BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487819
Length=2913
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G09950.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3264 0.0
AT3G21470.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) s... 62.1 3e-08
> AT5G09950.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:3102877-3105864 REVERSE LENGTH=2988
Length=2988
Score = 3264 bits (1767), Expect = 0.0
Identities = 1953/2045 (96%), Gaps = 4/2045 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACCAAGTCTGTTCCTCTTTCTTTTGTTCAGAGCTGCATTGGACATAGAGGAGCTGCT 60
||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACTAATTGTGTTCCTCTTTCTTTTGTTCAGAGCTGCGTTGGACATAGAGGAGCTGCT 60
Query 61 AAATTCTTCCATTCCCGATTATATAAAAATGGGTTAGACAAAGATGTCTACTTGTGCAAC 120
| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGATTCTTCCATTCCCGATTATATAAGAATAGGTTAGATAAAGATGTCTACTTGTGCAAC 120
Query 121 AACCTCATCAATGCTTATCTTGAAACGGGTGATTCTGTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGAC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AACCTCATCAATGCTTATCTTGAAACGGGTGATTCGGTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGAC 180
Query 181 GAAATGCCTCTTAGGAACTGTGTTTCTTGGGCGTGTGTTGTTTCAGGGTATAGCCGTAAT 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 181 GAAATGCCTCTTAGGAACTGTGTTTCTTGGGCGTGTATTGTTTCAGGATATAGTCGTAAT 240
Query 241 GGAGAACATAAGGAAGCTTTAGTGTTCTTGAGGGATATGGTTAAAGAA-GGAGTTTTTTC 299
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 241 GGAGAACATAAGGAAGCTTTAGTGTTTTTGAGAGATATGGTTAAAGAAGGGA-TTTTTTC 299
Query 300 AAATCATTACGCTTTTGTTAGTGCGCTTCGAGCTTGTCAGGAGTTAGATTCTGTTGGGAT 359
||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 300 TAATCAATACGCTTTTGTTAGTGTTCTTCGGGCTTGTCAGGAGATAGGTTCTGTTGGGAT 359
Query 360 TCTTTTCGGGAGACAAATTCATGGCCTGTTGTTCAAACTTTCTTATGCAGTGGATGCAGT 419
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCTTTTCGGGAGACAAATTCATGGCCTGATGTTCAAACTTTCTTATGCAGTGGATGCAGT 419
Query 420 TGTTTCTAATGTGCTCATATCAATGTACTGGAAATGCGGAGGGTCTCTCGGTTATGCTCT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 420 TGTTTCTAATGTGCTCATATCAATGTACTGGAAATGTATCGGGTCTGTCGGTTATGCTCT 479
Query 480 CCGTGCTTTCGATGACGTACAAGTTAAGAATTCTGTATCATGGAATTCGATTATTTCGGT 539
| ||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CTGTGCTTTCGGTGACATAGAAGTTAAGAATTCTGTTTCATGGAATTCGATTATTTCGGT 539
Query 540 TTATTCACAGACTGGGGATCAGAGATTTGCATTTAAAATGTTCTATAGCATGCAATGCGA 599
|||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| || |||| ||||||||||| ||
Sbjct 540 TTATTCACAGGCTGGGGATCAGAGATCTGCGTTTAGGATTTTCTCTAGCATGCAATATGA 599
Query 600 TGGTTCTAGACCAACTGAATACACTTTTGGTAGTCTTGTAACTACTGCTTGTTCTTTGAC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGGTTCTAGACCAACTGAATACACTTTTGGTAGTCTTGTAACTACTGCTTGTTCTTTGAC 659
Query 660 TGAACCAGATGTTCGTTTACTCGAGCAGATCATGTGCACCATCCAGAAATCTGGTTTTCT 719
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||
Sbjct 660 TGAACCAGATGTTCGTTTGCTCGAGCAGATCATGTGCACCATACAGAAATCAGGGTTGCT 719
Query 720 CACAGATCTTTTTGTTGGCAGCGGACTGGTGAGTGCGTTTGCAAAGTCTGGCTCATTGA- 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 720 CACAGATCTTTTTGTTGGCAGCGGACTGGTGAGTGCATTTGCAAAGTCTGGTTCATTGAG 779
Query 779 TTCATGCTAGGAAGATTTTTAATCAGATGGAAACAAGAAATGCGGTCACCTTAAATGGTC 838
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TT-ATGCTAGGAAGGTTTTTAATCAGATGGAAACAAGAAATGCGGTCACCTTAAATGGTC 838
Query 839 TAATGGTTGGTCTGGTGCGACAGAAATGGGGAGAAGAAGCAACTAAGCTCTTTATGGATA 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 839 TAATGGTTGGTCTGGTGCGACAGAAATGGGGAGAAGAAGCAACTAAACTCTTTATGGATA 898
Query 899 TGAATAGCATGATTGATGTTAGTCCTGAGTCATACGTGATTCTCCTGAGCTCATTTCCTG 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TGAATAGCATGATTGATGTTAGTCCTGAGTCATACGTGATTCTCCTGAGCTCATTTCCTG 958
Query 959 AGTATTCTTTAGCTGAGGAAGTAGGTCTGAAAAAAGGCAGAGAGGTTCATGGACATGTAA 1018
|||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AGTATTCTCTAGCAGAGGAAGTTGGTCTGAAAAAAGGCAGAGAGGTTCATGGACATGTAA 1018
Query 1019 TAACAACTGGCTTAGTTGACTTCATGGTTGGCATTGGAAATAGCCTTGTTAATATGTATG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TAACAACTGGCTTAGTTGACTTCATGGTTGGCATTGGAAATGGCCTTGTTAATATGTATG 1078
Query 1079 CTAAGTGCGGCTCAATAGCTGACGCTAGACGTGTTTTCTGTTTCGTGACGGAGAAAGATT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||
Sbjct 1079 CTAAGTGCGGCTCAATAGCTGACGCTAGACGTGTTTTCTATTTCATGACCGATAAAGATT 1138
Query 1139 CTGTCTCCTGGAACTCCATGATCACTGGTCTTGACCAAAACAGCTGTTTCATAGAAGCAG 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CTGTCTCCTGGAACTCCATGATCACTGGTCTTGACCAAAACGGCTGTTTCATAGAAGCAG 1198
Query 1199 TAGAACGCTACCAAAGTATGAGACGACATGAAATCTTGCCTGGAAGTTTCACACTGATTA 1258
| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TTGAACGCTACAAAAGTATGAGACGACATGACATCTTGCCTGGAAGTTTCACACTGATTA 1258
Query 1259 GTTCGATAAGCTCATGCGCGAGCTTGAAGTGGGCAAAATTAGGACAACAGATTCATGGAG 1318
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GTTCGCTAAGCTCATGCGCGAGCTTGAAATGGGCAAAATTAGGACAACAGATTCATGGAG 1318
Query 1319 AAAGCCTCAAGTTGGGAATTGATTTGAATGTTTCAGTTTCAAATGCGCTTATGACACTGT 1378
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AGAGCCTCAAGTTGGGGATTGATTTGAATGTTTCAGTTTCAAATGCGCTTATGACACTGT 1378
Query 1379 ATGCAGAGACCGGCTGTCTCAATGAATGCCGTAAGATATTTTCCTCCATGCCAGAGCATG 1438
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1379 ATGCAGAGACCGGCTATCTCAATGAATGCCGTAAGATATTTTCCTCAATGCCAGAGCATG 1438
Query 1439 ATCAGGTGTCTTGGAATTCTATAATAGGAGCTTTAGCTAGTTCAGAACGGTCATTACCTG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 ATCAGGTGTCTTGGAATTCTATAATAGGAGCTTTAGCCCGTTCAGAACGGTCATTACCTG 1498
Query 1499 AAGCCGTGGCATGTTTCTTGAATGCGCTACGAGCAGGACAGAAACTTAATAGAATAACCT 1558
||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAGCCGTGGTATGTTTCTTGAATGCACAACGAGCAGGACAGAAACTTAATAGAATAACCT 1558
Query 1559 TTTCAAGCGTTCTTTCAGCCGTGTCATCCCTTTCATTCGGCGAACTGGGCAAGCAGATAC 1618
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTTCAAGCGTTCTTTCAGCCGTTTCATCCCTTTCATTTGGTGAACTGGGCAAGCAGATAC 1618
Query 1619 ACGGGCTAGCTTTAAAGTACAATATTGCAGATGAAGCAACCACTGAAAATGCGCTTATAG 1678
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 ACGGACTAGCTTTAAAGAACAATATTGCAGATGAAGCAACCACTGAAAATGCGCTTATAG 1678
Query 1679 CTTGTTATGGGAAGTGTGGGGAGATGGATGGGTGTGAGAAGATATTTTCTAGAATGTCCG 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1679 CTTGTTATGGGAAGTGTGGGGAGATGGATGGGTGTGAGAAGATATTTTCTAGAATGGCAG 1738
Query 1739 AGAGAAGAGATGATGTAACTTGGAACTCAATGATCTCCGGGTATATACATAATGAGCTCC 1798
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1739 AGAGAAGAGATAATGTAACTTGGAACTCAATGATCTCGGGGTATATACATAACGAGCTCC 1798
Query 1799 TTGCCAAGGCCTTGGATTTGGTCTGGTTTATGTTGCAAACGGGTCAGAGATTGGATAGTT 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTGCCAAGGCCTTGGATTTGGTCTGGTTTATGTTGCAGACAGGTCAGAGATTGGATAGTT 1858
Query 1859 TCATGTATGCAACTGTTCTTAGCGCGTTTGCTTCTGTTGCAACGCTAGAGCGTGGCATGG 1918
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1859 TCATGTATGCGACTGTTCTTAGCGCGTTTGCTTCTGTTGCAACGCTAGAGCGTGGTATGG 1918
Query 1919 AAGTGCATGCTTGTTCGGTGAGAGCTTGTTTAGAATCTGATGTGGTAGTTGGGAGTGCAC 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AAGTGCATGCTTGTTCGGTGAGAGCTTGTTTAGAATCTGACGTGGTAGTTGGGAGTGCAC 1978
Query 1979 TTGTTGACATGTATTCCAAATGTGGAAGACTAGATTATGCTTTGAGGTTTTTTAACACAA 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TTGTTGACATGTATTCCAAATGTGGAAGACTAGATTATGCTTTGAGGTTTTTTAACACAA 2038
Query 2039 TGCCT 2043
|||||
Sbjct 2039 TGCCT 2043
Score = 1513 bits (819), Expect = 0.0
Identities = 854/871 (98%), Gaps = 2/871 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2044 CTTTTTGCAAA-TATGAAGCTTGATGGTCAAACACCACCTGACCATGTAACATTCGTGGG 2102
||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2119 CTTTTTG-AAACTATGAAGCTCGATGGCCAAACACCACCTGACCATGTTACATTCGTGGG 2177
Query 2103 AGTCTTGTCAGCTTGTAGCCACGCCGGTCTGCTTGAAGAAGGGTTTAAACATTTCGAATC 2162
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 AGTCTTGTCAGCTTGTAGCCATGCGGGTCTGCTTGAAGAAGGGTTTAAACATTTCGAATC 2237
Query 2163 TATGAGTGATTCTTATGGCTTAGCTCCTAGGATTGAACACTTTTCATGTATGGCTGACTT 2222
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2238 TATGAGTGATTCATATGGCTTAGCTCCTAGGATTGAACACTTCTCATGTATGGCTGACGT 2297
Query 2223 GCTAGGCCGTGCAGGTGAACTCGATAAGTTGGAAGATTTCATCGATAAAATGCCAATGAA 2282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2298 GCTAGGCCGTGCAGGTGAACTCGATAAGTTGGAAGATTTCATCGAGAAAATGCCAATGAA 2357
Query 2283 GCCTAATGTTCTCATCTGGAGGACTGTACTTGGGGCTTGTTGCAGAGCAAATGGTCGAAA 2342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 GCCTAATGTTCTCATCTGGAGGACTGTACTTGGGGCTTGTTGCAGAGCAAATGGTCGAAA 2417
Query 2343 AGCAGAATTAGGAAAGAAAGCAGCAGAAATGCTTTTTCAACTGGAGCCAGAAAATGCTGT 2402
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2418 AGCAGAATTAGGAAAGAAAGCAGCAGAAATGCTTTTTCAATTGGAGCCAGAAAACGCTGT 2477
Query 2403 AAACTATGTGCTACTTGGTAACATGTATGCTGCTGGAGGAAGATGGGAAGATTTAGTAAA 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2478 AAACTATGTGCTACTTGGTAACATGTATGCTGCTGGAGGAAGATGGGAAGATTTAGTAAA 2537
Query 2463 GGCGAGAAAGAAAATGAAAGATGCAGATGTGAAAAAGGAAGCTGGTTATAGTTGGGTCAC 2522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 GGCGAGAAAGAAAATGAAAGATGCAGATGTGAAAAAGGAAGCTGGTTATAGTTGGGTCAC 2597
Query 2523 CATGAAGGATGGAGTCCATATGTTTGTTGCTGGGGATAAGTCACACCCAGACGCTGATGT 2582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2598 CATGAAGGATGGAGTCCATATGTTTGTTGCTGGGGATAAGTCACACCCAGACGCTGATGT 2657
Query 2583 GATCTACAAGAAGCTCAAGGAGCTCAATAGAAAGATGAGAGACGCAGGTTATGTGCCACA 2642
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2658 GATCTACAAGAAGCTCAAGGAGCTCAACAGAAAGATGAGAGACGCAGGTTATGTGCCACA 2717
Query 2643 GACAGGATTTGCCTTGTATGATCTAGAGCAAGAGAACAAGGAAGAGATTCTGAGCTATCA 2702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718 GACAGGATTTGCCTTGTATGATCTAGAGCAAGAGAACAAGGAAGAGATTCTGAGCTATCA 2777
Query 2703 CAGCGAGAAGCTCGCTGTAGCTTTTGTTCTCGCAGCCCAGAGGAGCTCTACGCTGCCAAT 2762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 CAGCGAGAAGCTCGCTGTAGCTTTTGTTCTCGCAGCCCAGAGGAGCTCTACGCTGCCAAT 2837
Query 2763 CAGAATAATGAAGAACCTCAGAGTTTGCGGTGATTGCCACTCTGCCTTCAAGTATATATC 2822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2838 CAGAATAATGAAGAACCTCAGAGTTTGCGGTGATTGCCACTCTGCCTTCAAGTATATATC 2897
Query 2823 AAAGATCGAAGGGAGACAGATAATCCTAAGGGATTCAAACAGGTTTCATCATTTTCAAGA 2882
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2898 AAAGATCGAAGGGAGACAGATAATTCTAAGGGATTCAAACAGGTTTCATCATTTTCAAGA 2957
Query 2883 CGGTGAATGTTCGTGTAGTGATTTCTGGTGA 2913
||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2958 CGGTGCATGTTCTTGTAGTGATTTCTGGTGA 2988
> AT3G21470.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like)
superfamily protein | chr3:7563503-7565074 FORWARD LENGTH=1572
Length=1572
Score = 62.1 bits (33), Expect = 3e-08
Identities = 33/33 (100%), Gaps = 0/33 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 157 GTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGACGAAATGCCT 189
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 GTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGACGAAATGCCT 324
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144781797498
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5