BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490346
Length=3157
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G02260.1 | Symbols: RSH1, AT-RSH1, ATRSH1 | RELA/SPOT homolo... 5132 0.0
> AT4G02260.1 | Symbols: RSH1, AT-RSH1, ATRSH1 | RELA/SPOT homolog
1 | chr4:985232-991494 FORWARD LENGTH=3190
Length=3190
Score = 5132 bits (2779), Expect = 0.0
Identities = 3047/3175 (96%), Gaps = 23/3175 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 cttcttcttcttcttcctcttcacatcactgtgtgcg----tc--tctctctgttctatc 54
|||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 1 CTTCCTCTGCTTCTTCTTCTTCACATCACTGTGTGCGTCTCTCTATCTCTCTATTCTATC 60
Query 55 -tttcCGAAATCTTCTCTATCCTAATTTGAACTCGCCTCTTCTTCGTAAAGAGTTCTCCA 113
||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 ATTT-CGAAATCCTCTCTATCCGAATTTGAACTCGTCTCTTCTTCGTAAAGAGTTCTTAA 119
Query 114 TCTCCG----TGTGATTTCGGAATCTGGAGATTTTGAATTTCTTGTTCGAATCAATCAAA 169
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 120 TCTCCGTCTCTGTGATTTCGGAATCTGGAGGTTTTGAATTTCTTGTTCGTATCAATCAAA 179
Query 170 TGGTGGATCGATTTAGTTCGATTGCTTTATCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCAT 229
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TGGTGGATCGATTTAGTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCAT 239
Query 230 GTCCGTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAG 289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GTCCGTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAG 299
Query 290 AAGCGATTGCAATGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCACCAAGAGCGTTAACTGGGTTTCT 349
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AAGCGATTGCAGTGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCTCCAAGAGCGTTAACTGGGTTTCT 359
Query 350 AGCTACCACTGCTCATCCACCTGTGTGTTCTTTGTACTCATGTGGCAGAAATGGAAGAAA 409
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AGCTAGCACTGCTCATCCACCTGTGTGTTCTGTGTATTCATGTGGCAGAAATGGAAGAAA 419
Query 410 GAGCAGAATGAAAGCTTGCGCCTGGCGGAGGTATGAATATGAAGTAGGCTTTTCTGAGGC 469
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GAGCAGAATGAAAGCTTGCGCCTGGCAGAGGTATGAATATGAAGTAGGCTTTTCTGAGGC 479
Query 470 TCCTGACTTTGTAAATGTGAGAAATATCTTGAAGTCCAAATTATCTTGTGGTGGCCATAA 529
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 480 TCCTTACTTTGTAAATGTGAGAAATATCTTGAAGTCCAGATTATCTTGTGGTGGTCATAA 539
Query 530 AAGATGGGAACTGTATTGCGTACCAGCTGAA---TCTTCTGGTGCAT-CTGATGATGTTA 585
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 540 AAGATGGGAACTGTATTGCGTATCAGCTGAATCTTCTTCTGGTGCATCCAG-TGATGTTA 598
Query 586 CCGTCGAAACATTGTGGGAGGACCTTTTCCCATCAATATCTTACCTACCCTGTAAAGAAT 645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 599 CCGTCGAAACATTGTGGGAGGACCTTTTCCCATCAATATCTTATCTACCCCGTAAAGAAT 658
Query 646 TAGAATTTGTTCAAAAGGGCCTTAAGTTAGCGTTTGAGGCACATCACGGTCAAAAGAGAC 705
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 659 TAGAATTTGTTCAAAAGGGCCTTAAGTTAGCGTTTGAGGCACATCATGGTCAAAAGAGAC 718
Query 706 GTAGTGGGGAACCATTCATTATACATCCCGTTGCAGTTGCTCGTATCCTTGGGGAACTTG 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GTAGTGGGGAACCATTCATTATACATCCCGTTGCAGTTGCTCGTATCCTTGGGGAACTTG 778
Query 766 AATTGGATTGGGAGTCTATTGTTGCTGGATTACTACATGACACAGTCGAGGATACAAATT 825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AATTGGATTGGGAGTCTATTGTTGCTGGATTACTACATGACACAGTCGAGGATACAAATT 838
Query 826 TCATTACTTTTGAAAAGATAGAAGAAGAGTTTGGTGCAACTGTGCGTCACATCGTAGAAG 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TCATTACTTTTGAAAAGATAGAAGAAGAGTTTGGTGCAACTGTGCGTCACATCGTAGAAG 898
Query 886 GGGAGACCAAGGTGTCAAAACTGGGGAAGTTAAAGTGTAAAACAGAAAGTGAATCAATAC 945
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 899 GGGAGACCAAGGTGTCAAAACTGGGAAAGTTAAAGTGTAAAACGGAAAGTGAAACAATAC 958
Query 946 AAGATGTAAAAGCAGATGATTTGCGGCAGATGTTTCTGGCGATGACAGACGAGGTCCGTG 1005
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 959 AAGATGTAAAAGCAGATGATTTGCGGCAGATGTTTCTGGCGATGACAGACGAGGTCCGCG 1018
Query 1006 TCATTATTGTCAAACTAGCTGACCGGTTGCATAATATGCGAACTCTCTGCCACATGCCTC 1065
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TCATTATTGTCAAACTAGCTGACCGGTTGCATAATATGCGAACTCTCTGCCACATGCCTC 1078
Query 1066 CCCATAAGCAGTCCAGCATTGCAGGGGAGACTTTGCAGGTCTTTGCTCCTTTAGCGAAAT 1125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1079 CCCATAAGCAGTCCAGCATTGCAGGGGAGACTTTGCAGGTCTTTGCTCCTTTAGCAAAAT 1138
Query 1126 TGCTTGG-AATGTATTCGATAAAGTCGGAACTGGAAAATCTATCTTTCATGTACGTAAGT 1184
| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TA-TTGGGAATGTATTCAATAAAGTCTGAACTGGAAAATCTGTCTTTCATGTACGTAAGT 1197
Query 1185 GCTGAGGATTATGATAGAGTCACAAGCAGGATCGCTAACCTCTACAAAGAGCATGAAAAA 1244
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GCTGAGGATTATGATAGAGTCACTAGCAGGATTGCTAACCTCTACAAAGAGCATGAAAAA 1257
Query 1245 GAACTCACTGAGGCAAACAGAATTTTGGTGAAAAAGATTGAAGATGATCAGTTTCTGGAC 1304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GAACTCACTGAGGCAAACAGAATTTTGGTGAAAAAGATTGAAGATGATCAGTTTCTGGAC 1317
Query 1305 CTTGTGACTGTGAATACTGATGTTAGATCTGTTTGCAAGGAAACTTACAGCATCTACAAA 1364
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CTTGTGACTGTGAATACTGATGTTCGATCTGTTTGCAAGGAAACTTACAGCATCTACAAA 1377
Query 1365 GCTGCGCTCAAATCAAAAGGATCAATTAATGATTACAACCAGATTGCCCAGCAGTTACGG 1424
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1378 GCTGCTCTCAAATCGAAAGGATCAATTAATGATTACAACCAGATTGCTCAGCAGTTACGG 1437
Query 1425 ATTGTTGTAAAGCCAAAACCTTCTGTGGGGGTCGGGCCTTTGTGCAGCCCACAACAGATA 1484
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1438 ATTGTTGTAAAGCCAAAACCATCTGTAGGGGTCGGGCCTTTGTGCAGTCCACAACAGATA 1497
Query 1485 TGCTATCACGTTCTTGGGCTAGTTCATGAGATTTGGAAACCAATTCCCCGAACTGTAAAA 1544
|||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 1498 TGCTATCACGTTCTGGGGCTTGTTCATGAGATCTGGAAACCTATTCCACGAACAGTAAAA 1557
Query 1545 GATTACATTGCAACCCCGAAGCCTAATGGCTACCAGAGCCTCCATACTACTGTGATTCCG 1604
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GATTACATTGCAACCCCGAAGCCCAATGGATACCAGAGCCTCCATACTACTGTGATTCCA 1617
Query 1605 TTCTTGTATGAGAGTATGTTCCGACTGGAGGTTCAGATCAGAACCGAGGAGATGGACTTA 1664
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TTCTTGTATGAGAGTATGTTTCGACTGGAGGTTCAGATCAGAACCGAGGAGATGGACTTG 1677
Query 1665 ATTGCTGAAAGAGGCATTGCTGTTTACTATAATGGCAAGGCTCTTTCTGCTGGATTAGTT 1724
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||
Sbjct 1678 ATTGCTGAAAGGGGCATTGCTGTTTACTACAATGGCAAGTCTCTATCTACTGGATTAGTT 1737
Query 1725 GCAAATGCGGTTCCTTTAGGTAGAAATTCAAGGGGGAAGACGGGTTGTCTCAACAATGCA 1784
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1738 GGAAACGCGGTTCCTTTAGGTAGAAATTCAAGGGGGAAGACGGGTTGCCTCAACAATGCA 1797
Query 1785 GATTTTGCACTCAGGATTGGGTGGCTAAATGCAATAAGGGAATGGCAAGAGGAGTTTGTG 1844
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GATTTTGCACTCAGGGTTGGGTGGCTAAATGCAATAAGGGAATGGCAAGAGGAGTTTGTG 1857
Query 1845 GGTAACATGAGCTCTAGAGAATTTGTGGATACCATTACGAGGGATCTTTTAGGTAGTCGT 1904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GGTAACATGAGCTCTAGAGAATTTGTGGATACCATTACGAGGGATCTTTTAGGTAGTCGT 1917
Query 1905 GTGTTTGTATTCACACCTAAAGGAGAGATAAAAAACCTTCCGAAAGGGGCCACCGTTGTT 1964
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GTGTTTGTATTCACACCTAAAGGAGAGATAAAGAACCTCCCGAAAGGGGCCACCGTTGTT 1977
Query 1965 GACTACGCTTATCTGATTCACACGGAAATCGGAAACAAGATGGTAGCAGCAAAGGTCAAT 2024
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GACTACGCTTATCTGATTCACACCGAAATCGGAAACAAGATGGTAGCAGCAAAGGTCAAT 2037
Query 2025 GGTAATCTTGTTTCCCCAACTCACGTTCTTGAGAATGCTGAGGTCGTGGAGATAGTCACT 2084
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GGTAATCTTGTTTCCCCAACTCACGTTCTTGAGAATGCTGAGGTCGTGGAGATAGTCACC 2097
Query 2085 TACAACGCCCTCTCAAGTAAATCTGCTTTCCAGAGACATAAACAGTGGTTGCAACATGCC 2144
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TACAACGCCCTCTCAAGTAAATCTGCTTTCCAAAGACATAAACAGTGGTTGCAACATGCC 2157
Query 2145 AAAACAAGGAGTGCAAGACACAAGATTATGAGGTTCCTAAGGGAGCAAGCTGCACAATGT 2204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 AAAACAAGGAGTGCAAGACACAAGATTATGAGGTTCCTAAGGGAGCAAGCTGCACAATGT 2217
Query 2205 GCTGCCGAAATTACCCAAGATCAAGTGAATGACTTTGTGGCGGACTCTGATAGTGATTTG 2264
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2218 GCTGCCGAAATTACCCAGGATCAAGTGAATGACTTTGTGGCGGACTCTGATAGTGATGTG 2277
Query 2265 GAAGATCTCACAGAAGATTCGAGAAAGAGCCTACAATGGTGGGAGAAAATCCTCGTCAAT 2324
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 GAAGATCTCACAGAAGATTCAAGAAAGAGCCTACAATGGTGGGAGAAAATCCTCGTCAAT 2337
Query 2325 GTTAAGCAATTCCAGTCACAAGACAAAAGTAGAGATACAACACCCACTCCTCAAAATGGA 2384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 2338 GTTAAGCAATTCCAGTCACAAGACAAAAGTAGAGATACAACACCCGCTCCTCAAAACGGA 2397
Query 2385 AGCGTTTGGGTCCCAAAGGTAAATGGAAAACACAACAAAGCCATAAAAAACTCGAGTT-T 2443
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 2398 AGCGTTTGGGCCCCAAAGGTGAATGGAAAACACAACAAAGCCATAAAGAACTCGAGTTCT 2457
Query 2444 AGATGAGCCAGAGTTCCTCCTACCCGGAGATGGAATTGCCAAGATTTTACCTGCTAACAT 2503
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 2458 -GATGAGCCAGAGTTCCTCCTACCTGGAGATGGAATTGCCAGGATTTTACCTGCTAATAT 2516
Query 2504 CCCTGCTTATAAAGAAGTGTTGCCCGGCTTAGACAGTTGGCGAGACAGTAAAATTGCCAC 2563
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CCCTGCTTATAAGGAAGTGTTGCCCGGCTTAGACAGTTGGCGAGACAGTAAAATTGCCAC 2576
Query 2564 ATGGCATCATCTCGAAGGTCACTCCATCGAATGGTTATGTGTAGTATCCATGGATCGCAA 2623
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 ATGGCATCATCTCGAAGGTCAGTCCATCGAATGGTTATGTGTAGTATCCATGGATCGCAA 2636
Query 2624 AGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTTCTCGCAGCTGAAGGCATCGCAGTGTGTTCTTG 2683
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||
Sbjct 2637 AGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTCCTCGCAGCTGAAGGCATTGCATTATGTTCTTG 2696
Query 2684 CGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGCAGTAATGTTGTTTCAAATAGAAGCAAA 2743
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2697 CGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGCAGTAATGTTATTTCAAATAGAAGCAAA 2756
Query 2744 TTTTGAAAGTTTGGTTAGTGTTTGCGCTAAAGTGGATCTAATATTGGGTGTATTGGGATG 2803
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||
Sbjct 2757 CATTGAAAGTTTGGTTAGTGTTTGCGCTAAGGTGGATTTAGTCTTGGGTGTGTTGGGATG 2816
Query 2804 GTCGAGTGGTTGTAGCTGGCCAAAATCAACAGATAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAG 2863
||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 GTCCAGTGGTTGTAGCTGGCCAAGATCAACAGAGAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAG 2876
Query 2864 CCAAAGGACTCACGTTCTTGGCCATGAAGTTTTGTCATGTTCACTGGAAAAATAAGCAAA 2923
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2877 CCAAAGGACTCACGTTCTTGGCCTTGAAGTTTTGTCATGTTCACTGGAAAAATAAGCGTA 2936
Query 2924 CTGAAGAAGAGAGTCTGGTTGCTCCATGTAGAGGTAGAGAGCACTTATAATATTCTTGAA 2983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2937 CTGAAGAAGAGAGTCTGGTTGCTCCATGTAGAGGTAGAGAGCTCTTATAATATTCTTGAA 2996
Query 2984 AATATATATCA-TTCTGTTTTGaaaaaaaaaaaaaaaaGAGAGTCAAATTCTTTTAGATG 3042
||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 AATATATATCACTT-TGTTTTGAAAAACAAAAGAAAAAGAGAGTCAAATTCTTTTAGATG 3055
Query 3043 TGTTATGTTCAATAAATCAAGGTCATTGTATATAAAGACCAAAAGAGTGGGATGAACATA 3102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 TGTTATGTTCAATAAATCAAGGTCATTGTATATAAAGACCAAAAGAGTGGGATGAACATA 3115
Query 3103 CGATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACATATACTTGCACATAGaaaaaaaaa 3157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3116 CGATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACATATACTTGCACATAGAAAAAAAAA 3170
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 157022531590
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5