BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488606
Length=2258
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G17410.2 | Symbols: | Spc97 / Spc98 family of spindle pole ... 3579 0.0
> AT5G17410.2 | Symbols: | Spc97 / Spc98 family of spindle pole
body (SBP) component | chr5:5730610-5736695 FORWARD LENGTH=2361
Length=2361
Score = 3579 bits (1938), Expect = 0.0
Identities = 2039/2088 (98%), Gaps = 5/2088 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGCGAAGCAATGGAATCAATGACGCCAATCTCGTGCCCTACGACTCCTCGTTGGAACCA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 32 GAGCGAAGCAATGGAATCAATGACGCCAATCTCGTGCCCTACGACTCCTCGTTGGAACCA 91
Query 61 AGACAGGCCATTTCTCACTGGTCGCTTTCATCAGGAAACGAGGGCAAGCTCCAAATTTGC 120
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 92 AGACAGACCATTTCTCACTGGTCGCTTCCATCAGGAAACGAGGGCAAGCTCCAAGTTTGC 151
Query 121 TGATTCTAAGAGGTTTACTTTAGACTCGTCT---AGTTCTGGAGTAGAGCAGGCAATTGG 177
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 152 TGATTCTAAGAGGTTTACTTTAGACTCGTCTAGCAGTTCTGGAGTAGAGCAGGCAATTGG 211
Query 178 CTGCTATGACACACCGGTTCAGGAACTTATCGTCATTGATGATCTCTTATCTGCGTTGGT 237
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 212 CTGCTATGACACACCGGTTCAGGAGCTTATCGTCATTGATGATCTCTTATCTGCGTTGGT 271
Query 238 TGGAATTGAAGGGAGATATATATCAATTAAAAGATTCCATGGGAAGGAAGATAGTATAGC 297
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 272 TGGAATTGAAGGGAGATATATTTCAATTAAAAGATTCCATGGGAAGGAGGATAGTATAGC 331
Query 298 TTTCCAAGTTGACCCATCAATGGATTTGGCACTACAGGAATTGGCAAAAAGAATATTCCC 357
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 332 TTTCCAAGTTGATCCATCAATGGATTTGGCACTACAGGAATTGGCGAAAAGAATATTTCC 391
Query 358 TTTATGTGAATATTATCTGCTGATTGACCAATTTGTGGAGTCAAGCTCGCAGTTCAAGAA 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 TTTATGTGAATATTATCTGCTGATTGACCAATTTGTGGAGTCAAGCTCGCAGTTCAAGAA 451
Query 418 CGGGCTAGTTAACCATGCATTCGCGGCTGCACTCAGGGCACTCCTCCTTGATTATCAAGC 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 CGGGCTAGTTAACCATGCATTCGCGGCTGCACTCAGGGCACTCCTCCTTGATTATCAAGC 511
Query 478 CATGGTGGCACAATTGGAACATCAATTTCGACTTGGAAGACTTTCTATCCAAGGATTATG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 CATGGTGGCACAATTGGAACATCAATTTCGACTTGGAAGACTTTCTATCCAAGGATTATG 571
Query 538 GTTTTACTGTCAGCCCATGATGGGATCCATGCGCGCATTGGCTGCAGTAGTTCAGCAGGC 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 572 GTTTTACTGTCAGCCCATGATGGGATCCATGCGCGCATTGGCTGCAGTAATTCAGCAGGC 631
Query 598 TTCGACGAAGCATTTTGTGGGTTCTGGTGTTCTTAATCTCTTGCAGAGTCAGGCTAAAGC 657
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 632 TTCAACGAAGCAGTTTGTGGGTTCTGGTGTTCTTAATCTCTTGCAAAGTCAGGCTAAAGC 691
Query 658 GATGGCTGGTGATAATTCAGTGAGGTCATTGTTAGAGAAAATGACGGAGTGTGCAAGCAA 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 GATGGCTGGTGATAATTCAGTGAGGTCATTGTTAGAGAAAATGACGGAGTGTGCAAGCAA 751
Query 718 TGCATACCTGAGCATATTGGAAAGGTGGGTCTATGAAGGGATCATTGATGATCCGTATGG 777
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 752 CGCATACCTAAGCATATTGGAAAGGTGGGTCTATGAAGGGATCATTGATGATCCGTATGG 811
Query 778 GGAATTTTTCATTGCCGAGAACAGGTCTCTTAAAAAGGAGAGCCTCAGTCAGGACTCTGC 837
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 812 GGAATTTTTCATTGCCGAGAACAGGTCTCTCAAAAAGGAGAGCCTCAGTCAGGACTCTAC 871
Query 838 AGCTAAATACTGGAGCCAAAGATACAGCCTCAAGGATACTATTCCTGGCTTCCTTGCAAA 897
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 872 AGCTAAATATTGGAGCCAAAGATACAGCCTTAAGGATACTATTCCTGGCTTCCTAGCAAA 931
Query 898 CATTGCTGCAACAATATTGACCACAGGGAAATATCTAAACGTTATGAGAGAATGTGGGCA 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 CATTGCTGCAACAATATTGACCACAGGGAAATATCTAAACGTTATGAGAGAATGTGGGCA 991
Query 958 CAATGTTCAGGTTCCCATCTCAGAGAGATCTAAGTTAACAATATTTGGTTCAAATCATCA 1017
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 992 CAATGTTCAGGTTCCCATATCAGAGAGATCTAAGTTAACAATATTTGGGTCAAATCATCA 1051
Query 1018 TTATCTTGAGTGCATAAAGGCTGCTCACGAATTTGCCAGTATAGAGCTTGTGAATCTCAT 1077
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 TTATCTTGAATGCATAAAGGCTGCTCACGAATTTGCCAGTATAGAGCTTGTGAATCTCAT 1111
Query 1078 CAAGGATAAGTATGACCTAATTGGAAGGCTTCGATCTATAAAGCACTATCTTCTTCTCGA 1137
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 CAAGGATAAGTATGACCTTGTTGGAAGGCTTCGATCTATAAAGCACTATCTTCTTCTCGA 1171
Query 1138 CCAGGGTGATTTCTTGGTTCATTTTATGGACATTGCTCGAGAGGAGCTCAACAAAAAAGT 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 CCAGGGTGATTTCTTGGTTCATTTTATGGACATTGCTCGAGAGGAGCTCAACAAAAAAGT 1231
Query 1198 GCATGACTTATCTGTAGAAAAGTTGCAGTCTTTGCTAGATCTTGCTCTACGTACCACAGC 1257
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 GCATGAAATATCTGTTGAAAAGTTGCAGTCTTTGCTAGATCTTGCTCTACGTACCACAGC 1291
Query 1258 GGCTGCAGCAGATCCTCGCCACGAAGACTTGACTTGCTGTGTGGATCGAGCTTCATTGCT 1317
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 GGCTGCAGCAGATCCTCGTCACGAAGACTTGACTTGTTGTGTGGATCGAGCTTCATTGCT 1351
Query 1318 TACAACTTTGGGAATGCACAAGGACCCTGATAGCAATAGTATTGAAGACCCAATGAGCAT 1377
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1352 TACGACTTTGGGAATGCACAAGGACACTGATAGCAATAGTATTGAGGACCCAATGAGCAT 1411
Query 1378 CACTGGTCTAGAGACATTTTCCTTGAGCTATAAGGTTCAATGGCCACTATCTATTGTCAT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 CACTGGTCTAGAGACATTTTCCTTGAGCTACAAGGTTCAATGGCCACTATCTATTGTCAT 1471
Query 1438 ATCAAAGAAAGCATTGTCAAAGTACCAGTTAATTTTCCGCTTTCTTTTTCACTGCAAACA 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1472 ATCAAAGAAAGCATTGTCAAAGTACCAGTTAATTTTCCGCTTTCTTTTTCATTGCAAACA 1531
Query 1498 TGTGGAACGCCAGCTTTGTGGTGCTTGGCAGATACATCAAGGGATTCGGTCTATGAACTC 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1532 TGTGGAACGCCAGCTTTGTGGTGCTTGGCAGATACATCAAGGGATTCGGTCTATGAACTC 1591
Query 1558 TAAGGGTACAGCAATTCCTAGATCATCGCTTCTCTGCCGTAGCATGCTTAAATTCATCAG 1617
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1592 TAAGGGTACAGCAATTCTTAGATCATCGCTTCTCTGCCGTAGCATGCTTAAATTCATCAG 1651
Query 1618 TAGCCTTCTACATTATCTTACATTCGAGGTTCTCGAACCAAATTGGCATGTGATGCACGA 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1652 TAGCCTTCTACATTATCTTACATTCGAGGTTCTCGAACCAAATTGGCATGTAATGCACGA 1711
Query 1678 TAGACTACAATCCACAAGGAGTGTAGATGAGGTGATACAACATCACGACTTTTTTCTTGA 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1712 TAGACTACAATCCACAAGGAGTGTAGATGAGGTGATACAACATCACGACTTTTTTCTTGA 1771
Query 1738 TAAATGTCTGAGAGGATGCTTGCTTCTTTTACCCGACGTCCTTAAGAAAATGGAGAAGTT 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1772 TAAATGTCTGAGAGGATGCTTGCTTCTTTTACCTGACGTCCTTAAGAAAATGGAGAAGTT 1831
Query 1798 GAAATCAGTGTGTCTGCAATATGCTGCAGCCACACAGTGGTTGATATCATCGTCTATCGA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 GAAATCAGTGTGTCTGCAATATGCTGCAGCCACACAGTGGTTGATATCATCGTCTATCGA 1891
Query 1858 CATCAATAGCCAGTCTCATCCACAGAAGACAATGATAAGAGACACAACCGTTACAGAGTC 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1892 CATCAATAGCCAGTCTCATCCACAGAAGACAATGATAAGAGACACAACCGTTACAGAGTC 1951
Query 1918 CATATTCAATTTCGAAAGGGAATTCAACTCGGAGTTGCAGAGCTTAGGACCAGTATTGAG 1977
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1952 CATATTCAATTTCGAAAGGGAGTTCAACTCGGAGTTGCAGAGCTTAGGACCAGTCTTGAG 2011
Query 1978 CAAAGGCTCCCAGGCTGAGCCATACTTGACTCATCTCTCACAGTGGATCCTTGGTGTTTC 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2012 CAAAGGCTCCCAGGCTGAGCCATACTTGACTCATCTCTCCCAGTGGATCCTTGGTGTTTC 2071
Query 2038 CAAAGAATGAGAGGTGAGACTTTTACTAAACAAACTCAGG-ATATTCA 2084
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2072 GAAAGAATAAGAGGTGAGACTTTAACTAAACAAACTCAGGCA-ATTCA 2118
Score = 237 bits (128), Expect = 4e-61
Identities = 151/161 (94%), Gaps = 5/161 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2077 GATATTCAGCTTGAGAAGTTGTTATGAGATGTGTGCGTGTGTTTAGTCTTTTGTTGTCGT 2136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2143 GATATTCAGCTTGAGAAGTTGTTATGAGATGTGTGCGTGTGTTTAGGCTTTTGTTGTCGT 2202
Query 2137 TTCTTTATTTTATTTGTGAATTTCCACGATATAAGAACAAGTCTCAGGCTCTCTCTGTTA 2196
||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2203 TTCTTTATTTTGTTTGTGAACT-CCACGATATAAGAACAAGTCTCAGGCTCTCT--GTTA 2259
Query 2197 AATATTTGCATTCAAGATTTGTGTGGCTT-CACTGCAACTA 2236
|| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||
Sbjct 2260 AAAATTTGCATTCAAGATTTGTG-GGTTTTCACTGCAACTA 2299
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112047616440
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5