BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488058
Length=2847
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G12150.1 | Symbols: | Rho GTPase activation protein (RhoGAP... 4621 0.0
> AT5G12150.1 | Symbols: | Rho GTPase activation protein (RhoGAP)
with PH domain | chr5:3924126-3930305 REVERSE LENGTH=2956
Length=2956
Score = 4621 bits (2502), Expect = 0.0
Identities = 2750/2867 (96%), Gaps = 27/2867 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGCAGTAGGTCAGACTCTTGTAGTGAATTCGCTGGAAAGTAAGGGAAAGGCTTTGGCTTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2 TGCAGTAGGTCAGACTCTTGTAGTGAATTCACTGCAAAGTAAGGGAAA-GC-TTGGCTTG 59
Query 61 GAAATGGGAGTTGATCAAGCCATCGATTCGGGCTAATGTGCATCA-TTTGATTCGTCTGG 119
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||
Sbjct 60 GAAATGGGAGTTGAACAAGCCATCGATTCGGGCTAATGTGTAT-AGTTTGATTCGTCTGG 118
Query 120 GGAGCTTTTGAGAGATAGC-A---A----T----TT---AATGATC-TTTTCTGGATGCG 163
||||||||||||||||||| | | | || ||||||| |||||| ||||||
Sbjct 119 GGAGCTTTTGAGAGATAGCAATTTAGTTTTCCGCTTACGAATGATCTTTTTCT-GATGCG 177
Query 164 TCATTTTGATTAAGTGTGTACTTCTGCAATGGCGGCTTCTTTAGCTGCTATGCAGCGACC 223
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||| | ||
Sbjct 178 TCATTTTGATTAAGTGTGTACTTCTGCAATGGAGGCTTCTCTAGCTGTTATACAGAGGCC 237
Query 224 TCAAGCTGGAGCTTTGAATACGGTTTATAAGAGTGGTCCTCTTTTCATTTCATCAAAAGG 283
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 238 TCAAGCTGGAGCTTCGAATACGGTTTATAAGAGTGGCCCTCTCTTCATATCATCAAAAGG 297
Query 284 ACTAGGTTGGACATCTTGGAAGAAGCGTTGGTTTATCCTTACCCGAACTTCTTTGGTCTT 343
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 ACTAGGTTGGACATCCTGGAAGAAGCGTTGGTTTATCCTTACCCGAACTTCTTTGGTCTT 357
Query 344 CTTCAAAAATGATCCAAGTGCATTACCACAAAAGGGAGGTGAAGTAAATTTGACTCTTGG 403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 358 TTTCAAAAATGATCCAAGTGCATTACCACAAAAGGGAGGTGAAGTAAATTTGACCCTTGG 417
Query 404 AGGCATTGACTTAAACAGTTCGGGGAGTGTCGTGGTGAGAGAAGATAAGAAGTTGTTGAC 463
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 418 AGGCATTGACTTGAACAGTTCGGGGAGTGTCGTGGTGAGAGAAGATAAGAAGTTGCTGAC 477
Query 464 TGTACTATTCCCAGATGGGCGTGATGGACGAGCCTTCACCCTCAAGGCTGAGACATTGGA 523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 478 TGTACTATTCCCAGATGGGCGTGATGGACGAGCCTTCACCCTTAAGGCTGAGACATTGGA 537
Query 524 CGACTTGTATGAATGGAAGGCTGCCCTTGAGCAAGCCCTTGCACAAGCTCCCAATGCAGC 583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CGACTTGTATGAATGGAAGGCTGCCCTTGAGCAAGCCCTTGCACAAGCTCCCAATGCAGC 597
Query 584 ACTTGTAATTGGTCAAAATGGAATATTCCGAACAGAAGCAAACAATACTATTGAAGCTTC 643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 598 ACTTGTAATTGGTCAAAATGGAATATTCCGAACAGAAGCAAACAATACTATTGAAGCATC 657
Query 644 CTTCAATTCATGGAGGGACCAGCGCCCGTTGAAGTCTTCGGTTGTTGGAAGACCAATTTT 703
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TTTCAATTCATGGAGGGATCAGCGCCCGTTGAAGTCTTCGGTTGTTGGAAGACCAATTTT 717
Query 704 GCTAGCTTTAGAAGAAATTGATGGAAGTCCATCTTTTCTTGAGAAAGCACTTCAATTTCT 763
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GCTAGCTTTAGAAGAAATCGATGGAAGTCCATCTTTTCTTGAGAAAGCACTTCAATTTCT 777
Query 764 TGAGACATATGGAACCAAAGTAGAAGGAATTTTAAGACAGTCTGCAGATGTTGAGGAAGT 823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 778 TGAGACATATGGAACCAAAGTAGAAGGAATTTTAAGACAGTCTGCAGATGTTGAGGAGGT 837
Query 824 AGAACGCAGAGTTCACGAGTACGAAGAAGGCAAGACAGAATTCAGTCCTGAAGAGGATCC 883
||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 AGAACGCAGAGTTCAAGAATACGAACAAGGCAAGACAGAATTCAGTCCTGAAGAGGATCC 897
Query 884 ACATGTTGTTGGAGACTGTGTTAAGCATGTCCTGCGGCAGTTGCCTTCTTCTCCAGTTCC 943
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 898 GCATGTTGTTGGAGACTGTGTTAAGCATGTTCTGCGGCAATTGCCTTCTTCTCCAGTCCC 957
Query 944 AGCGTCGTGCTGCACTGCTTTGCTGGAAGCTTATAAAATTGATCATAACGAAGCTAGGGT 1003
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 958 AGCGTCGTGCTGCACTGCTTTGCTTGAAGCTTATAAAATTGATCAGAACGAAGCTCGGGT 1017
Query 1004 TAACTCACTGCGCTCTGCTATAATTGAAACATTTCCAGAACCAAACAGGCGACTACTACT 1063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TAACTCACTGCGCTCTGCTATAATTGAAACATTTCCAGAACCAAACAGGCGACTACTACT 1077
Query 1064 ACGGATTCTAAAGATGATGCATACTATCACCTCTCATTCCAGTGAGAATCGCATGACTTC 1123
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GCGGATGCTAAAGATGATGCATACTATCACCTCTCATTCCAGTGAGAATCGCATGACTTC 1137
Query 1124 ATCTGCTGTTGCTGCATGCATGTCCCCATTGCTCTTACGCCCTCTATTGGCTGGAGAATG 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 ATCTGCTGTTGCTGCATGCATGTCCCCATTGCTCTTACGTCCTCTATTGGCTGGAGAATG 1197
Query 1184 TGATCTAGAAGGTTTTGACTCTCTAGGAGATAACTCTGCCCAGCTTCTTGCTGCCGCTAA 1243
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1198 TGATCTAGAAGGTTTTGACACTCTAGGAGATAACTCTGCCCAGCTTCTTGCTGCCGCCAA 1257
Query 1244 TGCTGCCAATAATGCTCAAGCCATTGTCACAGCCCTTTTGGAGGACTATGGGAATATGAT 1303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1258 TGCTGCCAATAATGCTCAAGCCATTGTCACAGCCCTTTTGGAAGACTATGGGAATATGAT 1317
Query 1304 CAATGATAAAGGTCTTGAAAGATGCTCCACTTCTACGGATTCTCATATTGGCGACAGTGG 1363
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CAATGATGAAGGTCTTGGGAGATGCTCCACTTCTACTGATTCTCATATTGGCGACAGTGG 1377
Query 1364 GCCTGAGAACTCAAGTGATGAAGAGGACATAGAGGTTAAACATCCTGACTTGCATACTCT 1423
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GCCTGAGAACTCAAGTGATGAAGAGGAAATAGTGGTTAAACATCCTGACTTGCATACTCT 1437
Query 1424 GGATATAGAAGAAGGGGAAACAGATGATGATAATGATGTTCTGCTGAGCAGAAAACCAAG 1483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1438 GGATATAGAAGAAGGGGAAACAGATGATGATAATGATGTTCTGCTAAGCAGAAAACCAAG 1497
Query 1484 CGAGAGCAGTGATTATGCTGGCAGTGATCTGTATGACTACAAGGGTTTTGGTGTTGAAGA 1543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CGAGAGCAGTGATTATGCTGGCAGTGATCTGTATGACTACAAGGGTTTTGGTGTTGAAGA 1557
Query 1544 TTCAGATGCTGAGTCTCCTAGAGATATCCATTGTTCAGTCGAGAGTACTGACTTT-CCGA 1602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1558 TTCAGATGCTGAGTCTCCTAGAGATATCCATTGTTCAGTCGAGAGTACAGACTTTTCCG- 1616
Query 1603 CTAGAGTGAAAAAACATATTGAAGAGCCTATTAAAGATATAGAAGTTTCTAGCGTTTCAC 1662
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CTAGAGTGAAAAAACATATTGAAGAACCTATTAAAGATATAGAAGTTTCTAGCGTTTCAC 1676
Query 1663 CTACTGAAAACTGTTATCAATCAGGGAGAGAGGCTATACCCTCAGTTACTCCCAGTACTC 1722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 CTACTGAAAACTGTTATCAATCAGGGAGAGAGGCTATACCCTCAGTTACTCCCAGTACTC 1736
Query 1723 CTCCCACTGCCCTCAGATACACAACATCAGCTGAGAAACCTGCAAGTAAAACTACTGGCT 1782
||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CTCTCACGGCCCTTAGATACACAACATCAGCTGAGAAACCTGCAAGTAAAACTACTGGCT 1796
Query 1783 CATCAACAGTCAATTCGAAGAGATCTTCATCCTGGGGAAGAGGCAACGGCAAGAAAACAC 1842
|||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 CATCAACAGTAAATTCGAAGCGTTCTTCGTCCTGGGGAAGAGGCAACGGCAAGAAAACAC 1856
Query 1843 CTGCTAAAGGATCATTTGATTCCTCAGGAAATGACGAGCTCCTTATACAGAGGCTCGAGC 1902
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CTGCTAAAGGATCATTTGATTCCTCAGGAAATGACGAGCTTCTTATACAGAGGCTCGAGC 1916
Query 1903 ACATGAAAGATGAGCTGCGGCAACGAATCGCTAAGGAGGCTAAAGGAAATGCGGCTCTAC 1962
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 ACATGAAAGATGAACTGCGACAACGAATCGCTAAGGAGGCTAAAGGAAATGCGGCTCTAC 1976
Query 1963 AAGCTAGCTTGGAGAGAAGGAAGCAGGCTTTGCACGAACGTCGGTTGGCACTTGAACAAG 2022
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1977 AAGCTAGCTTGGAGAGAAGGAAGCAGGCTTTGCACGAACGACGGTTGGCACTTGAACAAG 2036
Query 2023 ATGTGGGCAGATTACAAGAGCAACTGCAAGCTGAGAGAGACCTACGATCTGCTCTTGAAG 2082
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 ATGTGGGTAGATTACAAGAGCAACTGCAAGCTGAGAGAGACCTACGATCTGCTCTTGAAG 2096
Query 2083 TTGGTCTAAGCATTTCTTGTGGACAATTTAGCTCACAAGCTTCGGATTCCAAAACAAGGG 2142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TTGGTCTAAGCATTTCTTGTGGACAATTTAGCTCACAAGCTGCGGATTCCAAAACAAGGG 2156
Query 2143 CTGAGCTTGAGGAGATTGCTCTTGCTGAAGCTGATGTCGCAAGATTGAAGCAGAAAGTCG 2202
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2157 CAGAGCTTGAGGAGATTGCTCTTGCTGAAGCTGATGTCGCAAGGTTGAAGCAGAAAGTCG 2216
Query 2203 CAGAATTACATCATCAGCTTAA-TCAGCAGCGACAGCATCACTTAAGTTCACTCCCAGAT 2261
| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 CCGAATTACATCATCAGCT-AAGTCAGCAGCGACAGCATCACTTAAGTTCACTCCCAGAT 2275
Query 2262 GCTCAAAGCCATCACCAATTTCTCCATAATCACAATACTCAACTGAAGTCTTTTCAGCAG 2321
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2276 GCTCAAAGCCATCACCAGTTTCTCCATAATCACAATACTCAACTGAAGTCTTTTCAACAG 2335
Query 2322 GACTTTGATTCCATTCTTGCTTTCGTTAATCACGAAAGAAATCAGAGAACGGATGAAACT 2381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 GACTTTGATTCCATTCTTGCTTTCGTTAATCACGAAAGAAATCAGAGAACGGATGAAACT 2395
Query 2382 AGCCTAAGAGCAGACTGGAGGAACGGTAGAGGAAACACCAGACAAGTACCAGGCTCACCA 2441
||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 AGCCTAAGAGCAGACTGGAGGAATGGCAGAGGAAACAACAGACAAGTACCAGGCTCACCA 2455
Query 2442 AGCTTGAATGCAGCATCCTTAGGCATCCCAATGGAAGAGTTTTCTCCGGTAATGGACTAC 2501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2456 AGCTTGAATGCAGCATCCTTAGGCATCCCAATGGAAGAGTATTCTCCGGTAATGGACTAC 2515
Query 2502 GGAAGAAATCACCATCCTCCTGCAGCATCTGCAGCTCTCATGGAGCTAACCACTCGTCTA 2561
|||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 GGAAGACATCATCATCCTCCTGCAACATCTGCAGCTCTCATGGAGCTAACCACTCGTCTG 2575
Query 2562 GATTTCTTCAAGGAACGACGGTCACAACTTATGGAACAGATTCAGAATCTTGACCTCAAC 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 GATTTCTTCAAGGAACGACGGTCACAACTTATGGAACAGATTCAGAATCTTGACCTCAAC 2635
Query 2622 TATGGTTCCTCTTCTTCTTCTCTACACCGATCCTCTTCTCCACCGTGGAATTAGGCTCTG 2681
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2636 TATGGTTCCTCTTCTTCTTCTCTGCACCGATCCTCTTCTCCACCATGGAATTAGGCTCTT 2695
Query 2682 TGTGGAGCTTTTGTCCaaaaactttagaaaaatgtaaaaaaa-TCTCGTCTGTGCAGACT 2740
|| | |||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2696 TGAGAAGCTCTTGTCCAAAAAAAT-AGAAAAATGTAAAGAAAGTCTCGTCTGTGCAGACT 2754
Query 2741 CTTCATGCTTGTAAAACCGGTTCAAGATCAAACCAACTATATATTTACCACGAGATTGAT 2800
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2755 CTTCATGCTTGTAAAACCGGTTCAAGGTTAAACCAACTATATATTTACCACGAAATTGAT 2814
Query 2801 AAGAAATTGTTTGCTCTTGCTTCTTTGTTAGTGTGATTTATGTGAGT 2847
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 GAGAAATTGTTTGCTCTTGCTTCGTTGTTAGTGTGATTTATGTGAGT 2861
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141470779260
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5