BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg487819 Length=2913 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G09950.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3264 0.0 AT3G21470.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) s... 62.1 3e-08 > AT5G09950.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | chr5:3102877-3105864 REVERSE LENGTH=2988 Length=2988 Score = 3264 bits (1767), Expect = 0.0 Identities = 1953/2045 (96%), Gaps = 4/2045 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGACCAAGTCTGTTCCTCTTTCTTTTGTTCAGAGCTGCATTGGACATAGAGGAGCTGCT 60 ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGACTAATTGTGTTCCTCTTTCTTTTGTTCAGAGCTGCGTTGGACATAGAGGAGCTGCT 60 Query 61 AAATTCTTCCATTCCCGATTATATAAAAATGGGTTAGACAAAGATGTCTACTTGTGCAAC 120 | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AGATTCTTCCATTCCCGATTATATAAGAATAGGTTAGATAAAGATGTCTACTTGTGCAAC 120 Query 121 AACCTCATCAATGCTTATCTTGAAACGGGTGATTCTGTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGAC 180 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 AACCTCATCAATGCTTATCTTGAAACGGGTGATTCGGTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGAC 180 Query 181 GAAATGCCTCTTAGGAACTGTGTTTCTTGGGCGTGTGTTGTTTCAGGGTATAGCCGTAAT 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| Sbjct 181 GAAATGCCTCTTAGGAACTGTGTTTCTTGGGCGTGTATTGTTTCAGGATATAGTCGTAAT 240 Query 241 GGAGAACATAAGGAAGCTTTAGTGTTCTTGAGGGATATGGTTAAAGAA-GGAGTTTTTTC 299 |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 241 GGAGAACATAAGGAAGCTTTAGTGTTTTTGAGAGATATGGTTAAAGAAGGGA-TTTTTTC 299 Query 300 AAATCATTACGCTTTTGTTAGTGCGCTTCGAGCTTGTCAGGAGTTAGATTCTGTTGGGAT 359 ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| Sbjct 300 TAATCAATACGCTTTTGTTAGTGTTCTTCGGGCTTGTCAGGAGATAGGTTCTGTTGGGAT 359 Query 360 TCTTTTCGGGAGACAAATTCATGGCCTGTTGTTCAAACTTTCTTATGCAGTGGATGCAGT 419 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 TCTTTTCGGGAGACAAATTCATGGCCTGATGTTCAAACTTTCTTATGCAGTGGATGCAGT 419 Query 420 TGTTTCTAATGTGCTCATATCAATGTACTGGAAATGCGGAGGGTCTCTCGGTTATGCTCT 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 420 TGTTTCTAATGTGCTCATATCAATGTACTGGAAATGTATCGGGTCTGTCGGTTATGCTCT 479 Query 480 CCGTGCTTTCGATGACGTACAAGTTAAGAATTCTGTATCATGGAATTCGATTATTTCGGT 539 | ||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 CTGTGCTTTCGGTGACATAGAAGTTAAGAATTCTGTTTCATGGAATTCGATTATTTCGGT 539 Query 540 TTATTCACAGACTGGGGATCAGAGATTTGCATTTAAAATGTTCTATAGCATGCAATGCGA 599 |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| || |||| ||||||||||| || Sbjct 540 TTATTCACAGGCTGGGGATCAGAGATCTGCGTTTAGGATTTTCTCTAGCATGCAATATGA 599 Query 600 TGGTTCTAGACCAACTGAATACACTTTTGGTAGTCTTGTAACTACTGCTTGTTCTTTGAC 659 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 TGGTTCTAGACCAACTGAATACACTTTTGGTAGTCTTGTAACTACTGCTTGTTCTTTGAC 659 Query 660 TGAACCAGATGTTCGTTTACTCGAGCAGATCATGTGCACCATCCAGAAATCTGGTTTTCT 719 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || Sbjct 660 TGAACCAGATGTTCGTTTGCTCGAGCAGATCATGTGCACCATACAGAAATCAGGGTTGCT 719 Query 720 CACAGATCTTTTTGTTGGCAGCGGACTGGTGAGTGCGTTTGCAAAGTCTGGCTCATTGA- 778 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| Sbjct 720 CACAGATCTTTTTGTTGGCAGCGGACTGGTGAGTGCATTTGCAAAGTCTGGTTCATTGAG 779 Query 779 TTCATGCTAGGAAGATTTTTAATCAGATGGAAACAAGAAATGCGGTCACCTTAAATGGTC 838 || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TT-ATGCTAGGAAGGTTTTTAATCAGATGGAAACAAGAAATGCGGTCACCTTAAATGGTC 838 Query 839 TAATGGTTGGTCTGGTGCGACAGAAATGGGGAGAAGAAGCAACTAAGCTCTTTATGGATA 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 839 TAATGGTTGGTCTGGTGCGACAGAAATGGGGAGAAGAAGCAACTAAACTCTTTATGGATA 898 Query 899 TGAATAGCATGATTGATGTTAGTCCTGAGTCATACGTGATTCTCCTGAGCTCATTTCCTG 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 TGAATAGCATGATTGATGTTAGTCCTGAGTCATACGTGATTCTCCTGAGCTCATTTCCTG 958 Query 959 AGTATTCTTTAGCTGAGGAAGTAGGTCTGAAAAAAGGCAGAGAGGTTCATGGACATGTAA 1018 |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 AGTATTCTCTAGCAGAGGAAGTTGGTCTGAAAAAAGGCAGAGAGGTTCATGGACATGTAA 1018 Query 1019 TAACAACTGGCTTAGTTGACTTCATGGTTGGCATTGGAAATAGCCTTGTTAATATGTATG 1078 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1019 TAACAACTGGCTTAGTTGACTTCATGGTTGGCATTGGAAATGGCCTTGTTAATATGTATG 1078 Query 1079 CTAAGTGCGGCTCAATAGCTGACGCTAGACGTGTTTTCTGTTTCGTGACGGAGAAAGATT 1138 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||| Sbjct 1079 CTAAGTGCGGCTCAATAGCTGACGCTAGACGTGTTTTCTATTTCATGACCGATAAAGATT 1138 Query 1139 CTGTCTCCTGGAACTCCATGATCACTGGTCTTGACCAAAACAGCTGTTTCATAGAAGCAG 1198 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1139 CTGTCTCCTGGAACTCCATGATCACTGGTCTTGACCAAAACGGCTGTTTCATAGAAGCAG 1198 Query 1199 TAGAACGCTACCAAAGTATGAGACGACATGAAATCTTGCCTGGAAGTTTCACACTGATTA 1258 | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 TTGAACGCTACAAAAGTATGAGACGACATGACATCTTGCCTGGAAGTTTCACACTGATTA 1258 Query 1259 GTTCGATAAGCTCATGCGCGAGCTTGAAGTGGGCAAAATTAGGACAACAGATTCATGGAG 1318 ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 GTTCGCTAAGCTCATGCGCGAGCTTGAAATGGGCAAAATTAGGACAACAGATTCATGGAG 1318 Query 1319 AAAGCCTCAAGTTGGGAATTGATTTGAATGTTTCAGTTTCAAATGCGCTTATGACACTGT 1378 | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 AGAGCCTCAAGTTGGGGATTGATTTGAATGTTTCAGTTTCAAATGCGCTTATGACACTGT 1378 Query 1379 ATGCAGAGACCGGCTGTCTCAATGAATGCCGTAAGATATTTTCCTCCATGCCAGAGCATG 1438 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1379 ATGCAGAGACCGGCTATCTCAATGAATGCCGTAAGATATTTTCCTCAATGCCAGAGCATG 1438 Query 1439 ATCAGGTGTCTTGGAATTCTATAATAGGAGCTTTAGCTAGTTCAGAACGGTCATTACCTG 1498 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 ATCAGGTGTCTTGGAATTCTATAATAGGAGCTTTAGCCCGTTCAGAACGGTCATTACCTG 1498 Query 1499 AAGCCGTGGCATGTTTCTTGAATGCGCTACGAGCAGGACAGAAACTTAATAGAATAACCT 1558 ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 AAGCCGTGGTATGTTTCTTGAATGCACAACGAGCAGGACAGAAACTTAATAGAATAACCT 1558 Query 1559 TTTCAAGCGTTCTTTCAGCCGTGTCATCCCTTTCATTCGGCGAACTGGGCAAGCAGATAC 1618 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 1559 TTTCAAGCGTTCTTTCAGCCGTTTCATCCCTTTCATTTGGTGAACTGGGCAAGCAGATAC 1618 Query 1619 ACGGGCTAGCTTTAAAGTACAATATTGCAGATGAAGCAACCACTGAAAATGCGCTTATAG 1678 |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 ACGGACTAGCTTTAAAGAACAATATTGCAGATGAAGCAACCACTGAAAATGCGCTTATAG 1678 Query 1679 CTTGTTATGGGAAGTGTGGGGAGATGGATGGGTGTGAGAAGATATTTTCTAGAATGTCCG 1738 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 1679 CTTGTTATGGGAAGTGTGGGGAGATGGATGGGTGTGAGAAGATATTTTCTAGAATGGCAG 1738 Query 1739 AGAGAAGAGATGATGTAACTTGGAACTCAATGATCTCCGGGTATATACATAATGAGCTCC 1798 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| Sbjct 1739 AGAGAAGAGATAATGTAACTTGGAACTCAATGATCTCGGGGTATATACATAACGAGCTCC 1798 Query 1799 TTGCCAAGGCCTTGGATTTGGTCTGGTTTATGTTGCAAACGGGTCAGAGATTGGATAGTT 1858 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 1799 TTGCCAAGGCCTTGGATTTGGTCTGGTTTATGTTGCAGACAGGTCAGAGATTGGATAGTT 1858 Query 1859 TCATGTATGCAACTGTTCTTAGCGCGTTTGCTTCTGTTGCAACGCTAGAGCGTGGCATGG 1918 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1859 TCATGTATGCGACTGTTCTTAGCGCGTTTGCTTCTGTTGCAACGCTAGAGCGTGGTATGG 1918 Query 1919 AAGTGCATGCTTGTTCGGTGAGAGCTTGTTTAGAATCTGATGTGGTAGTTGGGAGTGCAC 1978 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1919 AAGTGCATGCTTGTTCGGTGAGAGCTTGTTTAGAATCTGACGTGGTAGTTGGGAGTGCAC 1978 Query 1979 TTGTTGACATGTATTCCAAATGTGGAAGACTAGATTATGCTTTGAGGTTTTTTAACACAA 2038 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1979 TTGTTGACATGTATTCCAAATGTGGAAGACTAGATTATGCTTTGAGGTTTTTTAACACAA 2038 Query 2039 TGCCT 2043 ||||| Sbjct 2039 TGCCT 2043 Score = 1513 bits (819), Expect = 0.0 Identities = 854/871 (98%), Gaps = 2/871 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2044 CTTTTTGCAAA-TATGAAGCTTGATGGTCAAACACCACCTGACCATGTAACATTCGTGGG 2102 ||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2119 CTTTTTG-AAACTATGAAGCTCGATGGCCAAACACCACCTGACCATGTTACATTCGTGGG 2177 Query 2103 AGTCTTGTCAGCTTGTAGCCACGCCGGTCTGCTTGAAGAAGGGTTTAAACATTTCGAATC 2162 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2178 AGTCTTGTCAGCTTGTAGCCATGCGGGTCTGCTTGAAGAAGGGTTTAAACATTTCGAATC 2237 Query 2163 TATGAGTGATTCTTATGGCTTAGCTCCTAGGATTGAACACTTTTCATGTATGGCTGACTT 2222 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | Sbjct 2238 TATGAGTGATTCATATGGCTTAGCTCCTAGGATTGAACACTTCTCATGTATGGCTGACGT 2297 Query 2223 GCTAGGCCGTGCAGGTGAACTCGATAAGTTGGAAGATTTCATCGATAAAATGCCAATGAA 2282 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2298 GCTAGGCCGTGCAGGTGAACTCGATAAGTTGGAAGATTTCATCGAGAAAATGCCAATGAA 2357 Query 2283 GCCTAATGTTCTCATCTGGAGGACTGTACTTGGGGCTTGTTGCAGAGCAAATGGTCGAAA 2342 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2358 GCCTAATGTTCTCATCTGGAGGACTGTACTTGGGGCTTGTTGCAGAGCAAATGGTCGAAA 2417 Query 2343 AGCAGAATTAGGAAAGAAAGCAGCAGAAATGCTTTTTCAACTGGAGCCAGAAAATGCTGT 2402 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 2418 AGCAGAATTAGGAAAGAAAGCAGCAGAAATGCTTTTTCAATTGGAGCCAGAAAACGCTGT 2477 Query 2403 AAACTATGTGCTACTTGGTAACATGTATGCTGCTGGAGGAAGATGGGAAGATTTAGTAAA 2462 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2478 AAACTATGTGCTACTTGGTAACATGTATGCTGCTGGAGGAAGATGGGAAGATTTAGTAAA 2537 Query 2463 GGCGAGAAAGAAAATGAAAGATGCAGATGTGAAAAAGGAAGCTGGTTATAGTTGGGTCAC 2522 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2538 GGCGAGAAAGAAAATGAAAGATGCAGATGTGAAAAAGGAAGCTGGTTATAGTTGGGTCAC 2597 Query 2523 CATGAAGGATGGAGTCCATATGTTTGTTGCTGGGGATAAGTCACACCCAGACGCTGATGT 2582 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2598 CATGAAGGATGGAGTCCATATGTTTGTTGCTGGGGATAAGTCACACCCAGACGCTGATGT 2657 Query 2583 GATCTACAAGAAGCTCAAGGAGCTCAATAGAAAGATGAGAGACGCAGGTTATGTGCCACA 2642 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2658 GATCTACAAGAAGCTCAAGGAGCTCAACAGAAAGATGAGAGACGCAGGTTATGTGCCACA 2717 Query 2643 GACAGGATTTGCCTTGTATGATCTAGAGCAAGAGAACAAGGAAGAGATTCTGAGCTATCA 2702 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2718 GACAGGATTTGCCTTGTATGATCTAGAGCAAGAGAACAAGGAAGAGATTCTGAGCTATCA 2777 Query 2703 CAGCGAGAAGCTCGCTGTAGCTTTTGTTCTCGCAGCCCAGAGGAGCTCTACGCTGCCAAT 2762 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2778 CAGCGAGAAGCTCGCTGTAGCTTTTGTTCTCGCAGCCCAGAGGAGCTCTACGCTGCCAAT 2837 Query 2763 CAGAATAATGAAGAACCTCAGAGTTTGCGGTGATTGCCACTCTGCCTTCAAGTATATATC 2822 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2838 CAGAATAATGAAGAACCTCAGAGTTTGCGGTGATTGCCACTCTGCCTTCAAGTATATATC 2897 Query 2823 AAAGATCGAAGGGAGACAGATAATCCTAAGGGATTCAAACAGGTTTCATCATTTTCAAGA 2882 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2898 AAAGATCGAAGGGAGACAGATAATTCTAAGGGATTCAAACAGGTTTCATCATTTTCAAGA 2957 Query 2883 CGGTGAATGTTCGTGTAGTGATTTCTGGTGA 2913 ||||| |||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2958 CGGTGCATGTTCTTGTAGTGATTTCTGGTGA 2988 > AT3G21470.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein | chr3:7563503-7565074 FORWARD LENGTH=1572 Length=1572 Score = 62.1 bits (33), Expect = 3e-08 Identities = 33/33 (100%), Gaps = 0/33 (0%) Strand=Plus/Plus Query 157 GTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGACGAAATGCCT 189 ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 292 GTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGACGAAATGCCT 324 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 144781797498 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5