BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490420
Length=2436
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G01570.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3770 0.0
> AT4G01570.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:679472-681940 FORWARD LENGTH=2469
Length=2469
Score = 3770 bits (2041), Expect = 0.0
Identities = 2316/2449 (95%), Gaps = 17/2449 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGTGGTCACTATGCGATGCGCCATGGAAGAGGAAGCGCCGTATCAGCTGCAATTTCCGGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGTGGTCACTATGCGATGCGCCATGGAAGAGGAAGCGCCGTATCAGCTGCAATTTCCGGT 60
Query 61 CTATCTCCGGCGACTAATTCACCTTTTCCTCAGCTTTGTAATGTCCTTCTCGTCGCTTCT 120
||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 CTATCACCGGCGAAGAATTCACCGTTTCCACAGCTCTGCAATGTCCTTCTCGTCGCGTCT 120
Query 121 TTGTCCAAGACCTTGTCTCAGTCCGGTACACGGGGCCTCGACGCGAATTCGATCCCGATT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 TTGTCCAAGACCTTGTCTCAGTCCGGTACACGAAGCCTCGACGCGAATTCGATACCGATT 180
Query 181 TCGGAACCTGTGGTTCTCCAGATCCTTCGTAGAAACTCCATAGATCCATCGAAGAAGCTA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGGAACCTGTGGTTCTCCAGATCCTTCGTAGAAACTCCATAGATCCATCGAAGAAGCTA 240
Query 241 GATTTCTTCCGATGGTGTTATTCTCTCCGTACTGGATACAAACATTCAG-TATCAGCTTA 299
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 241 GATTTCTTCCGATGGTGTTATTCTCTTCGTCCTGGATACAAACATTCAGCGA-CAGCTTA 299
Query 300 CTCTCAGATATTTCGCACTGTTTGCCGGACAGGGCTTCTCGGAGAAGTTCCCGATTTGCT 359
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CTCTCAGATATTTCGCACTGTTTGTCGGACAGGGCTTCTCGGAGAAGTTCCCGATTTGCT 359
Query 360 TTGTTCAATGAAGGAAGATGGCGTTAACTTGGACCAGACGATGGCGAAGATACTGT-TAG 418
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 360 TGGTTCAATGAAGGAAGATGGAGTTAACTTGGACCAGACGATGGCGAAGATACT-TCTAG 418
Query 419 ATTCTCTAATCCGTTCGGGTAAGTTCGAATCAGCGTTGGGAGTTTTGGATTACATGGAGG 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 ATTCTCTAATCCGTTCGGGTAAGTTCGAATCAGCGTTAGGAGTTTTGGATTACATGGAGG 478
Query 479 AGTTAGGAGATTGCTTAAATCCTAGTTTATATGATTCTGTTCTTATTGCTCTGGTGAAGA 538
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AATTAGGAGATTGCTTAAATCCTAGTGTATATGATTCTGTTCTTATTGCTCTGGTGAAGA 538
Query 539 AAAACGAATTGCGTCTTGCTTTGTCCATTTTCTTTAAGCTCTTAGAAGCTTCTGATAACC 598
|| ||||||||||||||||| |||| || || |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 539 AACACGAATTGCGTCTTGCTCTGTCTATATTATTTAAGCTTTTAGAAGCTTCTGATAACC 598
Query 599 ATA--G-TGATGATACTAGT-G-G-GGTTACTGTAAGTTATCTTCCTGGAACGGTTGCTG 652
||| | |||||||||| || | | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 599 ATAGTGATGATGATACTGGTAGAGTTATTATTGTAAGTTATCTTCCTGGAACTGTTGCTG 658
Query 653 TTAATGAGCTCTTGGTTGGTCTAAGGAGAGCAGATATGAGGTCGGAGTTCAAAACGGTTT 712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 659 TTAATGAGCTCTTGGTTGGTCTAAGGAGAGCAGATATGAGGTCGGAGTTCAAAAGGGTAT 718
Query 713 TTGAAAAGTTAAAGGGAATGAATCGATTCAAGTTTGATACTTGGAGTTATAACATATGTA 772
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 719 TTGAAAAGTTAAAGGGAATGAAAAGATTCAAGTTTGATACATGGAGTTATAACATTTGTA 778
Query 773 TTCATGGACTTGGTTGTTGGGGAGATTTGGATGGTGCATTGAGTTTGTTCAAGGAGATGA 832
|||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TTCATGGATTTGGTTGTTGGGGAGACTTGGATGCTGCATTGAGTTTGTTCAAGGAGATGA 838
Query 833 AGGAGCAAAGCTCGGTTTCTGGGTCTTCTTTTGGTCCTGATATCTGCACATATAATAGCC 892
|||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 839 AGGAGCGAAGTTCGGTCTATGGGTCTTCTTTTGGTCCTGATATATGCACATATAACAGCC 898
Query 893 TGATTCATGTGTTGTGTTTATTTGGAAAAGCTAAAGATGCTTTGATTGTATGGGACGAAC 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 899 TGATTCATGTGTTGTGTTTATTTGGAAAAGCTAAAGATGCTTTGATTGTATGGGATGAGC 958
Query 953 TGAAAGTGTCTGGTCATGAGCCTGATAATTCAACATATCGGATACTGATTCAAGGATGTT 1012
|||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 959 TGAAGGTGTCTGGCCATGAGCCTGATAATTCGACATATCGTATACTGATTCAAGGATGTT 1018
Query 1013 GTAAATCTTACCGGATGGATGATGCAATGAGGATTT-TCGGTGAGATGCAGTATAACGGG 1071
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GTAAATCTTACCGGATGGATGATGCAATGAGGATTTAT-GGTGAGATGCAGTATAACGGG 1077
Query 1072 TTTGTCCCTGATACTATTGTGTATAATTGTCTTTTAGATGGGACAATCAAGGCAAGAAAA 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1078 TTTGTCCCTGATACTATTGTGTATAATTGTCTTTTAGATGGGACACTCAAGGCAAGAAAA 1137
Query 1132 GTTACTGAGGCTTGTCAGTTGTTTGAGAAGATGGTTCAGGAAGGAGTTAGAGCTTCCTGC 1191
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GTCACTGAGGCTTGTCAGTTGTTTGAGAAGATGGTTCAAGAAGGAGTTAGAGCTTCCTGC 1197
Query 1192 TGGACATACAACATTTTAATTGACGGGTTATTTAGGAACGGAAGAGCTGAGGCTGGGTTT 1251
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TGGACATACAACATTCTAATTGACGGGTTATTTAGGAACGGAAGAGCTGAGGCTGGGTTT 1257
Query 1252 ACTCTGTTCTGTGACTTGAAGAAGAAGGGTCAGTTTGTCGATGCCATTACGTTTAGCATT 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 ACTCTGTTCTGTGACTTGAAGAAGAAGGGTCAGTTTGTCGATGCCATTACGTTTAGCATT 1317
Query 1312 GTTGTGTTGCAGCTTTGCAGGGAAGGGAAGCTAGA-GGAAGCAGTGAAATTGGTAGAGGA 1370
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1318 GTTGGGTTGCAGCTTTGCAGGGAAGGGAAGCTAGAAGGA-GCAGTAAAATTGGTAGAGGA 1376
Query 1371 GATGGAAACTAGAGGTTTCACTGTGGATTTGGTTACAATTAGTTCACTCTTGATCGGGTT 1430
|||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1377 GATGGAGACTAGAGGTTTCTCTGTGGATTTGGTCACAATTAGTTCACTCTTGATCGGATT 1436
Query 1431 TCACAAACAAGGGAGGTGGGATTGGAAAGAGAAGCTGATGAAACACGTACGGGAAGGAAA 1490
||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| ||
Sbjct 1437 TCATAAACAAGGTAGGTGGGATTGGAAAGAGAAGTTGATGAAGCACATAAGGGAAGGTAA 1496
Query 1491 CTTGGTGCCTAATGTTCTGAGATGGAACGCTGGAGTGGAAGCTTCACTAAAACGTCCACA 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CTTGGTGCCTAATGTTCTGAGATGGAACGCTGGAGTGGAAGCTTCACTAAAACGTCCACA 1556
Query 1551 AAGCAAAGATAAGGATTACACCCCAATGTTTCCAAGTAAAGGAAGCTTCCTAGATATCAT 1610
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1557 GAGCAAAGATAAGGATTACACCCCAATGTTTCCAAGTAAAGGAAGCTTCCTAGATATTAT 1616
Query 1611 GAGCATGGTGGGTTTGGAAGACGATGGAGCTAGGGCTGAGGAAGTCTCACCTATGGAAGA 1670
||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1617 GAGCATGGTAGGTTCGGAAGACGATGGAGCTAGTGCTGAGGAAGTATCACCAATGGAAGA 1676
Query 1671 TGACCCTTGGTCATCATCTCCATATATGGACCAATTAGCCCATCAGAGCAATCGACCTAA 1730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||
Sbjct 1677 TGACCCTTGGTCATCATCTCCATATATGGACCAATTAGCACACCAGAGAAATCAACCTAA 1736
Query 1731 GCCCTTGTTTGGTTTGGCCAGAGGTCAGAGAGTTGAAGCAAAGCCAGATTCTTTCGACGT 1790
||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1737 GCCCTTGTTTGGTTTAGCAAGAGGACAGAGGGTCGAAGCAAAGCCAGATTCTTTTGACGT 1796
Query 1791 TGACATGATGAACACTTTTCTATCTATCTATCTGTCCAAAGGGGATCTCAGCTTAGCCTG 1850
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AGACATGATGAACACGTTTCTATCTATATATCTGTCCAAAGGGGATCTCAGCTTAGCCTG 1856
Query 1851 CAAATTGTTTGAGATATTCAATGGAATGGGTGTGACCGATCTCACGAGCTACACCTACAA 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1857 CAAATTGTTTGAGATATTCAATGGAATGGGTGTTACCGATCTCACGAGTTACACCTACAA 1916
Query 1911 CTCCATGATGAGCTCGTTTGTCAAGAAGGGTTACTTCAAAACCGCCCGTGGAGTGCTTGA 1970
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 CTCCATGATGAGCTCGTTTGTCAAAAAGGGTTACTTCCAAACCGCCCGTGGAGTGCTTGA 1976
Query 1971 CCAAATGGGTGAGAATTTTTGCGCAGCAGACATAGCAACATACAATGTAATAATCCAAGG 2030
||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CCAAATGTTTGAGAACTTTTGTGCAGCAGACATAGCAACATACAATGTAATAATCCAAGG 2036
Query 2031 ATTAGGAAAAATGGGAAGAGCTGACTTAGCCGGCGCGGTACTCGACAGACTCACAAAGCA 2090
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 ATTAGGAAAAATGGGAAGAGCAGACTTAGCCAGCGCGGTACTCGACAGACTCACAAAGCA 2096
Query 2091 AGGAGGATATCTAGACATTGTAATGTACAACACATTGATCAACGCGCTTGGGAAAGCAAA 2150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2097 AGGAGGATATCTAGACATTGTAATGTACAACACATTGATCAACGCTCTGGGGAAAGCAAC 2156
Query 2151 CCGGTTAGATGAAGCAACCCAACTGTTTGATCACATGAAGAGCAACGGAATAAACCCAGA 2210
||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2157 CCGGTTAGATGAAGCCACACAACTGTTTGACCACATGAAGAGCAATGGAATAAACCCGGA 2216
Query 2211 TGTTGTGAGTTACAACACGATGATCGAAGTGAATAGCAAAGCAGGGAAACTGAAAGAAGC 2270
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2217 CGTTGTGAGTTACAACACGATGATCGAAGTGAATAGTAAAGCAGGGAAATTGAAAGAAGC 2276
Query 2271 ATACAAGTACTTGAAAGCGATGCTAGATGCAGGTTGTTTACCTAACCACGTAACCGATAC 2330
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2277 ATACAAGTACTTGAAAGCAATGTTAGATGCAGGTTGTTTACCTAACCACGTAACAGATAC 2336
Query 2331 AATCCTGGATTATCTTGGGAAAGAGATGGAGAAAGCAAGATTCAAAAAAGCTTCTTTTGT 2390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 AATCCTGGATTATCTTGGGAAAGAGATGGAGAAAGCAAGATTCAAAAAAGCTTCTTTTGT 2396
Query 2391 ACGAAACAAAACAAATAATGATACT-T--CCTCATAGTTTTAATGTAAT 2436
|||||||||| |||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 ACGAAACAAACCAAATAATAATAATATTTCCTCATAGTTTTAATGTAAT 2445
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120983313450
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5