BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490219
Length=3329
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G03430.1 | Symbols: STA1, EMB2770 | pre-mRNA splicing factor... 3129 0.0
> AT4G03430.1 | Symbols: STA1, EMB2770 | pre-mRNA splicing factor-related
| chr4:1517134-1520563 REVERSE LENGTH=3430
Length=3430
Score = 3129 bits (1694), Expect = 0.0
Identities = 1911/2012 (95%), Gaps = 29/2012 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1341 GCTATGGTTGGAGGCTGCAAAGCTGGAGCATGATGAGGAGAACAAGAGTAGGGTGTTGAG 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 GCTATGGTTGGAGGCTGCAAAGCTGGAGCATGATGTGGAGAACAAGAGTAGGGTGTTGAG 1478
Query 1401 AAAGGGACTGGAACATATTCCAGACTCTGTAAGGCTATGGAAGGCTGTTGTTGAGTTGGC 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 AAAGGGACTGGAACATATTCCAGACTCTGTAAGACTATGGAAGGCTGTTGTTGAGTTGGC 1538
Query 1461 TAATGAGGATGATGCAAGGATTTTGCTTCACAGGGCTGTGGAGTGCTGCCCTTTGCATCT 1520
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 TAATGAGGAGGATGCAAGGATTTTGCTTCACAGGGCTGTGGAGTGCTGCCCTTTGCATCT 1598
Query 1521 GGAGCTATGGGTGGCACTTGCGAGGCTCGAAACATACGCTGAATCAAAGAAGGTGTTGAA 1580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 GGAGCTATGGGTGGCACTTGCGAGGCTCGAAACATATGCTGAATCAAAGAAGGTGTTGAA 1658
Query 1581 TAAAGCGAGGGAGAAGCTCCCGAAGGAGCCTGCGATTTGGATCACCGCTGCTAAGTT--- 1637
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 CAAAGCGAGAGAGAAGCTCCCAAAGGAGCCTGCAATTTGGATCACCGCTGCTAAGTTAGA 1718
Query 1638 ---AG---A--GGAAGCTA-ATG--G-----G--AACACGGCTATGGTGGGAAAGATTAT 1679
|| | |||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 AGAAGCTAATGGGAAGCTAGATGAAGCTAATGATAACACGGCTATGGTGGGAAAGATTAT 1778
Query 1680 TGATAGGGGTATAAAGACTCTGCAGAGAGAAGGGGTTGTTATTGACCGAGAAAATTGGAT 1739
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 TGATAGGGGTATAAAGACTCTCCAGAGAGAAGGGGTTGTTATTGACCGAGAAAATTGGAT 1838
Query 1740 GAATGAGGCTGAGGCCTCTGAGAGAGCTGGGTCTGTCGCAACATGCCAGGCGATTATTAA 1799
|| |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1839 GAGTGAGGCTGAGGCATGTGAGAGAGTTGGATCTGTCGCTACATGCCAGGCCATTATTAA 1898
Query 1800 GAACACAATCGGTATTGGAGTCGAAGAAGAGGATAGAAAGAGAACTTGGGTTGCTGATGC 1859
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 GAACACAATAGGTATTGGAGTGGAAGAAGAGGATAGAAAGAGAACTTGGGTTGCTGATGC 1958
Query 1860 AGATGAGTGCAAGAAGAGGGGTTCCATTGAGACTGCAAGAGCAATATACGCCCATGCTCT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 AGATGAGTGCAAGAAGAGGGGTTCCATTGAGACCGCAAGAGCAATATACGCCCATGCTCT 2018
Query 1920 TACTGTATTCTTGACCAAGAAAAGTATCTGGCTTAAAGCTGCGCAGCTTGAAAAGAGCCA 1979
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2019 TAGTGTATTCTTGACCAAGAAAAGTATCTGGCTTAAAGCGGCGCAGCTTGAGAAGAGCCA 2078
Query 1980 CGGGAGTAGGGAGTCCCTTGATGCCTTGTTGCGTAAGGCGGTGACATATGTCCCGCAAGC 2039
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2079 TGGGAGTCGGGAGTCCCTTGATGCCTTGTTGCGTAAGGCTGTAACATATGTCCCGCAAGC 2138
Query 2040 TGAGGTTCTCTGGCTCATGGGTGCCAAAGAGAAGTGGCTCGCTGGAGATGTTCCAGCAGC 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 TGAGGTTCTCTGGCTCATGGGTGCCAAAGAGAAGTGGCTCGCTGGAGATGTTCCAGCAGC 2198
Query 2100 CCGTGCTATTTTACAAGAGGCTTATGCTGCAATTCCCAACTCTGAGGAAATCTGGCTTGC 2159
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2199 CCGTGCTATTCTACAAGAGGCTTATGCTGCAATTCCCAACTCTGAGGAAATCTGGCTTGC 2258
Query 2160 TGCTTTCAAGCTCGAGTTTGAAAATAAGGAGCCAGAGAGGGCGAGAATGCTGCTTGCAAA 2219
|||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2259 TGCTTTCAAGCTTGAGTTTGAGAACAAGGAGCCGGAGAGGGCAAGAATGCTGCTTGCAAA 2318
Query 2220 AGCAAGGGAAAGAGGAGGGACCGAGAGGGTCTGGATGAAATCCGCCATTGTTGAGAGAGA 2279
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2319 AGCAAGGGAAAGAGGAGGGACTGAAAGGGTCTGGATGAAATCAGCCATTGTTGAGAGAGA 2378
Query 2280 ACTTGGCAACGTAGAGGAGGAGAGGAGATTGCTTAATGAAGGCTTGAAGCAGTTTCCAAC 2339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 2379 ACTTGGCAACGTAGAGGAGGAGAGGAGATTGCTTAATGAAGGTTTGAAGCAATTCCCAAC 2438
Query 2340 ATTCTTCAAGCTTTGGTTGATGCTTGGGCAGCTCGAGGAACGGTTCAAGCATTTGGAACA 2399
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2439 ATTCTTCAAGCTTTGGTTAATGCTTGGGCAGCTCGAGGAACGGTTCAAGCATCTAGAACA 2498
Query 2400 GGCCAGGAAAGCTTATGACACTGGTTTGAAGCACTGTCCCCACTGCATACCGCTGTGGCT 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2499 GGCCAGGAAAGCTTATGACACTGGTTTGAAGCACTGTCCCCACTGCATACCACTGTGGCT 2558
Query 2460 CTCGCTCGCTGATCTTGAAGAGAAAGTGAATGGGCTGAACAAAGCTCGGGCTATTCTCAC 2519
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2559 CTCACTCGCTGATCTTGAAGAGAAAGTGAATGGGCTAAACAAAGCTCGGGCTATTCTCAC 2618
Query 2520 CACGGCCAGGAAGAAGAATCCTgggggggCTGAGCTATGGTTAGCTGCTATTCGTGCCGA 2579
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2619 CACGGCCAGGAAGAAGAATCCTGGGGGGGCTGAGCTATGGTTAGCTGCTATTCGCGCTGA 2678
Query 2580 ACTGAGGCATGACAACAAGAGAGAAGCAGAGCACTTGATGTCAAAGGCTCTGCAAGAGTG 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2679 ACTGAGGCATGACAACAAGAGAGAAGCAGAGCACTTGATGTCAAAGGCTCTGCAAGACTG 2738
Query 2640 TCCCA-GTAGTGGTATCCTCTGGGCTGCGGACATCGAGATGGCGCCACGTCCTCGACGGA 2698
||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 TCCCAAG-AGTGGTATCCTCTGGGCTGCGGACATTGAGATGGCGCCACGTCCTCGACGGA 2797
Query 2699 AAACAAAGAGTATGGATGCTATGAAGAAGTGTGATCGCGACCCTCATGTCACCGTAGCTG 2758
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2798 AAACAAAGAGTATTGATGCTATGAAGAAGTGTGATCGCGACCCTCATGTCACCATAGCTG 2857
Query 2759 TTGCCAAGCTCTTTTGGCAAGACAAGAAGGTGGAGAAAGCCAGATCATGGTTTGAACGTG 2818
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2858 TTGCCAAGCTCTTTTGGCAAGACAAGAAGGTGGAGAAAGCCAGAGCATGGTTTGAACGTG 2917
Query 2819 CTGTTACCCTTGGCCCAGATATTGGCGATTTCTGGGCGTTGTACTACAAATTTGAACTTC 2878
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2918 CTGTTACCGTTGGCCCAGATATTGGCGATTTCTGGGCGTTGTTCTACAAATTTGAACTTC 2977
Query 2879 AACATGGCTCTGATGAGAACAGGAAGGAAGTTGTGGCGAAGTGTGTAGCTAGTGAGCCGA 2938
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2978 AACATGGCTCTGATGAGGACAGGAAGGAAGTTGTGGCGAAGTGTGTAGCTTGTGAGCCGA 3037
Query 2939 AGCATGGTGAGAAGTGGCAAGCCATCTCCAAAGCGGTTGAGAATGCTCACCAGCCTATTG 2998
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3038 AGCATGGCGAGAAATGGCAAGCCATCTCCAAAGCGGTTGAAAATGCTCACCAGCCTATTG 3097
Query 2999 AAGTCATCTTGAAGAGAGTTGTGAGTGCGTTGAGCAAGGAAGAGAATGCTGCTTGAGAGT 3058
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3098 AAGTTATCTTGAAGAGAGTTGTGAATGCGTTGAGCAAGGAAGAGAATTCTGCTTGAGAGT 3157
Query 3059 AACAAATTCCTTATGTTTTTCATGATCAAGCTCTGCTCATAGCACATTACACTTTTAGTT 3118
| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3158 ATCAATTTTCTTATGTTTTTCATGATCAAGCTCTGCTCATAGCACATTACACCTT-AGTT 3216
Query 3119 CTTGTTTTCTCTTTGCAGGCTCAACTTTTAACCGTTCATGTTTTTCTTCAGTAGCGAGAG 3178
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3217 CTTGTTTTCTCTTTGCAGGCTCAACTTTTAACCATTCATGTTTTTCTTCAGTAGCGAGAC 3276
Query 3179 CTGATATTGATTTGCTGGAGTGTGTTTTCGACCTGATACATGTAGAATTCTCAGTTTACT 3238
||||||||||||| | ||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3277 CTGATATTGATTTACAGGAGTGT-TT--C-ACCAGATACATGTAGAATTCTCAGTTTACT 3332
Query 3239 GAATGCTTCAGTTTTCTTTGTGAGTCTCTGTGTGCTGCAGTGTTCAGCTATTTAACTTCT 3298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3333 AAATGCTTCAGTTTTCTTTGTGAGTCTCTGTGTGCTGCAGTGTTCAGCTATTAAACTTCT 3392
Query 3299 TTTGTTATT-GTATAACTGATCATTTGTTGTT 3329
||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3393 TTTGTTATTTGTATAACTGATCATTTGTTGTT 3424
Score = 2073 bits (1122), Expect = 0.0
Identities = 1282/1357 (94%), Gaps = 20/1357 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTTTTGTTTCTTTGACCGGAGAATCTCGATTAGGTTACGATGGTGTTTCTCTCGATCCCC 60
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 25 GTTTGGTTTCTTTGACCGGAGAATCTCGATTAGGTTACGATGGTGTTTCTCTCGATTCCA 84
Query 61 AACGGGAAGACTCTGTCGATCGACGTGAACCCTAAATCAACCACCGTCTCCGCCTTCGAA 120
|||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 85 AACGGGAAGACTTTATCGATCGACGTGAACCCTAATTCAACCACCATCTCCGCCTTCGAA 144
Query 121 CAATTGGTCCACCAACGCAGTGATGTTCCA-AAGCCCTTCCTTCGTTACTCGCTCCGTAT 179
||||||| ||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 145 CAATTGGCCCACCAACGTAGTGATGTTCCACAA-TCTTTCCTTCGTTACTCTCTCCGTAT 203
Query 180 GCGTAACCCTAG-C-CATGTAT-TCG--TC----GATTCCGATTCGATCCTATTATCCGA 230
||| |||||||| | | ||| | | | || ||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 204 GCGAAACCCTAGCCGCGTGTTTGTAGATTCAAAGGATTCCGATTCGATCTTATTGTCCGA 263
Query 231 TCTCGGTGTTTCTCGTTTCTCTACTGTGATTATCCATGTCCCGCTTTTGGGTGGTATGCA 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 264 TCTCGGTGTTTCTCGTTTCTCTACTGTGATTATCCATGTCCTGCTTTTGGGTGGTATGCA 323
Query 291 AGGAATGGCTCCGCCGAAGCCTCGTCTCGACTTCCTCAATTCTAAGCCTCCGTCAAATTA 350
| | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 324 A-G--CGGCTCCGCCGAAGCCTCGTCTTGATTTCCTCAATTCTAAGCCTCCGTCAAATTA 380
Query 351 TGTAGCGGGTCTGGGTCGTGGTGCTACTGGGTTTACTACTCGGTCAGATATTGGTCCTGC 410
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 381 TGTAGCGGGTTTGGGTCGTGGTGCTACTGGGTTTACTACTCGATCTGATATTGGTCCTGC 440
Query 411 TCGTGCTGCTCCGGATCTGCCTGATCGATCTGCTGCGGCTACAGCGGCTGCTCCAGGAGT 470
|||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 441 TCGTGCTGCTCCGGATCTTCCTGATCGGTCTGCTTTGGCTACAGCGGCTGCTCCAGGAGT 500
Query 471 AGGTCGTGGAGCAGGGAAGCCAAGT------GAAGCGGAGGACGATGAAGAAGCTGAGGA 524
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 AGGTCGTGGAGCAGGGAAGCCAAGTGAAGCGGAAGCGGAGGACGATGAAGAAGCTGAGGA 560
Query 525 GAAAAGGTACGATGAGAATCAGACGTTTGATGAGTTTGAAGGGAATGATGTTGGTTTGTT 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 GAAAAGGTACGATGAGAATCAGACGTTTGATGAGTTTGAAGGGAATGATGTTGGTTTGTT 620
Query 585 CGCTAATGCTGAGTACGATGAGGATGACAAAGAGGCTGATGCCATCTGGGAGTCTATTGA 644
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 CGCTAATGCTGAGTACGATGAGGATGATAAAGAGGCTGATGCCATCTGGGAGTCTATTGA 680
Query 645 TCAGAGGATGGATTCGAGGAGGAAAGATCGGAGAGAAGCGAAGCTGAAGGAAGAAATCGA 704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 TCAGAGGATGGATTCGAGGAGGAAAGATCGGAGAGAAGCGAAGCTGAAGGAAGAAATCGA 740
Query 705 GAAATACCGAGCCTCGAACCCTAAGATTACTGAGCAGTTTGCAGATTTGAAGAGGAAGTT 764
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 741 GAAATACCGAGCCTCGAACCCTAAGATTACTGAGCAGTTTGCGGATTTGAAGAGGAAATT 800
Query 765 ACACACTTTGTCTGCGGATGAATGGGACAGTATTCCTGAGATTGGGGATTACTCGCTGCG 824
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 801 ACACACTTTGTCTGCGGATGAGTGGGATAGTATTCCTGAGATTGGGGATTACTCGCTGAG 860
Query 825 GAACAAGAAGAAGAAGTTTGAGAGCTTTGTACCTATTCCTGATACGCTTTTGGAGAAGGC 884
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 GAACAAGAAGAAGAAGTTTGAGAGCTTTGTGCCTATTCCTGATACGCTTTTGGAGAAGGC 920
Query 885 GAAGAAAGAAAAGGAGCTTGTCATGGCCTTAGACCCAAAGAGCAGAGCCGCTGGTGGCTC 944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 921 GAAGAAAGAAAAGGAGCTTGTCATGGCCTTAGACCCAAAGAGCAGAGCCGCTGGTGGGTC 980
Query 945 GGAGACACCATGGGGGCAGACGCCAGTGACAGACTTGACTGCCGTAGGTGAGGGAAGAGG 1004
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 981 GGAGACACCATGGGGGCAGACGCCGGTGACAGACTTGACTGCTGTCGGTGAGGGAAGAGG 1040
Query 1005 TACGGTGCTGTCTCTGAAGCTTGATAGGTTATCAGATTCAGTTTCTGGGCAAACTGTTGT 1064
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1041 TACGGTGTTGTCTCTGAAGCTTGATAACCTATCAGATTCAGTTTCGGGGCAAACTGTAGT 1100
Query 1065 GGACCCTAAAGGCTACTTAACTGACCTAAAGAGTATGAAAAGAACCACTGATGAAGAGAT 1124
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 GGATCCTAAAGGCTACTTAACTGACCTGAAGAGTATGAAAAGAACCACTGATGAAGAGAT 1160
Query 1125 ATACGATCGCAACAGAGCTAGATTGTTATACAAGAGTCTGACTCAGTCGAATCCAAAGAA 1184
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1161 ATACGATCGCAATAGAGCTAGATTGTTATACAAGAGTCTGACCCAGTCGAATCCAAAGAA 1220
Query 1185 TCCAAATGGCTGGATTGCTGCTGCTAGAGTGGAGGAAATGGATGGGAAGATTAAAGCTGC 1244
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1221 TCCAAATGGCTGGATTGCTGCTGCTAGAGTGGAGGAGGTGGATGGGAAGATTAAAGCAGC 1280
Query 1245 TAGGCTTCAGATTCAGAGGGGCTGCGAAGAGTGCCCGAAAAATGAGGATGTTTGGCTTGA 1304
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 TAGGTTTCAGATTCAGAGGGGCTGCGAAGAGTGCCCGAAAAATGAGGATGTTTGGCTTGA 1340
Query 1305 AGCTTGTAGGTTAGCCAATCCAGAAGATGCCAAGGGG 1341
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 AGCTTGTAGGTTAGCTAATCCAGAAGATGCCAAGGGG 1377
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 165651245786
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5