BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488085
Length=2730
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G12370.1 | Symbols: SEC10 | exocyst complex component sec10 ... 4466 0.0
> AT5G12370.1 | Symbols: SEC10 | exocyst complex component sec10
| chr5:4002775-4008804 REVERSE LENGTH=2815
Length=2815
Score = 4466 bits (2418), Expect = 0.0
Identities = 2555/2622 (97%), Gaps = 5/2622 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGAGCTCGTAGTTGTGAAAACTCCGCCATTGTAGACCGTCTCT-ATTTCTCCGTCTTTCT 59
||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1 GGAGCTCATAGTTGTGAAAAGTCCGCCATTGAAGACCGTCTCTCTTTTCTCCGTCTTTTT 60
Query 60 CTCCCTGCAGTTACCGGATTCCTCCGGCTAGATCTCTCCGTTCACCGCCGATGACAGAAG 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 CTCCCTGCAGTTACCGGATTCCTCCGGCTAGATCTCTCCGTTCATCGCCGATGACAGAAG 120
Query 120 GAATCAGAGCAAGAGGACCCAGATCATCCTCTGTTAACTCTGTTCCTCTGATTCTTGACA 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAATCAGAGCAAGAGGACCCAGATCATCCTCTGTTAACTCTGTTCCTCTGATTCTTGACA 180
Query 180 TTGAAGACTTCAAGGGTGATTTTTCATTTGATGCATTATTTGGGAACCTGGTAAACGACC 239
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTGAAGACTTTAAGGGTGATTTTTCATTTGATGCATTATTTGGGAACCTGGTAAACGACC 240
Query 240 TCTTACCGTCTTTCCTAGACGAAGAAGCAGATTCTGGGGATGGCCATGGCAACATTGCTG 299
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTTGCCGTCTTTCCTAGACGAAGAAGCAGATTCTGGGGATGGCCATGGCAACATTGCTG 300
Query 300 GAGTTGATGGTTTGACAAATGGGCATTTACGTGGGCAATCTGCTCCTTTGTCCTCTGCTC 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAGTTGATGGTTTGACAAATGGGCATTTACGTGGACAGTCTGCTCCTTTGTCCTCTGCTC 360
Query 360 CTTTTTTCCCTGAAGTAGATGGTCTTTTGTCTCTGTTCAAAGATGCTTGCAAGGAGTTAG 419
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTTTTTTTCCTGAAGTAGATGGTCTTTTGTCTCTGTTCAAAGATGCTTGCAAGGAGTTAG 420
Query 420 TTGATCTTCGGAAGCAGGTTGATGGAAGGCTCAATACACTAAAGAAGGAAGTTTCAACCC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGATCTTCGGAAGCAGGTTGATGGAAGGCTCAATACACTAAAGAAGGAAGTTTCAACCC 480
Query 480 AAGATGCTAAACACCGGAAGACACTGACTGAGATAGAGAAGGGTGTGGACGGTTTGTTTG 539
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 AAGATTCTAAACACCGGAAGACACTGACTGAGATAGAGAAGGGTGTGGACGGTCTGTTTG 540
Query 540 AGAGCTTTGCAAGGTTGGACGGTCGTATTTCAAGTGTTGGACAGACCGCTGCAAAAATAG 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AGAGCTTTGCAAGGTTGGACGGTCGTATTTCAAGTGTTGGACAGACCGCTGCAAAAATAG 600
Query 600 GAGATCATCTGCAGAGTGCAGATGCTCAGCGGGAAACTGCTAGCCAGACAATAGATCTTA 659
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 601 GAGATCATTTGCAGAGTGCAGATGCTCAGCGGGAAACTGCTAGCCAGACGATAGATCTTA 660
Query 660 TAAAGTACCTAATGGAGTTCAACGGCAGCCCAGGGGATCTGATGGAGCTTTCCGCTTTGT 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 661 TAAAGTACCTAATGGAGTTCAACGGCAGCCCAGGGGATCTTATGGAGCTTTCCGCTTTGT 720
Query 720 TTTCTGATGATAGCCGCGTAGCTGAGGCTGCTTCTATTGCTCAGAAATTACGATCCTTTG 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTTCTGATGATAGCCGCGTAGCTGAGGCTGCTTCTATCGCTCAGAAATTACGATCCTTTG 780
Query 780 CTGAGGAAGACATTGGAAGGCAAGGTGCCG-GTACAGCTGCAGGAAATGCTACCCCTGGC 838
||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTGAGGAAGACATTGGAAGGCAAGGTG-CGAGTGCAGCTGCAGGAAATGCTACCCCTGGC 839
Query 839 CGAGGACTGGAAGTTGCAGTTGCTAATCTTCAGGATTACTGTAATGAATTGGAGAACAGG 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CGAGGACTGGAAGTTGCAGTTGCTAATCTTCAGGATTACTGTAATGAATTGGAGAACAGG 899
Query 899 CTTTTATCTCGTTTTGATGCTGCATCACAGCGGAGAGATTTATCCACCATGTCAGAATGT 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 900 CTTTTATCTCGTTTTGATGCTGCATCACAGCGGAGAGATTTATCAACCATGTCAGAATGC 959
Query 959 GCTAAGATTTTGTCACAGTTTAACAGGGGTACAAGTGCTATGCAACATTATGTGGCTACA 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCTAAGATTTTGTCACAGTTTAACAGGGGTACAAGTGCTATGCAACATTATGTGGCTACA 1019
Query 1019 CGTCCAATGTTTATTGATGTGGAAGTCATGAATTCAGACATTAGGTTGGTTCTTGGTGAC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CGTCCAATGTTTATTGATGTGGAAGTCATGAATTCAGACATTAGGTTGGTTCTTGGTGAC 1079
Query 1079 CATGGTTCTCAGCCTAGTCCTAGCAATGTTGCCCGTGGACTTTCAGCTTTATACAAGGAA 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1080 CATGGTTCTCAGCCTAGTCCTAGCAATGTTGCCCGTGGACTTTCTGCTTTATTCAAGGAA 1139
Query 1139 ATTACAGACACTGTACGCAAAGAAGCAGCGACCATTACAGCCGTTTTCCCTACTCCAAAT 1198
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1140 ATTACAGACACCGTACGCAAAGAAGCAGCGACCATTACAGCTGTTTTCCCGACTCCAAAT 1199
Query 1199 GAAGTTATGGCGATCTTAGTTCAGAGAGTTCTGGAGCAGCGTGTCACAGGTATTCTTGAC 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1200 GAAGTTATGGCGATCTTAGTTCAGAGAGTTCTGGAGCAGCGTGTCACAGGTATTCTAGAC 1259
Query 1259 AAAATTTTGGCGAAGCCCTCTCTTATGACTCCACCACCTGTGCAAGAAGGCGGACTGTTA 1318
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AAAATTTTGGCGAAGCCCTCTCTTATGAGTCCACCACCTGTGCAAGAAGGCGGACTGTTA 1319
Query 1319 CTATACCTTAGAATGTTAGCAGTTGCATATGAGAGAACACAAGAACTTGCTAAAGACCTC 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CTATACCTTAGAATGTTAGCAGTTGCATATGAGAGAACACAAGAACTTGCTAAAGACCTC 1379
Query 1379 CGAGCTGTTGGATGCGGTGACCTGGATGTTGAAGATTTGACAGAGTCCTTGTTTTCCTCG 1438
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CGAGCTGTTGGATGTGGTGACCTGGATGTTGAAGATTTGACAGAGTCCTTGTTTTCCTCG 1439
Query 1439 CACAAGGATGAATACCCTGAGCATGAGCAGGCCTCCTTAAAACAACTATATCAAGCAAAG 1498
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CACAAGGATGAATACCCTGAGCATGAGCGGGCCTCCTTAAAACAACTATATCAAGCAAAG 1499
Query 1499 ATGGAAGAATTACGTGCTGAGAGTCAGCAAGTCTCAGAATCATCTGGGACAATAGGACGC 1558
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ATGGAAGAATTGCGTGCTGAGAGTCAGCAAGTCTCAGAGTCATCTGGGACAATAGGACGC 1559
Query 1559 TCTAAGGGTGCTTCAATATCATCATCTCTGCAGCAGATATCAGTCACTGTTGTGACGGAG 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 1560 TCTAAGGGTGCTTCAATATCATCATCTCTGCAGCAGATATCAGTCACCGTTGTCACAGAT 1619
Query 1619 TTTGTTCGATGGAATGAAGAAGCAATAACTAGATGCACACTATTTTCATCTCAGCCAGCC 1678
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TTTGTTCGATGGAATGAAGAAGCAATAACCAGATGCACATTGTTTTCATCTCAGCCAGCC 1679
Query 1679 ACACTTGCTGCCAATGTTAAAGCTATATTTACTTGCCTGCTAGACCAGGTGAGCATATAC 1738
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1680 ACACTTGCAGCCAATGTTAAAGCTATATTTACTTGCCTGCTAGACCAGGTGAGCGTATAC 1739
Query 1739 ATAACTGAAGGACTTGAACGGGCAAGGGATAGCCTGTCTGAAGCTGCAGCGTTGAGGGAG 1798
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1740 ATAACTGAGGGACTTGAACGGGCAAGGGATAGCCTGTCTGAAGCTGCAGCATTGAGGGAG 1799
Query 1799 AGATTTGTTTTGGGCAGAAGAGTGgctgctgcagctgcttctgctgcagaagctgctgct 1858
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGATTTGTTTTGGGCAGAAGAGTAGCTGCTGCAGCTGCTTCTGCTGCAGAAGCTGCTGCT 1859
Query 1859 gccgctgGTGAAAGTAGCTTTAAATCCTTCATGGTTGCTGTGCAACGTTGCGGTAGCAGT 1918
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GCTGCTGGTGAAAGTAGCTTTAAATCCTTCATGGTTGCTGTGCAACGTTGCGGTAGCAGT 1919
Query 1919 GTTGCTATAGTTCAGCAGTATTTTGCAAATTCTATATCTCGGCTTCTCCTACCAGTGGAT 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GTTGCTATAGTTCAGCAGTATTTTGCAAATTCTATATCTCGGCTTCTCCTACCAGTGGAT 1979
Query 1979 GGTGCACATGCTGCTTCATGTGAAGAAATGTCAACTGCTCTGTCCAAAGCAGAGGCAGCT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GGTGCACATGCTGCTTCATGTGAAGAAATGTCAACTGCTCTGTCCAAAGCAGAGGCAGCT 2039
Query 2039 GCTTATAAAGGACTTCAGCAGTGCATTGAAACTGTGATGGCTGAGGTTGATAGGCTACTT 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GCTTATAAAGGACTTCAGCAGTGCATTGAAACTGTGATGGCTGAGGTTGATAGGCTACTT 2099
Query 2099 TCATCTGAGCAGAAGTCTACCGATTATAGATCACCTGATGATGGAATTGCTTCTGACCAC 2158
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TCATCTGAGCAGAAGTCTACTGATTATAGATCAACTGATGATGGAATTGCTTCTGACCAC 2159
Query 2159 CGCCCAACAAATGCCTGCATAAGGGTTGTGGCTTATCTTTCCCGGGTACTTGAGTCTGCC 2218
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CGTCCAACAAATGCCTGCATAAGGGTCGTGGCTTATCTTTCCCGGGTACTTGAGTCTGCT 2219
Query 2219 TTCACTGCCTTGGAAGGTCTTAATAAGCAAGCCTTCCTGACTGAACTGGGAAATAGGCTA 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2220 TTCACTGCCTTGGAAGGTCTTAATAAGCAAGCCTTCCTGACTGAACTGGGAAATAGGTTA 2279
Query 2279 GAAAAACTGCTACTAACACACTGGCAGAAGTTCACTTTCAATCCCAGTGGAGGACTGCGG 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GAAAAACTGCTACTAACACACTGGCAGAAGTTCACTTTCAATCCCAGTGGAGGACTGCGG 2339
Query 2339 CTGAAACGTGACTTAAACGAGTATGTAGGATTTGTTAAAAGCTTTGGTGCTCCATCTGTG 2398
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2340 CTGAAGCGTGACTTAAACGAGTATGTAGGATTTGTTAAAAGCTTCGGTGCTCCATCTGTG 2399
Query 2399 GATGAGAAATTTGAGCTTCTGGGAATAATCGCCAATGTTTTCATCGTCGCTCCAGATAGT 2458
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2400 GATGAGAAATTTGAGCTTCTGGGAATAATAGCGAATGTTTTCATAGTTGCTCCAGATAGT 2459
Query 2459 CTGCCGACTTTGTTCGAGGGAAGTCCAAGCATTCGCAAAGACGCGCAAAGGTTTATTCAA 2518
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2460 CTGCCAACATTGTTCGAGGGAAGTCCAAGCATTCGCAAAGACGCACAAAGGTTTATTCAA 2519
Query 2519 CTTCGGGAGGACTATAAGAGTGCGAAGCTGGCAACAAAACTCAGCTCCTTGTGGCCAAGC 2578
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 CTGAGGGAGGACTATAAGAGTGCGAAGCTGGCAACAAAACTCAGCTCCTTGTGGCCAAGC 2579
Query 2579 TTGAGCTGATCTCATCAATGTTTAAAGA-CACTCTTGAACCA 2619
||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2580 TTGAGCTGATCTC-TCAATGTTTAAAGAACACACTTGAACCA 2620
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135601246929
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5