BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488189
Length=2681
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G13690.1 | Symbols: CYL1, NAGLU | alpha-N-acetylglucosaminid... 4311 0.0
AT5G13700.1 | Symbols: ATPAO1, APAO, PAO1 | polyamine oxidase 1... 459 8e-128
> AT5G13690.1 | Symbols: CYL1, NAGLU | alpha-N-acetylglucosaminidase
family / NAGLU family | chr5:4415754-4420371 FORWARD LENGTH=2687
Length=2687
Score = 4311 bits (2334), Expect = 0.0
Identities = 2568/2683 (96%), Gaps = 7/2683 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGCCTTTCCTTGCTGACTCTCTCACTCACTAGTGACGAAGAGCATCAGCATGCATTCCAT 60
|||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 10 TGCCTTTCCTTGCTGA-T-TCT--CTCACTAGTGAGGAAAAGCATCATCATGCATTCCAT 65
Query 61 CAAATTGGTTTTGTTGGTTCTGTTGGTTCTTTCTTTTCACTCTCAATCTTTGTCAAAACA 120
||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 66 CAAATTGGTTTTGTTGGTTTTGTTGATAATTTCTTTTCACTCTCAAACTGTGTCAAAACA 125
Query 121 TCATCCAACTATTGATCGTCTGCTTAACCGTTTGGATTCTCTACTACCAACTTCGTCTGT 180
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||
Sbjct 126 TCATCCAACTATTGATGGTCTGCTTGACCGTTTGGATTCTTTATTACCAACTTCTTCTGT 185
Query 181 ACAAGAATCAGCTGCAAAGGGTTTACTACAGAGACTGCTTCCGACCCATTTTCACAGCTT 240
|||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||| |||||
Sbjct 186 ACAAGAATCAGCAGCAAAGGGTTTATTGCAGAGACTGCTTCCCACCCATTCTCAGAGCTT 245
Query 241 TGAGTTCAGAATTTTCTCAAAGGATGTTTGTGGTGGCACCAGCTGCTTTCTAATTGAAAA 300
|||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 246 TGAGCTCAGAATTATCTCAAAGGATGCTTGTGGTGGTACCAGCTGCTTTGTAATTGAAAA 305
Query 301 CTATGATGGCCCGGGACAAATTGGACCTCAAATTGGGATTAAAGGCACAACTGGAGTTGA 360
||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 CTATGATGGCCCGGGACGAATTGGACCTGAAATTCTGATTAAAGGCACAACTGGAGTTGA 365
Query 361 GATTGCTTCTGGGCTCCATTGGTATTTGAAGTATAAATGTAATGCTCATGTTTCTTGGGA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 GATTGCTTCTGGGCTCCATTGGTATTTGAAGTATAAATGTAATGCTCATGTTTCTTGGGA 425
Query 421 CAAAACTGGTGGAATTCAGATTGCCTCTGTTCCACAGCCTGGACATCTACCTCGTCTAGA 480
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 426 CAAAACTGGTGGAATTCAGGTTGCCTCTGTTCCACAACCTGGACATCTACCTCGTATAGA 485
Query 481 TTCTAAACGCATCTTGATCCGGCGTCCTGTCCCTTGGAACTATTACCAAAATGTTGTTAC 540
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 TTCTAAACGCATCTTTATCCGGCGTCCTGTCCCTTGGAACTATTACCAAAATGTTGTTAC 545
Query 541 ATCTAGCTATTCATATGTTTGGTGGGGATGGGAGAGATGGGAGAGAGAGATTGACTGGAT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 546 ATCTAGCTATTCATATGTTTGGTGGGGATGGGAGAGATGGGAGAGAGAGATTGACTGGAT 605
Query 601 GGCATTGCAAGGAATTAACTTGCCTCTAGCATTCACTGGACAAGAAGCTATTTGGCAAAA 660
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 GGCATTGCAAGGAATTAACCTGCCTCTAGCATTCACTGGACAAGAAGCTATTTGGCAAAA 665
Query 661 GGTTTTCAAGAGGTTCAACATCACCAAAGAAGATCTGGATGATTATTTTGGTGGACCAGC 720
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 GGTTTTCAAGAGGTTCAATATCAGCAAAGAAGATCTGGATGATTATTTTGGTGGACCAGC 725
Query 721 GTTCCTTGCTTGGGCTCGCATGGGAAATCTTCACGCTTGGGGTGGTCCATTATCGAAAAA 780
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 726 GTTTCTTGCTTGGGCTCGCATGGGAAATCTTCACGCTTGGGGTGGTCCATTATCGAAAAA 785
Query 781 CTGGTTAAATGACCAGTTGCTTTTGCAGAAACAGATACTTTCTCAGATGTTGAAGCTTGG 840
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 786 CTGGTTAGATGACCAGTTGCTTTTGCAGAAACAGATACTTTCTCGGATGTTGAAGTTTGG 845
Query 841 CATGACTCCAGTACTCCCATCATTCTCAGGCAATGTTCCATCAGCTTTGAGAAAGATATA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 CATGACTCCAGTACTCCCATCATTCTCAGGCAATGTTCCATCAGCTTTGAGAAAGATATA 905
Query 901 TCCCGGGGCAAATATTACACGACTTGATAACTGGAACACAGTGGATGGTGATTCTCGCTG 960
||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 906 TCCTGAGGCAAATATAACTCGACTTGATAACTGGAACACGGTGGATGGTGATTCTCGCTG 965
Query 961 GTGCTGCACTTACCTTCTAAATCCTTCTGACCCTCTCTTCATTGACATTGGAGAGGCATT 1020
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 966 GTGCTGCACTTACCTTCTGAATCCCTCTGACCCTCTCTTCATTGAAATTGGAGAGGCTTT 1025
Query 1021 TATTAAACAACAACCTGAAGAATATGGAGAGATTACAAACATATATAACTGTGATACATT 1080
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 TATTAAACAACAAACTGAAGAATATGGAGAGATTACAAACATATATAACTGTGATACATT 1085
Query 1081 CAATGAGAATACTCCTCCCACAAGTGAACCTGAATATATATCTTCACTAGGAGCTGCAGT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 CAATGAGAATACTCCTCCCACAAGTGAACCTGAATATATATCTTCACTAGGAGCTGCAGT 1145
Query 1141 GTACAAAGCTATGTCAAAAGGAAACAAGAATGCTGTATGGTTAATGCAAGGTTGGCTTTT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 GTACAAAGCTATGTCAAAAGGAAACAAGAATGCTGTATGGTTAATGCAAGGTTGGCTTTT 1205
Query 1201 TAGTTCAGACTCAAAATTCTGGAAGCCGCCTCAGATGAAAGTACTCTTACACTCAGTTCC 1260
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1206 TAGTTCAGACTCCAAATTCTGGAAGCCGCCTCAGTTGAAAGCACTCTTACATTCAGTTCC 1265
Query 1261 CTTTGGCAAAATGATAGTTCTTGACCTATATGCTGAAGTCAAACCGATATGGAACACGTC 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1266 CTTTGGCAAAATGATAGTTCTTGACCTATATGCTGAAGTCAAACCGATATGGAACAAGTC 1325
Query 1321 CGCCCAGTTTTATGGAACTCCTTATATCTGGTGCATGCTTCACAATTTTGGAGGCAACAT 1380
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 CGCCCAATTTTATGGAACTCCTTATATCTGGTGCATGCTTCACAATTTTGGAGGCAACAT 1385
Query 1381 TGAAATGTATGGAGCTCTTGATTCAATTTCTTCAGGACCAGTTGATGCTCGTGTCAGCAA 1440
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1386 TGAAATGTATGGTGCTCTTGATTCAATTTCTTCAGGACCAGTTGATGCTCGTGTTAGCAA 1445
Query 1441 AAATTCAACCATGGTCGGTGTAGGAATGTGCATGGAAGGGATAGAGCAGAACCCGGTGGT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 AAATTCAACCATGGTCGGTGTAGGAATGTGCATGGAAGGAATAGAGCAGAACCCGGTGGT 1505
Query 1501 TTACGAGCTAACTTCTGAAATGGCTTTTCGAGATGAGAAAGTTGAAGTACAGAAATGGTT 1560
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1506 TTACGAACTAACTTCTGAAATGGCATTTCGAGATGAGAAAGTTGATGTACAGAAATGGTT 1565
Query 1561 GAAGAGCTATGCACGCAGAAGATACATGAAAGAAAATCATCAAATTGAGGCCGCTTGGGA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1566 GAAGAGCTATGCACGCAGAAGATACATGAAAGAAAATCATCAAATCGAGGCCGCTTGGGA 1625
Query 1621 GATTCTGTATCACACTGTCTACAATTGCACTGATGGAATTTCAGACCATAACACAGATTT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1626 GATTCTGTATCACACTGTCTACAATTGCACTGATGGAATCGCAGACCATAACACAGATTT 1685
Query 1681 CATAGTCAAACTTCCGGACTGGGATCCATCTAGTTCTGTACAAGACAAATCAAAACAAAC 1740
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||
Sbjct 1686 CATAGTCAAGCTTCCGGACTGGGATCCATCTAGTTCTGTACAAGACGACTTGAAACAAAA 1745
Query 1741 AGATTCATATATGATCTCCACTGGCCCATACGAAACAAAAAGAAGAGTCTTGTTTCAAGA 1800
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 AGATTCATATATGATCTCCACTGGCCCATATGAAACAAAAAGAAGAGTCTTGTTTCAAGA 1805
Query 1801 TAAGAGCTCTGATTTGCCTATGGCCCATTTATGGTATTCTACAAAGGAGGTGATCCAAGC 1860
||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 TAAGACCGCTGATTTGCCTAAGGCCCATTTATGGTATTCTACAAAGGAGGTGATCCAAGC 1865
Query 1861 TCTCAAACTTTTCCTGGATGCTGGGGATGAGCTGTCAAGGAGCTTAACATATAGGTATGA 1920
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 TCTCAAACTTTTCCTGGAAGCTGGGGATGATCTGTCAAGGAGCTTAACATATAGGTATGA 1925
Query 1921 CATGGTTGATTTGACGCGTCAAGTTTTATCGAAGCTAGCAAACCAGGTGTACATCGAAGC 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1926 CATGGTTGATTTGACGCGTCAAGTTTTATCGAAGCTAGCAAACCAGGTGTACACCGAAGC 1985
Query 1981 AGTGACTGCTTTTGTAAAGAAAGATATTGGAAGCTTAGGACAATTAAGTGAGAAGTTTCT 2040
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1986 AGTGACAGCTTTTGTAAAGAAAGATATCGGAAGCTTAGGACAATTGAGTGAGAAGTTTCT 2045
Query 2041 TGAGCTTATAAAGGACATGGACGTTCTGCTTGCTTCGGATGATAATTTCCTTCTGGGGAC 2100
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2046 GGAGCTTATAAAGGACATGGACGTTCTACTTGCTTCGGATGATAATTGCCTTCTGGGGAC 2105
Query 2101 ATGGCTGGAGAGTGCAAAGAAGTTGGCCAAAAACGGTGATGAAAGGAAACAGTACGAGTG 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 ATGGCTGGAGAGTGCAAAGAAGTTGGCCAAAAACGGTGATGAAAGGAAACAGTACGAGTG 2165
Query 2161 GAACGCAAGAACACAAGTGACAATGTGGTATGACTCGAAAGATGTGAACCAAAGCAAGCT 2220
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 GAACGCGAGAACGCAAGTGACAATGTGGTATGACTCGAACGATGTGAACCAAAGCAAGCT 2225
Query 2221 TCATGATTACGCAAACAAGTTCTGGAGTGGGTTACTTGAAGACTACTACTTACCCCGAGC 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 TCATGATTACGCAAACAAGTTCTGGAGTGGGTTACTTGAAGACTACTACTTACCCCGAGC 2285
Query 2281 GAGGTTGTATTTCAATGAAATGCTGAAAAGCTTACGAGATCAGAAGAAATTCAAGGTCGA 2340
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||| ||
Sbjct 2286 GAGGTTGTATTTTAATGAAATGCTGAAAAGTTTAAGAGATAAGAAGATATTCAAGGTAGA 2345
Query 2341 GAAATGGCGAAGAGAATGGATAATGATGTCACACAAATGGCAACAAAGTTCATCAGAGGT 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 GAAATGGCGAAGAGAATGGATAATGATGTCACACAAATGGCAACAAAGTTCATCAGAGGT 2405
Query 2401 TTATCCAGTTAAGGCAAAAGGAGACGCTTTAGCTATTTCAAAGCATCTGTTTCTTAAATA 2460
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2406 CTATCCAGTTAAGGCAAAAGGAGACGCGTTAGCTATTTCAAGGCATCTGTTGAGTAAATA 2465
Query 2461 CTTCCCATGAGTTTACTCAAGAGTAGCTCAAACGAATAAATAAAATAAATAAA-GGGTTA 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2466 CTTCCCATGAGTTTACTCAAGAGTAGCTCAAACGAATAAATAAAATAAACAAAAGGGTTG 2525
Query 2520 GGTTTCTACTCTCTAGCTTGTACCTGAGATAAAATTGACATTTGTGTAGATTTGAGAGTT 2579
|||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2526 GGTTTCTACTTTCTAGCTTGTGCCTGAGATAAATTTAACATTTGTGTAAATTTGAGAGTT 2585
Query 2580 ATTAGGCTTCTGGTGCGTTAGTGTAAGAGACTCGGTGAAGGC-AAGTAAAGGTTGTAACA 2638
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2586 ATTAGGCTTCTGATGTGTTAGTGTAAGAGACTCGGTGAAGGCCAA-TAAAGGTTGTAACA 2644
Query 2639 ACAAACTCTGCTTCATCTCTTCCAACAAAGATTTACTTGTGTC 2681
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2645 ACAAACTCTGCTTCATCTCTTCCAACAAAGATTTACTTGTGTC 2687
> AT5G13700.1 | Symbols: ATPAO1, APAO, PAO1 | polyamine oxidase
1 | chr5:4420069-4423033 REVERSE LENGTH=1631
Length=1631
Score = 459 bits (248), Expect = 8e-128
Identities = 286/304 (94%), Gaps = 3/304 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 2380 GCAACAAAGTTCATCAGAGGTTTATCCAGTTAAGGCAAAAGGAGACGCTTTAGCTATTTC 2439
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1631 GCAACAAAGTTCATCAGAGGTCTATCCAGTTAAGGCAAAAGGAGACGCGTTAGCTATTTC 1572
Query 2440 AAAGCATCTGTTTCTTAAATACTTCCCATGAGTTTACTCAAGAGTAGCTCAAACGAATAA 2499
|| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 AAGGCATCTGTTGAGTAAATACTTCCCATGAGTTTACTCAAGAGTAGCTCAAACGAATAA 1512
Query 2500 ATAAAATAAA-TAAAGGGTTAGGTTTCTACTCTCTAGCTTGTACCTGAGATAAAATTGAC 2558
|||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 1511 ATAAAATAAACAAAAGGGTTGGGTTTCTACTTTCTAGCTTGTGCCTGAGATAAATTTAAC 1452
Query 2559 ATTTGTGTAGATTTGAGAGTTATTAGGCTTCTGGTGCGTTAGTGTAAGAGACTCGGTGAA 2618
||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 ATTTGTGTAAATTTGAGAGTTATTAGGCTTCTGATGTGTTAGTGTAAGAGACTCGGTGAA 1392
Query 2619 GG-CAAGTAAAGGTTGTAACAACAAACTCTGCTTCATCTCTTCCAACAAAGATTTACTTG 2677
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 GGCCAA-TAAAGGTTGTAACAACAAACTCTGCTTCATCTCTTCCAACAAAGATTTACTTG 1333
Query 2678 TGTC 2681
||||
Sbjct 1332 TGTC 1329
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133143066722
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5