BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488062
Length=1773
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G12200.1 | Symbols: PYD2 | pyrimidine 2 | chr5:3941528-39448... 2763 0.0
> AT5G12200.1 | Symbols: PYD2 | pyrimidine 2 | chr5:3941528-3944811
REVERSE LENGTH=1852
Length=1852
Score = 2763 bits (1496), Expect = 0.0
Identities = 1688/1779 (95%), Gaps = 20/1779 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATTGATCGGCCAATAA-ACAGAGAGAATGGAAACAATGATAGGAAGCTGCTGAATCAAG 59
||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 AATTGATCGGCCAATAACAAAAAGAGAATGGAAACAATGATAGGAA---GCTGAATCAAG 57
Query 60 CAAGACTCTCACGAGAAGCTTCTTCATCAATGGCGCTGGATGCAATCTTCTTCATCGTCT 119
||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 58 CAAGA--CTCGCGAGAAGCTGAATCATCAATGGCTCTGGATGCATTCTTCTTCATCGTCT 115
Query 120 CTCTATTCCTTCTGTTTCCGTCACCTTCCGTC-TCAGATTCCACTACTCAGTTTTGTAGT 178
||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 116 CTCTATTTCTTCTGTTTCCGTCACCATCCG-CGTCAGAATCCACTACTCAGTTTTGTAGT 174
Query 179 GCAGGGGGAGAGTATGGTGTGGGATCTTGTGGGGTTTCATCGACGAGGATTTTGATCAAA 238
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 175 GCAGGGAGAGAGAATGGTGTGGGATCTTGTGGGGTTTCATCGACGAGGATTTTGATTAAA 234
Query 239 GGAGGTACAGTTGTGAACGCACACCATCAAGAACTTGCTGATGTTTATGTGGAAGATGGA 298
|||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 235 GGAGGTACTGTTGTCAATGCACACCATCAAGAACTTGCTGATGTTTATGTGGAAAATGGT 294
Query 299 ATTATTGTCGCTGTGCAGCCAAACATTAAGGTTGGGGATGAAGTCACTGTACTCGATGCT 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 295 ATTATTGTCGCTGTGCAGCCAAACATTAAGGTTGGGGATGAAGTCACTGTCCTCGATGCT 354
Query 359 ACTGGAAAGTTTGTTATGCCAGGAGGAATTGACCCCCACACGCACCTCGCCATGGAGTTT 418
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 355 ACTGGAAAGTTTGTCATGCCAGGAGGAATTGACCCCCACACGCACCTCGCCATGGAATTT 414
Query 419 ATGGGTACCGAGACTATTGATGATTTCTTCAGTGGCCAGGCAGCAGCATTAGCTGGTGGA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 415 ATGGGTACCGAGACTATTGATGATTTCTTCAGTGGTCAGGCAGCGGCATTAGCTGGTGGA 474
Query 479 ACAACTATGCATATAGACTTTGTTATACCTGTCAATGGGAATCTTGTGGCTGGTTTTGAA 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 475 ACAACTATGCATATAGACTTTGTTATACCTGTCAATGGGAATCTGGTGGCTGGTTTTGAA 534
Query 539 GCCTATGAAAACAAATCCAGAGAATCTTGTATGGATTATGGTTTTCATATGGCAATCACA 598
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GCCTATGAAAACAAATCTAGAGAATCTTGTATGGATTACGGTTTTCATATGGCAATCACA 594
Query 599 AAGTGGGATGAAGGTGTTTCCAGGGACATGGAGATATTGGTCAAGGAAAAGGGTATCAAC 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 AAGTGGGATGAAGGTGTTTCCAGGGACATGGAGATGTTGGTCAAGGAAAAGGGTATCAAC 654
Query 659 TCTTTCAAGTTTTTCCTAGCATATAAAGGATCTCTTATGGTCACTGATGACCTCCTCCTG 718
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 655 TCTTTCAAGTTTTTCCTAGCGTATAAAGGATCTCTTATGGTAACTGATGACCTACTCCTA 714
Query 719 GAAGGCCTCAAACGATGCAAATCCCTCGGTGCCTTGGCGATGGTTCATGCTGAAAATGGA 778
||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GAAGGACTTAAAAGATGCAAATCCCTCGGTGCCTTGGCCATGGTTCATGCTGAAAATGGA 774
Query 779 GATGCTGTGTTCGAAGGACAGAAAAGAATGATTGAACTGGGCATTACAGGTCCAGAGGGT 838
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GATGCAGTATTCGAAGGACAGAAAAGAATGATTGAACTGGGCATTACAGGTCCAGAGGGT 834
Query 839 CATGCTCTTTCAAGGCCTCCTGTGCTCGAGGGAGAAGCCACTGCTCGAGCAATTCGTTTG 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 835 CATGCTCTTTCAAGGCCTCCTGTGCTCGAGGGAGAGGCCACTGCTAGAGCAATTCGTTTG 894
Query 899 GCTCGTTTTGTTAACACGCCTCTCTATGTTGTTCATGTGATGAGTGTTGATGCAATGGAC 958
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 GCTCGTTTTATTAACACGCCTCTCTATGTTGTTCATGTGATGAGTGTTGATGCAATGGAC 954
Query 959 GAGATTGCTAAAGCTCGAAAATCAGGACAGAAGGTTATTGGAGAGCCTGTTGTGTCTGGA 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GAGATTGCTAAAGCTCGAAAATCAGGACAGAAGGTTATTGGAGAGCCTGTTGTGTCTGGA 1014
Query 1019 TTAATCCTTGATGACCATTGGCTTTGGGATCCTGACTTCACAATTGCGTCCAAGTATGTC 1078
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TTAATCCTTGATGATCATTGGCTTTGGGATCCTGACTTCACAATTGCGTCCAAGTATGTC 1074
Query 1079 ATGAGTCCACCAATCAGACCAGTAGGACATGGGAAAGCTCTACAAGATGCCCTTTCCACA 1138
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 ATGAGTCCACCTATCAGACCAGTAGGACATGGGAAAGCCCTACAAGATGCCCTTTCCACA 1134
Query 1139 GGAATCCTTCAGCTTGTAGGAACTGATCACTGCACTTTCAATTCTACACAAAAAGCTCTA 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GGAATCCTTCAGCTTGTAGGAACTGATCACTGCACTTTCAATTCTACACAAAAAGCTCTA 1194
Query 1199 GGACTTGATGATTTCCGCAAAATACCTAATGGTGTTAATGGCCTTGAAGAACGGATGCAC 1258
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1195 GGACTTGATGATTTCCGCAGAATACCTAATGGTGTTAATGGCCTTGAGGAACGGATGCAC 1254
Query 1259 CTGATATGGGACACGATGGTGGGGTCTGGCCAAATCTCAGCTACTGATTATGTTCGAATA 1318
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TTGATATGGGACACGATGGTGGAGTCTGGCCAACTCTCAGCTACTGATTATGTTCGAATA 1314
Query 1319 ACCAGCACGGAATGTGCTAGAATTTTCAACATATATCCACGGAAAGGAGCTATCCTTGCT 1378
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 ACCAGCACTGAGTGTGCTAGAATTTTCAACATATATCCACGGAAAGGAGCTATCCTTGCT 1374
Query 1379 GGCTCGGATGCAGACATTATTATATTGAATCCAAACTCAAGCTACGAGATTAGCTCAAAG 1438
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 GGCTCGGATGCAGATATTATCATATTGAATCCAAACTCAAGCTACGAGATTAGCTCAAAG 1434
Query 1439 TCTCATCATTCAAGATCCGACACAAACGTCTACGAGGGCAGAAGAGGAAAGGGAAAAGTT 1498
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TCTCATCATTCAAGATCAGACACAAACGTCTACGAGGGCAGAAGAGGAAAGGGAAAAGTT 1494
Query 1499 GATGTGACAATAGCAGGAGGACGAATAGTGTGGGAAAATGAGGAGCTTAAAGTTGTTCCA 1558
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1495 GAAGTGACAATAGCAGGAGGACGAATTGTGTGGGAAAACGAGGAACTTAAAGTTGTTCCA 1554
Query 1559 GGAAGTGGCAAGTATATAGAGATGCCTCCTTTCAGTTACCTTTTCGATGGGATTGAGAAA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1555 AGAAGTGGCAAGTATATAGAGATGCCTCCTTTCAGTTACCTTTTCGATGGTATTGAGAAA 1614
Query 1619 TCAGATGCTAATTATCTATCTTCTCTTCGAGCTCCTGTTAAGCGTGTCAGAACTGAAGCT 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TCAGATGCTAATTATCTATCTTCTCTTCGAGCTCCAGTTAAGCGTGTCAGAACTGAAGCT 1674
Query 1679 ACATAAAAGTGCAGGTATCTGCATATAGAATATTTTG-TACTTT--GTCCAATTGTACAT 1735
|| |||| |||||||||||| || | | |||| || | || | | |||||||||||
Sbjct 1675 ACGTAAA-GTGCAGGTATCT--ATCT-GCATATCGTGATTCTGTAAGAACAATTGTACAT 1730
Query 1736 AACATTCTGTATTAAAAAG-ATTGAAAGAGCGATTGTGA 1773
|| || |||||||||| | ||||||||||||||| |||
Sbjct 1731 AA--TT-TGTATTAAAA-GTATTGAAAGAGCGATTATGA 1765
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87700352115
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5