BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489049
Length=3220
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G22010.1 | Symbols: AtRFC1, RFC1 | replication factor C1 | c... 5145 0.0
> AT5G22010.1 | Symbols: AtRFC1, RFC1 | replication factor C1 |
chr5:7280389-7287364 REVERSE LENGTH=3246
Length=3246
Score = 5145 bits (2786), Expect = 0.0
Identities = 3095/3239 (96%), Gaps = 41/3239 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCGACCGTTTCTTCTTCTTCTTCGTCGCCTAATTCTCGCTTGTAGCCGGAAAAGTCCCCG 60
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 16 GCGACCGTTTCTTCTTCTTCTTCTTCGCCTAAATCTCGCTTGTAGCCGGAAAATTCGCCG 75
Query 61 GAGGAGAATCAAGGCAGCATTGTGTGCTCTTTCGTTTGTAGTCGAATCCTCGAGACGGGC 120
|||||||||||| | ||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 76 GAGGAGAATCAA-G--GCA-T-TGTGCTCTTTGGTTTGTAGTCGAATTCTCGAGACGGGC 130
Query 121 AAATGTCGGATATTAGGAAGTGGTTTATGAAAGCTCATGAAAAAGGGAATGCAAGTGCTC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 131 AAATGTCGGATATTAGGAAGTGGTTTATGAAAGCTCATGAAAAAGGGAATGGAAGTGCTC 190
Query 181 CGAAATCGACGTCTTCCAAGGCAGGTCCTGCGAAGAATGCTGCAGAGACTGCACCAATAA 240
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 191 CGAAATCGACGTCTTCCAAGGCAGGTCCTGTGAAGAATGCTGCAGAGACTGCACCAATAA 250
Query 241 AATCAGAGCAGGCTAGTGAAGACCTGGAAACTGCTGCTAGAAGAAAAACGAGCAAGTATT 300
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 251 AATCAGAGCAGGCTAGTGAAGACTTGGAAACTGCTGATAGAAGAAAAACGAGCAAGTATT 310
Query 301 TTGGTAAAGATAAAACAAAAGTTAAAGATGAGAAAGAGGTGGAAGAAATTCCTGCCAAGA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 311 TTGGTAAAGATAAAACAAAAGTTAAAGATGAGAAAGAGGTGGAAGCAATTCCTGCCAAGA 370
Query 361 GGAAACTTAAGACTGACTCTGATGATTTAGCCAAGCCTCGTCCAAGAAAGGTTACCAAGG 420
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 371 GGAAACTTAAGACTGAGTCTGATGATTTAGTCAAGCCTCGTCCAAGAAAGGTTACAAAGG 430
Query 421 TTGTtgatgatgatgatgatgatgattttgatgTACCTATTTCAAGGAAGACACGTGATA 480
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 431 TTG-T--TGATGATGATGATGATGATTTTGATGTACCTATTTCAAGGAAGACTCGTGATA 487
Query 481 GCACTCCCAGCAAAAAACTAAAATCTGGGTCAGGTCGAGGAATCGCAAGTAAAACTGTTG 540
||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 488 CCACTCCCAGCAAAAAACTAAAGTCGGGGTCAGGTAGAGGAATTGCAAGTAAAACTGTTG 547
Query 541 ATAACGACGAGGATGATGATGGTGAAGATGCTCAAGATAAGGAGACTCCTCTAAAGGCTG 600
|||||||| |||||||||| || | || |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 548 ATAACGAC---GATGATGATGATG--G-TG---AAGATAAGGAGACTCCTCTAAAATCTG 598
Query 601 CTGGAAGAGGCCGTGGCGGTAGAGCTGCTCCAGGGGCCTCAACTGGTGGAAGAGGTAGAG 660
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CCGGAAGAGGCCGTGGCGGTAGAGCTGCTCCAGGGGCCTCAACTGGTGGAAGAGGTAGAG 658
Query 661 GTGGAGGGCGAGGTGGGTTTATGAATTTTGGTGAAAGGAAAGACCCACCGCATAAAGGAG 720
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GTGGAGGGCGAGGTGGATTTATGAATTTTGGTGAAAGGAAAGACCCACCGCATAAAGGAG 718
Query 721 AAAAGGAAGTTCCTGAAGGCACCCCTGATTGCTTAGCTGGATTGACATTTGTAATTAGTG 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 719 AAAAGGAAGTTCCTGAAGGCACCCCTGATTGCTTAGCTGGATTGACATTTGTAATTAGCG 778
Query 781 GAACACTTGATAGTTTAGAAAGAGAAGAAGCAGAAGATCTGATTAAGCGGCATGGTGGTC 840
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GAACACTTGACAGTTTAGAAAGAGAAGAAGCAGAAGATCTGATTAAGCGGCATGGTGGTC 838
Query 841 GTATTACAGGCTCTGTTAGCAAGAAAACGACTTATCTTTTGTGTGATGAAGACATCGGCG 900
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 839 GTATTACAGGCTCTGTTAGCAAGAAAACGACCTACCTTTTGTGTGATGAAGACATTGGCG 898
Query 901 GAAGGAAATCTGAAAAAGCTAAAGAACTGGGCACTAAGTTTCTTACAGAGGATGGCCTAT 960
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 899 GAAGGAAATCTGAAAAAGCTAAAGAGCTGGGCACTAAGTTCCTTACAGAGGATGGCCTAT 958
Query 961 TTGACATGATCCGGTCCTCTAAACCTGTaaaaaaaTCTCTACCTGAAAGGACAAACAAAG 1020
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 959 TTGACATAATCCGGTCCTCTAAACCTGTAAAAAAGTCTCTACCTGAAAGGTCAAACAAAG 1018
Query 1021 GCACTGAAAAAATCTGTGCACCGCCGAAGACAAGTCCTCAGAAAGAAGAGACAAGAGGAA 1080
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1019 GCACTGAAAAAATCTGTGCACCACCGAAGACAAGTCCTCAGAAAGAAGAAACAAGAGGAA 1078
Query 1081 AACCTTTAGCAAAAAGTTCGCCCAACAAGGTTCCCCCGGCGAAAGGAAAAAAGAAAATTA 1140
||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1079 AACCTTTGGCAAAAAGTTCGCCCAAAAAGGTCCCCCCGGCGAAAGGAAAAAATAAAATTA 1138
Query 1141 TTGAGACTTCCTTGCCATGGACAGAAAAATACAGACCGAAGGTTCCAAATGAGATTGTTG 1200
| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TCGAGACTTCCTTGCCCTGGACGGAAAAATACAGACCGAAGGTTCCAAATGAGATTGTTG 1198
Query 1201 GGAATCAGTCATTGGTTACTCAGCTTCACAACTGGCTGTCCCACTGGCATGATCAATTTG 1260
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGAATCAGTCGTTGGTTACTCAACTTCACAACTGGCTGTCCCACTGGCATGATCAATTTG 1258
Query 1261 GAGGTACGGGAAGTAAAGGAAAGGGGAAGAAATTGAATGATGCTGGTGCGAAGAAGGCTG 1320
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||
Sbjct 1259 GAGGTACTGGAAGTAAAGGAAAGGGGAAGAAATTGAATGATGCTGGTTCCAAGAAAGCTG 1318
Query 1321 TACTTTTGAGCGGAACACCTGGTATTGGAAAAACAACATCAGCAAAGTTGGTTAGTCAGA 1380
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TACTTTTGAGTGGAACACCTGGTATTGGAAAAACAACATCAGCAAAGTTGGTTAGTCAGA 1378
Query 1381 TGCTTGGTTTCCAGGCAGTTGAGGTTAATGCTAGTGACAGTCGTGGAAAGGCGAACTCGA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TGCTTGGTTTCCAGGCAGTTGAGGTTAATGCTAGTGACAGTCGTGGAAAGGCGAACTCGA 1438
Query 1441 ATATTGCCAAGGGAATTGGTGGCAGCAATGCAAATACTGTAAAAGAACTTGTCAATAACG 1500
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 ATATTGCCAAAGGAATTGGTGGCAGCAATGCAAATTCTGTAAAAGAACTTGTCAATAACG 1498
Query 1501 AAGCCATGGCTGCCAACTTGGATAGGTCAAAGCCCCCAAAGACTGTTCTAATCATGGATG 1560
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAGCCATGGCTGCCAACTTCGATAGGTCAAAGCACCCGAAGACTGTTCTAATCATGGATG 1558
Query 1561 AAGTAGATGGAATGTCTGCAGGCGACAGGGGAGGTGTTGCAGATCTTATTGCTAGCATTA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAGTAGATGGAATGTCTGCAGGCGACAGGGGAGGTGTTGCAGATCTTATTGCTAGCATTA 1618
Query 1621 AAATATCAAAGATTCCTATCATCTGCATTTGTAATGACCGATACAGTCAGAAACTGAAGA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1619 AAATATCAAAGATTCCTATCATCTGCATTTGTAATGACCGATATAGTCAAAAACTGAAGA 1678
Query 1681 GTTTAGTAAACTACTGTCTTCCCCTCAATTACCGGAAGCCCACGAAACAGCAGATGGCAA 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GTTTAGTAAACTACTGTCTTCCCCTCAATTACCGGAAGCCCACGAAACAGCAGATGGCAA 1738
Query 1741 AAAGGCTGATGCATATTGCTAAGGCAGAAGGCCTTGAAATTAATGAAATTGCCCTGGAAG 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AAAGGCTGATGCATATTGCTAAGGCAGAAGGCCTTGAAATTAATGAAATTGCCCTGGAAG 1798
Query 1801 AACTCGCTGAGAGAGTGAATGGTGACATACGATTGGCCCTTAATCAGCTCCAATATATGA 1860
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AACTCGCTGAGAGAGTGAATGGTGACATACGATTGGCCGTAAATCAGCTCCAATATATGA 1858
Query 1861 GCCTGTCCATGTCAGTCATCAAGTACGATGATATCAGGCAGCGCCTGCTAAGCAGTGCGA 1920
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GCCTGTCCATGTCAGTCATCAAATACGATGATATCAGGCAGCGCCTGCTAAGCAGTGCGA 1918
Query 1921 AGGATGAAGATATATCCCCTTTCACAGCTGTTGACAAGTTGTTTGGTTATAATGGTGGGA 1980
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1919 AGGATGAAGATATTTCCCCTTTCACAGCTGTTGACAAGTTGTTTGGTTACAATGGTGGGA 1978
Query 1981 AGCTGAGAATGGATGAACGGATTGACCTAAGCATGAGTGATCCGGATTTGGTTCCCCTAC 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AGCTGAGAATGGATGAACGGATTGACCTAAGCATGAGTGATCCGGATTTGGTTCCCCTAC 2038
Query 2041 TTATACAGGAAAACTATCTCAATTATAGGCCAAGCGGTAAAGATGAGGCAAAACGCATGG 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2039 TTATACAGGAAAACTATCTCAATTATAGGCCAAGCGGTAAAGATGAGGCAAAACGAATGG 2098
Query 2101 ATTTACTTGCTCGTGCTGCTGAATCTATTGCGGATGGTGATATTATCAATGTGCAGATTC 2160
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2099 ATTTACTCGCTCGTGCTGCTGAATCTATTGCCGATGGAGATATTATCAACGTGCAGATTC 2158
Query 2161 GAAGATACAGACAATGGCAACTCTCTCAATCTTGCTGTGTTGCATCTTCTATTCTCCCAG 2220
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 GAAGATACAGACAATGGCAGCTCTCTCAATCTTGCTGTGTTGCATCTTCTATTCTCCCAG 2218
Query 2221 CTTCATTGTTGCATGGATCAAGGGAGGTACTCGAGCAGGGAGAGCGTAATTTCAATAGAT 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 CTTCATTGTTGCATGGATCAAGGGAGGTACTCGAGCAGGGAGAGCGTAATTTCAATAGAT 2278
Query 2281 TTGGTGGGTGGCTTGGCAAGAATTCTACTGCGGGAAAAAATAGACGGTTAATGGAGGATC 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TTGGTGGGTGGCTTGGCAAGAATTCTACTGCGGGAAAAAATAGACGGTTAATGGAGGATC 2338
Query 2341 TGCATGTTCATGTCCTTGCTTCCCGTGAATCCAGCGCTGGAAGGGAGACACTTCGTGTTG 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 TGCATGTTCATGTCCTTGCTTCCCGTGAATCCAGCGCTGGAAGGGAGACACTTCGTGTTG 2398
Query 2401 ATTATCTTCCCCTTCTCTTGAGCCGCTTGACTAGCCCACTTCAGACACTTCCTAAGGATG 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2399 ATTATCTTCCCCTTCTCTTGAGCCGCTTGACTAGCCCACTTCAGACACTGCCTAAGGATG 2458
Query 2461 AAGCAGTTTCAGAAGTTGTTGATTTCATGAACTCCTACTCTATAAGCCAGGAGGACTTTG 2520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 AAGCAGTTTCAGAAGTTGTTGATTTCATGAACTCCTACTCTATAAGCCAGGAGGACTTTG 2518
Query 2521 ATACTATTATGGAGTTGGGAAAATTTAAGGGACGTGAAAATCCGTTGGAGGGTGTTCCAC 2580
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2519 ATACTATTTTGGAGTTGGGAAAATTTAAGGGACGTGAAAATCCGATGGAGGGTGTTCCAC 2578
Query 2581 CTCCAGTTAAAGCAGCTTTGACCAAAAAATATAATGAGATGAATAAAACCAGAATGGTAC 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CTCCAGTTAAAGCAGCTTTGACCAAAAAATATAATGAGATGAATAAAACCAGAATGGTAC 2638
Query 2641 GCGTGGCGGACATGGTGCAGCTTCCGGGAGTGAAAAAGGCGCCAAAGAAGCGAATAGCTG 2700
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GTGTGGCGGACATGGTGCAGCTTCCGGGAGTGAAAAAGGCGCCAAAGAAGCGAATAGCTG 2698
Query 2701 CAATGCTGGAACCAACTGTTGATAGTTTGAGAGATGAAGATGGCGAGCCGTTAGCAGATA 2760
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2699 CTATGCTGGAACCAACTGTTGATAGTTTGAGAGATGAAGATGGTGAGCCGTTAGCAGATA 2758
Query 2761 ATGAAGAAGAAAATGGATCAGACGCTGAAGAAGACTCAGAAGAAGCAACCGATGGAGAAA 2820
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 ATGAAGAAGGAAATGGATCAGACGCTGAAGAAGACTCAGAAGAAGCAACCGATGGAGAAA 2818
Query 2821 AGCTGGAGTCAAATCTTAAAAATCTGAATGCTAGAGGGATCCAAGTGGAATTGGATTTGA 2880
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 AGCTGGAGTCCAATCTTAAAAATCTGAATGCTAGAGGGATCCAAGTGGAATTGGATTTGA 2878
Query 2881 AAGGAGCTGGAAGCTCAGGTTCAAGAAAGGCGGCTGGTAAAGGTAGAGGCAGAGGCAAAG 2940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2879 AAGGAGCTGGAAGCTCAGGTTCAAGAAAGGCGGCTGGTAAAGGCAGAGGCAGAGGGAAAG 2938
Query 2941 CAGCTGATGCGTCTGCTGAGAAGAAAGCTACAGGAAGAGGCTCTGGTGCCAA-ACGAAAG 2999
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2939 CAGCTGATACGTCTGCTGAGAAGAAAGCTACAGGAAGAGGCTCTGGTGCCAAGA-GAAAG 2997
Query 3000 AGATGAGAAGCCAATCGCATCGGTTTTCAGGCAAAATTTTTCCGAGAAGTCTCTTTTTGC 3059
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| || |
Sbjct 2998 AGATAAGAAGCCAATCGCATCGGTTTCCAGGCAAATTTTTTCCAAGAAGTCTCTATTGG- 3056
Query 3060 AA-CGG-ATTT-TG-AGGTTGAtttttttttttttCTTTTGGATTGGCAGATGAATTTAT 3115
|| | || | || | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 AATCTCCATGTCTGTACAACGAAGGTTTTTTTTTTCT---GGATTGGCAGATGAATTTAT 3113
Query 3116 GATGTTTCTGGAGTGTAAGAGCGGATTCTAGTTTTGCTTG---T--GAA--C-T-C-AG- 3164
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||| | | | |
Sbjct 3114 GATGTTTCTGGGGTTTAAGAGCGGATTCTAGTTTTGCTTGAACTCAGAATGCCTGCCATT 3173
Query 3165 -AAT-GC-CGACTAATGATGAACACTAGTATGGACAAAATGAACGCAGAATGCTAATGG 3220
|| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3174 TAACCGTTCGACTAATGATGAACACTAGTATGGTCAAAATGAACGCAGAATGCAAATGG 3232
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 160183048999
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5