BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg488148 Length=3039 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G13300.1 | Symbols: SFC, VAN3, AGD3 | ARF GTPase-activating ... 4759 0.0 > AT5G13300.1 | Symbols: SFC, VAN3, AGD3 | ARF GTPase-activating protein | chr5:4255601-4262314 REVERSE LENGTH=3102 Length=3102 Score = 4759 bits (2577), Expect = 0.0 Identities = 2918/3075 (95%), Gaps = 53/3075 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 CCCCCACTGTTTTCTTGTTCTGTTCTCTCTCGATTTCGCGAG--AAAAACACCAGCTCAA 58 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 20 CCCCCACTGTTTTCTTGTTTTGTTCTCTCTCGATTTCGCGAGAAAAAAACACCAGCTCAA 79 Query 59 AATTACGCTTGGCTCGAGACTCTGAAGATCATCGGGTTCTGttt-ttttttttctttttt 117 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | || | ||| Sbjct 80 AATTACGCTTGGCTCGAGACTTTGAAGATCATCGGTTTCTGTTTCTGTTGGATATTTCGG 139 Query 118 tGTAGATATTTTGAGGAGAGGATCTCA---------TCG-TT-T---GTCTGTGTGAGAA 163 | || | || ||||||||||||||| ||| || | ||||||||||| | Sbjct 140 GGAAGCT-TTGGGAGGAGAGGATCTCACGTTTTTGTTCGTTTATGGCGTCTGTGTGAG-A 197 Query 164 AATAGTGGTGgttttagctttttaggtttttgttagtgtgtgttcgtgtcgtgtgatgtt 223 |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| | || |||||| ||||| Sbjct 198 CATAGTGGTGGTTCTAGC-TTTTAGGTTTTTG---GTGTGTG-T-GT-TCGTGTTATGTT 250 Query 224 aattgctgtttgtgtCGAAGAAGAGGAAGTAA-GAATTAGCTCAAAATGCATTTCACTAA 282 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 251 AATTGCTGTTTGTGTCGAAGAAGAGGAAGTAATAAATTAGCTCAAAATGCATTTCACTAA 310 Query 283 GCTTGATGACTCTCCCATGTTCCGCAAACAGTTACAAAGCATGGAGGAGAGTGCAGAAAT 342 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 311 GCTTGATGACTCTCCCATGTTCCGCAAACAGTTACAAAGCATGGAGGAGAGCGCAGAAAT 370 Query 343 ATTGAGGGAAAGAAGTCTCAAGTTTTACAAAGGATGCCGGAAATACACTGAAGGACTAGG 402 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 371 ATTGCGGGAAAGAAGTCTCAAGTTTTACAAAGGATGCCGGAAATACACTGAAGGACTAGG 430 Query 403 CGAGGCATACGATGGGGACATTGCTTTCGCAAGTGCACTGGAAACATTTGGTGGAGGCCA 462 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 431 CGAGGCATACGATGGGGACATTGCTTTCGCAAGTGCACTTGAAACATTTGGTGGAGGCCA 490 Query 463 TAATGATCCAATAAGTGTTGCTTTTGGAGGACCTGTAATGACGAAATTTACAATTGCCTT 522 |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 491 TAATGATCCAATAAGTGTGGCTTTTGGAGGACCGGTAATGACGAAATTTACAATTGCGTT 550 Query 523 GAGGGAAATTGGGACTTATAAAGAAGTTCTTCGGTCACAGGTGGAACATATACTGAATGA 582 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 551 GAGGGAAATTGGGACTTATAAGGAAGTTCTTCGGTCACAGGTGGAACATATACTGAATGA 610 Query 583 CAGATTACTTCAATTTGCCAATATGGACTTGCATGAAGTTAAGGAAGCTCGGAAGCGCTT 642 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 611 CAGATTACTTCAGTTTGCCAATATGGACTTGCATGAAGTTAAGGAAGCTCGGAAGCGCTT 670 Query 643 TGATAAGGCTAGCCTTACCTACGATCAGGCCCGTGAGAAGTTTTTATCTTTGAGGAAAGG 702 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 671 TGACAAGGCTAGCCTTACCTACGATCAGGCCCGTGAGAAGTTTTTATCTTTGAGGAAAGG 730 Query 703 TACAAAAAGTGATGTTGCTGCTGCTTTAGAACAGGAACTTCACACTTCAAGGTCTATGTT 762 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 731 TACAAAAAGTGACGTTGCTGCTGCTTTAGAACAGGAACTTCATACTTCGAGGTCTATGTT 790 Query 763 TGAGCAAGCTCGGTTCAACCTTGTGACTGCTCTTTCAAATGTTGAAGCTAAGAAAAGGTT 822 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 791 TGAGCAAGCTCGGTTCAACCTTGTGACTGCTCTATCAAATGTTGAAGCTAAGAAAAGGTT 850 Query 823 TGAATTTTTGGAAGCAGTCAGCGGAACGATGGATGCACATCTTCGGTACTTCAAACAGGG 882 ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 851 TGAATTTTTGGAAGCAGTCAGTGGAACAATGGATGCACATCTTCGGTACTTCAAACAGGG 910 Query 883 TTACGAATTACTGCATCAGATGGAACCATATATCAATCAGGTCTTGACCTATGCACAACA 942 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 911 TTACGAATTACTGCATCAGATGGAACCATATATCAATCAGGTCTTGACATATGCGCAACA 970 Query 943 ATCCAGAGAAAGATCAAATTATGAACAAGCAGCACTTAATGAAAAGATGCAGGAGTACAA 1002 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 971 ATCCAGAGAAAGATCAAATTATGAACAAGCAGCACTTAATGAAAAGATGCAGGAGTACAA 1030 Query 1003 AAGACAGGTTGATCGAGAGAGCAGGTGGGGTTCAAATGGTTCTAATGGATCACCAAATGG 1062 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1031 AAGACAGGTTGATCGAGAGAGCAGGTGGGGTTCAAATGGTTCTAATGGATCACCAAATGG 1090 Query 1063 AGATGGCATACAAGCGATCGGTAGAAGCTCTCACAAAATGATAGACGCCGTAATGCAATC 1122 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1091 AGATGGCATACAAGCAATCGGTAGAAGCTCTCACAAAATGATAGACGCCGTAATGCAATC 1150 Query 1123 TGCTGCAAGGGGGAAGGTTCAAACAATAAGGCAAGGTTATCTCTCTAAACGATCTTCAAA 1182 ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1151 TGCTGCAAGAGGAAAGGTGCAAACAATAAGGCAAGGTTATCTCTCTAAACGATCTTCAAA 1210 Query 1183 CCTGAGAGGAGACTGGAAAAGAAGGTTTTTTGTTCTTGACAGCCGGGGAATGCTGTATTA 1242 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1211 CCTGAGAGGAGACTGGAAAAGAAGGTTTTTTGTTCTTGACAGCCGGGGAATGCTCTATTA 1270 Query 1243 TTACCGAAAACAGTGTAGCAAACCATCTGGGTCTGGCAGCCAGCTTTCTGGACAGAGAAA 1302 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1271 TTACCGAAAACAGTGTAGCAAACCATCTGGGTCTGGAAGCCAGCTTTCTGGACAGAGAAA 1330 Query 1303 TAGCTCCGAGCTTGGGTCTGGACTTCTTAGTAGGTGGCTTTCTTCGAATAGTCATGGACA 1362 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1331 TAGCTCCGAGCTTGGGTCTGGACTGCTTAGTAGGTGGCTTTCTTCGAATAATCATGGACA 1390 Query 1363 TGGTGGTGTCCATGATGAGAAGTCTGTAGCTCGTCATACAGTGAACTTACTCACCTCAAC 1422 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1391 TGGTGGTGTCCATGATGAGAAGTCTGTAGCTCGTCATACAGTGAACTTACTCACCTCAAC 1450 Query 1423 AATTAAAGTCGACGCTGATCAATCAGATCTGAGGTTTTGCTTTAGGATCATTTCACCTAC 1482 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1451 AATTAAAGTCGACGCTGATCAATCAGATCTGAGGTTTTGCTTTAGGATCATATCACCTAC 1510 Query 1483 AAAAAACTACACGTTGCAGGCTGAGAGTGCACTCGATCAAATGGATTGGATAGAAAAGAT 1542 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1511 AAAAAACTACACGTTGCAGGCTGAGAGTGCACTCGATCAAATGGATTGGATAGAAAAGAT 1570 Query 1543 CACTGGGGTTATTGCATCACTACTTAGTTCTCAGGTCCCTGAACAGCGTCTTCCTGGTAG 1602 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1571 CACTGGGGTTATTGCATCACTACTTAGTTCTCAGGTCCCTGAACAGCGTCTTCCTGGTAG 1630 Query 1603 TCCCATGGGAAGTGGTCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCTCATATGAAAGTTCTGA 1662 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1631 TCCCATGGGAAGTGGCCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCTCATATGAAAGTTCTGA 1690 Query 1663 ATATGATCATCCTACTACTGAAGAATTCGTATGTGAGAGGAGCTTTTTGGGGTACCATGA 1722 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1691 ATATGATCATCCTACTACTGAAGAATTTGTATGTGAGAGGAGCTTTTTGGGGTACAATGA 1750 Query 1723 AAGGCCATCAAGAAGTTTTCAGCCGCAAAGGTCCATTAGGAAGGGTGAGAAGCCCATTGA 1782 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1751 AAGGCCATCAAGAAGTTTTCAGCCGCAACGGTCCATTAGAAAGGGTGAGAAGCCCATTGA 1810 Query 1783 TGCTCTACGAAAAGTCTGTGGGAATGACAAATGTGCGGATTGTGGAGCTCCAGAACCAGA 1842 |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1811 TGCTCTTCGAAAGGTCTGTGGGAATGACAAATGTGCGGATTGTGGAGCTCCAGAACCAGA 1870 Query 1843 TTGGGCTTCTTTAAATTTGGGGGTTCTTGTCTGTATCGAATGTTCTGGTGTTCACCGTAA 1902 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1871 CTGGGCTTCTTTAAATCTGGGGGTTCTTGTCTGTATCGAATGTTCTGGTGTTCACCGTAA 1930 Query 1903 TCTTGGTGTGCATATATCTAAGGTTAGGTCACTCACTCTCGACGTGAAAGTATGGGAGCC 1962 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1931 TCTTGGTGTGCATATATCTAAGGTTAGGTCACTCACTCTCGACGTGAAAGTATGGGAGCC 1990 Query 1963 ATCTGTTATAAGTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAATACTTTTGCAAACACAGTTTGGGAGGA 2022 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1991 ATCTGTTATAAGTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAATACTTTCGCAAACACAGTTTGGGAGGA 2050 Query 2023 ATTGCTTCATTCAAGGAGCGCCTTCCATGTTGACCCAGGCTTAACTGGGTCTGATAAATC 2082 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||| Sbjct 2051 ATTGCTTCATTCAAGGAGCGCCATCCATTTTGACCCCGGCTTAACAGTGTCTGATAAATC 2110 Query 2083 CAGGGTGATGGTCACTGGAAAGCCCAGCTATGCTGATATGATATCTATCAAGGAGAAGTA 2142 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2111 CAGGGTGATGGTCACTGGAAAACCCAGCTATGCTGATATGATATCTATCAAGGAGAAGTA 2170 Query 2143 TATTCAAGCTAAGTATGCGGAGAAGCTATTTGTTCGGAGATCAAGAGACTGTGATTTCCC 2202 ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 2171 TATACAAGCTAAGTATGCGGAGAAGTTATTTGTTCGGAGATCAAGAGACAGCGATTTCCC 2230 Query 2203 ACAATCAGTTGCACAACAAATGTGGGACGCAGTGAGTGGCAATGATAAAAAAGCTGTTTA 2262 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2231 ACAATCAGCTGCACAACAAATGTGGGACGCAGTGAGTGGCAATGATAAAAAAGCTGTTTA 2290 Query 2263 CCGGCTTATTGTCAATGGTGATGCGGATGTAAATTCTGTGTATGACCAATCATCTTCCAG 2322 |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||| Sbjct 2291 CCGGCTCATTGTCAATGGTGATGCGGATGTGAATTATGTGTATGACCAA--A-CTTCCAG 2347 Query 2323 TTCTTCTTTAACACTTTCCAGAGTAATATTAGTACCAGAAAGGCCAAAACGTGAGGATGT 2382 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2348 TTCTTCGTTAACACTTTCCAGAGTAATATTAGTACCAGAAAGGCCAAAGCGTGAGGATGT 2407 Query 2383 TCTACTCAGGTTAAGAAATGAGTTACTTGATAGAACAGGTAGTTCTTCAAATATTTCTCC 2442 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2408 TCTACTCAGATTAAGAAATGAGTTACTTGATAGAACAGGTAGTTCTTCAAATATATCTCC 2467 Query 2443 CGAGGGAAGCGGAGGTTCCTCTCTGCTTCACTGTGCTTGTGAGAAGGCAGACATTGGGAT 2502 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2468 TGAGGGAAGCGGAGGTTCCTCTCTGCTTCACTGTGCTTGTGAGAAGGCAGACCTTGGGAT 2527 Query 2503 GGTAGAGCTTTTGCTGCAATATGGTGCAAATGTAAACGCCTCAGATTCAAGTGGTCAAAC 2562 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2528 GGTAGAGCTTTTGCTGCAGTATGGTGCAAATGTAAACGCCTCAGATTCAAGTGGTCAAAC 2587 Query 2563 GCCGCTGCACTGTTGTCTTCTAAGAGGCAAAGCGACAATAGCAAGATTGCTACTCACTAG 2622 ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2588 GCCGCTGCACTGTTGTCTTCTCAGAGGAAAAGTGACAATAGCAAGATTGCTTCTCACTAG 2647 Query 2623 GGGAGCAGACCCGGAAGCTATGAACGGAGAAGGCAAAACCGCTCTTGATATCGCTGCAGA 2682 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2648 GGGAGCAGACCCGGAAGCTATGAACAGAGAAGGCAAAACCGCTCTTGATATTGCTGCAGA 2707 Query 2683 GTCGAAATTT-ACTGATCCAGAAGTCCTCGCTCTCCTTTCAGACCCAAACGGATACAATA 2741 ||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||| Sbjct 2708 GTC-AAATTTTACTGATCCAGAAGTTCTTGCTCTCCTTTCAGACACAAATGGATACAATC 2766 Query 2742 ACAGACAGTGCTGA-AAA-A-GC---GG-------ACATAAAAATTTCGGAGCTATGTTT 2788 |||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2767 ACAGACAGTGCTGATAAAGATGCATAGGCTTGCGGACATAAAAATTCCGGAGCTATGTTT 2826 Query 2789 CATCGTTGCTTTCACGGTTTGAAGAGCCAATCAACACTAAAGGACCTCTACTCTAATGGT 2848 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| Sbjct 2827 CATCGTTGCTTTCACGGTCTGAAGAGCCAATCAACACTAAAGAAGGAC--CTCTAATGGT 2884 Query 2849 CTCGAGCAAGCTTAGCCCCCAATTATGTAATGTATTTGATGTTTTTGTGATGGATGGATA 2908 ||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2885 CTCTAGCAAGTTTAGCCCCCAATTAAGTATTGTATT-GATGTTTTTGTGATGGATGGATA 2943 Query 2909 TAGGCTGCATATTGGGAAATTTATAgtgtattgtgttgtgtcgtgttgtgtgtatgtgGG 2968 ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2944 TAGGCTGCATATTGGGAAATT-ATAGTGTATTGTATTGTGTCGTGTTGTGTGTATGTGGG 3002 Query 2969 ACTGTAGCATCCTAAGTTTGTCATGTC-AT---TTGTAACTTGTAAGCAATTATTTAAGG 3024 ||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 3003 ACTATAGCATCCTGAGTTTGTCATGTCCAGACGTTGTAACTTGTAAGCAATTACTTATGG 3062 Query 3025 TTTTGTTCACTTCGT 3039 ||||||||||||||| Sbjct 3063 TTTTGTTCACTTCGT 3077 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 151102832316 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5