BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488028
Length=1606
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G11880.1 | Symbols: | Pyridoxal-dependent decarboxylase fam... 2494 0.0
AT3G14390.1 | Symbols: | Pyridoxal-dependent decarboxylase fam... 2034 0.0
> AT5G11880.1 | Symbols: | Pyridoxal-dependent decarboxylase family
protein | chr5:3827526-3829986 REVERSE LENGTH=1794
Length=1794
Score = 2494 bits (1350), Expect = 0.0
Identities = 1510/1585 (95%), Gaps = 19/1585 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 CACACCTCACAAAAAATCCTCCAGCCATGGCCGCTGCTACTCAATTTCTCTCCCAACCTT 87
||||||| || |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 20 CACACCTAAC-AAAAATCCTCCAGCCATGGCGGCAGTTACTCAATTTCTCTCCCAACCTT 78
Query 88 CATCTATCCGCGGAACCCTAAATCAATACCAATTGAACCAAACCTCCCTCTCAAGAATCC 147
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||
Sbjct 79 CATCAATCCGCGGAACCCTAAATCAGTACCAATTGAATCAGACTTCACTCTCAAGAATCC 138
Query 148 CAATTCTGTCTCTCAAGTCCACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTCAAATCCGCCG 207
|| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 139 CATTTTTGTCTCTCAAGTCAACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTCAAAGCCGCCG 198
Query 208 TATCCCAAAACTCCCAAAACTCCACCAAAACCCTCAC-AAAGGAATCTGCTTCCTCTTTC 266
| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 199 T-T--------TCCCAAAACTCCACCAAAACCCTCACGAAA-GAATCTGCTTCCTCTTTC 248
Query 267 GACCACTGTTTCAAGAAATCATCAGATGGGTTTCTCTATTGCGAAGGAACTAAGGTTCAA 326
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 249 GACCACTGTTTCAAGAAATCATCAGATGGGTTTCTCTATTGCGAAGGAACCAAGGTTCAA 308
Query 327 GATATCATGGAGTCAGTCGAGAGAA-GACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCAC 385
||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 309 GATATCATGGAAACAGTCGAGA-AACGACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCAC 367
Query 386 GAGAAACCTTGAGGCGTATAAAGAGGCTTTGGAAGGAGTGAGATCTGTTATTGGTTACGC 445
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 GAGAAACCTTGAGGCTTATAAAGAGGCTTTGGAAGGAGTGAGATCTGTTATTGGTTACGC 427
Query 446 TATTAAAGCTAATAACAATCTCAAGATTTTGGAGCATTTGAGGAGTTTGGGCTGTGGTGC 505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 TATTAAAGCTAATAACAATCTCAAGATTTTGGAGCATTTGAGGAGTTTGGGCTGTGGTGC 487
Query 506 TGTGTTGGTTAGTGGAAATGAGCTTAGGCTTGCTCTTCGTGCTGGTTTCGATCCCACAAA 565
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 488 TGTGTTGGTTAGTGGAAATGAGCTCAGGCTTGCTCTTCTTGCTGGTTTCGATCCCACAAA 547
Query 566 GTGCATTTTCAATGGAAATGGGAAGT-TGTTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAG 624
||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 GTGTATTTTCAATGGAAATGGAAAGTCT-TTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAG 606
Query 625 GTGTTTTCGTAAATGTTGATAGCGAGTTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAA 684
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 GTGTTTTCGTAAATGTTGATAGTGAGTTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAA 666
Query 685 TTTCTGGTAAGCAGGTCAATGTACTGCTGCGTATCAATCCTGATGTCGATCCTCAGGTGC 744
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 667 TTTCTGGTAAGCAGGTCAATGTGTTGTTGCGTATCAATCCTGATGTTGATCCTCAGGTGC 726
Query 745 ATCCATATGTAGCTACTGGGAACAAGAACTCGAAGTTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTC 804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 727 ATCCATATGTAGCTACTGGGAACAAGAACTCGAAGTTTGGTATTAGGAACGAGAAGCTTC 786
Query 805 AATGGTTTCTCGATGAAGTGAAGGCACATCCCAAAGAGCTAAAGCTTGTTGGAGCTCATT 864
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 787 AATGGTTTCTGGATGAAGTGAAGGCACATCCCAAAGAGCTGAAGCTTGTTGGAGCTCATT 846
Query 865 GCCATCTTGGCTCTACCATTACAAAGGTGGATATATTCAGAGATGCTGCGGTTCTCATGA 924
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 GTCATCTTGGTTCTACCATTACAAAGGTGGATATATTCAGAGATGCTGCGGTTCTCATGA 906
Query 925 TTGAATACATTGATGAAATCCGGCGTCAAGGCTTTGAGGTTAGCTACTTGAACATTGGTG 984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 TTGAATACATTGATGAAATCCGGCGTCAAGGCTTTGAGGTTAGCTACTTGAACATTGGTG 966
Query 985 GTGGTTTAGGGATAGATTATTATCATGCTGGCGCTGTCCTTCCTACACCCATGGATCTCA 1044
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 967 GTGGTTTAGGGATAGATTATTATCATGCCGGCGCTGTCCTTCCTACACCCATGGATCTTA 1026
Query 1045 TCAACACCGTAAGAGAGCTTGTTCTTTCGCGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGA 1104
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 TCAACACCGTAAGAGAGCTGGTTCTTTCACGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGA 1086
Query 1105 GATCGCTGATTGCAAACACATGTTGTTTCATCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATG 1164
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 GATCACTGATTGCAAACACATGTTGTTTCGTCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATG 1146
Query 1165 GAACTAAAAACTTCATAGTGATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTT 1224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 GAACTAAAAACTTCATAGTGATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTT 1206
Query 1225 ATGATGCCTATCAGCATATTGAGTTGGTCTCTCCTACACCGCCTGAAGCAGAGGTTACCA 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 ATGATGCCTATCAGCATATTGAGTTGGTCTCTCCTACACCGCCTGAAGCAGAGGTTACCA 1266
Query 1285 AATTCGACGTAGTGGGTCCTGTTTGTGAATCTGCTGATTTCTTGGGAAAAGACAGAGAGC 1344
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1267 AATTCGATGTAGTGGGTCCTGTTTGTGAATCTGCTGATTTCTTGGGCAAAGACAGAGAGC 1326
Query 1345 TTCCTACTCCTCCGCAGGGAGCTGGTCTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGA 1404
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 TTCCCACTCCTCCACAGGGAGCTGGTCTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGA 1386
Query 1405 GTATGGCTTCCACTTACAATCTCAAGATGCGACCTCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATG 1464
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 GTATGGCTTCCACTTACAATCTCAAGATGCGTCCCCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATG 1446
Query 1465 GGTCGATCACCAAGATCAGGCATGCTGAGACTTTTGACGACCATTTGCGTTTCTTTGAAG 1524
|||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1447 GGTCGATCACTAAGATCAGGCATGCTGAGACATTCGATGACCATTTACGTTTCTTTGAAG 1506
Query 1525 GTCTATGAACTCTTTGATTTACTCATCATTGTTGCTATTTTTGTTGAATTGTATGATTA- 1583
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1507 GACTATGAACTCCGAGATTTACTCATCATTGTTGCTATTTTAGATGAATTGTATGATTAC 1566
Query 1584 -TTCC-ATAATGCTATTGCTGTCTT 1606
|| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1567 GTTTCTATAATGCTATTGCTGTCTT 1591
> AT3G14390.1 | Symbols: | Pyridoxal-dependent decarboxylase family
protein | chr3:4806725-4809433 FORWARD LENGTH=1980
Length=1980
Score = 2034 bits (1101), Expect = 0.0
Identities = 1404/1544 (91%), Gaps = 46/1544 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 ATGGCCGCTGCTACTCAATTTCTCTCCCAACCTTCATCTATCCGCGGAACCCTAAATCAA 113
||||| || |||||||||||||||||||||||||| || | | | || || | | | |
Sbjct 47 ATGGCGGCAGCTACTCAATTTCTCTCCCAACCTTCGTC--T-CTC--AATCC-ACA-CCA 99
Query 114 TAC-CAATTGAACCAAACCTC-C--CTCT-C--AAGAATCCCAAT-TC-TGTCTCTCAAG 164
|| || |||||||||||| | | || | ||| ||||| | || ||||||| ||
Sbjct 100 -ACTGAA--GAACCAAACCTCACAACGCTCCAGAAGCATCCC--TGTCTTGTCTCTTAAA 154
Query 165 TCCACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTCAAATCCGCCGTATCCCAAAACTCCCAA 224
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | | || |||
Sbjct 155 TCCACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTGAAAGCCGCCG--T--C--GTTTCTCAA 208
Query 225 AACTCCACCAAAACCCTCACAAAGGAATCTGCTTCCTCTTTCGACCACTGTTTCAAGAAA 284
||||| |||||||| | || ||| | ||||| |||||||||||||||
Sbjct 209 AACTCGTCCAAAACCGTGAC----GAA---G--------TTCGATCACTGTTTCAAGAAA 253
Query 285 TCATCAGATGGGTTTCTCTATTGCGAAGGAACTAAGGTTCAAGATATCATGGAGTCAGTC 344
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||
Sbjct 254 TCATCAGATGGGTTTCTCTATTGTGAAGGAACTAAAGTTGAGGATATCATGGAGTCAGTG 313
Query 345 GAGAGAAGACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCACGAGAAACCTTGAGGCGTAT 404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 314 GAGAGAAGACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCACTAGAAACCTCGAGGCTTAT 373
Query 405 AAAGAGGCTTTGGAAGGAGTGAGATCTGTTATTGGTTACGCTATTAAAGCTAATAACAAT 464
||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 374 AAAGAAGCATTGGAAGGAGTGAGCTCTGTGATTGGTTACGCTATCAAAGCTAATAACAAT 433
Query 465 CTCAAGATTTTGGAGCATTTGAGGAGTTTGGGCTGTGGTGCTGTGTTGGTTAGTGGAAAT 524
|| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 434 CTTAAAATTTTGGAGCATTTGAGAAGTTTAGGCTGTGGTGCTGTGCTCGTTAGTGGAAAT 493
Query 525 GAGCTTAGGCTTGCTCTTCGTGCTGGTTTCGATCCCACAAAGTGCATTTTCAATGGAAAT 584
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 GAGCTTAGACTTGCTCTTCGTGCTGGTTTCGATCCCACAAAGTGCATTTTCAATGGAAAT 553
Query 585 GGGAAGT-TGTTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTAAATGTTGA 643
|| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 554 GGCAAGTCT-TTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTTAATGTCGA 612
Query 644 TAGCGAGTTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAATTTCTGGTAAGCAGGTCAA 703
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 TAGTGAGTTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAATTTCTGGTAAGCAGGTCAA 672
Query 704 TGTACTGCTGCGTATCAATCCTGATGTCGATCCTCAGGTGCATCCATATGTAGCTACTGG 763
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 673 TGTACTGCTGCGTATCAATCCTGATGTTGATCCTCAGGTGCATCCATATGTTGCTACTGG 732
Query 764 GAACAAGAACTCGAAGTTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTCAATGGTTTCTCGATGAAGT 823
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||
Sbjct 733 GAACAAGAACTCAAAGTTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTCAATGGTTTCTGGATCAGGT 792
Query 824 GAAGGCACATCCCAAAGAGCTAAAGCTTGTTGGAGCTCATTGCCATCTTGGCTCTACCAT 883
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 793 CAAGGCACATCCCAAAGAGCTGAAGCTTGTTGGAGCTCATTGCCATCTAGGCTCTACCAT 852
Query 884 TACAAAGGTGGATATATTCAGAGATGCTGCGGTTCTCATGATTGAATACATTGATGAAAT 943
||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 853 TACTAAGGTGGATATATTCAGAGATGCGGCAGTTCTCATGATAGAATACATTGACGAGAT 912
Query 944 CCGGCGTCAAGGCTTTGAGGTTAGCTACTTGAACATTGGTGGTGGTTTAGGGATAGATTA 1003
|||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 913 CCGGCGTCAAGGTTTTGAAGTTAGTTACTTGAACATTGGTGGTGGTTTAGGGATTGATTA 972
Query 1004 TTATCATGCTGGCGCTGTCCTTCCTACACCCATGGATCTCATCAACACCGTAAGAGAGCT 1063
||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 973 TTACCATGCCGGCGCTGTCCTTCCCACACCCATGGATCTCATCAACACTGTAAGAGAGCT 1032
Query 1064 TGTTCTTTCGCGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGAGATCGCTGATTGCAAACAC 1123
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1033 TGTTCTTTCACGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGAGATCTCTGATTGCAAACAC 1092
Query 1124 ATGTTGTTTCATCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAAAACTTCATAGT 1183
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1093 TTGCTGTTTCGTCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAGAACTTCATAGT 1152
Query 1184 GATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCCTATCAGCATAT 1243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1153 CATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCTTATCAGCACAT 1212
Query 1244 TGAGTTGGTCTCTCCTACACCGCCTGAAGCAGAGGTTACCAAATTCGACGTAGTGGGTCC 1303
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 TGAGTTGGTCTCTCCTCCACCGGCTGAAGCAGAGGTTACCAAATTCGACGTAGTGGGTCC 1272
Query 1304 TGTTTGTGAATCTGCTGATTTCTTGGGAAAAGACAGAGAGCTTCCTACTCCTCCGCAGGG 1363
||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1273 TGTCTGTGAATCTGCTGATTTCCTGGGCAAAGACAGAGAGCTTCCCACTCCTCCACAGGG 1332
Query 1364 AGCTGGTCTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGAGTATGGCTTCCACTTACAA 1423
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1333 AGCTGGTCTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGAGCATGGCTTCCACTTACAA 1392
Query 1424 TCTCAAGATGCGACCTCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATGGGTCGATCACCAAGATCAG 1483
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1393 TCTCAAGATGCGTCCTCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATGGGTCGATCACTAAGATAAG 1452
Query 1484 GCATGCTGAGACTTTTGACGACCATTTGCGTTTCTTTGAAGGTCTATGAACTCTTTGATT 1543
|||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1453 GCATGCTGAGACATTCGATGACCATTTGCGTTTCTTTGAAGGTCTATGAACTCTTAGATT 1512
Query 1544 TACTCATCATTGTTGCTATTTTTG-TTGAATTGTATGATTATTC 1586
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1513 TACTCATCATTGTTGCT-TTTTTGATTGAATTGTATGATTATTC 1555
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79316861100
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5