BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489426
Length=1784
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G25754.1 | Symbols: | RNA polymerase I-associated factor PA... 2466 0.0
AT5G25757.1 | Symbols: | RNA polymerase I-associated factor PA... 2453 0.0
> AT5G25754.1 | Symbols: | RNA polymerase I-associated factor
PAF67 | chr5:8953451-8955790 FORWARD LENGTH=1937
Length=1937
Score = 2466 bits (1335), Expect = 0.0
Identities = 1536/1632 (94%), Gaps = 18/1632 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 166 GGGAGAGCGGGTACGACCCAAATATAGTGGCGGATTCGGTGAAATCGTTCGTGGT-ACAC 224
||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 154 GGGAGAGTGGGTACGACCCGAATATGGTGCCGGATTCGGTGAAATCGTTCGT-GTCACAC 212
Query 225 ATGTACAGACACATAAGGGAGAAGAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCG 284
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 213 ATGTACAGACACATAAGGGACAAGAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCG 272
Query 285 TTCCAGAGCATATCGGAACGTCTGTTCAAGGAGACGCCATGGCCAAGTGTGGAAGCTATA 344
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 273 TTCCAGAGCATATCGGAGCGTCTGTTCAAGGACACGCCGTGGCCAAGTGTGGAAGCGATT 332
Query 345 GCTCCATACGTAGACAACGACCATGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGA 404
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 333 GCTCCTTACGTAGACAACGACCATGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGA 392
Query 405 CATTTGTATGCGAGGTTATCTCCTACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTAT 464
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 393 CATTTGTATGCGAGGTTGTCTCCGACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTAT 452
Query 465 TGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTTGCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTACCGAACCAGTGG 524
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 453 TGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTTGCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGG 512
Query 525 TTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCA 584
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 513 TTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCA 572
Query 585 AAGCTCAAGAACAAAACAGAGCAGGAGATTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAGGCATGG 644
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 573 AAGCTCAAGAACAAAACAGAGGAGGAGATTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAGGCCTGG 632
Query 645 AATGTCTATGGCGTGCTCAACTTCTTGCAAGCACTTGTGGAAAAGTCTTGTATCATCCAA 704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 633 AATGTCTATGGCGTGCTCAACTTCTTGCAAGCACTTGTGGAGAAGTCTTGTATCATCCAG 692
Query 705 ATTCTTGAGCATGACAAGCATGGCCTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTAC 764
|| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 693 ATCCTTGAGCATGACAAGGATGGCCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTC 749
Query 765 AGCGGTGGAAGTAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGT 824
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 AGCGGTGGCAGCAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGT 809
Query 825 GTTCACTGCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATC 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 GTTCACTGCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATC 869
Query 885 ACTCAGCAAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGATGCCATATTGCTACCATCTATCACTAT 944
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 870 ACTCAGCCAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTAT 929
Query 945 GGATTTGCCAACCTTATGTTGCG-ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGAT 1003
|||||||||| |||||||||||| | | ||| | ||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 930 GGATTTGCCACCCTTATGTTGCGGAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGAT 988
Query 1004 TCTCCTCTACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAACT 1063
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 989 TCTCCTCTACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATT 1048
Query 1064 ACTCAAGAAGAATGAGCAGATGTATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCA 1123
|||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1049 ACTCAAGAAGAATGAGCAGATGTACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCA 1108
Query 1124 ACCTAAACTCGTTGACGACTCTGTCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGAT 1183
| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109 AACTAAACTCGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGAT 1168
Query 1184 GATGAGGATGCTGAGGTATGACGATGAGGCCTTTGGTATTTACGATGAGCTCTTCTCTTA 1243
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1169 GATGAGGATGCTGAGGTCTGACGACGAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTA 1228
Query 1244 TGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCTTCC-C-C-ACCATGTTTCGAGGAACCTCTTGTCAA 1300
||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 CGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCTTCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAA 1288
Query 1301 TTACAATCAGGATGCATACAGGCTTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCA 1360
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1289 TTACAATCAGGATGCATACAGGCTTCAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCA 1348
Query 1361 GCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGAACATTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAA 1420
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 GCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGACTTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAA 1408
Query 1421 GCTCGCAAACTGCATGGAAGTTGATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAA 1480
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1409 GCTCGCAAACTACATGGAAGTTGATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAA 1468
Query 1481 GCACAAGACCCATTCAGTTGATTCCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTT 1540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1469 GCACAAGACCCATTCAGTTGATTCCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTT 1528
Query 1541 CTACATCAACAATGACATGATCTACGTTGTGGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGA 1600
|| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529 CTTCATCAACAACGACATGATCTACGTTGTCGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGA 1588
Query 1601 TTTCCTCTTGCGACAGATTGCCAAGCTGGACGGTGTGATAAACGACATGGATCGTGTCAA 1660
|||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1589 TTTCTTCTTGCGGCAGATTGCCAAGCTTGAAGGTGTGATCAACGACATGGATCGTGTCAA 1648
Query 1661 ACTGGAATGAGGACTTTTCTGTGTTACACCTA-TCATCAATGCCCAATCTGATATGCT-C 1718
||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1649 GCTGGAATGACGACTTTTCTGTGTTATACCTAATCATCAATGCCCAATCTGATATGATGC 1708
Query 1719 T--CT-TT-TAAACCCTAAATTTACTTGGAGCCAAACACTTTT--GAGAAGCTGTCTTCA 1772
| || || |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1709 TTTCTCTTATAAACCATATGTTTACTTAAAGCCAAACACTTTTTTGAGTAGCTGTCTTCA 1768
Query 1773 TGTGGTCAAATG 1784
||||||||||||
Sbjct 1769 TGTGGTCAAATG 1780
> AT5G25757.1 | Symbols: | RNA polymerase I-associated factor
PAF67 | chr5:8965245-8967504 REVERSE LENGTH=1859
Length=1859
Score = 2453 bits (1328), Expect = 0.0
Identities = 1526/1620 (94%), Gaps = 19/1620 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 166 GGGAGAGCGGGTACGACCCAAATATAGTGGCGGATTCGGTGAAATCGTTCGTGGT-ACAC 224
||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| || ||||
Sbjct 85 GGGAGAGTGGGTACGACCCAAATATGGTGCCGGATTCGGTGAAGTCGTTCGT-GTCACAC 143
Query 225 ATGTACAGACACATAAGGGAGAAGAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCG 284
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 144 ATGTACAGACACATAAGGGATAAGAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCG 203
Query 285 TTCCAGAGCATATCGGAACGTCTGTTCAAGGAGACGCCATGGCCAAGTGTGGAAGCTATA 344
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 204 TTCCAGAGCATATCGGAGCGTCTGTTCAAGGACACGCCGTGGCCAAGTGTGGAAGCGATT 263
Query 345 GCTCCATACGTAGACAACGACCATGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGA 404
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 264 GCTCCTTACGTAGACAACGACCATGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGA 323
Query 405 CATTTGTATGCGAGGTTATCTCCTACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTAT 464
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 324 CATTTGTATGCGAGGTTGTCTCCGACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTAT 383
Query 465 TGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTTGCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTACCGAACCAGTGG 524
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 384 TGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTTGCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGG 443
Query 525 TTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCA 584
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 444 TTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCA 503
Query 585 AAGCTCAAGAACAAAACAGAGCAGGAGATTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAGGCATGG 644
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 504 AAGCTCAAGAACAAAACAGAGGAGGAGATTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAGGCCTGG 563
Query 645 AATGTCTATGGCGTGCTCAACTTCTTGCAAGCACTTGTGGAAAAGTCTTGTATCATCCAA 704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 564 AATGTCTATGGCGTGCTCAACTTCTTGCAAGCACTTGTGGAGAAGTCTTGTATCATCCAG 623
Query 705 ATTCTTGAGCATGACAAGCATGGCCTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTAC 764
|| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 624 ATCCTTGAGCATGACAAGGATGGCCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTC 680
Query 765 AGCGGTGGAAGTAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGT 824
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 AGCGGTGGCAGCAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGT 740
Query 825 GTTCACTGCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATC 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GTTCACTGCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATC 800
Query 885 ACTCAGCAAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGATGCCATATTGCTACCATCTATCACTAT 944
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 801 ACTCAGCCAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTAT 860
Query 945 GGATTTGCCAACCTTATGTTGCG-ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGAT 1003
|||||||||| |||||||||||| | | ||| | ||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 861 GGATTTGCCACCCTTATGTTGCGGAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGAT 919
Query 1004 TCTCCTCTACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAACT 1063
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 920 TCTCCTCTACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATT 979
Query 1064 ACTCAAGAAGAATGAGCAGATGTATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCA 1123
|||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 980 ACTCAAGAAGAATGAGCAGATGTACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCA 1039
Query 1124 ACCTAAACTCGTTGACGACTCTGTCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGAT 1183
| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 AACTAAACTCGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGAT 1099
Query 1184 GATGAGGATGCTGAGGTATGACGATGAGGCCTTTGGTATTTACGATGAGCTCTTCTCTTA 1243
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1100 GATGAGGATGCTGAGGTCTGACGACGAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTA 1159
Query 1244 TGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCTTCC-C-C-ACCATGTTTCGAGGAACCTCTTGTCAA 1300
||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 CGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCTTCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAA 1219
Query 1301 TTACAATCAGGATGCATACAGGCTTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCA 1360
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1220 TTACAATCAGGATGCATACAGGCTTCAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCA 1279
Query 1361 GCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGAACATTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAA 1420
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 GCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGACTTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAA 1339
Query 1421 GCTCGCAAACTGCATGGAAGTTGATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAA 1480
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 GCTCGCAAACTACATGGAAGTTGATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAA 1399
Query 1481 GCACAAGACCCATTCAGTTGATTCCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTT 1540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GCACAAGACCCATTCAGTTGATTCCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTT 1459
Query 1541 CTACATCAACAATGACATGATCTACGTTGTGGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGA 1600
|| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 CTTCATCAACAACGACATGATCTACGTTGTCGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGA 1519
Query 1601 TTTCCTCTTGCGACAGATTGCCAAGCTGGACGGTGTGATAAACGACATGGATCGTGTCAA 1660
|||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 TTTCTTCTTGCGGCAGATTGCCAAGCTTGAAGGTGTGATCAACGACATGGATCGTGTCAA 1579
Query 1661 ACTGGAATGAGGACTTTTCTGTGTTACACCTA-TCATCAATGCCCAATCTGATATGCT-C 1718
||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1580 GCTGGAATGACGACTTTTCTGTGTTACACCTAATTATCAATGCCCAATCTGATATGATGC 1639
Query 1719 T--CT-TT-TAAACCCTAAATTTACTTGGAGCCAAACACTTTT-GAG-AAGCTGTCTTCA 1772
| || || |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||
Sbjct 1640 TTTCTCTTATAAACCATAAGTTTACCTGGAGCCAAACACTTTTTGAGTAA-CTGTCTTCA 1698
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88252558110
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5