BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg489660 Length=2875 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G28740.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4220 0.0 > AT5G28740.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | chr5:10780647-10783911 FORWARD LENGTH=2923 Length=2923 Score = 4220 bits (2285), Expect = 0.0 Identities = 2664/2843 (94%), Gaps = 42/2843 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGATTTCCAAAGATCTATACCCTTCTCAGGAGGATCTTCTCTATGAGGAAGAG-TT 59 |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 31 ATGGCGATTTCCAAAGATCTCTATCCTTCTCAAGAGGATCTACTCTATGAGGAAGAGCTT 90 Query 60 ATTGCGGAACCCATTCAGCTTAAAGCTATGGTGGAGGTATTTGATAGCGAAAGCGGAATC 119 || || |||| |||||||||||||||||||||||| || | || || ||||| ||||| Sbjct 91 CTT-CGAAACCAATTCAGCTTAAAGCTATGGTGGAGATACCTAATCGCAAAAGCTGAATC 149 Query 120 GCCATTTAAGAAGA-GATTCATCATCTACGAGAGAGCTTTGAAAGCACTTCCTGGAAGCT 178 || |||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 150 TCCTTTTAAGAA-ACGCTTCATCATCTACGAGAGAGCTTTAAAAGCACTTCCTGGAAGCT 208 Query 179 ATAAATTGTGGTACGCTTATCTTAGAGAACGACTCGATATCGTTAGGAATTTGCCAGTTA 238 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 209 ATAAACTGTGGTACGCTTATCTTAGAGAACGACTCGATATCGTTAGGAATTTGCCTGTTA 268 Query 239 CTCATCCTCAGTATGATTCTCTCAATAATACTTTTGAAAGAGCT-TTGGTTACTATGCAT 297 ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||||| Sbjct 269 CTCATCCACAGTACGATTCTCTCAACAATACTTTTGAGAGAGGTCTT-GTTACTATGCAT 327 Query 298 AAGATGCCTAGGATTTGGGTTATGTATCTTCAGACTCTTACGGTTCAGCAATTGATTACT 357 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 328 AAGATGCCTAGGATTTGGGTTATGTATCTTCAGACTCTTACGGTTCAGCAATTGATTACT 387 Query 358 CGGACTCGGAGAACTTTCGACCGTGCGCTTTGTGCGTTGCCTGTTACTCAACATGATAGG 417 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 388 CGGACTCGGCGAACTTTCGACCGTGCGCTTTGTGCTTTACCTGTTACTCAACATGATAGG 447 Query 418 ATTTGGGAACCGTATCTTGTGTTTGTGAGTCAGGATGGGATTCCTATTGAGACTTCTCTT 477 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 448 ATTTGGGAACCGTATCTTGTGTTTGTGAGTCAAAATGGGATTCCTATTGAGACTTCACTT 507 Query 478 AGAGTTTATAGGAGGTATCTTATGTATGATCCTAGTCATATTGAGGAGTTTATTGAGTTT 537 || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 508 AGGGTTTATAGAAGGTATCTTATGTATGATCCTAGTCATATTGAGGAGTTTATTGAGTTT 567 Query 538 CTTGTGAAGTCAGAGCGTTGGCAGGAATCTGCAGAGAGATTAGCTTCTGTGTTGAATGAT 597 ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 568 CTTGTCAAGTCTGAGCGTTGGCAAGAATCTGCAGAGAGATTAGCTTCTGTGTTGAATGAT 627 Query 598 GATAAGTTTTATTCGATTAAAGGGAAGACGAAGCATAAGCTGTGGATGGAGTTGTGTGAG 657 |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 628 GATAAGTTTTATTCTATTAAAGGGAAGACTAAGCATAAACTGTGGTTGGAGTTGTGTGAG 687 Query 658 CTTCTTGTGCATCATGCTAATGTGATTTCGGGTCTTAATGTTGATGCTATCATTAGAGGA 717 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 688 CTTCTTGTGCATCATGCTAATGTGATTTCGGGTCTTAATGTTGATGCTATTATAAGAGGA 747 Query 718 GGTATTAGGAAGTTTACGGATGAAGTGGGTATGTTGTGGACTTCTCTTGCGGATTATTAC 777 |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 748 GGTATTAGGAAGTTTACGGATGAAGTTGGAATGCTGTGGACTTCTCTTGCGGATTATTAC 807 Query 778 ATTAGGAAGAATTTGCTGGAGAAAGCTAGGGATATCTATGAAGAGGGTATGATGAAAGTT 837 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || Sbjct 808 ATTAGGAAGAATTTGTTGGAGAAAGCTAGGGATATTTATGAGGAGGGTATGATGAAGGTA 867 Query 838 GTTACGGTGAGAGATTTTAGTGTGATATTTGACGTTTATTCACGGTTTGAGGAAAGCACT 897 || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || Sbjct 868 GTAACTGTAAGGGATTTTAGTGTGATATTTGACGTTTATTCACGGTTCGAGGAGAGTACG 927 Query 898 GTCGCTAAAAAGATGgagatgatgagttcaagtgatgaagaagatgagaatgaagagaat 957 ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 928 GTCGCGAAGAAGATGGAGATGATGAGTTCAAGTGATGAAGAAGATGAGAATGAAGAGAAT 987 Query 958 ggcgtagaggatgaagatgagGATGTTCGCCTCAATTTTAATCTGTCGGTGAAAGAGCTG 1017 |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 988 GGCGTAGAGGATGATGAAGAGGATGTTCGCCTTAATTTTAATCTGTCGGTGAAAGAGTTG 1047 Query 1018 CAGAGGAAGATACTGAATGGGTTTTGGTTGAACGATGATAATGATGTGGATCTGAGATTG 1077 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1048 CAGAGGAAGATACTGAATGGGTTTTGGTTGAATGATGATAATGATGTTGATCTGAGATTG 1107 Query 1078 GCTCGCTTGGAAGAACTGATGAACAGAAGACCTGCACTAGCAAACAGTGTGCTCCTTAGG 1137 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1108 GCTCGTTTGGAAGAACTGATGAACAGAAGACCTGCACTGGCAAACAGTGTGCTCCTTAGG 1167 Query 1138 CAAAATCCACACAATGTTGAGCAATGGCATCGTAGAGTCAAAATATTCGAAGGAAACGCA 1197 || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 1168 CAGAATCCTCACAATGTTGAGCAATGGCATCGTAGAGTCAAAATATTTGAGGGAAACGCA 1227 Query 1198 GCGAAGCAGATTCTCACATACACAGAAGCAGTGAGGACTGTGGATCCTATGAAAGCAGTT 1257 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1228 GCAAAGCAGATTCTCACATACACAGAAGCAGTGAGGACTGTTGATCCTATGAAAGCAGTT 1287 Query 1258 GGGAAGCCTCACACGTTGTGGGTTGCTTTTGCCAAGTTGTATGAAAATCACAAAGACCTG 1317 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1288 GGGAAGCCTCACACCTTGTGGGTTGCTTTTGCCAAGTTGTATGAAAACCACAAAGACCTG 1347 Query 1318 GTCAATACAAGAGTGATTCTTGACAAGGCAGTCCAGGTAAACTACAAAAACGTAGATCAT 1377 |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1348 GTCAATACTAGAGTGATTTTTGACAAAGCAGTCCAGGTAAACTACAAAACCGTAGATCAT 1407 Query 1378 CTCGCCAGTGTGTGGTGTGAGTGGGCTGAGATGGAATTGAGACACAAGAATTTCAAAGGA 1437 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1408 CTCGCCAGTGTGTGGTGTGAGTGGGCTGAGATGGAGCTGAGACACAAGAATTTCAAAGGA 1467 Query 1438 GCACTAGAGCTGATGAGGCGTGCTACAGCTGTACCAACAGTAGAAGTCAGACGGAGAGTT 1497 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1468 GCATTAGAGCTGATGAGGCGTGCTACAGCTGTACCGACAGTAGAAGTCAGACGGAGAGTT 1527 Query 1498 GCTGCTGATGGCAATGAACCAGTCCAGATGAAGCTGCATAGATCCTTGAGGCTTTGGTCC 1557 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1528 GCTGCTGATGGCAATGAACCAGTCCAGATGAAGCTGCATAGATCCTTGAGGCTTTGGTCC 1587 Query 1558 TTTTATGTTGATCTGGAAGAAAGTCTGGGGACGTTAGAATCGACAAGAGCTGTCTATGAG 1617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1588 TTTTATGTTGATCTGGAAGAAAGTCTGGGGACGTTAGAATCGACAAGAGCTGTCTATGAG 1647 Query 1618 AAAATATTGGATTTGAGAATAGCTACACCACAGATTATATTGAATTATGCTTTCCTTCTT 1677 ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 1648 AAAATATTGGATTTGAGAATAGCTACACCTCAAATTATAATGAATTATGCTTTTCTTCTT 1707 Query 1678 GAGGAAAATAAGTACTTCGAAGATGCGTTCAAGGTGTATGAAAGAGGTGTCAAGATATTC 1737 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1708 GAGGAAAATAAGTACTTTGAAGATGCGTTCAAGGTGTATGAAAGAGGTGTCAAGATATTC 1767 Query 1738 AAGTATCCTCATGTGAAAGACATCTGGGTAACCTATCTTACAAAGTTTGTCAAGAGATAT 1797 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1768 AAGTATCCTCATGTGAAAGACATTTGGGTAACCTATCTTACAAAGTTTGTCAAGAGATAC 1827 Query 1798 GGGAAGACAAAGCTGGAGCGGGCAAAGAGAGTTGTATTGAGCATGCTGTTTCAATGTTCC 1857 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || Sbjct 1828 GGGAAGACAAAGCTGGAGCGGGCAA-GAGAGTTGT-TTGAGCATGCTGTTTCAATGGCCC 1885 Query 1858 TCAGAGAACTTGTCTATTGATGCTCCATCTGATGCTGTCAGGACGTTATACCTTCAGTAT 1917 || | || |||||| | | | ||||||||||||||||||||| Sbjct 1886 -CA------T---CT---GATGCT------G-T-C----AGGACGTTATACCTTCAGTAT 1920 Query 1918 GCTAAGCTAGAAGAGGATTATGGTCTGGCCAAGCGAGCCATGAAGGTTTATGAGGAAGCC 1977 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1921 GCTAAGCTAGAAGAGGATTATGGTCTGGCTAAACGAGCCATGAAGGTTTATGAGGAAGCC 1980 Query 1978 ACCAAAAAAGTTCCAGAAGGTCAGAAGCTTGAGATGTACGAGATATACATTTCTCGAGCA 2037 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1981 ACCAAAAAAGTTCCAGAAGGTCAGAAGCTTGAGATGTACGAGATATACATTTCCCGAGCA 2040 Query 2038 GCAGAGATATTTGGTGTTCCCAGAACAAGGGAGATTTATGAGCAAGCAATAGAATCTGGG 2097 || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 2041 GCGGAGATATTTGGTGTTCCCAGAACAAGGGAAATATATGAACAAGCAATTGAATCTGGG 2100 Query 2098 CTTCCACACAAGGATGTGAAGATCATGTGCATAAAATTCGCAGAGCTTGAGAGAAGCTTG 2157 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| Sbjct 2101 CTTCCACATAAGGATGTGAAGATCATGTGCATAAAATTTGCTGAGCTGGAGAGAAGCTTG 2160 Query 2158 GGAGAAATCGATCGTGCTCGTGCACTCTACAAGTATGCCTCTCAGTTTGCAGATCCGAGG 2217 ||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||| Sbjct 2161 GGAGAGATTGATCGTGCTCGTGCACTCTATAAGTATTCCTCCCAGTTTGCAGATCCAAGG 2220 Query 2218 TCCGACCCCGAGTTCTGGAACAAGTGGCATGAGTTCGAGGTCCAGCACGGGAATGAAGAT 2277 |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2221 TCCGACCCTGAATTCTGGAACAAATGGCATGAGTTCGAGGTCCAGCACGGGAACGAAGAT 2280 Query 2278 ACCTACAGAGAAATGCTCCGTATCAAGCGAAGTGTTTCCGCAAGCTACAGTCAGACCCAT 2337 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 2281 ACCTACAGAGAAATGCTCCGTATCAAGCGAAGTGTTTCCGCAAGCTATAGTCAGACTCAT 2340 Query 2338 TTCATTCTACCAGAGAACATGATGCAAAAGGACAAGCTGCTAGATGTGGAAGACGCAAAA 2397 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2341 TTCATTCTACCAGAGAACATGATGCAAAAGGACAAGCTGCTTGATGTGGAAGACGCAAAA 2400 Query 2398 GACGAGCTGAAGAAAGCCGGTTTACCTGAAGACGAAATGGCGGCTCTGGAGAGGCAGCTT 2457 | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2401 GGCGAGCTGAAGAGAGCCGGTTTACCTGAAGACGAAATGGCGGCTCTGGAGAGGCAGCTT 2460 Query 2458 TTGACTACTACAACAACTACCACCACAGATGC-AGCAAAAGATGGCGTAAGAAGAGTTGG 2516 ||| | ||||||| || || ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2461 TTG--T-CTACAACTAC--CC-CCACAGA-GCCAGCAAAAGATGGCGGGAGAAGAGTTGG 2513 Query 2517 GTTTGTGAGTGCAGGAGTCATCTCACAGTCTGGTGAGAATGAGGGGAAACCAGTGACAGG 2576 |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2514 GTTTGTAAGCGCAGGAGTCATCTCACAGTCCGGTGAGAATGAGGGGAAACCAGTGACAGG 2573 Query 2577 GAATGGAGAAGACATCGAGCTTCCCGATGAAAGTGATGATGAGTCTGATGGAGATGACCA 2636 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2574 GAATGGAGAAGACATCGAGCTTCCCGATGAAAGTGATGATGAGTCTGATGGAGATGACCA 2633 Query 2637 AGTGGAGATCGCTCAGAAAGAAGTCCCTGCTGCTGTTTTTGGAGGACTTGCTAGAAAGAG 2696 ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2634 TGTGGAGATCTCTCAGAAAGAAGTCCCTGCCGCTGTTTTTGGAGGACTTGCTAGAAAGAG 2693 Query 2697 AGACGAAAACGATGAAGAAGCTGGAGAAGACGGTGCAGCCAAGAAACTGGGTGCACTTGA 2756 ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 2694 AGACGAAGACGGCGAAGAAGCTGGAGAAGACGGTGCTGCCCAGAAATTGGGTGCACTTGA 2753 Query 2757 GAGGATCAAGAGACAGAAGCTTAATCAGTGAACAAGCGAGTCATAGACAATTAGTCTTGT 2816 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2754 GAGGATCAAGAGACAGAAGCTTAATCAGTGAACAAGCGAGTCGTAGACAATTAGTCTTGT 2813 Query 2817 GCTTCAGTGATTCTGGAACTAAA 2839 |||| |||||||||||||| ||| Sbjct 2814 GCTT-AGTGATTCTGGAACCAAA 2835 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 142875453664 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5