BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487692
Length=1909
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G08530.1 | Symbols: CI51 | 51 kDa subunit of complex I | chr... 3203 0.0
> AT5G08530.1 | Symbols: CI51 | 51 kDa subunit of complex I | chr5:2759317-2761875
REVERSE LENGTH=1923
Length=1923
Score = 3203 bits (1734), Expect = 0.0
Identities = 1863/1923 (97%), Gaps = 18/1923 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTATCTCGAGTTCGTCGGTCTCAGGTGGGCAGTGATTATAA------CTCC--GTCTGTT 52
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 4 TTATCTCGAGTTCGTCGGTCTCAGGTGGGCAGTGATTATAACTTCGTCTCCGTGTCTGTT 63
Query 53 CAAGCTCCCATTCTTGTGGCCTTCACGCTTCAGGAACCAAAGACCAGTCTCTCTCCGTAC 112
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |
Sbjct 64 CAAGCTCCCATTCTTGTGGCCTTCACGCTTCAGGAA-CAAAGACCAGTATCTCTCTGAAA 122
Query 113 GATTACTTCGCGGAAA-TTTCGTCTCCATGGCACCCGTGAGGGGGATTCTTGGCTTGCAA 171
|| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 GACTACTTCTCGGAAATTTTCGTCTCCATGGCACCCGTGAGGGGGATTCTTGGCTTGCAA 182
Query 172 AGGGCAGTGTCCATTTGGAAGGAAATTAACAGACTGGCTCCAGCTTTGAGATCATTCAGC 231
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 AGGGCAGTGTCCATTTGGAAGGAAAGTAACAGACTGACTCCAGCTTTGAGATCATTCAGC 242
Query 232 ACTCAAGCTGCATCCACTTCTACCACTCCACAGCCACCTCCACCTCCTCCGCCCCCGGAA 291
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 243 ACTCAAGCTGCATCCACTTCCACCACTCCACAGCCTCCTCCACCTCCTCCGCCTCCGGAA 302
Query 292 AAGACTCATTTCGGTGGTCTCACGGATGAAGATCGGATTTTTACTAATCTCTATGGTCTG 351
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 AAGACTCATTTCGGTGGTCTCAAGGATGAAGATCGGATTTTTACTAATCTCTATGGTCTG 362
Query 352 CATGACCCATTTCTCAAAGGCGCGATGAAGAGAGGTGATTGGCATAGGACCAAAGATTTG 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 CATGACCCATTTCTCAAAGGCGCGATGAAGAGAGGTGATTGGCATAGGACCAAAGATTTG 422
Query 412 GTACTCAAGGGTACTGATTGGATTGTCAATGAAATGAAGAAATCTGGTCTTCGTGGACGT 471
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 423 GTGCTCAAGGGTACTGATTGGATTGTCAATGAAATGAAGAAATCTGGACTTCGTGGACGT 482
Query 472 GGTGGTGCTGGTTTCCCTTCTGGTCTTAAGTGGTCCTTTATGCCTAAAGTTTCTGATGGC 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 GGTGGTGCTGGTTTCCCTTCTGGTCTTAAGTGGTCCTTTATGCCTAAAGTTTCTGATGGC 542
Query 532 CGTCCCTCCTATTTGGTTGTCAATGCTGATGAGAGTGAGCCTGGAACTTGTAAAGATAGG 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 CGTCCCTCCTATTTGGTTGTCAATGCTGATGAGAGTGAGCCTGGAACTTGTAAAGATAGG 602
Query 592 GAGATCATGCGTCATGACCCTCACAAATTGTTGGAAGGGTGTTTAATTGCTGGTGTCGGA 651
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 603 GAGATCATGCGTCATGACCCTCACAAATTGTTGGAAGGGTGTTTGATTGCTGGTGTTGGA 662
Query 652 ATGAGAGCCAGTGCAGCGTATATTTACATCAGGGGTGAATATGTGAATGAGCGTTTGAAT 711
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 ATGAGAGCTAGTGCTGCGTATATTTACATCAGGGGTGAATATGTGAATGAGCGTTTGAAT 722
Query 712 CTAGAGAAGGCTAGAAGAGAAGCATATGCAGCTGGTCTCTTGGGGAAGAATGCATGTGGT 771
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 CTAGAGAAGGCTAGAAGAGAAGCGTATGCAGCTGGTCTCTTGGGGAAGAATGCATGTGGT 782
Query 772 TCTGGTTATGATTTTGATGTTTATATCCACTTTGGTGCCGGTGCTTACATTTGTGGTGAA 831
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 783 TCTGGTTATGATTTTGAAGTTTATATCCACTTTGGTGCTGGTGCGTACATTTGTGGTGAA 842
Query 832 GAGACTGCCCTTCTTGAAAGCCTTGAAGGGAAGCAAGGAAAACCTAGGTTGAAGCCTCCG 891
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 GAGACTGCGCTTCTTGAAAGCCTTGAAGGGAAGCAAGGAAAACCTAGGTTGAAGCCTCCG 902
Query 892 TTCCCTGCTAATGCTGGTTTATATGGTTGTCCCACAACTGTTACCAATGTGGAAACAGTG 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 TTCCCTGCTAATGCTGGTTTATATGGTTGTCCCACAACTGTTACCAATGTGGAAACAGTG 962
Query 952 GCTGTTTCACCTACCATTTTAAGGCGTGGACCTGAGTGGTTTTCTAGTTTCGGTAGGAAG 1011
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GCTGTTTCGCCTACCATTTTAAGGCGTGGACCTGAGTGGTTTTCTAGTTTCGGTAGGAAG 1022
Query 1012 AATAACGCTGGGACAAAGCTGTTTTGTATATCGGGCCATGTAAACAAGCCATGCACGGTA 1071
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 AATAACGCTGGGACAAAGCTCTTTTGTATATCAGGCCATGTAAACAAGCCATGCACGGTG 1082
Query 1072 GAAGAGGAGATGAGTATACCTCTCAAGGAACTGATTGAGAGGCATTGTGGAGGTGTTAGA 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 GAAGAGGAGATGAGTATACCTCTCAAGGAACTGATTGAGAGGCATTGTGGAGGTGTTAGG 1142
Query 1132 GGTGGATGGGACAATCTACTTGCTATCATCCCTGGTGGTTCATCTGTTCCTCTGATTCCT 1191
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1143 GGTGGATGGGACAATCTACTTGCTATCATCCCTGGTGGTTCATCTGTTCCTCTGATCCCT 1202
Query 1192 AAGAACATTTGCGAGGATGTGCTGATGGATTTTGATGCGCTCAAGGCTGTCCAATCAGGG 1251
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 AAGAACATTTGCGAGGATGTGCTGATGGATTTCGATGCGCTCAAGGCTGTCCAATCAGGG 1262
Query 1252 TTAGGAACTGCAGCAGTCATTGTGATGGATAAATCAACCGATGTTGTGGATGCAATTGCA 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 TTAGGAACTGCAGCAGTCATTGTGATGGATAAATCAACCGATGTTGTGGATGCAATTGCA 1322
Query 1312 AGGCTCTCTTACTTCTACAAGCATGAAAGCTGTGGGCAGTGCACTCCTTGCAGAGAGGGA 1371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 AGGCTCTCTTACTTCTACAAGCATGAAAGCTGTGGGCAGTGCACTCCTTGCAGAGAGGGA 1382
Query 1372 ACAGGTTGGCTTTGGATGATCATGGAGAGAATGAAAGTTGGCAATGCAAAGCTGGAAGAG 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 ACAGGTTGGCTTTGGATGATCATGGAGAGAATGAAAGTTGGCAATGCAAAGCTGGAAGAG 1442
Query 1432 ATTGATATGCTACAGGAGGTAACCAAACAGATCGAAGGACACACAATCTGTGCATTGGGT 1491
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 ATTGATATGCTGCAGGAGGTAACCAAACAGATCGAAGGACACACAATCTGTGCATTGGGT 1502
Query 1492 GATGCAGCTGCATGGCCCGTGCAAGGTCTGATAAGACACTTTAGGCCAGAGCTCGAGAGA 1551
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 GATGCAGCTGCATGGCCTGTGCAAGGTCTGATAAGACACTTTAGGCCAGAGCTCGAGAGA 1562
Query 1552 AGGATCAGGGAACGAGCTGAAAGGGAGTTGCTACAGGCTGCTGCTTAAGTACCTTGTTAA 1611
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 AGGATCAGGGAACGCGCTGAAAGGGAGTTGCTACAGGCTGCTGCTTAAGTACCTTGTTAA 1622
Query 1612 CCAGAGGG-GATTTGCTATTATTCTCCATGGAAATAAAATCTGAATGCACA-CTATTAAC 1669
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||
Sbjct 1623 CCAGAGGGAG-TTTGCTATTATTCTCCATGGAAATAAAATCTGAATGAACAACTAGTAAC 1681
Query 1670 GGTTTTGGGATGCAAAGCTACTTCAGAAGGAGAAGAAGGTAATGTA-TTTGTTTGAATTG 1728
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1682 GGTTTTGGGATGCAAAGCTACTTCAGAAGGAGAAGAAGGTAATGTAATTTGTTTGAATGG 1741
Query 1729 TTAATGTTAAAACTCTCTTCAAGTTGTATCAGAAAAGAGCGCTATTTGCTCTTTTGCATT 1788
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1742 TTAATGTTAAAACTCTCTTAAAGTTGTATCAGAAA-GAGCGCGATTTGCTCTTTTGCATT 1800
Query 1789 ACTCTACTTTCTTTTATTGTTTGCATGTTATGTT-ATT-GACTATGAGAGCACATTTTGG 1846
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||
Sbjct 1801 ACTCTACTTTCTTT-ATTGTTTGCTTGTTATGTTTATTCGAGTATGAAAGCACATTTTGG 1859
Query 1847 GAACAACCAAACAAACCCTTTTCATGTTTGAAATAAAGAATGCTCCTTTTTGGGTTTATA 1906
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GAACAACCAAAGAAACCCTTTTCATGTTTGAAATAAAGAATGCTCCTTTTTGGGTTTATA 1919
Query 1907 AGT 1909
|||
Sbjct 1920 AGT 1922
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94527626235
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5