BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489764
Length=1269
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G28712.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1076... 1890 0.0
> AT5G28712.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:10760797-10762070
REVERSE LENGTH=1274
Length=1274
Score = 1890 bits (1023), Expect = 0.0
Identities = 1192/1274 (94%), Gaps = 10/1274 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCACAAAGTCCACACACTCTAAGTTATGAAGAGAGAATCGAGTTGTGGAGTTTGGAAAAT 60
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Sbjct 1 TCACAAAGTTCACACACTCTAAGTTATGAATAGAGACTCGAGTTGTGGAATTTGAAAAAT 60
Query 61 GAGCAATTTGAGGAGTTGATAATTCAACCATCATTGAATTACTATGAACGATATTTTCAA 120
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Sbjct 61 GAGCAATTTGAGGAGTTGCTAATTCAACCATCATTGAATTACTATGAACGATATTTTCAA 120
Query 121 AGAGTACCTGTTCAAACAGATTGCGGTCTAGGATAGAGAAACATTTGGTCTCGACTACAA 180
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Sbjct 121 AGAGGACCTGTTCAAACAAATTGCGGTCTAGGATGGAGAAACATTTGGTCTCGACTA-AA 179
Query 181 -GAAGATAATGCTGCTTGTCTATAGTTGCTACGGATGTCACTTGATGCATTCACAACATT 239
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Sbjct 180 TGAAGATAATGCTGCTTGTCTACAGTTGCTACGGATGTCACTTGATGCGTTCACAACATT 239
Query 240 GTGTCGTATTCTACAAACCAATTATGGATTACAACCAA-CACTGAATGTAAGCATCGAAG 298
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Sbjct 240 GTGTCATATTCTACAAACCAATTATGGATTACAA-TAACCATTGAATGTAAGCATCAAAG 298
Query 299 AGAGTGTGGCTATATTTCTCCGGATATGTGGGCACAGTGAAGTTCAACGAGATGTTGGAT 358
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Sbjct 299 AGAGTGTTGCTATATTTCTCCGGATATGTAGGCACAATGAAGTTCAACGAGATGTTGGAT 358
Query 359 TACGGTTTGGACGGAATCAAGAAACAGTGAAGAGAAAGTTTTTTGAAGTTCTGACAGCTA 418
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Sbjct 359 TACGGTTTGGACGAAATCAAGAAACAGTGAAGAGAAAGTTTTTTGAAGTTCTGACAGCTA 418
Query 419 CTAAATTACTTGCTTGTGATTATATCAAAACTTCAACAACACAAGAACT-ACATATGATT 477
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Sbjct 419 CTGAATTACTTGCTTGTGATTATATCAAAACTCCAACAACACAAGAA-TGACATAGGATT 477
Query 478 CATGAACGGCTGCAGTTGGATGACAGATATGGGCAATATTTTACTGGATTTGTTGGAGCT 537
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Sbjct 478 CCTGAACGGCTGTAGTTGGATGACTGATATGGGCGATATTTTACTGGATTTGTTGGAGCT 537
Query 538 ATGGATGGGGTTCATGTATGCGTTAAAGTGAAACCCGCATTGCAAGGAATGTATTGGAAT 597
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Sbjct 538 ACGGATGGGATTCATGCATGCGTTAATGTGAAACCCGCATTGCAAGGAATGTATTGGAAT 597
Query 598 CGACATGATAGAACATCTTTTAACATCATGGCAATATGTGATCTAAATATGTTATTCACA 657
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Sbjct 598 CAACATGATATAACATCTTTTAACATCATGGCAATATGTGATCTAAATATGTTATTCACA 657
Query 658 TATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCATGTCGTGATACAGCATTTCTTGCGATGGCACAA 717
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Sbjct 658 TATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCATGTCATGATACAACAGTTCTTGTGATGGCACAA 717
Query 718 GAAAA-TGATCCTGAATTTCCAATGCCTCCGGCAGACAAGTACTATGTTGTGGATTCTGG 776
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Sbjct 718 AAAAAATGATCCTGAATTTCCAATGCCTCCGGCAGACAAGTACTATGTTGTAGATTCTGG 777
Query 777 CTATCCAAATAAAAAAGGATTTTTGGCTCTGTACAGATCTTCACGAAACAAGATAGTAAG 836
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Sbjct 778 ATATCCATATATAAAAGGATTTTTGACCCTGTACAGATCTTTACGAAACAGGATAGTAAG 837
Query 837 GTATCATATGTCACAATTTAACACTAATCGTCCTTCGAGGAATAAACATGAATTGTTTAA 896
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Sbjct 838 TTATCATATGTCACAATTTAACACTAATCATCCTCCGAGGAATAAACATGAATTGTTTAA 897
Query 897 TAGATGGCATGCTTCTTTGCAGTCAGTTATTAAGAGGACATTTGGTGTTTAGAAGAAAAA 956
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Sbjct 898 TAGATGGCATGCTTCTTTGCGGTCTGTTATTGAGAGGACATTTGGTGTTTGGAAGAAAAA 957
Query 957 GTGGAGGATTCTTTGTGAGTTCTCTAGATATAATATTGAAGTGCAAAAAAGAGTGGTAAT 1016
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Sbjct 958 GTGGAGGATTCTTTCTAAGTTCCCTAGATATATTATTGAAGTGCAAAAAT-AGTGGTAAT 1016
Query 1017 TGCTACAATGGGACTACATAATTTTATTAGAATTTCAAATTTTCCATATGAAGATTTCTC 1076
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Sbjct 1017 TGCTACAATGGGACTACAAAATTTTATTAGAATTTCAAATTTTCCAGATGAAGATTTCAC 1076
Query 1077 TGAAAGAATGGGACACACTGAGAATAGCAACACAGACGGTGCAACTGA-TCAAGATGATA 1135
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Sbjct 1077 TAAAAGAATGGGACACACTAAGAATAGCTACACAGACAATGCAAC-GAATCAAGATGAAA 1135
Query 1136 TGGAAGCAGCAGAGGTAGAAGATGGAGATGTAATGGCAAACATCAAAGAATATATTGCAA 1195
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Sbjct 1136 TGGAAGCAGCAGAGGTAGAAGATGAAGATGTAATGGCAAACATCAGAGAATATATTGCAT 1195
Query 1196 ATAAACTATGGCAAGATAAAAATACTGGATAGTAGAAGTTTCAGTCATTTTTATGTGTTA 1255
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Sbjct 1196 ATAAACTATGGCAAGATAAAAATACTGTATAGTAGAAGTTTCAGTCATTTTCATGTGTTA 1255
Query 1256 TTTTGTATTTATTT 1269
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Sbjct 1256 TTTTATATTTATTT 1269
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62399277435
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5