BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487993
Length=3257
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G11560.1 | Symbols: | catalytics | chr5:3709481-3714059 REV... 5395 0.0
> AT5G11560.1 | Symbols: | catalytics | chr5:3709481-3714059 REVERSE
LENGTH=3267
Length=3267
Score = 5395 bits (2921), Expect = 0.0
Identities = 3151/3262 (97%), Gaps = 16/3262 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 CTCTCTTTCATCTCCAGATCTGCTGCTGATA-ATAAATTAGTAAGCAATCGTCATAGCTA 60
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 8 CTCTCTTTCATCTCCAGATCTGCTGCTGA-AGATAAATTAGTCAGCAATCGTCATAGCTA 66
Query 61 TGGCGATTAGGGTTTTTCTTACCCTTCTCCTCTTCTTATCATCTGCAATTGTATCGTTT- 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 67 TGGCGATTAGGGTTTTTCTTACCCTTCTCCTCTTCTTATCATCTGCAATTCTATC-TTTC 125
Query 120 TCTCTCTATGAAGATCAAGCCGGCCTCACTGATTGGCACCAAAGGTACATTGGGAAAGTG 179
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 TCTCTTTATGAAGATCAAGCCGGCCTCACTGATTGGCACCAAAGGTACATTGGGAAAGTG 185
Query 180 AAGCATGCAGTATTCCACACTCAAAAGACTGGAAGAAAGCGTGTTATCCTCTCAACCGAG 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 186 AAGCATGCAGTATTCCACACTCAAAAGACTGGAAGAAAGCGTGTTATCGTCTCAACCGAG 245
Query 240 GAGAATGTTGTTGCTTCACTTGATCTCAGACATGGGGAGATTTTTTGGCGACATGTTCTC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 246 GAGAATGTTGTTGCTTCACTTGATCTCAGACATGGGGAGATATTTTGGCGACATGTTCTC 305
Query 300 GGGACAAAGGACGCTATCGATGGGGTTGGTATTGCCTTGGGAAAATATGTTATCACCCTT 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 306 GGGACAAAGGACGCTATCGATGGGGTTGGTATTGCCTTGGGAAAATATGTTATCACTCTT 365
Query 360 TCATCAGAAGGAAGTGCTTTAAGAGCCTGGAACCTTCCTGATGGCCAAATGGTGTGGGAA 419
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 366 TCATCAGAAGGAAGTACTTTAAGAGCCTGGAACCTTCCTGATGGTCAAATGGTGTGGGAA 425
Query 420 ACATCTCTGCATACCGCACAACATTCAAAGTCACTGTTATCAGTGCCGATAAATTTGAAG 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 426 ACATCTCTGCATACCGCACAACATTCAAAGTCACTGTTATCAGTACCGATAAATTTGAAG 485
Query 480 GTTGACAAGGACTACCCTATTATTGTCTTCGGTGGTGGGTACCTTCATGCTGTTTCTGCT 539
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 GTTGACAAGGACTACCCTATTACTGTTTTCGGTGGTGGGTACCTTCATGCTGTTTCTGCT 545
Query 540 ATAGATGGTGAGGTCCTCTGGAAAAAGGATTTCACAGCGGAAGGGTTTGAAGTTCAGCGG 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 546 ATAGATGGTGAGGTCCTCTGGAAAAAGGATTTCACAGCGGAAGGGTTTGAAGTGCAGCGT 605
Query 600 GTTCTTCAACCTCCTGGAAGTAGTATAATATATGTTCTGGGATTCATTAATTCATCTGAG 659
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 606 GTTCTTCAAGCTCCTGGAAGTAGTATAATTTATGTTCTGGGATTCCTTCATTCATCTGAG 665
Query 660 GCTGTTGTTTATCAGATTGATTCCAAAAGTGGAGAGGTAGTGGCACAAAAAAGTATGGTG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 666 GCTGTTGTTTATCAGATTGATTCCAAAAGTGGAGAGGTAGTGGCACAAAAAAGTACGGTG 725
Query 720 TTCCCTGGTGGATTCTCTGGCGAAATTTCATCAGTTTCAAGTGACAAAGTTGTTGTTCTT 779
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 726 TTCCCTGGTGGATTCTCTGGCGAGATTTCATCAGTTTCAAGTGATAAAGTTGTTGTTCTT 785
Query 780 GATTCGACGAGGTCAATTTTGGTTACTATTGGCTTCATAGATGGGGGTATTAGCTTCCAG 839
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 786 GATTCAACGAGGTCAATTTTGGTTACTATTGGCTTCATAGATGGAGATATTAGCTTCCAG 845
Query 840 AAGACCCCTATTTCAGATCTTGTTGAGGATTCCGGGAA-GGCTGAGATTTTATCAGCGCT 898
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| | ||
Sbjct 846 AAGACCCCTATTTCAGATCTTGTTGAGGATT-CTGGAACGGCTGAGATTTTATCACCTCT 904
Query 899 TCTTAGCAATATGCTTGCTGTAAAAGTCAATAAACGCACTCTATTTGTGAAGGTTGGTGG 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||
Sbjct 905 TCTTAGCAATATGCTTGCTGTAAAAGTCAATAAACGCACTATATTTGTGAACGTCGGTGA 964
Query 959 CGAAGGAAAGTTGGAGGTGGTAGACTCTTTGTCTGATGAAACAGCCATGAGTGATTCACT 1018
| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 CAAAGGAAAGTTGGAAGTGGTAGACTCATTATCTGATGAAACAGCCATGAGTGATTCACT 1024
Query 1019 TCCAGTTGCAGACGATCAGGAGGCCTTTGCTTCAGTTCACCATGAAGGGAGCAAGATTCA 1078
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1025 TCCAGTTGCAGATGATCAGGAGGCCTTTGCTTCAGTTCATCATGAAGGGAGCAGGATTCA 1084
Query 1079 CCTCATGGTGAAACTTGTGAATGAATTGGATAATGTATTGCTTAGAGAGACCATTCAGAT 1138
|||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 CCTCATGGTGAAACTTGTTAATGACTTGAATAATGTATTGCTTAGAGAGACCATTCAGAT 1144
Query 1139 GGACCAACATAGGGGGCGTGTCCATAAAGTTTTCATGAACAACTATATCAGGACAGACAG 1198
||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 GGACCAAAATAGGGGACGTGTCCATAAAGTTTTTATGAACAACTATATCAGGACAGACAG 1204
Query 1199 GAGTAATGGATTTAGGGCGCTTATTGTGATGGAAGATCACTCACTCTTGTTACTGCAACA 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1205 GAGTAATGGATTTAGGGCGCTTATTGTGATGGAAGATCACTCACTCTTGTTACTCCAACA 1264
Query 1259 AGGAGCGATTGTTTGGAGCAGGGAAGAAGGCT-TGGCTTCAGTGACTGATGTTACAACGG 1317
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1265 AGGAGCGATTGTTTGGAGCAGGGAAGAAGG-TCTGGCTTCAGTGACTGATGTTACGACGG 1323
Query 1318 CAGAACTCCCTCTAGG-AAAAGATGGTGTATCAGTGGCAAAAGTGGAGCACACTCTCTTT 1376
||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 CAGAACTCCCTCT-GGAAAAAGATGGCGTATCAGTGGCAAAAGTGGAGCACACTCTCTTT 1382
Query 1377 GAGTGGCTTAAGGGCCATGTGCTAAAGCTTAAGGGATCCTTGTTGCTAGCAAGCCCAGAG 1436
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 GAGTGGCTTAAGGGGCATGTGCTGAAGCTTAAGGGATCCTTGTTGCTAGCAAGCCCAGAG 1442
Query 1437 GACGTGGTAGCAATTCAAGAATTGAGGGTGAAGAGTTCTGGGAAGAACAAATTGACCCGT 1496
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 GACGTGGTAGCAATTCAAGATTTGAGGGTGAAGAGTTCTGGGAAGAACAAATTGACCCGT 1502
Query 1497 GACCATAATGGCTTTCGGAAATTAATCTTAGCACTTACTCGACCTGGAAAACTTTTTGCT 1556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1503 GACCATAATGGCTTTCGGAAATTAATCTTAGCACTTACTCGAGCTGGAAAACTTTTTGCT 1562
Query 1557 CTGCACACTGGAGATGGGAGGATTGTCTGGTCTATGCTACTAAAATCTCCTAGCAAATCA 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||
Sbjct 1563 CTGCACACTGGAGATGGGAGGATTGTCTGGTCCATGCTGCTAAACTCTCCGAGCCAATCA 1622
Query 1617 CAAGCCTGTGAACGTCCAAACGGTATTAGCTTGTACCAATGGCAGGTCCCTCATCATCAC 1676
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CAATCCTGTGAACGTCCAAACGGTGTTAGCTTGTACCAATGGCAGGTCCCTCATCATCAC 1682
Query 1677 GCCATGGACAAAAATCCTTCGGTGCTTGTAGTTGGCAAGTGCGGATCAGATTCAAGTGCG 1736
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 GCCATGGACGAAAATCCCTCGGTGCTTGTAGTTGGCAAGTGCGGATCAGATTCAAGTGCA 1742
Query 1737 CCCGGTGTACTTTCATTTGTAGATGTGTACACGGGAAAGGAGATTAGCTCATCAGATATT 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1743 CCCGGTGTACTTTCATTTGTAGATGTGTACACGGGAAAGGAGATCAGCTCATCAGATATT 1802
Query 1797 GGTCACTCTGTTGTGCAAGTTATGCCTCTTCCATTTACCGACTCGACGGAACAACGTTTA 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1803 GGTCACTCTGTTGTGCAAGTTATGCCTCTTCCAATTACCGACTCAAAGGAACAACGTTTA 1862
Query 1857 CATCTAATAGCTGATACAGTTGGCCACGTCCACTTGTATCCGAAAACTTCAGAGGCTCTC 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 CATCTAATAGCTGATACAGTTGGCCACGTCCACTTGTATCCGAAAACTTCAGAGGCTCTC 1922
Query 1917 AGCATCTTTCAACGTGAGTTTCAAAATGTATATTGGTACACTGTTGAGGCAGATGATGGA 1976
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 AGCATCTTTCAACGCGAGTTTCAAAATGTATATTGGTACACTGTTGAGGCAGATGATGGT 1982
Query 1977 ATTATCAGAGGACACGTAATGAAGGGCAGTTGCTCTGGTGAGACTGCAGATGAGTACTGC 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 ATTATCAGAGGACACGTAATGAAGGGCAGTTGCTCTGGTGAGACTGCAGATGAGTACTGC 2042
Query 2037 TTTACAACCAGAGAACTTTGGACTGTTGTGTTTCCTTCGGAATCAGAGAAAATCATTTCA 2096
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 TTTACAACCCGAGAACTTTGGACTGTTGTGTTTCCTTCGGAATCAGAGAAAATCATTTCA 2102
Query 2097 ACACTAACACGAAAACCTAATGAGGTTGTTCATACACAAGCCAAAGTCAACACAGACCAA 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 ACACTAACACGAAAACCTAATGAGGTTGTTCATACACAAGCCAAAGTCAACACAGACCAA 2162
Query 2157 GACCTGTTGTATAAATATGTATCAAGAAACTTACTGTTTGTGGCCACCGTTTCACCAAAA 2216
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 GACCTATTGTATAAATATGTATCAAGAAACTTACTGTTTGTGGCCACCGTTTCACCAAAA 2222
Query 2217 GGTGCTGGTGAGATTGGCTCAGTTACACCAGAGGAGTCATCACTTGTAGTATACCTCATT 2276
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2223 GGTGCTGGTGAGATTGGCTCAGTTACGCCAGAGGAGTCATCACTCGTAGTATACCTCATT 2282
Query 2277 GACACCATCACTGGACGGATACTGCACCGTTTGTCACATCAAGGCTGTCAAGGGCCGGTT 2336
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 GACACCATCACAGGACGGATACTGCACCGTTTGTCACATCAAGGCTGTCAAGGGCCGGTT 2342
Query 2337 CATGCGGTGTTTAGTGAAAATTGGGTTGTTTACCACTACTTCAATCTTCGAGCTCACAAG 2396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 CATGCGGTGTTTAGTGAAAATTGGGTTGTTTACCACTATTTCAATCTTCGAGCTCACAAG 2402
Query 2397 TACGAGGTTACGGTGGTTGAGATCTATGATCAGTCTAGGGCGGAGAACAAAAATGTCTGG 2456
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2403 TACGAGGTTACGGTCGTTGAGATCTATGATCAGTCGAGGGCGGAGAACAAAAATGTGTGG 2462
Query 2457 AAACTCATTCTGGGAAAGCACAATCTAACAGCACCTATCACTTCGTACTCTAGGCCAGAG 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 AAACTCATTCTGGGAAAGCACAATCTAACAGCACCCATCACTTCGTACTCTAGGCCAGAG 2522
Query 2517 GTGTTTACAAAGTCACAGTCATACTTCTTTGCTCAGTCTGTGAAAACCATTGCGGTGACA 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 GTGTTTACAAAGTCACAGTCATACTTCTTTGCTCAGTCTGTGAAAACCATTGCGGTGACA 2582
Query 2577 TCCACAGCAAAGGGTATAACTTCAAAGCAGCTTCTCATTGGTACCATCGGGGATCAGATA 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 TCCACAGCAAAGGGTATAACTTCAAAGCAGCTTCTCATTGGTACCATCGGGGATCAGATA 2642
Query 2637 TTGGCACTTGATAAACGATTTGTGGATCCACGCCGAACACTTAACCCGTCTCAAGCTGAA 2696
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 TTGGCACTTGATAAACGATTTGTGGATCCACGCCGGACACTTAACCCGTCTCAAGCTGAA 2702
Query 2697 AAAGAAGAAGGAATCATCCCTCTCACGGATACATTACCCATCATTCCTCAGGCGTACGTC 2756
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2703 AAAGAAGAAGGAATCATCCCTCTCACTGATACATTACCCATCATTCCTCAGGCGTATGTT 2762
Query 2757 ACACACTCCCACAAAGTAGAAGGTCTAAGAGGCATAGTAACAGCTCCGTCCAAGCTAGAG 2816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763 ACACACTCCCACAAAGTAGAAGGTCTAAGAGGCATAGTAACAGCTCCGTCCAAGCTAGAG 2822
Query 2817 TCAACAACACACGTCTTTGCCTATGGAGTGGATCTCTTCTACACAAGACTTGCTCCTTCA 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2823 TCAACAACACACGTCTTTGCCTATGGAGTGGATCTCTTCTACACAAGGCTTGCTCCTTCA 2882
Query 2877 AAGACCTACGACTCACTGACCGACGATTTCAGCTACGCACTTCTCCTGATCACGATTGTA 2936
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 AAGACCTACGACTCACTAACCGACGATTTCAGCTACGCTCTTCTCCTGATCACGATTGTA 2942
Query 2937 GCACTTGTTGCAGCCATCTACATCACCTGGGTCCTTTCAGAGAAGAAAGAACTAAGCGAA 2996
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2943 GCACTTGTTGCAGCCATCTACATCACATGGGTCCTTTCAGAGAAGAAAGAACTAAGCGAA 3002
Query 2997 AAATGGAGGTGATTGAAACCTTAAAAGGTTTAAAACCCTTCCTCTCTTTGGGCttttttt 3056
||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 AAATGGAGGTGATTGGAACCGTAA--GGTTTAAAATCCTTCCTCTCTTTGGGCTTTTT-- 3058
Query 3057 CACAGTTGTAGAATGTTTATGAACCATTTTTCGCACTCTTAGaa-aaaaaaCCATTGGCT 3115
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 3059 CACA-TTGTAGAATGTTTATGAACCATTTTTCGCACTCTTAGAAGAAAAAACCATTGTCT 3117
Query 3116 TAGCTAAATTCTTGATGTTAGGCTTTGGAAATTGAGTACACTTTACAGACTCTTGCTTTG 3175
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 TAGCTAAATTCTTGATGTTAGGCTTTGGAAATCGAGTACACTTTACAGACTCTTGCTTTG 3177
Query 3176 TGACCTTTGTCACATTCTAAAGTTGGGCTGAACCTTCTGAATTTAAAGTTTATACAAGCC 3235
||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3178 TGACCTTTGTCACATTCTAGAGTTGAGCTGCACCTTCTGAATTTAAAGTTTATAGAAGCC 3237
Query 3236 TCtttttaaccttttctttttt 3257
||| |||||||||||| |||||
Sbjct 3238 TCTGTTTAACCTTTTCATTTTT 3259
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162039225890
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5