BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489009
Length=2844
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G20980.1 | Symbols: ATMS3, MS3 | methionine synthase 3 | chr... 4024 0.0
AT5G20970.1 | Symbols: | HSP20-like chaperones superfamily pro... 505 1e-141
> AT5G20980.1 | Symbols: ATMS3, MS3 | methionine synthase 3 | chr5:7124156-7128359
REVERSE LENGTH=2686
Length=2686
Score = 4024 bits (2179), Expect = 0.0
Identities = 2372/2465 (96%), Gaps = 14/2465 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATAAAAATGGGTCAGCTCGCTCTACAGAGACTCCCGCCGTTAGCTTCGCTTCCAAGACGT 60
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATAAAAATGGGTCAGCTCGCTCTTCAGAGACTCCAGCCGTTAGCTTCGCTTCCAAGACGC 60
Query 61 CCTCCTTCTCTTCCGCCA-C--CTTC-CCT-C-CCTTGCGCAACCGTCT-C-CCGCCGCC 112
||||||||||| |||||| | |||| || | || | | | || | | | | |||||
Sbjct 61 CCTCCTTCTCTCCCGCCACCGTCTTCAGCTACTCCGT-C-CCTCCCT-TGCGCAACCGCC 117
Query 113 -CCCTCCGTCCCGGATTCTACGTCGCCAGAGCAATGTCATCCCACATCGTTGGGTATCCT 171
| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TCTCGCCGCCCCCGATTCTACGTCGCCAGAGCAATGTCATCCCACATCGTTGGGTATCCT 177
Query 172 CGTATTGGACCGAAGAGAGAGCTTAAGTTTGCCTTGGAGTCCTTCTGGGATGGGAAAACC 231
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CGTATTGGACCGAAGAGAGAGCTTAAGTTTGCATTGGAGTCCTTCTGGGATGGGAAAACC 237
Query 232 AGTGTTGATGATTTGCAAAATGTTGCTGCCAA-CGTGAGAAAATCCATTTGGAAACATAT 290
| ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 238 AATGTTGATGATTTGCAAAATGTTGCTGCTAATC-TGAGAAAATCGATTTGGAAACATAT 296
Query 291 GGCTGATACAGGAATCAAATATATTCCCAGCAATTCCTTTTCATACTATGATCAGATGTT 350
|||| || | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GGCTCATGCTGGAATCAAATATATTCCCAGCAATACTTTTTCATACTATGATCAGATGTT 356
Query 351 GGATACCACAGCGATGCTTGGTGCTGTTCCCTCTAGATATGGTTGGGAAAGTGGTGAGAT 410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 GGATACCACAGCGATGCTTGGTGCTGTTCCCTCTAGATATGGTTGGGAAAGTGGTGAGAT 416
Query 411 CGGGTTTGATATTTACTTCTCCATGGCACGGGGAAATGCGTCTGTTCCTGCTATGGAAAT 470
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 417 TGGGTTTGATGTTTACTTCTCCATGGCACGGGGAAATGCTTCTGCTCATGCTATGGAAAT 476
Query 471 GACTAAGTGGTTTGATACCAACTACCATTACATTGTTCCTGAGTTGGGTCCTGATGTCAA 530
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 477 GACCAAGTGGTTTGATACCAACTACCATTACATTGTTCCTGAGTTGGGTCCTGACGTCAA 536
Query 531 ATTCTCCTATGCATCTCACAAAGCTGTGGTTGAATTTAAGGAGGCGAAAGCACTTGGGAT 590
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 537 TTTCTCCTATGCATCTCACAAGGCTGTGGTTGAATTTAAGGAGGCGAAAGCACTTGGCAT 596
Query 591 AGACACAGTTCCTGTGCTCATTGGTCCCATGACCTACTTGCTCCTGTCAAAACCAGCAAA 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 AGACACAGTTCCTGTGCTCATTGGTCCCATGACCTACTTGCTCCTGTCAAAACCAGCAAA 656
Query 651 GGGTGTTGACAAATCATTCTGCCTTCTTTCTCTGATTGACAGGATTCTTCCTGTCTACAA 710
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 657 GGGTGTTGAAAAATCATTCTGCCTTCTTTCTCTGATTGACAAGATTCTTCCTGTCTACAA 716
Query 711 AGAAGTTTTGGCTGATCTCAAATCTGCTGGTGCACGATGGATTCAGTTCGATGAGCCTAT 770
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 AGAAGTTTTGGCTGATCTCAAGTCTGCTGGTGCACGATGGATTCAGTTCGATGAGCCTAT 776
Query 771 ACTTGTGATGGATCTTGACTCCAGCCAATTGCAGGCATTTTCGGATGCATACTCTTACAT 830
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||
Sbjct 777 ACTTGTGATGGATCTTGACACCAGCCAATTGCAGGCATTTTCCGATGCGTACTCTCACAT 836
Query 831 GGAGTCATCTTTGGCAGGCTTGAATGTTCTTATTGCCACATACTTTGCAGATGTTCCTGC 890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GGAGTCATCTTTGGCAGGCTTGAATGTTCTTATTGCCACATACTTTGCAGATGTTCCTGC 896
Query 891 TGAATCGTACAAGACGTTAATGTCTTTGAAATGTGTAACTGGGTTTGGATTTGACCTTGT 950
|||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 897 TGAAGCGTACAAGACATTGATGTCTTTGAAATGTGTTACTGGGTTTGGATTTGACCTCGT 956
Query 951 TCGTGGATTGGAGACTCTTGATTTAATCAAAATGAATTTTCCTCGTGGAAAGCTACTATT 1010
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 957 TCGTGGATTGGAGACTCTTGATTTAATCAAGATGAATTTTCCTCGTGGGAAGCTACTATT 1016
Query 1011 TGCTGGAGTTGTTGATGGAAGAAACATTTGGGCGAATGATCTTTCTGCGTCACTCAAGAC 1070
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGCTGGAGTTGTTGATGGAAGGAACATTTGGGCGAATGATCTTTCTGCGTCACTCAAGAC 1076
Query 1071 ACTACAGACTCTCGAAGACATTGTTGGAAAAGAAAAAGTCGTGGTTTCTACTTCTTGCTC 1130
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 ACTACAGACTCTTGAAGACATTGTTGGAAAAGAAAAAGTTGTGGTTTCTACTTCTTGCTC 1136
Query 1131 TCTACTCCATACGGCTGTGGACTTAGTGAATGAAATTAAACTTGATAAAGAACTAAAATC 1190
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TCTACTCCATACTGCTGTGGACTTAGTGAATGAAATGAAACTTGATAAAGAACTAAAATC 1196
Query 1191 GTGGCTTGCATTTGCTGCACAAAAGGTCGTTGAAGTGAATGCACTTGCCAAATCATTTTC 1250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1197 TTGGCTTGCATTTGCTGCACAAAAGGTCGTTGAAGTGAATGCACTTGCCAAATCATTCTC 1256
Query 1251 TGGAGCTAAGGATGAGGCATTGTTTTCTTCTAATTCCATGCGTCAAGCTTCTAGAAGATC 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TGGAGCTAAGGATGAGGCATTGTTTTCTTCTAATTCCATGCGTCAAGCTTCTAGAAGATC 1316
Query 1311 ATCTCCAAGGGTGACAAATGCAGCTGTACAGCAGGATGTTGCTGCACTAAAGAAATCTGA 1370
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1317 ATCGCCAAGGGTGACAAATGCAGCTGTACAGCAGGATGTTGATGCAGTAAAGAAATCTGA 1376
Query 1371 TCACCACCGTTCTACAGAAGTAAGCGTTAGGCTACAAGCCCAGCAGAAGAAGCTAAACCT 1430
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1377 TCACCACCGTTCAACAGAAGTAAGTGTTAGGCTACAAGCCCAGCAGAAGAAGCTTAACCT 1436
Query 1431 TCCTGCTCTTCCAACAACTACTATTGGATCTTTTCCTCAGACCACAGATCTCAGACGGAT 1490
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TCCTGCTCTTCCAACAACTACAATTGGATCTTTTCCTCAGACCACAGATCTCAGACGGAT 1496
Query 1491 ACGCAGGGAATTCAAAGCCAAAAAGATATCAGAAGTTGACTATGTCCAGACTATCAAAGA 1550
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ACGCAGGGAATTCAAGGCCAAAAAGATATCAGAAGTTGACTATGTCCAGACTATCAAAGA 1556
Query 1551 GGAATATGAAAAGGTTGTCAAGCTTCAGGAAGAACTTGGGATTGATGTATTGGTGCATGG 1610
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GGAATATGAAAAGGTAATCAAGCTTCAGGAAGAACTTGGGATTGATGTATTGGTGCATGG 1616
Query 1611 GGAGGCAGAGAGAAACGATATGGTGGAGTTTTTTGGTGAGCAACTGTCTGGCTTTGCTTT 1670
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1617 GGAGGCAGAGAGAAACGATATGGTGGAGTTTTTCGGTGAGCAGCTGTCTGGCTTTGCTTT 1676
Query 1671 CACTTCGAATGGGTGGGTCCAGTCATATGGGTCCCGCTGTGTCAAGCCACCTATCATCTA 1730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 CACTTCGAATGGGTGGGTCCAGTCATATGGGTCCCGCTGTGTCAAGCCACCTATCATCTA 1736
Query 1731 TGGTGATATCACCCGGCCAAAGGCAATGACTGTTTTCTGGTCGTCAATGGCACAGAAAAT 1790
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TGGTGATATCACCCGGCCAAAGGCAATGACGGTTTTCTGGTCGTCAATGGCACAGAAAAT 1796
Query 1791 GACACAACGTCCTATGAAGGGGATGCTCACTGGCCCTGTTACAATTCTCAATTGGTCCTT 1850
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GACCCAACGTCCTATGAAGGGGATGCTCACAGGCCCTGTTACAATTCTCAATTGGTCCTT 1856
Query 1851 TGTTAGAAATGACCAACCCAGGCATGAGACATGTTTCCAAATTGCACTTGCTATCAAAGA 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1857 TGTTAGAAATGACCAACCCAGGCATGAGACATGTTTCCAAATTGCACTTGCCATCAAAGA 1916
Query 1911 TGAGGTTGAGGACCTTGAAAAGGCTGGTGTCACTGTTATCCAGATTGATGAAGCTGCACT 1970
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1917 TGAGGTTGAGGACCTTGAAAAGGCTGGTGTCACTGTTATCCAGATTGATGAAGCTGCATT 1976
Query 1971 AAGAGAGGGATTGCCTCTCAGAATATCCGAGCAAAAGTTTTACCTTGACTGGGCCGTCCA 2030
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 AAGAGAGGGATTGCCTCTCAGAAAATCCGAGCAAAAGTTTTACCTTGACTGGGCCGTCCA 2036
Query 2031 CGCATTCAGAATTACAAACTGCGGTGTGCAAGACACTACTCAGATCCACACCCACATGTG 2090
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CGCATTCAGAATTACAAACAGCGGTGTGCAAGACAGTACTCAGATCCACACCCACATGTG 2096
Query 2091 CTACTCAAATTTCAACGACATCATCCACTCAATTATTGATATGGATGCTGATGTGATCAC 2150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 CTACTCAAATTTCAACGACATCATCCACTCAATTATTGATATGGATGCTGATGTGATCAC 2156
Query 2151 TATTGAGAACTCACGGTCAGATGAGAAGCTCTTATCAGTCTTCCACGAAGGAGTGAAATA 2210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2157 TATTGAGAACTCACGGTCAGATGAGAAGCTCTTATCAGTCTTCCATGAAGGAGTGAAATA 2216
Query 2211 CGGTGCTGGAATTGGTCCAGGGGTTTATGACATTCACTCTCCTCGTATCCCATCTACTGA 2270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 CGGTGCTGGAATTGGTCCAGGGGTTTATGACATTCACTCTCCTCGTATCCCATCTACTGA 2276
Query 2271 AGAAATAGCTGAGCGTATCAACAAGATGCTTGCTGTTCTGGACAGCAAAGTCCTTTGGGT 2330
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 AGAAATAGCTGAACGTATCAACAAGATGCTTGCTGTTCTGGACAGCAAAGTCCTTTGGGT 2336
Query 2331 CAACCCTGACTGTGGCCTAAAGACGCGGAATTACTCTGAAGTTAAATCTGCACTTAGCAA 2390
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GAACCCTGACTGTGGCCTAAAGACGCGGAATTACTCTGAAGTTAAATCTGCACTTAGCAA 2396
Query 2391 CATGGTTGCTGCTGCCAAGCTAATCCGCTCTCAGCTAAATAAGTCATGAACCTTTCCTCA 2450
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CATGGTTGCAGCTGCCAAGCTAATCCGCTCTCAGCTAAATAAGTCATGAACCTTTCCTCA 2456
Query 2451 AGTAA 2455
|||||
Sbjct 2457 AGTAA 2461
> AT5G20970.1 | Symbols: | HSP20-like chaperones superfamily protein
| chr5:7122800-7124001 FORWARD LENGTH=1082
Length=1082
Score = 505 bits (273), Expect = 1e-141
Identities = 327/352 (93%), Gaps = 7/352 (2%)
Strand=Plus/Minus
Query 2495 GAA-CCTGGAAGATCAGCGACAAGGACCTCGGCGTCTGGTTCAGAGGTCCATCTAGTTGC 2553
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 GAATCCTGGAAGATCAGCGACAAGAACCTCGGCGTCTGGTTCAGAGGTCCATCTAGTTGC 378
Query 2554 AGGCTCAAATTCTTGGTAAACCCGTTCCACTCCAATGTTAGCCATTCCctctctctcttt 2613
||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 377 AGGCTCAAATTCTTGGTAAACACGTTCGATTCCAAAGTTAGCCATTCTCTATCTCTCTTT 318
Query 2614 tgtttttggctgctctttgttttttggtttataggtaa-tgttttgttttgtGAGAAAGC 2672
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 317 TGCTTTTGGCTGCTCTTTGTTT---GGTTTATAGGTAAATGTTTTGTTTTGTGAGAAAGC 261
Query 2673 AGAGAAAGATCTCTGTGATTTTATAGGCAAAGAAGATTATTAGATAACAAAGAGTTTTGG 2732
| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 260 ATAGAAAGATCACTAAGATTTTATAGGCAAAGAAGATTATTAGACAACAAAGAGTTTTGG 201
Query 2733 TTTTAGTTTGAAGGAACGAAGGCTTAAttctttgggttttccacttcctctttctcttct 2792
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 200 TTTTAGTTTGAAGAAACGAAGGCTTAGTTCTTTGGGTTTACCACTTCCTCTTCCTCTTCT 141
Query 2793 ttgtgtgttttctttgtcttgaagattttgatgattctttGGATCGAGTTTA 2844
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 140 TTGTGT-TTT-CTTTGTCTTGAAGATTTTGATGATTCTTTGGATTGAGTTTA 91
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141320278431
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5