BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489951
Length=3449
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G11130.1 | Symbols: RDR2, SMD1 | RNA-dependent RNA polymeras... 5452 0.0
> AT4G11130.1 | Symbols: RDR2, SMD1 | RNA-dependent RNA polymerase
2 | chr4:6780522-6784440 FORWARD LENGTH=3452
Length=3452
Score = 5452 bits (2952), Expect = 0.0
Identities = 3289/3454 (95%), Gaps = 14/3454 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGTCAGAGACGACGACGAACCGATCAACACTCAAAATCTCCAACGTTCCTCAAACC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTGTCAGAGACGACGACGAACCGATCAACGGTTAAAATCTCAAACGTTCCTCAAACC 60
Query 61 ATAGTCGCTGACGAACTCCTCCGGTTCCTAGAGCTCAACCTCGGCGAAGACACCGTATTC 120
|||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| || ||||||
Sbjct 61 ATAGTCGCCGACGAACTCCTCCGGTTCTTAGAACTCCACCTCGGCGAAGATACTGTATTC 120
Query 121 GCCCTCGAAATCCTAACAACTCGGGACAATTGGAAGCCAAGAGACTTCGCTCGAGTACAA 180
|| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCACTCGAAATCCCAACAACTCGTGACAATTGGAAGCCAAGAGACTTCGCTCGAGTACAA 180
Query 181 TTCACTACCCTCGAAGTCAAATCTCGTGCCCAGCTTCTCTCTTCTCAAAGCAAGCTCCTT 240
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCACTACCCTCGAAGTCAAATCTCGAGCCCAGCTTCTCTCTTCTCAAAGCAAGCTCCTT 240
Query 241 TTCAAAACCCATAACCTAAGACTCTCTGAAGCTTACGACGATATCATCCCTCGTCCTGTA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCAAAACCCATAACCTAAGACTCTCTGAAGCTTATGATGATATCATCCCTCGTCCTGTA 300
Query 301 GATCCAAGGAGAAGACTAGACGACATCGTTTTGACTGTTGGGTTTCCTGAGTCTGACGAG 360
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 301 GATCCAAGGAAAAGGCTAGACGACATCGTTTTGACTGTTGGGTTTCCTGAGTCTGATGAA 360
Query 361 AAGAGGTTTTGTGCCCTAGAAAAATGGGATGGTGTGAGGTGTTGGATTTTGGA-AGAGAA 419
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 361 AAAAGGTTTTGTGCCCTAGAAAAATGGGATGGTGTGAGGTGTTGGATTTT-GACTGAGAA 419
Query 420 GAGAAGACTTGAGTTTTGGGTTTGGGACAA-TGGTGAATGTTATAAGATTGAAGTTAGGT 478
||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GAGAAGAGTTGAGTTTTGGGTTTGGGA-AAGTGGTGATTGTTATAAGATTGAAGTTAGGT 478
Query 479 TTGAGGATATTGTTGAAACTCTTTGTTGTTGTGTTAATGGTGATGCTTCTGAGATTAATG 538
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 479 TTGAGGATATTATTGAAACTCTTAGTTGTTGTGTTAATGGTGACGCTTCTGAGATTGATG 538
Query 539 CATTTCTTCTCAAGCTGAAATATGGACCGAAGGTATTTAAAAGAGTATCAGGACCTCATA 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |
Sbjct 539 CATTTCTTCTCAAGCTGAAATATGGACCGAAGGTATTTAAAAGAGTAACA-G--TTCACA 595
Query 599 TAGCCACAAAGTTTAAGTCTGATCGGTACCGATTCTGCAAGGAGGATTTTGATTTCATGT 658
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 TAGCCACAAAGTTTAAGTCTGATCGGTACAGATTCTGCAAGGAGGATTTTGATTTCATGT 655
Query 659 GGATTCGGACAACTGATTTCTCTGATTTGAAATCAATTGGTATATCAACTTGCTTTTGTT 718
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 656 GGATTCGGACAACTGATTTCTCTGGTTCGAAATCAATTGGTACATCAACTTGCTTTTGTT 715
Query 719 TGGAAGTCCACAACGGCTCAACGATGTTGGACGTTTTCTCGGGCTTACCTTACTACAGAG 778
||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 716 TGGAAGTCCACAATGGCTCAACGATGTTAGACATTTTCTCGGGCTTACCTTACTACCGAG 775
Query 779 AAGAAACTTTGAGTCTAACTTTTGTGGATGGGAAGAACTTTGCCTCTGTATCTCAAATTG 838
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||
Sbjct 776 AAGACACTTTGAGTCTAACTTATGTGGATGGGAAGACCTTTGCTTCTGCAGCTCAAATTG 835
Query 839 TTCCCCTCTTGAATGCCGCCATTCTGGGGTTAGAGTTTCCATATGAGATCCTTTTCCAAC 898
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 TTCCCCTCTTGAATGCCGCCATTTTGGGGTTAGAGTTTCCATATGAGATCCTTTTCCAAC 895
Query 899 TCAATGCGCTTGTTCACGCACAGAAAATCAGTCTTTTTGCTGCGTCAAATATGGAACTGA 958
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 896 TCAATGCGCTTGTTCATGCGCAGAAAATCAGTCTTTTTGCTGCGTCAGATATGGAACTGA 955
Query 959 TCAACATTTTTCGTGGTTTGAGCTTGGAAACCACTTTGGTGATCCTCAAGAAACTTCACC 1018
|||| || |||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 TCAAAATCCTTCGTGGTATGAGTTTGGAAACCGCATTGGTGATCCTCAAGAAACTTCACC 1015
Query 1019 AGCAAAGCTCTATATGTTATGATCCTCTCTTCTTTGTCAAGACTCAGATGCAATCTGTGG 1078
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 AGCAAAGTTCTATATGTTATGATCCTGTCTTCTTTGTCAAGACTCAGATGCAATCTGTGG 1075
Query 1079 TTAAGAAGATGAAGCATTCCCCTGCATCAGCTTATAAAAGATTAACCGAGCAGAACATCA 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1076 TTAAGAAGATGAAGCATTCCCCTGCATCAGCTTATAAAAGATTGACCGAGCAGAACATCA 1135
Query 1139 TGAGTTGTCAGAGAGCCTACGTTACACCCTCAAAGATTTATCTGTTGGGTCCAGAGCTTG 1198
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TGAGTTGTCAGAGAGCTTACGTTACACCCTCAAAGATCTATCTGTTGGGTCCAGAGCTTG 1195
Query 1199 AGACTGCCAATTATGTTGTGAAGAACTTTGCAGAGCATGTCTCAGATTTCATGAGAGTTA 1258
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1196 AGACTGCAAATTATGTTGTGAAGAACTTTGCAGAGCATGTCTCGGATTTCATGAGAGTTA 1255
Query 1259 CTTTTGTTGAAGAAGATTGGAGCAAGCTTCCTGCAAATGCTCTTTCTGTGAACTCCAAGG 1318
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1256 CTTTTGTGGAAGAAGATTGGAGCAAGCTTCCCGCAAATGCTCTCTCTGTGAACTCCAAGG 1315
Query 1319 AAGGCTATTTTGTGAAGCCCTTTAGAACCAACATTTATAACAGGGTGTTGTCAATCCTTG 1378
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 AAGGCTATTTTGTGAAGCCCTCTAGAACCAACATTTATAACAGGGTGTTGTCAATCCTTG 1375
Query 1379 GAGAAGGGATCACCGTTGGGCATAAGAGGTTTGAGTTCTTGGCTTTTTCAGCCAGCCAAC 1438
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1376 GAGAAGGGATTACCGTTGGGCCTAAGAGGTTTGAGTTCTTGGCTTTTTCAGCGAGCCAAC 1435
Query 1439 TGCGAGGAAATTCGGTCTGGATGTTTGCTTCTAACGAGAAAATAAAAGCTGAAGATATAA 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1436 TGCGAGGAAATTCGGTCTGGATGTTTGCTTCTAACGAGAAAGTAAAAGCGGAAGATATAA 1495
Query 1499 GAGAATGGATGGGTTGTTTCCGTAAAATCCGAAGCATTTCTAAATGTGCTGCTAGGATGG 1558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GAGAATGGATGGGTTGTTTCCGTAAAATCCGAAGCATTTCCAAATGTGCTGCTAGGATGG 1555
Query 1559 GTCAGTTGTTCAGTGCTTCGCGGCAGACACTTAATGTCCGTGCACAAGATGTGGAGCAGA 1618
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 GTCAGTTGTTCAGTGCTTCGCGGCAAACACTTATTGTCCGTGCACAAGATGTGGAGCAGA 1615
Query 1619 TTCCCGACATCGAAGTGACTACTGATGGTGCTGATTACTGCTTCTCGGATGGCATCGGGA 1678
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1616 TTCCCGACATCGAAGTGACAACTGATGGTGCTGATTACTGCTTCTCGGATGGCATTGGGA 1675
Query 1679 AAATTTCACTGGCATTTGCTAAGCAAGTTGCACAGAAGTGTGGATTGAGTCATGTCCCTT 1738
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AAATTTCACTTGCATTTGCCAAGCAAGTTGCACAGAAGTGTGGATTGAGTCATGTCCCTT 1735
Query 1739 CTGCATTTCAAATTCGATATGGTGGCTACAAAGGTGTGATTGCCGTTGACCGCAGTTCCT 1798
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1736 CTGCCTTTCAAATTCGATACGGTGGCTACAAAGGTGTGATTGCTGTTGACCGCAGTTCCT 1795
Query 1799 TCAGAAAGATGTCTCTGCGTGATAGTATGCTTAAATTTGACTCGAACAACAGGATGCTTA 1858
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1796 TCCGAAAGTTGTCTCTGCGTGATAGTATGCTTAAATTTGACTCGAACAACAGGATGCTGA 1855
Query 1859 ACGTTACCAGGTGGACAGAGTCGATGCCTTGCTTCTTAAACCGGGAGATCATTTGCCTTT 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 ACGTTACCAGGTGGACAGAGTCGATGCCTTGCTTCTTAAACCGGGAGATCATTTGCCTTT 1915
Query 1919 TGTCGACGCTTGGAATAGAAGATGCAGTGTTTGAGGCGATGCAATCGGTGCATTTATCTA 1978
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1916 TGTCGACCCTTGGAATAGAAGATGCAATGTTTGAGGCGATGCAAGCGGTGCATTTATCTA 1975
Query 1979 TGCTGGGGAATATGCTTGAAGACCGCGATGCAGCACTAAATGTTCTGCAAAAATTGAGCG 2038
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1976 TGCTTGGGAATATGCTTGAAGACCGCGATGCAGCACTTAATGTTCTGCAGAAATTGAGCG 2035
Query 2039 GAGAAAATTCCAAGAATCTGCTAGTTAAGATGCTGCTTCAAGGATATGCACCAAGTTCGG 2098
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2036 GAGAAAATTCCAAGAATTTGCTAGTTAAGATGCTGCTTCAAGGATATGCACCGAGTTCAG 2095
Query 2099 AACCTTACCTCTCAATGATGCTTCGTGTGCACCACGAGAGCCAGCTTTCTGAACTAAAGA 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 AACCTTACCTCTCAATGATGCTTCGTGTGCACCACGAGAGCCAGCTTTCTGAACTAAAGA 2155
Query 2159 GCAGGTGCAGGATACTTGTACCGAAAGGACGAATCTTGATCGGTTGCATGGATGAAATGG 2218
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GCAGATGCAGGATACTTGTACCGAAAGGACGGATCTTGATCGGTTGCATGGATGAAATGG 2215
Query 2219 GTATCCTGGAATATGGCCAAGTGTTTGTTCGTGTAACCCTGACTAAAGCGGAACTTAAAT 2278
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2216 GTATCCTGGAGTATGGCCAAGTGTATGTTCGTGTAACCCTGACTAAAGCGGAACTGAAAT 2275
Query 2279 CTCGCGAACAGAGCTACTTCCACAAGATTGATGAGGAAACATCTGTGGTGATTGGGAAAG 2338
||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2276 CTCGCGATCAGAGCTACTTTCGCAAGATTGATGAGGAAACATCTGTGGTTATTGGGAAAG 2335
Query 2339 TGGTCGTCACGAAAAACCCATGTCTTCACCCTGGAGATATCAGAGTTCTTGACGCAATAT 2398
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 2336 TGGTCGTGACGAAAAACCCATGTCTTCACCCTGGAGATATTAGAGTTCTTGATGCTATAT 2395
Query 2399 ATGAGGTCAATTTCGAAGAAAAGGGATTTCTTGACTGCATCATCTTTCCTCAGAAGGGAG 2458
|||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 ATGAGGTCCATTTCGAAGAAAAGGGATATCTCGACTGCATCATCTTTCCTCAGAAGGGAG 2455
Query 2459 AAAGGCCACATCCAAATGAATGTTCTGGTGGTGATCTCGACGGAGACCAGTTTTTTGTTA 2518
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 AAAGACCACATCCAAATGAATGTTCTGGTGGCGATCTCGACGGAGACCAGTTTTTTGTTA 2515
Query 2519 GTTGGGATGAGAAGCTTATACCAAGCCAAATGGACCCTCCAATGGACTACGCTGGAAGCA 2578
| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2516 GCTGGGATGAGAAGATTATACCTAGCGAAATGGACCCTCCAATGGACTATGCTGGAAGCA 2575
Query 2579 GACCTCGTATAATGGACCATGACGTCACCTTAGAGGAAATCCACAAATTTTTTGTGGATT 2638
| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 GGCCTCGTCTAATGGATCATGACGTCACGTTAGAGGAAATCCACAAATTTTTTGTGGATT 2635
Query 2639 ATATGATAAGCGACACGCTTGGGGTGATCTCAACTGCACATTTGGTTCACGCAGACCGTG 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 ATATGATAAGCGACACGCTTGGGGTGATCTCAACTGCACATTTGGTTCACGCAGACCGTG 2695
Query 2699 ATCCAGAAAAAGCCCGGAGTCAGAAGTGTCTAGAGTTAGCAAATCTTCACTCTAGGGCTG 2758
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 ACCCTGAAAAAGCCCGGAGCCAGAAGTGTCTAGAGTTAGCAAATCTTCACTCTAGGGCTG 2755
Query 2759 TTGATTTTGCGAAAACTGGAGCTCCAGCTGAGATGCCTTATGCCTTAAAGCCCAGAGAGT 2818
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TTGATTTTGCAAAAACTGGAGCTCCAGCTGAGATGCCTTATGCCTTAAAGCCCAGAGAGT 2815
Query 2819 TCCCTGATTTCCTGGAACGGTTTGAGAAACCAACATACATCTCTGAGTCTGTGTTTGGAA 2878
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2816 TCCCTGATTTTCTGGAACGGTTTGAGAAACCAACATACATCTCTGAGTCTGTGTTTGGGA 2875
Query 2879 AACTCTACCGTGCTGTGAAAAGCTCGT-TAGCACAGAGAAAGCCAGAAGCTGAGAGCGAT 2937
|||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 AACTATACCGTGCTGTGAAGAGCTC-TCTAGCACAGAGAAAGCCAGAAGCTGAGAGCGA- 2933
Query 2938 GG-CACGCTAACTTATGATGCGACACTTGAAGAAACTGGCTTTGAGAGCTTTATAGAGAC 2996
|| |||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 GGACACGGTAGCTTATGATGTGACACTTGAAGAAGCTGGCTTTGAGAGCTTTATAGAGAC 2993
Query 2997 AGCGAAAGCCCATAGAGACATGTATGCTGAGAAATTGACCTCATTAATGATATACTACGG 3056
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 2994 AGCGAAAGCCCATAGAGACATGTATGGTGAGAAACTGACCTCGTTGATGATATACTATGG 3053
Query 3057 AGCTGTC-AACGAAGAGGAGATTCTCACAGGCATTTTGAAAACCAAGGAGATGTATCTGG 3115
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3054 AGCTG-CTAACGAAGAGGAGATTCTCACAGGCATTTTGAAAACCAAGGAGATGTATCTGG 3112
Query 3116 CGAGAGATAACCGGAGGTATGGTGATATGAAGGATAGAATTACGCTGTCCGTGAAAGATT 3175
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3113 CGAGAGATAACCGGAGGTATGGTGATATGAAGGATAGAATTACGCTTTCCGTGAAAGATT 3172
Query 3176 TGCATAAAGAGGCCATGGGATGGTTCGAGAAAAGCTGCGAGGACGAACAACAGAAGAAGA 3235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 TGCATAAAGAGGCCATGGGATGGTTCGAGAAAAGCTGCGAGGACGAACAACAGAAGAAGA 3232
Query 3236 AGCTAGCATCGGCGTGGTACTATGTAACATACAACCCGAGCCATCGCGATGAGAAGTTGA 3295
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||
Sbjct 3233 AGCTAGCATCGGCGTGGTACTATGTAACATACAATCCAAACCATCGCGATGAGAAGTTGA 3292
Query 3296 CATTCTTGAGTTTCCCATGGATCGTAGGTGACGTTTTACTTGATATAAAAGCTGAAAATG 3355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3293 CATTCTTGAGTTTCCCATGGATCGTAGGTGACGTTTTGCTTGATATAAAGGCTGAAAATG 3352
Query 3356 CACAGAGACAGAGCATTGAAGAGCCAACAAGTGGACTTGTATCCATTTGAATTACCCTAT 3415
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3353 CACAGAGACAGAGCGTTGAAGAGAAAACAAGTGGACTTGTATCCATTTGA-TTGCCCTAT 3411
Query 3416 CTAACACTTGGTGTAGTATAATTGCTAGCTAAAG 3449
||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 3412 ATAACACTTGGTGTAGTAGAATTGCTAGTTAAAG 3445
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171671278946
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5