BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488981
Length=4152
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G20730.1 | Symbols: NPH4, MSG1, IAA21, ARF7, TIR5, BIP | Tra... 6608 0.0
> AT5G20730.1 | Symbols: NPH4, MSG1, IAA21, ARF7, TIR5, BIP | Transcriptional
factor B3 family protein / auxin-responsive factor
AUX/IAA-related | chr5:7016470-7022113 REVERSE LENGTH=4341
Length=4341
Score = 6608 bits (3578), Expect = 0.0
Identities = 3992/4182 (95%), Gaps = 67/4182 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCTT-AGttttgtttttctctttcgattctttttccagatttctttttATAGAAACCCGT 59
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 109 CCTTAAGTTTTGTTTTTCTCTTTCGATTCATTTTCCAGATTTCTTTTTATAGAAACCCGT 168
Query 60 CTC-----TTTGATT--CCCCAAGAAAGGAAAGGAAAGCAAAGAAGAGCAGCTAAATCAA 112
||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 169 CTCTTTGATTTGATTCCCCCCAAGAAAGGAAAGCAAAACAAAGAAGAGCAGCTGAATCAA 228
Query 113 GTAACTTTGCGGGT-TTTTTGAATTATCTGACTTTAGTTGAAGAGCTTCGTTAAAAACGG 171
||||||||| |||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||
Sbjct 229 GTAACTTTGTGGGTGTTTTTGAATTATCTGACTCGAGATAAAGAGCTTCGTTAAAAACGG 288
Query 172 AATCTTTTTTAAGGTCGTATGCTTTATTTGTCTCTCCGGAGATTCCGCGTGTGAAAAGTC 231
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 AATCTTTTTTAAGGTCGTATGCTTTGTTTGTCTCTCCGGAGATTCCGCGTGTGAAAAGTC 348
Query 232 GTGGTTTTTGATCTCTTTGAGATACTTAAAATTTCCGAGAAATTGGCGGCTCTGTCGGAG 291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 GTGGTTTTTGATCTCTTTGAGATACTTAAAATTTCCGAGAAATTGGCGGCTCTGTCGGAG 408
Query 292 ATAAAAAGCAGAGATCTTGGAGTTCCCCATTTCTGATTAACGATTCTTTCTTTCTGCTGT 351
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 409 ATAAAAAGCTGAGATCTTGGAGTTCCCCATTTCTGATTAACGATTC--TC--TCTGCTGT 464
Query 352 AACTTGAGCTAGAAAGCTAGAAAGAACTTGAGTGAAAGTTTAGGGCTTTTGATGAAGCTC 411
||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 TACTTGAGCTAGGAAGCTATTAACAACTTGAGTGAAAGTTTAGGGCTTTTGATGAAGCTC 524
Query 412 TCACGCAAAGAGCTTAGCTTTGTATAAGCTCAGATTCAGATT-CTTA--------ATTCT 462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 525 TCACGCAAAGAGCTTAGCTTTGTATAAGCTCAGATTCAGATTATTTATTGGGTTTATTCT 584
Query 463 TCAGAGAAAGTAAAGTTCAGTGATCATGAAAGCTCCTTCATCAAATGGAGTTTCTCCTAA 522
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 TCAGAGAAAGTAAAGTTGAGTGATCATGAAAGCTCCTTCATCAAATGGAGTTTCTCCTAA 644
Query 523 TCCTGTTGAAGGAGAAAGGAGAAATATAAACTCAGAACTATGGCACGCTTGTGCCGGGCC 582
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 645 TCCTGTTGAAGGAGAAAGGAGAAATATAAACTCAGAGCTATGGCACGCTTGTGCTGGGCC 704
Query 583 ACTGATTTCGTTGCCTCCAGCAGGAAGTCTTGTTGTTTACTTCCCTCAAGGTCACAGTGA 642
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 ATTGATTTCGTTGCCTCCAGCAGGAAGTCTTGTTGTTTACTTCCCTCAAGGTCACAGTGA 764
Query 643 GCAAGTCGCCGCTTCAATGCAGAAGCAGACTGATTTCATACCAAGCTACCCGAATCTTCC 702
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 765 GCAAGTCGCGGCTTCAATGCAGAAGCAGACTGATTTCATACCAAGTTACCCGAATCTTCC 824
Query 703 TTCCAAGCTCATATGCATGCTCCACAATGTTACTCTGAATGCTGATCCTGAGACGGATGA 762
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 TTCCAAGCTCATATGCATGCTCCACAATGTTACACTGAATGCTGATCCTGAGACGGATGA 884
Query 763 GGTCTATGCGCAGATGACTCTTCAGCCAGTAAACAAATATGACAGAGATGCATTGCTTGC 822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 GGTCTATGCGCAGATGACTCTTCAGCCAGTAAACAAATATGACAGAGATGCATTGCTTGC 944
Query 823 TTCTGACATGGGTCTTAAGCTAAACAGACAGCCTAATGAATTTTTCTGCAAAACCCTCAC 882
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 TTCTGACATGGGTCTTAAGCTAAACAGACAACCTAATGAATTTTTCTGCAAAACCCTCAC 1004
Query 883 GGCGAGTGACACAAGTACTCACGGTGGATTTTCTGTACCCCGACGAGCAGCGGAGAAAAT 942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1005 GGCGAGTGACACAAGTACTCACGGTGGATTTTCTGTACCCCGACGAGCTGCTGAGAAAAT 1064
Query 943 CTTTCCTGCTCTGGATTTCTCGATGCAACCACCTTGTCAGGAGCTTGTTGCTAAGGATAT 1002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 CTTTCCTGCTCTGGATTTCTCGATGCAACCACCTTGTCAGGAGCTTGTTGCTAAGGATAT 1124
Query 1003 TCACGACAACACATGGACATTCAGACATATTTATCGAGGTCAACCAAAAAGGCACTTGCT 1062
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 TCATGACAACACATGGACTTTCAGACATATTTATCGAGGTCAACCAAAAAGGCACTTGCT 1184
Query 1063 GACTACAGGCTGGAGTGTGTTTGTCAGTACAAAAAGGCTCTTTGCTGGAGACTCTGTTCT 1122
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 AACTACAGGCTGGAGTGTGTTTGTCAGCACGAAAAGGCTCTTTGCTGGAGACTCTGTTCT 1244
Query 1123 TTTTATAAGAGATGGAAAGGCGCAACTTCTGTTGGGTATAAGACGTGCGAATAGACAACA 1182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1245 TTTTATAAGAGATGGAAAGGCGCAACTTCTGTTGGGGATAAGACGTGCAAATAGACAACA 1304
Query 1183 GCCTGCGCTTTCTTCATCTGTAATATCAAGTGATAGCATGCACATCGGAGTTCTTGCTGC 1242
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1305 GCCTGCACTTTCTTCATCTGTAATATCAAGTGATAGCATGCACATCGGAGTTCTTGCAGC 1364
Query 1243 TGCAGCTCATGCTAATGCTAATAACAGCCCTTTCACCATTTTCTACAACCCAAGGTGGGC 1302
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1365 TGCAGCTCATGCTAATGCTAATAACAGTCCTTTCACCATTTTCTACAACCCGAGGTGGGC 1424
Query 1303 TGCTCCTGCTGAGTTTGTGGTTCCTTTAGCCAAGTATACCAAAGCGATGTACGCTCAAGT 1362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 TGCTCCTGCTGAGTTTGTGGTTCCTTTAGCCAAGTATACCAAAGCGATGTACGCTCAAGT 1484
Query 1363 TTCCCTGGGTATGCGGTTTAGGATGATATTTGAGACTGAAGAATGTGGAGTTCGTCGGTA 1422
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 TTCCCTCGGTATGCGGTTTAGAATGATATTTGAGACTGAAGAATGTGGAGTTCGTCGGTA 1544
Query 1423 TATGGGTACAGTTACCGGTATAAGTGATCTTGATCCAGTGAGATGGAAAAATTCTCAGTG 1482
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1545 TATGGGTACAGTTACCGGTATCAGTGATCTTGATCCAGTGAGATGGAAAAACTCTCAGTG 1604
Query 1483 GCGGAATCTTCAGATTGGATGGGATGAGTCAGCTGCTGGTGATCGGCCCAGTCGAGTTTC 1542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1605 GCGGAATCTTCAGATTGGATGGGATGAGTCAGCTGCTGGTGATAGGCCCAGTCGAGTTTC 1664
Query 1543 AGTTTGGGACATTGAACCGGTTTTAACTCCTTTCTACATATGTCCTCCTCCATTTTTTCG 1602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1665 AGTTTGGGACATTGAACCGGTTTTAACTCCTTTCTACATATGTCCTCCTCCATTTTTCCG 1724
Query 1603 ACCTCGCTTTTCTGGACAACCCGGAATGCCAGATGATGAGACTGACATGGAATCTGCACT 1662
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1725 ACCTCGCTTTTCTGGACAACCTGGAATGCCAGATGATGAGACTGACATGGAGTCTGCACT 1784
Query 1663 GAAGAGAGCAATGCCATGGCTTGATAATAGCTTAGAGATGAAAGACCCTTCGAGTACGAT 1722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1785 GAAGAGAGCAATGCCATGGCTTGATAATAGCTTAGAGATGAAAGACCCTTCGAGTACTAT 1844
Query 1723 ATTTCCTGGTCTGAGTTTAGTTCAGTGGATGAATATGCAGCAGCAGAACGGCCAGTTACC 1782
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1845 CTTTCCTGGTCTGAGTTTAGTTCAGTGGATGAATATGCAGCAGCAGAACGGCCAGCTACC 1904
Query 1783 ATCTGCTGCTGCACAGCCAGGTTTCTTCCCGTCAATGCTTTCGCCAACCGCGGCGCTGCA 1842
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 CTCTGCTGCTGCACAGCCAGGTTTCTTCCCATCAATGCTTTCGCCAACCGCGGCGCTGCA 1964
Query 1843 CAACAATCTTGGCGGCACTGATGATCCCTCCAAGTTACTGAGCTTTCAGACGCCGCAAGG 1902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1965 CAACAATCTTGGCGGCACTGATGATCCCTCCAAGTTACTGAGCTTTCAGACGCCGCACGG 2024
Query 1903 GGGGATTTCCTCATCAAATCTCCAATTTAACAAACCA-AACCCGCAAGCCCCAATGTCCC 1961
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||| |
Sbjct 2025 GGGGATTTCCTCCTCAAATCTCCAATTTAACAAA-CAGAATCAGCAAGCCCCAATGTCTC 2083
Query 1962 AGTTGCCTCAGCCACCAACTACGTTGTCCCAACAACAGCAGCTGCAGCAATTGTTGCACT 2021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084 AGTTGCCTCAGCCACCAACTACGTTGTCCCAACAACAGCAGCTGCAGCAATTGTTGCACT 2143
Query 2022 CCTCTTTGAACCATcagc-a-a-caa---ca---tcaac-a-a-caacaacaacaacagt 2069
|||||||||||||||| | | | ||| || ||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 2144 CCTCTTTGAACCATCAACAACAGCAATCGCAGTCTCAACAACAGCAACAACAACAACAGT 2203
Query 2070 tgcagcagcagcaacaacaattgcagtctcaacaacacagcaacaataatcaatcgcagt 2129
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2204 TGCTGCAGCAGCAACAACAATTGCAGTCTCAACAACACAGCAACAACAATCAATCGCAGT 2263
Query 2130 ctcaacaacaacaacaattgctgcagcagcaacaacaacaattactgcagcaacaacatc 2189
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2264 CTCAGCAACAACAACAATTGCTCCAGCAGCAACAACAACAACAACTGCAGCAACAACATC 2323
Query 2190 aacaaccgttacagcaacagactcagcagcagcagcagcagcagcTAAGAACGCAGCCAT 2249
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2324 AACAACCGTTACAGCAACAGACT---------CAGCAGCAGCAGCTAAGAACACAGCCAT 2374
Query 2250 TGCAATCTCACTCGCATCACCAGCCACAGCCACAACAGTTACAACAACATAAGTTGCAGC 2309
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2375 TGCAATCTCACTCGCAT------CCACAGCCACAACAGTTACAACAACATAAGTT---GC 2425
Query 2310 AGCAACTTCAGCTTCCGCAGAATCAGCTTTACAATGGTCAACAAGCAGCGCAGCAGCTTC 2369
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2426 AGCAACTTCAGGTTCCACAGAATCAGCTTTACAATGGTCAACAAGCAGCGCAGCAGCATC 2485
Query 2370 AGGT-GCAACAAGTATCTACACATCATTTGCAACCACAATTAGTTTCGGGATCAATGGCA 2428
| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2486 A-GTCGCAACAAGCATCTACACATCATTTGCAACCACAATTAGTTTCGGGATCAATGGCA 2544
Query 2429 AGCAGTGTTATCACGCCTCCGCCCAGCTCCCTTAATCAAAGCTTTCAACAG---CAACAA 2485
|||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2545 AGCAGTGTCATCACGCCTCCGTCCAGCTCCCTTAATCAAAGCTTTCAACAGCAACAACAA 2604
Query 2486 CAGTCTAAGCAGCTTCCACAAGCACATCACCATTTAGGTGCTAGCACTAGCCAGAGTAGT 2545
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 CAGTCTAAGCAACTTCAACAAGCACATCACCATTTAGGTGCTAGCACTAGCCAGAGTAGT 2664
Query 2546 GTAATTGAAACCAGCAAGTCTTCATCCAATCTGATGTCCGCGCCGCCGCAAGAGACACAG 2605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2665 GTAATTGAAACCAGCAAGTCTTCATCCAATCTGATGTCCGCACCGCCGCAAGAGACACAG 2724
Query 2606 TTTCCACGACAAGTAGAACAGCAGCAGCCTCCTGGTCTCAACGGGCAGAATCAGCAAACA 2665
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2725 TTTTCACGACAAGTAGAACAGCAGCAGCCTCCTGGTCTCAACGGGCAGAATCAGCAAACA 2784
Query 2666 CTTTTGCAGCAGAAAGCTCACCATGCACAGGCCCAACAGATATTCCAGCAGAGTCTCTTG 2725
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2785 CTTTTGCAGCAGAAAGCTCACCAGGCACAGGCCCAACAGATATTCCAGCAGAGTCTCTTG 2844
Query 2726 GAACAGCCGCATTTACAGTTTCAGCTGTTGCAGAGATTACAACAGCAACAGCAACAGCAG 2785
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2845 GAACAGCCGCATATACAGTTTCAGCTGTTACAGAGATT-----A-CAACAGCAACAGCAG 2898
Query 2786 CAGCAATTTCTTTCGCCGCAGTCTCAGTTACCACACCATCAATTGCAAAGCCAGCAGTTG 2845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2899 CAGCAATTTCTTTCGCCGCAGTCTCAGTTACCACACCATCAATTGCAAAGCCAGCAGTTG 2958
Query 2846 CAACAGCTGCCTCCTCTCTCTCAAGGTCATCAGTTTCCGTCATCCTGCACTAACAATGGC 2905
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2959 CAACAGCTGCCTACTCTCTCTCAAGGTCATCAGTTTCCGTCATCTTGCACTAACAATGGC 3018
Query 2906 TCATCGACGTTGCAACCACCTCAAATGCTGGTGAGCCGGCCTCAGGAAAAACAAAACCCA 2965
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3019 TTATCGACGTTGCAACCACCTCAAATGCTGGTGAGCCGACCTCAGGAAAAACAAAACCCA 3078
Query 2966 CCGGTTGGAGGAGGGGTCAAAGCTTATTCAGGCATCACAGATGGAGGAGATGCACCTTCC 3025
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3079 CCGGTTGGGGGAGGGGTCAAAGCTTATTCAGGCATCACAGATGGAGGAGATGCACCTTCC 3138
Query 3026 TCTTCAACCTCGCCTTCCACCAACAACTGTCAGATCTCTTCTTCAGGCTTTCTCAACAGA 3085
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3139 TCTTCAACGTCGCCTTCCACCAACAACTGTCAGATCTCTTCTTCAGGCTTTCTCAACAGA 3198
Query 3086 AGCCAAAGTGGGCCAGCGATCTTGATACCTGATGCAGCGATTGATATGTCTGGTAATCTT 3145
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3199 AGCCAAAGCGGGCCAGCGATCTTGATACCTGATGCAGCGATTGATATGTCTGGTAATCTT 3258
Query 3146 GTTCAGGATCTTTACAGCAAGTCCGATATGCGACTAAAACAAGAACTTGTGGGTCAGCAA 3205
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3259 GTTCAGGATCTTTACAGCAAATCCGATATGCGGCTAAAACAAGAACTCGTGGGTCAGCAA 3318
Query 3206 AAGTCCAAAGCTAGTTTAACAGATCATCAACTAGAAGCATCTGCCTCTGGAACTTCTTAC 3265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3319 AAGTCCAAAGCTAGTTTAACAGATCATCAACTAGAAGCATCTGCCTCTGGAACTTCTTAC 3378
Query 3266 GGTTTAGATGGAGGCGACAACAACAAACAACAGAATTTCTTGGCTCCAACTTTTGGCCTT 3325
||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3379 GGTTTAGATGGAGGCGAAAACAACAGACAACAAAATTTCTTGGCTCCAACTTTTGGCCTT 3438
Query 3326 GACGGTGATTCCAGGAACAGCTTGCTCGGTGGAGCTAATGTTGATAATGGCTTTGTTCCT 3385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3439 GACGGTGATTCCAGGAACAGCTTGCTCGGTGGAGCTAATGTTGATAATGGCTTTGTGCCT 3498
Query 3386 GACACGTTACTCTCGAGGGGATACGACTCCCAGAAAGATCTCCAGAACATGCTTTCAAAC 3445
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3499 GACACGCTACTCTCGAGGGGATATGACTCCCAGAAAGATCTTCAGAACATGCTTTCAAAC 3558
Query 3446 TATGGAGGAGTGACAAATGACATTGGTACAGAGATGTCTACTTCAGCTGTAAGAACTCAA 3505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3559 TATGGAGGAGTGACAAATGACATTGGTACAGAGATGTCTACTTCAGCTGTAAGAACTCAA 3618
Query 3506 TCTTTTGGTGTCCCCAATGTGCCCGCCATTTCAAATGATCTAGCTGTCAACGATGCTGGA 3565
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3619 TCTTTTGGTGTCCCCAATGTGCCCGCCATTTCGAACGATCTAGCTGTCAACGATGCTGGA 3678
Query 3566 GTTCTGGGTGGTGGATTGTGGCCAGCTCAGACTCAGCGAATGCGAACTTATACAAAGGTT 3625
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3679 GTTCTTGGTGGTGGATTGTGGCCAGCTCAGACTCAGCGAATGCGAACTTATACAAAGGTG 3738
Query 3626 CAAGAACGAGGTTCAGTGGGGAGATCAATAGACGTCAACCGTTACAGAGGTTACGATGAG 3685
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3739 CAAAAACGAGGCTCAGTGGGGAGATCAATAGACGTCAACCGTTACAGAGGTTACGATGAG 3798
Query 3686 CTGAGGCATGATCTAGCGCGCATGTTTGGGATCGAAGGACAGCTTGAAGATCCGCAAACA 3745
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 3799 CTGAGGCATGATCTAGCGCGCATGTTTGGGATCGAAGGACAGCTCGAAGATCCTCAAACA 3858
Query 3746 TCTGACTGGAAACTTGTTTATGTCGATCAAGAAACCGACATCCTCCTCGTTGGCGATGAT 3805
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3859 TCTGACTGGAAACTTGTTTATGTCGATCATGAAAATGACATCCTCCTCGTCGGCGATGAT 3918
Query 3806 CCATGGGAGGAATTCGTGAACTTTGTTCAGAGCCTTAAGATCCTTTCATCAGCTGAGGTT 3865
|||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3919 CCATGGGAAGAATTCGTAAACTGTGTTCAGAGCATTAAGATCCTTTCATCAGCTGAGGTT 3978
Query 3866 CAACAGATGAGCTTGGACGGGAACTTTGCCGGTGTACCAGTTACTAATCAAGCTTGTAGT 3925
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3979 CAGCAGATGAGCTTAGACGGGAACTTTGCCGGTGTACCAGTTACTAATCAAGCTTGTAGT 4038
Query 3926 GGCGGTGACAGTGGCAATGCTTGGAGAGGTCATTATGATGATAATTCAGCCACCTCGTTT 3985
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 4039 GGCGGTGACAGTGGCAATGCTTGGAGAGGTCATTATGATGATAACTCAGCCACTTCGTTT 4098
Query 3986 AACAGGTGAAGGCAGAAGGGATCTCTCACAGACAAAGATTCTTTTTTCTTCGTTTTGTAA 4045
||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4099 AACCGGTGATGGCAGAAGAGTTCTCTCACAGACAAAGATTCTTTTTTCTTCGTTTTGTAA 4158
Query 4046 TATAGCTTCTCTTTGATAACATGTCTCAAGTTTCCACTGGGCACTGTAGAGCATTTACCT 4105
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4159 TATAACTTCTCGTTGATAACATGTCTCAAGTTTCCACTGGGCACTGTAGAGCATTTACCT 4218
Query 4106 GTAAAATATCTTTCACTAAGTTTACAAG-ATGATTTCATTTG 4146
|||||||||||| ||||||||||||| | | ||||| |||||
Sbjct 4219 GTAAAATATCTTCCACTAAGTTTACACGGA-GATTTTATTTG 4259
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 206938639875
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5