BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487687
Length=2550
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G08490.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4222 0.0
> AT5G08490.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:2745208-2747757 REVERSE LENGTH=2550
Length=2550
Score = 4222 bits (2286), Expect = 0.0
Identities = 2459/2545 (97%), Gaps = 2/2545 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 CCTTTACGGCAATTTGTTCAGAATTTCAGACTTTTGTCTGGTTTTGGAACTGATCACAGG 66
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7 CCTTTACGGCAATTTGTTCAGAATTTCAGACTTTTGTCTGGTTTTGGAACTGATCACAGG 66
Query 67 GtttttttGGATGTTGTCAAAGCTTGTGCTTCAGTGTCTGAGCTCACATCAGGGAGGGCT 126
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 67 GTTTTTCTGGATGTTGTCAAAGCTTGTGCTTCAGTGTCTGATCTCACATCAGGGAGGGCT 126
Query 127 CTGCACGGTTGCGTGTTCAAGCTTGGTCATATAGCCTGCACTGAGGTCTCGAAGTCAGTT 186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 127 CTGCACGGTTGCGTGTTCAAGCTTGGTCATATAGCCTGCTCTGAGGTTTCGAAGTCAGTT 186
Query 187 CTTAACATGTATGCGAAATGCAGGAGAATGGATGATTGCCAGAAGATGTTTAGGCAAATG 246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 CTTAACATGTATGCGAAATGCAGGAGAATGGATGATTGCCAGAAGATGTTTAGGCAAATG 246
Query 247 GACAGTGTTGATCCTGTTGTTTGGAATATTGTTCTGACTGGACTTTCTGTTTCTTGTGGT 306
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 247 GACAGTCTTGATCCTGTTGTTTGGAATATTGTTCTGACTGGACTTTCTGTTTCTTGCGGT 306
Query 307 CGTGAAACGATGAGGTTTTTCAAAGCAATGCACTTTGCAGATGAACCTAAGCCCAGCTCC 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 307 CGTGAAACGATGAGGTTTTTCAAAGCAATGCACTTTGCAGATGAACCTAAGCCGAGCTCT 366
Query 367 GTTACCTTTGCGATTCTTCTTCCTGTGTGTGTTCGCCTTGGGGATTCATACAATGGGAAA 426
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 GTTACCTTTGCGATTGTTCTTCCTTTGTGTGTTCGCCTTGGGGATTCATACAATGGGAAG 426
Query 427 AGTATGCATTCTTATATTATTAAAACCGGTTTAGAGAAAGATACACTTGTGGGGAATGCT 486
|||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 AGTATGCATTCTTATATTATTAAAGCCGGTTTGGAGAAAGATACACTTGTGGGGAATGCT 486
Query 487 TTGGTTTCCATGTATGCCAAATTTGGGTATATTATTCCTGATGCTTTTACTGCATTTGAT 546
|||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 487 TTGGTTTCCATGTATGCCAAATTTGGTTTTATTTTTCCCGATGCTTATACTGCATTTGAT 546
Query 547 GATATAGCTGACAAAGATGTTGTCTCATGGAATGCGATTATTGCTGGGTTTTCTGAGAAT 606
| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 GGTATAGCTGATAAAGATGTTGTCTCTTGGAATGCGATTATTGCTGGGTTTTCTGAGAAT 606
Query 607 AAGATGATGGCTGATGCATTTAGATCGTTTTGTCTAATGCTGAAAGAACCTACAGAGCCA 666
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 607 AATATGATGGCTGATGCATTTAGATCGTTTTGTCTAATGCTGAAGGAACCTACAGAGCCA 666
Query 667 AATTATGCAACAATTGCAAATGTTTTGCCAGTTTGCGCTTCCATGGGCAAGAACATTGCA 726
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 667 AATTATGCAACAATTGCAAATGTTTTGCCTGTTTGCGCTTCTATGGACAAGAACATTGCA 726
Query 727 TATCGAAGTGGGAGACAGATTCACAGTTATGTTGTGCAGAGATCTTGGTTGCAAACCCAT 786
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 727 TGTCGAAGTGGTAGACAGATTCACAGTTATGTTGTGCAGAGGTCTTGGCTGCAAACCCAT 786
Query 787 GTTTTTGTATGTAATTCACTTGTGAGTTTCTATTTGAGAGTCGGAAGAATAGAAGAAGCA 846
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 787 GTTTTTGTATGTAATTCACTTGTTAGTTTCTATTTGAGAGTCGGAAGGATAGAAGAAGCA 846
Query 847 GCCTCATTGTTTACGAGGATGGGTTCCAAAGATCTGGTTTCATGGAACGTTGTCATAGCC 906
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 847 GCCTCATTGTTTACCAGGATGGGTTCTAAAGATCTAGTTTCATGGAATGTTGTCATAGCT 906
Query 907 GGTTATGCATCAAATCATGAGTGGCTTAAAGCATTGCAGTTATTTCACAACTTGGTGCAA 966
||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 GGTTATGCATCAAATTGTGAGTGGTTTAAAGCATTTCAGTTATTTCACAACTTGGTGCAT 966
Query 967 AAGGGGGATGTTTCTCTTGATTCAGTAACTATTCTCAGCATCCTTCCTGTCTGTGCGCAG 1026
|||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 967 AAGGGGGATGTTTCTCCTGATTCGGTAACTATTATCAGTATCCTTCCTGTCTGTGCGCAA 1026
Query 1027 TTAACTGACTTGACCTGTGGGAAAGAGATCCACAGTTATATTTTGCGCCATTCTTACCTT 1086
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1027 TTAACTGACTTGGCCTCTGGGAAAGAGATCCACAGTTATATATTGCGCCATTCTTACCTT 1086
Query 1087 TTGGAGGATACATCAGTTGGTAACGCTCTCATTAGTTTCTATGCAAGATTTGGTGACACG 1146
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 TTGGAGGATACATCAGTTGGGAATGCTCTCATTAGTTTCTATGCAAGATTTGGTGACACA 1146
Query 1147 AGTGCAGCATATTGGGCCTTTTCACTGATGTCCATGAAGGATATAATATCTTGGAATGCT 1206
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 AGTGCAGCATATTGGGCCTTTTCACTGATGTCCACGAAGGATATAATATCTTGGAATGCT 1206
Query 1207 ATACTTGATGCCTTTGCAGACAGTCCAAAGCAGTTTCAATTTTTGAATCTCTTGCACCAC 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 ATACTTGATGCCTTTGCAGACAGTCCAAAGCAGTTTCAATTTTTGAATCTCTTGCACCAC 1266
Query 1267 TTATTTAACGAAGCAATCACTCTTGACTCTGTTACTATTTTAAGCCTACTCAAGTTCTGC 1326
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1267 TTACTTAATGAAGCAATCACTCTTGACTCTGTTACTATTTTAAGCCTACTAAAGTTTTGC 1326
Query 1327 ACAAATGTACAGGGAATTGGTAAAGTAAAAGAAGTTCATGGGTACTCAGTTAAGGCTGGT 1386
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 ATAAATGTACAGGGAATTGGTAAAGTAAAAGAAGTTCATGGGTACTCAGTTAAGGCTGGT 1386
Query 1387 CTTTTACACAATGAAGAGGAACCCAAGCTTGGCAATGCATTGCTTGATGCATATGCCAAA 1446
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 CTTTTACACGATGAAGAGGAACCCAAGCTTGGCAATGCATTGCTTGATGCATATGCCAAA 1446
Query 1447 TGTGGTAATGTTGAATACGCTCATAAGATTTTTCAGGGTTTATCAGAGAGGAGAACTTTG 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 TGTGGTAATGTTGAATACGCTCATAAGATTTTTCTGGGTTTATCAGAGAGGAGAACTTTG 1506
Query 1507 GTTACCTATAACTCATTGTTATCAGGATATGTTAATAGTGGAAGTCATGATGATGCTCAG 1566
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 GTTTCCTATAACTCATTGTTATCAGGATATGTTAATAGTGGAAGTCATGATGATGCTCAG 1566
Query 1567 ATGCTGTTCAGTGAGATGTCTACTACTGATCTGACCACTTGGAGTTTGATGGTTCGTATC 1626
||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 ATGCTCTTCACTGAGATGTCTACTACTGATCTCACCACTTGGAGTTTGATGGTTCGTATC 1626
Query 1627 TATGCTGAAAGTTGTTTCCCTAATGAAGCCATTGGTGTTTTCCGTGAGATTCAAGCTCGA 1686
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 TATGCTGAAAGTTGTTGCCCTAATGAAGCCATTGGTGTTTTCCGTGAGATTCAAGCTCGA 1686
Query 1687 GGAATGAGGCCTAACACTGTGACTATAATGAATCTCCTTCCTGTTTGTGCGCAGCTAGCC 1746
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 GGAATGAGGCCTAACACTGTGACTATCATGAATCTCCTTCCTGTTTGTGCGCAGCTAGCC 1746
Query 1747 TCTCTGCATCTAGTAAGACAATGTCATGGATATATTATTAGAGGCAGACTTGGTGATATC 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1747 TCTCTGCATCTAGTAAGACAATGTCATGGATATATTATTAGAGGCGGACTTGGTGATATC 1806
Query 1807 CGCCTGAAGGGGACTCTACTAGATGTATATGCTAAATGTGGCAGCTTGAAGCATGCATAT 1866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 CGCCTGAAGGGGACTCTACTAGATGTATATGCTAAATGTGGCAGCTTGAAGCATGCATAT 1866
Query 1867 TCTGTCTTCCAGTCAGATGCTCGTAGAGATCTGGTTATGTTCACTGCTATGGTAGCTGGG 1926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 TCTGTCTTCCAGTCAGATGCTCGTAGAGATCTGGTTATGTTCACTGCTATGGTAGCTGGG 1926
Query 1927 TATGCTGTACATGGTAGGGGTAAGGAAGCACTTATGATCTTCTCTCATATGATTGACTCA 1986
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||
Sbjct 1927 TATGCTGTACATGGTAGGGGCAAGGAAGCACTTATGATCTACTCTCATATGACTGAATCA 1986
Query 1987 AACATAAAGCCCGATCATGTTTTCATAACTACTCTGTTGACTGCATGCTGTCATGC-GGG 2045
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1987 AACATAAAGCCCGATCATGTTTTCATAACTACTATGTTGACTGCATGCTGTCATGCAGGG 2046
Query 2046 ATTAATACAGGATGGATTGCAAATATATGACTCAATAAGGGCAGTTCACGGTATGAAACC 2105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2047 -TTAATACAGGATGGATTGCAAATATATGACTCAATAAGGACAGTTCACGGTATGAAACC 2105
Query 2106 TACAATGGAACAATATGCTTGTGCTGTAGATCTACTTGCTCGAGGGGGTCGACTTGATGA 2165
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 TACAATGGAACAATATGCTTGTGCTGTAGATCTAATTGCTCGAGGGGGTCGACTTGATGA 2165
Query 2166 TGCATATTCTTTCATCACACAGATGCCAGTTGAACCCAATGCAAATATATGGGGAACACT 2225
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 TGCATATTCTTTTGTCACACAGATGCCAGTTGAACCTAATGCAAATATATGGGGAACACT 2225
Query 2226 GTTAAGGGCGTGTACAACCTATAATAGGATGGATCTGGGGCACTCAGTTGCAAATCATCT 2285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 GTTAAGGGCGTGTACAACCTATAATAGGATGGATCTGGGGCACTCAGTTGCAAATCATCT 2285
Query 2286 TTTGCAAGCTGAATCTGACGACACCGGAAACCACGTTCTCATATCGAATATGTATGCTGC 2345
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 CTTGCAAGCTGAATCTGACGACACCGGAAACCACGTTCTAATATCGAATATGTATGCTGC 2345
Query 2346 AGATGCTAAATGGGAAGGCGTGATGGAGTTGAGAAACCTAATGAAGAAAAAGGAAATGAA 2405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 AGATGCTAAATGGGAAGGCGTGATGGAGTTGAGAAACCTAATGAAGAAAAAGGAAATGAA 2405
Query 2406 AAAGCCAGCGGGATGTAGCTGGCTAGAAGTGGATGGGAAAAGGGATGTTTTTGTGTCTGG 2465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||
Sbjct 2406 AAAGCCAGCGGGATGTAGCTGGCTAGAAGTGGATGGGCAAAGGAATGTCTTTGTGTCTGG 2465
Query 2466 AGATTGTTCTCACCCTCGTAGAGACAGTATTTTTGACTTAGTCAATGCTTTATATCTTCA 2525
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2466 AGATTGTTCTCACCCTCGTAGAGACAGTATTTTTGACTTAGTAAATGCTTTATATCTTCA 2525
Query 2526 GATGAAAGAGCCTGTGGTGTTTTAA 2550
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2526 GATGAAAGAGCCTGTGGTGTTTTAA 2550
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126571197189
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5