BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488483
Length=3445
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G16300.1 | Symbols: | Vps51/Vps67 family (components of ves... 5677 0.0
> AT5G16300.1 | Symbols: | Vps51/Vps67 family (components of vesicular
transport) protein | chr5:5338119-5342432 FORWARD LENGTH=3453
Length=3453
Score = 5677 bits (3074), Expect = 0.0
Identities = 3327/3449 (96%), Gaps = 18/3449 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGAATGTCATCAGCTTCCGCCGGGGAATACCGGCCTGCCGCCGTGAGTCTCGGCAGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||
Sbjct 1 ATGAGAATGTCATCAGCTTCCGCCGGGGAATACCGGCCTTCCGCCGTAAGTCTCAGCAGT 60
Query 61 AGCGGAGGTGGTCAACGAGATGCTGAGTCTCTGTTTCGCACGAAACCAATGTCGGAGATT 120
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AACGGAGGTGGTCAACGAGATGCTGAGTCTCTTTTTCGCACGAAACCAATGTCGGAGATT 120
Query 121 CGAAATGTGGAGTCGGCGACTAGGAAGAACATCGAGGATAAGAAAGAGGAGCTTCGGCAA 180
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGAATTGTGGAGTCGGCGACTAGGAAGAACATCGAGGATAAGAAAGAGGAGCTTCGGCAA 180
Query 181 CTCGTGGGGACTAGGTACCGTGATCTAATCGACTCAGCTGACTCGATTGTTCACATGAAG 240
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTCGTTGGGACTAGGTACCGTGATCTAATCGACTCAGCTGACTCGATTGTTCACATGAAG 240
Query 241 TCGCTCTGTGAGTCGATCTCGGCCAATATTTCTTCGATCCACGGTAACATTCGATCGCTT 300
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCGCTCTGTGAGTCGATCTCAGCCAATATCTCTTCGATCCACGGTAACATTCGATCGCTT 300
Query 301 TCTTCTTCTTCTGTAGCGGAAACTCCTAAGCTTGCTAGCCTTAACCCAGTACGAGTCAAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTTCTTCTTCTGTAGCGGAAACTCCTAAGCTTGCTAGCCTTAACCCAGTACGAGTCAAT 360
Query 361 GTCTATGGGATCGCTTGTCGTGTTAAGTATCTGGTGGATACGCCGGAGAATATATGGGGA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 GTCTATGGGATCGCTTGTCGTGTTAAGTATCTGGTGGATACGCCTGAGAATATATGGGGA 420
Query 421 TGCCTTGACGAGTCCATGTTTCTTGAGGCTGCGGGGAGGTACATGCGTGCTCAGCATGTG 480
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGCCTTGACGAGTCTATGTTTCTAGAGGCTGCGGGGAGGTACATGCGTGCTCAGCATGTG 480
Query 481 CAGCAGAGACTGATCAAATTGGAGGGATGTGGCGGTGGTGGAGCAGCTGAGGTGGATCAG 540
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 481 CAGCAGAGACTGATCAAGTTGGAGGGATGTGGTGGTGGTGTAGCA---GAGGTGGATCAG 537
Query 541 AGTAAGCTGTTGGCGAATTTTCCACTTTTGGAGCACCAATGGCAGATAGTTGAGGGTTTT 600
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 538 AGTAAGCTGTTGGCGAATTTTCCACTATTGGAGCACCAATGGCAGATAGTTGAGAGTTTT 597
Query 601 AAGGCTCAGATTTCGCAGAGGAGCCATGAGCGGCTTCTGGATCCGGGTTTAGGACTGGGA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AAGGCTCAGATTTCGCAGAGGAGCCATGAGCGGCTTCTAGATCCGGGTTTAGGACTGGGA 657
Query 661 GCTTACGTGGACGCCTTAACTGCGGTCTCAGTGGTTGATGAGCTTGATCCTGAGCAAGTG 720
||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 658 GCTTATGTGGATGCCTTAACTGCTGTCGCGGTGGTTGATGAGCTTGATCCAGAGCAAGTG 717
Query 721 CTTGAGTTGTTTCTAGACTCGAGGAAGACTTGGATTCTGCAAAAGTTGAATGCTTGTACT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CTTGAGTTGTTTCTAGACTCGAGGAAGACTTGGATTCTGCAAAAGTTGAATGCTTGTACT 777
Query 781 GGTGAGGATGCCGGTGAGGTCGTTTCAGTGTTTTGTGATGTGTTAAGTGTGATTCAGGTT 840
||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GGTGAGGATGCGGGTGAGGTTGTTTTGGTGTTTTGTGATGTGTTAAGTGTGATTCAGGTT 837
Query 841 ACAGTGGGACAAGTTGGGGAACTCTTCTTGCAAGCCTTGACTGACATGCCTCTATTTTAT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ACAGTGGGACAAGTTGGGGAACTCTTCTTGCAAGCCTTGACTGACATGCCTCTATTTTAT 897
Query 901 AAAACAATCTTGAGTACCCCTCCAGCTTCTCAACTGTTTGGTGGAATTCCGAATCCAGAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AAAACAATCTTGAGTACCCCTCCAGCTTCTCAACTGTTTGGTGGAATTCCGAATCCAGAG 957
Query 961 GAGGAGGTTGGGTTGTGGAAATCCTTCAGAGATAAGCTGGAATCCGTCATGGTCATCCTT 1020
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 958 GAAGAGGTTGAGTTGTGGAAATCCTTCAGAGATAAACTGGAATCCGTTATGCTCATCCTT 1017
Query 1021 GATAAAAATGACGTTTCTAAAG-CTTGTCTGACTTGGTTGAGGGAATGCGGTGGACAGAT 1079
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GATAAAAATGACGTTTCTAA-GTCTTGTCTGACTTGGTTGAGGGAATGCGGTGGACAGAT 1076
Query 1080 TGTCGGTAAGGTTAGTGGGAAGCATTTGATTGAAGCTATAGTTACTGGCGCGGAGCTTGG 1139
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TGTTGGTAAGGTTAGTGGGAAGCATTTGATTGAAGCTATAGTTACTGGCGCGGAGCTTGG 1136
Query 1140 ATCAGCCGAAAAGTTGATAAGGGAGACCATGGATAGCAAAGATGTCTTGAGGGGTAGTTT 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 ATCAGCCGAAAAGTTGATAAGGGAGACCATGGATAGCAAAGATGTCTTGAGGGGTAGTTT 1196
Query 1200 GGATTGGCTTAAAAGTGTTTTCGGGTCTGAGGTAGAACTGCCTTGGAATAGAATCCGAGA 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GGATTGGCTTAAAAGTGTTTTCGGGTCTGAGGTAGAGTTGCCTTGGAATAGAATCCGAGA 1256
Query 1260 GCTTGTTCTGGGGGATGATTTGAACCTATGGGATGAAATATTTGAGGAGGCCTTTGTGGA 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1257 GCTTGTTCTGGGGGATGATTTGAACCTATGGGATGAAATATTTGAGAAGGCCTTTGTGGA 1316
Query 1320 AAGAATGAAATCTATTATTGACTCCAGATTTGAGGATTTGGCTAAAGCTGTCAATGTAGC 1379
||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1317 AAGGATGAAATCTATCATTGACTCCAAATTTGAGAATTTGACTAAAGCTGTCAATGTAGC 1376
Query 1380 AGATTCGGTACATGCTTATAGCGAGATTACTGGTGA-AAAGATCAACTTCCAAGCATACT 1438
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AGATTCGGTACATGCTTATAGTGAGATTACTGGTGAGAAA-ATCAACTTCCAAGCATACT 1435
Query 1439 TAAACAGACCTTCTACAGGTGGTGGTGTCTGGTTCATTGAGCCTAATGCAAAGAAAGTTA 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1436 TAAACAGACCTTCTACAGGTGGTGGTGTCTGGTTCATTGAGCCTAATTCAAAGAAAGTTG 1495
Query 1499 GTCTTATTTCCGGAAATAAATCGTCGCCTGAAGAAAGCGACTTCCAAAGTTGTCTAACTG 1558
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GTCTTATTTCCGGAAATAAATCATCACCTGAAGAAAGCGACTTCCAAAGTTGTCTAACTG 1555
Query 1559 CGTACTTTGGTCCTGAAGTTAGCCAAATGAGAGATGCAGTTGATAGGCGCTGCCAGAATG 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1556 CGTACTTTGGTCCTGAAGTTAGCCAAATGAGAGATGCAGTTGATAGGCGCTGCCATAGTG 1615
Query 1619 TTTTGGAAGACCTCCTAAGCTTCTTCGAGTCAGAAAAGGCAGGTCCAAGGTTAAAGGATC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TTTTGGAAGACCTCCTAAGCTTCTTCGAGTCAGAAAAGGCAGGTCCAAGGTTAAAGGATC 1675
Query 1679 TTGCCCCATACGTGCAGAATAAGTGTTATGACAGTGTGTCTGCACTTCTTGCAGATATAG 1738
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||
Sbjct 1676 TTGCACCATACGTGCAGAATAAGTGTTATGACAGTGTCTCAGCACTTCTTGCAGATGTAG 1735
Query 1739 ATAAAGAACTTGAATTTCTCTGTGCTGCCGTGATGAAAGAGAACAAGGACAGTGAAGCAA 1798
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 ATAAAGAACTTGAATTTCTATGTGCTGCCGTGAAGAAAGAGAACAAGGACAGTGAAGCAA 1795
Query 1799 TTCCACCTGCTATAATAATTGAGAAATCACTTTTTATGGGACGCCTTTTGTTTGCATTGC 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TTCCACCTGCTATAATAATTGAGAAATCACTTTTTATGGGACGCCTTTTGTTTGCATTGC 1855
Query 1859 TGAACCACTCAAAACATGTTCCCTTAATTCTTGGTTCTCCAAGATTGTGGTGTAGAGAAA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 TGAACCACTCAAAACATGTTCCCTTAATTCTCGGTTCTCCAAGATTGTGGTGTAGAGAAA 1915
Query 1919 CTATGACTGCAGTTTCTGATAAGTTGTCCTCCTTGTTGAGGCAACCAAGATTTGGCTCGA 1978
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1916 CTATGACTGCAGTTTCTGATAAGTTGTCATCCTTGTTGAGGCAGCCAAGATTTAGCTCGA 1975
Query 1979 ATACTGCAGTCACCGCTGACAGCCCTGGAAAGCAATTCCATACCGATCTTAGAAAGCAGA 2038
||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 ATACTCCAGCCACTGCTGACAGCCCTGGAAAGCAATTGCATACCGATCTTAGAAAGCAGA 2035
Query 2039 CTTCATTAGCTGTTGCTGCACTACTGGGAGCGGAAGAGAAGACAAGTCCAAAATTTGAAG 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2036 CTTCATTAGCTGTTGCTGCACTACTGGGAGCGGAAGAGAAAACAAGTCCAAAATTTGAAG 2095
Query 2099 AGCTTAATAGAACTATGCGAGATCTGTGCATCAAGGCTCATACATTGTGGATACAGTGGT 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2096 AGCTTAATAGAACTATGCGAGATCTGTGCATCAAGGCTCATACATTGTGGATAAAGTGGT 2155
Query 2159 TATCTGATGAGCTTTCAGCTATTCTCTTGCATGATCTTAGGAGTGATGATGGATTGTCTG 2218
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TATCTGATGAGCTTTCAGCTATTCTCTTGCGTGATCTTAGGAGTGATGATGGATTGTCTG 2215
Query 2219 CTACAAATCCTTTAAGGGGATGGGAAGAGACAATAGTGAAGCAAGAGCAGGACGAGAGTC 2278
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 CTACAACTCCTTTAAGGGGATGGGAAGAGACAATAGTGAAGCAAGAGCAGGACGAGAGTC 2275
Query 2279 AATCTGAGTTGAAGATATCACTTCCATCCTTGCCTTCGCTCTATATGATTTCATTTCTCT 2338
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 AATCTGAGTTGAAGATATCACTTCCATCGTTGCCTTCACTCTATATGATTTCATTTCTCT 2335
Query 2339 GTCGGGCATCAGAAGAAATTCATCGAATTGGAGGTCACGTACTTGATAAGTCAATTTTGC 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||
Sbjct 2336 GTCGGGCATCAGAAGAAATTCATCGAATTGGAGGTCACGTACTGGATAGGTCTATTTTGC 2395
Query 2399 AAAAATTTGCTTCAAGCCTGTTGGAGAAGATCACCATTATTTATGAGGATTTCTTATCTG 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 AAAAATTTGCTTCAAGCCTGTTGGAGAAGATCACCATTATTTATGAGGATTTCTTATCTG 2455
Query 2459 CCAGGGAGGCCAACGAACCCCAAATTTCAGAGAAAGGAGTTTTACAAATTTTGCTGGATT 2518
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 CCAGGGAGGCCAGCGAACCCCAAATTTCAGAGAAAGGAGTTTTACAAATTTTGCTGGATT 2515
Query 2519 TGAGATTTGCATCAGACGTTCTTTCTGGGGGTGATACAAGCACCAATGTGGAGACACCAA 2578
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TGAGATTTGCAGCTGACGTTCTTTCTGGGGGTGATACTAGCACCAATGTGGAGACACCAA 2575
Query 2579 AGAGCACAATGAATAGATCGGCTTACAGGCGAAAGCAGGACCAACAGAAAACAAAGTTAG 2638
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2576 AGAGCACAATAAATAGATCGGCTTACAGGCGAAGGCAGGATCAACAGAAAACAAAGTTAG 2635
Query 2639 TTAATAGAGGTCGCATTGATGGAGTGACCTCCCAACTAACCCAAAAGTTGGATCCCATAG 2698
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 TCAATAGAGGTCGCATTGATGGAGTGACCTCCCAACTAACCCAAAAGTTGGATCCCATAG 2695
Query 2699 ACTGGCTCACGTACGAGCCTTATCTTTGGGAGAACGAAAAGCAGTCATACCTACGCCATG 2758
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2696 ACTGGCTTACGTACGAGCCTTATCTTTGGGAGAACGAAAAGCAGTCGTACCTACGCCATG 2755
Query 2759 CTGTACTCTTTGGTTTCTTTGTGCAACTAAACCGAATGTACACAGATACTGCGCAGAAAC 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 CTGTACTCTTTGGTTTCTTTGTGCAACTAAACCGAATGTACACAGATACTGCGCAGAAAC 2815
Query 2819 TATCAACTAAT-TCAGAATCAAACATCATGCCATGTTCCACAGTTCCTCGCTTCAAATAC 2877
|||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2816 TATCAATTAATAT-AGAATCAAATATCATGCCATGTTCCACAGTTCCCCGCTTCAAATAC 2874
Query 2878 CTTCCCATAAGCGCTCCAGCTCTGTCTTCTAGAAGTACAAATAAGGTCTCTATTCCAGTT 2937
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2875 CTTCCCATAAGCGCTCCAGCTCTGTCATCTAGAAGTACAAATAAGGTCTCTATTCCAGTT 2934
Query 2938 ACATCAAATGATGCTTCGTCAAGAAACTCATGGAATGCATTTACAAACGGCGAGCAATCT 2997
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 ACATCAAATGATGCTTCGGCAAGAAACTCATGGAAGGCATTTACAAACGGCGAGCAATCT 2994
Query 2998 CAAACAAATGATTTGGAAGAAAATTCCAATTTCGGCGTGGCTTTTAAGTCTTTCATGCAG 3057
||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 CAAACAAGTGATTTAGAAGAAAATTCCAATTTCGGCGTGGCTTTTAAGTCTTTCATGCAG 3054
Query 3058 GAAAGCACATTGAAACTGGGATCAATATTAACTGATGGACAAGTGGGAATATTCAAGGAC 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3055 GAAAGCACATTGAAACTGGGATCAATATTAACTGATGGACAAGTGGGAATATTCAAGGAC 3114
Query 3118 AGATCAGCAGCGGCTATGTCGACATTTGGCGATATACTACCGGCTCAAGCTGCCGGTTTA 3177
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3115 AGATCAGCAGCCGCTATGTCGACATTTGGCGATATACTACCGGCTCAAGCAGCTGGTTTA 3174
Query 3178 CTCTCTTCTTTCACAAACACCAGGTCCGAGTGATGATGATAACCAGTTTTGAGACTGAAC 3237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||
Sbjct 3175 CTCTCTTCTTTCACAAACACCAGGTCCGAGTGATGATCA-A-CCAGTTTTGAGACTAAAC 3232
Query 3238 TGTCATTTTCAACCCGAATTTC-TGCGGTCGGTTTATGATTCACACAGAAGATACAAAGC 3296
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| || |||
Sbjct 3233 CGTCATTTTCAACCCGAATTTCCTGCCGTCGGTTTATGATTCACACACAAGAAACGAAGA 3292
Query 3297 AGCTGATTTGAGACATGAACCAAAAACTAGAGATATCTTCATTGCTATAGAAGTTTTACA 3356
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3293 AGCTGATT-----CATGAACCAAAAACTAGAGATATCTTCATTGCTATACAAGTTTTACA 3347
Query 3357 AAAACGAAGAGAACATGTTTTGTAATAGGTTTTGATTTATTGTTTCTTATATGCTTCTTA 3416
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3348 AAAACGA-GAGAACAGGTTTTGTAATAGGTTTTGATTTATTGTTTCTTATATGCTTCTTT 3406
Query 3417 TATAAGGAACATGTAATTAAGTaaaaaaa 3445
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3407 TATAAGGAACATGTAATTAAGTAAAAAAA 3435
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171470611174
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5