BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487925
Length=2616
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G10940.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 rep... 4159 0.0
> AT5G10940.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 repeat
family protein | chr5:3448636-3454231 REVERSE LENGTH=2632
Length=2632
Score = 4159 bits (2252), Expect = 0.0
Identities = 2515/2638 (95%), Gaps = 34/2638 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAATGTAGAACCGGGCACGAGAAATTGCGTCAGATTACAAAGAG--AGCCAA--AGGGC 56
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||
Sbjct 5 AGAATGTAGAACCGGGCACGAGAAATAGCGTCAGATTACAAAGAGCCAAAGAAGGAGGGC 64
Query 57 TTTTTCTTCCAATTCGTGATCGGTGCCGGTCGATCGTTTTCTCCATGGAAAATCTCAGTT 116
|| ||||||||||| |||||||||| | | ||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 65 TTCTTCTTCCAATTTGTGATCGGTG-C--T-GATCGATTTCTCCATGGATAATCTCAGTT 120
Query 117 TTCACGATGGTAACATCTTCAATCTCCTCCACACAAGGTCCCAGGACCCAAGTCATGAGG 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCACGATGGTAACATCTTCAATCTCCTCCACACAAGGTCCCAGGACCCAAGTCATGAGG 180
Query 177 TTGATCAAAGAATGCAATTTCACTCTTCCTTGGTTCGGAGACTCTCTCAGGAGCAAGAAT 236
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 181 TTGATCAAAGAATGCAGTTTCACTCTTCCTTGGTTCGGAGACTTTCTCAGGAGCAAGAAT 240
Query 237 TGGAGGGACATCAAGGCTGTGTTAATGCTCTGGCTTGGAACTCTAATGGTTCACTGTTGA 296
||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 241 TGGAGGGACATCAAGGCTGTGTTAATGCTTTAGCGTGGAACTCTAATGGTTCACTTTTGA 300
Query 297 TATCTGGATCAGATGATTTAAGGATCAATATTTGGAATTACTCCAGTAGGACGCTTTTGC 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 301 TATCTGGATCAGATGATTTAAGGATCAATATTTGGAATTACTCCAGTCGGAAGCTTTTGC 360
Query 357 ATTCTATAGATACAGGGCATACTGCCAACATATTCTGTACAAAGTTTGTCCCTGAAACCT 416
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATTCTATAGATACAGGGCATACTGCCAACATCTTCTGTACGAAGTTTGTCCCTGAAACCT 420
Query 417 CTGACGAGCTTGTGGTATCTGGTGCTGGAGATGCTGAGGTTAGGCTATTCAAT-CTATCC 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 421 CTGACGAGCTTGTGGTATCTGGTGCTGGAGATGCTGAGGTTAGGCTATTCAATAC-ATCC 479
Query 476 CACTTAAGCGGTAGAGCAGAAGATGACAATGCTATTACTCCATCAGCATTGTACCAATGT 535
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CGGTTAAGCGGTAGAGCAGAAGATGACAATGCTATTATTCCATCAGCATTGTACCAATGT 539
Query 536 CACACACGAAGAGTGAAAAAACTAGCTGTCGAACCTGGTAACCCTAATGTTGTATGGAGT 595
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 540 CACACACGAAGAGTGAAAAAACTAGCTGTCGAACCTGGTAACCCCAATGTTGTATGGAGT 599
Query 596 GCTAGTGAAGATGGGACTTTAAGGCAGCATGATTTCCGAGAATCTACCTCTTGTCCTCCT 655
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCTAGTGAAGATGGGACTTTAAGGCAGCATGATTTCCGGGAATCTACCTCTTGTCCTCCT 659
Query 656 GCTGGAACTGCTCACCAAGAATGCCGCAGTGTTCTGCTTGATCTGCGCAGTGGTGCCAAA 715
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GCTGGAACCGCTCACCAAGAATGCCGCAGTGTTCTGCTTGATCTGCGCAGTGGTGCCAAA 719
Query 716 AGAGCACTAGCTGATCCTCCTAAGCAAACTCTCTCCCTGAAGTCTTGTGATATAAGTGCC 775
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGAGCACTAGCTGATCCTCCAAAGCAAACTCTCTCCCTGAAGTCTTGTGATATAAGTGCC 779
Query 776 ACAAGACCACACCTACTTCTTGTTGGGGGAAGTGATGCATTTGCTCGTTTGTACGATAGA 835
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 780 ACAAGACCGCACCTACTTCTTGTTGGTGGAAGTGATGCATTTGCTCGTTTATACGATAGA 839
Query 836 AGGATGCTACCACCATTGACATCAAGTCGGAAAAGGATGCCTCCACCTCCATGTGTCAAT 895
|||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 840 AGGATGCTCCCACCGTTGGCATCAAGTCGGAAAAGGATGCCTCCACCTCCGTGTGTCAAT 899
Query 896 TACTTCTGTCCCATGCATCTTTCTGACCGCGGGCGAACAAATTTGCACCTAACACATGTT 955
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TACTTCTGTCCCATGCATCTTTCTGAACGTGGGCGAACAAATTTGCACCTAACACATGTT 959
Query 956 ACTTTCAGTCCTAATGGTGAAGAAGTTTTGCTCAGTTACAGCGGGGAGCATGTCTACCTG 1015
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 960 ACTTTCAGTCCTAATGGCGAAGAAGTTTTGCTCAGTTACAGTGGGGAGCATGTCTACCTG 1019
Query 1016 ATGAATGTAAAT-A----A--TG--GCACTGGAATCATGCAATACACACCAGGAGATGTA 1066
|||||||||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATGAATGTAAATAATGGTATTTGCAGCACTGGAATCATGCAATACACACCAGGAGATGTA 1079
Query 1067 GATAACTTGTTTTCTTTCAGTAACAACCTCCACGATGTAGAATCTCCACCTCAGGTTTCC 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GATAACTTGTTTTCTTTCAGTAACAACCTCCACGATGTAGAATCTCCACCTCAGGTTTCC 1139
Query 1127 ACCACTCCTCAAAACGGCTTTCGCAGAAATTGCAATGCTGCAACGGTTAAGAAGTGTACC 1186
|||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ACCACTCCTCAAAATGGCTTTCACAGAAGTAGCAATGCTGCAACGGTTAAGAAGTGTACG 1199
Query 1187 GAATTGGTAGAAATTGCTAAAAGGTCTTTAGAAGAGGGTACAGATGTTTTCTATGCAATT 1246
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAATTGGTAGAAATTGCTAAATGGTCTTTAGAAGAGGGTACAGATGTTTTCTATGCAATT 1259
Query 1247 GAGGCAGCTAATGAAGTTCTGGATGCTCATTCTAATGATATTGAGTCCGCGCTAAGGCAT 1306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1260 GAGGCAGCTAATGAAGTTCTGGATGCTCATTCTAATGATATTGAGTCTGCGCTAAGGCAT 1319
Query 1307 GAATGCCTTTGTACTCGTGCCGCTTTGTTGCTCAAGAGGAAGTGGAAGAATGATGCTCAT 1366
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAATGCCTTTGTACTCGTGCCGCATTGTTACTCAAGAGGAAGTGGAAGAATGATGCTCAT 1379
Query 1367 ATGGCCGTAAGAGATTGCTATAATGCTCGGAAAATTGATGCTTCATCTTTTAAAGCTCAT 1426
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1380 ATGGCCGTAAGAGATTGCCATAATGCTCGGAGAATTGATGCTTCATCCTTTAAAGCTCAT 1439
Query 1427 TACTACATGTCTGAAGCGCTGCAGCAATTGGGAAGATGTAAAGAAGCTCTAGATTTTGCG 1486
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TACTACATGTCTGAAGCGCTGCAGCAATTGGGAAAATGTAAAGAAGCTCTAGATTTTGCG 1499
Query 1487 AATGCTGCACAACATTTGAACCCATCTGATGCCGATATAGTGGCAAAGGTGGAGAGCATT 1546
| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1500 ACTGCTGCACAACATATGAACCCATCAGATGCCGATATAGTGGCAAAAGTGGAGAGCATT 1559
Query 1547 AAAAGGGATCTTCAAGCAGCTGGATCTGAGAAAAACGAAGAGACAGGAGCTGGAACTACT 1606
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AAAAGGGATCTTCAAGCAGCTGGAGCTGAGAAAAACGAAGAGACAGGAGCTGGAACTACT 1619
Query 1607 AGAGTACTTTCTTTAAGCGACATACTATATAGATCAGAGGCCAACAGTGACAGTTCACAT 1666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AGAGTACTTTCTTTAAGCGACATACTATATAGATCAGAGGCCAACAGTGACAGTTCACAT 1679
Query 1667 GATATGTCAAGATCCGAAAGAGAAGATTCTGATTATGACGAGGAATTGGAGTTGGATATT 1726
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GATATGTCGAGATCCGAAAGAGAAGATTCTGATTATGATGAGGAATTGGAGTTGGATATT 1739
Query 1727 CAAACTTCCTTGTCTGATGATGAAGGACGAGATCCAGAGTCGAATGCTATGCGTGGCAGT 1786
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||
Sbjct 1740 CAAACTTCGTTGTCTGATGATGAAGGACGAGATACAGACTCAAATTCTATGCGTGGCAGT 1799
Query 1787 CTCAACCTACGAATTCATAGAGTAGGTGATGATGATAAACCGATGGAAAATACAGTTGAT 1846
|||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CTCAACTTACGAATTCATAGAGTA-G-G-TGATGATAAACCGATGGAAAATACAGTTGAC 1856
Query 1847 AATGCCTCCTCAGGAACTGCATCGTCATCTCAAAATGATAGAACGTCTTATCAGCCAGAG 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1857 AATGCCTCCTCAGGAACTGCATCGTCATCTCAAAATGATAGGACGTCTTATCAGCCAGAG 1916
Query 1907 GGAGCCATTGATATGAAACGTAGATATGTTGGCCACTGTAACGTAGGAACTGATATCAAG 1966
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1917 GGAGCCATTGATATGAAACGTAGATATGTTGGCCACTGTAACGTAGGAACTGATATTAAG 1976
Query 1967 CAGGCCAGTTTTCTTGGTCAGAGAGGTGAATATATTGCAAGTGGAAGCGATGACGGCCGG 2026
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1977 CAGGCCAGTTTTCTTGGTCAGAGAGGTGAATATATTGCAAGTGGAAGCGATGACGGTCGG 2036
Query 2027 TGGTTTATATGGGAGAAACAGACGGGAAGGCTTATGAAAGTGCTTGTTGGCGATGAAGCA 2086
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2037 TGGTTTATATGGGAGAAACAGACTGGAAGGCTTATGAAAGTGCTCGTTGGCGATGAATCA 2096
Query 2087 GTTTTGAACTGCATTCAATGCCATCCGTTTGATAGTGTTGTAGCAACGAGTGGAATTGAT 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GTTTTGAACTGCATTCAATGCCATCCGTTTGATAGTGTTGTAGCAACGAGTGGAATTGAT 2156
Query 2147 AACACAATAAAGATATGGAGCCCAACCGCATCAGTCCCATCAATTGTAGTGGGAGGATCA 2206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2157 AACACAATAAAGATATGGAGCCCAACCGCATCAGTCCCATCAATTGTAGCAGGAGGATCA 2216
Query 2207 GCTGGACCTGCAACCGCCAATGTAGTGGAAGTAATGGAGAGTAATCAACAGAAGCTAAGC 2266
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 GCTGGACCAGCAACCGCCAATGTAGTGGAAGTAATGGAGAGTAATCAACAGAAGCTAAGC 2276
Query 2267 CGCAATCGAGAGAATCCTCTATCTGTGGAGCTTATGCAAAGGTTTAGGATGCAAGAGTTT 2326
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2277 CGCAATCGAGAGAATCCTCTGTCTGTGGAGCTAATGCAAAGGTTTAGGATGCAAGAATTT 2336
Query 2327 GCAGAAGGAAACTTTCACCCATTTGAATGTACTCAGAGCTAAAGCAGGAGGAGGAAACTG 2386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||
Sbjct 2337 GCAGAAGGAAACTTTCACCCATTTGAATGTACTCAGAGCTAAAGCAGGAGG-G-AA-CTG 2393
Query 2387 TATAGGTAAAATAAGTTTGCTTTGTGAAGGTGATGGTGGAATAACAATGGCTTTGAAAAT 2446
|| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2394 TAGAGGTATAATAAGCTTGCTTTGTGAAGGTGATGGTGGAATAACAATGGTTTTGAATAT 2453
Query 2447 GAATAATGAACAATAAGGTTTGATTAGGTTTCAAAAT-TAGCAAAAGCTTTCTCTCTGTA 2505
|||||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 GAATAATGAATAATAAGGTTTGATTAGGTTTCATA-TGTAGCAAAAGCTTTCTCTCTGTA 2512
Query 2506 AAACTCATGCATAGCTTCCTTCTAAAATCttttttt-tt-tt-ttCCT-T-GT-GTACAG 2559
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || | | || ||||||
Sbjct 2513 AAACTCATGCATAGCTTCCTTCTAAAAGCTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTACAG 2572
Query 2560 TTTGATATTGGCTT-TTCTTTTGACTGTGAAAATTCAACGTTATTTTACATAGTTTTT 2616
|||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2573 TTTGATATTGGCTTCTTCTTTTGAATGTGAATATTCATCGTTATTTTACATTGTTTTT 2630
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129882215427
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5