BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488117
Length=3983
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G13010.1 | Symbols: EMB3011 | RNA helicase family protein | ... 5193 0.0
> AT5G13010.1 | Symbols: EMB3011 | RNA helicase family protein
| chr5:4122410-4128861 FORWARD LENGTH=4306
Length=4306
Score = 5193 bits (2812), Expect = 0.0
Identities = 3029/3133 (97%), Gaps = 18/3133 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 866 TAGTCCTCACGGAGATAGAGACTCTAGTTACAGCAAGCGACATCAGCCTTCTCCATCACC 925
||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 976 TAGTCCTCACGGAGACAGAGGCTCTAGTTACAGCAGGCGACCTCAACCTTCTCCATCACC 1035
Query 926 CATGTTAGCTGCAGCTTCACCTGATGCTCGTTTGGCCTCCCCGTGGCTGGATACACCACG 985
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 CATGTTAGCTGCAGCTTCACCTGATGCTCGTTTAGCCTCCCCGTGGCTGGATACACCACG 1095
Query 986 TTCAACTATGTCTTCTGCTTCTCCATGGGATATTGGTGCACCTTCTCCTGTTCCAATTCG 1045
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1096 TTCAACTATGTCTTCTGCTTCTCCATGGGATATGGGTGCACCTTCTCCTATTCCAATTCG 1155
Query 1046 GGCTTCTGGATCATCTATCAGATCCTCAAGTTCTAGGTATGGTGGAAGATCCAATCAACT 1105
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1156 GGCTTCTGGATCATCTATCAGATCCTCAAGCTCTAGGTATGGTGGAAGATCCAATCAGCT 1215
Query 1106 GGCATACTCTAGGGAAGGTGATCTGACAAATGAGGGGCATTCAGATGAGGATAGATCGCA 1165
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 TGCATATTCTAGGGAAGGTGATCTGACAAATGAGGGGCATTCAGATGAGGATAGATCGCA 1275
Query 1166 AGGAGCTGAAGAATTTAAACATGAGATCACAGAAGCAATGCGT-TCGGAAATGGAATACC 1224
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |
Sbjct 1276 AGGAGCTGAAGAATTTAAACATGAGATCACAGAAACAATGCGTGT-GGAAATGGAATATC 1334
Query 1225 ACG-CAGATCTTGCATGGTATGATACAGACGAAGGGAACTCACTGTTTGATGCGGACAGT 1283
| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 A-GTCAGATCGTGCATGGTATGATACAGACGAAGGGAACTCACTGTTTGATGCGGACAGT 1393
Query 1284 GCATCCTTTTTTCTTGGAGATGATGCTTCTCTACAAAAGAAGGAAGCTGAGCTGGCAAAG 1343
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1394 GCATCCTTTTTTCTTGGAGATGATGCTTCTCTACAGAAGAAGGAAACTGAACTGGCAAAG 1453
Query 1344 AGACTGGTTAGAAGGGACGGTAGCAAAATGTCACTCGCTCAGAGTAAAAAATATTCTCAG 1403
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 AGACTGGTTAGAAGAGACGGTAGCAAAATGTCACTCGCTCAGAGTAAAAAATATTCTCAG 1513
Query 1404 CTTAATGCGGATAATGCTCAATGGGAAGACCGCCAGCTTCTCAGATCTGGAGCTGTTAGA 1463
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 CTCAATGCGGATAATGCTCAATGGGAAGACCGCCAGCTTCTCAGATCTGGAGCTGTTAGA 1573
Query 1464 GGCACAGAAGTGCAGACTGAGTTTGATAGCGAAGAAGAACGAAAAGCAATTCTTCTTGTA 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1574 GGCACAGAAGTGCAGACTGAGTTTGATAGCGAAGAAGAACGGAAAGCAATTCTTCTTGTA 1633
Query 1524 CATGATACGAAGCCTCCTTTCCTTGACGGAAGAGTCGTTTTCACAAAGCAAGCGGAGCCA 1583
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1634 CATGATACGAAGCCTCCTTTCCTTGATGGAAGAGTCGTTTACACAAAGCAAGCAGAGCCA 1693
Query 1584 GTAATGCCTGTAAAGGATCCCACATCAGATATGGCTATAATTTCACGAAAAGGATCAGGT 1643
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1694 GTAATGCCTGTAAAGGATCCCACATCAGACATGGCTATAATTTCACGAAAAGGCTCAGGT 1753
Query 1644 CTTGTCAAAGAAATTCGGGAGAAACAAAGTGCGAATAAGTCACGACAGCGATTCTGGGAG 1703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 CTTGTCAAAGAAATTCGGGAGAAACAAAGTGCGAATAAGTCACGACAGCGATTCTGGGAG 1813
Query 1704 CTTGCAGGTTCTAATCTTGGTAATATCCTTGGTGTTGAAAAATCAGCCGAGCAGATTGAT 1763
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 CTTGCAGGTTCTAATCTTGGTAATATCCTTGGTATTGAAAAATCAGCCGAGCAGATTGAT 1873
Query 1764 GCCGATACTGCTGTAGTTGGTGACGACGGTGAAGTAGATTTTAAAGGCGAGGCTAAATTT 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1874 GCCGATACTGCTGTAGTTGGTGACGACGGTGAAGTAGATTTTAAAGGTGAGGCTAAATTT 1933
Query 1824 GCACAACATATGAAGAAGGGAGAAGCTGTGAGTGAATTTGCCATGTCAAAGACCATGGCA 1883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 GCACAACATATGAAGAAGGGAGAAGCTGTGAGTGAATTTGCCATGTCAAAGACCATGGCA 1993
Query 1884 GAGCAACGGCAATATCTTCCCATATTTTCTGTTAGAGATGAACTATTGCAGGTAATAAGA 1943
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1994 GAGCAACGGCAGTATCTTCCCATATTTTCTGTTAGAGATGAACTATTGCAGGTAATAAGA 2053
Query 1944 GAAAACCAGGTGATTGTGGTGGTTGGCGAAACTGGTTCGGGAAAGACCACTCAACTT--A 2001
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2054 GAAAACCAGGTGATAGTGGTGGTTGGCGAAACTGGTTCGGGAAAGACCACTCAACTTACA 2113
Query 2002 C---A----C---AGGATGGGTACACTATAAATGGTATAGTAGGTTGCACCCAACCAAGG 2051
| | | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2114 CAGTATCTTCATGAGGATGGTTACACTATAAATGGTATAGTTGGTTGCACCCAACCAAGG 2173
Query 2052 CGTGTAGCAGCCATGAGTGTTGCAAAGAGAGTTAGTGAAGAGATGGAAACAGAGTTAGGC 2111
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2174 CGTGTAGCAGCCATGAGTGTTGCAAAGAGAGTTAGTGAAGAGATGGAAACAGAGTTGGGC 2233
Query 2112 GATAAAATTGGCTATGCAATTCGTTTTGAAGATGTAACTGGTCCAAACACTGTTATCAAG 2171
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234 GATAAAATTGGTTATGCAATTCGTTTTGAAGATGTAACTGGTCCAAACACTGTTATCAAG 2293
Query 2172 TACATGACCGATGGAGTGCTACTGAGAGAGACCCTCAAAGATTCTGACCTGGATAAGTAT 2231
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2294 TACATGACCGATGGAGTACTACTGAGAGAGACCCTCAAAGATTCTGACCTGGATAAGTAT 2353
Query 2232 CGTGTGGTGGTGATGGATGAAGCGCATGAAAGGTCACTCAACACAGACGTCCTTTTTGGA 2291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 CGTGTGGTGGTGATGGATGAAGCGCATGAAAGGTCACTCAACACAGACGTCCTTTTTGGA 2413
Query 2292 ATACTGAAAAAAGTTGTGGCTCGGCGTCGTGATTTCAAGTTGATAGTCACGTCAGCAACC 2351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2414 ATACTGAAAAAAGTTGTGGCTCGGCGTCGTGATTTCAAGCTGATAGTCACGTCAGCAACC 2473
Query 2352 CTTAATGCTCAAAAGTTTTCCAATTTCTTTGGGAGTGTTCCTATCTTCAACATTCCTGGA 2411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2474 CTTAATGCTCAAAAGTTTTCCAATTTCTTTGGGAGTGTTCCTATCTTCAACATTCCTGGA 2533
Query 2412 AGAACTTTCCCTGTCAATATTCTCTACTCTAAAACTCCTTGTGAAGACTATGTCGAAGCT 2471
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2534 AGGACTTTCCCTGTCAATATTCTCTACTCTAAAACTCCTTGTGAAGACTATGTTGAAGCT 2593
Query 2472 GCTGTTAAACAGGCAATGACGATTCACATAACAAGCCCACCTGGGGACATTCTCATTTTT 2531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2594 GCTGTTAAACAGGCAATGACGATTCACATAACAAGCCCACCTGGGGACATTCTCATTTTT 2653
Query 2532 ATGACCGGGCAAGATGAGATTGAGGCAGCATGCTTTTCACTAAAGGAAAGAATGGAACAG 2591
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2654 ATGACCGGGCAAGATGAGATTGAGGCAGCGTGCTTTTCACTAAAGGAGAGAATGGAACAG 2713
Query 2592 CTCGTATCATCTTCCAGTAGAGAAATAACGAACCTACTGATTCTCCCAATATACTCTCAG 2651
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2714 CTCGTATCATCTTCCAGTAGAGAAATAACGAACCTACTCATTCTCCCAATATACTCTCAG 2773
Query 2652 TTACCCGCTGACTTGCAAGCAAAGATATTCCAGAAACCAGAAGATGGAGCTCGTAAATGC 2711
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2774 TTACCTGCTGACTTGCAAGCAAAGATATTCCAGAAACCAGAAGATGGAGCCCGTAAATGC 2833
Query 2712 ATTGTTGCCACCAATATTGCTGAAACATCATTGACAGTCGATGGAATATATTATGTGATT 2771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2834 ATTGTTGCCACCAATATTGCTGAAACATCATTGACAGTCGATGGAATATATTATGTGATT 2893
Query 2772 GACACGGGGTATGGAAAGATGAAGGTTTTCAATCCTAGAATGGGTATGGATGCTCTTCAA 2831
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2894 GACACTGGGTATGGAAAGATGAAGGTTTTCAATCCTAGAATGGGTATGGATGCTCTTCAA 2953
Query 2832 GTTTTCCCCATAAGTCGTGCAGCCTCTGATCAGCGTGCAGGTAGAGCTGGAAGGACAGGG 2891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2954 GTTTTCCCCATAAGTCGTGCAGCCTCTGATCAGCGTGCTGGAAGAGCTGGAAGGACAGGG 3013
Query 2892 CCAGGAACATGTTACAGGTTGTATACTGAGAGTGCTTATTTGAATGAGATGTTGCCAAGT 2951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3014 CCAGGAACATGTTACAGGTTGTATACTGAGAGTGCTTATTTGAATGAGATGTTGCCAAGT 3073
Query 2952 CCTGTGCCAGAGATTCAGCGAACGAATCTGGGTAACGTTGTGTTGTTGTTGAAGTCACTG 3011
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3074 CCTGTGCCAGAGATTCAGCGGACGAATCTGGGTAATGTTGTGTTGTTGTTGAAGTCATTG 3133
Query 3012 AAAATAGACAACTTGCTAGATTTTGATTTCATGGATCCACCTCCGCAAGAGAACATCCTT 3071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3134 AAAATAGACAACTTGCTAGATTTTGATTTCATGGATCCACCTCCGCAAGAGAACATCCTT 3193
Query 3072 AACTCTATGTACCAGCTTTGGGTGTTGGGTGCTCTCAACAATGTTGGAGGATTAACCGAT 3131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3194 AACTCTATGTACCAGCTTTGGGTGTTGGGTGCTCTCAACAATGTTGGAGGATTAACCGAC 3253
Query 3132 CTCGGGTGGAAGATGGTGGAGTTCCCATTGGATCCACCTCTTGCAAAGATGCTGTTAATG 3191
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3254 CTGGGGTGGAAGATGGTGGAGTTCCCATTGGATCCTCCTCTTGCAAAGATGCTTTTAATG 3313
Query 3192 GGTGAACGGCTTGATTGCATAAACGAGGTTCTGACGATTGTGTCAATGCTTTCAGTACCT 3251
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3314 GGTGAACGGCTTGATTGCATAGATGAGGTTCTGACGATCGTGTCAATGCTTTCAGTACCT 3373
Query 3252 TCAGTGTTCTTCAGACCTAAAGAAAGAGCAGAAGAGAGCGATGCCGCAAGGGAGAAGTTT 3311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 3374 TCAGTGTTCTTCAGACCTAAAGAAAGAGCAGAAGAGAGCGACGCTGCAAGGGAGAAGTTT 3433
Query 3312 TTTGTGCCGGAATCGGATCATCTAACACTGCTAAATGTATATCAGCAGTGGAAAGAGCAT 3371
||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3434 TTTGTGCCGGAATCGGATCATCTGACGCTGCTGAACGTATATCAGCAGTGGAAAGAGCAT 3493
Query 3372 GACTATAGAGGAGACTGGTGCAATGACCATTACCTACAAGTGAAAGGTTTGAGAAAAGCT 3431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3494 GACTATAGAGGAGACTGGTGCAATGACCATTACCTACAAGTGAAAGGTTTGAGAAAAGCT 3553
Query 3432 CGAGAGGTAAGATCCCAGCTTCTGGATATCCTCAAGCAACTGAAAATACCACTAAAGTCG 3491
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 3554 AGAGAGGTAAGATCCCAGCTTCTGGATATCCTCAAGCAACTGAAAATTGAACTCAGGTCG 3613
Query 3492 TGTGGACCAGATTGGGATATTGTGAGAAAAGCCATCTGTTCAGCGTATTTCCACAACTCA 3551
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3614 TGTGGACCGGATTGGGATATTGTGAGAAAAGCCATCTGTTCAGCGTATTTCCACAACTCA 3673
Query 3552 GCTAGATTAAAAGGTGTTGGGGAGTATGTGAACTGTAGAACCGGGATGCCTTGCCATTTA 3611
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3674 GCTAGATTAAAAGGTGTTGGGGAGTATGTGAACTGCAGAACCGGGATGCCTTGCCATTTG 3733
Query 3612 CACCCGAGCAGTGCACTGTACGGTCTGGGATACACACCGGACTATGTGGTGTACCATGAA 3671
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3734 CACCCTAGCAGTGCACTGTACGGTCTGGGATACACACCGGACTATGTGGTGTACCATGAA 3793
Query 3672 CTGATATTGACCACTAAGGAGTACATGCAGTGTGCTACATCGGTTGAGCCTCATTGGCTG 3731
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3794 CTGATCTTGACCACAAAGGAGTACATGCAGTGTGCGACATCGGTTGAGCCGCATTGGCTG 3853
Query 3732 GCTGAGTTAGGGCCTATGTTCTTCTCGGTCAAGGACTCGGATACATCGATGTTGGAGCAT 3791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3854 GCTGAGTTAGGGCCTATGTTCTTCTCGGTCAAGGACTCGGATACATCGATGTTGGAGCAT 3913
Query 3792 aaaaagaagcagaaggaagagaaaacagcaatggaggaagagatggagaaactgagaaga 3851
||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3914 AAAAAAAAGCAGAAGGAAGAGAAATCAGGAATGGAGGAAGAGATGGAGAAACTGAGAAGA 3973
Query 3852 gatcaggcggagtcagaggtaagaagaaaagagagagaga-aaaagaaaagGGCAAAGCA 3910
||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 3974 GATCAGGTGGAGTCAGAGCTGAGAAGCAAAGAGAGAGAGAGAAAA-AAAAGGGCAAAGCA 4032
Query 3911 GCAGCAACAGATTTCAGGTCCTGGCTTGAAAAAGGGCACCACTTACCTCAGGCCTAAGAA 3970
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4033 GCAGCAACAGATTTCAGGCCCTGGCTTGAAAAAGGGCACCACTTTCCTCAGGCCTAAGAA 4092
Query 3971 GTTTGGACTGTGA 3983
| |||||||||||
Sbjct 4093 GCTTGGACTGTGA 4105
Score = 885 bits (479), Expect = 0.0
Identities = 629/698 (90%), Gaps = 23/698 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGCGTGTGTAACCTAACCGGCGGTGATCCTTTGTTCCGATCGT-CT-C-AGC-TTC-CA 55
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | ||| ||
Sbjct 14 AAGCGTGTGTAACCTAACCGGCGGTGATCCTTTGTTCCGATCGTGTTGCTAACTTTCTCA 73
Query 56 G-TTCC-----TCTCTCACTCTGGGGAGATATCAAAGGTGGTTGATCCAAAGAAGCTGTT 109
| |||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 74 GCTTCCAGATATCTCTCTCTCTGAGGAGATATCAAA---GGTTGATCCAAAGAAGGTGTT 130
Query 110 TCACGTTCTCAAAATTGGA-AATTTCGGAAAAAAGCTTCTGG----AATCACTC-GGAGG 163
||||||| | |||||||| || ||| ||||||||| |||| |||||||| ||||
Sbjct 131 TCACGTTGTTGAAATTGGATAA-TTCAGAAAAAAGCACCTGGAATCAATCACTCAAGAGG 189
Query 164 AGTTGAAGGAACCAAAGCCCTAAGAAACTAGGGAAAGTAATTTATCTTCACCATAGTCGT 223
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || || ||||||
Sbjct 190 AGTTGAAGGAACCAAAGCCCTAATAAACTAGGGAAAGTAATCTATCCTCGCCGGAGTCGT 249
Query 224 TGTCTCGACGCTGAGGAACGGAGGACGAAACTGTGTTCGATTTCC-GGATCGAAGATTCG 282
||||||| || | ||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 250 TGTCTCGCCGATAAGGAACGAAGGACGAAGCTGTCTTCGATTTCCGGGATTGAAGATTC- 308
Query 283 GGTTTTGAGCTGAAATCGTCCACTGAGTAATGGGGGTTGATCCATTCAAAACTACGGACA 342
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 309 GGTTTTGAGCTCAAATCGTCGACTGAGTAATGGGGGTTGATCCATTCAAAACTACGGAAA 368
Query 343 CATTAGAAGCCGACAAGGAAACCAATGGTGGTATCCCTGTGAAGGATAAATTGACTTTTA 402
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 CGTTAGAAGCCGACAAGGAAACCAATGGTGGTGTCCCTGTGAAGGATAAATTGACTTTTA 428
Query 403 CAGCTCCTGAGAGAAAGTCCCGTTTAGCTTTGGATGTAAGGGCAATTGAGAAACGGGAGA 462
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |
Sbjct 429 AAGCTCCTGAGAGAAAGTCCCGTTTAGGTTTGGATGCAAGGGCAATTGAGAAAAAGGATA 488
Query 463 ATGCCAAGACCGAGGGCGAGTTTAAGGTCCCGAAGAAGTCAGCAATATCTGTTACATCAT 522
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 ATGCCAAGACTGAGGGCGAGTTTAAGGTTCCGAAGAAGTCAGCAATATCTGTTACATCAT 548
Query 523 CTTTGGATGAAGAAGATAAATCTGATGTTTCAGGATTAGATTATGGAACAGAAAACACTC 582
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 549 CGTTGGATGAAGAAGATAAATCTGATGTATCAGGATTAGATTTTGGAACAGAAAACACTC 608
Query 583 GACCTGACCATTCCAGCAGGCGATATAGAGACAAGTCTTCAAGATCTGAGACTGCACAAG 642
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 609 GACCTGTCCATTCCAGCAGGCGATATAGAGAGAAGTCTTCAAGATCTCAGTCTGCACAAG 668
Query 643 AAAGTATCGTGACTACAGAGAATGCTGGAACTTCAGAT 680
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 AAAGTACCGTGACTACAGAGAATGCTGGAACTTCAGAT 706
Score = 270 bits (146), Expect = 6e-71
Identities = 175/189 (93%), Gaps = 2/189 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 677 AGATGTGATAGCAACAGGCATCGAGAAGAACATAGGCGTGACAGAAGTGAAACTCCGCGG 736
||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 752 AGAGGTGGTAGCAATAGGCATCGAGAAGAACATAGGCGTGACAGAAGTGAAACTCCGCGG 811
Query 737 TCAAGACAGAGAAACACTTATGGTGAGATGGATCACTACCGAGGGAGGGAGTCTTATCGC 796
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 812 TCAAGACAGAGAAACACTTATGATGAGATGGATCACTACCGACGGAGGGAATCTTATCGC 871
Query 797 CAATCTAACCGAGACTATCATGGAGAAAAGCGT-GGAAGATACGATAGTGATAGGAGAAC 855
|||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| ||| |||| ||
Sbjct 872 CAATCTGACCGAGACTATCACGGAGAAAAGCGTAGGA-GATACAATAGCGATTGGAGGAC 930
Query 856 TCCAGGTAG 864
|||||||||
Sbjct 931 TCCAGGTAG 939
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 198460426508
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5