BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488825
Length=3132
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G19390.1 | Symbols: | Rho GTPase activation protein (RhoGAP... 4966 0.0
> AT5G19390.1 | Symbols: | Rho GTPase activation protein (RhoGAP)
with PH domain | chr5:6531538-6538483 FORWARD LENGTH=3182
Length=3182
Score = 4966 bits (2689), Expect = 0.0
Identities = 2928/3041 (96%), Gaps = 25/3041 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 108 TGGGTGAATTGTTTGTTGCTGTTTTCGTTTTCTATTGTTTGTAACGAAAGAGGGTGAAAT 167
|||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 151 TGGGTGAATTGTTTGTAGCTGTTGTCGTTTTCAATTGTTTGTATCGAAAGAGGGTGAAAT 210
Query 168 TGAAACCC---T--AGC--G--TT-TCGAATTTAGTTGGGTTTGGTTACGA-GTCTGGAT 216
|||||||| | ||| | || |||||||||| ||||||| ||| ||| || |||||
Sbjct 211 TGAAACCCAATTGGAGCAGGATTTGTCGAATTTAGCTGGGTTTCGTTTCGAGGT-TGGAT 269
Query 217 CT-GAGATTATGCTGTTGAGGCAATGGAGGCTTCTTTAACGGCTTTGGAGCGGCCACGAG 275
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 270 CTGGAGATTATGCTGTTGAGGCAATGGAGGCTTCTTTAGCGGCTTTGGAGCGGCCACGAG 329
Query 276 GTGCAGCTTCAAATACGGTTTTCAAGAGTGGTCCACTTTTCATATCATCTAAAGGATTGG 335
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 GTTCAGCTTCTAATACGGTTTTCAAGAGTGGTCCACTTTTCATATCATCTAAAGGATTGG 389
Query 336 GTTGGACGTCTTGGAAGAAACGCTGGTTCATCCTCACACGTACTTCTTTGGTTTTCTTCA 395
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 390 GTTGGACGTCTTGGAAGAAACGCTGGTTCATCCTCACACGGACTTCTTTGGTTTTCTTCA 449
Query 396 AAAATGACCCTGGTACACTACCACAAAAGGGTGGTGAAGTTAACTTAACTCTGGGTGGCA 455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 450 AAAATGACCCTGGTACACTACCACAAAAGGGTGGTGAAGTTAACTTAACTCTGGGAGGAA 509
Query 456 TCGACTTGAATAACTCTGGAAGTGTTGTGGTGAGAGAGGATAAAAAATTGTTGACGGTAT 515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 510 TCGACTTGAATAACTCTGGAAGTGTTGTGGTGAGAGAGGATAAAAAACTGTTGACGGTAT 569
Query 516 TATTTCCAGATGGGCGTGATGGGAGAGCTTTCACTCTTAAGGCTGAGACATTTGAAGATT 575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 570 TATTTCCAGATGGGCGTGATGGGAGAGCTTTCACTCTTAAGGCTGAGACATTTGAAGATT 629
Query 576 TGTACGAGTGGAAAACTGCTCTTGAGCAGGCTCTTGCACAAGCCCCTAATGCAGCACTTA 635
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 630 TGTACGAGTGGAAAACTGCTCTTGAGCAGGCTCTTGCACAAGCCCCTAATGCAGCACTCA 689
Query 636 TCATGGGTCAAAATGGAATATTCCGTGCTGAAACTAACGAGGCTATCGAAGGGCGGGATA 695
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 690 TCATGGGTCAGAATGGAATATTCCGTGCTGAAACTAACGAGGCTATTGAAGGGCGGGAGA 749
Query 696 AGCGTCCATTGAAATCCTTGGTTGTTGGAAGACCAATTTTACTTGCTCTCGAAGATATTG 755
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 750 AGCGTCCATTAAAATCCTTGGTTGTTGGAAGACCAATCTTACTTGCTCTGGAAGATATTG 809
Query 756 ATGGAAGCCCATCATTCCTTGAGAAAGCTCTTCAGTTTATTGAGAAGTATGGAACTAAAA 815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 ATGGAAGCCCATCATTCCTTGAGAAAGCTCTTCAGTTTATTGAGAAGTATGGAACTAAAA 869
Query 816 TTGAAGGAATATTAAGACAGTCTGCTGATGTGGAGGAGGTGGAACGTAGAGTTCAAGAAT 875
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 TTGAAGGGATATTAAGACAGTCTGCTGATGTGGAAGAGGTGGAACGTAGAGTTCAAGAAT 929
Query 876 ATGAACAGGGCAAAACAGAGTTCACATTTGATGAAGATCCGCATGTTGTTGGAGACTGCA 935
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 930 ATGAACAGGGCAAAACGGAGTTCACTTTTGATGAAGATCCACATGTTGTTGGAGACTGCA 989
Query 936 TTAAGCACGTATTGAGGGAGTTGCCTTCTTCTCCGGTTTCAGCATCTTGTTGTACTGCCC 995
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 TTAAGCATGTATTGAGGGAGTTGCCTTCTTCTCCGGTTTCAGCATCTTGTTGTACTGCCC 1049
Query 996 TGCTGGAAGCTTACAGAATCGAGTCTAAGGAGGCTCGCATTAGTTCATTGCGCTCTGCTA 1055
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050 TGTTGGAAGCTTACAGAATCGAGTCTAAGGAGGCTCGCATTAGTTCATTGCGCTCTGCTA 1109
Query 1056 TAGCGGAAACATTTCCGGAACCTAATAGACGTCTACTACAACGGATTCTGAAAATGATGC 1115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1110 TAGCGGAAACATTTCCGGAACCTAATAGACGTCTACTACAACGAATTCTGAAAATGATGC 1169
Query 1116 ATACTATCTCGTCTCATTCCCACGAAAATCGAATGAACCCAAATGCTGTAGCTGCTTGCA 1175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 ATACTATCTCGTCTCATTCCCACGAAAATCGAATGAACCCAAATGCTGTAGCTGCTTGCA 1229
Query 1176 TGGCTCCTCTGCTCCTACGTCCTCTACTGGCTGGTGAATGTGATTTAGAGGACGATTTTG 1235
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 TGGCTCCTCTGCTCCTACGTCCTCTTCTGGCTGGTGAATGTGATTTAGAGGACGATTTTG 1289
Query 1236 ATAGCGGTGAAGACAATTCTGCTCAGCTTCTTGCTGCTGCTAATGCTGCCAATAATGCTC 1295
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1290 ATGGTGGTGAAGACAATTCTGCTCAGCTTCTTGCTGCTGCTAATGCTGCCAACAATGCTC 1349
Query 1296 AAGCCATCATTACAGTTCTCCTGGAGGATTATGGAAGTATTTTCGATGAAGAAAATATTC 1355
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 AAGCCATCATTACAGTTCTTCTGGAGGATTATGGAAGTATTTTCGATGAAGAAAATATTC 1409
Query 1356 AAAGATGTTCTATTTCGACTGAATCACATATTGGAAATAGTGGGCCTGATGATTCAAGTG 1415
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1410 AAAGATGTTCTATATCAACTGAATCACATATTGGAAATAGTGGGCCTGATGATTCAAGTG 1469
Query 1416 ATGATGACAACAACGTGAAAAATGAATATCACAATGCAGATAATGAAGTTGAACCAGTGA 1475
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 ATGATGACAACAACATGAAAAATGGATATCACAATGCAGATAATGAAGTTGAACCAGTGA 1529
Query 1476 CAGATGACGATAATGAACGTGCATTGAGTGGAAAAATGAGTGAGAGCAGCGGTTGCACAG 1535
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1530 CTGATGACGATAATGACCGTGCATTGAGTGGAAAAATGAGTGAGAGCAGCGGTTGCACAG 1589
Query 1536 GCAGTGATCTCTATGAGTACAAGGGATTTGTTGCTGATGACTCTGATATCGAATCACCAA 1595
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1590 GCAGCGATCTCTATGAATACAAGGGATTTGTTGCTGATGACTCTGATATTGAATCACCAA 1649
Query 1596 GAGACACAAATGGTCCAAGATGTAATTCAAACATACGAACAGATCATCTAATGAGAAATC 1655
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1650 GAGACACAAATGGCCCAAGATGTAATTCAAACATACGAACAGATCATCTTATGAGAAATC 1709
Query 1656 CTTTTGTCCATTCCACGGATCAACAAGCTGGAGAGCAGATAGGCGATGATCCAACAAAAT 1715
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 CTTTTGTCAATTCCACGGATCAACAAGCTGGAGAGCAGATAGGCGATGATCCAACAAAAT 1769
Query 1716 ACGGAGAAAACTCTTGTCTCGCACATGTTAGTGAGTCTTATCAATC-ATCAGGGACGGTT 1774
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 1770 ACGGAGTAAACTCGTGTCTCGCACATGTTAGTGAGTCTTATCAA-CAATCAGGGACGGGT 1828
Query 1775 CTAAATGTACCCACTCATGGGAATACTTTGGCTGCTCCCGATCTTGAATCACCAAGCGCG 1834
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1829 CTAAATGTACCCACTCATGGGAATACTTTGGCTGCTCCTGGTCTTGAATCACCAAGCGCG 1888
Query 1835 AAATCTGTGAATAAGGGCACACCCTCCTCTGTTCATGCAAAGCGCGCAACATTCTGGGGT 1894
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1889 AAATCCGTGAATAAGGGCACACCCTCCTCTGTTCATGCAAAACGCGCAACATTCTGGGGT 1948
Query 1895 CGAGGCAGTGCCAGAAAGATATCCACAGATGGGTCGTTTGATTCTTCAGGAGAAGACGAG 1954
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949 CGAGGCAGTGCCAGAAAGATATCCACAGATGGGTCTTTTGATTCTTCAGGAGAAGACGAG 2008
Query 1955 CTTGCTATACAGAGGCTCGAGACCACAAAAAATGAACTGCGACAACGAATTGCAAAGGAG 2014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 CTTGCTATACAGAGGCTCGAGACCACAAAAAATGAACTGCGACAACGAATTGCAAAGGAG 2068
Query 2015 GCCAGAGGTAATGCAATATTACAGGCTAGCTTGGAGAGAAGGAAGCAAGCACTGCATGAA 2074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2069 GCCAGAGGTAATGCAATATTACAGGCTAGCTTGGAGAGAAGGAAACAAGCACTGCATGAA 2128
Query 2075 CGTCGTTTGTCGCTTGAACAAGATGTGTCAAGATTACAAGAGCAGCTGCAAGCTGAAAGA 2134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 CGTCGTTTGTCGCTTGAACAAGATGTGTCAAGATTACAAGAGCAGCTGCAAGCTGAAAGA 2188
Query 2135 GATCTCCGAGCAGCACTGGAGGTTGGTTTGAGCATGTCCTCTGGACAATTCAGTTCACAT 2194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2189 GATCTCCGAGCAGCACTGGAGGTTGGTTTGAGCATGTCTTCTGGACAATTCAGTTCACAT 2248
Query 2195 GGTGTGGATTCAAAAACAAGGGCTGAGCTTGAGGAAATTGCTCTAGCTGAGGCTGATGTG 2254
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2249 GGTGTAGATTCAAAAACAAGGGCTGAGCTTGAGGAAATTGCTCTTGCTGAGGCTGATGTG 2308
Query 2255 GCCAGGCTGAAGCAGAAAGTTGCAGAACTTCACCATCAGCTTAACCAGCAACGTCAGACT 2314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 GCCAGGCTGAAGCAGAAAGTTGCAGAACTTCACCATCAGCTTAACCAGCAACGTCAGACT 2368
Query 2315 CACTTTGGTTCCTTCTCAGATGCACGTGATACTCATCAGTATCTCCAGAATCACAATCCT 2374
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 CATTTTGGTTCCTTCTCAGATGCACGTGATACTCATCAGTATCTCCAGAATCACAATCCT 2428
Query 2375 CAAAAAAGGTTTCTTCAGCAAGATTTTGATTCCACTCTTGCCTATGTAAATCATGAAAGG 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 CAAAAAAGGTTTCTTCAGCAAGATTTTGATTCCACTCTTGCCTATGTAAATCATGAAAGG 2488
Query 2435 AAACAAAGACACGAGGAGAATTTACTGGGAGCGGAGTGGAGAAATAGTAAAGGGGCAGGA 2494
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489 AAACAAAGACACGAGGAGAATGTACTGGGAGCGGAGTGGAGAAATAGTAAAGGGGCAGGA 2548
Query 2495 TCTTTTGGTGTTGGCAATAGCAGGCAACCATCTCGTAAGCAAATACCAGAATCAACAAAC 2554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2549 TCTTTTGGTGTTGGCAATAGCAGGCAACCATCTCGTAAACAAATACCAGAATCAACAAAC 2608
Query 2555 ATAACTGACTCTAAAATCAGTGAAGAGTCTGGAAAGGTGTCTGTGGACAAGTTCTCAGCC 2614
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||| ||
Sbjct 2609 ACAACTGACTCTAAAATCAGTGAAGAGTCTGGAAAGATATCCGTGGACAAGCTCTCATCC 2668
Query 2615 ATAGATTCTCCATCTGTTCCGTCGACTTCAAGAGCATTAGATATAACAGAGTACCCAAGG 2674
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2669 ATAGATTCTCCATCTATTCCGTCGACTTCAAGAGTATTAGATATAACAGAGTACCCAAGG 2728
Query 2675 CTTAATCATCCGTCAGCTGCTGCATCAGCAGCTCTGGTAGAGTTAACAACACGTCTTGAT 2734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2729 CTTAATCATCCGTCAGCTGCTGCATCAGCAGCTCTGGTAGAGTTAACAACACGTCTTGAT 2788
Query 2735 TTCTTCAAGGAAAGACGTTCGCAGCTCATGGAGCAGCTCCAGAACCTCGACCTTAACTAC 2794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2789 TTCTTCAAGGAAAGACGTTCGCAGCTCATGGAGCAGCTCCAGAACCTCGACCTTAACTAC 2848
Query 2795 GGCGGCTCGTCTTCCCAAGATTTCATACACCGGCCATCTTCTCCACCTTGGAACTAAAAA 2854
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 2849 GGCGGCTCATCTTCCCAAGATTTCATACACCGGCCATCATCTCCACCTTGGAACTAACAA 2908
Query 2855 CATTAGAAAAATTGAAGAA-AA--GGCTATGTTTGTTCTGTATATCCATCCTTTTGGTGA 2911
||| ||||||| |||||| || |||| | |||||||||||||||| | ||| |||||
Sbjct 2909 CATGAGAAAAAAAGAAGAAGAAAAGGCTCTATTTGTTCTGTATATCC-T--TTT-GGTGA 2964
Query 2912 TTGATTAATGATGTTAGCATTTGCTCTACTCATTTTCTCCCCCAAAAGACAATAATGACC 2971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2965 TTGATTAATGATGTTAGCATTTGCTCTACTCATTTTCTCCCCCAGAAGACTATAATGACC 3024
Query 2972 TTATTCTTTTGGGCAACAGTCTTGTGTGTATATAAAGAGGTATTTTGTAATGCAAttttt 3031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 3025 TTATTCTTTTGGGCAACAGTCTTGTGTGTATATAAAG-G-TATTTTGTAATGCAATTTTT 3082
Query 3032 tttttttATGCCAGGTTTGTTCATATGTGTTAACTCTGAAGCTGTCTTGATATGTTAGtt 3091
||| || | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3083 TTTGTT-ACGTGAGGTTTGTTCATATGTGTTAACTCTAAAGCTGTATTGATATGTTAGTC 3141
Query 3092 tttttATGCTCTTGAGTTTCTGACCAAACCAATTACAACTG 3132
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3142 TCTTTATGCTCTTGAGTTTCTGACCAAGCCAATTACAACTG 3182
Score = 169 bits (91), Expect = 2e-40
Identities = 104/110 (95%), Gaps = 2/110 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGTGACTTCTCCGACACTCATGACCCATCCATC-CACTCTCTCTCTCATAACACAGCAGA 59
||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 CGTGACTTCTCCGACACTCATGACCCATCCA-CTCTCTCTCTCTCACATAACACAGCAGA 59
Query 60 ACGTACGACGGAAGAACCAGAGAGAGCTTTCTGCGACGGCTTTAATGGTG 109
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 ACGTTCGACGGAATAACCAGAGAGAGCTTTCTGCGACGGCTTTAATGGTG 109
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155768358015
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5