BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488867
Length=2117
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G19740.1 | Symbols: | Peptidase M28 family protein | chr5:6... 3171 0.0
AT4G07670.1 | Symbols: | protease-associated (PA) domain-conta... 778 0.0
> AT5G19740.1 | Symbols: | Peptidase M28 family protein | chr5:6673933-6676859
FORWARD LENGTH=2191
Length=2191
Score = 3171 bits (1717), Expect = 0.0
Identities = 1964/2083 (94%), Gaps = 17/2083 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 ATGATTATCTAAGAAGAAGCTCCATTGATGTCGAAATCAAAACCTCTAGCCTTCATAGTC 62
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 27 ATGATTATCTAAGAAGAAGCCCCATTGATGTCGAAATCAAAATCTCTAGCCTTCGTAATC 86
Query 63 GCTGCTTTATCTTACTCCTTC-T-T-CCTCTTCTCTTCTTCACCAAAGTCTCACTACCAC 119
||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 87 GCTGCTTTATCTTACTCCTTCTTCTCCCTCTTCTCTTCTCCACCAAAGTCTCACTACCAC 146
Query 120 GAGCTCTTCCTCTCTGA-TTCCTTCTCCGACAACGCTTCCGTCGCTCTAAACCTCCGTAC 178
||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 147 GAGCTCTTCATCTC-CACTTCCTTCTCCGACAACGCTTCCGTCGCTCTAAACCTCCACAC 205
Query 179 CCTCACGCGCCGCCCTCATGTAGCCGGTACAGTAGCCAACGCTGAAGCAGCCGCATATGT 238
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 206 CCTCACGCGCCGCCCTCATGTAGCCGGTACAGTGGCCAACGCTGAAGCAGCGGAATATGT 265
Query 239 TCGCTCTGTTTTCACCTCCTCTGCTCTCAAATCACACGTTGTTACTTACCAAGTATCTCT 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||
Sbjct 266 TCGCTCTGTTTTCACCTCCTCTGCTCTCAAATCACACGTCGTTGCTTACCAAGTGTCTCT 325
Query 299 AACTTACCCAGTTCATCGCTCTTTGGTACTAACGCCCACAGAATCCGCAAAGCCGATCAC 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||
Sbjct 326 AACTTACCCAGTTCATCGCTCTTTGGTACTAACGCCGACAGACTCTGCAAAGCCAATCAC 385
Query 359 TTTCTTGCTGGAACAAGAACAAGC-CGGAGACAATCCTTATGCTAATGAAGTGATGCCTA 417
||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 TTTCTTGCTGGAACAAGAA-AAACTCGGAGACAATCCTTATGCTAATGAAGTGATGCCTA 444
Query 418 CTTTTCATGGATACGCTAAGTCAGGTAATGTTTCAGGTCCAGTGGTTTATGCAAACTATG 477
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CTTTTCATGGATACGCTAAGTCAGGTAACGTTTCAGGTCCAGTGGTTTATGCAAACTATG 504
Query 478 GACGAGTGGAAGATTTCTTGAGACTCAAGAAAGATATGGGTGTGAATGTCTCTGGAGCTG 537
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 505 GACGAGTGGAAGATTTCGTGAGACTCAAGAAAGATATGGGCGTGAATGTCTCTGGAGCCG 564
Query 538 TTGTAATCGCGAGGTACGGTCAGATATACAGAGGAGACATTGTGAAGAACGCTTACGAGG 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 TTGTAATCGCGAGGTACGGTCAGATATACAGAGGAGACATTGTGAAGAACGCTTACGAGG 624
Query 598 CAGGAGCTGTAGGTGTTGTGATATATACTGATAAGAGAGATTACGGCGGAGATGAGTGGT 657
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 CAGGAGCTGTAGGGGTTGTGATATATACTGATAAGAGAGATTACGGCGGAGATGAGTGGT 684
Query 658 TTCCGGCTAGTAAATGGATGCCACCGAGTGGGGTTCAGGTTGGTACTGTTTATAACGGGT 717
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 685 TTCCGGCGAGTAAATGGATGCCACCGAGTGGGGTTCAAGTTGGTACTGTTTATAATGGGT 744
Query 718 TAGGTGATCCAACGACTCCTGGGTGGGCAAGTGTTGATGGGTGTGAGAGATTGTCGGATG 777
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 745 TAGGTGATCCAACGACTCCTGGATGGGCAAGTGTTGATGGGTGTGAGAGATTATCGGACG 804
Query 778 AGGCGGTTGAATTGAGCGGTGATGTTCCGCTTATACCGTCGTTGCCTGTCTCGGCTGCTG 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 805 AGGCGGTTGAATTGAGCGGTGATGTTCCGCTTATACCGTCGTTGCCTGTCTCAGCTGCTG 864
Query 838 ATGCAGAAGTGATTTTGAAGACGGTTGTCGGAGATGTTGGTGATGGAGATATTTATCCAG 897
|||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 865 ATGCTGAAGTGATTCTGAAGACAGTTGTTGGAGATGTTTCTGATGGAGATGTTTATCCAG 924
Query 898 TGGGGCCTGGACCTGGAATCTTGAACCTGAGTTATACTGGGGAAACTGTTATAGCCCAGA 957
|||||||||||||||| |||||||||| || || | ||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 925 TGGGGCCTGGACCTGGGGTCTTGAACCTCAGCTACATTGGGGAAACTGTTATTGCCAAGA 984
Query 958 TTGAGAATGTTATTGGAGTGATTGAAGGAGAAGAAGAGCCTGATAGATATGTGATTCTTG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 TTGAGAATGTTATTGGAGTGATTGAAGGAGAAGAAGAGCCTGATAGATATGTGATTCTTG 1044
Query 1018 GGAGCCATAGAGACGCTTGGACTTTTGGAGCTGTTGACCCGAACAGTGGCACTGCGGTAC 1077
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 GGAACCATAGAGACGCTTGGACTTTTGGAGCTGTTGATCCGAACAGTGGCACTGCGGTAC 1104
Query 1078 TTTTGGAGATTGCACAAAGACTAGATAAGCTGCAGAAAAGAGGATGGAAGCCTCGACGGA 1137
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1105 TTATGGAGATTGCACAAAGACTAGATAAGCTGCAGAAAAGAGGATGGAAGCCTCGAAGGA 1164
Query 1138 CGATTATTCTGTGCAATTGGGATGCTGAGGAGTATGGCCTGATTGGGTCAACAGAATGGG 1197
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 CGATTATTCTGTGTAATTGGGATGCTGAGGAGTATGGCCTGATTGGGTCAACAGAATGGG 1224
Query 1198 TAGAAGAAAACAGAGAGATGCTAACATCAAGAGCAGTGGCCTACCTGAATGTAGATTGTG 1257
|||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1225 TAGAAGAAAATAGAGAGATGTTAAGTTCGAGAGCAGTGGCCTACTTGAATGTAGATTGTG 1284
Query 1258 CGGTATCTGGCCCCGGATTTCATGCCTCAGCAACTCCACAACTCGATGAATTGATAAAAA 1317
||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1285 CGGTATCTGGCCCTGGATTTCATGCCTCTGCGACTCCACAACTAGATGAATTGATCAAAG 1344
Query 1318 TAGCTGCTCAAGAGGTCCGGGATCCAGATAACGCAGCGCAAACAATCTATGATTCGTGGA 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1345 TAGCTGCTCAAGAGGTCCGGGATCCAGATAACGCAACGCAAACAATCTATGAATCGTGGA 1404
Query 1378 TAGGATCAAGTAACTCTGTTGTGATC-GGAAGATTAGGGGGCGGAGGTTCGGATTACGCA 1436
|||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1405 TAGGATCAAGCGACTCTGTTGTAATCAGG-AGATTAGGGGGCGGAGGTTCGGATTATGCA 1463
Query 1437 TCATTTGTACAACATGTTGGCGTTCCAGGAGTTGACATGTCCTTTGGAGGAGGCTATCCA 1496
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1464 TCATTTGTACAACATGTTGGTGTTCCAGGAGTTGACATGTCCTTTGGACGAGGCTATCCA 1523
Query 1497 GTCTATCACTCTATGTATGATGACTTCACTTGGATGGAAAAATTTGGAGACCCTATGTTT 1556
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||
Sbjct 1524 GTATATCACTCTATGTATGATGACTTCACTTGGATGGAAAAGTTTGGTGATCCGATGTTT 1583
Query 1557 CAGCGACATGTCGCAATGGCTAGTGTTCTTGGTTTGGTCGCTCTTCGGTTAGCAGACGAG 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1584 CAGCGACATGTCGCAATGGCTAGTGTTCTTGGTTTGGTCGCTCTTCGGTTAGCAGATGAG 1643
Query 1617 GAAATCT-TACCATTCAACTATACTTCCTATGCACTAGAACTCAAGAAAAGCGCGGAAGA 1675
||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 GAAAT-TATACCATTCAACTATACTTCCTATGCATTAGAACTCAAGAAAAGCGCGGAAGA 1702
Query 1676 TTTGGAGAATGAGAAGTTAGGCCATAACATATATGTATATCCATTGATAAAATCGATCGA 1735
||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | | | ||||| || ||||| ||
Sbjct 1703 TTTGGAGAATGAGAAGTTAGGACATAACATAGATGTTTCTACGTTGATCAAGTCGATAGA 1762
Query 1736 AGATCTATCTACGGCTGCACAATATATAAACATAGAGAAAGAGGCAGTTAAAGGAGCTTT 1795
||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1763 AGATCTATCTACGGCTGCAAAACATATATCCCTAGAGAAAGAGGCAATTAAAGGAGCTCT 1822
Query 1796 TAAAGTGAGAGAGCTTAATGACAGATTAATGATGGCGGAACGAGCTTTAACAGACCGAGA 1855
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 TAAAGTGAGAGAGCTTAATGACAGATTAATGATGGCAGAACGAGCTTTAACAGACCGAGA 1882
Query 1856 TGGACTCTCTGAAAGACCATGGTACAAGCATTTGATATACGGACCATCGAAGTACGATGA 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 TGGACTCTCTGAAAGACCATGGTACAAGCATTTGATATACGGACCATCGAAGTACGATGA 1942
Query 1916 CTACGGTTACGGATCGAAATCATTCCCTGGAGTTGATGATGCAGTTGACAATGCAAAGAA 1975
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1943 CTACGG--A----TCGAAATCATTCCCTGGAGTTGATGATGCAATTGACAATGCAAAGAA 1996
Query 1976 GCTAAACACAAAAGCATCTTGGGAAAATGTTCAACACCAGATTTGGAGAGTCTCTAGAGC 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997 GCTAAACACAAAAGCATCTTGGGAAAATGTTCAACACCAGATTTGGAGAGTCTCTAGAGC 2056
Query 2036 TATAAGACAAGCATCACTTGTCTTAAAAGGTGAACTGAGATGA 2078
||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2057 TATTAGACATGCTTCACTTGTTTTAAAAGGTGAACTGATATGA 2099
Score = 62.1 bits (33), Expect = 2e-08
Identities = 37/39 (95%), Gaps = 0/39 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2079 TTGCATCAGCACAATGATGTGAACATAATGAAGACAGAT 2117
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2117 TTGCTTCAGCACAATGATGTGAACATAATGAAGGCAGAT 2155
> AT4G07670.1 | Symbols: | protease-associated (PA) domain-containing
protein | chr4:4462911-4464256 FORWARD LENGTH=843
Length=843
Score = 778 bits (421), Expect = 0.0
Identities = 669/776 (86%), Gaps = 68/776 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 424 ATGGATACGCTAAGTCAGGTAATGTTTCAGGTCCAGTGGTTTATGCAAACTATGGACGAG 483
|||||||| ||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATACCCTAAGTCAGGTAA-G--TC---T--AGTGGTTTATGCAAACTATGGACGAG 52
Query 484 TGGAAGATTTCTTGAGACTCAAGAAAGATATGGGTGTGAATGTCTCTGGAGCTGTTGTAA 543
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 53 TGGAAGATTTCGTGAGACTCAAGAAAGATATGGGTGTGAATGTCTCTGGAGCCGTTGTAA 112
Query 544 TCGCGAGGTACGGTCAGATATACAGAGGAGACATTGTGAAGAACGCTTACGAGGCAGGAG 603
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 113 TCGCGAGGTACGGTCAGATATACAAAGTAGACATTGTGAACAACGCTTACGAGGCAGGAG 172
Query 604 CTGTAGGTGTTGTGATATATACTGATAAGAGAGATTACGGCGGAGATGAGTGGTTTCCGG 663
|||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 173 CTGTCGGTGTTGTGATATATACAAACAAGAGAGATTACGGTGGAGATGAGTGGTTTCCGG 232
Query 664 CTAGTAAATGGATGCCACCGAGTGGGGTTCAGGTTGGTACTGTTTATAACGGGTTAGGTG 723
| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 233 CGAGTAAATGGATGCCACCGAGTGGGTTTCAAGTTGGTACTGTTTATAATGGGTTAGGTG 292
Query 724 ATCCAACGACTCCTGGGTGGGCAAGTGTTGATGGGTGTGAGAGATTGTCGGATGAGGCGG 783
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 293 ATCCAACGACTCCTGGATGGGCAAGTGTTGATGGGTGTGAGAGATTATCCGACGAGGCGG 352
Query 784 TTGAATTGAGCGGTGATGTTCCGCTTATACCGTCGTTGCCTGTCTCGGCTGCTGATGCAG 843
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 353 TTGAATTGAGCGGTGATGTTCCGCTTATACCGTCGTTGCCTGTCTCAGCTGCTGATGCTG 412
Query 844 AAGTGATTTTGAAGACGGTTGTCGGAGATGTTGGTGATGGAGATATTTATCCAGTGGGGC 903
|||||||| ||||||| | || | | | ||||||| |||||||
Sbjct 413 AAGTGATTCTGAAGAC---------A-AT-T-G-T--TGGAGAT---------GTGGGGC 448
Query 904 CTGGACCTGGAATCTTGAACCTGAGTTATACTGGGGAAACTGTTATAGCCCAGATTGAGA 963
|||||||||| |||||||||||||| || | | | || | || ||||| |||
Sbjct 449 CTGGACCTGGGATCTTGAACCTGAGCTACA-TAG------TG--A---CCAAGATTCAGA 496
Query 964 ATGTTATTGGAGTGATTGAAGGAGAAGAAGAGCCTGATAGATATGTGATTCTTGGGAGCC 1023
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 497 ATGTTATTGGAGTGATTGAGGGAGAAGAAGAGCCTGATAGATATGTGATTCTTCGAAACC 556
Query 1024 ATAGAGACGCTTGGACTTTTGGAGCTGTTGACCCGAACAGTGGCACTGCGGTACTTTTGG 1083
|||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 557 ATAGAGACACTTGGACTTTCAGAGCTGTTGATCCGAACAGTGGCACTGCGGTACTTATGG 616
Query 1084 AG---A-T-----T-----GCA-CA-A----A----GACTAGATAAGCTGCAGAAAAGAG 1119
|| | | | ||| || | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 617 AGGCGAGTAAAAGTTATCTGCAACATATTGCACAAAGACTAGATAAGCTGCAGAAAAGAG 676
Query 1120 GATGGAAGCCTCGACGGACGATTATTCTGTGCAATTGGGATGCTGAGGAGTATGGC 1175
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 GATGGAAGCCTCGAAGGACGATTATTCTGTGTAATTGGGATGCTGAGGAGTATGGC 732
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104969339595
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5