BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489660
Length=2875
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G28740.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4220 0.0
> AT5G28740.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:10780647-10783911 FORWARD LENGTH=2923
Length=2923
Score = 4220 bits (2285), Expect = 0.0
Identities = 2664/2843 (94%), Gaps = 42/2843 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGATTTCCAAAGATCTATACCCTTCTCAGGAGGATCTTCTCTATGAGGAAGAG-TT 59
|||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 31 ATGGCGATTTCCAAAGATCTCTATCCTTCTCAAGAGGATCTACTCTATGAGGAAGAGCTT 90
Query 60 ATTGCGGAACCCATTCAGCTTAAAGCTATGGTGGAGGTATTTGATAGCGAAAGCGGAATC 119
|| || |||| |||||||||||||||||||||||| || | || || ||||| |||||
Sbjct 91 CTT-CGAAACCAATTCAGCTTAAAGCTATGGTGGAGATACCTAATCGCAAAAGCTGAATC 149
Query 120 GCCATTTAAGAAGA-GATTCATCATCTACGAGAGAGCTTTGAAAGCACTTCCTGGAAGCT 178
|| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 150 TCCTTTTAAGAA-ACGCTTCATCATCTACGAGAGAGCTTTAAAAGCACTTCCTGGAAGCT 208
Query 179 ATAAATTGTGGTACGCTTATCTTAGAGAACGACTCGATATCGTTAGGAATTTGCCAGTTA 238
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 209 ATAAACTGTGGTACGCTTATCTTAGAGAACGACTCGATATCGTTAGGAATTTGCCTGTTA 268
Query 239 CTCATCCTCAGTATGATTCTCTCAATAATACTTTTGAAAGAGCT-TTGGTTACTATGCAT 297
||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| | || ||||||||||||
Sbjct 269 CTCATCCACAGTACGATTCTCTCAACAATACTTTTGAGAGAGGTCTT-GTTACTATGCAT 327
Query 298 AAGATGCCTAGGATTTGGGTTATGTATCTTCAGACTCTTACGGTTCAGCAATTGATTACT 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 AAGATGCCTAGGATTTGGGTTATGTATCTTCAGACTCTTACGGTTCAGCAATTGATTACT 387
Query 358 CGGACTCGGAGAACTTTCGACCGTGCGCTTTGTGCGTTGCCTGTTACTCAACATGATAGG 417
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 388 CGGACTCGGCGAACTTTCGACCGTGCGCTTTGTGCTTTACCTGTTACTCAACATGATAGG 447
Query 418 ATTTGGGAACCGTATCTTGTGTTTGTGAGTCAGGATGGGATTCCTATTGAGACTTCTCTT 477
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 448 ATTTGGGAACCGTATCTTGTGTTTGTGAGTCAAAATGGGATTCCTATTGAGACTTCACTT 507
Query 478 AGAGTTTATAGGAGGTATCTTATGTATGATCCTAGTCATATTGAGGAGTTTATTGAGTTT 537
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 AGGGTTTATAGAAGGTATCTTATGTATGATCCTAGTCATATTGAGGAGTTTATTGAGTTT 567
Query 538 CTTGTGAAGTCAGAGCGTTGGCAGGAATCTGCAGAGAGATTAGCTTCTGTGTTGAATGAT 597
||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 568 CTTGTCAAGTCTGAGCGTTGGCAAGAATCTGCAGAGAGATTAGCTTCTGTGTTGAATGAT 627
Query 598 GATAAGTTTTATTCGATTAAAGGGAAGACGAAGCATAAGCTGTGGATGGAGTTGTGTGAG 657
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 628 GATAAGTTTTATTCTATTAAAGGGAAGACTAAGCATAAACTGTGGTTGGAGTTGTGTGAG 687
Query 658 CTTCTTGTGCATCATGCTAATGTGATTTCGGGTCTTAATGTTGATGCTATCATTAGAGGA 717
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 688 CTTCTTGTGCATCATGCTAATGTGATTTCGGGTCTTAATGTTGATGCTATTATAAGAGGA 747
Query 718 GGTATTAGGAAGTTTACGGATGAAGTGGGTATGTTGTGGACTTCTCTTGCGGATTATTAC 777
|||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 GGTATTAGGAAGTTTACGGATGAAGTTGGAATGCTGTGGACTTCTCTTGCGGATTATTAC 807
Query 778 ATTAGGAAGAATTTGCTGGAGAAAGCTAGGGATATCTATGAAGAGGGTATGATGAAAGTT 837
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 808 ATTAGGAAGAATTTGTTGGAGAAAGCTAGGGATATTTATGAGGAGGGTATGATGAAGGTA 867
Query 838 GTTACGGTGAGAGATTTTAGTGTGATATTTGACGTTTATTCACGGTTTGAGGAAAGCACT 897
|| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 868 GTAACTGTAAGGGATTTTAGTGTGATATTTGACGTTTATTCACGGTTCGAGGAGAGTACG 927
Query 898 GTCGCTAAAAAGATGgagatgatgagttcaagtgatgaagaagatgagaatgaagagaat 957
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 928 GTCGCGAAGAAGATGGAGATGATGAGTTCAAGTGATGAAGAAGATGAGAATGAAGAGAAT 987
Query 958 ggcgtagaggatgaagatgagGATGTTCGCCTCAATTTTAATCTGTCGGTGAAAGAGCTG 1017
|||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 988 GGCGTAGAGGATGATGAAGAGGATGTTCGCCTTAATTTTAATCTGTCGGTGAAAGAGTTG 1047
Query 1018 CAGAGGAAGATACTGAATGGGTTTTGGTTGAACGATGATAATGATGTGGATCTGAGATTG 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1048 CAGAGGAAGATACTGAATGGGTTTTGGTTGAATGATGATAATGATGTTGATCTGAGATTG 1107
Query 1078 GCTCGCTTGGAAGAACTGATGAACAGAAGACCTGCACTAGCAAACAGTGTGCTCCTTAGG 1137
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 GCTCGTTTGGAAGAACTGATGAACAGAAGACCTGCACTGGCAAACAGTGTGCTCCTTAGG 1167
Query 1138 CAAAATCCACACAATGTTGAGCAATGGCATCGTAGAGTCAAAATATTCGAAGGAAACGCA 1197
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1168 CAGAATCCTCACAATGTTGAGCAATGGCATCGTAGAGTCAAAATATTTGAGGGAAACGCA 1227
Query 1198 GCGAAGCAGATTCTCACATACACAGAAGCAGTGAGGACTGTGGATCCTATGAAAGCAGTT 1257
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1228 GCAAAGCAGATTCTCACATACACAGAAGCAGTGAGGACTGTTGATCCTATGAAAGCAGTT 1287
Query 1258 GGGAAGCCTCACACGTTGTGGGTTGCTTTTGCCAAGTTGTATGAAAATCACAAAGACCTG 1317
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1288 GGGAAGCCTCACACCTTGTGGGTTGCTTTTGCCAAGTTGTATGAAAACCACAAAGACCTG 1347
Query 1318 GTCAATACAAGAGTGATTCTTGACAAGGCAGTCCAGGTAAACTACAAAAACGTAGATCAT 1377
|||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1348 GTCAATACTAGAGTGATTTTTGACAAAGCAGTCCAGGTAAACTACAAAACCGTAGATCAT 1407
Query 1378 CTCGCCAGTGTGTGGTGTGAGTGGGCTGAGATGGAATTGAGACACAAGAATTTCAAAGGA 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 CTCGCCAGTGTGTGGTGTGAGTGGGCTGAGATGGAGCTGAGACACAAGAATTTCAAAGGA 1467
Query 1438 GCACTAGAGCTGATGAGGCGTGCTACAGCTGTACCAACAGTAGAAGTCAGACGGAGAGTT 1497
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 GCATTAGAGCTGATGAGGCGTGCTACAGCTGTACCGACAGTAGAAGTCAGACGGAGAGTT 1527
Query 1498 GCTGCTGATGGCAATGAACCAGTCCAGATGAAGCTGCATAGATCCTTGAGGCTTTGGTCC 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528 GCTGCTGATGGCAATGAACCAGTCCAGATGAAGCTGCATAGATCCTTGAGGCTTTGGTCC 1587
Query 1558 TTTTATGTTGATCTGGAAGAAAGTCTGGGGACGTTAGAATCGACAAGAGCTGTCTATGAG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588 TTTTATGTTGATCTGGAAGAAAGTCTGGGGACGTTAGAATCGACAAGAGCTGTCTATGAG 1647
Query 1618 AAAATATTGGATTTGAGAATAGCTACACCACAGATTATATTGAATTATGCTTTCCTTCTT 1677
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1648 AAAATATTGGATTTGAGAATAGCTACACCTCAAATTATAATGAATTATGCTTTTCTTCTT 1707
Query 1678 GAGGAAAATAAGTACTTCGAAGATGCGTTCAAGGTGTATGAAAGAGGTGTCAAGATATTC 1737
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708 GAGGAAAATAAGTACTTTGAAGATGCGTTCAAGGTGTATGAAAGAGGTGTCAAGATATTC 1767
Query 1738 AAGTATCCTCATGTGAAAGACATCTGGGTAACCTATCTTACAAAGTTTGTCAAGAGATAT 1797
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1768 AAGTATCCTCATGTGAAAGACATTTGGGTAACCTATCTTACAAAGTTTGTCAAGAGATAC 1827
Query 1798 GGGAAGACAAAGCTGGAGCGGGCAAAGAGAGTTGTATTGAGCATGCTGTTTCAATGTTCC 1857
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1828 GGGAAGACAAAGCTGGAGCGGGCAA-GAGAGTTGT-TTGAGCATGCTGTTTCAATGGCCC 1885
Query 1858 TCAGAGAACTTGTCTATTGATGCTCCATCTGATGCTGTCAGGACGTTATACCTTCAGTAT 1917
|| | || |||||| | | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 -CA------T---CT---GATGCT------G-T-C----AGGACGTTATACCTTCAGTAT 1920
Query 1918 GCTAAGCTAGAAGAGGATTATGGTCTGGCCAAGCGAGCCATGAAGGTTTATGAGGAAGCC 1977
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GCTAAGCTAGAAGAGGATTATGGTCTGGCTAAACGAGCCATGAAGGTTTATGAGGAAGCC 1980
Query 1978 ACCAAAAAAGTTCCAGAAGGTCAGAAGCTTGAGATGTACGAGATATACATTTCTCGAGCA 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1981 ACCAAAAAAGTTCCAGAAGGTCAGAAGCTTGAGATGTACGAGATATACATTTCCCGAGCA 2040
Query 2038 GCAGAGATATTTGGTGTTCCCAGAACAAGGGAGATTTATGAGCAAGCAATAGAATCTGGG 2097
|| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2041 GCGGAGATATTTGGTGTTCCCAGAACAAGGGAAATATATGAACAAGCAATTGAATCTGGG 2100
Query 2098 CTTCCACACAAGGATGTGAAGATCATGTGCATAAAATTCGCAGAGCTTGAGAGAAGCTTG 2157
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||
Sbjct 2101 CTTCCACATAAGGATGTGAAGATCATGTGCATAAAATTTGCTGAGCTGGAGAGAAGCTTG 2160
Query 2158 GGAGAAATCGATCGTGCTCGTGCACTCTACAAGTATGCCTCTCAGTTTGCAGATCCGAGG 2217
||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2161 GGAGAGATTGATCGTGCTCGTGCACTCTATAAGTATTCCTCCCAGTTTGCAGATCCAAGG 2220
Query 2218 TCCGACCCCGAGTTCTGGAACAAGTGGCATGAGTTCGAGGTCCAGCACGGGAATGAAGAT 2277
|||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2221 TCCGACCCTGAATTCTGGAACAAATGGCATGAGTTCGAGGTCCAGCACGGGAACGAAGAT 2280
Query 2278 ACCTACAGAGAAATGCTCCGTATCAAGCGAAGTGTTTCCGCAAGCTACAGTCAGACCCAT 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2281 ACCTACAGAGAAATGCTCCGTATCAAGCGAAGTGTTTCCGCAAGCTATAGTCAGACTCAT 2340
Query 2338 TTCATTCTACCAGAGAACATGATGCAAAAGGACAAGCTGCTAGATGTGGAAGACGCAAAA 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2341 TTCATTCTACCAGAGAACATGATGCAAAAGGACAAGCTGCTTGATGTGGAAGACGCAAAA 2400
Query 2398 GACGAGCTGAAGAAAGCCGGTTTACCTGAAGACGAAATGGCGGCTCTGGAGAGGCAGCTT 2457
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 GGCGAGCTGAAGAGAGCCGGTTTACCTGAAGACGAAATGGCGGCTCTGGAGAGGCAGCTT 2460
Query 2458 TTGACTACTACAACAACTACCACCACAGATGC-AGCAAAAGATGGCGTAAGAAGAGTTGG 2516
||| | ||||||| || || ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2461 TTG--T-CTACAACTAC--CC-CCACAGA-GCCAGCAAAAGATGGCGGGAGAAGAGTTGG 2513
Query 2517 GTTTGTGAGTGCAGGAGTCATCTCACAGTCTGGTGAGAATGAGGGGAAACCAGTGACAGG 2576
|||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 GTTTGTAAGCGCAGGAGTCATCTCACAGTCCGGTGAGAATGAGGGGAAACCAGTGACAGG 2573
Query 2577 GAATGGAGAAGACATCGAGCTTCCCGATGAAAGTGATGATGAGTCTGATGGAGATGACCA 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 GAATGGAGAAGACATCGAGCTTCCCGATGAAAGTGATGATGAGTCTGATGGAGATGACCA 2633
Query 2637 AGTGGAGATCGCTCAGAAAGAAGTCCCTGCTGCTGTTTTTGGAGGACTTGCTAGAAAGAG 2696
||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 TGTGGAGATCTCTCAGAAAGAAGTCCCTGCCGCTGTTTTTGGAGGACTTGCTAGAAAGAG 2693
Query 2697 AGACGAAAACGATGAAGAAGCTGGAGAAGACGGTGCAGCCAAGAAACTGGGTGCACTTGA 2756
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2694 AGACGAAGACGGCGAAGAAGCTGGAGAAGACGGTGCTGCCCAGAAATTGGGTGCACTTGA 2753
Query 2757 GAGGATCAAGAGACAGAAGCTTAATCAGTGAACAAGCGAGTCATAGACAATTAGTCTTGT 2816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2754 GAGGATCAAGAGACAGAAGCTTAATCAGTGAACAAGCGAGTCGTAGACAATTAGTCTTGT 2813
Query 2817 GCTTCAGTGATTCTGGAACTAAA 2839
|||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2814 GCTT-AGTGATTCTGGAACCAAA 2835
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142875453664
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5