BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489246
Length=2443
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G23880.1 | Symbols: EMB1265, CPSF100, ESP5, ATCPSF100 | clea... 4034 0.0
> AT5G23880.1 | Symbols: EMB1265, CPSF100, ESP5, ATCPSF100 | cleavage
and polyadenylation specificity factor 100 | chr5:8052504-8058354
FORWARD LENGTH=2473
Length=2473
Score = 4034 bits (2184), Expect = 0.0
Identities = 2364/2450 (96%), Gaps = 16/2450 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTTCATCGGAGAAATTTTAGGGTTTATATCGCCGAACGGAAAAAATGGGTACTTCGGTGC 60
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3 GTTCATCGGAGAAATTTTAGGGTTTATATCGGCGAACGGAAAAGATGGGTACTTCGGTGC 62
Query 61 AAGTTACTCCTCTCTGCGGAGTTTACAACGAGAATCCTCTTTCCTACTTAGTCTCCATTG 120
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 63 AAGTGACTCCTCTCTGCGGAGTTTACAACGAGAATCCTCTCTCCTACTTAGTCTCCATTG 122
Query 121 ATGGTTTCAACTTCCTCATCGACTGTGGTTGGAACGATCTCTTTGATACATCCCTCCTCG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 123 ATGGTTTCAACTTCCTCATCGACTGTGGTTGGAACGATCTCTTCGACACATCGCTCCTCG 182
Query 181 AACCTCTCTCCAGGGTTGCTTCTAGTATAGATGCAGTTTTGCTTTCTCATCCAGATACGC 240
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 183 AACCTCTCTCCAGGGTTGCTTCTACTATAGATGCAGTTTTGCTTTCTCATCCAGATACAC 242
Query 241 TTCATC-TTGGTGCTCTTCCTTATGCTATGAAGCAGCTTGGACTCTCTGCTCCTGTTTAT 299
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 243 TTCA-CATTGGTGCTCTTCCTTATGCTATGAAGCAGCTTGGACTCTCCGCTCCTGTTTAT 301
Query 300 GCTACTGAGCCTGTTCATAGATTAGGTCTTCTTACAATGTATGATCAGTTTTTATCCAGA 359
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 302 GCTACTGAGCCTGTTCATAGATTAGGTCTCCTTACAATGTATGATCAGTTTTTGTCCAGG 361
Query 360 AAGCAAGTATCCGACTTTGATTTGTTTACACTGGATGACATTGATTCTGCTTTCCAGAAT 419
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 362 AAGCAAGTATCCGACTTTGATCTGTTTACACTGGATGACATAGATTCTGCTTTCCAGAAT 421
Query 420 GTGATCAGATTGACTTACTCTCAAAATTACCATCTTTCTGGAAAGGGAGAGGGTATTGTA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 GTGATCAGATTGACTTACTCTCAAAATTACCATCTTTCTGGAAAGGGAGAGGGTATTGTA 481
Query 480 ATTGCTCCTCATGTTGCTGGACATATGCTGGGAGGTAGCATCTGGAGGATAACAAAGGAT 539
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 ATTGCTCCTCATGTTGCTGGACACATGCTGGGAGGTAGCATCTGGAGGATAACAAAGGAT 541
Query 540 GGGGAGGATGTTATATATGCTGTTGACTACAATCATCGGAAAGAAAGGCATTTAAATGGA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 542 GGGGAGGATGTTATATATGCTGTTGACTACAATCATCGGAAAGAAAGGCATTTGAATGGA 601
Query 600 ACTGTTTTACAGTCTTTTGTTCGGCCTGCTGTTCTGATAACCGATGCATATCATGCTCTT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 ACTGTTTTACAGTCTTTTGTTCGGCCTGCTGTTCTGATAACCGATGCATATCATGCTCTT 661
Query 660 TATACCAATCAAACCGCAAGACAGCAAAGGGACAAAGAATTTCTAGATACCATTTCAAAA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 TATACCAATCAAACCGCAAGACAGCAAAGGGACAAAGAATTTCTAGATACCATTTCAAAA 721
Query 720 CATCTTGAAGTTGGGGGAAATGTTCTATTACCCGTGGATACTGCGGGTCGAGTCCTGGAA 779
|||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 722 CATCTTGAAGTTGGAGGAAATGTTCTATTGCCAGTAGACACTGCGGGTCGTGTCCTGGAA 781
Query 780 CTTCTCTTGATACTTGAACAGCATTGGTCACAAAGAGGTTTCAGCTTTCCCATTTACTTT 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 782 CTTCTCTTGATACTTGAACAGCATTGGTCACAAAGAGGTTTCAGCTTTCCCATTTATTTT 841
Query 840 CTCACATACGTGTCATCTAGCACAATTGACTATGTTAAGAGTTTCCTCGAGTGGATGAGT 899
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CTCACGTACGTGTCATCTAGCACAATTGACTATGTTAAGAGTTTCCTCGAGTGGATGAGT 901
Query 900 GACTCCATTTCAAAGTCCTTTGAGACTTCACGTGATAATGCCTTTCTATTGAGGCATGTC 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 GACTCCATTTCAAAGTCCTTTGAGACTTCACGTGATAATGCCTTTCTATTGAGGCATGTC 961
Query 960 ACTCTCTTGATAAACAAGACTGATCTGGATAATGCTCCACCTGGTCCAAAGGTTGTTCTT 1019
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 ACTCTGTTGATAAACAAGACTGATCTGGATAATGCTCCACCTGGTCCAAAGGTTGTTCTT 1021
Query 1020 GCTTCCATGGCCAGTCTCGAAGCAGGTTTTGCTCGTGAGATATTCGTGGAGTGGGCAAAT 1079
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 GCTTCCATGGCTAGTCTCGAAGCCGGTTTTGCTCGAGAGATATTCGTGGAGTGGGCAAAT 1081
Query 1080 GATCCCAGAAATTTAGTCCTCTTTACTGAAACAGGGCAGTTTGGCACTTTAGCTCGCATG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1082 GATCCCAGAAATTTAGTCCTCTTTACTGAAACAGGCCAGTTTGGCACTTTAGCTCGTATG 1141
Query 1140 CTTCAGTCAGCCCCACCTCCCAAATTTGTTAAAGTCACCATGTCTAAGAGGGTCCCTTTG 1199
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1142 CTTCAGTCAGCCCCACCTCCAAAATTTGTTAAAGTCACCATGTCTAAGAGGGTTCCTTTG 1201
Query 1200 GCTGGGGAAGAGTTGATTGCATATGAAGAAGAGCAAAACAGACTGAAAAGGGAAGAAGCT 1259
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 GCTGGGGAAGAGTTAATTGCATATGAGGAAGAGCAAAACAGACTGAAAAGGGAAGAAGCT 1261
Query 1260 TTGCGAGCTAGCCTCGTCAAAGAGGAGGAAACAAAAGCTTCCCATGGATCCGATGATAAT 1319
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 TTGCGAGCTAGCCTCGTTAAAGAGGAGGAAACAAAAGCTTCCCATGGATCCGATGATAAT 1321
Query 1320 TCAAGTGAACCTATGGTCATAGATACGAAGACTACTCACGATGTTGTTGGTTCTCACGGG 1379
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1322 TCAAGTGAACCTATGATCATAGATACCAAGACTACTCACGATGTTATTGGTTCTCACGGG 1381
Query 1380 CCTGCATATAAAGATATATTGATTGATGGATTTGTTCCCCCATCCAGCAGCGTAGCTCCA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 CCTGCATATAAAGATATATTGATTGATGGATTTGTTCCCCCATCCAGCAGCGTAGCTCCA 1441
Query 1440 ATGTTCCCATTTTATGATAACACATCTGAATGGGACGACTTTGGGGAGATTATAAATCCA 1499
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1442 ATGTTCCCATATTATGATAACACATCTGAATGGGACGACTTTGGGGAGATTATTAATCCA 1501
Query 1500 GATGACTACGTGATCAAGGATGAAGACATGGACCGAGGAGCAATGCATAACGGAGGTGAT 1559
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 GATGACTATGTGATCAAGGATGAAGACATGGACCGAGGAGCAATGCATAACGGAGGTGAT 1561
Query 1560 GTGGACGGGAGGCTTGATGAGGCAACTGCTAGTCTCATGCTTGATACAAGACCTTCGAAA 1619
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 GTGGACGGAAGGCTTGATGAGGCAACTGCTAGTCTCATGCTTGATACAAGACCTTCGAAA 1621
Query 1620 GTCATTTCCAATGAGCTCATTGTGACTGTTAGTTGTTCACTTGTTAAAATGGACTATGAA 1679
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 GTCATGTCCAATGAGCTCATTGTGACTGTTAGTTGTTCACTTGTTAAAATGGACTATGAA 1681
Query 1680 GGTCGGTCAGATGGCCGCTCAATCAAGTCTATGATTGCGCATGTTTCTCCTCTTAAA-CT 1738
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1682 GGTCGGTCAGATGGCCGCTCAATCAAGTCAATGATTGCGCATGTTTCTCCT-TTAAAACT 1740
Query 1739 TGTTTTGGTACACGCAATAGCTGAGGCTACAGAGCATTTGAAGCAACACTGCTTGAACAA 1798
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TGTTTTGGTGCACGCGATAGCTGAGGCTACAGAGCATTTGAAGCAACACTGCTTGAACAA 1800
Query 1799 CATCTGTCCACACGTGTATGCTCCTCAAATAGAGGAAACTGTGGATGTGACTTCTGATTT 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1801 CATCTGTCCACACGTGTATGCTCCTCAAATAGAGGAAACGGTCGATGTGACTTCTGATTT 1860
Query 1859 ATGTGCTTACAAGGTCCAACTTTCTGAAAAGCTGATGAGCAATGTGATCTTCAAGAAGCT 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 ATGTGCTTACAAGGTCCAACTTTCTGAAAAGCTGATGAGCAATGTGATCTTCAAGAAGCT 1920
Query 1919 GGGAGATTCAGAAGTAGCTTGGGTGGATTCTGAAGTAGGGAAGACAGAGAGCGACATGAG 1978
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1921 GGGAGATTCAGAAGTAGCTTGGGTGGATTCCGAAGTAGGGAAGACAGAGAGGGACATGAG 1980
Query 1979 ATCTCTACTACCAATGCCAGGCGCAGCTTCTCCACACAAACCTGTTCTAGTAGGTGATCT 2038
||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GTCTCTACTACCGATGCCAGGTGCTGCTTCGCCACACAAACCTGTTCTAGTAGGTGATCT 2040
Query 2039 GAAAATTGCAGACTTCAAGCAGTTTCTGTCAAGCAAGGGTGTTCAGGTAGAATTTGCAGG 2098
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GAAAATCGCAGACTTCAAGCAGTTTCTGTCGAGCAAGGGTGTTCAGGTAGAATTTGCAGG 2100
Query 2099 TGGAGGAGCTTTACGTTGTGGAGAATATGTCACTCTACGAAAGGTTGGCCCGACTGGTCA 2158
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2101 TGGAGGAGCTTTACGTTGTGGTGAATATGTCACTCTACGAAAGGTTGGACCGACGGGTCA 2160
Query 2159 AAAGGGGGGAGCATCAGGTCCACAGCAAATTCTGATAGAAGGACCGTTGTGTGAAGACTA 2218
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 AAAGGGAGGAGCATCGGGTCCACAGCAAATTCTGATAGAAGGACCGTTGTGTGAAGACTA 2220
Query 2219 TTATAAAATCAGGGATTATCTCTATTCTCAGTTCTACCTCCTCTGAGCATATGATATAGa 2278
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2221 TTACAAAATCAGGGATTATCTCTATTCTCAGTTCTACCTCCTCTGAGCAT--GATATAGA 2278
Query 2279 aaaaaaC-GAAGCTTCTTCTCATTTTTTCTCAACACTTTTCAACCACTCAACATGTAATC 2337
|||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 AAAAAAATGAAGCTTCTTCTCATTTT--CTCAACATTTTTCAACCACTCAACATGTAATC 2336
Query 2338 TCGTATAGTT-ATTGCCTTGCTTTTAACCC-CAA-TCTTATAGATTAATGTGTTAAAAAA 2394
|||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 TCGTATAGTTTATTGCCTTGCTTATAACCCTCAAATCTTATAGATTAATGTGTTAAAAAT 2396
Query 2395 GGCAATAGATGTTTGTAATCTTTTTTGT-CTTTTGTCATCTTAGTAGAAG 2443
|||||||| | ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2397 GGCAATAGCTTTTTGTAA-CTTTTTTGTACTT--GTCATCTTAGTAGAAG 2443
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121334717265
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5