BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488148
Length=3039
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G13300.1 | Symbols: SFC, VAN3, AGD3 | ARF GTPase-activating ... 4759 0.0
> AT5G13300.1 | Symbols: SFC, VAN3, AGD3 | ARF GTPase-activating
protein | chr5:4255601-4262314 REVERSE LENGTH=3102
Length=3102
Score = 4759 bits (2577), Expect = 0.0
Identities = 2918/3075 (95%), Gaps = 53/3075 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCCCCACTGTTTTCTTGTTCTGTTCTCTCTCGATTTCGCGAG--AAAAACACCAGCTCAA 58
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 20 CCCCCACTGTTTTCTTGTTTTGTTCTCTCTCGATTTCGCGAGAAAAAAACACCAGCTCAA 79
Query 59 AATTACGCTTGGCTCGAGACTCTGAAGATCATCGGGTTCTGttt-ttttttttctttttt 117
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | || | |||
Sbjct 80 AATTACGCTTGGCTCGAGACTTTGAAGATCATCGGTTTCTGTTTCTGTTGGATATTTCGG 139
Query 118 tGTAGATATTTTGAGGAGAGGATCTCA---------TCG-TT-T---GTCTGTGTGAGAA 163
| || | || ||||||||||||||| ||| || | ||||||||||| |
Sbjct 140 GGAAGCT-TTGGGAGGAGAGGATCTCACGTTTTTGTTCGTTTATGGCGTCTGTGTGAG-A 197
Query 164 AATAGTGGTGgttttagctttttaggtttttgttagtgtgtgttcgtgtcgtgtgatgtt 223
|||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||
Sbjct 198 CATAGTGGTGGTTCTAGC-TTTTAGGTTTTTG---GTGTGTG-T-GT-TCGTGTTATGTT 250
Query 224 aattgctgtttgtgtCGAAGAAGAGGAAGTAA-GAATTAGCTCAAAATGCATTTCACTAA 282
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 251 AATTGCTGTTTGTGTCGAAGAAGAGGAAGTAATAAATTAGCTCAAAATGCATTTCACTAA 310
Query 283 GCTTGATGACTCTCCCATGTTCCGCAAACAGTTACAAAGCATGGAGGAGAGTGCAGAAAT 342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 311 GCTTGATGACTCTCCCATGTTCCGCAAACAGTTACAAAGCATGGAGGAGAGCGCAGAAAT 370
Query 343 ATTGAGGGAAAGAAGTCTCAAGTTTTACAAAGGATGCCGGAAATACACTGAAGGACTAGG 402
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ATTGCGGGAAAGAAGTCTCAAGTTTTACAAAGGATGCCGGAAATACACTGAAGGACTAGG 430
Query 403 CGAGGCATACGATGGGGACATTGCTTTCGCAAGTGCACTGGAAACATTTGGTGGAGGCCA 462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 431 CGAGGCATACGATGGGGACATTGCTTTCGCAAGTGCACTTGAAACATTTGGTGGAGGCCA 490
Query 463 TAATGATCCAATAAGTGTTGCTTTTGGAGGACCTGTAATGACGAAATTTACAATTGCCTT 522
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 491 TAATGATCCAATAAGTGTGGCTTTTGGAGGACCGGTAATGACGAAATTTACAATTGCGTT 550
Query 523 GAGGGAAATTGGGACTTATAAAGAAGTTCTTCGGTCACAGGTGGAACATATACTGAATGA 582
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 GAGGGAAATTGGGACTTATAAGGAAGTTCTTCGGTCACAGGTGGAACATATACTGAATGA 610
Query 583 CAGATTACTTCAATTTGCCAATATGGACTTGCATGAAGTTAAGGAAGCTCGGAAGCGCTT 642
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 CAGATTACTTCAGTTTGCCAATATGGACTTGCATGAAGTTAAGGAAGCTCGGAAGCGCTT 670
Query 643 TGATAAGGCTAGCCTTACCTACGATCAGGCCCGTGAGAAGTTTTTATCTTTGAGGAAAGG 702
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 TGACAAGGCTAGCCTTACCTACGATCAGGCCCGTGAGAAGTTTTTATCTTTGAGGAAAGG 730
Query 703 TACAAAAAGTGATGTTGCTGCTGCTTTAGAACAGGAACTTCACACTTCAAGGTCTATGTT 762
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 731 TACAAAAAGTGACGTTGCTGCTGCTTTAGAACAGGAACTTCATACTTCGAGGTCTATGTT 790
Query 763 TGAGCAAGCTCGGTTCAACCTTGTGACTGCTCTTTCAAATGTTGAAGCTAAGAAAAGGTT 822
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 791 TGAGCAAGCTCGGTTCAACCTTGTGACTGCTCTATCAAATGTTGAAGCTAAGAAAAGGTT 850
Query 823 TGAATTTTTGGAAGCAGTCAGCGGAACGATGGATGCACATCTTCGGTACTTCAAACAGGG 882
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 TGAATTTTTGGAAGCAGTCAGTGGAACAATGGATGCACATCTTCGGTACTTCAAACAGGG 910
Query 883 TTACGAATTACTGCATCAGATGGAACCATATATCAATCAGGTCTTGACCTATGCACAACA 942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 911 TTACGAATTACTGCATCAGATGGAACCATATATCAATCAGGTCTTGACATATGCGCAACA 970
Query 943 ATCCAGAGAAAGATCAAATTATGAACAAGCAGCACTTAATGAAAAGATGCAGGAGTACAA 1002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 971 ATCCAGAGAAAGATCAAATTATGAACAAGCAGCACTTAATGAAAAGATGCAGGAGTACAA 1030
Query 1003 AAGACAGGTTGATCGAGAGAGCAGGTGGGGTTCAAATGGTTCTAATGGATCACCAAATGG 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 AAGACAGGTTGATCGAGAGAGCAGGTGGGGTTCAAATGGTTCTAATGGATCACCAAATGG 1090
Query 1063 AGATGGCATACAAGCGATCGGTAGAAGCTCTCACAAAATGATAGACGCCGTAATGCAATC 1122
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 AGATGGCATACAAGCAATCGGTAGAAGCTCTCACAAAATGATAGACGCCGTAATGCAATC 1150
Query 1123 TGCTGCAAGGGGGAAGGTTCAAACAATAAGGCAAGGTTATCTCTCTAAACGATCTTCAAA 1182
||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 TGCTGCAAGAGGAAAGGTGCAAACAATAAGGCAAGGTTATCTCTCTAAACGATCTTCAAA 1210
Query 1183 CCTGAGAGGAGACTGGAAAAGAAGGTTTTTTGTTCTTGACAGCCGGGGAATGCTGTATTA 1242
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1211 CCTGAGAGGAGACTGGAAAAGAAGGTTTTTTGTTCTTGACAGCCGGGGAATGCTCTATTA 1270
Query 1243 TTACCGAAAACAGTGTAGCAAACCATCTGGGTCTGGCAGCCAGCTTTCTGGACAGAGAAA 1302
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 TTACCGAAAACAGTGTAGCAAACCATCTGGGTCTGGAAGCCAGCTTTCTGGACAGAGAAA 1330
Query 1303 TAGCTCCGAGCTTGGGTCTGGACTTCTTAGTAGGTGGCTTTCTTCGAATAGTCATGGACA 1362
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1331 TAGCTCCGAGCTTGGGTCTGGACTGCTTAGTAGGTGGCTTTCTTCGAATAATCATGGACA 1390
Query 1363 TGGTGGTGTCCATGATGAGAAGTCTGTAGCTCGTCATACAGTGAACTTACTCACCTCAAC 1422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 TGGTGGTGTCCATGATGAGAAGTCTGTAGCTCGTCATACAGTGAACTTACTCACCTCAAC 1450
Query 1423 AATTAAAGTCGACGCTGATCAATCAGATCTGAGGTTTTGCTTTAGGATCATTTCACCTAC 1482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1451 AATTAAAGTCGACGCTGATCAATCAGATCTGAGGTTTTGCTTTAGGATCATATCACCTAC 1510
Query 1483 AAAAAACTACACGTTGCAGGCTGAGAGTGCACTCGATCAAATGGATTGGATAGAAAAGAT 1542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 AAAAAACTACACGTTGCAGGCTGAGAGTGCACTCGATCAAATGGATTGGATAGAAAAGAT 1570
Query 1543 CACTGGGGTTATTGCATCACTACTTAGTTCTCAGGTCCCTGAACAGCGTCTTCCTGGTAG 1602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 CACTGGGGTTATTGCATCACTACTTAGTTCTCAGGTCCCTGAACAGCGTCTTCCTGGTAG 1630
Query 1603 TCCCATGGGAAGTGGTCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCTCATATGAAAGTTCTGA 1662
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 TCCCATGGGAAGTGGCCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCTCATATGAAAGTTCTGA 1690
Query 1663 ATATGATCATCCTACTACTGAAGAATTCGTATGTGAGAGGAGCTTTTTGGGGTACCATGA 1722
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1691 ATATGATCATCCTACTACTGAAGAATTTGTATGTGAGAGGAGCTTTTTGGGGTACAATGA 1750
Query 1723 AAGGCCATCAAGAAGTTTTCAGCCGCAAAGGTCCATTAGGAAGGGTGAGAAGCCCATTGA 1782
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 AAGGCCATCAAGAAGTTTTCAGCCGCAACGGTCCATTAGAAAGGGTGAGAAGCCCATTGA 1810
Query 1783 TGCTCTACGAAAAGTCTGTGGGAATGACAAATGTGCGGATTGTGGAGCTCCAGAACCAGA 1842
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 TGCTCTTCGAAAGGTCTGTGGGAATGACAAATGTGCGGATTGTGGAGCTCCAGAACCAGA 1870
Query 1843 TTGGGCTTCTTTAAATTTGGGGGTTCTTGTCTGTATCGAATGTTCTGGTGTTCACCGTAA 1902
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 CTGGGCTTCTTTAAATCTGGGGGTTCTTGTCTGTATCGAATGTTCTGGTGTTCACCGTAA 1930
Query 1903 TCTTGGTGTGCATATATCTAAGGTTAGGTCACTCACTCTCGACGTGAAAGTATGGGAGCC 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 TCTTGGTGTGCATATATCTAAGGTTAGGTCACTCACTCTCGACGTGAAAGTATGGGAGCC 1990
Query 1963 ATCTGTTATAAGTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAATACTTTTGCAAACACAGTTTGGGAGGA 2022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 ATCTGTTATAAGTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAATACTTTCGCAAACACAGTTTGGGAGGA 2050
Query 2023 ATTGCTTCATTCAAGGAGCGCCTTCCATGTTGACCCAGGCTTAACTGGGTCTGATAAATC 2082
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2051 ATTGCTTCATTCAAGGAGCGCCATCCATTTTGACCCCGGCTTAACAGTGTCTGATAAATC 2110
Query 2083 CAGGGTGATGGTCACTGGAAAGCCCAGCTATGCTGATATGATATCTATCAAGGAGAAGTA 2142
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2111 CAGGGTGATGGTCACTGGAAAACCCAGCTATGCTGATATGATATCTATCAAGGAGAAGTA 2170
Query 2143 TATTCAAGCTAAGTATGCGGAGAAGCTATTTGTTCGGAGATCAAGAGACTGTGATTTCCC 2202
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2171 TATACAAGCTAAGTATGCGGAGAAGTTATTTGTTCGGAGATCAAGAGACAGCGATTTCCC 2230
Query 2203 ACAATCAGTTGCACAACAAATGTGGGACGCAGTGAGTGGCAATGATAAAAAAGCTGTTTA 2262
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 ACAATCAGCTGCACAACAAATGTGGGACGCAGTGAGTGGCAATGATAAAAAAGCTGTTTA 2290
Query 2263 CCGGCTTATTGTCAATGGTGATGCGGATGTAAATTCTGTGTATGACCAATCATCTTCCAG 2322
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2291 CCGGCTCATTGTCAATGGTGATGCGGATGTGAATTATGTGTATGACCAA--A-CTTCCAG 2347
Query 2323 TTCTTCTTTAACACTTTCCAGAGTAATATTAGTACCAGAAAGGCCAAAACGTGAGGATGT 2382
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2348 TTCTTCGTTAACACTTTCCAGAGTAATATTAGTACCAGAAAGGCCAAAGCGTGAGGATGT 2407
Query 2383 TCTACTCAGGTTAAGAAATGAGTTACTTGATAGAACAGGTAGTTCTTCAAATATTTCTCC 2442
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2408 TCTACTCAGATTAAGAAATGAGTTACTTGATAGAACAGGTAGTTCTTCAAATATATCTCC 2467
Query 2443 CGAGGGAAGCGGAGGTTCCTCTCTGCTTCACTGTGCTTGTGAGAAGGCAGACATTGGGAT 2502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2468 TGAGGGAAGCGGAGGTTCCTCTCTGCTTCACTGTGCTTGTGAGAAGGCAGACCTTGGGAT 2527
Query 2503 GGTAGAGCTTTTGCTGCAATATGGTGCAAATGTAAACGCCTCAGATTCAAGTGGTCAAAC 2562
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2528 GGTAGAGCTTTTGCTGCAGTATGGTGCAAATGTAAACGCCTCAGATTCAAGTGGTCAAAC 2587
Query 2563 GCCGCTGCACTGTTGTCTTCTAAGAGGCAAAGCGACAATAGCAAGATTGCTACTCACTAG 2622
||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2588 GCCGCTGCACTGTTGTCTTCTCAGAGGAAAAGTGACAATAGCAAGATTGCTTCTCACTAG 2647
Query 2623 GGGAGCAGACCCGGAAGCTATGAACGGAGAAGGCAAAACCGCTCTTGATATCGCTGCAGA 2682
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2648 GGGAGCAGACCCGGAAGCTATGAACAGAGAAGGCAAAACCGCTCTTGATATTGCTGCAGA 2707
Query 2683 GTCGAAATTT-ACTGATCCAGAAGTCCTCGCTCTCCTTTCAGACCCAAACGGATACAATA 2741
||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2708 GTC-AAATTTTACTGATCCAGAAGTTCTTGCTCTCCTTTCAGACACAAATGGATACAATC 2766
Query 2742 ACAGACAGTGCTGA-AAA-A-GC---GG-------ACATAAAAATTTCGGAGCTATGTTT 2788
|||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2767 ACAGACAGTGCTGATAAAGATGCATAGGCTTGCGGACATAAAAATTCCGGAGCTATGTTT 2826
Query 2789 CATCGTTGCTTTCACGGTTTGAAGAGCCAATCAACACTAAAGGACCTCTACTCTAATGGT 2848
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||
Sbjct 2827 CATCGTTGCTTTCACGGTCTGAAGAGCCAATCAACACTAAAGAAGGAC--CTCTAATGGT 2884
Query 2849 CTCGAGCAAGCTTAGCCCCCAATTATGTAATGTATTTGATGTTTTTGTGATGGATGGATA 2908
||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2885 CTCTAGCAAGTTTAGCCCCCAATTAAGTATTGTATT-GATGTTTTTGTGATGGATGGATA 2943
Query 2909 TAGGCTGCATATTGGGAAATTTATAgtgtattgtgttgtgtcgtgttgtgtgtatgtgGG 2968
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2944 TAGGCTGCATATTGGGAAATT-ATAGTGTATTGTATTGTGTCGTGTTGTGTGTATGTGGG 3002
Query 2969 ACTGTAGCATCCTAAGTTTGTCATGTC-AT---TTGTAACTTGTAAGCAATTATTTAAGG 3024
||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 3003 ACTATAGCATCCTGAGTTTGTCATGTCCAGACGTTGTAACTTGTAAGCAATTACTTATGG 3062
Query 3025 TTTTGTTCACTTCGT 3039
|||||||||||||||
Sbjct 3063 TTTTGTTCACTTCGT 3077
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 151102832316
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5