BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488225
Length=3172
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G13980.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family 38 protein ... 5192 0.0
> AT5G13980.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family 38 protein
| chr5:4508496-4514425 FORWARD LENGTH=3296
Length=3296
Score = 5192 bits (2811), Expect = 0.0
Identities = 3056/3176 (96%), Gaps = 9/3176 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGACAATGGATCTTGCGAAGTTTCTGTGTTGGGTTGTTTTGCTTTTGGGAATCTCATTCG 60
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 126 AGACAATGGATCTTGCTAAGTTTCTGTGTTGGATTGTTTTGCTACTGGGAATCTCACTCG 185
Query 61 TAGAATCAAGGTACATGGTCTACAATACTTCACATACCATGGTTCCTGGAAAGCTTAATG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 186 TAGAATCAAGGTACATGGTCTACAATACTTCACATACCATTGTTCCTGGAAAACTTAATG 245
Query 121 TCCATGTGGTTCCTCATTCCCACGATGATGTTGGTTGGCTCAAGACTGTTGACCAGTACT 180
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 246 TCCATGTGGTTCCTCATTCTCACGATGATGTTGGTTGGCTCAAGACCGTTGACCAGTACT 305
Query 181 ATGTTGGCTCTAACAACTCTATCCAGGTTGCTTGTGTTCAAAATGTGCTGGATTCAATTG 240
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 306 ATGTTGGCTCCAACAACTCTATCCAGGTTGCTTGTGTTCAAAATGTACTGGATTCAATTG 365
Query 241 TCCCTGCGCTGTTGGCTGATAAGAATCGCAAATTCATTTATGTTGAACAGGCGTTTTTTC 300
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 TTCCTGCGCTGTTGGCTGATAAGAATCGCAAATTCATTTATGTTGAACAGGCGTTTTTTC 425
Query 301 AGCGATGGTGGAATGAACAAAGTGA-GACAATTAAGCGTATTGTGAAAGAGCTTATACAC 359
|||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 426 AGCGGTGGTGGAATGAACAAAGTGAGGA-GATTAAGCGTATTGTGAAAGAACTTATACAC 484
Query 360 TCAGGCCAACTGGAGCTCATAAATGGTGGTATGTGCATGCATGATGAAGCAGCACCGCAC 419
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 485 TCAGGCCAACTAGAGCTCATAAATGGTGGTATGTGTATGCATGATGAAGCAGCACCACAC 544
Query 420 TATATAGATATGATTGATCAGACAACCCTCGGGCATCGATTCATTATCAGAGAGTTCAAT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 545 TATATAGATATGATTGATCAGACAACCCTCGGGCATCGATTCATTATCAGAGAGTTCAAT 604
Query 480 GTGACTCCAAGAATCGGTTGGCAGATTGATCCTTTTGGACATTCTGCAGTGCAGGCTTAC 539
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 GTGACTCCAAGAATCGGTTGGCAGATTGATCCCTTTGGACATTCTGCAGTGCAGGCTTAC 664
Query 540 TTGCTAGGCGCAGAAGTTGGGTTCGACTCAGTCTTTTTCGGTCGGATAGATTACCAAGAT 599
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 665 TTGCTAGGCGCAGAAGTTGGCTTCGACTCAGTCTTTTTTGGCCGGATAGATTACCAGGAC 724
Query 600 AGGGAGAAGCG-TAAAAATGAGAAGAGTCTTGAAGTTATCTGGCGGGGCTCTAAGAGTCT 658
||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 AGGGAGAAGCGTTATAAA-GAGAAGACTCTTGAAGTTATCTGGCGGGGCTCTAAGAGTCT 783
Query 659 CGGTTCTTCTTCACAGATTTTTGCTGGTGCTTTCCCTAAGAACTACGAACCTCCACCTGG 718
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 784 CGGTTCTTCTTCACAGATTTTTGCCGGTGCTTTCCCTACGAACTACGAACCTCCACCTGG 843
Query 719 TGGTTTCTACTATGAAATCAACGATGATTCCCCCGTTGTCCAGGATGATCCTGACCTGTT 778
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 844 TGGCTTCTACTATGAAATCACCGATGATTCCCCCGTTGTCCAAGATGATCCTGACCTGTT 903
Query 779 TGATTACAATGTTCAAGAACGAGTGAATGCCTTTGTAGCTGCAGCTTTGGATCAGGCCAA 838
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 TGATTACAATGTTCAAGAGCGAGTGAATGCCTTTGTAGCTGCAGCTTTGGATCAGGCCAA 963
Query 839 CATTACTCGAACAAATCACATTATGTTTACCATGGGAACAGATTTCAGGTACCAATATGC 898
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 CATTACTCGAATAAATCACATCATGTTTACCATGGGAACAGATTTCAGGTACCAATATGC 1023
Query 899 CCACACCTGGTATCGACAAATGGACAAGCTTATTCATTATGTTAACCTCGATGGGCGTGT 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 CCACACCTGGTATCGACAAATGGACAAGCTTATTCATTATGTTAACCTCGATGGGCGTGT 1083
Query 959 CAATGCTTTCTACTCTACCCCTTCCATATATACAGATTCAAAACACGCGGCAAATGAGGC 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 CAATGCTTTCTACTCTACCCCTTCCATATATACAGATGCAAAACACGCGGCAAATGAGGC 1143
Query 1019 TTGGCCCCTGAAAACAGAGGACTATTTCCCTTATGCAGACCGTATAAATGCTTATTGGAC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 TTGGCCCCTGAAAACAGAGGACTATTTCCCTTATGCAGACCGTATAAATGCTTATTGGAC 1203
Query 1079 TGGATATTTTACAAGTAGGCCAGCACTAAAGCGTTATGTCAGAGTGATGAGTGCCTACTA 1138
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 TGGATATTTTACAAGTAGGCCAGCACTTAAGCGTTATGTCAGAGTGATGAGTGCCTACTA 1263
Query 1139 CTTGGCGGCAAGGCAACTTGAGTTTTTCAAAGGGAGAAGTCAGAAGGGTCCGAATACAGA 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 CTTGGCGGCAAGGCAACTTGAGTTTTTCAAAGGGAGAAGTCAGAAGGGTCCGAATACAGA 1323
Query 1199 TTCGTTAGCAGATGCGCTAGCAATTGCTCAACATCACGACGCTGTTTCTGGTACATCGAA 1258
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1324 TTCGTTAGCAGATGCACTAGCAATTGCTCAACATCACGACGCTGTTTCTGGTACGTCGAA 1383
Query 1259 ACAGCATGTGGCTAATGATTATGCAAAAAGACTAGCAATAGGCTATGTGGAGGCTGAAAG 1318
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1384 ACAGCATGTGGCTAATGATTATGCAAAACGACTAGCAATAGGCTATGTGGAGGCTGAGAG 1443
Query 1319 TGTGGTTGCTACTTCTCTTGCTCATCTGACTAAAGTAGATCCCACCCTGAAACCAACCTT 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1444 TGTGGTTGCTACTTCTCTTGCTCATCTGACTAAAGTAGATCCCACCCTGAATCCAACCTT 1503
Query 1379 CCAACAGTGTTTGTTACTAAACATAAGTTACTGTCCCTCAAGCGAAATAAACTTATCCGA 1438
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1504 CCAACAGTGTTTGTTACTTAACATAAGTTACTGTCCCTCAAGCGAAGTCAACTTATCCGA 1563
Query 1439 CGGGAAAAGTTTGATCGTATTGGCTTATAACCCACTAGGATGGAAGCGAGTGGATATTGT 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1564 TGGGAAAAGTTTGATCGTATTGGCTTATAACCCACTAGGATGGAAGCGAGTGGACATTGT 1623
Query 1499 CCGGCTTCCTGTTGTGGGCGGAGA-GATTGCGGTACATGACTCTGAGGGACACGAAGTTG 1557
|||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 CCGGCTTCCTGTTGTGGGCGGAGACGTTT-CGGTACATGACTCTGAGGGACACGAAGTTG 1682
Query 1558 AGTCTCAACTCGTTCCATTTACTGATGAATATGTGGCCTTGAGGAACTATCATGTAGAGG 1617
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1683 AGTCTCAACTTGTTCCATTTACTGATGAATATGTGGCCTTAAGGAAATATCATGTAGAGG 1742
Query 1618 CATATTTAGGTCAAAGCCCTACACAGGTGCCAAAGTATTGGCTTGTGTTTTCAGTTACTG 1677
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1743 CATACTTAGGTCAAAGCCCTACACAGGTGCCAAAGTATTGGCTTGTGTTTTCAGTAACTG 1802
Query 1678 TGCCTCCTCTTGGCTTCACTACTTACACTATCTCCACTGCTAAGAAAACAGATGGATATT 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 TGCCTCCTCTTGGCTTCACTACTTACACTATCTCCACTGCTAAGAAAACAGATGGATATT 1862
Query 1738 CTAGCAAATCATATGTCTCCAGA-ATCCAAAAAGGCGAACAATCAATAATTGACTTTGGT 1796
||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 1863 CTAGCAAATCATACGTCTCCA-ATATCCTAAAAGGCGAACAGTCAATAATTAACATTGGT 1921
Query 1797 CATGGGAATCTGAAGCTTAGTTTTTCCACTGATCAAGGGACAGCAATCAATTATGTTAAC 1856
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 CATGGGCATCTGAAGCTTAGTTTTTCCACTGATCAAGGGACAGCAATCAATTATGTTAAC 1981
Query 1857 AGCAGAACCTCGATGACAGAACCAGTCAAACAGACGTTTAGCTACTACTCTGCATACAAT 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 GGCAGAACCTCGATGACAGAACCAGTCAAACAGACATTTAGCTACTACTCTGCATACAAT 2041
Query 1917 GGATCAAATGACAAAGAACCTCTTATACCTCAGAACTCGGGTGCGTATGTTTTCCGTCCG 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 GGATCAAATGACAAAGAACCTCTTATACCTCAAAACTCGGGTGCGTATGTTTTCCGTCCA 2101
Query 1977 AATGGCACATTCCCCATCAACCCGGAAGGACAGGTTCCTTTGACTGTTATACGTGGGCCG 2036
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2102 AATGGTACATTCCCCATCAATCCGGAAGGACAGGTTCCTTTGACTGTTATACATGGGCCG 2161
Query 2037 CTGGTGGACGAAGTACATCAACAGATAAATCCATGGATATCTCAGATCACTAGAGTTTAT 2096
|| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 CTAGTGGACGAAGTACACCAACAGATTAATCCATGGATATCTCAGATCACTAGAGTTTAT 2221
Query 2097 AAGGGCAAGGAGCATGTGGAAGTTGAATTTATTGTTGGTAATATACCGATTGACGATGGA 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2222 AAGGGCAAGGAGCATGTGGAAGTTGAATTTATTGTTGGTAATATACCAATTGATGATGGA 2281
Query 2157 ATTGGCAAAGAGGTCGTAACCCAGATCTCAAGTTCCCTGAAAAGCAATAAAACTTTCTAC 2216
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2282 ATTGGCAAAGAAGTAGTAACCCAGATCTCAAGTTCCCTGAAAAGCAATAAAACTTTCTAC 2341
Query 2217 ACGGATTCAAGTGGACGTGATTATATCAAAAGGATCCGTGATTATAGGTCAGACTGGAAA 2276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2342 ACGGATTCAAGTGGACGTGATTATATCAAAAGGATCCGTGATTACAGGTCAGACTGGAAA 2401
Query 2277 CTAGAAGTCAACCAACCTGTTGCAGGAAATTATTACCCGATAAATCATGGAATTTACTTG 2336
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2402 CTAGATGTCAACCAACCTATTGCAGGAAATTATTACCCGATAAATCATGGAATTTACTTG 2461
Query 2337 CAAGACAGTGAGAAGGAATTCTCAGTGATGGTGGACAGAGCTTTCGGAGGGTCGAGCATA 2396
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2462 CAAGACAGTAAGAAGGAATTCTCAGTGATGGTGGACAGAGCCTTCGGGGGGTCGAGCATA 2521
Query 2397 GTGGACGGACAAGTTGAGCTTATGCTTCATAGGAGACTGCTCCTCGATGACTCCAGAGGT 2456
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2522 GTGGACGGACAAGTTGAGCTAATGCTTCATAGGAGACTGCTCCTCGATGACTCCAGGGGT 2581
Query 2457 GTAGCAGAAAATCTAAATGAGACAGTGTGTGTTCAAGACAAGTGTACTGGACTAACTATC 2516
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2582 GTAGCAGAAAATCTAAATGAGACAGTGTGCGTTCAAGACAAGTGTACTGGGCTAACTATC 2641
Query 2517 CAAGGAAAATATTACTATAGAATTGATCCATATGGAGAAGGTGCAAAATGGAGACGAACA 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2642 CAAGGAAAATATTACTATAGAATTGATCCATATGGAGAAGGTGCAAAATGGAGACGTACA 2701
Query 2577 TTCGGACAAGAAATCTACTCGCCACTCCTCTTGGCCTTTGCTCAACAGGATGCTGGAAAG 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2702 TTCGGACAAGAAATCTACTCGCCACTCCTCTTGGCTTTTGCTCAACAGGATGATGGAAAG 2761
Query 2637 CCGATGAGTTTTGGTGCAGCATCATTCTCCGGGATTGATCCATCTTACAGTCTGCCTGGC 2696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2762 CCGATGAGTTTTGGTGCAGCATCATTCTCCGGGATTGATCCATCGTACAGTCTGCCTGAC 2821
Query 2697 AATGTGGCACTTCTGACTCTACAGGAACTGGATGATGGAAATGTGCTCCTGCGTCTAGCT 2756
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2822 AATGTGGCACTTCTGACTCTGCAGGAACTGGATGATGGAAACGTGCTCCTGCGTCTAGCT 2881
Query 2757 CATCTTTATGAGGTGGGAGAGGACAAGGAACTTTCAGGAGTAGCAAGGGTGGAACTGAGA 2816
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |
Sbjct 2882 CATCTTTATGAGGTGGAAGAGGACAAGGAACTATCAGGAGTAGCAAGCGTGGAACTCAAA 2941
Query 2817 AAGCTTTTTCCTGGAAAAAAGATCGGGAAAGTGACGGAGATGAGCCTATCAGCAAATCAA 2876
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2942 AAGCTTTTTCCTGGAAAGAAGATCGGGAAATTGACGGAGATGAGCCTATCAGCAAATCAA 3001
Query 2877 GAAAGAAGCGCGATGGAGAAGAAGAGGTTGGTGTGGAAAGTAGAAGGTGAAGGATCCCAT 2936
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3002 GAAAGAAGCACGATGGAGAAGAAGAGGTTGGTGTGGAAAGTAGAAGGTGAAGGATCTTAT 3061
Query 2937 GGAGAGGAGAAGAAGGCAAAGAGAGGGAGAGAAATTGATCCAAGAAAGCTGGAGATGGAG 2996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3062 GGAGAGGAGAAGAAGGCAAAGAGAGGGAGAGAAATTGATCCAAGAAAGCTGGAGATGGAG 3121
Query 2997 CTTTACCCGATGGAGATTAGGACCGTGTTGATCCACTGGGAGCGTCCATCTGCTCATTCT 3056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||
Sbjct 3122 CTTTACCCGATGGAGATTAGGACCGTGTTGATCCACTTAGAGCTTCCATCTTCTCATTCT 3181
Query 3057 CGCATAAACAGATTCGATGCCTAAATAAGGTAGAAGTAAGTTTAAAGGATAGAGTCTCTT 3116
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 3182 CGCATAAACAGATTTGATGCCTAAATAAGGTAGAAGTATGTTTAATGGATAGAGTCTCTT 3241
Query 3117 ATGTTTTCGTTCCAGACGTTGATTTAACTTAATAAAAGGTGAGTGAGTCTTGCATC 3172
||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3242 ATGTTTTCGTTCCAGCCGCCAATT-AACTTAATAAAAGGTGAGTTAGTCTTGCATC 3296
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 157775035735
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5