BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488863
Length=2639
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G19690.1 | Symbols: STT3A | staurosporin and temperature sen... 4364 0.0
> AT5G19690.1 | Symbols: STT3A | staurosporin and temperature sensitive
3-like A | chr5:6652516-6658411 FORWARD LENGTH=2670
Length=2670
Score = 4364 bits (2363), Expect = 0.0
Identities = 2518/2595 (97%), Gaps = 1/2595 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 TTCCTCACTCTCTCTAATCCGATTCATCGAGCCGTAGAGCTCACTTTCCGCCGCGTAAAA 105
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 75 TTCCTCACTCTCTTTAATCCGATTCATCGAGCCGGAGAGCTCACCTTCCGCCGCGTAAAA 134
Query 106 TGGCGGCTCTAGAGAGCCCACAGCCGGGAACCCCGACTGCGATGAGGAATGCTTTCGGCA 165
||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 TGGCGGCTCTAGAAAGCCCACTGCCGGGAACGCCGACTGCGATGAGGAATGCTTTCGGCA 194
Query 166 ACGTTCTATCAGTCCTGATCCTCGTCCTCATTGGTGTCCTCGCTTTCTCGATCCGACTCT 225
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 ACGTTTTATCAGTCCTGATCCTCGTCCTCATTGGTGTCCTCGCTTTCTCGATCCGACTCT 254
Query 226 TCTCTGTTATAAAGTATGAAAGCGTGATTCATGAGTTTGATCCTTACTTCAATTATAGAG 285
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 TCTCTGTTATAAAGTATGAAAGTGTGATTCATGAGTTTGATCCTTACTTCAATTATAGAG 314
Query 286 TCACTCAGTTCTTATCGAAGAATGGAATATACGAGTTCTGGAATTGGTTTGATGATCGGA 345
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 315 TCACTCAGTTCTTATCGAAGAATGGAATATACGAGTTCTGGAATTGGTTTGATGATAGGA 374
Query 346 CCTGGTATCCTCTTGGCCGTGTGATTGGAGGAACTGTTTACCCTGGGTTGACTTTGACTG 405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 375 CCTGGTATCCTCTTGGCCGTGTGATTGGAGGAACTGTTTACCCTGGGTTAACTTTGACTG 434
Query 406 CTGGAACCATCTGGTGGGTCTTGAATTCGTTAAATATTCCTCTGTCAGTAGAGACTGTTT 465
|||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 435 CTGGAACCATCTGGTGGGGATTAAATTCATTAAACATTCCTCTGTCAGTAGAGACTGTCT 494
Query 466 GTGTCTTCACTGCACCTGTATTTTCAGCTTTCGCATCCTGGGCAACTTACCTTTTGACCA 525
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 495 GTGTCTTCACTGCACCTGTATTTTCAGCTTTTGCATCCTGGGCAACTTACCTTTTGACAA 554
Query 526 AGGAAGTTAAGGGCTCCGGTGCAGGACTAGCAGCTGCTGCTCTTTTGGCCATGGTTCCCT 585
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 AGGAAGTTAAGGGCTCCGGTGCTGGACTTGCAGCTGCTGCTCTTTTGGCCATGGTTCCCT 614
Query 586 CATATATCTCCCGATCTGTAGCTGGTAGCTATGACAATGAAGCTGTTGCCATCTTTGCTT 645
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 CATATATATCCCGATCTGTAGCTGGTAGCTATGACAATGAAGCTGTTGCCATCTTTGCTT 674
Query 646 TGATCTTCACTTTTTATCTTTACATAAAGACATTAAATACAGGTTCCTTATTTTATGCCA 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 TGATCTTCACTTTTTATCTTTACATAAAGACATTAAATACAGGTTCCTTATTTTATGCCA 734
Query 706 CCCTGAATGCCCTTGCATACTTTTACATGGTATGTTCATGGGGAGGTTACACCTTCATTA 765
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 CCCTGAATGCTCTTGCATACTTTTACATGGTATGTTCATGGGGAGGTTACACCTTCATTA 794
Query 766 TCAATCTGATACCAATGCACGTGCTTTTGTGCATTGTAACTGGGCGATACTCTCCCCGAC 825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 TCAATCTGATACCAATGCACGTGCTTTTGTGCATTGTAACTGGGCGATACTCTCCCCGAC 854
Query 826 TGTACATTGCCTATGCTCCTTTGGTTGTGTTAGGCACACTGTTAGCTGCATTGGTGCCTG 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 855 TGTACATTGCCTATGCTCCTTTGGTTGTGTTAGGCACGTTGTTAGCGGCATTGGTGCCTG 914
Query 886 TTGTTGGTTTCAATGCGGTTTTGACTTCTGAACATTTTGCCTCGTTTTTGGTTTTCATCA 945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 915 TTGTTGGTTTCAATGCGGTTTTGACTTCTGAACATTTTGCCTCGTTTTTGGTTTTTATCA 974
Query 946 TCATCCACGTTGTAGCTCTTGTATACTACATCAAAGGCATTCTTTCTCCGAAAATGTTCA 1005
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 975 TCATCCACGTTGTAGCTCTCGTATACTACATCAAAGGCATTCTTTCTCCCAAAATGTTCA 1034
Query 1006 AAGTTGCTGTGACACTTGTTGTGTCTATCGGCATGGTTGTGTGTTTCATAGTTGTGGCAA 1065
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 AAGTTGCTGTGACACTTGTTGTGTCTATCGGCATGGTTGTGTGTTTCATAGTTGTGGCAA 1094
Query 1066 TTCTTGTGGCATTGGTGGCTTCAAGTCCAACAGGAGGATGGAGTGGTCGGAGTTTGAGTC 1125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1095 TTCTTGTGGCATTGGTGGCTTCAAGTCCAACAGGAGGATGGAGTGGTAGGAGTTTAAGTT 1154
Query 1126 TACTTGATCCAACTTATGCAAGCAAGTATATTCCAATTATTGCAAGTGTCAGTGAGCATC 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1155 TACTTGATCCAACTTATGCAAGCAAGTATATTCCAATTATTGCAAGTGTCAGTGAACATC 1214
Query 1186 AACCTCCAACTTGGCCATCTTATTTCATGGATATCAATGTTTTGGCTTTCTTGGTCCCTG 1245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 AACCTCCAACTTGGCCATCTTATTTCATGGATATCAATGTTTTGGCTTTCTTGGTCCCTG 1274
Query 1246 CTGGCATCATTGCGTGCTTTTCACCTCTATCTGATGCCAGCTCTTTTGTGGTCCTTTACA 1305
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 CTGGCATCATTGCGTGCTTTTCGCCTCTATCTGATGCCAGCTCTTTTGTGGTCCTTTACA 1334
Query 1306 TTGTAATGTCTGTATACTTTTCTGGAGTTATGGTTCGTCTCATGCTCGTGCTTGCTCCAG 1365
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1335 TTGTAATGTCTGTATACTTTTCTGGAGTTATGGTTCGTCTTATGCTCGTGCTTGCTCCAG 1394
Query 1366 CAGCATGCATCATGTCTGGGATTGCGCTCTCTCAAGCTTTTGATGTTTTCACGGGTTCCA 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 CAGCATGCATCATGTCTGGGATTGCGCTCTCTCAAGCTTTTGATGTTTTCACGGGTTCCA 1454
Query 1426 TCAAATACCAGTTAGGTGCATTGTCTAATTCCACAGATGATACAGAGGACAACACTTCCA 1485
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1455 TCAAATACCAGTTAGGCGCATCGTCTAATTCCACAGATGATGCAGAGGACAACACTTCCA 1514
Query 1486 CGAACAATGCCCCAAAAGATGATGCTTCTGCTGGTAAGACTGACAAGGGTGAAGAGATTG 1545
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 CGAACAATGCCCCAAAAGATGATGTTTCTGCTGGTAAGACTGACAAGGGTGAAGAGATTG 1574
Query 1546 TAAAAGAGCGGCCTTCCAAAAAGGGCAAGAAGAAAGAGAGAGAACCTGCTGATAAACCTT 1605
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1575 TAAAAGAGCGGTCTTCCAAAAAGGGCAAGAAGAAAGAGAGAGAACCGGCTGATAAACCTT 1634
Query 1606 CTGTTAAGTCTAAGATTAAGAAGAAGGCTCTTGTTTTGCCTCTTGAAGCCTCTATTGTTG 1665
|||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1635 CTGTTAAGGCCAAGATTAAAAAGAAGGCTCTTGTTTTGCCTCTTGAAGCCTCTATAGTTG 1694
Query 1666 CGCTTCTCCTCCTTATAATGTTGGGTGCTTTCTATGTGATCCATTGTGTTTGGGCAGCGG 1725
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1695 CGCTTCTTCTCCTTATAATGTTGGGTGCTTTCTATGTGATCCATTGTGTTTGGGCAGCTG 1754
Query 1726 CGGAAGCATATTCAGCTCCATCAATAGTTTTGACATCTCAGTCGCGTGATGGCCTACATG 1785
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1755 CAGAAGCATATTCAGCTCCATCAATAGTTTTGACATCTCAGTCACGTGATGGCCTACACG 1814
Query 1786 TCTTTGATGATTTTAGAGAGTCTTATGCATGGTTAAGCCATAATACTGATGTGGATGATA 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 TCTTTGATGATTTTAGAGAGTCTTATGCATGGTTAAGCCATAATACTGATGTGGATGATA 1874
Query 1846 AAGTGGCATCATGGTGGGACTATGGTTATCAGACGACAGCTATGGCTAATAGAACTGTTA 1905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1875 AAGTGGCATCATGGTGGGACTATGGTTATCAGACGACAGCTATGGCTAATAGAACTGTGA 1934
Query 1906 TTGTTGACAACAACACCTGGAATAATACTCACATTGCAACTGTTGGCACTGCAATGTCAT 1965
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 TTGTTGACAACAACACATGGAATAATACTCACATTGCAACTGTTGGCACTGCAATGTCAT 1994
Query 1966 CTCCAGAAAAGGCGGCATGGGAAATTTTCAACTCCTTGGATGTAAAATATGTTCTTGTCG 2025
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1995 CTCCAGAAAAGGCGGCGTGGGAAATTTTCAACTCCTTGGATGTGAAATATGTTCTTGTCG 2054
Query 2026 TCTTTGGTGGTCTTATTGGTTACCCAAGTGATGACATCAACAAGTTTCTGTGGATGGTTC 2085
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 TCTTTGGTGGTCTTATTGGTTACCCTAGTGATGACATCAACAAGTTTCTGTGGATGGTTC 2114
Query 2086 GTATTGGAGGCGGCGTATTCCCTCATATAAAGGAAGCTGATTATCTGAGAGATGGTCAAT 2145
|||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2115 GTATTGGAGGCGGCGTCTTTCCACATATAAAGGAAGCTGATTATCTGAGAGATGGGCAAT 2174
Query 2146 ACCGGATTGATTCGGAGGCCACTCCAACAATGTTGAACTGCCTTATGTACAAGCTCTCTT 2205
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2175 ACCGGATTGATTCTGAGGCCACTCCAACAATGTTGAACAGCCTTATGTACAAGCTCTCTT 2234
Query 2206 ACTACAGGTTTGTAGAGACAGATGGTAAAGGTTATGATCGGGTGAGGCGGACAGAGATTG 2265
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 ACTACAGGTTTGTAGAGACGGATGGTAAAGGTTATGATCGGGTGAGGCGGACAGAGATTG 2294
Query 2266 GGAAGAAGAATTTTAAGCTCACACATTTCGAAGAGGTTTTCACGAGTCACCATTGGATGG 2325
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GGAAGAAGCATTTTAAGCTTACACATTTCGAAGAGGTTTTCACGAGTCACCATTGGATGG 2354
Query 2326 TTCGGATATACAAGCTGAAACCTCCCAGGAACAGGATTCGTGGTAGAGCAAAGAAACTGA 2385
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2355 TTCGGCTATACAAGCTGAAACCTCCCAGGAACAGGATTCGTGGTAAAGCAAAGAAACTGA 2414
Query 2386 AATCGAAAACAAGCTCTGGATTGAGTTCAAAATCAGTGAAGAAGAACCCGTGGATCTAGA 2445
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2415 AATCGAAAACAAGCTCTGGATTGAGTTCAAAATCAGCGAAGAAGAACCCGTGGGTCTAGA 2474
Query 2446 AATCCTAGAATTTTCAATGTTGGATGGTGAGTTATTTGTCAACTCTTAGGTCTCTTTAAT 2505
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2475 AATCCTAGAATTTTCAATGTTGGATGGTGAGCTATATGTCAACTCTTAGGTCTCTTTATT 2534
Query 2506 ATCAAGAAAGTTGTTGCAGACGCAGTCAAGTTTCTGGTGTAGGATTCGTAAAA-TTTTGG 2564
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2535 ATCGAGAAAGTTGTTGCAGACGCAGTCAAGTTTCTGGTGTAGGATTCGTAAAAATTTTGT 2594
Query 2565 TAACTTTATTCGAATTTTATGTTTATTGCGGAGATTTTCAAGTACGGTGGCTAAAGTATC 2624
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2595 TAACTTTATTCGAATTTCATGTTTATTGCGGAGATTTTCAAGTACGGTAGCTAAAGTATC 2654
Query 2625 CATTTTACATTCACT 2639
||| |||||| ||||
Sbjct 2655 CATATTACATCCACT 2669
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131036055116
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5