BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490122
Length=3066
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G04885.1 | Symbols: PCFS4 | PCF11P-similar protein 4 | chr4:... 4837 0.0
> AT4G04885.1 | Symbols: PCFS4 | PCF11P-similar protein 4 | chr4:2471972-2475981
FORWARD LENGTH=3102
Length=3102
Score = 4837 bits (2619), Expect = 0.0
Identities = 2931/3080 (95%), Gaps = 27/3080 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGTTTCCATGGTGGAACA-AAACCCT--AGCC-TTATGCTGACACTAATTATCACTCTT 56
||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 36 GAGTTTCCATGGTGGAACAGAAACCCTAGAGCCTTTATGCTGCCACTAATTATCACTCTT 95
Query 57 CACTATTGAATTGGTGATGGGCTCAGAGAAAATCCTCAATCCAAGGCTTCTTTCGATCAA 116
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||
Sbjct 96 CACTATTGAATTGGGGATGGACTCAGAGAAAATCCTCAATCCAAGACTTGTTTCGATTAA 155
Query 117 TAGCAGCACCAGTAGCCGCAAAGGTATGTCCGTTGAGTTGCCGCAGAAACCGCCGCCACC 176
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 156 T---AGCACC---AGCCGCAAAGGTATGTCCGTTGAGTTGCCGCAGAAACCGCCGCCACC 209
Query 177 GCCGTCGTTGCTAGACCGGTTCAAAGCTTTGCTTAATCAGCGTGAAGATGAGTTCGGTGG 236
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 210 GCCGTCGTTGTTAGACCGGTTTAAAGCTTTGCTTAATCAGCGTGAAGATGAGTTCGGTGG 269
Query 237 TAGTGAAGAGATTTTGCCTCCGAGTATGGATGAGATTGTTCAGCTTTATGAGGTTGTTTT 296
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 270 TGGTGAAGAGGTTTTGCCTCCGAGTATGGATGAGATTGTTCAGCTTTATGAGGTTGTTTT 329
Query 297 GGGAGAGCTTACTTTCAATTCTAAGCCTATTATCACTGATCTCACTATTATCGCTGGTGA 356
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 GGGTGAGCTTACTTTCAATTCTAAGCCTATTATCACTGATCTCACTATTATCGCTGGTGA 389
Query 357 ACAACGGGAACATGGTGAAGGAATCGCTAATGCTATTTGCACTCGAATTCTTGAGGCTCC 416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 390 ACAACGGGAACATGGTGAAGGAATCGCTAATGCTATTTGCACTCGAATCCTTGAGGCTCC 449
Query 417 AGTTGAGCAAAAGTTGCCTTCTCTGTATCTTTTAGACAGCATCGTTAAGAATATTGGGCG 476
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 450 TGTTGAGCAAAAGTTGCCATCTCTGTATCTTTTAGACAGCATTGTTAAGAACATTGGGCG 509
Query 477 GGATTATGTTCGTTATTTCTCATCCCGTCTACCCGAGGTCTTCTGCCTAGCATACAGGCA 536
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 510 GGATTATGGTCGCTATTTCTCATCCCGTCTACCCGAGGTCTTCTGCCTTGCATATAGGCA 569
Query 537 AGCGCATCCGAGTTTACATCCGTCAATGCGCCACTTGTTTGGGACTTGGTCAAGTGTTTT 596
||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 570 AGCACATCCGAGTTTACATCCGTCAATGCGTCACCTGTTTGGGACTTGGTCGAGTGTTTT 629
Query 597 TCCACCACCTGTACTACGCAAGATTGAGATGCAATTGCAACTTTCATCTGCAGCACACCA 656
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 630 TCCACCACCTGTACTACGCAAGATTGATATGCAATTGCAACTTTCATCTGCAGCAAACCA 689
Query 657 ATCTTCCTTGGGGGCTTCCGAGCCTAGTCAACCAACGAGGGGCATACATGTTAATCCAAA 716
||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 690 ATCTTCCGTAGGGGCTTCTGAGCCTAGTCAACCAACGAGAGGTATACATGTTAATCCAAA 749
Query 717 ATACCTTCGCAGGCTGGAGCCTTCAGCCGCCGAAAATAATCTAAGAGGAATTAATTCCAG 776
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 750 ATATCTTCGCAGGCTGGAGCCCTCAGCCGCCGAAAATAATTTGAGAGGAATTAATTCCAG 809
Query 777 TGCAAGAGTGTATGGCCAAAATT--C-CGGTGGGTATGATGATTTTGAAGATC-GTTTAG 832
||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||| | ||||
Sbjct 810 TGCAAGAGTTTATGGCCAAAATTCACTCGGTGGGTATAATGATTTCGAAGATCAG-TTAG 868
Query 833 AGAGCCCATCTTCACTATCTAGTACAGCAGAGGGTTTTCCCAGGAGGTTTAATGATGGAG 892
|||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 869 AGAGCCCATCTTCACTGTCTAGTACACCAGATGGTTTTACCAGGAGGTCTAATGATGGAG 928
Query 893 TTAATCCTTCTAATCAAGCCTTTAACTATGGAATGGGTCGAGCTACTAGCAGAGATGATG 952
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 929 CTAATCCTTCTAATCAAGCTTTTAACTATGGAATGGGTCGAGCTACTAGCAGAGATGATG 988
Query 953 AACATATGGAATGGCGAAGAAAGGAAAACTTAGGCCAAGGAAATGATCACGATAGACCCA 1012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 989 AACATATGGAATGGCGAAGAAAGGAAAACTTAGGCCAAGGAAATGATCACGAAAGACCTA 1048
Query 1013 GAGCGTTGATAGATGCATATGGAGTTGACACCAGCAAACACGTAACAATCAATAAACCAA 1072
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1049 GAGCGTTGATAGATGCATATGGAGTTGACACCAGCAAACACGTAACGATCAATAAACCAA 1108
Query 1073 TTCGCGATATGAATGGCATACACAGTAAGATGGTTACACCGTGGCAGAACACTGAGGAAG 1132
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1109 TTCGCGATATGAATGGCATGCACAGTAAGATGGTTACACCATGGCAGAACACTGAGGAAG 1168
Query 1133 AAGAGTTTGATTGGGAAGATATGAGCCCTACCCTAGATCGTAGCAGAGCTGGTGAATTTT 1192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1169 AAGAGTTTGATTGGGAAGATATGAGCCCTACCCTAGATCGTAGCAGAGCTGGTGAATTTT 1228
Query 1193 TGCGATCATCTGTCCCAGCATTAGGAAGTGTAAGGGCAAGACCCAGAGTAGGAAACACAA 1252
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 TGCGATCATCTGTACCAGCATTAGGAAGTGTAAGGGCAAGACCCAGAGTAGGAAACACAA 1288
Query 1253 GTGATTTTCATTTAGATTCTGACATTAAGAATGGTGTAAGTCATCAGCTACGAGAAAGTT 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1289 GTGATTTTCATTTAGATTCTGACATTAAGAATGGTGTAAGTCATCAGCTACGAGAAAATT 1348
Query 1313 GGAATTTGTCACAAAATTTTCCACATTCATCCAGCCACGTTAATACCAGAGCAGGAAAGG 1372
||| |||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||| ||||||||||| |
Sbjct 1349 GGAGTTTGTCACAAAATTATCCACATACATCCAACCGTGTTGATACAAGAGCAGGAAAAG 1408
Query 1373 ACTTGAAAGTATTGGCTTCATCTGTAGGACTAGTTTCATCAAACAGTGATTTCGGGGCTC 1432
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1409 ACTTGAAAGTATTGGCTTCATCTGTAGGGTTAGTTTCATCAAACAGTGAATTCGGGGCTC 1468
Query 1433 CTCCATTTGATAGCATTCAAGATGTTAACTCACGTTTTGGTCGGGCTCTTCCTGATGGAA 1492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1469 CTCCATTTGATAGCATTCAAGATGTTAACTCACGTTTTGGCCGGGCTCTTCCTGATGGGA 1528
Query 1493 CATGGTCCCATTTGAATGTTAGAGGACCCAACTCTCTCCCTGTACCTTCTGCTCACTTGC 1552
||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1529 CATGGCCCCATTTGAGTGCTAGAGGACCCAACTCTCTCCCTGTACCTTCTGCTCATTTGC 1588
Query 1553 ATCATTTGGCAAATCCTGGTAATGCGATATCAAATCGCTTGCATGGTAAGCCGTTATATA 1612
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1589 ATCATTTGGCAAATCCCGGTAATGCGATGTCAAATCGCTTGCAAGGTAAGCCTTTATATA 1648
Query 1613 GGCCCGAAAACCAGGTCTCTCAGAGTCATCATAATGATATGACTCAACAGAATCAGATGC 1672
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649 GGCCCGAAAACCAGGTCTCTCAGAGTCATCTTAATGATATGACTCAACAGAATCAGATGC 1708
Query 1673 TAGTTAATTATTTGCCATCTTCATCTGCTATGGCTCCAAGGCCAATGCAATCGCTGTTAA 1732
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1709 TAGTTAATTATTTGCCATCCTCATCTGCTATGGCTCCAAGGCCAATGCAATCGTTGTTAA 1768
Query 1733 ACCATGTAAGTCATGGGTACCCTCCACATGGGTCAACCATTAGACCATCTTTATCAATCC 1792
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1769 CCCACGTAAGTCATGGGTACCCTCCACATGGGTCAACCATTAGACCATCTTTATCAATCC 1828
Query 1793 AAGGTGGGGAAGCCATGCATCCTCTTTCTTCAGGGGTTTTATCTCAGATAGGATCCTCTA 1852
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1829 AAGGTGGGGAAGCCATGCATCCTCTTTCTTCAGGAGTTTTATCTCAGATAGGAGCCTCTA 1888
Query 1853 ATCAACCACCGGGTGGCGCATTCTCTGGTCTGATTGGCTCTCTCATGGCTCAAGGTTTGA 1912
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889 ATCAACCACCAGGTGGCGCATTCTCTGGTCTGATTGGCTCTCTCATGGCTCAAGGTTTGA 1948
Query 1913 TCTCGTTGAACAATCAGCCTGCTGGCCAGGGACCATTGGGGTTGGAGTTTGATGCGGACA 1972
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1949 TCTCATTGAACAATCAGCCTGCTGGTCAGGGACCATTGGGGTTGGAGTTTGATGCAGACA 2008
Query 1973 TGCTCAAGATACGTAATGAGTCTGCAATCAGTGCTCTATATGGGGATCTCCCGAGGCAAT 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 TGCTCAAGATACGTAATGAGTCTGCAATCAGTGCTTTATATGGGGATCTCCCGAGGCAAT 2068
Query 2033 GCACAACATGTGGTCTACGCTTCAAGTGCCAAGAAGAGCACAGTAAGCACATGGATTGGC 2092
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 GCACAACCTGTGGTCTACGCTTCAAGTGCCAAGAAGAGCACAGTAAGCACATGGATTGGC 2128
Query 2093 ATGTAACCAAGAACAGGATGTCCAAGAACCATAAGCAGAACCCTTCTCGGAAATGGTTTG 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 ATGTAACCAAGAACAGGATGTCCAAGAACCATAAGCAGAACCCTTCTCGGAAATGGTTTG 2188
Query 2153 TAAGTGCTAGCATGTGGCTTAGTGGTGCAGAAGCACTTGGAGCTGAAGCAGTTCCAGGGT 2212
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2189 TAAGTGCTAGCATGTGGCTCAGTGGTGCAGAAGCACTTGGAGCTGAAGCAGTACCAGGGT 2248
Query 2213 TCTTACCCGCAGAGCCAACAACAGAAAAGAAGGATGACGAAGAGATGGCAGTTCCTGCAG 2272
|||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2249 TCTTGCCCACGGAGCCAACAACAGAAAAGAAGGATGACGAAGATATGGCAGTTCCTGCAG 2308
Query 2273 ATGAAGACCAAACTTCATGCGCGTTATGTGGTGAGCCATTTGAAGACTTTTATAGTGATG 2332
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 ATGAAGACCAAACTTCATGTGCATTATGTGGTGAGCCATTTGAAGACTTTTATAGTGATG 2368
Query 2333 AAACCGAGGAATGGATGTACAAAGGTGCGGTGTACATGAATGCTCCTGACGAATCAACAA 2392
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2369 AAACCGAGGAATGGATGTACAAAGGTGCGGTATACATGAATGCTCCTGAAGAATCAACAA 2428
Query 2393 CAGATATGGACAAGTCTCAGTTAGGTCCTATAGTGCATGCAAAGTGCAGGCCAGAGTCCA 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 CAGATATGGACAAGTCTCAGTTAGGTCCTATAGTGCATGCAAAGTGCAGGCCAGAGTCCA 2488
Query 2453 ATGGGGGTGATATGGAAGAGGGTAGTCAGAGAAAAAAGATGCGGAGTTAGATCCCTTAGA 2512
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489 ATGGGGGTGATATGGAAGAGGGTAGTCAGAGGAAAAAGATGCGGAGTTAGATCCCTTAGA 2548
Query 2513 CCGAATTTTAGGTCTTTTTCTTGACTACATTTAAGTTACATTCTTATTTCTTCATCATCT 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2549 CCGAATTTTAGGTCTTTTTCTTGACTACATTTAAGTTACATTCTTATTTCTTCATCATCT 2608
Query 2573 ATATGCACTTAGTCACAAAATACCATTGATGGAGAGAAATGATGGAGAGAGTCTTCTTTC 2632
||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2609 ATATGCACTTAGTCACAGAATACCACCAATGAAGAGAAATGATGGAGAGAGTCTTCTTTC 2668
Query 2633 TCCTT----TGTACCATTGaaaaaaaaGAGAGGTTTACACCCACATATCTTATCATTCTT 2688
|||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2669 TCCTAAAACTGTACCATTGAAAAAAA-GAG-G-TTTACACCCACATATATTATCATTCTT 2725
Query 2689 TATGCCTCTAAAATCCGGTTGTGCCTTAGGACATGGATAACGTGTAACTGTTCTGCATTC 2748
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2726 TATGCCTCTAAATTCCTGTTGTGCCTTAGGACATGGATATCGTGTAACTGTTCTGCATTC 2785
Query 2749 TCTGCTACACCTAACCTGGGGTGCTTGTAGTAGTAAAATCAGATGTCAG-ATGTAGCAGT 2807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||
Sbjct 2786 TCTGCTACACCTAACCTGGGGTGCTTGTAGTAGTAAAATCAGATGTC-GCAAC-AGTAGT 2843
Query 2808 TTCCCCATGTATATGGAATACAATGTGTCTGTTTCGGATTGTCTTTTTCTTTTTCATCTT 2867
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2844 TTCCCCATGTAAATGGAATACAATGTCTCTGTTTCGGATTGTCTTTTTCTTTTTCATCTT 2903
Query 2868 TAGATATTGCAGGGAAAGCCCGGGGAGACTGATATGCGAGTGTGAACAGATTTCTTATGA 2927
|||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2904 TAGATATTGCAGGGAAAGCCCGAGAAGACTGATATTCGAATGTGAACAGATTTCTTATGA 2963
Query 2928 TGAATGGATCTCATAGATGCTGTTGCTAAGAGAACCAgttttcaggttt-ttctttagag 2986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 2964 TGAATGGATCTCATAGATGCTGTTGCTAAGAGAACCAGTTT-CAGGTTTCTTCTTTAGAG 3022
Query 2987 ctttccctgtttgagttttacttttttATGTTAGGCTGTTAGCTAAGAATGTTAGTTAAC 3046
|||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3023 CTTTCCCTGTCTGAGTTTTACCTTTCTATGTTAGGCTGTTAGCTAAAAATGTTAGTTAAC 3082
Query 3047 ATAACTCTTTTTAAGCGTAT 3066
|||||||| |||||||||||
Sbjct 3083 ATAACTCTCTTTAAGCGTAT 3102
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 152457339777
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5