BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487706
Length=2178
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G08650.1 | Symbols: | Small GTP-binding protein | chr5:2806... 3596 0.0
> AT5G08650.1 | Symbols: | Small GTP-binding protein | chr5:2806323-2813264
REVERSE LENGTH=2300
Length=2300
Score = 3596 bits (1947), Expect = 0.0
Identities = 2117/2196 (96%), Gaps = 24/2196 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCTCAAAACAGT----AGAGGTGTAGAGA-CTTACACAGTGCCATGGCCATGGCTTCTG 55
||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTCTCAAAACAGTAGAGAGAGGTGTAGAGAGCTTAGACAGTGCCATGGCCATGGCTTCTG 60
Query 56 CTATGGACTTA---TCTCCTCCAACGTTCTTCTTATCCGGAACTTCTACATCTTCTTCTT 112
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 CTATGGACTTATCTTCTCCTCCAACGTTTTTCTTATCCGGAACTTCTACA------TCTT 114
Query 113 CCCCTTCTGTCCGTCGCCTCTCCTCCATTTCCGTCTCTGGATTCCGCCGTCACTCTTATC 172
|||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 115 CCCCATCTCTCCGTCGTCTCTCCTCCATTTCCGTCTCTGGATTCCGCCGTCACTCTAATC 174
Query 173 GTAAGTTACAGATACTTTGCCAGGCCACAGCTGGAACTGAGCCTCAGAGTGGTCTCTCTG 232
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 175 GGAAGTTACAGATACTTTGCCAAGCCACAGCTGGAACTGAGCCTCAGAGCGGTCTCTCTG 234
Query 233 TCTCTGGCTCCAAATTAGCCGCCCGTTCTGGTCAAGACCGTCTTTTGAAGGTTCCGATTT 292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 235 TCTCTGGCTCCAAATTAGCCGCCCGTTCTGGTCAAGACCGTCTTTTGAAGGTTCCAATTT 294
Query 293 CAAACATCAGGAATTTTAGTATTATAGCTCATATTGATCATGGGAAATCTACGTTAGCGG 352
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 CGAACATCAGGAATTTTAGTATTATAGCTCATATTGATCATGGGAAATCTACGTTAGCGG 354
Query 353 ATAAGTTGCTTCAGGTGACTGGTACTGTTCAGAACAGAGATATGAAGGAGCAGTTTCTTG 412
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 ATAAGTTGCTTCAGGTGACTGGTACTGTTCAGAACAGAGATATGAAGGAGCAGTTTCTTG 414
Query 413 ATAACATGGATTTAGAGAGAGAACGAGGCATCACTATCAAGCTTCAGGCAGCTCGAATGC 472
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 ATAACATGGACTTAGAGAGAGAACGAGGCATCACTATCAAGCTTCAGGCAGCTCGAATGC 474
Query 473 GTTATGTTTATGAAGATACACCATATTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTG 532
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 GTTATGTTTATGAAGATACACCGTTTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTG 534
Query 533 ATTTCTCTTACGAGGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTGTCG 592
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 535 ATTTCTCTTACGAGGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTGTGG 594
Query 593 ATGCATCCCAGGGTGTGGAAGCACAAACATTGGCTAATGTGTATTTGGCCTTGGAAAACA 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 ATGCATCCCAGGGTGTGGAAGCACAAACATTGGCTAATGTGTATTTGGCCTTGGAAAACA 654
Query 653 ACCTCGAAATTATTCCTGTTTTGAATAAGATTGACCTTCCAGGCGCTGAGTCAGAGAAAG 712
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 655 ACCTCGAAATTATTCCCGTTTTAAATAAGATTGACCTTCCAGGCGCTGAGCCAGAGAAAG 714
Query 713 TTCTCAGGGAGATTGAGGAGGTTATTGGGTTAGATTGTAGCAAAGCGATATTCTGCTCAG 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 715 TTCTCAGGGAGATTGAGGAGGTTATTGGGTTAGATTGTAGCAAAGCGATATTCTGTTCGG 774
Query 773 CAAAGGAGGGAATTGGTATTACCGAGATTTTGGATGCAATTGTTCAAAGGATACCGGCAC 832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 775 CAAAGGAGGGAATTGGTATTACCGAGATTTTGGATGCAATTGTTCAAAGGATACCTGCAC 834
Query 833 CTCTCGATACTGCAGGAAATCCCTTAAGAGCTTTAATTTTTGACAGTTATTATGATCCAT 892
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 CTCTCGATACTGCAGGAAAGCCCTTAAGAGCTTTAATTTTTGACAGTTATTATGATCCAT 894
Query 893 ATCGTGGTGTCATTGTATACTTTCGTGTTATCGATGGGAAAGTGAAGAAAGGCGACAGAA 952
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 ATCGTGGTGTCATTGTATACTTTCGAGTTATCGATGGGAAAGTGAAGAAAGGCGACAGAA 954
Query 953 tttttttCATGGCAAGCGGAAAGGATTATTTCGCGGATGAAGTTGGAGTTCTATCTCCAA 1012
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 955 TTTTTTTCATGGCAAGCGGAAAGGATTATTTTGCGGATGAAGTCGGAGTTCTATCTCCAA 1014
Query 1013 ATCAAATTCAAGTGGATGAATTATATGCGGGTGAGGTAGGATATATTGCGGCTTCTGTAA 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ATCAAATTCAAGTGGATGAATTATATGCGGGTGAGGTAGGATATATTGCGGCTTCTGTAA 1074
Query 1073 GATCTGTTGCAGATGCCAGGGTAGGAGATACAATAACACATTATAGCAGAAAGGCAGAAA 1132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GATCTGTTGCAGATGCCAGGGTAGGAGATACAATAACACATTATAGCAGAAAGGCAGAAA 1134
Query 1133 GCTCTTTACCTGGTTACGAGGAAGCTACCCCTATGGTGTTTTGTGGCCTTTTTCCAGTTG 1192
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1135 GCTCTTTACCTGGTTACGAGGAAGCTACCCCTATGGTGTTCTGTGGTCTTTTTCCAGTTG 1194
Query 1193 ACGCTGACCAGTTTCCCGATCTTCGCGATGCATTGGAAAAACTGCAACTCAATGATGCTG 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ACGCTGACCAGTTTCCCGATCTTCGCGATGCATTGGAAAAACTGCAACTCAATGATGCTG 1254
Query 1253 CACTGAAGTTTGAGCCTGAAACTTCAAGTGCCATGGGTTTTGGCTTTAGATGCGGTTTTT 1312
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1255 CATTGAAGTTTGAGCCTGAAACTTCGAGTGCCATGGGATTTGGCTTTAGATGCGGGTTTT 1314
Query 1313 TGGGTCTTCTACACATGGAAATTGTGCAGGAAAGGCTAGAGAGGGAGTACAACTTAAATC 1372
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 TGGGTCTTCTCCACATGGAAATTGTGCAGGAAAGGCTAGAGAGGGAGTACAACTTAAATC 1374
Query 1373 TTATTACCACAGCTCCAAGTGTTGTTTATAGGGTGAACTCTGTAAATGGTGATACTACTT 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TTATTACCACAGCTCCAAGTGTTGTTTATAGGGTGAACTCTGTAAATGGTGATACTACTT 1434
Query 1433 TGTGCTCAAATCCATCACGCCTTCCAGATCCTGGGCAAAGGAAATCGGTCGAGGAGCCAT 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TGTGCTCAAATCCATCACGCCTTCCAGATCCTGGGCAAAGGAAATCGGTCGAGGAGCCAT 1494
Query 1493 ATGTTAAGATTGAGCTGCTTACACCAAAAGACTATATCGGTGCGCTTATGGAGCTCGCCC 1552
| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1495 ACGTTAAGATTGAACTGCTCACACCAAAAGACTATATTGGTGCGCTTATGGAGCTCGCTC 1554
Query 1553 AAGAGAGGAGAGGGGAGTTCAAAGAAATGAAATATATTGCTGAGAACAGAGCTTCGATCC 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1555 AAGAGAGGAGAGGGGAGTTCAAAGAAATGAAATATATAGCTGAGAACAGAGCTTCAATCC 1614
Query 1613 TCTATGAGTTACCTCTTGCAGAGATGGTGGGAGATTTCTTTGATCAATTGAAGTCGAGAA 1672
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1615 TCTATGAGTTACCTCTTGCAGAGATGGTGGGTGATTTCTTTGACCAATTGAAGTCGAGAA 1674
Query 1673 CCAAGGGATATGCTAGCATGGAATACTCAGTTATTGGGTACAGGGAAAGCGATCTGATAA 1732
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1675 CCAAGGGATATGCTAGCATGGAATACTCCGTTATTGGGTACAGGGAAAGTGATCTGATAA 1734
Query 1733 AACTCGATATTCTGATTAATGCTGAAATGGTGGAACCTTTGTCAACCATCGTACACAGAG 1792
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1735 AACTCGATATTCTGATTAATGCTGAAATGGTGGAACCTTTGTCAACCATCGTACACAGGG 1794
Query 1793 ATAAGGCATATTCTGTTGGGAGAGCTTTGACTCAAAAACTCAAAGAGCTTATTCCACGAC 1852
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 ATAAGGCATATTCCGTTGGGAGAGCTTTGACTCAGAAACTCAAAGAGCTTATTCCACGAC 1854
Query 1853 AAATGTTTAAAGTGCCCATCCAGGCTTGTATAGGATCCAAGGTGATTGCTAGTGAAGCAC 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 AAATGTTTAAAGTGCCCATCCAGGCTTGTATAGGATCCAAGGTGATTGCTAGTGAAGCAC 1914
Query 1913 TCTCAGCAATCAGAAAAGATGTTTTGGCAAAATGTTATGGTGGAGATATTTCTCGGAAGA 1972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 TCTCAGCAATCAGAAAAGATGTTTTGGCAAAATGTTATGGTGGAGATATTTCTCGGAAGA 1974
Query 1973 AGAAGCTTCTTAAGAAACAGGCGGCAGGTAAGAAGAGAATGAAAGCCATAGGTAGAGTTG 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 AGAAGCTTCTTAAGAAACAGGCGGCAGGTAAGAAGAGAATGAAAGCCATAGGTAGAGTTG 2034
Query 2033 ATGTCCCTCAAGAAGCTTTCATGGCGGTCCTCAAACTTGAACGAGAAGTATTGTGACATC 2092
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 ATGTCCCTCAAGAAGCTTTCATGGCCGTTCTCAAACTTGAACGAGAAGTATTGTGACATC 2094
Query 2093 TTGTGGGTTTCTCCACTT--T---T-AAG-T-CACT-CAA-ATATTTCATTTGATCACTT 2142
||||||||||||||||| | | ||| | |||| || |||||| |||| |||| ||
Sbjct 2095 TTGTGGGTTTCTCCACTGAGTCACTCAAGATTCACTACATCATATTTTATTTTATCATTT 2154
Query 2143 TGTAATGTTATGCAAACTAATTTCACATAATGCAAT 2178
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TGTAATATTCTGCAAACTAATTTCACATAATGCAAT 2190
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108031572840
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5