACACTGTTG 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 448 ATGGAGAATTGGGGATGTTCTTTCCTAGCTGGACCAGCAAGAATCCTATTGACACGGTTG 507
Query 423 AATCTCGTGGTTTAATGTTCTCTTGTTTTGTTGCTGCCCTTGTTGGTATATTGACCATCG 482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 AATCTCGTGGTTTAATGTTCTCTTGTTTTGTTGCTGCCCTTGTTGGTATATTGACCATCG 567
Query 483 CCTACACTGCTTTTCAATGGCGAAGAAATATTAACTTAAGTTGGACGAAAGCCATAGCCA 542
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 568 CCTACACTGCTTTTCAATGGCGAAGAAATATTAATTTAAGTTGGACGAAAGCCATAGCCA 627
Query 543 GGTCAAAGAAAAATCCAAAGGCACGACATAAGGTTCCTGTCGCCCCACATAGCTGGGAAC 602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 628 GGTCAAAGAAAAATCCAAAGGCACGACATAAGGTTCCTGTTGCCCCACATAGCTGGGAAC 687
Query 603 TCGACCCTATAGCTCGCGCGAAAAACTTGAACTGTTGTGTTTGCTTGAAGTCGATGTCGC 662
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 688 TCGACCCTATAGCTCGTGCGAAAAACTTGAACTGTTGTGTTTGCTTGAAGTCCATGTCGC 747
Query 663 CATCTCAGGCAATTGTAGCTTCAGAAAGTTTTTTCCACAGGTGCACAATCTGTGGAGCAG 722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 CATCTCAGGCAATTGTAGCTTCAGAAAGTTTTTTCCACAGGTGCACAATCTGTGGAGCAG 807
Query 723 CAGCACATTTTAACTGTTCTTCAAGTGCGCCTAAAGATTGCAAATGTGTCTCCATGGTTG 782
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 808 CAGCACATTTTAACTGTTCTTCAAGTGCGCCAAAAGATTGCAAATGTGTCTCCATGGTTG 867
Query 783 GATACGAGCATGTGGTGCACCAGTGGGCAGTGCGGTGGACAGAAGGGGCTGATCAGCCTG 842
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 868 GATTTGAGCATGTGGTGCACCAGTGGGCAGTGCGGTGGACAGAAGGGGCTGATCAGACTG 927
Query 843 ACGACTCCTCGTTTTGTAGCTACTGTGACGAGTCATGTAGTAGCTCCTTTCTTGGGGGTT 902
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 928 ATGACTCCTCGTTTTGTAGCTACTGTGACGAGTCATGTAGTAGCTCCTTTCTTGGGGGTT 987
Query 903 CTCCTATATGGTGCTGCTTGTGGTGTCAACGTCTTGTGCATGTTGACTGTCACAGTAACA 962
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 988 CTCCTATATGGTGCTGCTTGTGGTGTCAACGTCTTGTGCACGTTGACTGTCACAGTAACA 1047
Query 963 TGTCAAATGAAACTGGTGACATTTGTGATTTAGGCCCTCTTAGAAGGTTAATCTTGTGCC 1022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1048 TGTCAAATGAAACTGGTGACATTTGTGATTTAGGCCCGCTTAGAAGGTTAATATTGTGCC 1107
Query 1023 CTCTCTACGTTAAGGAATTGACACGGAATCCCTCTGGAGGATTTCTGAGCTCAATCACGC 1082
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1108 CACTCTACGTTAAGGAATTGACGCGGAATCCCTCTGGAGGATTTCTGAGCTCAATCACTC 1167
Query 1083 ATGGTGCTAACGAACTTGCATCAACCGCCCTTGCCAGCATCAGGAGTCAAAGCAAAAAAT 1142
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1168 ATGGTGCTAACGAACTTGCATCTACCGCCCTTGCCAGTATCAGGATTCAAAGCAAAAAAT 1227
Query 1143 ACAAGCAAGCTAATGAAACTTCAGCTGACACAGGTAATAGTGGTAGCAATTGCGATGAAT 1202
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1228 ACAAGCAAACTAATGAAACTTCAGCTGACACTGGTAATAGTGGTAGCAATTGCGATGAAT 1287
Query 1203 CCACAGAAAGCACAGCTGATACAGGTCCAACTGTTAATGGCTCCCAGGCCGTGCTGGAAA 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||
Sbjct 1288 CCACAGAAAGCACAGCTGATACAGGTCCAACTGTTAATGGCGCTCATGCCGTACTGGAAA 1347
Query 1263 ATTCTATCAGCGTTATGAATGGGGATTCTTCTCACGGAGACATTGACAGCAATGGCAAGC 1322
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1348 ATTCTATCAGCGTTATGAATGGGGATTCTTCTAACGGGGACAGTGACAGCAATGGCAAGC 1407
Query 1323 TGGAAAAGAAGCCCAGTGTTAAAAGAAGCGGGTCTTTTGGTCAGAAGGAATATCATGCAC 1382
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 TGGAAAAGAAGCCGAGTGTTAAAAGAACCGGGTCTTTTGGTCAGAAGGAATATCATGCAC 1467
Query 1383 TAAGGTCGAAACTTAAGTATGAACTAGCTGATTTACCTTCAGATGCAAGACCATTGTTGG 1442
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1468 TAAGGTCGAAACTTAAGTATGAACTAGCTGATTTGCCTTCAGATGCAAGACCGTTGTTGG 1527
Query 1443 TTTTTATTAACAAAAAGAGTGGTGCTCAACGTGGGGATTCCCTTCGTCAGCGCCTTCATC 1502
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1528 TTTTTATTAACAAAAAGAGTGGTGCTCAACGAGGTGATTCCCTTCGTCAACGTCTTCATC 1587
Query 1503 TTCTTCTAAATCCCGTGCAGGTATGTGAATTGAGTTCAGTACAGGGACCAGAAGTGGGAC 1562
||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1588 TTCATCTAAATCCTGTGCAGGTATTTGAATTGAGTTCAGTGCAGGGACCAGAAGTGGGAC 1647
Query 1563 TTTTCCTCTTCAGGAAGGTTCCTCACTTTAGAGTTCTTGTTTGTGGTGGAGATGGCACTG 1622
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1648 TTTTTCTCTTCAGGAAGGTTCCTCACTTTAGAGTTCTTGTTTGTGGTGGAGATGGCACCG 1707
Query 1623 CTGGTTGGGTATTAGATGCCATAGAGAAACAGAATTTCGTCTCTCCTCCTGCAGTTGCTA 1682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1708 CTGGTTGGGTATTAGATGCCATAGAGAAACAGAATTTTATTTCTCCTCCTGCAGTTGCTA 1767
Query 1683 TCCTCCCTGCTGGAACCGGGAATGATCTATCCCGAGTATTAAATTGGGGTGGTGGTTTGG 1742
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1768 TACTGCCTGCTGGAACCGGGAATGATCTATCCCGAGTATTAAATTGGGGTGGTGGTTTGG 1827
Query 1743 GTTCTGTTGAGAGACAAGGAGGATTGTCGACAGTGTTACAGAATATAGAGCACGCTGCAG 1802
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1828 GTTCTGTTGAGAGACAAGGAGGCTTGTCGACAGTATTACAGAACATAGAGCATGCTGCAG 1887
Query 1803 TCACTGTCCTTGATCGTTGGAAAGTATCGATTCTGAATCAACAAGGAAAGCAACTCCAGC 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1888 TCACTGTCCTTGATCGTTGGAAAGTATCGATTCTGAATCAACAAGGAAAGCAACTCCAGC 1947
Query 1863 CGCCAAAATATATGAACAATTATATAGGGGTTGGGTGTGATGCAAAGGTCGCCCTTGAGA 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1948 CGCCAAAATATATGAACAATTATATAGGGGTTGGGTGTGATGCTAAGGTTGCCCTTGAGA 2007
Query 1923 TTCACAATCTACGAGAGGAGAATCCAGAGAGATTTTATAGCCAGTTTATGAACAAAGTCC 1982
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2008 TTCACAATCTACGGGAGGAGAATCCAGAGAGATTTTATAGCCAGTTTATGAACAAAGTCC 2067
Query 1983 TCTATGCCAGAGAAGGTGCAAGGAGTATAATGGACAGAACATTCGAAGATTTCCCTTGGC 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 TCTATGCCAGAGAAGGTGCAAGGAGTATAATGGACAGAACATTCGAAGATTTCCCTTGGC 2127
Query 2043 AAGTTCGAGTTGAGGTGGATGGTGTTGACATCGAGGTTCCTGAGGATGCGGAAGGAATAC 2102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128 AAGTTCGAGTTGAGGTGGATGGTGTTGACATCGAGGTTCCTGAGGATGCGGAAGGAATAC 2187
Query 2103 TTGTTGCAAACATTGGAAGTTACATGGGAGGGGTGGATTTATGGCAGAATGAAGATGAAA 2162
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2188 TGGTTGCAAACATTGGAAGTTACATGGGAGGGGTGGATTTATGGCAGAATGAAGATGAAA 2247
Query 2163 CATATGAAAACTTTGATCCGCAATCGATGCACGACAAGATAGTTGAAGTCGTGAGTATAT 2222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2248 CATATGAAAACTTTGATCCGCAATCGATGCACGACAAGATAGTTGAAGTTGTGAGTATAT 2307
Query 2223 CTGGGACATGGCACCTTGGGAAACTTCAGGTCGGGTTGTCTCGTGCGAGAAGGCTAGCTC 2282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2308 CTGGGACATGGCACCTTGGGAAACTTCAGGTCGGGTTGTCTCGTGCGAGAAGGCTAGCTC 2367
Query 2283 AAGGGTCAGCAGTCAAGATACAACTTTGTGCGCCTTTACCAGTGCAAATTGATGGAGAAC 2342
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2368 AAGGGTCAGCAGTCAAGATACAACTTTGTGCGCCTTTACCAGTGCAAATTGATGGAGAGC 2427
Query 2343 CTTGGAATCAGCAACCATGTACCTTAACCATATCACACCATGGCCAGGCTTTCATGCTAA 2402
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2428 CTTGGAATCAGCAACCATGTACCTTAACCATATCGCACCATGGCCAGGCTTTCATGCTAA 2487
Query 2403 AGAGAGCCGCGGAGGAGCCACTGGGCCACGCAGCGGCTATAATCACAGATGTTCTAGAGA 2462
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2488 AGAGAGCCGCGGAAGAGCCACTGGGTCACGCAGCAGCTATAATCACAGATGTTCTAGAGA 2547
Query 2463 ATGCAGAAACCAATCAAGTGATAAATGCTTCTCAGAAACGAGCTCTGCTTCAAGAAATGG 2522
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2548 ATGCAGAAACCAATCAAGTGATAAACGCTTCTCAGAAACGAACGCTGCTTCAAGAAATGG 2607
Query 2523 CTCTTCGACTAACTTaaaacaaag-aaaaaaaa-gaaaagacagaagacaaaaC-TTCCC 2579
|||| || ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2608 CTCTACGGCTAACTTAAAACAGGGGAAAAAAAAAGAAAAGACAGAAGACAAAACCTTCCC 2667
Query 2580 CTCTTCAACAACCAATATCAATCATCACTGGTTAGTTACAAATATTTACAAATGCGTGTA 2639
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2668 -TCTTCAACAACCAAT--CAATCATCACTGGTTAGTTACAAATATTTACAAATGCGTGTA 2724
Query 2640 TTT-AGATAGTCTT 2652
||| | ||| ||||
Sbjct 2725 TTTTACATA-TCTT 2737
Score = 333 bits (180), Expect = 6e-90
Identities = 252/284 (89%), Gaps = 15/284 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 2647 AGTCTTCAAGATCGAAATCTGCTGAATGA-AAAGCGGGTTCTGTGTGGAAGTAGGaaaaa 2705
|||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2769 AGTCTTGAAGATCGAAATCCGCTGATTGACAAAGCGGGTTCTGTGTGGAAGT-------A 2821
Query 2706 ggaaaaaggaaccaaaaaaTGGATTCTGGTTCCTAGATTTTTGGCTGTTCTCATAGTGAA 2765
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 GGAAAAAGGAACCAAAAATTGGAATCTGGTTCCTAGATTTTTGGCTGTTCTCATAGTGAA 2881
Query 2766 TGAAA-CAAGGCGTGTTTAATTACCTATGTGTTTTTCTCATATT--ATTACTATGGGTTC 2822
||||| ||| |||||||||||| || ||| ||| |||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2882 TGAAAGCAAAACGTGTTTAATTATCTCTGTCTTT--CTCATATTTTATTATTATGGGTTC 2939
Query 2823 CTTTTCTATGTCAAATATATAATTTTTAGAAGAATCATGTATGTACATTTAGATGAACCC 2882
||||||||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2940 CTTTTCTATATCAAATAGA-A-TTTTGAGAAGAATCATGTATGTACATATAGATGAACCA 2997
Query 2883 TGTTCTTAATTTGTGATTATTTTCTAGAAACAGTATTATTAGGC 2926
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2998 TGTTCTTAATTTGTGATTATTTTCTAGAAATAGTATTATTAGGC 3041
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145433967757
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5