BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489600
Length=3181
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G27270.1 | Symbols: EMB976 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-... 3419 0.0
> AT5G27270.1 | Symbols: EMB976 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:9605650-9609787 FORWARD LENGTH=3279
Length=3279
Score = 3419 bits (1851), Expect = 0.0
Identities = 2150/2295 (94%), Gaps = 17/2295 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 812 AAATGGTTGAGGAAGGTGTGCCTCCGAATGAATTCACGTATACGATAGTTGTGAGCTCGT 871
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 848 AAATGGTGGAGGAAGGTGTGCCTCCGAATGAATTCACGTATACGTTAGTTGTGAGCTCTT 907
Query 872 ATGCTAAACAGGGTTTTAAAGAGGAGGCGTTGAGGGCTTTTGGTGAGATGAAGAGCTTGG 931
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 908 ATGCTAAACAGGGTTTTAAGGAGGAGGCGTTGAAGGCTTTTGGTGAGATGAAGAGTTTGG 967
Query 932 GGTTTGTGCCAGAGGAAGTGACTTACAGCTTGGTTATTGGGTTAAGTGTGAAGGCTGGTG 991
||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 968 GGTTTGTCCCCGAGGAAGTGACTTACAGCTCGGTTATTAGTTTAAGTGTGAAGGCTGGTG 1027
Query 992 ATTGGGATCAGGCTCTTGGATTGTATGAGGATATGAGATCTCAGGGAATCGTTCCGAGTA 1051
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 ATTGGGAGAAGGCTATTGGATTGTATGAGGATATGAGATCTCAGGGAATCGTTCCGAGTA 1087
Query 1052 ACTATACTTGTGCTTCTATGTTAAGTTTATATTACAAAACGGAGAACTACCCGAAAGCGC 1111
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 ACTATACTTGTGCTACTATGTTAAGTTTATATTACAAAACGGAGAACTACCCGAAAGCGC 1147
Query 1112 TTTCTCTCTTTGCAGACATGGAAAGAAATAAGATTCCAGCTGATGAGGTCATCCGCGGGT 1171
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 TCTCTCTCTTTGCAGACATGGAAAGAAATAAGATTCCAGCTGATGAGGTCATCCGCGGGT 1207
Query 1172 TGATCATCAGAATATATGGGAAGCTCGGACTTTTCCATGATGCACAAAGCATTTTTGAAG 1231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 1208 TGATCATCAGAATATATGGGAAGCTCGGACTTTTCCATGATGCACAGAGTATGTTTGAAG 1267
Query 1232 AGACTGAACGCCTGAATCTACTGGCTGATGAGAAAACGTATCTGGCAATGTCTCAAGTTC 1291
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 AGACTGAACGCCTGAATTTACTGGCTGATGAGAAAACATATCTGGCAATGTCTCAAGTTC 1327
Query 1292 ATTTAAATTCGGGGAATGTTGTCAAAGCATTAGATGTTATTGAAATGATGAAGACCAGAG 1351
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1328 ATTTGAATTCGGGAAATGTTGTCAAAGCATTAGATGTAATTGAAATGATGAAGACAAGAG 1387
Query 1352 ATATTCCTCTTTCCAGATTTGCCTATATTGTCATGTTACAGTGTTATGCTAAAATACAGA 1411
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1388 ATATTCCTCTTTCCAGATTTGCCTATATTGTCATGTTACAGTGTTATGCTAAGATACAGA 1447
Query 1412 ATGTTGATTGTGCTGAGGAAGCATTTCGAGCTTTATCAAACACTGGACTTCCTGATGCCA 1471
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1448 ATGTTGACTGTGCTGAGGAAGCATTTCGTGCTTTATCGAAGACTGGACTTCCTGATGCCA 1507
Query 1472 GTTCTTGTAACGACATGCTCAATTTGTATACCAGACTCAATCTAGGAGAGAAAGCTAAGG 1531
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1508 GTTCTTGTAACGACATGCTTAATTTGTATACCAGACTCAATTTAGGAGAGAAAGCTAAGG 1567
Query 1532 GTTTTATCAAGCAGATATTGGCTGATCAAGTTCAGTTTAATATAGAGCTTTACAAGATGG 1591
||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1568 GTTTTATCAAGCAGATAATGGTTGATCAAGTGCACTTTGATATAGAGCTTTACAAGACGG 1627
Query 1592 CTATGAGAGTGTATTGCAAGGAGGGAATGGTGGCAGAAGCT-ATAGAGCTGGTAGATAAA 1650
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| || ||| ||||
Sbjct 1628 CTATGAGAGTGTATTGCAAGGAAGGAATGGTAGCAGAAGCTCA-AGATTTGATAG-TAAA 1685
Query 1651 A-TGGGTAGAGAAGCT-GTGGTTAAGGATGACAGATTCGTACAAACACTTGCAGAGGCTA 1708
| |||||||||| || | |||||||||| ||||||| || || |||||||||||| |||
Sbjct 1686 AATGGGTAGAGAGGCAAG-GGTTAAGGATAACAGATTTGTTCAGACACTTGCAGAGTCTA 1744
Query 1709 TGCATATCGAAATAAACAAGCAGGATAAACACGAAGCAGTCTTAAACGTGAGTCGACTTG 1768
||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1745 TGCATATCGT--TAA-CAAGCACGATAAACATGAAGCAGTTTTAAACGTGAGTCAACTTG 1801
Query 1769 ATGTCACGGCTCTTGGAATGCTGCTCAATTTACGACTAAAAGAGGGAAATTTGAATGAGA 1828
|||||| |||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 ATGTCATGGCTCTTGGACTGATGCTCAATTTGCGACTGAAAGAGGGAAATTTGAATGAGA 1861
Query 1829 CTAAAGCAATTTTGAATTTAATGTTCCAGACTGATCTTGGTTCA-CTGGCAGTAAATCGA 1887
|||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1862 CTAAAGCAATCTTGAACTTAATGTTCAAGACTGATCTTGGTTCATC-GGCAGTAAATCGA 1920
Query 1888 GTCTTAAGTACCTTTGTGAGAGAAGGTGATGTATTTAAAGCAGAAATTCTTGCCGATATA 1947
||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1921 GTCATAAGTAGCTTTGTGAGAGAAGGTGATGTATCTAAAGCAGAAATGATTGCCGATATA 1980
Query 1948 ATTATCAAACTAGGATTCCGGATAGAGGAGGAAACAGTCGCGACTTTGATTGCTGTATAT 2007
||||||| ||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 ATTATCAGACTAGGACTCAGGATGGAGGAGGAAACAATCGCGACTTTGATTGCTGTATAT 2040
Query 2008 GGGAGGCAACATAAGCTTAAAGAGGCGAAACGGCTTTACGTTTCAGCAGGAGAATCTAAA 2067
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2041 GGGAGGCAACATAAGCTTAAAGAAGCGAAACGGCTTTACCTTGCAGCAGGAGAATCTAAA 2100
Query 2068 ACTCTGGGGAAATCTGTTGTCAGCTCAATGATTGATGCTTATGTCAGATGTGGCTGGCTT 2127
|||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 ACTCCGGGGAAATCTGTTATCCGCTCAATGATTGATGCTTATGTCAGATGTGGCTGGCTT 2160
Query 2128 GAAGATGCATATGGGCTCTTTATGGAATCAGCAGAAAAGTGTTGTGACCCGGGAGCTGTT 2187
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||
Sbjct 2161 GAAGATGCATATGGACTCTTTATGGAATCAGCAGAAAAGGGCTGTGACCCAGGAGCTGTT 2220
Query 2188 ACCATCAGTATACTTGTGAATGCTCTAACAAATCGAGGGAAACACCGAGAAGCAGAACAT 2247
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 ACCATTAGCATACTTGTGAATGCTCTAACAAATCGAGGGAAACACCGAGAAGCAGAACAT 2280
Query 2248 ATATCACGGACCTGCCTTGaaaaaaaTATGGAGCTTGACACCGTTGGCTATAATACTCTT 2307
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 ATATCACGGACCTGCCTTGAAAAAAACATAGAGCTTGACACCGTTGGCTATAATACTCTT 2340
Query 2308 ATCAAGGCAATGCTAGAAGCAGGTAAACTACAATGTGCATCTGAAATTTATGAGCGGATG 2367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 ATCAAGGCAATGCTAGAAGCAGGTAAACTACAATGTGCATCTGAAATTTATGAGCGGATG 2400
Query 2368 CAAACCTCAGGTGTTCCTTGTTCGATTCAGACATACAACACAATGATCAGTGTGTATGGG 2427
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2401 CATACCTCAGGTGTTCCTTGTTCGATTCAGACCTACAACACAATGATCAGTGTATATGGG 2460
Query 2428 CGGGGTCTGCAGCTGGACAAAGCAATTGAGATTTTTAGTAACGCTCGCAGATCAGGGTTG 2487
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 CGAGGTCTGCAGCTGGACAAAGCAATTGAGATTTTTAGTAACGCTCGCAGATCAGGGTTG 2520
Query 2488 TATCTGGACGAGAAAATTTACACGAACATTATTATGCATTATGGCAAGGCGGGAAAGGTG 2547
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 2521 TATCTGGACGAGAAAATTTACACAAACATGATTATGCATTATGGCAAGGGGGGAAAGATG 2580
Query 2548 AGTGAAGCATTGTCTTTGTTTAGTGAAATGCAGAAGAAAGGGATTAAACCTGGAACGCCT 2607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 AGTGAAGCATTGTCTTTGTTTAGTGAAATGCAGAAGAAAGGGATTAAACCTGGAACGCCT 2640
Query 2608 AGTTACAACATGGTGGTCAAAATATGTGCAACCAGTAGACTCCATCGCGAGGTTGATGAA 2667
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2641 AGTTACAACATGATGGTCAAAATATGTGCAACCAGTAGACTCCATCACGAGGTTGATGAA 2700
Query 2668 CTTTTGCAAGCAATGGAGAGAACTGGTATCTGTACGGACTCATCCACATACCTCTCCCTG 2727
|||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2701 CTTTTGCAAGCAATGGAGAGAAATGGTCGCTGTACTGACTTATCCACATACCTCACCCTG 2760
Query 2728 ATTCAAG-CATATGCCGAGAGTTCACAGTTCGCAGAAGCAGAGAAGACGATAAATCTCAT 2786
||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |
Sbjct 2761 ATTCAAGTC-TATGCTGAGAGTTCACAGTTTGCAGAAGCAGAGAAAACGATAACTCTTGT 2819
Query 2787 GCAAGAGAAAGGCATCCCGCTATTTCACAGCCATTTCAGTTTATTGCTCTCTGCTTTTGC 2846
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2820 TAAAGAGAAAGGCATCCCGCTATCTCACAGCCATTTCAGTTCATTGCTCTCTGCTCTTGT 2879
Query 2847 CAAAGCTGGGATGATGGATGAAGCCGAACGGATC-TACTGCAAGATGTCTGAAGCCGGTA 2905
|||||||||||||||||| || || ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2880 CAAAGCTGGGATGATGGAGGAGGCTGAAAGGA-CATACTGCAAGATGTCTGAAGCCGGTA 2938
Query 2906 TAAGTCCAGACAGTGCTTGCAAGCGGACTATCCTAAAGGGATACATGAGCT-GTGGTGAC 2964
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||
Sbjct 2939 TAAGTCCAGACAGTGCTTGCAAGCGGACGATCCTAAAGGGATATATGA-CTTGTGGTGAC 2997
Query 2965 GCTGAGAAAGGTATATTGTTCTATAAGAAAGTGATAAGAAGCTCTGTGGAAGATGACAGA 3024
|| |||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 GCAGAGAAAGGAATCTTGTTCTATGAGAAAATGATAAGAAGCTCTGTGGAAGATGACAGA 3057
Query 3025 TTTGTTAGCAGTGTAGTTCAAGATCTGTATAAAGCTGTTGGTAAAGAACATGATGTATAA 3084
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3058 TTTGTTAGCAGTGTAGTTGAAGATCTGTATAAAGCTGTTGGTAAAGAACAAGATGTATAA 3117
Query 3085 AATAAAGAATTTTGA 3099
|||||||||||||||
Sbjct 3118 AATAAAGAATTTTGA 3132
Score = 1247 bits (675), Expect = 0.0
Identities = 769/814 (94%), Gaps = 7/814 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGAGTGACTTCCTCACTTCCACAACACACTTCAATCCTTCAATATTTCTTCCGAAA 60
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1 ATGAAGAGTGACTTCCTCACTTCAACAACACACTTCAATCCTTCAATATTCCTTCCCAAA 60
Query 61 ATACCCTCAAGAAACTCTAAAATCTCAATAAAGTC--C-TCTTCTTCTTCCAAAGTCCGA 117
||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATACCCTCAAGAAACTCTAGGATCTCAATAAAGTCATCATCTTCTTCTTCCAAAGTCCGA 120
Query 118 CCCGACCCGTGGTCACTCAGCGACGGTAACCCGGAAAAACCAAAACCAAGATACGAGAGA 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 CCCGACCCGTGGTCACTCAGCGACGGTAACCCGGAAAAACCAAAACCGAGATACGAGAGA 180
Query 178 CCGAAACATCCGTTATCAGACGACGACGCTCGACGAATCATAAAGAAGAAAGCACAGTAT 237
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 CCGAAGCATCCATTATCAGACGACGACGCTCGACGAATCATAAAGAAGAAAGCACAATA- 239
Query 238 CT-AAGCACGTTGAGAAGGAACCAAGGCTCACACGCCATGACTCCGAAGTGGATTAAGCG 296
|| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||
Sbjct 240 CTTAAGCACGTTAAGAAGGAACCAAGGCTCACAAGCAATGACTCCCAAATGGATAAAGCG 299
Query 297 AACTCCAGAGCAAATGGTTCAGTATTTGGAAGATGATCGTAATGGTCAGATGTATGGGAA 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AACTCCAGAGCAAATGGTTCAGTATTTGGAAGATGATCGGAATGGTCAGATGTATGGGAA 359
Query 357 ACATGTGGTGGCTGCGATTAAGACGGTTAGAGGTTTGTCACAGAGAAGAGAAGGTAGTGA 416
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 360 ACATGTGGTGGCTGCGATTAAGACGGTGAGAGGTTTGTCACAGAGAAGACAAGGTAGTGA 419
Query 417 TGATATGAGACTTGTGATGAGTAGCTTTGTAGCGAAGTTGAGTTTTAGAGATATGTGTGT 476
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TGATATGAGATTTGTGATGAGTAGCTTTGTAGCGAAGTTGAGTTTTAGAGATATGTGTGT 479
Query 477 TGTTTTGAAAGAACA-ACGAGGTTGGAGACAAGTGAGGGACTTCTTCTCTTGGATGAAAT 535
||||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 480 TGTTTTGAAAGAACAGA-GAGGTTGGAGACAAGTTAGAGACTTTTTCTCTTGGATGAAAT 538
Query 536 TGCAGTTAAGTTATCGTCCGAGTGTGGTTGTGTATACGATTGTTCTTCGTTTGTATGGAC 595
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 539 TGCAGTTGAGTTATCGTCCGAGTGTGGTTGTGTATACGATTGTTCTTCGTTTATATGGAC 598
Query 596 AAGTTGGGAAGATTAAGATGGCGGAGGAAACTTTTTTGGAAATGCTTGAAGTTGGATGTG 655
||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAGTTGGGAAGATAAAGATGGCTGAGGAGACTTTTTTAGAAATGCTTGAAGTTGGATGTG 658
Query 656 AACCAGATGCAGTAGCTTGTGGTACAATGTTGTGTACTTATGCTAGATGGGGACGTCATA 715
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AACCAGATGCTGTAGCTTGTGGTACAATGTTGTGTACTTATGCTAGATGGGGACGTCATA 718
Query 716 ACGCTATGTTGACATTTTATAAAGCTGTTCAAGAAAGGCGGATGGTTTTATCGACTTCTG 775
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 719 GTGCTATGTTGACGTTTTACAAAGCTGTTCAAGAAAGGCGGATACTTTTGTCGACTTCTG 778
Query 776 TGTATAATTTTATGTTGTCGTCTCTTCAGAAGAA 809
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGTATAATTTCATGCTGTCGTCTCTTCAGAAGAA 812
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158226538222
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5