BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490107
Length=3148
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G04670.1 | Symbols: | Met-10+ like family protein / kelch r... 4957 0.0
> AT4G04670.1 | Symbols: | Met-10+ like family protein / kelch
repeat-containing protein | chr4:2367566-2372216 FORWARD LENGTH=3251
Length=3251
Score = 4957 bits (2684), Expect = 0.0
Identities = 2996/3147 (95%), Gaps = 20/3147 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 AACAGAGATGGATTTCGAGAAGAGAAAAGCTGCAACACTAGCTTCAATTCGTTCGTCAGT 78
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 31 AACAGAGATGGATTTCGAGAAGAGAAAAGCTGCGACACTTGCTTCAATTCGTTCATCAGT 90
Query 79 GACTGACAAATCTCCCAAAGGTTTTCTCGACGAACCCATCATCCCTCTTCTCGAAACCAT 138
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 91 GACTGATAAATCTCCCAAAGGTTTTCTCGACGAACCCATCATCCCTCTCCTCGAAACCAT 150
Query 139 CAATCACCACCCATCTTACTTCACTACCAGTTCCTGCTCAGGTCGAATCTCAATCCTCTC 198
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 151 CAATCATCACCCATCTTACTTCACTACCAGTTCCTGCTCAGGTCGAATCTCAATCCTTTC 210
Query 199 TCAACCCAAACCAAAATCGAATGATTCAACGAAGAAGAAAGCTCGTGGCGGTTCATGGCT 258
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 TCAACCCAAACCAAAATCGAATGATTCAACTAAGAAGAAAGCTCGTGGCGGTTCATGGCT 270
Query 259 CTATATCACACACGACCCAGCTGATTCGGATTTGGTAATTTCTCTGCTTTTTCCTTCGAA 318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 271 CTATATCACACACGACCCAGCTGATTCGGATTTGGTAATTTCTCTCCTTTTCCCTTCCAA 330
Query 319 GTCAAATCAGATTGACCCAATTGACCAGCCTAGCGAATTAGTCTTCCGATTCGAGCCGTT 378
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 331 GTCAAATCAGATTGACCCAATTGACCAACCTAGCGAATTAGTCTTCCGATTCGAGCCGTT 390
Query 379 GATCATTGCTGTCGAATGTAAGGATTTGGGTTCGGCTCAGTTTCTTGTGGCGTTAGCTAT 438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 391 GATCATTGCTGTCGAATGTAAGGATTTGGGTTCGGCTCAGTTTCTTGTGGCGTTGGCTAT 450
Query 439 CTCAGCTGGGTTTAGAGAATCGGGTATCACATCTTGTGGTGATGGCAAAAGGGTTATTAT 498
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 451 ATCAGCTGGGTTTAGAGAGTCTGGTATCACATCTTGTGGTGATGGCAAAAGGGTAATTAT 510
Query 499 AGCTATACGATGTTCGATTCGAATGGAGGTGCCTCTTGGTGATACAGAGAAGCTGATGGT 558
|||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 511 AGCTATACGATGCTCCATTCGAATGGAGGTTCCTATTGGTGATACAGAGAAGCTTATGGT 570
Query 559 TTCACCAGAGTATGTGAAGTTTCTTGTTGATATTGGAAATGAGAAGATGGATGCTAATAG 618
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 GTCACCAGAGTATGTGAAGTTCCTTGTTGATATTGCTAATGAGAAGATGGATGCTAATAG 630
Query 619 GAAGCGAACCGATGGGTTTAGTGTAGCTTTGACTAGTAATGGTTTCAAGAATCCAGATGC 678
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 GAAGCGAACCGATGGGTTTAGTGTAGCTTTGGCTAGTAATGGTTTCAAGAATCCAGATGA 690
Query 679 AAATGATGTTGATGAAGATGATAATTACGAGAATCTAGCTGGAGATCATGATTCAAGTAT 738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||
Sbjct 691 AAATGATGTTGATGAAGATGATAATTACGAGAATCTAGCTGCAAATCATGACTCAAGTAT 750
Query 739 CAACAATGGAAACTTGCATCCTGGGCTTCAGCAAGATCTCATACCGCTCTCGAAATTATC 798
|||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||| || ||||| ||| |||||||||
Sbjct 751 CAACAACGGAAACTTGTATCCTGGGGTTCAGAAAGAACTTATACCACTCGAGAAATTATC 810
Query 799 TATAGTCGGGGAACCTGTTGAGAAGCTCCACCTTTGGGGACACTCAGCTTGTACGATAGA 858
|| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 CATTGTTGGGGAACCTGTTGAGAAGCTTCACCTTTGGGGACACTCAGCTTGTACGATAGA 870
Query 859 TAAAACAGACCGAAAAGAGGTTATCGTGTTTGGTGGCTTTGGAGGTTTTGGTAGACATGC 918
| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 871 TGAATCAGACCGGAAAGAGGTTATCGTGTTTGGTGGGTTTGGAGGTTTTGGTAGACATGC 930
Query 919 TCGAAGAAATGAGTCTCTGTTGCTCGATCCTTCATGTGGCACCTTAAAGTTGATTGCTGT 978
||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 TCGAAGAAACGAGTCTTTGTTGCTCAATCCTTCATGTGGCACCTTAAAGTTGATTGCTGT 990
Query 979 CAATGAATCTCCATCAGCACGACTTGGCCACACAGCTTCCATGGTTGGTGATTTCATGTT 1038
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 991 CAATGAATCTCCATCGGCACGACTTGGCCACACAGCTTCAATGGTTGGCGATTTCATGTT 1050
Query 1039 TGTGATTGGAGGAAGGGCTGATCCCTTGAACATTTTGAATGATGTGTGGAGGCTCGATAT 1098
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 TGTAATTGGAGGAAGGGCTGATCCCTTGAACATTTTGAATGATGTGTGGAGGCTCGATAT 1110
Query 1099 ATCCAAGGGTGAATGGAGCTCACAGAGGTGTATTGGAAGTGAATTTCCTCCAAGGCATCG 1158
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 ATCCACGGGTGAATGGAGCTCACAGAGGTGTGTTGGAAGTGAATTTCCTCCAAGGCATCG 1170
Query 1159 GCATGCAGCAGCCAGTGTTGGCTCAAAAGTATACATATTCGGTGGGCTTTACAATGATAA 1218
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171 ACATGCAGCAGCCAGTGTTGGCACAAAAGTATACATATTCGGTGGGCTTTACAATGATAA 1230
Query 1219 GATAGTTTCCTCTTTGCACCTTTTGGATACAAAGGACCTTCAGTGGAAAGAAGTTGAACA 1278
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1231 GATAGTTTCCTCTATGCACATTTTGGATACAAAGGACCTTCAGTGGAAAGAAGTTGAGCA 1290
Query 1279 ACAAGGTCAATGGCCCTGTGCGCGCCACTCTCATGCTATGGTTGCATATGGGTCGCAGTT 1338
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 ACAAGGTCAATGGCCCTGTGCGCGCCATTCGCATGCTATGGTTGCATATGGGTCGCAGTC 1350
Query 1339 ATTCATGTTTGGAGGGTACAGTGGGGAAAATGTACTCAATGATCTATACAGCTTTGATGT 1398
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 ATTCATGTTTGGAGGATACAATGGGGAAAATGTACTCAATGATCTATACAGCTTTGATGT 1410
Query 1399 CCAAAGCTGTTCTTGGAAACTTGAAGTGATTTCTGGAAAATGGCCTCATGCCAGGTTTTC 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 CCAAAGCTGTTCTTGGAAACTTGAAGTGATTTCTGGAAAATGGCCTCATGCCAGGTTTTC 1470
Query 1459 ACACTCAATGTTTGTTTATAAGCATATTATTGGCATAATTGGAGGTTGTCCTGTTTCACA 1518
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1471 ACACTCAATGTTTGTTTATAAGCATACCATTGGCATAATTGGAGGTTGTCCTGTCTCACA 1530
Query 1519 AAATTGTCAAGAGTTGACTTTGCTAGATCTGAAGCACCGATTGTGGAGGAGTGTGAGATT 1578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 AAATTGTCAAGAGTTGACTTTGCTAGATCTGAAGCACCGATTGTGGAGGAGTGTGAGATT 1590
Query 1579 GGAATTTATGAACAAAGAGTTGTTTGTTAAAAGTACAGCCAGCGTTCTTGGTGATGATCT 1638
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1591 GGAATTTATGAACAAAGAGTTGTTTGTTAGAAGTACAGCCAGCATTCTTGGTGATGATCT 1650
Query 1639 TATCGTCATTGGGGGTGGGGCTGCTTGCTATGCTTTTGGGACAAAGTTTAGTGAACCAGT 1698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651 TATCGTCATTGGGGGTGGGGCTGCTTGCTATGCTTTTGGGACAAAGTTTAGTGAACCAGT 1710
Query 1699 GAAAATCAACTTGTTTCAATCTGTGACTATGAGTGAAAATAATGTTCCTCTCCAACCTGA 1758
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||
Sbjct 1711 GAAAATCAACTTGGTTCAATCTGTGACTATGAGTGAAAATCATCTTCCTCCCCAACCTGA 1770
Query 1759 AGATGTTTCTATAGAATCGAATAAAAACGATGCAGATTTGAAGACTGAAATGTCTCTATC 1818
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||
Sbjct 1771 AGATGTTTCTCTAGAATCGAATAAAAACAATGCAGATTTGAAGACTGAGACGTCTCTGTC 1830
Query 1819 TCAACCATGGGTGATACAGTTAGAAAGAAAGTATGCAAAGTTTGGCAAGGATATACTTAA 1878
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1831 TCAACCATGGGTGATACAGCTAGAAAGAAAGTATGCAAAGTTCGGCAAGGACATACTTAA 1890
Query 1879 AAGTTTCGGATGGTTAGACCTTGAGAGGAAGGTTTACTCAAACGAAAAAGGTCTTTGTAT 1938
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 AAGTTTCGGATGGTTAGACCTTGAGAGAAAGGTTTACTCAAACGAAAAAGGTCTTTGTAT 1950
Query 1939 ATGCTTTCCTGTGACTGAAAAGTTTTCTGAACTTTTCCATGAGAAGCAGCTTTTGGGCAA 1998
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1951 ATGCTTTCCTGTGACTGAAAACTTTTCTGAACTTTTCCATGAGAAGCAGCTATTGGGCAA 2010
Query 1999 GGACTTAGAAGGGTCAGAGGATGATAGCCTAGA-AAAGGGTCTATCCTTAAAAGATATAT 2057
|||||| ||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2011 GGACTTTGAAAGGTCAGAGGAAAATAATCTA-ACAAAGGGTCTATCGTTAAAAGATATAT 2069
Query 2058 CCAGCTCAGCGGCTTTGAATCTTTTGAAGGAACATGGTGCTAAAAAACTCATTAATGTAG 2117
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2070 CCTGCTCAGCGGCTTTGAATCTATTGAAGGAACATGGTGCCAAAAAACTCATTAATGTAG 2129
Query 2118 CTTTTGAAGCCAAAAAAGTTGCAAAATCCCCCTTACAGAGAATGAGAGAAGATATCACAT 2177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2130 CTTTTGAAGCCAAAAAAGTTGCAAAATCCCCCTTACAGAGAATGAGAGAAGATATCACAT 2189
Query 2178 CTATACTTAAACAGAAAGGCCTACCGGAAGAGCTTTTGGACGAGCTCCCACAGAAATGGG 2237
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2190 CTATACTTAAACAGAAAGGCCTACCAGAAGAGCTTTTGGATGAGCTCCCACAGAAATGGG 2249
Query 2238 AACGGCTTGGGGATATTGTTGTGCTTCCTGCAACATCCTTTAAAGATCCAACTTGGAGCT 2297
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2250 AACGGCTTGGGGATATTGTTGTGGTTCCTGCAACATCCTTTAAAGATCCAACTTGGAGCT 2309
Query 2298 CTATCAGTGATGAAGTTTGGTGTGCTGTTTCTAAATCACTTAGTGCCAACCGCCTTGCAC 2357
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2310 CTATCAATGATGAAGTTTGGTGTGCTGTTTCTAAATCGCTTAGTGCCAACCGCCTTGCAC 2369
Query 2358 GCCAGGGACGAGTTGAACCTAATGGTACAAGGGATAGTACATTGGAGATTCTCGTGGGAG 2417
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2370 GCCAAGGACGAGTTGAACCTAATGGTACAAGGGATAGTACATTGGAGATTCTTGTGGGAG 2429
Query 2418 ATAATGGATGGGTTGATCACCGTGAAAATGGGATCTTGTACTCTTTCGATGCTACAAAGT 2477
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2430 ACAATGGATGGGTTAATCACCGTGAAAATGGGATCTTGTACTCTTTCGATGCTACGAAGT 2489
Query 2478 GTATGTTCTCATGGGGTAATCTCTCAGAAAAGCTTCGTATGGGTAACATGGCCTGTGCAA 2537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2490 GTATGTTCTCATGGGGTAATCTCTCAGAAAAGCTTCGTATGGGTAACATGGCCTGTGAAA 2549
Query 2538 ATGAAGTTGTGGTGGACCTGTTTGCTGGAATTGGATATTTTGTTCTCCCATTTCTTGTGA 2597
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2550 ATGAAGTTGTCGTGGACCTGTTTGCTGGAATTGGATATTTTGTTCTCCCATTTCTTGTGA 2609
Query 2598 GGGCAAAAGCAAGGCTAGTATATGCATGTGAGTGGAATCCCCATGCTATCGAAGCTCTTC 2657
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2610 GGGCAAAAGCAAAGCTAGTATATGCTTGTGAGTGGAATCCCCATGCTATTGAAGCTCTTC 2669
Query 2658 GACGTAATGTTGAAGCAAATTCTGTTTCTGACCGTTGTATCATTCTTGAAGGGGATAACC 2717
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2670 GACGTAATGTTGAAGCAAATTCTGTTTCTGAGCGTTGTATCATTCTTGAAGGGGATAACC 2729
Query 2718 GGATCACCGCACCGAAAGGAGTAGCTGACAGAGTCAATCTTGGTCTTATCCCGAGTAGCG 2777
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2730 GGATCACCGCACCAAAAGGAGTAGCTGACAGAGTCAATCTTGGTCTCATCCCGAGTAGCG 2789
Query 2778 AAGGAAGCTGGGTCACAGCTATTCAGGCATTAAGGCCTGAGGGAGGAATACTCCATGTGC 2837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2790 AAGGAAGCTGGGTCACAGCTATTCAGGCATTAAGGCCTGAGGGAGGAATACTCCATGTGC 2849
Query 2838 ACGGAAACGTCAAGGACTCAGATGAGAGCAGTTGGGGCGAGCATGTCACCAAAACATTAA 2897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2850 ACGGAAACGTCAAGGACTCAGATGAGAGCAGTTGGGGCGAGCATGTCACCAAAACATTAA 2909
Query 2898 GTGATATCGCCAGAGCCGAAGGTCGTAGCTGGGAAGTTACAGTGGAACATATAGAGAAGG 2957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2910 GTGATATCGCCAGAGCCGAAGGTCGTAGCTGGGAAGTTACAGTGGAACATATAGAGAAGG 2969
Query 2958 TGAAATGGTACGCTCCTCGGATTCGCCATCTTGTCGCCGATGTGAGATGCAGATGATG-- 3015
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2970 TGAAATGGTACGCTCCTCGGATTCGCCATCTTGTTGCCGATGTGAGATGCAGATGATGCT 3029
Query 3016 -A---C-GA-------GAG--TGCAGCTCAGAGACTTCCCATTGTATTGTTTAACTTGTA 3061
| | || ||| |||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||
Sbjct 3030 GATTGCTGACAATAACGAGAATGCAGCGGAGAGACTTCCTATAGTATTGTTTAGCTTGTA 3089
Query 3062 TGATCTCAATTTCGATAACTGGTTTTTCACCATTTGAGACTCTGTACCATTCCCAAGTAA 3121
|||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3090 CGATCTCAATTTCGATACCTGGTTTTTCACTTTTTCA--CTCTTTACCAATCCCAAGTAA 3147
Query 3122 TCAGTTCCCAAGTAACAATCCTACAAT 3148
||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 3148 TCAGTTCCCCAGTAACAAACCGACAAT 3174
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 156571029103
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5