BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488168
Length=2096
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G13480.2 | Symbols: FY | Transducin/WD40 repeat-like superfa... 2924 0.0
> AT5G13480.2 | Symbols: FY | Transducin/WD40 repeat-like superfamily
protein | chr5:4326473-4331971 REVERSE LENGTH=2496
Length=2496
Score = 2924 bits (1583), Expect = 0.0
Identities = 1703/1761 (97%), Gaps = 8/1761 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 337 TTCAGGCTCGAACATGGCAGCGAGACTCAAGGGATAGGACCTCTTTGCAACCAACCCCAG 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 599 TTCAGGCTCGAACATGGCAGCGAGACTCAAGGGATAGGACCACTCTGCAACCAACCCCAG 658
Query 397 CTGCAGCAGTTGATATGCTTCCCACAGTTGCCTATTCAGATAATCCTTCAACAAGCTTTG 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 CTGCAGCAGTTGATATGCTTCCCACAGTTGCCTATTCGGATAATCCTTCAACAAGCTTTG 718
Query 457 CTGCAAAGTTTGTTCACACATCTCTAAACAAGAACCGTTGTTCAATCAACCGTGTATTGT 516
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CTGCAAAGTTTGTTCACGCATCTCTAAACAAGAACCGTTGTTCAATCAACCGTGTATTGT 778
Query 517 GGACACCTTCAGGACGACGTCTTATCACTGGCTCCCAAAGTGGGGAGTTTACTCTTTGGA 576
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GGACACCTTCAGGAAGACGTCTTATCACGGGCTCCCAAAGTGGGGAGTTTACTCTTTGGA 838
Query 577 ATGGGCAATCTTTTAATTTTGAAATGATTCTTCAGGCACATGATCAACCTATAAGGTCGA 636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 839 ATGGGCAATCTTTTAATTTTGAAATGATTCTTCAGGCACATGATCAACCTATTAGGTCGA 898
Query 637 TGGTATGGAGCCACAATGACAATTATATGGTTTCTGGTGATGATGGAGGCACAATAAAGT 696
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 899 TGGTATGGAGCCACAATGAAAATTATATGGTTTCTGGTGATGATGGAGGCACATTAAAGT 958
Query 697 ATTGGCAGAACAATATGAACAATGTGAAAGCCAACAAAACTGCTCACAAGGAATCAATTC 756
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATTGGCAGAACAATATGAACAATGTGAAAGCCAATAAAACTGCTCACAAGGAATCAATTC 1018
Query 757 GCGATTTAAGTTTCTGTAAAACAGATTTAAAGTTCTGCTCGTGTTCTGATGATACGACTG 816
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GCGATTTAAGTTTTTGTAAAACAGATTTGAAGTTCTGTTCGTGTTCTGATGATACGACTG 1078
Query 817 TTAAAGTCTGGGATTTTGCCAAGTGCCAAGAAGAATGCTCATTAACCGGCCATGGTTGGG 876
||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTAAAGTCTGGGATTTTACCAAGTGCGTAGATGAAAGCTCATTAACCGGCCATGGTTGGG 1138
Query 877 ATGTCAAGAGCGTTGACTGGCACCCCACAAAGTCCCTACTAGTTTCTGGTGGAAAAGACC 936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ATGTCAAGAGCGTTGACTGGCACCCCACAAAGTCCCTACTAGTTTCTGGTGGAAAAGACC 1198
Query 937 AACTTGTCAAACTCTGGGATACTAGAACTGAGAGAGAGCTTTGCTCACTTCATGGTCACA 996
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1199 AACTTGTCAAACTCTGGGATACTAGATCTGGGAGAGAGCTTTGCTCACTCCATGGTCACA 1258
Query 997 AAAACATAGTGCTTAGCGTGAAGTGGAACCAAAATGGCAATTGGCTTTTAACGGCCTCGA 1056
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAAACATAGTACTTAGCGTGAAGTGGAACCAAAATGGCAATTGGCTTTTAACGGCCTCGA 1318
Query 1057 AAGATCAGATAATTAAGCTGTACGATATAAGGACTATGAAAGAGCTTCAATCCTTTCGTG 1116
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AAGATCAGATAATTAAGCTGTATGATATAAGGACTATGAAGGAGCTTCAATCCTTTCGTG 1378
Query 1117 GGCACACGAAAGATGTAACATCTTTGGCGTGGCATCCCTTCCATGAAGAATATTTTGTCA 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGCACACGAAAGATGTAACATCTTTGGCGTGGCATCCCTGCCATGAAGAATATTTTGTCA 1438
Query 1177 GTGGGAGCTCTGACGGCTCCATTTGTCATTGGATTGTGGGGCATGAAAACCCGCAGATTG 1236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GTGGGAGCTCTGACGGCTCCATTTGTCATTGGATTGTGGGGCATGAAAACCCGCAGATTG 1498
Query 1237 AAATCCCAAATGCTCATGATAACAGTGTTTGGGATCTTGCATGGCATCCTATTGGATATC 1296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAATCCCAAATGCTCATGATAACAGTGTTTGGGATCTTGCATGGCATCCTATTGGATATC 1558
Query 1297 TTCTTTGCAGTGGTAGCAATGATCACACAACCAAGTTTTGGTGCAGAAACAGGCCTGCAG 1356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTCTTTGCAGTGGTAGCAATGATCACACAACCAAGTTTTGGTGCAGAAACAGGCCTGCAG 1618
Query 1357 ATAATCCCCGAGATGTCCTTATGCAGAACCAAGGCTATAATGAACAAGGTTTTGGTAATC 1416
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1619 ATAATCCCCGAGATGTTCTTATGCAGAACCAAGGCTATAATGAACAAGGTTTTGGT---C 1675
Query 1417 GCGAGAC-TGATAATTTCCAACCATCTGAGGCATCGCCATTTCCTGGATCATTTGTGCCT 1475
|| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||
Sbjct 1676 GCCA-ACCTGATAATTTCCAACCATCTGAGGCATCGCCAATCCCTGGAGCATTTGTGCCT 1734
Query 1476 GGGCTGACACGGAACGAGGGGACCATCCCAGGAATTGGAATAGCAATGCCATTTGATGCA 1535
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 GGGTTGACACGGAACGAGGGGACTATCCCAGGAATAGGAATAGCAATGCCATTTGATGCA 1794
Query 1536 TCCTCTCAAGGGGAACATAAACAGCCTCTTCCAGGTTCCATGGCACTGGGAGCTCCTCCT 1595
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1795 TCCTCTCAAGGGGATCATAAACAGCCTCTTCCAGGTTCCATGGCACTGGGGGCTCCTCCT 1854
Query 1596 TTGCCACCTGGTCCCCACCCATCACTTCTTGGAAGTGGCCAGCAGCAAGGGTATCAGCAA 1655
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TTGCCACCTGGTCCCCACCCATCGCTTCTTGGAAGTGGCCAGCAGCAAGGGTATCAGCAA 1914
Query 1656 CAACAACACCACCACCAAGGTCATCCCCAGCAAATGCCTCCAATGCCCAATATGCCTCAC 1715
|||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 CAACAACA--AC-ACCAAGGTCATCCCCAGCAAATGCTTCCAATGCCCAATATGCCTCAC 1971
Query 1716 CATCAGCTACCACCATCATCTCATATGCCATTGCACCCTCATCATCTTCCCCGGCCTATG 1775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 CATCAGCTACCACCATCATCTCATATGCCATTGCACCCTCATCATCTTCCCCGGCCTATG 2031
Query 1776 CAAATGCTTCCTCACGGTCACATGCCACCTTCCTCAATGCCTATGTCTCATCAGATGCCT 1835
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 CAAATGCCTCCTCACGGTCACATGCCACCTCCCTCAATGCCTATGTCTCATCAGATGCCT 2091
Query 1836 GGATCAATGGGAATGCAAGGTGGCATGAATCCTCAGATGTCGCAAAGTCATTTTATGGGT 1895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GGATCAATGGGAATGCAAGGTGGCATGAATCCTCAGATGTCGCAAAGTCATTTTATGGGT 2151
Query 1896 GCTCCTTCAGGAGTATTTCAAGGACCACCAAGCAATGGTGGACCCCAAATGTATCCCCAG 1955
||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 GCTCCTTCAGGAGTATTTCAAGGACAACCAAACAGTGGCGGACCCCAAATGTATCCCCAA 2211
Query 1956 GGACGTGGTGGTTTCAACCGTCCACAAATGATTCCAGGCTACAACAACCCTTTCCAACAG 2015
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 GGACGTGGTGGTTTCAACCGTCCACAGATGATTCCAGGCTACAACAACCCTTTCCAACAG 2271
Query 2016 CAGCCGCAGCCGCCTTTACCTCCCGGCCCTCCACCAAACACCAATCAGCAACATCAGTAG 2075
|||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2272 CAGCAGCAGCCACCTTTACCTCCTGGCCCTCCACCAAACAACAATCAGCAACATCAGTAG 2331
Query 2076 GCAACCGTTGTATTAGTACAT 2096
||| |||||||||||||||||
Sbjct 2332 GCAGCCGTTGTATTAGTACAT 2352
Score = 305 bits (165), Expect = 9e-82
Identities = 183/192 (95%), Gaps = 0/192 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 150 AGGGGTTCACAGATGCCACCACCACCGATGATGCGGCAGTCGTCAGCTTCTTCCTCTAAC 209
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 343 AGGGGTTCACAGATGCCACAACCACCGATGATGCGGCAGTCGTCAGCTTCTTCCACTAAC 402
Query 210 ATCAATCCCGACTACCACCACCCCTCTGGCCCCTTCGACCACAATGTAGACAGTTTTGGG 269
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 403 ATCAATCCCGACTACCACCACCCATCTGGCCCCTTCGACCCCAATGTAGACAGTTTTGGG 462
Query 270 GCGAAACGTATGAGAAAGCATACACAGAGAAGAGCTGTTGACTACACCAGCACCGTTGTC 329
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 463 GCGAAACGAATGAGAAAGCATACACAGAGAAGAGCTGTTGATTACACCAGCACCGTTGTT 522
Query 330 AAATACATTCAG 341
| ||| ||||||
Sbjct 523 AGATATATTCAG 534
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103915128150
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5