BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490127
Length=2923
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G04940.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 rep... 4671 0.0
> AT4G04940.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 repeat
family protein | chr4:2511028-2517193 REVERSE LENGTH=3058
Length=3058
Score = 4671 bits (2529), Expect = 0.0
Identities = 2769/2884 (96%), Gaps = 20/2884 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 50 GAAACCCTAATTTCTTG-T-----TCG-AAGATGGGAATTTTCGAACCGTTTAGAGCAAT 102
||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 111 GAAACCCTAATTTCTTGTTCGAACTCGAAAGATGGGAATTTTCGAACCGTTTAGAGCAAT 170
Query 103 AGGTTACATCACGAGTACGGTTCCGTTCTCCGTCCAGCGATTAGGAACCGAGACCTTCGT 162
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 171 AGGTTACATAACGAGTACGGTTCCGTTCTCCGTCCAGCGATTGGGTACCGAGACTTTCGT 230
Query 163 CACCGTCAGCGTCGGCAAAGCTTTTCAGATTTATAATTGTGCCAAGCTCAATCTAGTCAT 222
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 CACCGTCAGCGTCGGCAAAGCTTTCCAGATTTATAATTGTGCCAAGCTCAATCTAGTCAT 290
Query 223 AATCAGTCCTCAACTCCCAAAGAAAATCAGAGCTTTAGCTTCTTACCGCGACTACACATT 282
|||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 291 AATCAGTCCTCAGCTTCCAAAGAAAATTAGAGCTTTAGCTTCTTACCGAGACTACACATT 350
Query 283 TGCTGCTTTTGGCAATGAAATCGCTGTCTTTAAGCGTGCTCATCAGGTAGCAACTTGGAG 342
|| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 TGTTGCGTTTGGCAATGAAATCGCTGTCTTTAGGCGTGCTCATCAGGTAGCAACTTGGAG 410
Query 343 CAAACATGTTGCTAAAGTTGACCTGCTACTGTTGTTTGGAGAACATGTGCTAAGTCTTGA 402
||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 411 CAAACATGTTGCTAAAGTTGATCTTCTACTGGTGTTTGGAGAACATGTGCTTAGTCTTGA 470
Query 403 CGTTGAGGGAAATATGTTCATATGGGCTTTCAAAGGAATCGAAGAACATCTAGCTCCAAT 462
||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 CGTGGAAGGAAATATGTTCATATGGGCATTCAAAGGAATCGAAGAACATCTAGCTCCAAT 530
Query 463 TGGAAATCTTCAGCTTACTGGAAAGTTTACCCCTAGCTCTATTGTTCACCCAGATACTTA 522
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 531 TGGAAATCTTCAGCTTACTGGAAAGTTTACCCCTACCTCTATTGTTCACCCAGATACCTA 590
Query 523 TCTCAACAAGGTTCTTGTAGGGAGCCAAGAGGGTCCGCTTCAGCTATGGAACATTAATAC 582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 591 TCTCAACAAGGTTCTTGTAGGGAGCCAAGAGGGTCCGCTGCAGCTATGGAATATTAATAC 650
Query 583 AAAGAAGATGATCTATGAGTTTAAGGGTTGGGGTTCCTCTGTCTCCAGTTGTGTTTCATC 642
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 651 TAAGAAGATGCTCTATCAGTTTAAGGGTTGGGGTTCATCTGTCACCAGTTGTGTTTCATC 710
Query 643 CCCTGCTCTGGATGTTGTTGCCATTGGTTGTGCTGATGGAAAGATCCATGTGCATAACAT 702
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 711 CCCTGCCCTGGATGTTGTTGCAATTGGTTGTGCTGATGGAAAGATCCATGTACATAACAT 770
Query 703 AAAATTGGACAAAGAGATCGTAACATTTGAACATGCCTCGCGAGGTGCTGTTACTGCTTT 762
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 AAAATTGGACGAAGAGATCGTAACATTTGAACATGCCTCGCGAGGTGCTGTTACTGCTTT 830
Query 763 GTCTTTCAGTACAGATGGACGTCCCCTTCTTGCGTCTGGAGGTTCCTTTGGTGTCATAAG 822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 GTCTTTCAGTACAGATGGACGTCCCCTTCTTGCGTCTGGAGGTTCCTTTGGTGTCATAAG 890
Query 823 CATCTGGAATCTTAATaaaaaaaGGCTTCAGTCAGTCATTAGGGATGCACATGACAGTTC 882
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 CATCTGGAATCTTAACAAAAAAAGGCTTCAGTCAGTCATTAGGGATGCACATGACAGTTC 950
Query 883 TATAATCTCATTGAACTTTTTAGCAAATGAGCCGGTGCTAATGAGTGCATCAGCAGATAA 942
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 951 TATAATCTCATTGAACTTTTTAGCCAATGAGCCGGTGCTAATGAGTGCATCAGCAGATAA 1010
Query 943 CTCACTCAAAATGTGGATTTTTGACACAAATGATGGTGATCCTCGCCTATTACGCTTCCG 1002
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 CTCACTTAAAATGTGGATTTTTGACACAAATGATGGTGATCCTCGCCTATTACGCTTCCG 1070
Query 1003 ATCTGGGCATAGTGCTCCTCCTCTGTGTATCAGGTTCTACTCTAATGGACGGCACATTTT 1062
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 ATCTGGGCATAGTGCTCCTCCTCTATGTATCAGGTTCTACTCTAATGGACGGCACATTTT 1130
Query 1063 GTCTGCTGGCCAGGATCGTGCCTTCCGCCTGTTCTCTGTCATCCAGGAGCAACAAAGTAG 1122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 GTCTGCTGGCCAGGATCGTGCCTTCCGCCTGTTCTCTGTCATCCAGGAGCAACAAAGTAG 1190
Query 1123 AGAGCTTTCTCAAAGACACATATCCAGGCGAGCCAAGAAACTCCGACTGAAGGACGAAGA 1182
||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1191 AGAGCTTTCTCAAAGACACATTTCTAGGCGAGCCAAAAAACTCCGACTGAAGGAGGAAGA 1250
Query 1183 GCTAAAATTGAAGCCTGTGGTTTCATTTGATTGCGCTGAAATTAGGGAGCGTGATTGGTG 1242
| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 GTTGAAATTGAAGCCTGTTGTTTCATTTGATTGCGCTGAAATTAGGGAGCGTGATTGGTG 1310
Query 1243 CAATGTTGTTACTTGCCATATGGATACAGCAGAAGCATATGTATGGAGACTTCAGAACTT 1302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 CAATGTTGTTACTTGCCATATGGATACAGCAGAAGCATATGTATGGAGACTTCAGAACTT 1370
Query 1303 TGTACTTGGAGAGCATATCCTCAAACCATGCCCTGAGAATCCAACACCAATTAAGGCATG 1362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 TGTACTTGGAGAGCATATCCTCAAACCATGCCCTGAGAATCCAACACCAATTAAGGCATG 1430
Query 1363 TGCAATCAGTGCCTGTGGAAACTTTGCAGTAGTCGGAACAGCTGGTGGATGGATTGAGAG 1422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 TGCAATCAGTGCCTGTGGAAACTTTGCAGTAGTCGGAACAGCTGGTGGATGGATTGAGAG 1490
Query 1423 ATTTAACCTCCAATCTGGAATCAGCCGGGGTAGTTACTTCGATATGTCAGAAAAAAGAAG 1482
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1491 ATTCAACCTCCAATCTGGAATCAGCCGGGGTAGTTACTTCGATATGTCAGAGAAAAGAAG 1550
Query 1483 GTACGCCCATGACGGGGAAGTTATTGGAGTTGCTTGCGACTCCACAAACACACTCATGAT 1542
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 GTACGCCCATGATGGAGAAGTTATTGGAGTTGCTTGCGACTCCACAAACACACTCATGAT 1610
Query 1543 CAGTGCAGGATATCATGGGGACATAAAGGTTTGGGATTTCAAAAAGCGGGAATTAAAGTC 1602
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TAGTGCAGGATATCATGGGGACTTAAAGGTTTGGGATTTCAAAAAGCGGGAATTAAAGTC 1670
Query 1603 CCAGTGGGATGTCGGATGTTCATTGGTTAAAATTGTCTACCACCGTGTAAATGGTCTTTT 1662
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 CCAGTGGGATGTCGGATGTTCGTTGGTTAAAATTGTCTACCACCGTGTAAATGGTCTTTT 1730
Query 1663 GGCTACGGTGGCGGATGATTTTGTTATCCGTTTATATGATGTTGTGGCACTAAAGGTGGT 1722
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1731 GGCTACAGTGGCGGATGATTTTGTTATCCGTTTATATGATGTTGTGACACTAAAGATGGT 1790
Query 1723 TCGTGAATTTAGAGGTCATACAGACCGTGTAACGGATTTGTGCTTTAGTGAGGATGGCAA 1782
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 TCGTGAATTTAGAGGTCATACAGACCGTATAACGGATTTGTGCTTTAGTGAGGATGGCAA 1850
Query 1783 GTGGCTCCTCTCGTGTAGCATGGATGGAAGTCTTAGAATATGGGATGTCATATTGGCAAA 1842
||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1851 ATGGGTCATCTCATCTAGCATGGATGGAAGTCTTAGAATATGGGATGTCATATTGGCTAA 1910
Query 1843 GCAGATTGATGGAGTGCATGTCGATGTGCCAATAACAGCATTGTCTTTATCACCAAATAT 1902
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 GCAGATTGATGGTGTGCATGTCGATGTGCCAATAACAGCATTGTCTTTATCACCAAATAT 1970
Query 1903 GGACGTTTTGGCAACTGCCCACTCTGATCAGAACGGGGTCTACTTGTGGGTTAACCAATC 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 GGACGTTTTGGCAACTGCCCACTCTGATCAGAACGGGGTCTACTTGTGGGTTAACCAATC 2030
Query 1963 CATGTTCTCTGGGCTTCCAAGTGTTGAATCTTATGCTAGTGGGAAAGATGTCGTAAATGT 2022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 CATGTTCTCTGGGCTTCCAAGTGTTGAATCTTATGCTAGTGGGAAAGATGTCGTAAATGT 2090
Query 2023 TAAATTGCCTTCAGTCTCTGCATTGACATCTTCTGAAGCTGATGATGATGATATGGAGAG 2082
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||
Sbjct 2091 CAAGTTGCCTTCAGTCTCTGCATTGACATCTTCTGAAGCTGATGATGAT-AT--GGACAG 2147
Query 2083 GCAAGTTTTAGAAAATTCTGGAGCTCTACAAGCTAGCAGTTTCTCAATTTCCCATAAGCA 2142
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2148 GCAAGTGTTAGAAAATTCTGAAGCTCTACAAGCTAGCAGTTTCTCAATTTCCCAAAAGCA 2207
Query 2143 GATCCCAGAACTTGTTACTCTGTCTCTATTGCCAAAAAGCCAATGGCAGAGTTTGATCAA 2202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 GATCCCAGAACTTGTTACTCTGTCTCTATTGCCAAAAAGCCAATGGCAGAGTTTGATCAA 2267
Query 2203 CTTGGATATTATAAAGGCCCGCAACAAACCAATAGAGCCTCCaaaaaaaCCTGAAAAGGC 2262
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2268 CTTGGATATTATTAAGGCCCGCAATAAACCAATAGAGCCTCCAAAGAAACCTGAAAAGGC 2327
Query 2263 TCCTTTTTTCTTGCCCTCAATTCCCTCGCTTTCTGGAGATATATTATTCAAGTCAAATGA 2322
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2328 TCCTTTTTTCTTGCCCTCAATTCCCTCGCTGTCTGGAGATATATTATTCAAGGCAAATGA 2387
Query 2323 CTCGGAAGCTGATGGGGAGAATGAGGAAAAGAATAAAAAGGACCAGAATAGCATGAAGAA 2382
||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 CTCTGAGGCTGATGGGGAGAATGAGGAAAATAATAAAAAGGACCAGAATAGCATGAAGAA 2447
Query 2383 CTTTGATGCATTGGAATCTCCATTCTCGAAAC-TACTCAAGTCCTCATGGGATTCAAAAC 2441
||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2448 CTTTGATGCATTGGAATCTCCATTCTCAAAACAT-CTCAAGTCTTCATGGGATTCAAAAC 2506
Query 2442 ACTTTTTAGATTTTACCAACTACATAAAGAGTTTATCCCCGTCAGCTCTCGATATGGAGC 2501
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2507 ACTTTTTAGATTTTACCAACTACATGAAGAGTTTATCCCCGTCAGCTCTCGACATGGAGC 2566
Query 2502 TACGGATGCTTGAAATTATAGATGAAGATATTGAAGAAGAGCTTATCAAAAGACCTGAGT 2561
| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TTCGGATGCTTGAAATCATAGATGAAGATGTTGAAGAAGAGCTTATCAAAAGACCTGAGT 2626
Query 2562 TTATATCAATCGGGCAACTTCTGGATTACTTCATCAATGAGGTCTCTTGCAAAAACGACT 2621
|||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 TTATATTGATTGGGCAACTTCTGGATTACTTCATCAACGAGGTCTCTTGCAAAAACGACT 2686
Query 2622 TTGAGTTTATGCAGGCGGTTGTGAGATTATTTCTGAAGATCCACGGTGAGACCATAAGGT 2681
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 TTGAGTTTATGCAGGCGGTTGTGAAACTATTTCTGAAGATCCACGGTGAGACCATAAGGT 2746
Query 2682 GCCACCCGAGTTTACAAGAGAAGGCGAAGAAGCTTTTAGAAACTCAGAGTTTGGTTTGGC 2741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2747 GCCACCCGAGTTTACAAGAGAAGGCGAAGAAGCTTTTAGAAACTCAGAGTTTGGTGTGGC 2806
Query 2742 AGAAAATGGAGAAGCTTTTCCAGAGCACAAGATGCATAGTTACCTTCCTTAGCAATTCAC 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 AGAAAATGGAGAAGCTTTTCCAGAGCACAAGATGCATAGTTACCTTCCTTAGCAATTCAC 2866
Query 2802 AGTTTTGAAGAAGCTTATTAACAAATATTGCTCTGtttttttATGTTGCTCTGTTTTT-C 2860
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2867 AGTTTTGAAGAAGCTTACTAACT--TATTGCTCTGTTTTTG-ATGTTGCTCTGTTTTTTC 2923
Query 2861 ACAAAA-TAGCAGTTTTGAAGAAGCTTAATATAATGTTGCCCTGTCTTTTAGCATTGAGA 2919
|||||| ||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| | |
Sbjct 2924 ACAAAAATAGCAATTTTGAAGAAGCTTAATATA-T-T-GCCCTGTCTTTTAGCATTAACA 2980
Query 2920 TGTA 2923
||||
Sbjct 2981 TGTA 2984
Score = 91.6 bits (49), Expect = 4e-17
Identities = 49/49 (100%), Gaps = 0/49 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCTCCTCCATCGCTCCTGCGCCGCGTTTTCTCTCTCAAGCTCTTAAAA 49
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 20 ATCTCCTCCATCGCTCCTGCGCCGCGTTTTCTCTCTCAAGCTCTTAAAA 68
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145283466928
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5