BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487950
Length=1709
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G11170.1 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family pro... 2470 0.0
AT5G11200.2 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family pro... 1413 0.0
> AT5G11170.1 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family protein
| chr5:3553117-3556977 FORWARD LENGTH=1715
Length=1715
Score = 2470 bits (1337), Expect = 0.0
Identities = 1539/1635 (94%), Gaps = 20/1635 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 TTCAATCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAACTCTGCTCCATAT 72
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 17 TTCAGTCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAACTCTGCTCCTTAT 76
Query 73 CTCAGCTTGTAGAATTTGCCAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAG 132
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 77 CTCAGCTTGTTGAATTTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAG 136
Query 133 GAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAAC 192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 137 GAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAAC 196
Query 193 GGCGAAGCCGTGAAAAAAGGTTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTG 252
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 GGTGAAGCCGTGAAAAAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTT 256
Query 253 TTGAAACCAGAGCTTCTCAGAGCAATTGTTGACTCAGGATTTGAACATCCATCTGAAGTG 312
|| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 257 TTAAAACCGGAGCTTCTCAGAGCTATTGTTGACTCTGGATTTGAACATCCATCTGAAGTG 316
Query 313 CAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAGTCT 372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 317 CAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTCATCTGCCAAGCAAAGTCT 376
Query 373 GGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTTCAACAGATTGAACCGTCTCCT 432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 377 GGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATTGAACCATCTCCT 436
Query 433 GGCCAGGTTTCAGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGTAAT 492
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 437 GGCCAGGTTTCTGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAAT 496
Query 493 GAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGA 552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 497 GAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGA 556
Query 553 GTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGT 612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 GTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGT 616
Query 613 ACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTGGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGG 672
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 617 ACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGG 676
Query 673 CATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTG 732
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 CATTTTATTCTTGATGAATGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTG 736
Query 733 CAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACTCTC 792
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 737 CAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACGCTC 796
Query 793 AGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTT 852
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 797 AGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAAAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTC 856
Query 853 GATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCACTACATCAAACTGAGCGAG 912
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 857 GATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGGCTTGTCCAGCACTATATCAAACTGAGCGAG 916
Query 913 ATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCCTTGGACTTCAATCAAGTTGTC 972
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 917 ATGGAGAAAAACCGGAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTGGACTTCAATCAAGTTGTC 976
Query 973 ATATTTGTGAAGAGCGTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAAT 1032
|| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 ATTTTTGTGAAGAGCGTGAGCAGGGCTGCTGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAAT 1036
Query 1033 TTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGCATGTCCCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAA 1092
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGAATGTCTCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAA 1096
Query 1093 AGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTCGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGCATT 1152
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1097 AGTTTCAAGGAAGGGCACAAAAGGATCCTTGTGGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGGATT 1156
Query 1153 GACATTGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACATAT 1212
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1157 GACATTGAGCGTGTCAACATTGTCATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACCTAT 1216
Query 1213 CTTCACAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTT 1272
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217 CTTCACAGGGTTGGCAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTT 1276
Query 1273 GCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAATCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTCGATATA 1332
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1277 GCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAACCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTTGATATA 1336
Query 1333 AAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCCACTTACATGCCGTCTTAAACAAGTAGCATC 1392
||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1337 AAGGAACTTCCGGAGCAGATTGATACTTCAACCTACATGCCTTCTTAAACAAGTAGCA-C 1395
Query 1393 ATCTCTCAGGAAAGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGTGTTCAAAGGGGTCATGGA 1452
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||
Sbjct 1396 GTCCCTCAGGAAAGAAGCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGTGTTCGAAGGG-TGATGGG 1454
Query 1453 GGTCCACAACTATCTCTCACTCTGTTTGTTGCTTCTATTTTAGTCTTTCTATGAGGACAA 1512
||| |||||||||||||| ||| ||||||| || | | || ||||||||| ||||
Sbjct 1455 GGTTCACAACTATCTCTCGCTCCGTTTGTT--TT--AGT---GT-TTTCTATGACGACAT 1506
Query 1513 GTTTTCCCAGATATTTAGACCGT-T-TCGTAACTCTTTTAAGAATGAGATT-GAGCCACT 1569
|||| ||| || |||||| ||| | | ||| |||||| ||| |||||| ||| ||||
Sbjct 1507 TTTTTTCCATATGTTTAGAACGTCTGTTGTA-CTCTTTAAAG---GAGATTCGAGTCACT 1562
Query 1570 CTCCAATTCGCAAAGTTAAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTACTAGTGATGATGGTTATGTTT 1629
|||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| || ||| || | ||||||
Sbjct 1563 CTCCAAATCGCACAGTTAAAAGCTGTCCAGTTTTTTGTACAAGAGATTAT--T-ATGTTT 1619
Query 1630 AAAATATTAAGATTT 1644
|||||| | |||||
Sbjct 1620 GAAATATCAGGATTT 1634
> AT5G11200.2 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family protein
| chr5:3567175-3571015 FORWARD LENGTH=1887
Length=1887
Score = 1413 bits (765), Expect = 0.0
Identities = 811/834 (97%), Gaps = 0/834 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TATTTAATTTTGTTCAATCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAAC 60
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2 TATTTAATTTTCTTCAGTCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACTAAC 61
Query 61 TCTGCTCCATATCTCAGCTTGTAGAATTTGCCAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAA 120
|||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 TCTGCTCCTTATCTCAGCTTGTTGAATTTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAA 121
Query 121 GCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 GCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGA 181
Query 181 AACAAAGTTAACGGCGAAGCCGTGAAAAAAGGTTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTC 240
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 AACAAAGTTAACGGCGAAGCTGTGAAAAAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTC 241
Query 241 AGAGACTTCCTGTTGAAACCAGAGCTTCTCAGAGCAATTGTTGACTCAGGATTTGAACAT 300
||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 AGAGACTTCCTTTTGAAACCGGAGCTTCTCAGAGCTATTGTTGACTCAGGATTTGAACAT 301
Query 301 CCATCTGAAGTGCAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGC 360
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 302 CCATCTGAAGTGCAACACGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGTATGGATGTTATCTGC 361
Query 361 CAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTTCAACAGATT 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 362 CAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATT 421
Query 421 GAACCGTCTCCTGGCCAGGTTTCAGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTAC 480
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 GAACCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTAC 481
Query 481 CAGATCTGTAATGAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTG 540
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 482 CAGATCTGCAATGAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAAGTTTCGGTG 541
Query 541 TTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCAC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 TTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCAC 601
Query 601 ATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTGGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTG 660
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 602 ATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGAGTGCTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTG 661
Query 661 AAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 AAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATG 721
Query 721 CGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTC 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 CGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTC 781
Query 781 TCAGCAACTCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGAT 834
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 782 TCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAGTTTATGCAAGAT 835
Score = 1356 bits (734), Expect = 0.0
Identities = 834/881 (95%), Gaps = 12/881 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 835 CCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCAC 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 CCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCAC 1072
Query 895 TACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCCTTG 954
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1073 TACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAATCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTG 1132
Query 955 GACTTCAATCAAGTTGTCATATTTGTGAAGAGCGTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAG 1014
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1133 GACTTCAATCAAGTTGTCATTTTTGTGAAGAGCGTGAGCAGGGCTGCGGAGCTGAACAAG 1192
Query 1015 TTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGCATGTCCCAAGAAGAG 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1193 TTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGCATACACTCTGGCATGTCTCAAGAAGAG 1252
Query 1075 AGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTCGCGACTGAC 1134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1253 AGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTGGCGACTGAC 1312
Query 1135 TTGGTAGGAAGAGGCATTGACATTGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCA 1194
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TTGGTAGGAAGAGGGATTGACATAGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCA 1372
Query 1195 GATTCTGCTGATACATATCTTCACAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGT 1254
|||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GATTCTGCGGATACCTATCTTCATAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGT 1432
Query 1255 CTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAATCAGGTACAAGAG 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1433 CTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTCCTTAATCAGGTTCAAGAG 1492
Query 1315 AGGTTTGAGGTCGATATAAAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCCACTTACATGCCG 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1493 AGGTTTGAGGTCGATATAAAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCGACTTACATGCCG 1552
Query 1375 TCTTAAACAAGTAGCATCATCTCTCAGGAAAGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGT 1434
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1553 TCTTAAACAAGTAGCATCATCTCTGAGGAACGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTTTAGGT 1612
Query 1435 GTTCAAAGGGGTCATGGAGGTCCACAACTATCTCTCACTCTGTTTGTTGCTTC--TATTT 1492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||
Sbjct 1613 GTTCAAAGGGGTCATGGAGGTCCACAACTATCTCTCACACCGTTTGTTGCTTCGCTATTT 1672
Query 1493 TAGTCTTT-CTATGAGGACAAGTTTTCCCAGATATTTAGACCGTTTCGTAACTCTTTTAA 1551
||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1673 TAGACTTTTCTATGAGGACAAGTTTTTCCATATATTTAGACCGTTTTGTAACTCTTGAAA 1732
Query 1552 GAATGAGATTGAGCCACTCTCCAATTCGCA-A-AGTTAAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTAC 1609
||||||||||||| ||||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 -AATGAGATTGAGCTACTCTCCAAATCGCGCACAGTTGAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTAC 1791
Query 1610 TAGTGATGATGGTTATGTTTAAAATATTAAGATTTCATGATTTAGTCTTTGGCTTGATCA 1669
|||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1792 TAGTGATG--G-TTATCTTTAAAATATTAAGATTTCAGGATTTATTCTTTGGCTTGATCA 1848
Query 1670 TTGTTTAAATGTTCCTTACTGAATTGATCTA-TATTGATGC 1709
||| |||||||||||| | |||||||||||| | |||||||
Sbjct 1849 TTGATTAAATGTTCCT-AGTGAATTGATCTAGT-TTGATGC 1887
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84487517235
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5